单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 1181 - 1200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1181 | 2024-08-05 |
Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury
2024-01-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52710-3
PMID:38273071
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体(TRAIL)在骨髓细胞中的缺失如何加重胆汁淤积性肝损伤。 | 研究发现TRAIL源自招募的巨噬细胞，并抑制DR细胞扩展，从而限制胆汁淤积性肝损伤。 | 本文并未涉及湿剂量的不同或不同动物模型的比较，可能限制了其结果的广泛适用性。 | 研究TRAIL在骨髓细胞中的作用及其在胆汁淤积性肝损伤中的影响。 | 涉及Wild type (WT)、Trail和骨髓特异性Trail缺失的小鼠模型。 | 数字病理学 | 肝病 | 高维量子显微技术，空间转录组分析 | 小鼠模型 | 生物样本 | 包括Wild type、Trail和Trail缺失小鼠的多组小鼠 |
| 1182 | 2024-08-05 |
scCAN: Clustering With Adaptive Neighbor-Based Imputation Method for Single-Cell RNA-Seq Data
2024 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3337231
PMID:38285569
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研究论文 | 提出了一种新的适应性邻域聚类基础的缺失值插补方法scCAN，用于单细胞RNA测序数据 | 本研究创新性地设计了一个方法，通过不断更新细胞相似性信息来改善缺失值的插补 | 未提及具体的局限性 | 研究单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 使用模拟和真实单细胞RNA测序数据进行研究 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 四个模拟和八个真实的单细胞RNA-seq数据 |
| 1183 | 2024-08-05 |
Presence of onco-fetal neighborhoods in hepatocellular carcinoma is associated with relapse and response to immunotherapy
2024-Jan, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00672-2
PMID:38168935
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研究论文 | 本文研究了肝细胞癌中的肿瘤生态系统的癌胎编程及其与免疫治疗反应和复发的关系 | 首次提出POSTN外源性基质癌相关成纤维细胞作为关键的癌胎相互作用中心，并探讨其在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的影响 | 未明确阐述样本量与研究设计的具体限制 | 研究肝细胞癌中的癌胎邻域与复发及免疫治疗反应的关系 | 研究特定细胞亚群，包括POSTN CAFs、FOLR2巨噬细胞和PLVAP内皮细胞在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、整体RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1184 | 2024-08-05 |
An emerging biomarker for the diagnosis and treatment of esophageal squamous cell carcinoma - Aurora A
2024-01, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107759
PMID:38043467
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研究论文 | 研究表明Aurora A在食管鳞状细胞癌中是一种潜在的预后和治疗生物标志物 | 本研究首次揭示了Aurora A在食管鳞状细胞癌中的作用及其对细胞增殖和药物敏感性的影响 | 本研究仅基于公共数据库的数据，可能存在数据集的局限性 | 探讨Aurora A在食管鳞状细胞癌中的分子机制及其作为生物标志物的潜力 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者的RNA-seq数据 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA-seq | NA | 文本 | 来自公共数据库的RNA-seq数据集，具体样本量未明确提供 |
| 1185 | 2024-08-07 |
Genetic variants in BCL-2 family genes influence the risk of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate
2024-Jan, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2288
PMID:38108593
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研究论文 | 本研究探讨了BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联 | 发现了位于增强子区域的rs3943258与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂的风险相关，并表现出BCL2的eQTL效应 | NA | 研究BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联 | BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险 | 遗传学 | 口腔疾病 | 多标记基因组注释的多标记分析（Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation）、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型 | 基因组数据、RNA测序数据 | 第一阶段队列包括565例病例和1269例对照，候选SNPs通过额外的dbGaP病例-父母三联体进行复制 |
| 1186 | 2024-08-07 |
Gclc as a Marker for Injured Distal Nephron in Ischemia-Reperfusion Induced Acute Kidney Injury
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S451402
PMID:38313210
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了缺血-再灌注诱导的急性肾损伤中远端肾小管的作用，并验证了Gclc作为损伤远端肾小管的潜在标志物。 | 首次识别了LOH-Inj和DCT-Inj亚型，并发现Gclc在多种急性肾损伤模型中的高表达，特别是在损伤的远端肾小管中。 | NA | 理解远端肾小管在急性肾损伤中的作用，并识别损伤远端肾小管的标志物，以揭示肾脏损伤机制并寻找新的治疗靶点。 | 远端肾小管在急性肾损伤中的作用及损伤标志物Gclc。 | NA | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了缺血-再灌注、单侧输尿管阻塞、顺铂、草酸钠和脂多糖诱导的AKI小鼠模型及肾脏转录组样本。 |
| 1187 | 2024-08-05 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
