单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-11-24 |
Single-cell sequencing reveals transcriptional dynamics regulated by ERα in mouse ovaries
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0313867
PMID:39570927
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序揭示ERα在小鼠卵巢中的转录调控动态 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了ERα缺失对卵巢细胞转录组的影响 | 研究仅限于αERKO小鼠模型，可能无法完全代表所有卵巢功能障碍的情况 | 阐明ERα调控卵巢细胞转录动力学的分子机制 | ERα敲除小鼠的卵巢细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 野生型和αERKO小鼠的卵巢细胞 |
| 102 | 2024-11-24 |
BreCML: identifying breast cancer cell state in scRNA-seq via machine learning
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1482726
PMID:39574916
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研究论文 | 本文开发了一种基于机器学习的预测工具BreCML，用于准确分类乳腺癌细胞亚群及其相关标记基因 | BreCML在训练数据集上达到了98.92%的准确率，并在测试数据集上展示了卓越的准确性、精确度、召回率和F1分数 | NA | 开发一种能够准确分类乳腺癌细胞亚群及其相关标记基因的机器学习预测工具 | 乳腺癌细胞及其相关标记基因 | 机器学习 | 乳腺癌 | scRNA-seq | XGBoost | 基因数据 | NA |
| 103 | 2024-11-24 |
Cellular Characterization and Interspecies Evolution of the Tree Shrew Retina across Postnatal Lifespan
2024, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0536
PMID:39574940
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研究论文 | 研究了树鼩视网膜细胞在出生后生命周期中的细胞特征和跨物种进化 | 建立了树鼩视网膜细胞的年龄相关单细胞RNA测序图谱，并进行了跨物种分析 | NA | 探讨树鼩视网膜细胞在不同年龄阶段的细胞组成和基因表达模式 | 树鼩视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15只树鼩 |
| 104 | 2024-11-24 |
Integrated analysis of single-cell, spatial and bulk RNA-sequencing identifies a cell-death signature for predicting the outcomes of head and neck cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1487966
PMID:39575251
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，识别出一种细胞死亡特征，用于预测头颈部癌症的预后 | 本文创新性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，构建了一个细胞死亡相关特征风险评分模型（CDRscore），用于预测头颈部癌症的预后 | NA | 研究细胞死亡在头颈部癌症复发和术后预后中的作用，并开发一种预测预后的模型 | 头颈部癌症患者的单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 涉及五种主要亚型的头颈部癌症相关单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA数据集的批量RNA测序数据和喉鳞状细胞癌的空间转录组学数据 |
| 105 | 2024-11-22 |
Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764
PMID:38983858
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研究论文 | 研究环境暴露对组织驻留性肺间质巨噬细胞发育和转录组特征的影响，及其在过敏性气道高反应性中的作用 | 揭示了环境暴露导致的巨噬细胞发育变化对过敏性气道反应的影响，并识别出与过敏性气道疾病相关的特定巨噬细胞亚群 | NA | 阐明环境暴露导致的巨噬细胞发育变化对过敏性气道反应的影响 | 组织驻留性肺间质巨噬细胞及其在过敏性气道疾病中的作用 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据和图像 | 多次脂多糖（LPS）诱导的肺损伤后的肺组织样本 |
| 106 | 2024-11-22 |
Decoding physiological and pathological roles of innate immune cells in eye diseases: the perspectives from single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1490719
PMID:39544948
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示眼病中先天免疫细胞生理和病理作用方面的关键作用 | 本文通过scRNA-seq技术揭示了先天免疫细胞在眼病中的细胞异质性和基因表达变化，为靶向治疗提供了候选目标 | NA | 探讨scRNA-seq在眼病中先天免疫细胞功能研究中的应用 | 先天免疫细胞在眼病中的作用 | 数字病理学 | 眼病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 107 | 2024-11-22 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the role of TXNDC5 in keloid formation
2024, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_58_2024
PMID:39563670
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研究论文 | 研究TXNDC5在瘢痕疙瘩形成中的作用 | 首次揭示了TXNDC5与瘢痕疙瘩中纤维化的关系，并提供了新的治疗策略 | 仅基于公共数据库的数据和细胞实验，缺乏临床验证 | 探讨TXNDC5在瘢痕疙瘩中的作用机制 | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕样本的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 瘢痕疙瘩和正常瘢痕样本的单细胞RNA测序数据 |
| 108 | 2024-11-22 |
