单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-02-04	SPANN: annotating single-cell resolution spatial transcriptome data with scRNA-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad533 PMID:38279647	研究论文	本文提出了一种名为SPANN的注释方法，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型标签转移到新生成的单细胞分辨率空间转录组数据中，并从空间数据中发现新细胞	SPANN能够自动检测未见过的细胞类型中的新细胞，同时在已知细胞类型上保持高注释准确性，并找到空间转录组样本与RNA数据原型之间的映射，从而实现细胞类型级别的对齐	现有工具在整合两种数据模态时未明确考虑细胞类型映射，且缺乏检测新细胞的能力	开发一种计算工具，用于整合和注释单细胞分辨率空间转录组数据与scRNA-seq数据	单细胞分辨率空间转录组数据和scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	来自各种空间平台的数据集
82	2025-02-04	Self-supervised deep learning of gene-gene interactions for improved gene expression recovery 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae031 PMID:38349062	研究论文	本文提出了一种自监督深度学习框架，通过利用基因间的相互作用来提高基因表达恢复的准确性	创新点在于将基因重新定位到二维网格中，以反映其相互作用关系，并采用自监督2D卷积神经网络提取这些相互作用的上下文特征，从而填补缺失的基因表达值	需要进一步验证在更广泛的实验数据集上的性能	提高单细胞RNA测序数据中基因表达恢复的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	2D卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	模拟和实验scRNA-seq数据集
83	2025-02-04	scAMAC: self-supervised clustering of scRNA-seq data based on adaptive multi-scale autoencoder 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae068 PMID:38426327	研究论文	本文提出了一种基于自适应多尺度自编码器的自监督聚类方法scAMAC，用于单细胞RNA测序数据的分析	scAMAC利用多尺度注意力机制融合自编码器各层的特征信息，探索同一尺度内的细胞相关性并捕捉不同尺度的深层特征，同时采用自适应反馈机制监督参数更新，获得更有效的细胞特征表示	NA	开发一种新的自监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自适应多尺度自编码器	单细胞RNA测序数据	NA
84	2025-02-04	scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae018 PMID:38517692	研究论文	本文提出了一种名为scHybridBERT的新架构，用于通过整合时空嵌入和细胞图来提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scHybridBERT架构结合了图学习模型和Performer模型，以处理细胞图和时空嵌入，从而在单细胞聚类任务中提高了准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scHybridBERT, 图学习模型, Performer模型	基因计数矩阵	基准scRNA-seq数据集
85	2025-02-04	GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad529 PMID:38261340	研究论文	本文提出了一种名为GMFGRN的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中准确推断基因调控网络（GRNs）	GMFGRN结合了矩阵分解和图神经网络（GNN），通过学习基因的代表性嵌入来推断转录因子-基因对的相互作用，显著提高了推断的准确性和效率	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	八个静态scRNA-seq数据集和四个时间序列数据集
86	2025-02-01	Characterization of NOD-like receptor-based molecular heterogeneity in glioma and its association with immune micro-environment and metabolism reprogramming 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1498583 PMID:39882240	研究论文	本研究揭示了NOD样受体（NLR）信号通路在高级别胶质瘤中的特征及其与胶质母细胞瘤（GBM）患者临床异质性的关联，并探讨了NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	首次基于NLR基因表达谱将GBM患者分为具有不同临床结果的两个亚型，并开发了基于NLR表达谱的GBM预后标志物	研究主要依赖于转录组数据，缺乏对NLR信号通路在GBM中具体机制的深入实验验证	揭示NLR信号通路在GBM中的特征及其与临床异质性的关联，并探索NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	496名具有完整预后信息的GBM患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组数据分析，单细胞测序	NMF聚类算法，LASSO和COX回归分析，随机森林算法	转录组数据	496名GBM患者
87	2025-01-29	Molecular dynamics of chemotactic signalling orchestrates dental pulp stem cell fibrosis during aging 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1530644 PMID:39866843	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了衰老过程中牙髓纤维化的分子机制，特别是Ccrl2巨噬细胞在早期衰老阶段的脆弱性	发现了RARRES2/CCRL2/CMKLR1轴在牙髓纤维化中的作用，为针对巨噬细胞和调节免疫微环境的治疗策略提供了新视角	研究主要基于单细胞转录组分析，需要进一步的体内实验验证	揭示衰老过程中牙髓纤维化的分子机制	牙髓干细胞和巨噬细胞	分子生物学	牙髓疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	包括自有和公开数据集中的样本
