单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1388 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-01-30 |
Immunometabolic alterations in type 2 diabetes mellitus revealed by single-cell RNA sequencing: insights into subtypes and therapeutic targets
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1537909
PMID:39877357
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病（T2DM）中的免疫代谢改变，并探讨了其亚型和治疗靶点 | 首次使用单细胞RNA测序技术对T2DM患者的免疫细胞进行详细分析，揭示了T细胞亚群的代谢异质性，并基于代谢特征对T2DM进行了亚型分类 | 样本量相对较小，仅包括37名T2DM患者和11名健康对照 | 揭示T2DM中的免疫代谢改变，并探索其亚型和潜在治疗靶点 | 2型糖尿病患者和健康对照的外周血单核细胞（PBMCs） | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 37名T2DM患者和11名健康对照 |
| 102 | 2025-01-31 |
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to explore prognostic value and immune landscapes of methionine metabolism-related signature in breast cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1521269
PMID:39877420
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了乳腺癌中甲硫氨酸代谢相关特征的预后价值和免疫景观 | 首次构建并验证了基于八个甲硫氨酸相关基因的乳腺癌预后模型，并揭示了APOC1基因在调节巨噬细胞极化和乳腺癌细胞行为中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏临床样本的直接验证 | 探索甲硫氨酸代谢相关基因在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用 | 乳腺癌患者和乳腺癌细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq），批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），Cox回归 | RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的乳腺癌患者数据，以及MDA-MB-231和MDA-MB-468乳腺癌细胞系 |
| 103 | 2025-01-31 |
Revisiting the female germline cell development
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1525729
PMID:39877734
|
综述 | 本文回顾了雌性生殖细胞发育的最新进展，探讨了关键基因调控网络、表观遗传途径、细胞周期调节因子和植物激素在这一过程中的作用 | 利用先进技术如smFISH、LCM、染色质免疫沉淀/测序和CRISPR基因编辑，揭示了雌性生殖细胞发育不同阶段的机制 | NA | 探索雌性生殖细胞发育的机制 | 雌性生殖细胞 | 植物生物学 | NA | smFISH, LCM, 染色质免疫沉淀/测序, CRISPR基因编辑, 单细胞转录组/空间转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA |
| 104 | 2025-01-28 |
Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo
2024-Jan-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87099
PMID:38284404
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，确定了C. elegans胚胎1至102细胞阶段的转录组，揭示了119种胚胎细胞状态，并发现基因表达程序根据亚细胞谱系模块化 | 首次系统地研究了C. elegans胚胎早期和晚期原肠胚形成中间阶段的转录组，揭示了基因表达程序的模块化和同源基因调控模式的深度同源性 | 研究主要集中于C. elegans胚胎，可能不适用于其他物种 | 研究C. elegans胚胎早期细胞命运指定中的基因调控模式 | C. elegans胚胎1至102细胞阶段的细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1至102细胞阶段的C. elegans胚胎细胞 |
| 105 | 2024-10-24 |
Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages alters the epigenetic state to determine strain specific synergistic responses to LPS
2024-Jan-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3759654/v1
PMID:38712032
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研究论文 | 研究探讨了不同遗传背景下IL-4激活的组织驻留巨噬细胞对LPS刺激的协同反应 | 揭示了遗传变异通过改变IL-4诱导的细胞内在表观遗传重编程，导致对LPS暴露的特定品系协同反应 | NA | 研究不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞对多重刺激的整合机制 | C57BL/6和BALB/c品系的组织驻留巨噬细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 混合骨髓嵌合小鼠 |
| 106 | 2025-01-26 |
Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae170
PMID:39659592
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研究论文 | 本研究提出了一种通过负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗体-抗原结合预测的准确性 | 利用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行去噪，改进了抗原结合预测的准确性 | 样本间数据大小和噪声结构的差异可能影响模型的普适性 | 提高LIBRA-seq数据中抗体-抗原特异性预测的准确性 | 单细胞B细胞受体测序数据 | 生物信息学 | NA | LIBRA-seq | 负二项混合模型 | 单细胞测序数据 | 9个供体的LIBRA-seq实验数据 |
| 107 | 2025-01-26 |
Exploring the role of metabolic pathways in TNBC immunotherapy: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1528248
PMID:39850483
|
综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中代谢途径与免疫功能之间相互作用的最新理解，强调了单细胞和空间转录组学技术在分析TNBC肿瘤异质性和免疫微环境中的革命性进展 | 强调了代谢重编程在调节免疫细胞功能中的关键作用，并探讨了特定代谢途径（如糖酵解、脂质代谢和氨基酸代谢）如何直接影响TNBC肿瘤微环境中各种免疫细胞群体的活性和表型 | NA | 探讨代谢途径在TNBC免疫治疗中的作用，以及如何通过靶向代谢途径增强免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的效果 | 三阴性乳腺癌（TNBC） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 108 | 2025-01-26 |
Single-cell RNA sequencing elucidates cellular plasticity in esophageal small cell carcinoma following chemotherapy treatment
