单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2024-08-07	Single-cell disulfidptosis regulator patterns guide intercellular communication of tumor microenvironment that contribute to kidney renal clear cell carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1288240 PMID:38292868	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肾透明细胞癌中的硫化物凋亡调控因子模式，揭示了其在肿瘤微环境中对细胞间通讯的影响及其与疾病进展和免疫治疗的关系	首次详细探讨了硫化物凋亡在肿瘤微环境中的具体作用，并揭示了其与肾透明细胞癌生物特性和预后的关联	研究样本量相对较小，且仅限于肾透明细胞癌，可能限制了结果的广泛适用性	探讨硫化物凋亡调控因子在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对疾病进展和免疫治疗的影响	肾透明细胞癌的肿瘤微环境中的单细胞	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	RNA	41,784个单细胞，来自7个肾透明细胞癌样本
1022	2024-08-07	Cytotoxic CD8+ Temra cells show loss of chromatin accessibility at genes associated with T cell activation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1285798 PMID:38370415	研究论文	研究探讨了人类衰老过程中记忆T细胞的扩张及其与CMV感染的关系，特别是Temra细胞的表观遗传模式和细胞异质性	通过单细胞转录组分析和ATAC-seq技术，揭示了Temra细胞与Tcm/em细胞在染色质可及性方面的差异，并发现了与基因表达相关的染色质可及性位点	研究主要集中在Temra细胞与Tcm/em细胞的比较，未涉及其他T细胞亚群的全面分析	探究衰老和CMV感染对CD8 Temra细胞分子和细胞异质性的影响	CD8 Temra细胞及其与CMV感染的关系	免疫学	NA	ATAC-seq, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	涉及多个个体，具体数量未在摘要中明确
1023	2024-08-07	Integrative analysis identifies cancer cell-intrinsic RARRES1 as a predictor of prognosis and immune response in triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1360507 PMID:38533207	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）的细胞组成异质性，并识别了与TME相关的基因RARRES1，该基因表达与TNBC患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICIs）反应呈正相关	本研究提出了一种定量评估TME免疫特征的方法，并提供了一个框架，通过综合分析识别与TME相关的癌细胞内在特征	NA	揭示三阴性乳腺癌中癌细胞与肿瘤微环境之间的关系，并识别预测治疗反应和预后的生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1024	2024-08-07	Regulatory T cells and IFN-γ-producing Th1 cells play a critical role in the pathogenesis of Sjögren's Syndrome 2024-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.23.576314 PMID:38328096	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用	报道了一个更准确的Sjögren综合征小鼠模型，并提供了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用的证据	NA	研究Sjögren综合征的发病机制	Sjögren综合征患者的唾液腺和泪腺以及淋巴组织	NA	自身免疫疾病	RNA测序, 流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	RNA	小鼠模型和Sjögren综合征患者的外周血单个核细胞
1025	2024-08-07	GLIPR2: a potential biomarker and therapeutic target unveiled - Insights from extensive pan-cancer analyses, with a spotlight on lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1280525 PMID:38476239	研究论文	本研究通过广泛的数据集分析，探讨了GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达情况及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力，特别关注肺腺癌。	首次全面分析GLIPR2在多种癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，揭示了其在肺腺癌中的诊断和预后价值。	NA	探讨GLIPR2在多种癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。	GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达及其与免疫细胞浸润的关系。	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	NA	基因组数据	多中心队列涵盖多种癌症类型
1026	2024-08-07	Coniferyl ferulate alleviate xylene-caused hematopoietic stem and progenitor cell toxicity by Mgst2 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1334445 PMID:38523643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了松脂素阿魏酸酯（CF）通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的作用	首次揭示了松脂素阿魏酸酯通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的新机制	NA	探讨松脂素阿魏酸酯对二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的缓解作用及其分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及二甲苯引起的毒性	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型中的骨髓造血干细胞和祖细胞
