单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2024-08-07	RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis 2024-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45177-3 PMID:38287033	research paper	本文通过稳态、新生和单细胞RNA测序策略，全面分析了雄性生殖细胞群体中的基因表达，揭示了RNA聚合酶II（Pol II）在精子分化早期暂停的必要性及其在调控基因活性和完成减数分裂中的作用。	发现RNA聚合酶II在精子分化早期的暂停对于建立发育过程中的基因活性景观至关重要，并揭示了Pol II暂停在减数分裂调控中的新角色。	NA	旨在解析雄性生殖细胞发育过程中基因调控的机制，并为治疗相关不孕症提供新见解。	雄性生殖细胞的基因表达调控及其在精子发生中的作用。	NA	infertility	RNA sequencing	NA	RNA	涉及多种雄性生殖细胞群体
1002	2024-08-04	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	研究论文	CHOIR是一种通过随机森林分类器和置换检验优化单细胞数据聚类的工具	提出了CHOIR来统计性确定聚类结果，以改进细胞类型和状态的识别	未提及特定的限制	提升单细胞数据分析中细胞类型和状态检测的准确性	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组学和多组学数据集	数字病理学	NA	随机森林	NA	单细胞数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
1003	2024-08-04	Multiomics characterization of pyroptosis in the tumor microenvironment and therapeutic relevance in metastatic melanoma 2024-01-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03175-0 PMID:38229080	研究论文	该文章研究了肿瘤微环境中热焦亡的多组学特征及其在转移性黑素瘤中的治疗相关性	提出了一种计算模型PScore来评估热焦亡状态，并展示其在预测免疫疗法有效性方面的潜力	对不同肿瘤免疫微环境中热焦亡角色的理解仍然不足，限制了相关治疗的发展	研究热焦亡在转移性黑素瘤中的作用及其与免疫反应的关系	研究对象为1388例黑素瘤样本及多个公开独立队列	数字病理学	黑素瘤	多组学数据分析	计算模型（PScore）	基因表达数据	1388例黑素瘤样本和其他多个公开独立队列
1004	2024-08-04	Comprehensive benchmark of differential transcript usage analysis for static and dynamic conditions 2024-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.14.575548 PMID:38313260	研究论文	本文对差异转录使用分析中的多种工具进行全面基准测试	通过考虑不同实验条件和数据类型，提供了工具选择的系统比较和推荐	主要集中于现有工具的比较，对新工具的开发和优化没有深入探讨	帮助用户选择最适合其实验任务的转录组分析工具	模拟和实际的转录组数据集，包括时间序列数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了模拟的和实际的转录组数据集，包括时间序列数据
1005	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in donor and end-stage heart failure patients identifies NLRP3 as a therapeutic target for arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 2024-01-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03232-8 PMID:38185631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了供体和终末期心力衰竭患者的血液及双心室心肌细胞，识别出NLRP3作为治疗心律失常右室心肌病的潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术在心律失常右室心肌病患者中发现NLRP3的表达与右室扩张和功能障碍相关，并验证了其作为治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅包括8名研究参与者，且仅使用了Dsg2mut/mut小鼠模型进行验证	探索心律失常右室心肌病的新治疗靶点	心律失常右室心肌病患者的血液及双心室心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名研究参与者，包括6名终末期心力衰竭的心律失常右室心肌病患者和2名正常对照
1006	2024-08-04	LCP1 knockdown in monocyte-derived macrophages: mitigating ischemic brain injury and shaping immune cell signaling and metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88678 PMID:38164159	研究论文	本研究探讨了LCP1在单核细胞来源的巨噬细胞中对缺血性脑损伤的影响	研究首次揭示了LCP1在缺血性脑损伤中的作用，并阐明了其对免疫细胞信号和代谢的调节机制	尚不清楚LCP1在缺血性中风中作用的完整机制以及临床应用的可行性	旨在深入理解LCP1在缺血性脑伤害和免疫反应中的功能	研究对象为单核细胞来源的巨噬细胞及其对缺血性脑损伤的影响	数字病理学	缺血性中风	CyTOF 技术	小鼠模型	单细胞测序数据	小鼠样本数量未知
1007	2024-08-04	Palmitoylation of PKCδ by ZDHHC5 in hypothalamic microglia presents as a therapeutic target for fatty liver disease 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89602 PMID:38250049	研究论文	本研究发现PKCδ的棕榈酰化在下丘脑小胶质细胞中作为脂肪肝疾病的治疗靶点	首次揭示了抗疟药物阿莫西林通过抑制小胶质细胞的活化，改善脂质代谢，并确定了PKCδ作为直接靶 alvo	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	探讨下丘脑小胶质细胞中PKCδ的棕榈酰化在脂肪肝疾病中的作用	高脂饮食诱导的小鼠及人类脑组织样本	数字病理学	脂肪肝疾病	生物素标记化学探针	NA	组织样本	高脂饮食诱导的小鼠和人类脑组织样本