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研究论文 | 本研究探讨了果蝇中全新基因的起源、进化和蛋白质结构的变化 | 结合高品质的全基因组比对和计算结构建模方法，识别出555个果蝇特有的全新基因候选者 | 对果蝇中特定族群的研究可能不适用于其他物种 | 研究果蝇中全新基因的起源和结构演变 | 果蝇D. melanogaster的全新基因候选者 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列 | 555个全新基因候选者 |
| 1188 | 2024-08-07 |
Integrative genomic analyses reveal putative cell type-specific targets of the Drosophila ets transcription factor Pointed
2024-Jan-23, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10017-7
PMID:38262913
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组单细胞和批量数据，识别了果蝇Ets转录因子Pointed的细胞类型特异性潜在靶点 | 首次通过结合染色质免疫沉淀与高通量测序（ChIP-seq）和单细胞基因组学数据（scRNA-seq和snATAC-seq），揭示了157个潜在的细胞类型特异性Pointed靶点及其功能增强子 | NA | 识别果蝇Ets转录因子Pointed的细胞类型特异性潜在靶点，以深入理解由表皮生长因子受体（Egfr）信号调控的复杂发育过程 | 果蝇Ets转录因子Pointed及其在眼盘发育中的作用 | 基因组学 | NA | ChIP-seq, scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 基因组数据 | 6,941个基因 |
| 1189 | 2024-08-05 |
Nephron progenitors rhythmically alternate between renewal and differentiation phases that synchronize with kidney branching morphogenesis
2024-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568157
PMID:38045273
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research paper | 该文章研究了肾单位祖细胞在肾脏分支形态发生过程中的自我更新和分化之间的节律性交替 | 创新点在于揭示了肾单位祖细胞的分化与更新之间的节律性模式以及与分支生长的同步关系 | 局限性在于研究主要基于小鼠模型，可能与人类有差异 | 研究肾单位祖细胞在肾脏发育中的动态变化与分支形态发生的关系 | 肾单位祖细胞及其在肾脏发育过程中的角色 | 数字病理 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类干细胞来源的肾单位祖细胞类器官进行实验 |
| 1190 | 2024-08-07 |
FGL2 promotes tumour growth and attenuates infiltration of activated immune cells in melanoma and ovarian cancer models
2024-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-51217-1
PMID:38191799
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研究论文 | 本文研究了FGL2蛋白在黑色素瘤和卵巢癌模型中的作用，发现FGL2抑制免疫细胞的浸润并促进肿瘤生长 | 首次证明了FGL2缺失能增强肿瘤微环境中自然杀伤细胞的活性，并延长生存期 | 研究仅限于两种小鼠癌症模型，未来需在更多癌症类型中验证FGL2的作用 | 探讨FGL2在肿瘤微环境中的作用及其作为癌症治疗靶点的潜力 | FGL2蛋白在黑色素瘤和卵巢癌中的作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | RNA | 使用了Fgl2敲除小鼠进行实验 |
| 1191 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of head and neck carcinoma: Transcriptional landscape and prognostic model based on malignant epithelial cell features
2024-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202301287RR
PMID:38085162
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析头颈部鳞状细胞癌的转录组特征及预后模型 | 首次揭示头颈部鳞状细胞癌中恶性上皮细胞特征与肿瘤微环境的相互作用，并开发了一种基于六个基因的预后模型 | 研究样本量较小，仅涉及七名患者及其相邻正常组织，可能影响结果的普适性 | 深入理解头颈部鳞状细胞癌肿瘤细胞及其微环境，以改善预后预测 | 七名头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及一份相邻正常组织 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 七名头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及一份相邻正常组织 |
| 1192 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of epithelial cell and fibroblast cells from non- to metastatic lymph node OTSCC
2024-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202301724R
PMID:38169064
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从非转移性到转移性淋巴结的口腔舌鳞状细胞癌（OTSCC）中的上皮细胞和成纤维细胞的异质性 | 发现了四种不同亚型的癌症相关成纤维细胞（CAFs），并确认了GAS和PTN通路在肿瘤转移进展中的作用 | NA | 旨在全面分析癌症相关成纤维细胞和上皮肿瘤细胞亚群在淋巴结转移性OTSCC中的作用 | 口腔舌鳞状细胞癌（OTSCC）中的上皮细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1193 | 2024-08-05 |
Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution
2024-Jan-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45143-z
PMID:38296945
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research paper | 本研究构建了来自186,120个细胞的人类子宫肌层老化细胞图谱 | 首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示年龄对人类子宫肌层的影响 | 研究仅限于20名围绝经期和绝经后女性的样本 | 研究衰老对人类子宫肌层功能的影响及其对妊娠和分娩的潜在影响 | 针对围绝经期和绝经后女性的人类子宫肌层细胞进行分析 | NA | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 细胞 | 20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞 |
| 1194 | 2024-08-07 |
A cell atlas of the larval Aedes aegypti ventral nerve cord
2024-Jan-31, Neural development
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s13064-023-00178-8