1027	2024-08-07	Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301128 PMID:38517922	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观，并识别了早期诊断标志物	本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制，并识别了24个早期诊断标志物	NA	探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制，并寻找早期诊断标志物	子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	逻辑回归（LR）、高斯朴素贝叶斯（GaussianNB）、k-最近邻（KNN）、支持向量机（SVM）、极端梯度提升（XGB）和神经网络（NK）	转录组数据	NA
1028	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
1029	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
1030	2024-08-07	Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021074 PMID:37824804	研究论文	本研究通过多种检测方法，包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序，分析了慢性活动性EB病毒病（CAEBV）患者的骨髓和外周血细胞，揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响	首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响	研究样本量较小，仅包括5名CAEBV患者和少数对照组，可能影响结果的普遍性	探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响	慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞	NA	慢性活动性EB病毒病	定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序	NA	RNA	5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照
1031	2024-08-04	Comparative and integrative single cell analysis reveals new insights into the transcriptional immaturity of stem cell-derived β cells 2024-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10013-x PMID:38267908	研究论文	文章探讨了干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的转录身份，尤其是与原代胎儿和成年β细胞的关系	揭示了SC-β细胞具有独特的转录特征，特别是持续表达和激活前体和神经偏向基因网络	尚未明确SC-β细胞与原代β细胞的关系，需要进一步研究	研究干细胞衍生β细胞的转录身份及其发育过程中神经转录网络的作用	研究对象为干细胞衍生的β细胞、胎儿β细胞和成年β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞测序	NA	转录数据	NA
1032	2024-08-04	Stimulated Human Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells Enhance the Osteogenesis and Cranial Bone Regeneration through IL-32 Mediated P38 Signaling Pathway 2024, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2024/6693292 PMID:38510207	研究论文	本研究探讨了刺激人脐带间充质干细胞（S-HuMSCs）对骨生成和颅骨再生的影响，重点分析了IL-32介导的P38信号通路	发现IL-32可以通过激活P38信号通路增强间充质干细胞的骨生成分化，揭示了IL-32在颅骨损伤治疗中的潜在疗效	本研究主要在体外和动物模型中进行，临床应用的效果尚待进一步验证	研究刺激人脐带间充质干细胞对骨生成及颅骨再生的机制	人脐带间充质干细胞（S-HuMSCs）及其IL-32高表达变体（IL-32highHuMSCs）	数字病理学	NA	单细胞测序、流式细胞术、定量实时聚合酶链反应、西方印迹	NA	细胞、组织	实验中使用了多种细胞类型和一只大鼠颅骨缺损模型
1033	2024-08-07	Identification of Transcriptomic Signatures of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma-Derived Exosomes That Promote Macrophage M2 Polarization and Predict Prognosis: S100A9 Reveals Tumor Progression 2024, Clinical Medicine Insights. Oncology DOI:10.1177/11795549241239042 PMID:38510315	研究论文	本研究通过分析胰腺导管腺癌（PDAC）细胞衍生的外泌体中的关键基因，揭示了其促进巨噬细胞M2极化并预测预后的机制，特别是S100A9在肿瘤进展中的作用	本研究首次建立了PDAC衍生外泌体和M2巨噬细胞的风险评分模型，并揭示了S100A9在巨噬细胞M2极化中的重要作用	NA	探讨胰腺导管腺癌细胞衍生的外泌体如何促进巨噬细胞M2极化及其在预后预测中的作用	胰腺导管腺癌细胞衍生的外泌体、巨噬细胞M2极化、S100A9基因	数字病理学	胰腺癌	差异表达基因分析（DEGs）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、多变量Cox回归分析、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹（western blot）、流式细胞术、细胞转染、Transwell实验、CCK-8实验	风险评分模型	基因表达数据	使用来自exoRbase 2.0、TCGA和ICGC数据库的数据，以及BxPC-3细胞系的外泌体进行体外实验
