单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2024-08-04	Transcriptomics and Spatial Proteomics for Discovery and Validation of Missing Proteins in the Human Ovary 2024-01-05, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.3c00545 PMID:38085962	研究论文	该研究通过转录组学和空间蛋白组学发现并验证了人类卵巢中缺失的蛋白质	首次识别并验证了14种在人类卵巢中缺失的蛋白质，提供了新的研究方向	样本数量有限，仅包含7到32岁之间的卵巢皮层样本	探索人类卵巢中缺失蛋白质的功能和角色	卵巢皮层中的卵母细胞和颗粒细胞	数字病理学	NA	RNA-seq，高分辨率抗体基于蛋白质分析，单细胞转录组学	NA	转录组数据	四个新RNA-seq样本
1062	2024-08-04	Research progress and application of single-cell sequencing in head and neck malignant tumors 2024-01, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-023-00691-2 PMID:37968342	研究论文	本文系统介绍了单细胞测序在头颈部恶性肿瘤中的最新进展和应用	本文提出了单细胞测序在研究头颈部恶性肿瘤发病机制中的应用，提供了新视角	由于篇幅限制，可能未能详细覆盖所有相关研究进展	探讨单细胞测序在头颈部恶性肿瘤临床诊断和治疗中的应用	头颈部恶性肿瘤的单细胞基因组和转录组	数字病理学	头颈部恶性肿瘤	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	数千个细胞
1063	2024-08-07	CILP is a potential pan-cancer marker: combined silico study and in vitro analyses 2024-01, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-023-00688-x PMID:37968343	研究论文	本研究主要探讨了CILP在肿瘤发生发展中的作用及其作为潜在泛癌标志物的可能性	首次系统研究了CILP在多种肿瘤中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响，并通过细胞实验验证了CILP的功能	研究主要基于公共数据库和细胞系实验，未来需要更多临床样本验证CILP的泛癌标志物作用	探索CILP在肿瘤中的作用及其作为泛癌标志物的潜力	CILP在不同肿瘤类型中的表达及其对肿瘤发生和患者生存预后的影响	NA	肿瘤	RNA测序	NA	单细胞数据	使用了来自UCSC Xena的泛癌数据和GSE152938的单细胞数据，以及人肾细胞癌ACHN和786-O细胞系进行实验验证
1064	2024-08-05	Single-cell and spatial profiling identify three response trajectories to pembrolizumab and radiation therapy in triple negative breast cancer 2024-01-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.012 PMID:38194915	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间蛋白组学分析三阴性乳腺癌对pembrolizumab和放疗的反应轨迹	首次识别了三阴性乳腺癌患者对pembrolizumab和联合放疗的三种不同反应轨迹	该研究的样本主要集中于三阴性乳腺癌，可能不适用于其他类型的癌症	旨在改善对接受单一免疫疗法或需要额外治疗的患者的识别	三阴性乳腺癌活检样本，比较治疗前后的免疫微环境	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞转录组学和空间蛋白组学	小鼠模型	生物样本	NA
1065	2024-08-07	Neoadjuvant radioimmunotherapy synergy in triple-negative breast cancer: Is microenvironment-guided patient selection on the horizon? 2024-01-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.009 PMID:38194911	研究论文	研究探讨了新辅助化疗联合免疫治疗在三阴性乳腺癌中的应用，并通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析揭示了放疗与pembrolizumab之间的协同作用。	通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析，揭示了放疗与pembrolizumab在三阴性乳腺癌中的协同作用。	NA	研究新辅助化疗联合免疫治疗在三阴性乳腺癌中的效果及潜在的协同机制。	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1066	2024-08-07	Quantifying and correcting bias in transcriptional parameter inference from single-cell data 2024-01-02, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2023.10.021 PMID:37885177	研究论文	本文开发了一种理论，用于解释在使用标准电报模型从单细胞数据推断参数时估计偏差的大小和符号	本文发现了特定偏差特征，这些特征取决于外在噪声的来源（即哪个参数在细胞间变化最大）和转录活性模式	本文假设没有外在噪声，即参数在细胞间不变化，因此估计的参数应理解为近似群体中的平均值	量化并修正从单细胞数据推断转录参数时的偏差	单细胞数据中的mRNA计数分布和转录参数	分子生物学	NA	单分子荧光原位杂交，单细胞RNA测序	两状态电报模型	单细胞数据	NA
