单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2024-08-07	Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes 2024-01-03, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03220-6 PMID:38173036	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析，以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性，并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。	研究样本量较小，批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本，单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。	旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。	非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。	数字病理学	腰痛	RNA测序	NA	RNA	批量RNA测序：4个非退化样本，4个退化样本；单细胞RNA测序：1个非退化样本，1个退化样本。
1082	2024-08-04	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	该研究揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	通过单细胞转录组分析，发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，特别是具有中间表型的促炎巨噬细胞样平滑肌细胞	该研究对个别平滑肌细胞表型及其分子动态的贡献仍然缺乏深入的剖析	探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化进展中的作用及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞组成及其功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序、RNA测序	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
1083	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
1084	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本
1085	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
1086	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
1087	2024-08-04	Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927 PMID:38154234	研究论文	研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义	首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性	未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据	评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力	膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片	IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照
1088	2024-08-07	ABHD5-CPT1B: An Important Way of Regulating Placental Lipid Metabolism in Gestational Diabetes Mellitus 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102925 PMID:38042031	研究论文	本研究探讨了妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的调控机制，特别是ABHD5-CPT1B的作用	首次揭示了ABHD5-CPT1B在妊娠期糖尿病胎盘脂质代谢中的重要调控作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	探究妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的分子机制	妊娠期糖尿病患者的胎盘和正常孕妇的胎盘	NA	妊娠期糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名妊娠期糖尿病患者和15名正常孕妇
1089	2024-08-07	Leveraging baseline transcriptional features and information from single-cell data to power the prediction of influenza vaccine response 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1243586 PMID:38384303	研究论文	本研究利用基因表达数据和单细胞数据，探索构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	本研究采用了组合建模策略，并利用单细胞水平的信息来优化流感疫苗反应预测模型	NA	探索利用基因表达数据和单细胞数据构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	流感疫苗反应预测模型的构建	生物信息学	流感	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用来自Immune Signatures Data Resource (IS2)的基因表达和免疫反应数据，具体样本数量未提及
1090	2024-08-07	Comprehensive analysis of genetic associations and single-cell expression profiles reveals potential links between migraine and multiple diseases: a phenome-wide association study 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1301208 PMID:38385040	研究论文	本研究通过综合分析遗传关联和单细胞表达谱，揭示了偏头痛与其他多种疾病之间的潜在联系	首次通过单细胞RNA测序和PheWAS研究，揭示了偏头痛与多种疾病之间的多效性关系及其生物学基础	NA	探究偏头痛与其他复杂疾病之间的遗传和生物学联系	偏头痛及其与416种表型的关联	遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序, qPCR	NA	基因表达数据	73个偏头痛易感基因在不同脑细胞类型中的表达
1091	2024-08-07	Unraveling T cell exhaustion in the immune microenvironment of osteosarcoma via single-cell RNA transcriptome 2024-Jan-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03585-2 PMID:38280005	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了骨肉瘤中的T细胞耗竭现象，并构建了预测模型以评估其对患者预后的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了骨肉瘤中T细胞耗竭的分子特征及其在肿瘤免疫微环境中的作用	NA	探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫微环境中的作用及其对疾病进展的影响	骨肉瘤中的T细胞耗竭现象及其相关基因表达	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