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1477705
PMID:39850495
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食管小细胞癌患者在化疗前后的细胞可塑性及肿瘤微环境的变化 | 首次在单细胞水平上揭示了食管小细胞癌化疗后的细胞可塑性变化及肿瘤微环境的动态交互 | 研究仅基于单一患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨化疗对食管小细胞癌细胞可塑性及肿瘤微环境的影响 | 食管小细胞癌患者的肿瘤样本 | 数字病理 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 1名患者的化疗前后样本 |
| 109 | 2025-01-26 |
Integrated single-cell RNA sequencing reveals the tumor heterogeneity and microenvironment landscape during liver metastasis in adenocarcinoma of esophagogastric junction
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1484234
PMID:39850884
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管胃结合部腺癌（AEGJ）肝转移过程中的肿瘤异质性和微环境景观 | 首次在AEGJ肝转移中识别出一种特定的成纤维细胞类型，并发现SFRP2基因在周细胞中的高表达可能通过Wnt途径影响血管稳定性和血管生成 | 研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性 | 探索AEGJ肝转移的细胞和分子机制，以开发有效治疗方法 | 食管胃结合部腺癌（AEGJ）肝转移患者 | 数字病理学 | 食管胃结合部腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 110 | 2025-01-26 |
Combining single-cell analysis and molecular docking techniques to construct a prognostic model for colon adenocarcinoma and uncovering inhibin subunit βb as a novel therapeutic target
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1524560
PMID:39850875
|
研究论文 | 本研究结合单细胞分析和分子对接技术，构建了结肠腺癌的预后模型，并揭示了抑制素亚基βb作为新的治疗靶点 | 通过分析anoikis相关基因的表达差异，成功对结肠腺癌患者进行分类，并验证了INHBB在肿瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据和临床信息，缺乏更多实验验证 | 探索anoikis与结肠腺癌之间的生物学联系及其在肿瘤进展中的机制，寻找新的治疗靶点 | 结肠腺癌（COAD）患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、分子对接、基因敲除 | Cox比例风险模型、Lasso回归分析 | 转录组数据、临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者数据 |
| 111 | 2025-01-26 |
Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis of R-loop score-based signature with regard to immune microenvironment, lipid metabolism and prognosis in HCC
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1487372
PMID:39850878
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，构建了一个基于R-loop评分的模型，以探讨其在肝细胞癌（HCC）中的免疫微环境、脂质代谢和预后中的作用 | 首次构建了基于R-loop评分的模型，揭示了R-loop在HCC中的新机制，并提出了CLTC作为潜在的治疗靶点 | 研究主要依赖于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展 | 探讨R-loop在HCC进展中的详细作用机制，并构建预后和脂质代谢相关的R-loop评分模型 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），WGCNA分析 | R-loop评分模型 | RNA测序数据 | 来自GSE149614和CRA002308的HCC患者数据，以及TCGA数据库中的数据 |
| 112 | 2025-01-26 |
Macrophage heterogeneity and oncogenic mechanisms in lung adenocarcinoma: insights from scRNA-seq analysis and predictive modeling
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1491872
PMID:39850883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析探索了肺腺癌中巨噬细胞的异质性及其潜在的伪时间进化过程，并基于巨噬细胞相关基因构建了一个预后模型 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌中巨噬细胞的异质性及其潜在的伪时间进化过程，并构建了一个基于巨噬细胞标志基因的预后模型，有效预测了肺腺癌的预后和免疫治疗效果 | 研究主要依赖于TCGA数据，可能受到数据来源的限制，且模型的外部验证仍需进一步研究 | 探索肺腺癌中巨噬细胞的特性及其对预后的影响，并构建一个基于巨噬细胞相关基因的预后模型 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq, RT-PCR | Lasso回归, 多变量Cox回归 | 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | TCGA数据集中的肺腺癌患者样本 |
| 113 | 2025-01-25 |
Hyperoxia impairs induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells and drives an atherosclerosis-like transcriptional phenotype
2024, JVS-vascular science
DOI:10.1016/j.jvssci.2024.100193
PMID:38770110
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研究论文 | 本文研究了高氧条件对诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）的影响，并探讨了其在血管疾病再生医学中的应用潜力 | 揭示了高氧条件下iPSC-ECs会发展出内皮-间质表型，并与动脉粥样硬化内皮细胞的转录表型有重叠 | 生理性4%氧浓度培养条件虽能改善高传代细胞的线粒体功能，但不足以保持其血管生成能力 | 探讨不同氧浓度对iPSC-ECs的生物能量学、细胞标志物表达、增殖和血管生成能力的影响 | 诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs） | 再生医学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 114 | 2025-01-25 |
SGSM2 in Uveal Melanoma: Implications for Survival, Immune Infiltration, and Drug Sensitivity
2024, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
|
研究论文 | 本研究探讨了SGSM2在葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的表达及其与生存率、免疫浸润和药物敏感性的关系 | 首次揭示了SGSM2在UVM中的高表达及其与不良预后的关联，并探讨了其与免疫浸润、免疫检查点基因和药物敏感性的关系 | 研究主要基于生物信息学分析和实验验证，需要进一步的大样本临床研究来验证这些发现 | 阐明SGSM2在UVM中的作用及其临床意义 | 葡萄膜黑色素瘤（UVM）细胞系和患者数据 | 生物信息学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 定量实时PCR（qRT-PCR）、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | UVM细胞系和TCGA数据库中的UVM患者数据 |