1067	2024-08-07	Combined BRAF, MEK, and heat-shock protein 90 inhibition in advanced BRAF V600-mutant melanoma 2024-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35029 PMID:37776537	研究论文	本研究探讨了在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK抑制剂及热休克蛋白90（HSP90）抑制剂的效果。	本研究首次尝试在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂，并评估了其疗效和安全性。	联合治疗显示出显著的毒性，需要频繁减少剂量，这可能导致了相对较低的无进展生存期，尽管肿瘤反应率较高。	评估在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂的疗效和安全性。	晚期BRAF V600突变型黑色素瘤患者。	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	25名患者
1068	2024-08-07	Corrigendum: Dissecting the single-cell transcriptome network of immune environment underlying cervical premalignant lesion, cervical cancer and metastatic lymph nodes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1386072 PMID:38464538	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1069	2024-08-07	Targeting tumor-stromal interactions in triple-negative breast cancer using a human vascularized micro-tumor model 2024-01-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-023-01760-y PMID:38183074	研究论文	本研究利用人血管化微肿瘤模型，探索三阴性乳腺癌中肿瘤-基质相互作用的分子基础及潜在治疗靶点	采用先进的体外微生理系统——血管化微肿瘤模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了正常乳腺组织基质细胞在三阴性乳腺癌微环境中的促癌信号通路	NA	研究三阴性乳腺癌中肿瘤-基质相互作用的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	三阴性乳腺癌中的肿瘤-基质相互作用及其治疗靶点	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	血管化微肿瘤模型	RNA	NA
1070	2024-08-04	Tumor-associated macrophages promoting PD-L1 expression in infiltrating B cells through the CXCL12/CXCR4 axis in human hepatocellular carcinoma 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:38455420	研究论文	该研究探讨了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞通过CXCL12/CXCR4轴促进浸润B细胞PD-L1表达的机制	发现了一种新型的调节性B细胞PD-L1 Bregs，揭示了它们与CXCL12 TAMs之间的相互作用以及其在肝细胞癌中的作用	该研究的局限性可能在于基于单细胞RNA-seq数据的分析，这可能不能完全代表肿瘤微环境的复杂性	研究肝细胞癌中细胞间通信的机制	调节性B细胞、肿瘤相关巨噬细胞及其在肝细胞癌中的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA-seq、免疫组化	小鼠模型	RNA序列数据	使用了小鼠模型进行实验验证，具体样本数量未提供
1071	2024-08-07	Single-cell analysis reveals one cancer-associated fibroblasts subtype linked to metastasis in breast cancer: MXRA5 as a potential novel marker for prognosis 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:38455411	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了乳腺癌中与转移相关的特定癌症相关成纤维细胞亚型FN1+CAF2，并鉴定了MXRA5作为潜在的新型预后标志物。	首次识别出与乳腺癌转移相关的特定癌症相关成纤维细胞亚型FN1+CAF2，并发现MXRA5可能作为新的标志物参与乳腺癌转移的调控。	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需要更多的实验验证MXRA5在乳腺癌转移中的具体作用机制。	揭示乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在转移中的作用，寻找新的预后标志物。	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其亚型，以及它们与乳腺癌转移的关系。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个乳腺癌患者的组织样本
1072	2024-08-07	Soluble TREM2 triggers microglial dysfunction in neuromyelitis optica spectrum disorders 2024-01-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad321 PMID:37740498	研究论文	研究探讨了可溶性触发受体表达于髓样细胞2（sTREM2）在神经脊髓炎视谱系疾病（NMOSD）中的病理生理作用及其作为生物标志物的潜力	通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了sTREM2与NMOSD风险之间的遗传关联，并阐明了sTREM2介导的微胶质细胞功能障碍的分子机制	NA	阐明sTREM2在NMOSD中的病理生理作用及其作为治疗靶点的潜力	sTREM2在NMOSD患者中的表达及其对微胶质细胞功能的影响	神经科学	神经脊髓炎视谱系疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类巨噬细胞/微胶质样细胞样本