1092	2024-08-04	Joint L2,p-norm and random walk graph constrained PCA for single-cell RNA-seq data 2024 Jan-Mar, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2188106 PMID:36912759	研究论文	本文提出了一种称为RWPPCA的新方法用于改善单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	RWPPCA结合了随机游走算法和图正则化，以更精确地确定数据点之间的局部几何关系，并引入-Lp范数使主成分更稀疏，提升了解释性	传统PCA在挖掘数据的非线性流形结构时存在缺陷，可能会受主成分过密的影响	提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别的有效性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维数据	模拟数据和单细胞RNA测序数据的多个样本
1093	2024-08-04	Multi-omics and single-cell sequencing analyses reveal the potential significance of circadian pathways in cancer therapy 2024 Jan-Feb, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2023.2296668 PMID:38288973	研究论文	该研究探讨了生物钟通路在癌症治疗中的潜在重要性	首次全面分析了癌症中的生物钟相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	该研究仅使用了TCGA数据库的数据，可能无法涵盖所有相关表型和样本	探索生物钟相关基因在泛癌症中的影响	研究多个不同类型肿瘤中的生物钟相关基因表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	肿瘤	单细胞测序, 免疫组织化学	NA	基因组数据	使用TCGA数据库的多种癌症相关数据，包括多个肿瘤类型的样本
1094	2024-08-04	Association of peripheral B cells and delirium: combined single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1343726 PMID:38379709	研究论文	本研究探讨了外周B细胞与谵妄的关联，分析了炎症压力下的免疫细胞亚群变化。	首次结合单细胞测序和孟德尔随机化法来探究外周免疫细胞与谵妄的因果关系	本研究的结果可能受到样本量和遗传数据的限制	研究外周免疫细胞亚群在炎症应激情况下的变化及其与谵妄的因果关联	人类外周血单核细胞(PBMC)及其亚群	数字病理学	谵妄	单细胞转录组测序	NA	基因型数据、单细胞转录组数据	70个与PBMC相关的免疫性状
1095	2024-08-04	Selective inhibition of DNA ligase IV provides additional efficacy to the treatment of anaplastic thyroid cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1323313 PMID:38380364	研究论文	本研究探讨了选择性抑制DNA连接酶IV对治疗未分化甲状腺癌的额外疗效	本研究首次显示了DNA连接酶IV抑制剂与DNA损伤剂联合应用对未分化甲状腺癌的治疗潜力	样本量和模型的应用限制了研究结果的广泛适用性	探讨选择性抑制DNA连接酶IV对未分化甲状腺癌治疗的影响	未分化甲状腺癌细胞系（C643和Hth74）及甲状腺癌不同亚型患者的单细胞转录组数据	数字病理学	未分化甲状腺癌	单细胞RNA测序，DNA损伤响应监测	NA	RNA测序数据，细胞培养实验结果	多个不同亚型甲状腺癌患者的单细胞数据，使用小鼠异种移植模型进行实验
1096	2024-08-07	Distinct Transcriptional Profiles in the Different Phenotypes of Neurofibroma from the Same Subject with Neurofibromatosis 1 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.03.1688 PMID:37301319	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，探讨了同一患者中皮肤神经纤维瘤（cNF）和丛状神经纤维瘤（pNF）的转录特征和微环境差异	首次揭示了同一患者中cNF和pNF具有不同的转录特征，pNF中富含具有恶性特征的施万细胞和癌症相关成纤维细胞样表型的成纤维细胞，而cNF中富含带有组织驻留标记的CD8 T细胞	研究样本数量有限，仅包括来自不同患者的六例cNF和五例pNF	探讨神经纤维瘤病1中不同表型的转录特征和微环境差异	皮肤神经纤维瘤（cNF）和丛状神经纤维瘤（pNF）的细胞类型和转录特征	数字病理学	神经纤维瘤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六例cNF和五例pNF样本
1097	2024-08-07	ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005 PMID:37543242	研究论文	本研究探讨了ΔNp63在成年表皮中的作用，发现其缺失会导致角质形成细胞增殖和自我维持受损，并触发类似银屑病的炎症反应	首次揭示了ΔNp63在成年表皮中调控稳态、干细胞特性及抑制炎症的关键作用	研究主要集中在ΔNp63的急性遗传消融对成年表皮的影响，未涉及长期或慢性消融的效应	探究ΔNp63在成年表皮中的功能及其对表皮稳态、干细胞特性和炎症抑制的调控机制	ΔNp63在成年表皮中的作用及其对角质形成细胞增殖、自我维持和炎症反应的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1098	2024-08-04	A comprehensive pan-cancer analysis of prognostic value and potential clinical implications of FTH1 in cancer immunotherapy 2024-Jan-28, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03625-x PMID:38281198	研究论文	本文系统探讨了FTH1在癌症免疫疗法中的预后意义和免疫角色	本研究揭示了FTH1在肿瘤免疫微环境中的重要作用及其与免疫疗法抵抗之间的关联	本文未明确评估不同类型肿瘤对FTH1表达的影响及其潜在机制	探讨FTH1在多种癌症免疫治疗中的预后价值和临床潜力	探究FTH1作为各种实体癌免疫治疗靶点的潜力	数字病理学	NA	单细胞测序分析和多重免疫荧光染色技术	NA	NA	NA
1099	2024-08-04	Integrating bulk-RNA sequencing and single-cell sequencing analyses to characterize adenosine-enriched tumor microenvironment landscape and develop an adenosine-related prognostic signature predicting immunotherapy in lung adenocarcinoma 2024-Jan-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01281-z PMID:38265702	研究论文	该文章探讨了腺苷信号在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学作用，并开发了与腺苷相关的预后特征。	文章创新点在于量化腺苷信号，并建立了腺苷相关的预后特征，预测免疫治疗的有效性。	数据分析主要集中在腺苷信号与免疫微环境的关系，可能未涵盖其他重要的生物标志物。	探讨腺苷信号在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其在免疫治疗中的预后价值。	研究对象为肺腺癌样本中的腺苷信号和肿瘤免疫微环境。	数字病理学	肺癌	bulk-RNA测序和单细胞测序	NA	样本数据	LUAD样本的具体样本数量未提及
1100	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptional heterogeneity of Tbx18-positive cardiac cells during heart development 2024-Jan-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01290-6 PMID:38265516	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了Tbx18阳性心脏细胞在心脏发育过程中的转录异质性	首次全面揭示了Tbx18阳性心脏细胞在发育过程中的转录景观和细胞异质性	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	探索Tbx18阳性心脏细胞在心脏发育过程中的异质性和转录景观	Tbx18阳性心脏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了已发表的小鼠心脏单细胞RNA测序数据