1008	2024-08-07	Reciprocal interactions between malignant cells and macrophages enhance cancer stemness and M2 polarization in HBV-associated hepatocellular carcinoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87962 PMID:38169544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV相关肝细胞癌患者的肿瘤微环境，揭示了恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用如何增强癌症干细胞特性和M2极化	首次详细描述了HBV相关肝细胞癌中恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用，以及这种作用如何影响癌症干细胞特性和M2极化	研究仅基于九名患者的样本，可能存在样本量较小的问题	探讨肿瘤微环境中恶性细胞与巨噬细胞的相互作用对癌症干细胞特性和M2极化的影响	HBV相关肝细胞癌患者的恶性细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	九名HBV相关肝细胞癌患者
1009	2024-08-07	Exosomes derived from CD271+CD56+ bone marrow mesenchymal stem cell subpopoulation identified by single-cell RNA sequencing promote axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89008 PMID:38169566	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现了一种特殊的骨髓间充质干细胞亚群，该亚群能够促进脊髓损伤后的轴突再生，并探讨了其治疗效果及机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种能够促进脊髓损伤后轴突再生的骨髓间充质干细胞亚群，并开发了一种持续释放系统的治疗方法	NA	探索能够增强脊髓损伤后轴突再生的途径	骨髓间充质干细胞亚群及其衍生的外泌体在脊髓损伤后的治疗效果	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1010	2024-08-07	Comprehensive characterization of early-programmed tumor microenvironment by tumor-associated macrophages reveals galectin-1 as an immune modulatory target in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88917 PMID:38169569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在早期肿瘤发展中对肿瘤微环境（TME）的调控作用，并发现Galectin-1作为免疫调节靶点	首次揭示了TAMs在早期肿瘤发展中对TME的全面调控作用，并确定了Galectin-1作为关键分子因子	NA	研究TAMs在早期肿瘤发展中对TME的调控作用及关键分子因子	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、肿瘤微环境（TME）、Galectin-1	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1011	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomics develops a robust neuroendocrine cell-intrinsic signature to predict prostate cancer progression 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92336 PMID:38250042	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，开发了一种稳健的神经内分泌细胞内在特征，用于预测前列腺癌的进展	开发了一种集成分析流程，识别了762个高质量的神经内分泌标记物，并创建了一个名为NEPAL的R包，用于预测神经内分泌前列腺癌的风险评分	NA	精确识别神经内分泌前列腺癌细胞，为研究和临床应用提供重要意义	神经内分泌前列腺癌细胞及其在前列腺癌进展中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共包含210,879个单细胞，包括66个肿瘤样本
1012	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals S100a9hi macrophages promote the transition from acute inflammation to fibrotic remodeling after myocardial ischemia‒reperfusion 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91180 PMID:38323308	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和流式细胞术探讨了心肌缺血再灌注后巨噬细胞亚型及其在炎症和纤维化过程中的作用	首次鉴定出一种独特的S100a9巨噬细胞亚型，该亚型参与急性炎症和纤维化过程，并揭示了其在心肌缺血再灌注后的作用机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类中验证这些发现	探讨心肌缺血再灌注后巨噬细胞的异质性和转化机制	心肌缺血再灌注后的巨噬细胞及其在炎症和纤维化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用S100a9小鼠建立心肌缺血再灌注模型，并进行了骨髓来源的巨噬细胞再灌注实验
1013	2024-08-07	Tumor cell senescence-induced macrophage CD73 expression is a critical metabolic immune checkpoint in the aging tumor microenvironment 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91119 PMID:38323313	研究论文	本研究探讨了衰老细胞在肿瘤微环境中的代谢重塑作用，特别是肿瘤细胞诱导的肿瘤相关巨噬细胞CD73上调对腺苷积累的影响	首次揭示了衰老肿瘤微环境的代谢景观，特别是肿瘤细胞诱导的肿瘤相关巨噬细胞CD73上调对腺苷积累的影响	NA	探索从代谢角度增强衰老细胞诱导的抗肿瘤免疫的精确靶点	衰老细胞在肿瘤微环境中的代谢重塑作用	数字病理学	肺癌	流式细胞术, 免疫荧光染色, 单细胞转录组测序	NA	肿瘤间质液, 临床样本	使用8 Gy×3放射治疗或顺铂化疗诱导的衰老模型, 以及10 Gy照射或顺铂处理的模型
1014	2024-08-07	Patterning ganglionic eminences in developing human brain organoids using a morphogen-gradient-inducing device 2024-Jan-22, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100689 PMID:38228151	研究论文	本文开发了一种利用聚二甲基硅氧烷装置生成持续化学梯度的方法，用于制备具有空间模式的大脑类器官，称为形态素梯度诱导的大脑类器官（MIBOs）	MIBOs能够在体外复制早期神经发育中的背腹模式，并通过单细胞RNA测序揭示了不同类型的神经元	NA	建立更精确的体外大脑发育模型	大脑类器官及其在神经发育和疾病模型中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	MIBOs培养时间长达5.5个月
1015	2024-08-07	[Research Progress in the Molecular Regulatory Mechanisms of Alveolar Bone Restoration] 2024-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20240160501 PMID:38322519	研究论文	本文综述了牙槽骨修复的分子调控机制的研究进展	探讨了Notch、Wnt、Toll样受体（TLR）和核因子-κB（NF-κB）等多种信号通路在牙槽骨修复中的作用	目前研究尚未构建成熟的牙槽骨修复分子调控网络	深入理解牙槽骨修复的分子调控机制，探索新的治疗靶点	牙槽骨、成骨细胞、破骨细胞、牙周韧带细胞等多种细胞类型及其信号通路	NA	口腔炎症疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	转录组	NA
1016	2024-08-07	Human iPSC modeling recapitulates in vivo sympathoadrenal development and reveals an aberrant developmental subpopulation in familial neuroblastoma 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108096 PMID:38222111	研究论文	本文通过人类多能干细胞和单细胞RNA测序技术，重现了交感肾上腺系的正常发育过程，并识别出与家族性神经母细胞瘤相关的异常发育亚群	开发了一种新的分化模型，用于重现交感肾上腺系的正常发育过程，并利用单细胞RNA测序技术揭示了分子事件	NA	研究神经嵴相关疾病如儿童癌症神经母细胞瘤的早期破坏事件	人类多能干细胞及其在交感肾上腺系发育中的应用	数字病理学	儿童癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自携带生殖系激活突变的患者来源的iPSC细胞
1017	2024-08-07	In-depth transcriptomic analysis of Anopheles gambiae hemocytes uncovers novel genes and the oenocytoid developmental lineage 2024-Jan-19, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-09986-6 PMID:38243165	research paper	本研究通过大规模RNA测序和组装，构建了成年雌性A. gambiae蚊子的血细胞转录组，发现了大量新的基因和转录本，并重新定义了血细胞的分化路径	本研究首次构建了详细的血细胞转录组，发现了大量新的基因和转录本，为低丰度细胞的单细胞转录组数据分析提供了全面的参考转录本	NA	研究蚊子血细胞的转录组，揭示血细胞发育和功能的新方面	成年雌性A. gambiae蚊子的血细胞	digital pathology	NA	RNA sequencing	NA	RNA	约24亿个短Illumina高质量读取和约940万个长PacBio高质量读取
1018	2024-08-07	PancrESS - a meta-analysis resource for understanding cell-type specific expression in the human pancreas 2024-Jan-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-09964-y PMID:38238687	meta-analysis	本文通过分析胰腺单细胞RNA测序数据，提供了一个数据库和工具，用于理解人类胰腺中细胞类型特异性表达	本文介绍了一个多功能工具，该工具可自由获取为R包，并允许集成到现有工作流程中，且适用于其他生物系统	NA	理解人类胰腺中细胞类型特异性的转录程序，以开发胰腺疾病的疗法	人类胰腺中的细胞类型特异性表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1019	2024-08-04	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal a Cancer-Associated Fibroblast Subset in HNSCC That Restricts Infiltration and Antitumor Activity of CD8+ T Cells 2024-01-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1448 PMID:37930937	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了一种与肿瘤免疫逃逸相关的癌相关成纤维细胞亚群	该研究首次识别了高表达MHC-I和Galectin-9的癌相关成纤维细胞亚群，并探讨了它们对CD8+ T细胞浸润和功能的抑制作用	本研究仅通过五对肿瘤及相邻组织进行分析，样本数量较少，可能影响结果的普遍适用性	阐明调节HNSCC肿瘤微环境中CD8+ T细胞浸润和功能障碍的关键机制	研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本及其相邻组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	肿瘤组织样本	五对肿瘤及相邻组织样本
1020	2024-08-04	Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice 2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166134 PMID:38015629	研究论文	本研究阐述了年龄相关的Notch3缺失如何导致小鼠脑血管收缩能力不足、腺体功能障碍和神经退行性变。	研究首次揭示了Notch3信号通路的缺失与脑血管功能衰退和神经退行性疾病之间的直接联系。	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况。	探讨年龄如何影响脑血管功能及其对脑部疾病的影响。	使用小鼠和人类样本，研究Notch3在脑血管中的作用。	数字病理学	血管性痴呆	单细胞转录组学	NA	基因组数据	小鼠和人类脑血管样本