单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-07	Single-cell profiling of the pig cecum at various developmental stages 2024-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2023.007 PMID:38114433	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对不同发育阶段的猪盲肠细胞进行了全面的转录组分析	首次揭示了猪盲肠在不同发育阶段的单细胞基因表达图谱，并发现了多种细胞类型及其特异性基因和转录因子	NA	探究猪盲肠在不同发育阶段的细胞异质性和功能	猪盲肠在不同发育阶段的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	45,572个细胞，来自7个不同发育阶段的猪盲肠样本
1042	2024-08-05	Construction and validation of a mitochondria-associated genes prognostic signature and immune microenvironment characteristic of sepsis 2024-Jan-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111275 PMID:37995567	研究论文	本文研究了与脓毒症相关的线粒体基因预后模型及其免疫微环境特征	建立了脓毒症的线粒体预后模型，并探讨了其与免疫微环境的关系	尚未明确线粒体与脓毒症免疫微环境之间的所有交互机制	旨在构建线粒体相关基因的预后模型来预测脓毒症患者的预后	研究对象为脓毒症患者的临床血样和线粒体相关基因	数字病理学	脓毒症	单细胞测序	NA	临床血样	5个与脓毒症相关的线粒体基因
1043	2024-08-05	Identifying the critical oncogenic mechanism of LDHA based on a prognostic model of T-cell synthetic drivers 2024-Jan-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111265 PMID:38000233	研究论文	本研究揭示了与T细胞合成驱动因子相关的预后模型在肺腺癌中的重要性	首次展示了LDHA在肺腺癌恶性进展中的关键作用，并开发了一个相关的预后模型	缺乏对其他类型肿瘤的综合分析，可能对广泛应用有所限制	改善肺腺癌的免疫疗法效果	关注肺腺癌患者的T细胞合成驱动因子	数字病理学	肺癌	单细胞测序	Lasso Cox回归模型	临床数据	NA
1044	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing indicates cordycepin remodels the tumor immune microenvironment to enhance TIGIT blockade's anti-tumor effect in colon cancer 2024-Jan-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111268 PMID:37992442	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了虫草素与TIGIT阻断疗法联合使用在结肠癌中的抗肿瘤效果及其对肿瘤免疫微环境的重组作用	发现虫草素治疗能显著增强Cd226基因的表达，从而提高TIGIT阻断疗法的效果，并通过单细胞RNA测序证实了这一联合疗法在肿瘤免疫微环境中对NK细胞和CD8 T细胞的积极影响	NA	研究虫草素与TIGIT阻断疗法联合使用在结肠癌中的抗肿瘤效果	结肠癌肿瘤模型中的免疫细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了MC38肿瘤模型中的免疫细胞进行分析
1045	2024-08-07	Transcriptomic and genomic profiling of multiple primary colorectal cancers reveals intratumor heterogeneity and a distinct immune microenvironment 2024-Jan-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111276 PMID:38016348	研究论文	本研究报告了单一患者多发性原发性结直肠癌（MPCC）不同肿瘤病变的肿瘤内基因组和免疫学异质性	首次通过全外显子测序和单细胞RNA测序揭示了MPCC中肿瘤病变的分子和微环境特征，特别是发现了横结肠肿瘤病变中黏膜相关不变T细胞（MAIT）的富集	研究样本量较小，仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性	探索MPCC患者不同原发部位肿瘤病变的分子和微环境特征	来自同一72岁男性MPCC患者的三个肿瘤病变，分别位于横结肠肝曲、乙状结肠和直肠	数字病理学	结直肠癌	全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	三个肿瘤样本
1046	2024-08-07	Corrigendum to "Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway" [Int. Immunopharmacol. 125(Part A) (2023) 111125] 2024-Jan-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111292 PMID:38042635	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1047	2024-08-07	Inferring Gene Regulatory Networks and Predicting the Effect of Gene Perturbations via IQCELL 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2022_465 PMID:36790623	研究论文	IQCELL平台从单细胞RNA测序数据中推断布尔基因调控网络，并模拟正常和扰动条件下的网络行为	开发了IQCELL平台，能够从单细胞RNA测序数据中推断布尔基因调控网络，并模拟其在正常和扰动条件下的行为	NA	提供使用IQCELL平台从原始数据集推断基因调控网络的详细指南	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	布尔网络	RNA测序数据	NA
1048	2024-08-07	Single-Cell mRNA-sncRNA Co-sequencing of Preimplantation Embryos 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_487 PMID:37278916	研究论文	本文介绍了一种方法，通过在同一胚胎细胞上同时进行单细胞RNA测序（Smart-Seq2）和单细胞小非编码RNA测序（Small-Seq），来阐明胚胎的细胞动力学	本文创新地结合了单细胞RNA测序和小非编码RNA测序技术，以更全面地研究胚胎细胞的多样性和异质性	NA	研究胚胎细胞的分子机制和细胞动力学	胚胎细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（Smart-Seq2）和小非编码RNA测序（Small-Seq）	NA	RNA	NA
1049	2024-08-07	Evaluation of Stem-Cell Embryo Models by Integration with a Human Embryo Single-Cell Transcriptome Atlas 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_492 PMID:37351839	研究论文	本文通过整合人类胚胎单细胞转录组图谱，评估了干细胞胚胎模型的转录组景观	利用单细胞RNA测序技术，实现了对早期胚胎分子过程的深入理解，并提供了评估早期胚胎细胞组成的手段	不同实验室和不同技术获取的单细胞数据集之间的比较存在挑战	通过比较分析胚胎的转录组景观，以更好地理解和改进基于干细胞的胚胎模型	人类囊胚模型（blastoids）与人类胚胎数据集及二维体外早期发育模型系统的整合分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
1050	2024-08-05	The molecular mechanism of "Dahuang-Shengjiang-Banxia decoction" in the treatment of diabetic kidney disease was verified based on network pharmacology and molecular docking 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24776 PMID:38312712	研究论文	探索大黄生姜半夏汤在糖尿病肾病中的分子机制	利用网络药理学和分子对接技术，揭示了大黄生姜半夏汤对糖尿病肾病的多成分、多途径和多靶点效应	未提及具体的临床试验数据支持所述结果	研究大黄生姜半夏汤治疗糖尿病肾病的分子机制	大黄生姜半夏汤及其在糖尿病肾病中的有效成分和靶点	数字药理学	糖尿病肾病	网络药理学、分子对接	NA	靶点数据、成分数据	共筛选出177种大黄生姜半夏汤成分和2906种糖尿病肾病靶点
1051	2024-08-07	Taste receptor type 1 member 3 is required for the fertility of male mice 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24577 PMID:38312691	research paper	本文研究了味觉受体类型1成员3（TAS1R3）在雄性小鼠生育中的作用	首次揭示了TAS1R3通过PKA/CREB/StAR信号通路在雄性生育中的关键作用	NA	探究TAS1R3对雄性小鼠生殖功能的影响	野生型和敲除（KO）小鼠	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型和敲除小鼠
1052	2024-08-07	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本研究通过综合分析小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的作用	本研究首次揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的潜在作用，并通过基因集富集分析确定了Notch信号通路基因在出生后阶段的下调	NA	旨在更好地理解小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗的支持细胞和毛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从E14到P33的小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据
1053	2024-08-05	Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish 2024-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45029-0 PMID:38280871	研究论文	本研究分析了斑马鱼中嗜酸性粒细胞的分化、分布和调节	建立了一个特异性标记嗜酸性粒细胞谱系的斑马鱼报告线，并揭示了Cebp1和Cebpβ转录轴在嗜酸性粒细胞分化中的作用	未明确提到本研究的限制	研究嗜酸性粒细胞的发育模式和调节机制	斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系及其发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了特异性标记的嗜酸性粒细胞谱系细胞
1054	2024-08-05	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	本文探讨了肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体(TRAIL)在骨髓细胞中的缺失如何加重胆汁淤积性肝损伤。	研究发现TRAIL源自招募的巨噬细胞，并抑制DR细胞扩展，从而限制胆汁淤积性肝损伤。	本文并未涉及湿剂量的不同或不同动物模型的比较，可能限制了其结果的广泛适用性。	研究TRAIL在骨髓细胞中的作用及其在胆汁淤积性肝损伤中的影响。	涉及Wild type (WT)、Trail和骨髓特异性Trail缺失的小鼠模型。	数字病理学	肝病	高维量子显微技术，空间转录组分析	小鼠模型	生物样本	包括Wild type、Trail和Trail缺失小鼠的多组小鼠
1055	2024-08-05	scCAN: Clustering With Adaptive Neighbor-Based Imputation Method for Single-Cell RNA-Seq Data 2024 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3337231 PMID:38285569	研究论文	提出了一种新的适应性邻域聚类基础的缺失值插补方法scCAN，用于单细胞RNA测序数据	本研究创新性地设计了一个方法，通过不断更新细胞相似性信息来改善缺失值的插补	未提及具体的局限性	研究单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	使用模拟和真实单细胞RNA测序数据进行研究	计算机视觉	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	四个模拟和八个真实的单细胞RNA-seq数据
1056	2024-08-05	Presence of onco-fetal neighborhoods in hepatocellular carcinoma is associated with relapse and response to immunotherapy 2024-Jan, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00672-2 PMID:38168935	研究论文	本文研究了肝细胞癌中的肿瘤生态系统的癌胎编程及其与免疫治疗反应和复发的关系	首次提出POSTN外源性基质癌相关成纤维细胞作为关键的癌胎相互作用中心，并探讨其在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的影响	未明确阐述样本量与研究设计的具体限制	研究肝细胞癌中的癌胎邻域与复发及免疫治疗反应的关系	研究特定细胞亚群，包括POSTN CAFs、FOLR2巨噬细胞和PLVAP内皮细胞在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、整体RNA测序	NA	NA	NA
1057	2024-08-05	An emerging biomarker for the diagnosis and treatment of esophageal squamous cell carcinoma - Aurora A 2024-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107759 PMID:38043467	研究论文	研究表明Aurora A在食管鳞状细胞癌中是一种潜在的预后和治疗生物标志物	本研究首次揭示了Aurora A在食管鳞状细胞癌中的作用及其对细胞增殖和药物敏感性的影响	本研究仅基于公共数据库的数据，可能存在数据集的局限性	探讨Aurora A在食管鳞状细胞癌中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	研究对象为食管鳞状细胞癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq	NA	文本	来自公共数据库的RNA-seq数据集，具体样本量未明确提供
1058	2024-08-07	Genetic variants in BCL-2 family genes influence the risk of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate 2024-Jan, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2288 PMID:38108593	研究论文	本研究探讨了BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	发现了位于增强子区域的rs3943258与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂的风险相关，并表现出BCL2的eQTL效应	NA	研究BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险	遗传学	口腔疾病	多标记基因组注释的多标记分析（Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation）、批量RNA测序、单细胞RNA测序	逻辑回归模型	基因组数据、RNA测序数据	第一阶段队列包括565例病例和1269例对照，候选SNPs通过额外的dbGaP病例-父母三联体进行复制
1059	2024-08-07	Gclc as a Marker for Injured Distal Nephron in Ischemia-Reperfusion Induced Acute Kidney Injury 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S451402 PMID:38313210	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了缺血-再灌注诱导的急性肾损伤中远端肾小管的作用，并验证了Gclc作为损伤远端肾小管的潜在标志物。	首次识别了LOH-Inj和DCT-Inj亚型，并发现Gclc在多种急性肾损伤模型中的高表达，特别是在损伤的远端肾小管中。	NA	理解远端肾小管在急性肾损伤中的作用，并识别损伤远端肾小管的标志物，以揭示肾脏损伤机制并寻找新的治疗靶点。	远端肾小管在急性肾损伤中的作用及损伤标志物Gclc。	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了缺血-再灌注、单侧输尿管阻塞、顺铂、草酸钠和脂多糖诱导的AKI小鼠模型及肾脏转录组样本。
1060	2024-08-05	The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila 2024-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45028-1 PMID:38280868	研究论文	本研究探讨了果蝇中全新基因的起源、进化和蛋白质结构的变化	结合高品质的全基因组比对和计算结构建模方法，识别出555个果蝇特有的全新基因候选者	对果蝇中特定族群的研究可能不适用于其他物种	研究果蝇中全新基因的起源和结构演变	果蝇D. melanogaster的全新基因候选者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组序列	555个全新基因候选者