单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 1101 - 1120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2024-08-07 |
A resource of single-cell gene expression profiles in a planarian Dugesia japonica
2024-Jan, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12893
PMID:37779230
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研究论文 | 本文收集了Dugesia japonica细胞并进行了单细胞RNA测序分析，通过一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，这些细胞可根据基因表达谱分为63种细胞类型 | 引入了一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，并展示了该数据集在功能相关基因表达分析中的应用 | NA | 研究Dugesia japonica中的干细胞和再生机制 | Dugesia japonica的单细胞基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 3,404个细胞 |
| 1102 | 2024-08-07 |
Intratumor APOL3 delineates a distinctive immunogenic ferroptosis subset with prognosis prediction in colorectal cancer
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16009
PMID:37986654
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研究论文 | 本研究探讨了APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3被发现促进免疫活性微环境，通过促进铁死亡、下调巨噬细胞和上调CD8+ T细胞浸润，作为独立预后因子和预测标志物 | NA | 研究APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3在结直肠癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录数据, 蛋白质表达 | 911个肿瘤微阵列样本, 412个转录数据样本, 30个单细胞RNA测序样本 |
| 1103 | 2024-08-07 |
Identification of target cells of human papillomavirus 18 using squamocolumnar junction organoids
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15988
PMID:37996972
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研究论文 | 本研究通过建立HPV18LCR-GFP载体并将其转导至患者来源的鳞状柱状交界处类器官，以识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | 本研究建立了一种新的实验模型，用于识别HPV18早期启动子活性的相关基因，这些分子可能作为HPV18感染宫颈病变的治疗靶点 | NA | 识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | HPV18感染的细胞及其复制机制 | NA | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | GFP阳性细胞和GFP阴性细胞 |
| 1104 | 2024-08-07 |
A novel iTreg-related signature for prognostic prediction in lung adenocarcinoma
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16015
PMID:38015097
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研究论文 | 本研究探讨了诱导性调节T细胞（iTregs）相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后价值和治疗效果 | 构建了一个基于七个iTreg相关基因的预后风险特征，用于预测肺腺癌患者的预后和化疗敏感性 | NA | 识别肺腺癌的新型预后生物标志物 | 肺腺癌患者及其iTreg相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和Tumor Immune Single-cell Hub 2数据库的LUAD患者 |
| 1105 | 2024-08-07 |
Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Jan-29, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxad043
PMID:37878760
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研究论文 | 本研究通过综合批量和单细胞RNA测序数据，识别与慢性阻塞性肺疾病（COPD）和代谢综合征（MetS）相关的免疫相关基因标志物 | 采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）揭示与COPD和MetS相关的共表达模块，并应用机器学习筛选和验证枢纽基因 | NA | 识别与COPD和MetS相关的共享免疫相关候选生物标志物 | COPD和MetS患者的免疫相关基因标志物 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序 | 机器学习 | RNA序列数据 | NA |
| 1106 | 2024-08-05 |
Inference of differentiation trajectories by transfer learning across biological processes
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.002
PMID:38128536
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研究论文 | 这篇文章研究了细胞分化轨迹的推断方法，使用迁移学习在不同生物过程中量化可预测性 | 提出了一种新的框架，通过迁移学习推断不同行为过程中的细胞分化，并展示了非线性方法的优越性 | 在成人造血过程中，预测结果与真实数据的一致性较低 | 量化和利用细胞分化轨迹的可预测性 | 早期胚胎发育和成人造血过程中的细胞分化 | 计算生物学 | NA | 迁移学习，自定义变分自编码器 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1107 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005
PMID:38198894
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry | Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释，结合了定性和定量的细胞类型识别 | NA | 探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化 | 多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞，包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1108 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11646-z
PMID:38233752
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研究论文 | 本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性 | 首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性 | NA | 识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物 | SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学 | NA | mRNA, 蛋白质 | 90例临床样本 |
| 1109 | 2024-08-05 |
Identification and exploration of aging-related subtypes and distinctive role of SERPINE1 in heart failure based on single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3631
PMID:38062883
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在心力衰竭中的生物学意义。 | 通过识别与衰老相关的心力衰竭特异性基因和开发新的诊断模型，揭示了SERPINE1在心力衰竭中的关键作用。 | 仅使用了小样本量的血液样本进行验证，对结果的普遍适用性有所限制。 | 探索心力衰竭与衰老之间的关系，寻找新的诊断生物标志物和治疗策略。 | 心力衰竭患者和正常对照的样本。 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 总共157个差异表达基因，10个正常对照和10个心力衰竭患者的血样本 |
| 1110 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-Jan, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 该研究探讨了乳头状甲状腺癌（PTC）转移机制，发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路 | 研究样本数量有限，仅分析了61个肿瘤样本 | 研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制 | 从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 61个肿瘤样本（31个有转移和30个无转移） |
| 1111 | 2024-08-05 |
Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads
2024-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300294
PMID:37818700