88	2025-01-31	Tuberculous meningitis diagnosis and treatment: classic approaches and high-throughput pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1543009 PMID:39867878	综述	本文综述了结核性脑膜炎（TBM）的诊断和治疗方法，包括传统方法和高通量技术	探讨了核酸检测、基因组学、代谢组学和蛋白质组学等新技术在TBM诊断中的应用，提高了诊断的敏感性和特异性	未提及具体的研究局限性	优化TBM诊断策略，探索多组学技术的整合和临床转化	结核性脑膜炎（TBM）	数字病理学	结核性脑膜炎	核酸检测、基因组学、代谢组学、蛋白质组学、Xpert Ultra、mNGS、单细胞测序	NA	核酸、代谢物、蛋白质	NA
89	2025-01-31	Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1494476 PMID:39867899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类良性前列腺增生（BPH）中浸润的富含脂质的巨噬细胞亚群，并探讨了这些细胞在前列腺体积增大中的作用	首次定义了BPH中的两种新的免疫亚群——TREM2high和MARCOhigh巨噬细胞，并揭示了这些富含脂质的巨噬细胞在前列腺体积增大和症状加重中的潜在作用	需要进一步研究以评估针对这些细胞的治疗在BPH中的益处	探讨巨噬细胞亚群在前列腺体积增大中的作用及其对BPH的影响	人类良性前列腺增生（BPH）组织中的巨噬细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20个人类前列腺样本（10个大前列腺和10个小前列腺）
90	2025-01-31	Single-cell transcriptome analysis of medaka lymphocytes reveals absence of fully mature T cells in the thymus and the T-lineage commitment in the kidney 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517467 PMID:39867910	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了青鳉淋巴细胞发育的独特特征，特别是在胸腺中缺乏完全成熟的T细胞以及肾脏中T系细胞的早期承诺	首次在青鳉中通过单细胞转录组分析揭示了其淋巴细胞发育的独特特征，包括胸腺中缺乏完全成熟的T细胞和肾脏中T系细胞的早期承诺	研究仅限于青鳉和斑马鱼两种模式生物，可能无法完全代表所有硬骨鱼的淋巴细胞发育机制	探讨青鳉和斑马鱼在淋巴细胞发育中的分子和细胞机制的差异	青鳉的淋巴细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	野生型和突变型青鳉的淋巴细胞
91	2025-01-31	ScRNA-seq unveils the functional characteristics of glioma-associated macrophages and the regulatory effects of chlorogenic acid on the immune microenvironment-a study based on mouse models and clinical practice 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1494806 PMID:39867913	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的功能特征，并探讨了绿原酸对免疫微环境的调节作用及其临床应用潜力	首次使用单细胞RNA测序技术揭示胶质瘤相关巨噬细胞的亚群和功能特征，并探索绿原酸对免疫微环境的调节作用	研究主要基于小鼠模型和单一临床案例，样本量有限，需要进一步的大规模临床研究验证	揭示胶质瘤相关巨噬细胞的亚群和功能特征，探索绿原酸对免疫微环境的调节作用及其临床应用潜力	胶质瘤相关巨噬细胞和绿原酸	数字病理	胶质瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	PPI和分子对接模型	RNA测序数据	小鼠模型和1例临床案例
92	2025-01-31	Genetic variation in patent foramen ovale: a case-control genome-wide association study 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1523304 PMID:39872005	研究论文	本研究通过全基因组关联研究（GWAS）识别与卵圆孔未闭（PFO）相关的常见遗传变异	首次在全基因组范围内识别与PFO相关的遗传变异，并通过单细胞测序分析验证这些变异在心脏发育中的表达变化	研究样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普适性	识别与卵圆孔未闭（PFO）相关的遗传变异，并探讨其在心脏发育中的作用	3,227名中国参与者，包括517例PFO患者和517名匹配对照	基因组学	心血管疾病	全基因组测序、Sanger测序、单细胞测序	GWAS、eQTL分析、伪时间轨迹建模	基因组数据、单细胞表达数据	3,227名中国参与者（517例PFO患者和517名对照），验证队列包括111例PFO患者和152名对照
93	2025-01-30	Integration of histone modification-based risk signature with drug sensitivity analysis reveals novel therapeutic strategies for lower-grade glioma 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1523779 PMID:39872055	研究论文	本研究旨在开发基于组蛋白修饰的风险特征，并探讨其与药物敏感性的关系，以指导低级别胶质瘤的个性化治疗策略	首次构建了基于组蛋白修饰的风险特征模型，并揭示了其与药物敏感性的关联，为低级别胶质瘤的个性化治疗提供了新的视角	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序分析的样本量仅为4个，可能影响结果的普适性	开发基于组蛋白修饰的风险特征模型，并探讨其与药物敏感性的关系，以指导低级别胶质瘤的个性化治疗	低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	脑胶质瘤	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	TCGA-LGG数据集（n = 513），CGGA数据集（n = 693和n = 325），单细胞RNA测序样本（n = 4）
