单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2024-08-07	InClust+: the deep generative framework with mask modules for multimodal data integration, imputation, and cross-modal generation 2024-Jan-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05656-2 PMID:38267858	研究论文	本文介绍了inClust+，一个用于多组学数据整合、插补和跨模态生成的深度生成框架，该框架通过增加两个掩码模块来增强其处理多模态数据的能力	inClust+框架引入了输入掩码模块和输出掩码模块，专门设计用于处理多模态数据，提高了数据整合和跨模态生成的效率	NA	开发一种能够有效整合和处理多模态数据的计算方法	单细胞技术产生的多组学数据，包括基因表达、染色质可及性和蛋白质丰度等	机器学习	NA	深度学习	生成对抗网络（GAN）	多模态数据	涉及多种类型的单细胞数据集，包括scRNA-seq、MERFISH和CITE-seq数据
1142	2024-08-05	Cellular and molecular mechanisms of highly active mesenchymal stem cells in the treatment of senescence of rhesus monkey ovary 2024-01-08, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03631-x PMID:38191526	研究论文	这篇文章研究了高活性间充质干细胞在猴子卵巢抗衰老中的细胞和分子机制	这项研究首次揭示了高活性间充质干细胞对卵巢衰老的多种细胞和分子机制	该研究主要在猕猴卵巢进行，可能无法直接推广到人类	探讨高活性间充质干细胞在猴子卵巢衰老治疗中的作用机制	猕猴卵巢的老化细胞群和高活性间充质干细胞	数字病理学	衰老相关疾病	单核转录组测序	NA	基因表达数据	使用了不说明数量的猕猴卵巢样本和高活性间充质干细胞
1143	2024-08-07	Comparative single-cell analysis reveals heterogeneous immune landscapes in adenocarcinoma of the esophagogastric junction and gastric adenocarcinoma 2024-01-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06388-6 PMID:38182569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤微环境（TME），揭示了AEG中异质性恶性细胞和肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的特征	首次全面解析了AEG的TME，识别了具有多样生物功能和内在恶性特性的异质性AEG恶性细胞，并揭示了AEG中T细胞的转录特征和TCR谱系	NA	旨在深入理解食管胃结合部腺癌（AEG）的肿瘤微环境（TME）	食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤和邻近正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四名AEG患者和公开的GAC单细胞数据集
1144	2024-08-07	GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad529 PMID:38261340	研究论文	本文介绍了一种名为GMFGRN的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络，该方法结合了矩阵分解和图神经网络技术	GMFGRN通过使用图神经网络进行矩阵分解，学习基因的代表性嵌入，并利用这些嵌入来确定转录因子与基因对之间是否相互作用，从而解决了现有方法无法消除传递交互或需要昂贵计算资源的问题	NA	开发一种新的方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	涉及八个静态单细胞RNA测序数据集和四个时间序列数据集
1145	2024-08-05	Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma 2024-01-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.032 PMID:38134933	研究论文	此研究介绍了一种新技术Zman-seq，该技术记录了胶质母细胞瘤中免疫细胞的转录动态。	Zman-seq技术引入时间戳以捕获单细胞转录组学动态，解决了当前缺乏能够记录细胞动态变化的体内基因组技术的问题	NA	本研究旨在揭示胶质母细胞瘤中的免疫适应过程中的细胞状态转变	研究对象为在胶质母细胞瘤微环境中变化的免疫细胞，特别是细胞毒性自然杀伤细胞和单核细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Zman-seq	NA	转录组数据	NA
1146	2024-08-07	CD317+ MSCs expanded with chemically defined media have enhanced immunological anti-inflammatory activities 2024-01-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03618-8 PMID:38169422	研究论文	本研究探讨了使用化学定义培养基扩增的CD317+ MSCs在免疫抗炎活性方面的增强作用	发现CD317+ MSCs具有改善的分化能力和增强的免疫抑制活性，其抗炎功能增强与TSG6水平升高有关	研究主要集中在体外和体内实验，临床应用的实际效果和安全性需要进一步验证	探索MSCs在治疗免疫相关疾病中的应用潜力	CD317+ MSCs及其在免疫抗炎活性中的作用	细胞生物学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自脐带的MSCs样本
1147	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of peripheral blood mononuclear cells indicates impaired immune and inflammatory responses in alcohol-associated hepatitis 2024-Jan, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2023.110735 PMID:38040543	研究论文	这篇文章探讨了酒精相关肝炎中外周血单核细胞的单细胞转录组学，揭示了免疫和炎症反应受损的情况	利用单细胞RNA测序技术，文章首次表明酒精相关肝炎患者PBMC的特定亚型在免疫和炎症反应中涉及不同机制	由于样本复杂性和异质性，可能无法完全揭示所有潜在的分子机制	旨在更好地理解酒精相关肝炎患者的系统免疫反应	研究对象为酒精相关肝炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	外周血单核细胞样本