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研究论文 | 本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法 | 文章首次介绍了组合DNA条形码（CDB）测序的应用，结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量 | 文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性 | 研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法 | 研究对象为微切割的组织样本，包括小鼠脑组织样本 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA提取物 | 数十个微切割样本 |
| 1112 | 2024-08-05 |
Peroxisome proliferator-activated receptors signature reveal the head and neck squamous cell carcinoma energy metabolism phenotype and clinical outcome
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3605
PMID:37932968
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研究论文 | 本研究揭示了过氧化物酶体增殖物激活受体在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与能量代谢表型和临床结果的关系 | 研究发现PPAR相关基因在HNSC中的能量代谢和免疫功能的重要性，构建了高准确度的预后模型 | 研究可能受限于数据集的多样性以及样本量的大小 | 全面分析头颈部鳞状细胞癌中PPAR相关基因的功能和临床意义 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多种数据集，包括TCGA-HNSC等多个研究的样本 |
| 1113 | 2024-08-05 |
Cross-talk of pyroptosis-based subtypes, the development of a risk classifier and immune responses in cervical cancer
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3566
PMID:37469224
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研究论文 | 该文章探讨了基于炎性坏死的亚型、风险分类器的开发以及宫颈癌中的免疫响应 | 提出了一个基于52个与炎性坏死相关基因的风险分类器，并发现CDH3在宫颈癌中的作用 | 未提及具体限制，可能包括样本量或特定基因的局限性 | 评估宫颈癌的预后和免疫代谢状态 | 宫颈癌患者的不同亚型和相关基因 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序分析 | 风险分类模型 | 基因表达数据 | 结合了两个独立的宫颈癌队列，样本规模为501（259和242） |
| 1114 | 2024-08-07 |
COL3A1-positive endothelial cells influence LUAD prognosis and regulate LUAD carcinogenesis by NCL-PI3K-AKT axis
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3573
PMID:37547956
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研究论文 | 本文研究了COL3A1阳性内皮细胞对肺腺癌（LUAD）预后和致癌过程的影响，并探讨了NCL-PI3K-AKT轴的作用。 | 首次揭示了COL3A1阳性内皮细胞在LUAD发展中的重要作用，并识别了关键目标基因NCL及其通过PI3K-AKT途径影响细胞凋亡和增殖的机制。 | NA | 探讨COL3A1阳性内皮细胞对LUAD预后和致癌过程的影响，并研究NCL-PI3K-AKT轴的作用。 | 肺腺癌（LUAD）中的内皮细胞和恶性细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 16个LUAD样本 |
| 1115 | 2024-08-07 |
Cytotoxic T-lymphocytes in acute myeloid leukemia: Monitoring prognosis and guiding treatment choice
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3587
PMID:37697474
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研究论文 | 本研究强调了细胞毒性T淋巴细胞（CTL）在急性髓系白血病（AML）中的作用，并探讨了CTL的细胞遗传学标记在监测AML预后和临床治疗反应中的作用。 | 本研究建立了基于CTL细胞遗传学标记的随机森林回归模型，有助于AML的预后分层，并可能指导AML患者的治疗选择。 | NA | 研究CTL在急性髓系白血病中的作用及其在监测预后和指导治疗选择中的应用。 | 急性髓系白血病（AML）患者的细胞毒性T淋巴细胞（CTL）及其细胞遗传学标记。 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 单细胞RNA测序数据 | GSE116256数据集中包含的AML细胞类型 |
| 1116 | 2024-08-07 |
Machine learning reveals PANoptosis as a potential reporter and prognostic revealer of tumour microenvironment in lung adenocarcinoma
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3599
PMID:37800684
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研究论文 | 本研究通过整合多种细胞死亡模式构建PANoptosis基因集，并利用单细胞RNA测序数据分析其在肺腺癌中的作用 | 首次将PANoptosis作为肿瘤微环境的潜在报告和预后标志物进行研究 | 研究样本量较小，需要进一步在大规模样本中验证 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境和免疫调控的关系 | 肺腺癌及其相关的PANoptosis基因集 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 11个肺腺癌样本 |
| 1117 | 2024-08-07 |
Immune infiltration and clinical significance analyses of the cancer-associated fibroblast-related signature in skin cutaneous melanoma
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3614
PMID:37847069
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研究论文 | 本研究旨在建立与皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，以提供新的视角来指示SKCM患者的预后和指导治疗方案 | 构建了一个包含10个基因的CAF相关模型，该模型能够预测患者的生存预后、肿瘤免疫景观及对化疗/免疫治疗的反应 | NA | 建立CAF相关特征以指示SKCM患者的预后和指导治疗方案 | 皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的CAF相关基因和治疗反应 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞转录组分析 | 基因共表达分析 | 基因表达数据 | TCGA-SKCM队列中的SKCM样本 |
| 1118 | 2024-08-07 |
Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context
2024-Jan, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350464
PMID:37943053
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综述 | 本文综述了在动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能特化，探讨了其在疾病发展中的多样性来源和作用 | 强调了巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其表型和功能的影响 | 主要集中在综述现有研究，未涉及具体实验数据或新发现 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其的影响 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1119 | 2024-08-07 |
Exploring the mechanism underlying the therapeutic effects of butein in colorectal cancer using network pharmacology and single-cell RNA sequencing data
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3628
PMID:37963584
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探索了白藜芦醇在结直肠癌中的治疗机制，并识别了潜在的生物标志物。 | 本研究结合网络药理学和单细胞分析，揭示了白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制，并发现UBE2C作为一个有前景的生物标志物。 | NA | 揭示白藜芦醇在结直肠癌中的精确作用机制，并识别潜在的生物标志物。 | 白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制及潜在生物标志物。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 232个白藜芦醇的目标基因，520个疾病相关基因，727个疾病-药物-基因网络中的目标，56个关键基因。 |
| 1120 | 2024-08-07 |
Prognosis and therapy in thyroid cancer by gene signatures related to natural killer cells
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3657
PMID:38282150
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后和治疗 | 首次利用自然杀伤细胞相关的基因KLF2、OSTF1和TAPBP构建了甲状腺癌的新型预后风险特征 | NA | 开发与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后 | 甲状腺癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO Cox分析 | RNA测序数据 | 7个甲状腺癌样本和502名甲状腺癌患者 |