The emerging role of disease-associated microglia in Parkinson's disease
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1476461
PMID:39564189
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研究论文 | 探讨疾病相关小胶质细胞（DAM）在帕金森病中的新兴作用 | 提出DAM在不同神经退行性疾病中可能存在异质性，并建议使用多组学模型来研究DAM的激活和功能 | 目前对DAM的研究主要集中在阿尔茨海默病，对帕金森病中的DAM研究较少 | 研究DAM在帕金森病中的作用及其与阿尔茨海默病中DAM的异同 | 疾病相关小胶质细胞（DAM）及其在帕金森病中的作用 | NA | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | 多组学模型 | RNA | NA |
| 109 | 2024-11-21 |
Protocol of a prospective multicenter study on comorbidity impact on multiple sclerosis and antibody-mediated diseases of the central nervous system (COMMIT)
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1380025
PMID:39021565
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研究论文 | 本研究旨在探讨共病对多发性硬化症（MS）和中樞神經系統抗体介导疾病（如NMOSD和MOGAD）的影响 | 采用多中心前瞻性研究设计，结合多种先进技术（如无靶向蛋白质组学、超灵敏ELISA、RT-qPCR、质谱流式细胞术和单细胞RNA测序）分析炎症和神经退行性标志物 | NA | 评估共病对MS、NMOSD和MOGAD的影响，并探索可能的治疗方法以改善这些疾病的结果 | 多发性硬化症患者、NMOSD患者、MOGAD患者以及健康对照者 | NA | 多发性硬化症 | 无靶向蛋白质组学、超灵敏ELISA、RT-qPCR、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 血液和脑脊液中的炎症和神经退行性标志物 | NA |
| 110 | 2024-11-21 |
Unraveling the landscape of non-melanoma skin cancer through single-cell RNA sequencing technology
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1500300
PMID:39558960
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制的研究进展 | 利用单细胞RNA测序技术全面分析非黑色素瘤皮肤癌的基因表达异质性，揭示肿瘤内异质性和药物耐药机制 | 文章主要为综述性质，未提供新的实验数据或模型 | 探讨非黑色素瘤皮肤癌的肿瘤内异质性和药物耐药机制，并提出未来研究方向 | 非黑色素瘤皮肤癌，包括基底细胞癌、皮肤鳞状细胞癌和默克尔细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 111 | 2024-11-21 |
Single-cell RNA sequencing analysis identifies acute changes in the tumor microenvironment induced by interferon α gene therapy in a murine bladder cancer model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1387229
PMID:39559365
|
研究论文 | 研究了在小鼠膀胱癌模型中，干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响，并通过单细胞RNA测序分析了急性变化 | 首次在小鼠膀胱癌模型中使用单细胞RNA测序分析干扰素α基因疗法对肿瘤微环境的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探讨干扰素α基因疗法对膀胱癌肿瘤微环境的影响，并寻找提高患者选择和治疗效果的机制 | 小鼠膀胱癌模型中的肿瘤细胞和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠膀胱组织中的单个细胞 |
| 112 | 2024-11-21 |
Single-cell sequencing unveils mitophagy-related prognostic model for triple-negative breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1489444
PMID:39559367
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据构建了一个与三阴性乳腺癌相关的线粒体自噬相关基因的预后模型 | 首次构建了基于线粒体自噬相关基因的三阴性乳腺癌预后模型，并验证了其在多个独立队列中的预测准确性 | NA | 研究线粒体自噬在三阴性乳腺癌中的预后意义 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 多个独立队列的数据 |
| 113 | 2024-11-20 |
Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.28.560068
PMID:37808782
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研究论文 | 开发了一种基于分组视觉注意力机制的Transformer模型，用于从全切片组织学图像中预测癌症转录组 | 首次将Transformer模型应用于全切片组织学图像，并展示了其在预测空间基因表达模式和开发数字基因表达特征方面的潜力 | 模型在小数据集上训练，可能导致过拟合 | 开发一种新的深度学习模型，用于从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗 | 癌症转录组和组织学图像 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | Transformer | 图像 | 1,802个正常组织样本和4,331个肿瘤样本，涵盖九种癌症类型 |
| 114 | 2024-11-20 |
Spatially resolved transcriptomic signatures of hippocampal subregions and Arc-expressing ensembles in active place avoidance memory
2024, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2024.1386239
PMID:39544521
