单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-09	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）过程中，通过热灭活尼帕病毒（NiV）以确保样本安全性的方法，同时不影响样本质量和下游分析结果	首次验证了在scRNA-seq流程中加入额外热灭活步骤对尼帕病毒的有效灭活作用，且不影响样本质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业化的微流控分区scRNA-seq平台，其他BSL-4病原体或平台可能需要额外验证	开发适用于BSL-4病原体的安全scRNA-seq工作流程	尼帕病毒（NiV）感染的细胞样本	病毒学与单细胞测序技术	尼帕病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了商业化的微流控分区scRNA-seq平台
102	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
103	2025-04-03	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2024-01-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03174-1 PMID:38273415	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板	gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应	开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择	复杂组织中的细胞类型和过程	生物信息学	NA	靶向空间转录组学	gpsFISH	转录组数据	NA
104	2025-04-03	A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS 2024-01-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011 PMID:38151022	研究论文	该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂	首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法	胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变	癌症研究	胰腺癌	高通量药物筛选、scRNA-seq	胰腺类器官模型	基因表达数据	超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官
105	2025-04-02	Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer 2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids DOI:10.20517/evcna.2024.58 PMID:39811732	research paper	该研究首次结合Cre-LoxP重组系统和单细胞测序技术，监测胰腺导管腺癌小鼠模型中肿瘤来源的细胞外囊泡（EV）的摄取及其在非恶性受体细胞中的功能	首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于监测EV的摄取和功能	NA	研究肿瘤来源的EV在非恶性受体细胞中的摄取和功能	胰腺导管腺癌小鼠模型中的EV、巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞	单细胞测序	胰腺导管腺癌	Cre-LoxP重组系统、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
106	2025-04-02	Neurodegeneration: 2024 update 2024-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2024-5848 PMID:39823116	review	本文回顾了过去一年中神经退行性神经病理学领域的高影响力研究	涵盖了从临床病理解剖相关研究到单细胞RNA测序、人工智能和患者来源的人类诱导多能干细胞模型等多种方法	所选研究可能受作者主观选择的影响，未能全面覆盖所有相关研究	总结神经退行性疾病领域的最新研究进展	人类组织样本及神经退行性疾病相关研究	神经病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、人工智能、人类诱导多能干细胞模型	NA	组织样本数据、临床数据	NA
107	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
108	2025-03-30	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症后慢性危重症患者中T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式，特别是在CD8+ T效应记忆细胞和NK细胞中的耗竭和免疫抑制特征	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的免疫系统特征	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和慢性危重症患者	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, ELISpot, 细胞因子分析, T细胞增殖实验	NA	RNA测序数据, 功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重症患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，慢性危重症患者20人（功能验证）
109	2025-03-28	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性niche相关基因	niche-DE方法能够识别由细胞-细胞相互作用驱动的局部基因表达变化，而非全局基因表达变化	NA	开发新的统计方法以分析空间转录组数据中的细胞-细胞相互作用	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
110	2025-03-25	Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748 PMID:39493754	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用	首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff)	研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证	阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征	IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞	单细胞组学	IgA肾病	scRNAseq, scATACseq	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据	4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组
111	2025-03-23	Increased Chemokine Production is a Hallmark of Rhesus Macaque Natural Killer Cells Mediating Robust Anti-HIV Envelope-Specific Antibody-Dependent Cell-Mediated Cytotoxicity 2024, Pathogens & immunity DOI:10.20411/pai.v10i1.734 PMID:39911143	研究论文	本文研究了恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）在介导抗HIV包膜特异性抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）反应中的异质性及其功能子集	通过单细胞RNA测序分析，发现CD107a+ RMNK细胞亚群产生更多的趋化因子，表明这些细胞不仅清除感染细胞，还提供免疫调节信号并可能抑制HIV-1复制	研究中使用的抗CD16抗体与ADCC抗体的结合效果存在显著差异，导致脱颗粒和趋化因子产生的幅度减少了6至30倍	探讨恒河猴自然杀伤细胞在抗HIV ADCC反应中的功能异质性及其对HIV-1复制的潜在抑制作用	恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
112	2025-03-22	A single-cell atlas of IL-23 inhibition in cutaneous psoriasis distinguishes clinical response 2024-01-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adi2848 PMID:38277466	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	揭示了IL-23阻断治疗在临床反应良好和反应不佳患者中的不同机制，并发现了一种不可逆的免疫状态	研究样本量有限，且未涉及长期治疗效果的观察	探讨IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	银屑病患者的皮肤免疫细胞	单细胞转录组学	银屑病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	银屑病患者的皮肤免疫细胞样本
113	2025-03-22	Tuft cells and fibroblasts promote thymus regeneration through ILC2-mediated type 2 immune response 2024-01-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6930 PMID:38215193	研究论文	本文研究了胸腺再生机制，特别是通过ILC2介导的2型免疫反应中胸腺绒毛细胞和成纤维细胞的作用	揭示了胸腺绒毛细胞和成纤维细胞通过激活2型免疫反应在胸腺再生中的新角色	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨胸腺再生的机制，特别是非T细胞的胸腺造血细胞的作用	小鼠胸腺细胞，特别是ILC2、胸腺绒毛细胞和成纤维细胞	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	使用地塞米松诱导的急性胸腺萎缩小鼠模型
114	2025-03-22	Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche 2024-01-05, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152 PMID:38181095	研究论文	本文探讨了皮肤中调节性T细胞（Treg）在维持毛囊干细胞（HFSC）生态位免疫特权中的作用	开发了一种技术，将基因重组限制在皮肤中的调节性T细胞，揭示了皮肤Treg通过高亲和力IL-2受体表达在细胞外方式中保护HFSC生态位的机制	研究主要集中在皮肤中的Treg，未涉及其他非淋巴器官中的免疫耐受机制	研究皮肤中调节性T细胞在维持毛囊干细胞生态位免疫特权中的作用	皮肤中的调节性T细胞和毛囊干细胞生态位	免疫学	脱发症	基因重组技术、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据	NA
115	2025-03-22	Clusterin knockdown has effects on intracellular and secreted von Willebrand factor in human umbilical vein endothelial cells 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298133 PMID:38363768	研究论文	本研究探讨了clusterin (CLU)在调控von Willebrand因子(VWF)中的作用，特别是在von Willebrand病(VWD)中的影响	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析识别CLU作为VWF的潜在调控因子，并使用siRNA和CRISPR-Cas9技术在人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)中进行验证	研究未发现CLU敲低对Weibel-Palade小体(WPBs)的数量或大小有显著影响，且未探讨CLU在其他类型细胞中的作用	研究CLU在VWF调控中的作用，特别是在VWD中的机制	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)	分子生物学	von Willebrand病	siRNA, CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据, 蛋白质水平数据	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)
116	2025-03-20	The BCL-2 inhibitor APG-2575 resets tumor-associated macrophages toward the M1 phenotype, promoting a favorable response to anti-PD-1 therapy via NLRP3 activation 2024-01, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01112-y PMID:38062129	研究论文	本文研究了BCL-2抑制剂APG-2575如何通过激活NLRP3信号通路，将肿瘤相关巨噬细胞从M2型转化为M1型，从而增强抗PD-1疗法的效果	首次发现APG-2575通过直接结合NF-κB p65激活NLRP3信号通路，介导巨噬细胞重极化，从而改善肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索APG-2575如何通过改变肿瘤微环境增强抗PD-1疗法的效果	小鼠模型和人类肿瘤样本	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫组化数据	小鼠模型和人类肿瘤样本
117	2025-03-18	Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764 PMID:38983858	研究论文	本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响	揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响	小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞	免疫学	过敏性气道疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	NA
118	2025-03-15	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地捕捉了全反式维甲酸（atRA）暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭的细胞组成，揭示了atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活	首次使用单细胞RNA测序技术揭示atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活及其相关基因和信号通路	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究atRA暴露对腭组织发育的影响，为腭裂的诊断提供见解	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭样本
119	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
120	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量