1073	2024-08-07	Characterizing hedgehog pathway features in senescence associated osteoarthritis through Integrative multi-omics and machine learning analysis 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1255455 PMID:38444758	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习分析，探讨了Hedgehog信号通路在衰老相关骨关节炎中的特征	首次结合Bulk RNA-seq和scRNA-seq技术，识别并验证了与骨关节炎相关的Hedgehog信号通路中的关键基因	NA	旨在阐明Hedgehog信号通路在骨关节炎发病机制中的作用	骨关节炎中的Hedgehog信号通路及相关基因	机器学习	骨关节炎	RNA-seq, scRNA-seq, Real-time PCR	机器学习算法	基因表达数据	涉及八个Bulk RNA-seq数据集和一个scRNA-seq数据集
1074	2024-08-04	A novel variable neighborhood search approach for cell clustering for spatial transcriptomics 2024, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.109 PMID:38440167	研究论文	本文提出了一种新的基于可变邻域搜索的细胞聚类方法，结合基因表达和空间坐标进行细胞聚类	引入了基于可变邻域搜索的模型，超越了传统细胞类型聚类，能够在空间域中进行聚类	NA	研究细胞聚类的方法，特别是在空间转录组学领域	细胞聚类，基于基因表达和空间坐标的信息	数字病理学	NA	可变邻域搜索	NA	基因表达矩阵和空间坐标	NA
1075	2024-08-04	Molecular classification of small cell lung cancer subtypes: Characteristics, prognostic factors, and clinical translation 2024-Jan-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002693 PMID:37660289	综述	本文回顾并总结了小细胞肺癌的分子分类特征、预后因素和临床应用。	研究了基于小细胞肺癌的关键转录因子的新兴分子分类，为肿瘤的病理生理学、转移、免疫微环境及获得性治疗抵抗提供了更多信息	NA	探讨小细胞肺癌的分子分类及其临床转化	小细胞肺癌的不同亚型及其特征	数字病理学	肺癌	单细胞测序分析	NA	NA	NA
1076	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal different maturation stages and sublineage commitment of human thymic invariant natural killer T cells 2024-01-19, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad113 PMID:37742056	研究论文	本研究揭示了人类胸腺不变自然杀伤T细胞不同的成熟阶段和亚谱系承诺	首次定义了人类不变自然杀伤T细胞在胸腺发育过程中的成熟阶段，并评估了亚谱系承诺	研究仅限于从胸腺中提取的细胞，缺乏对外周血中细胞的广泛分析	探讨人类不变自然杀伤T细胞在胸腺发育中的成熟阶段和亚谱系承诺	人类Vα24+Vβ11+不变自然杀伤T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从胸腺提取的Vα24+Vβ11+不变自然杀伤T细胞
1077	2024-08-04	Role of immune cells in the pathogenesis of myocarditis 2024-01-19, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad143 PMID:37949833	研究论文	此文章总结了免疫细胞在心肌炎发病机制中的角色	本研究强调了免疫细胞的复杂性和细胞间相互作用对心肌炎病理过程的重要性	目前尚不清楚心肌炎的详细发病机制	探讨免疫细胞在心肌炎发病机制中的作用	研究涉及心肌炎患者及多种动物模型中的免疫细胞	数字病理学	心肌炎	单细胞测序	NA	细胞数据	NA
1078	2024-08-04	Single-cell transcriptomics of Treg reveals hallmarks and trajectories of immunological aging 2024-01-05, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad104 PMID:37675661	研究论文	研究了与年龄相关的免疫衰老对CD4+调节性T细胞的影响	识别了6个转录组特异性克隆的调节性T细胞，并揭示了与衰老相关的特征和变化轨迹	主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	探讨老化对调节性T细胞的影响以及与免疫衰老相关的机制	小鼠淋巴和脂肪组织来源的调节性T细胞	数字病理学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	针对3个月、18个月和24个月龄小鼠的调节性T细胞进行分析
1079	2024-08-07	BCG vaccination induces innate immune memory in γδ T cells in humans 2024-01-05, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad103 PMID:37672677	研究论文	本研究探讨了卡介苗（BCG）疫苗是否能在人类γδ T细胞中诱导出训练免疫，从而增强其对异源细菌和真菌感染的交叉保护作用	首次证明了BCG疫苗能在人类γδ T细胞中诱导出训练免疫，增强其对异源细菌和真菌刺激的反应性	NA	确定人类γδ T细胞是否能通过BCG疫苗诱导出训练免疫，从而增强其交叉保护作用	健康人类志愿者的γδ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序技术	NA	RNA	健康人类志愿者
1080	2024-08-04	Generating single-cell gene expression profiles for high-resolution spatial transcriptomics based on cell boundary images 2024, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.110 PMID:38434932	研究论文	本研究介绍了一种更新的软件STCellbin，能够生成高分辨率的单细胞空间基因表达特征	该软件结合了细胞膜/细胞壁染色图像与空间基因表达图，增强了单细胞基因表达轮廓的捕获能力	NA	提升空间转录组学中单细胞基因表达的分析精度	小鼠肝脏和种子数据集的单细胞基因表达轮廓	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	多个小鼠肝脏和种子的样本