1148	2024-08-07	Increased expression of CXCL6 in secretory cells drives fibroblast collagen synthesis and is associated with increased mortality in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00088-2023 PMID:37918852	研究论文	本研究探讨了在特发性肺纤维化（IPF）中，气道上皮细胞表达的趋化因子CXCL6对纤维母细胞胶原蛋白合成的影响及其与患者生存率的关系	发现CXCL6在IPF患者的远端肺部气道上皮细胞中表达增加，并与患者的不良生存率相关	NA	探究趋化因子CXCL6在特发性肺纤维化中的作用及其对患者生存率的影响	特发性肺纤维化患者的肺部组织和纤维母细胞	NA	肺纤维化	转录组学分析、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质水平数据	179名特发性肺纤维化患者
1149	2024-08-07	Unraveling dedifferentiation and metastasis traces in pancreatic ductal adenocarcinoma ductal cells: Insights from single-cell RNA sequencing analysis of ITGB4 and C19orf33 2024-Jan, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2023.155012 PMID:38071887	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）中ITGB4和C19orf33基因的表达模式，揭示了这些基因在肿瘤发生和转移中的潜在作用	首次发现ITGB4和C19orf33在PDAC样本中具有差异表达，并且它们的表达模式与肿瘤的转移机制相关	研究仅限于特定的细胞系和化疗药物处理，可能需要进一步的临床样本验证	探讨胰腺导管腺癌中ITGB4和C19orf33基因的表达及其在肿瘤发生和转移中的作用	胰腺导管腺癌的导管细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及MIA PaCa-2和PANC-1两种胰腺导管腺癌细胞系，以及PDAC样本与邻近正常组织的比较
1150	2024-08-05	Single-cell Technologies Provide Novel Insights into Liver Physiology and Pathology 2024-Jan-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2 DOI:10.14218/JCTH.2023.00224 PMID:38250462	综述	本文全面总结了单细胞技术在肝脏生理和病理中的应用	创新点在于总结了多种单细胞技术，并探讨了其在肝脏疾病免疫治疗中的潜在应用	未具体提及研究样本的数量和种类	研究肝脏生理和病理机制，以实现肝脏疾病的精确个体化治疗	单细胞群体及其分子特征与肝脏疾病的相关性	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1151	2024-08-05	IRGM is a novel regulator of PD-L1 via promoting S6K1-mediated phosphorylation of YBX1 in hepatocellular carcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216495 PMID:37993085	研究论文	本研究揭示了IRGM在肝细胞癌中作为PD-L1新调节因子的作用	首次发现IRGM通过促进S6K1介导的YBX1磷酸化来调节PD-L1的表达	研究中对IRGM在其他类型癌症中的作用和机制缺乏探讨	探讨IRGM在肝细胞癌发展中的作用及其机制	肝细胞癌患者及其肿瘤细胞模型	数字病理学	肝癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱分析	NA	NA	NA
1152	2024-08-05	Immuno-genomic analysis reveals eosinophilic feature and favorable prognosis of female non-smoking esophageal squamous cell carcinomas 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216499 PMID:38013050	研究论文	本研究分析了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的免疫基因组特征及其预后。	首次揭示了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的年龄相关突变特征和特定的肿瘤免疫微环境。	对仅有20个非吸烟女性病例的分析样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。	明确非吸烟女性食管鳞状细胞癌的基因组和免疫特征。	分析了94例食管鳞状细胞癌患者的全基因组或转录组测序数据。	数字病理学	食管癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	94例食管鳞状细胞癌样本，其中包括20例非吸烟女性病例
1153	2024-08-05	Deciphering the tumor-suppressive role of PSMB9 in melanoma through multi-omics and single-cell transcriptome analyses 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216466 PMID:37944578	研究论文	通过多组学和单细胞转录组分析揭示PSMB9在黑色素瘤中的肿瘤抑制作用	确定了PSMB9作为潜在的黑色素瘤抑制因子，并建立了一个基于机器学习的IFN-g敏感性特征	仅关注了PSMB9的作用，未探讨其他可能影响肿瘤异质性的因素	揭示PSMB9在黑色素瘤免疫治疗中的作用和潜在的预后价值	黑色素瘤患者的组织样本以及两种SKCM细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA-seq，RNA-seq，机器学习	NA	组织样本，细胞系	10个探针特征的甲基化和表达队列，以及两个SKCM细胞系
1154	2024-08-05	Targeting TAM-secreted S100A9 effectively enhances the tumor-suppressive effect of metformin in treating lung adenocarcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216497 PMID:38008395	研究论文	本研究探讨了TAM分泌的S100A9在增强MET抑制肺腺癌中的作用	研究首次揭示了TAM在米非司酮作用中的关键作用和S100A9的影响机制	研究可能受到样本量和模型选择的限制	阐明米非司酮在肺腺癌中的作用机制	主要研究TAM和S100A9在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	10X Genomics单细胞测序，转录组测序，ChIP-Seq	细胞衍生异种移植模型（CDX），患者衍生异种移植模型（PDX）	基因组数据	涉及小鼠和患者样本
1155	2024-08-07	The spatial and single-cell analysis reveals remodeled immune microenvironment induced by synthetic oncolytic adenovirus treatment 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216485 PMID:38008394	研究论文	本研究通过空间转录组测序和单细胞RNA测序，揭示了合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的重组特征	首次通过合成溶瘤腺病毒治疗，观察到肿瘤微环境的重组，包括免疫细胞和间质细胞的状态转变，以及细胞间通讯的增强	研究主要集中在小鼠肝细胞癌模型和I期临床试验，需要进一步在更广泛的模型和临床试验中验证	探讨合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的细胞和分子特征	肝细胞癌及其微环境	数字病理学	肝癌	空间转录组测序和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和I期临床试验中的肝细胞癌患者
1156	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the role of mitochondrial dysfunction in the cardiogenic toxicity of perfluorooctane sulfonate in human embryonic stem cells 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115945 PMID:38183750	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了全氟辛烷磺酸（PFOS）对人类胚胎干细胞心肌分化的影响，并检测了细胞凋亡、线粒体膜电位和ATP水平。	首次通过单细胞RNA测序揭示了PFOS通过干扰线粒体功能影响心肌分化的具体机制。	研究仅限于体外实验，未来需进一步验证在体内的效果和机制。	探讨PFOS对人类胚胎干细胞心肌分化的毒性作用及其机制。	人类胚胎干细胞的心肌分化过程。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
1157	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis to evaluate antimony exposure effects on cell-lineage communications within the Drosophila testicular niche 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115948 PMID:38184976	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响	首次揭示了锑暴露通过表皮生长因子受体（EGFR）和WNT信号通路影响果蝇睾丸微环境中的细胞间通讯	NA	探究锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响机制	果蝇睾丸中的细胞系通讯	数字病理学	生殖健康	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1158	2024-08-07	SUV39H1 Ablation Enhances Long-term CAR T Function in Solid Tumors 2024-01-12, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1350 PMID:37934001	研究论文	本文研究了通过表观遗传学调控组蛋白3赖氨酸9三甲基化（H3K9me3）途径，增强基于41BB（BBz）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞在实体瘤中的长期功能	通过失活H3K9三甲基转移酶SUV39H1，增强了BBz-CAR T细胞的长期持久性，保护小鼠免受肿瘤复发和再挑战	NA	优化BBz-CAR T细胞的长期功能持久性，减少肿瘤复发	BBz-CAR T细胞在实体瘤中的长期功能	数字病理学	实体瘤	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质分析	NA	单细胞转录组数据，染色质开放数据	涉及小鼠模型中的肿瘤浸润CAR T细胞
1159	2024-08-07	An inappropriate decline in ribosome levels drives a diverse set of neurodevelopmental disorders 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.09.574708 PMID:38260472	研究论文	本文探讨了核糖体水平下降如何导致多种神经发育障碍，并发现了一种新的机制，即核糖体水平的改变与早期大脑发育中细胞命运指定的时间有关。	发现了核糖体水平变化与早期大脑发育中细胞命运指定时间之间的未被重视的机制，并提出了通过增强mTOR活性来改善与智力障碍相关的发育缺陷的治疗方法。	NA	揭示蛋白质合成缺陷相关的人类大脑发育障碍的细胞和分子起源。	核糖体生物发生因子的新等位变异及其在神经发育障碍中的作用。	神经科学	神经发育障碍	蛋白质组学分析，单细胞转录组分析，单个类器官的翻译组分析	NA	蛋白质组，转录组	多个发育阶段的人类大脑类器官
1160	2024-08-05	ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease 2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.02.573893 PMID:38260408	研究论文	本文探讨了ABCA7依赖的神经肽Y信号传导在阿尔茨海默病中维持突触完整性的重要性	通过CRISPR/Cas9基因编辑建立了一个与人类阿尔茨海默病风险基因同源的敲除模型，揭示了基因变异如何影响突触完整性	当前研究主要基于动物模型，临床应用及其在复杂人类环境中的适用性尚不明确	深入理解与阿尔茨海默病相关的遗传变异机制及其影响突触健康的作用	使用斑马鱼模型研究ABCA7基因的敲除对神经元和胶质细胞的影响	数字病理学	阿尔茨海默病	CRISPR/Cas9基因编辑	NA	单细胞转录组学	斑马鱼模型和临床人类数据的结合研究