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研究论文 | 研究通过批量RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化 | 首次通过空间转录组学技术，研究了海马体不同亚区在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集 | 研究仅限于海马体背侧，未涵盖整个海马体区域；样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨海马体在主动位置回避记忆回忆后的基因表达变化及其与记忆形成的关系 | 海马体背侧的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区 | 神经科学 | NA | RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 训练和未训练的小鼠样本 |
| 115 | 2024-11-20 |
VCAN in the extracellular matrix drives glioma recurrence by enhancing cell proliferation and migration
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1501906
PMID:39554845
|
研究论文 | 本文研究了细胞外基质中的VCAN蛋白在胶质瘤复发中的作用，发现VCAN通过增强细胞增殖和迁移促进胶质瘤复发 | 首次揭示了VCAN在胶质瘤复发中的关键作用，并提出了通过抑制PI3K/Akt通路来治疗胶质瘤复发的新策略 | NA | 探讨VCAN在胶质瘤复发中的作用机制，并寻找潜在的治疗策略 | 胶质瘤细胞、VCAN蛋白、PI3K/Akt信号通路 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序、免疫组化染色 | NA | 转录组数据 | NA |
| 116 | 2024-11-20 |
NFIL3/Tim3 axis regulates effector Th1 inflammation in COPD mice
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482213
PMID:39555065
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研究论文 | 研究NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠模型中对Th1炎症的调节作用 | 首次揭示NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠中通过抑制Th1分化来调节Th1失衡 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨COPD相关Th1细胞的调节因子及其在炎症机制中的作用 | COPD小鼠的Th1细胞及其相关基因NFIL3和Tim3 | 免疫学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞测序、流式细胞术 | NA | 细胞 | COPD小鼠模型 |
| 117 | 2024-11-20 |
Bulk- and single cell-RNA sequencing reveal KIF20A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression and immune evasion
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1469827
PMID:39555078
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了KIF20A在肝细胞癌进展和免疫逃逸中的关键作用 | 首次发现KIF20A在肝细胞癌中高表达，并证实其促进癌细胞增殖、侵袭和转移，同时影响免疫微环境 | NA | 探讨KIF20A在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境的影响 | KIF20A在肝细胞癌中的表达及其与诊断、预后和免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 118 | 2024-11-20 |
Analysis of immunogenic cell death in periodontitis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1438998
PMID:39555084
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，研究了牙周炎中免疫原性细胞死亡（ICD）的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与ICD相关的细胞群和关键基因，并构建了诊断模型 | 研究仅限于牙周炎样本，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨牙周炎中免疫原性细胞死亡的机制及其在疾病发展中的作用 | 牙周炎中的免疫原性细胞死亡及相关基因 | 数字病理学 | 牙周疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、qPCR、酶联免疫吸附测定（ELISA）、免疫荧光（IF）染色 | 机器学习 | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 119 | 2024-11-19 |
Vulture: cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad117
PMID:38195165
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研究论文 | 介绍了一种名为Vulture的可扩展云端管道，用于在公共单细胞RNA测序数据中进行微生物读取的挖掘 | Vulture比本地工具和现有云端工具更快，且在云端计算系统上成本更低，能够从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘未知的宿主-微生物相互作用 | NA | 开发一种可扩展且经济的框架，用于从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘宿主-微生物相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的微生物读取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2个COVID-19患者、3个肝细胞癌患者和2个胃癌患者的公共测序数据 |
| 120 | 2024-11-19 |
EAGS: efficient and adaptive Gaussian smoothing applied to high-resolved spatial transcriptomics
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad097
PMID:38373746
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研究论文 | 本文提出了一种高效自适应高斯平滑（EAGS）方法，用于高分辨率空间转录组数据的插补 | EAGS方法通过自适应的双因子平滑，基于细胞的空间和表达信息创建模式，并利用这些模式为平滑过程创建自适应权重，从而恢复基因表达谱 | NA | 提高高分辨率空间转录组数据的信噪比和数据质量 | 高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠大脑和嗅球的高分辨率空间转录组数据 |