| 115 | 2025-01-25 |
Integration of single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics to explore prognostic and immunotherapeutic characteristics of nucleotide metabolism in lung adenocarcinoma
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1466249
PMID:39845190
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和批量转录组学数据，探索了核苷酸代谢在肺腺癌中的预后和免疫治疗特性 | 首次构建了基于核苷酸代谢相关基因的预后风险模型，并验证了其在肺腺癌预后预测和免疫治疗响应中的准确性 | 研究主要依赖于公共数据库的转录组和临床数据，缺乏多中心验证和更大样本量的独立验证 | 探索核苷酸代谢在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗特性 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组测序 | Lasso + Stepcox | 转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据 |
| 116 | 2025-01-25 |
Comprehensive bioinformatics analysis identifies metabolic and immune-related diagnostic biomarkers shared between diabetes and COPD using multi-omics and machine learning
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1475958
PMID:39845878
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研究论文 | 本文通过多组学和机器学习方法，识别了糖尿病和慢性阻塞性肺疾病（COPD）共有的代谢和免疫相关诊断生物标志物 | 首次通过多中心患者队列的差异表达基因（DEGs）交叉分析，结合多种机器学习算法，识别了糖尿病和COPD共有的4个生物标志物，并在单细胞测序、临床样本和动物模型中进行了验证 | 研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证以确认这些生物标志物的功能和机制 | 探索糖尿病和COPD之间的分子机制，识别共有的诊断生物标志物 | 糖尿病和COPD患者的多中心队列数据 | 生物信息学 | 糖尿病, 慢性阻塞性肺疾病 | 多组学分析, 机器学习 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床样本数据, 动物模型数据 | 多中心患者队列 |
| 117 | 2025-01-25 |
Impact of glioma metabolism-related gene ALPK1 on tumor immune heterogeneity and the regulation of the TGF-β pathway
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1512491
PMID:39845963
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研究论文 | 本研究通过整合多源胶质瘤数据集，利用NMF和WGCNA方法识别关键基因，构建了基于101种机器学习技术的预测模型，并深入分析了免疫细胞浸润和肿瘤微环境特征，探索了ALPK1基因在泛癌中的免疫相关性 | 采用多数据集策略和多种方法，首次构建了基于101种机器学习技术的预测模型，并深入分析了ALPK1基因在胶质瘤免疫微环境中的作用 | 研究中使用的数据集和方法虽然多样，但可能仍存在样本选择偏差和模型泛化能力不足的问题 | 探索胶质瘤的分子亚型，识别新的预后生物标志物，并理解其免疫微环境特征，以改善治疗策略和患者预后 | 胶质瘤患者 | 生物信息学 | 胶质瘤 | NMF, WGCNA, 单细胞测序 | LASSO+GBM | 基因表达数据 | 多源胶质瘤数据集 |
| 118 | 2025-01-25 |
Exploring the shared mechanism of fatigue between systemic lupus erythematosus and myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome: monocytic dysregulation and drug repurposing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1440922
PMID:39845969
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研究论文 | 本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS）之间疲劳的共同机制，并预测了潜在的治疗药物 | 通过生物信息学分析和单细胞测序技术，识别了SLE和ME/CFS共有的关键基因和单核细胞在炎症和疲劳中的重要作用，并预测了潜在的治疗药物 | 研究主要基于体外模型和生物信息学分析，缺乏临床验证 | 探索SLE和ME/CFS之间疲劳的共同机制，并预测潜在的治疗药物 | 系统性红斑狼疮（SLE）和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS） | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮, 肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 | 生物信息学分析（GO, KEGG, PPI网络构建）, 单细胞测序, RT-qPCR, 分子对接 | 炎症模型（THP-1细胞） | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA |
| 119 | 2025-01-24 |
Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications
2024-Jan-22, Advanced materials technologies
IF:6.4Q1
DOI:10.1002/admt.202301155
PMID:38645306
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研究论文 | 本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度 | 开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化 | 未提及具体的技术局限或实验中的挑战 | 提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度 | 水凝胶珠 | 基因组学 | NA | BAG-Seq工作流程 | NA | 基因组数据 | NA |
| 120 | 2025-01-24 |
Spatiotemporal modulation of growth factors directs the generation of multilineage mouse embryonic stem cell-derived mammary organoids
2024-Jan-22, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.003
PMID:38159568
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研究论文 | 本文通过定向分化小鼠胚胎干细胞（mESCs），报告了多谱系ESC来源的乳腺类器官（MEMOs）的生成 | 通过顺序激活BMP4和PTHrP并抑制HH信号，诱导真皮间充质转化为乳腺特异性间充质，生成多谱系乳腺类器官 | NA | 研究乳腺类器官的生成及其在再生医学和疾病建模中的应用 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs） | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |