单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2024-08-07	Integrative genomic analyses reveal putative cell type-specific targets of the Drosophila ets transcription factor Pointed 2024-Jan-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10017-7 PMID:38262913	研究论文	本研究通过整合全基因组单细胞和批量数据，识别了果蝇Ets转录因子Pointed的细胞类型特异性潜在靶点	首次通过结合染色质免疫沉淀与高通量测序（ChIP-seq）和单细胞基因组学数据（scRNA-seq和snATAC-seq），揭示了157个潜在的细胞类型特异性Pointed靶点及其功能增强子	NA	识别果蝇Ets转录因子Pointed的细胞类型特异性潜在靶点，以深入理解由表皮生长因子受体（Egfr）信号调控的复杂发育过程	果蝇Ets转录因子Pointed及其在眼盘发育中的作用	基因组学	NA	ChIP-seq, scRNA-seq, snATAC-seq	NA	基因组数据	6,941个基因
1062	2024-08-05	Nephron progenitors rhythmically alternate between renewal and differentiation phases that synchronize with kidney branching morphogenesis 2024-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.21.568157 PMID:38045273	research paper	该文章研究了肾单位祖细胞在肾脏分支形态发生过程中的自我更新和分化之间的节律性交替	创新点在于揭示了肾单位祖细胞的分化与更新之间的节律性模式以及与分支生长的同步关系	局限性在于研究主要基于小鼠模型，可能与人类有差异	研究肾单位祖细胞在肾脏发育中的动态变化与分支形态发生的关系	肾单位祖细胞及其在肾脏发育过程中的角色	数字病理	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	使用小鼠和人类干细胞来源的肾单位祖细胞类器官进行实验
1063	2024-08-07	FGL2 promotes tumour growth and attenuates infiltration of activated immune cells in melanoma and ovarian cancer models 2024-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-51217-1 PMID:38191799	研究论文	本文研究了FGL2蛋白在黑色素瘤和卵巢癌模型中的作用，发现FGL2抑制免疫细胞的浸润并促进肿瘤生长	首次证明了FGL2缺失能增强肿瘤微环境中自然杀伤细胞的活性，并延长生存期	研究仅限于两种小鼠癌症模型，未来需在更多癌症类型中验证FGL2的作用	探讨FGL2在肿瘤微环境中的作用及其作为癌症治疗靶点的潜力	FGL2蛋白在黑色素瘤和卵巢癌中的作用	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	RNA	使用了Fgl2敲除小鼠进行实验
1064	2024-08-05	Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-230861 PMID:38217599	综述	本文概述了单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病中的应用	强调了单细胞测序技术在研究阿尔茨海默病复杂性方面的独特优势	没有详细探讨具体应用案例和实证数据	审视单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用前景	单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病中的应用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	NA	NA
1065	2024-08-05	Single-cell sequencing of head and neck carcinoma: Transcriptional landscape and prognostic model based on malignant epithelial cell features 2024-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202301287RR PMID:38085162	研究论文	本研究通过单细胞测序分析头颈部鳞状细胞癌的转录组特征及预后模型	首次揭示头颈部鳞状细胞癌中恶性上皮细胞特征与肿瘤微环境的相互作用，并开发了一种基于六个基因的预后模型	研究样本量较小，仅涉及七名患者及其相邻正常组织，可能影响结果的普适性	深入理解头颈部鳞状细胞癌肿瘤细胞及其微环境，以改善预后预测	七名头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及一份相邻正常组织	数字病理学	头颈癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	七名头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织及一份相邻正常组织
1066	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of epithelial cell and fibroblast cells from non- to metastatic lymph node OTSCC 2024-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202301724R PMID:38169064	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从非转移性到转移性淋巴结的口腔舌鳞状细胞癌（OTSCC）中的上皮细胞和成纤维细胞的异质性	发现了四种不同亚型的癌症相关成纤维细胞（CAFs），并确认了GAS和PTN通路在肿瘤转移进展中的作用	NA	旨在全面分析癌症相关成纤维细胞和上皮肿瘤细胞亚群在淋巴结转移性OTSCC中的作用	口腔舌鳞状细胞癌（OTSCC）中的上皮细胞和成纤维细胞	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1067	2024-08-05	Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution 2024-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45143-z PMID:38296945	research paper	本研究构建了来自186,120个细胞的人类子宫肌层老化细胞图谱	首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示年龄对人类子宫肌层的影响	研究仅限于20名围绝经期和绝经后女性的样本	研究衰老对人类子宫肌层功能的影响及其对妊娠和分娩的潜在影响	针对围绝经期和绝经后女性的人类子宫肌层细胞进行分析	NA	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	细胞	20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞
1068	2024-08-07	A cell atlas of the larval Aedes aegypti ventral nerve cord 2024-Jan-31, Neural development IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s13064-023-00178-8 PMID:38297398	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，全面展示了埃及伊蚊幼虫腹神经索（VNC）的细胞组成	首次详细描述了埃及伊蚊幼虫VNC中的35种以上细胞类型，并探讨了单胺能和肽能神经元的多样性	NA	深入理解影响蚊子宿主寻找行为和病原体传播的发育事件	埃及伊蚊幼虫的腹神经索（VNC）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过35种VNC细胞类型
1069	2024-08-05	scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad523 PMID:38300515	研究论文	本文提出了一种名为scMMT的监督学习方法，旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型的注释和蛋白质预测的准确性	创新点在于开发了一种新的特征提取技术和多任务学习框架，以增强对免疫细胞的识别并减少标签噪声的影响	文章未提及具体的样本数量限制或数据集局限性	研究旨在提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释精度	研究对象为单细胞RNA测序数据中的细胞类型和蛋白质表达	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多任务学习框架	公共数据集	NA
1070	2024-08-07	NADase CD38 is a key determinant of ovarian aging 2024-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00532-9 PMID:38129670	研究论文	本文通过分析年轻和中老年小鼠不同器官的转录组景观，揭示了卵巢早衰的机制，特别是NADase CD38表达增加和NAD水平下降对卵巢衰老的影响。	首次揭示了CD38在卵巢早衰中的关键作用，并提供了通过抑制CD38来改善中老年雌性小鼠生育能力的潜在治疗方法。	NA	探讨卵巢早衰的机制并寻找潜在的治疗方法。	小鼠的卵巢和其他器官。	NA	卵巢早衰	RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠的多个器官
1071	2024-08-07	Network Activity Evaluation Reveals Significant Gene Regulatory Architectures during SARS-CoV-2 Viral Infection from Dynamic scRNA-seq Data 2024-Jan-31, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3360529 PMID:38294926	研究论文	本文提出了一种名为scNAE的单细胞网络活性评估框架，用于评估基因调控网络（GRN）与基因表达谱的一致性，特别是在SARS-CoV-2病毒感染期间的动态scRNA-seq数据	scNAE框架通过构建带有正则化惩罚项的损失函数和快速收敛的交替方向乘子法，有效解决了GRN推断问题，并能通过排列统计测试程序得出经验P值	NA	揭示SARS-CoV-2病毒感染期间的基因活动，特别是在分子水平上的基因调控网络活性	SARS-CoV-2病毒感染期间的单细胞基因表达数据	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ODE模型	基因表达数据	NA
1072	2024-08-07	Multi-omics analysis reveals NNMT as a master metabolic regulator of metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jan-30, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00509-w PMID:38291241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和代谢组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中代谢重编程的关键调控因子NNMT	首次发现NNMT在ESCC淋巴结转移中的重要作用，并揭示了其通过影响表观遗传修饰调控细胞代谢的机制	NA	探索食管鳞状细胞癌淋巴结转移中的代谢变化及其调控机制	食管鳞状细胞癌及其淋巴结转移	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学	NA	RNA、代谢物	ESCC肿瘤组织和淋巴结样本
1073	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of epithelial, immune, and stromal signatures and interactions in human ovarian cancer 2024-01-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05826-1 PMID:38278958	研究论文	本文通过分析来自84名卵巢癌患者的超过50万个单细胞转录组数据，研究了卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用	发现了具有功能变异的上皮细胞临床亚型特征，以及在IC2阶段显著增加的特定T细胞亚型和具有肿瘤进展相关功能的癌症相关成纤维细胞	NA	深入理解卵巢癌进展，并为更好的诊断和治疗开发提供依据	卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	84名卵巢癌患者
1074	2024-08-07	A single-cell atlas of conventional central chondrosarcoma reveals the role of endoplasmic reticulum stress in malignant transformation 2024-01-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05790-w PMID:38267611	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了11个原发性软骨肿瘤及对照组，构建了传统中央型软骨肉瘤的单细胞图谱，揭示了内质网应激在恶性转化中的作用	首次通过单细胞图谱揭示了内质网应激在传统中央型软骨肉瘤恶性转化中的作用，并发现NF-κB通路减轻了内质网应激诱导的凋亡	研究样本量较小，且仅限于传统中央型软骨肉瘤，可能限制了结果的普遍性	探讨软骨肉瘤恶性转化的机制，寻找潜在的诊断标志物和治疗策略	传统中央型软骨肉瘤及其恶性转化过程	数字病理学	软骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	11个原发性软骨肿瘤及对照组
1075	2024-08-07	Single-cell profiling of the microenvironment in human bone metastatic renal cell carcinoma 2024-01-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05772-y PMID:38216635	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了人类骨转移性肾细胞癌的微环境，包括6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌的细胞转录组，以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本的数据，以探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点。	本研究首次系统地描述了骨转移性肾细胞癌微环境中主要细胞系的分子特性和动态变化，揭示了免疫抑制T细胞的主导作用及其在治疗后的部分恢复，以及骨转移性肿瘤中免疫抑制CD47 T细胞的浸润现象。	NA	探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点和微环境特性。	骨转移性肾细胞癌的微环境和细胞转录组。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌样本，以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本
1076	2024-08-05	C/EBPβ-induced lymphoid-to-myeloid transdifferentiation emulates granulocyte-monocyte progenitor biology 2024-01-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.011 PMID:38157851	研究论文	C/EBPβ诱导小鼠B细胞转分化为粒单核细胞前体样细胞	提出了一种新型的粒单核细胞前体培养系统，用于研究GMP生物学和谱系承诺	研究中对IRF8和C/EBPβ的缺失效果分析可能受到特定条件的限制	探索C/EBPβ在调控B细胞转分化过程中的作用	主要研究转分化的鼠源B细胞及其生成的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞样本	使用了初级v-Abl不朽化小鼠B细胞
1077	2024-08-07	The emergence of human gastrulation upon in vitro attachment 2024-01-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.005 PMID:38101401	研究论文	本文研究了体外培养的人类胚胎如何通过自我组织形成原始条纹和间充质衍生物，并揭示了人类原肠胚形成的过程	首次展示了人类胚胎在体外培养条件下通过自我组织进行原肠胚形成的能力，并使用单细胞RNA测序技术验证了其转录组特征	研究受限于伦理考虑和胎儿生物材料的稀缺性	探讨人类原肠胚形成的过程及其在体外培养条件下的表现	人类胚胎及干细胞衍生的胚胎模型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
1078	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analyses of tumor microenvironment and molecular reprograming landscape of metastatic laryngeal squamous cell carcinoma 2024-01-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05765-x PMID:38191598	研究论文	本研究分析了喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境及其分子重编程特征	本研究首次提供了喉鳞状细胞癌独特的肿瘤微环境的全面图谱	样本数量和特征可能影响结果的普遍适用性	旨在深入了解喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境	收集的喉鳞状细胞癌患者样本，包括有和没有淋巴转移的样本	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	NA	化验样本	收集的样本来自喉鳞状细胞癌患者，具体数量未说明
1079	2024-08-05	STEM enables mapping of single-cell and spatial transcriptomics data with transfer learning 2024-01-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05640-1 PMID:38184694	研究论文	本文提出了一种名为STEM的方法，用于将单细胞RNA测序和空间转录组数据整合。	STEM使用深度迁移学习将ST和SC数据编码到统一的空间感知嵌入空间，揭示了单细胞水平的转录组特征。	目前的方法依赖于现有的高通量技术，尚未在单细胞分辨率上完全实现。	研究如何结合空间转录组和单细胞RNA测序数据，以揭示组织的转录组景观。	人类鳞状细胞癌和肝小叶数据集中的细胞类型及其基因表达变化。	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	转录组数据	NA
1080	2024-08-07	Characterizing immune variation and diagnostic indicators of preeclampsia by single-cell RNA sequencing and machine learning 2024-01-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05669-2 PMID:38182876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，分析了先兆子痫中循环免疫细胞的变化及其在诊断中的潜在价值	首次揭示了先兆子痫中淋巴细胞亚群的免疫反应下调，如自然杀伤细胞和细胞毒性基因表达的减少，以及调节性T细胞的扩增	NA	探讨先兆子痫中循环免疫细胞的转录组变化及其在病理生理中的作用	先兆子痫中的循环免疫细胞	数字病理学	妊娠并发症	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	NA