PMID:38297398
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，全面展示了埃及伊蚊幼虫腹神经索（VNC）的细胞组成 | 首次详细描述了埃及伊蚊幼虫VNC中的35种以上细胞类型，并探讨了单胺能和肽能神经元的多样性 | NA | 深入理解影响蚊子宿主寻找行为和病原体传播的发育事件 | 埃及伊蚊幼虫的腹神经索（VNC） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 超过35种VNC细胞类型 |
| 1195 | 2024-08-07 |
NADase CD38 is a key determinant of ovarian aging
2024-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00532-9
PMID:38129670
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研究论文 | 本文通过分析年轻和中老年小鼠不同器官的转录组景观，揭示了卵巢早衰的机制，特别是NADase CD38表达增加和NAD水平下降对卵巢衰老的影响。 | 首次揭示了CD38在卵巢早衰中的关键作用，并提供了通过抑制CD38来改善中老年雌性小鼠生育能力的潜在治疗方法。 | NA | 探讨卵巢早衰的机制并寻找潜在的治疗方法。 | 小鼠的卵巢和其他器官。 | NA | 卵巢早衰 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠的多个器官 |
| 1196 | 2024-08-07 |
Network Activity Evaluation Reveals Significant Gene Regulatory Architectures during SARS-CoV-2 Viral Infection from Dynamic scRNA-seq Data
2024-Jan-31, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3360529
PMID:38294926
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研究论文 | 本文提出了一种名为scNAE的单细胞网络活性评估框架，用于评估基因调控网络（GRN）与基因表达谱的一致性，特别是在SARS-CoV-2病毒感染期间的动态scRNA-seq数据 | scNAE框架通过构建带有正则化惩罚项的损失函数和快速收敛的交替方向乘子法，有效解决了GRN推断问题，并能通过排列统计测试程序得出经验P值 | NA | 揭示SARS-CoV-2病毒感染期间的基因活动，特别是在分子水平上的基因调控网络活性 | SARS-CoV-2病毒感染期间的单细胞基因表达数据 | 基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | ODE模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1197 | 2024-08-07 |
Multi-omics analysis reveals NNMT as a master metabolic regulator of metastasis in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jan-30, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00509-w
PMID:38291241
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中代谢重编程的关键调控因子NNMT | 首次发现NNMT在ESCC淋巴结转移中的重要作用，并揭示了其通过影响表观遗传修饰调控细胞代谢的机制 | NA | 探索食管鳞状细胞癌淋巴结转移中的代谢变化及其调控机制 | 食管鳞状细胞癌及其淋巴结转移 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学 | NA | RNA、代谢物 | ESCC肿瘤组织和淋巴结样本 |
| 1198 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of epithelial, immune, and stromal signatures and interactions in human ovarian cancer
2024-01-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05826-1
PMID:38278958
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研究论文 | 本文通过分析来自84名卵巢癌患者的超过50万个单细胞转录组数据，研究了卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用 | 发现了具有功能变异的上皮细胞临床亚型特征，以及在IC2阶段显著增加的特定T细胞亚型和具有肿瘤进展相关功能的癌症相关成纤维细胞 | NA | 深入理解卵巢癌进展，并为更好的诊断和治疗开发提供依据 | 卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 84名卵巢癌患者 |
| 1199 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of conventional central chondrosarcoma reveals the role of endoplasmic reticulum stress in malignant transformation
2024-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05790-w
PMID:38267611
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了11个原发性软骨肿瘤及对照组，构建了传统中央型软骨肉瘤的单细胞图谱，揭示了内质网应激在恶性转化中的作用 | 首次通过单细胞图谱揭示了内质网应激在传统中央型软骨肉瘤恶性转化中的作用，并发现NF-κB通路减轻了内质网应激诱导的凋亡 | 研究样本量较小，且仅限于传统中央型软骨肉瘤，可能限制了结果的普遍性 | 探讨软骨肉瘤恶性转化的机制，寻找潜在的诊断标志物和治疗策略 | 传统中央型软骨肉瘤及其恶性转化过程 | 数字病理学 | 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11个原发性软骨肿瘤及对照组 |
| 1200 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of the microenvironment in human bone metastatic renal cell carcinoma
2024-01-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05772-y
PMID:38216635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了人类骨转移性肾细胞癌的微环境，包括6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌的细胞转录组，以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本的数据，以探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点。 | 本研究首次系统地描述了骨转移性肾细胞癌微环境中主要细胞系的分子特性和动态变化，揭示了免疫抑制T细胞的主导作用及其在治疗后的部分恢复，以及骨转移性肿瘤中免疫抑制CD47 T细胞的浸润现象。 | NA | 探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点和微环境特性。 | 骨转移性肾细胞癌的微环境和细胞转录组。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌样本，以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本 |