1034	2024-08-04	Integrated analysis reveals crosstalk between pyroptosis and immune regulation in renal fibrosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1247382 PMID:38343546	研究论文	这项研究探讨了程序性焦亡在肾纤维化中的免疫微环境调节中的潜在作用	本研究揭示了程序性焦亡与免疫调节之间的交叉作用，并识别了五种中心调节因子作为肾纤维化的生物标志物	本研究的局限性在于使用的是动物模型，可能无法完全反映人类肾纤维化的复杂性	研究肾纤维化中程序性焦亡与免疫微环境之间的关系	研究对象为肾纤维化患者的样本和小鼠模型	数字病理学	肾脏疾病	RNA-seq	NA	基因表达数据	包括肾纤维化和正常肾样本的27个程序性焦亡相关调节因子的评估
1035	2024-08-07	"The Good, the Bad, and the Ugly" - About Diverse Phenotypes of Hepatic Stellate Cells in the Liver 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.002 PMID:38216053	research paper	本文探讨了肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物在慢性肝损伤进展中的多样性表型及其作用	利用遗传谱系追踪模型和单细胞转录组及蛋白质组分析技术，揭示了HSC和MF群体在健康状态及慢性肝损伤各阶段组织变形中的隐藏异质性	NA	识别HSC/MF轴上的不同表型，为针对特定MF表型作为慢性肝损伤潜在治疗方法奠定基础	肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物，即肌成纤维细胞（MFs）	NA	肝病	遗传谱系追踪模型，单细胞转录组及蛋白质组分析	NA	转录组，蛋白质组	NA
1036	2024-08-04	Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord 2024-Jan-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92046 PMID:38289829	研究论文	该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱，分类了脊髓神经元并分析了其空间分布	首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究	成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限	研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性	来自九名人类供体的脊髓神经元	数字病理学	神经疾病	单核RNA测序和空间转录组技术	NA	转录组数据	来自九名人类供体的样本
1037	2024-08-07	Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins 2024-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01734-7 PMID:37055623	研究论文	本文介绍了Dandelion计算流程，用于单细胞适应性免疫受体（scVDJ-seq）分析，以探索淋巴细胞发育起源	Dandelion能够应用标准V(D)J分析工作流程于单细胞数据集，提供改进的V(D)J contig注释和非生产性及部分剪接contig的识别	NA	研究淋巴细胞生物学，特别是人类胸腺发育轨迹和细胞系承诺的调控因子	单细胞基因表达和适应性免疫受体序列数据	生物信息学	NA	scVDJ-seq	NA	基因表达数据	NA
1038	2024-08-07	Opportunities and tradeoffs in single-cell transcriptomic technologies 2024-01, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2023.10.003 PMID:37953195	review	本文综述了单细胞转录组技术的最新进展及其优缺点	介绍了长读长测序方法在单细胞转录组分析中的应用，突破了以往全转录组表征的障碍	单细胞转录组分析中仍存在细胞数量与全长转录本覆盖度之间的权衡问题	全面概述单细胞转录组分析的可用选项，并强调每种方法的关键优缺点	单细胞转录组技术及其应用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
1039	2024-08-04	DOT1L promotes expression of CD44 through the Wnt/β-catenin signaling pathway in early gastric carcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90170 PMID:38495505	研究论文	本研究评估了DOT1L基因在胃癌组织中的表达及其促进癌症干细胞介导的上皮-间质转化的功能	发现DOT1L通过Wnt/β-连环蛋白信号通路促进CD44的表达，揭示了其在胃癌干细胞调节中的重要性	样本量相对较小，限制了结果的广泛适用性和外推性	研究DOT1L在早期胃癌中的作用及其机制	通过单细胞测序分析早期胃癌和低级别上皮内瘤变的组织样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序、单细胞测序	NA	组织样本	24个样本（来自8名患者的3个阶段，其中每个阶段各8个样本）
1040	2024-08-04	Identification of T-cell exhaustion-related genes and prediction of their immunotherapeutic role in lung adenocarcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.92839 PMID:38495503	研究论文	本文探讨了与T细胞耗竭相关的基因及其在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	构建了一个基于T细胞耗竭的模型，用于评估肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	未提及具体的实验限制	探讨T细胞耗竭对肿瘤微环境的影响及其在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq)，RNA-seq	LASSO-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA和GEO的LUAD患者数据，涉及多个验证队列