94	2025-01-30	Identification of a pancreatic stellate cell gene signature and lncRNA interactions associated with type 2 diabetes progression 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1532609 PMID:39872314	研究论文	本研究旨在识别2型糖尿病（T2D）胰岛细胞中特定的基因表达模式，并探索胰腺星状细胞（PSCs）通过lncRNA-mRNA相互作用调控网络在T2D进展中的潜在作用	发现了一个特定的基因面板（COL1A2、VCAN和SULF1），这些基因在T2D胰岛样本中持续上调，并与PSCs的激活密切相关，揭示了PSCs在T2D进展中的独特作用	研究主要依赖于已有的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索T2D进展中PSCs的基因表达模式和lncRNA-mRNA相互作用	2型糖尿病（T2D）胰岛细胞和胰腺星状细胞（PSCs）	生物信息学	2型糖尿病	bulk sequencing (bulkseq), 单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	RNA测序数据	多个T2D和T1D的scRNAseq和bulkseq数据集
95	2025-01-31	Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae096 PMID:39872360	研究论文	本文提出了一种计算管道，用于识别双特异性抗体（bsAbs）的靶点，结合了批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的优势，并以肝细胞癌（HCC）为例展示了该方法的实用性	结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的优势，提出了一种新的计算管道，用于识别双特异性抗体的靶点，并通过空间转录组学验证了共表达对	单细胞RNA-seq的低覆盖率问题可能影响大规模共表达对的表征	识别双特异性抗体的靶点，用于癌症治疗	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA-seq数据	39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞
96	2025-01-31	Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935 PMID:39872529	研究论文	本文通过对亚洲人群的乳腺血管肉瘤（AS-B）进行多组学特征分析，揭示了其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的关联	首次在亚洲人群中系统性地分析了乳腺血管肉瘤的分子和免疫特征，并与头颈部血管肉瘤（AS-HN）进行了比较	样本量较小（AS-B仅16例），且研究仅限于亚洲人群，可能限制了结果的普适性	研究乳腺血管肉瘤的分子和免疫特征，探索其与血管生成信号通路的关系	亚洲人群中的乳腺血管肉瘤患者（n=16）和头颈部血管肉瘤患者（n=104）	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学	NA	基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据	176例血管肉瘤患者（其中16例为乳腺血管肉瘤，104例为头颈部血管肉瘤）
97	2025-01-31	Identification and validation of BATF as a prognostic biomarker and regulator of immune cell infiltration in acute myeloid leukemia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429855 PMID:39872530	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了BATF在急性髓性白血病（AML）中的作用及其作为预后生物标志物和免疫细胞浸润调节剂的潜力	首次全面研究了BATF在AML中的表达及其与预后、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系，揭示了BATF作为AML治疗靶点的潜力	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨BATF在AML中的表达及其与预后、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系	急性髓性白血病（AML）患者和细胞	生物信息学	急性髓性白血病	RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因组数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的AML患者数据
98	2025-01-31	Single-cell RNA-seq reveals immune cell heterogeneity and increased Th17 cells in human fibrotic skin diseases 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522076 PMID:39872534	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了纤维化皮肤疾病中免疫细胞的异质性，并发现Th17细胞在瘢痕疙瘩中的比例显著增加	首次构建了纤维化皮肤疾病的单细胞图谱，并深入探讨了Th17细胞与成纤维细胞在皮肤纤维化中的相互作用	研究未对所有细胞进行基因表达检测，仅富集了免疫细胞，可能遗漏其他细胞类型的信息	探究纤维化皮肤疾病中免疫细胞的复杂细胞景观及其在疾病发展中的作用	瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织中的CD45+免疫细胞	单细胞RNA测序	纤维化皮肤疾病	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、Ki-67染色、划痕实验、实时PCR、Western blotting	NA	RNA测序数据	瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织样本
99	2025-01-31	The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305 PMID:39872537	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性	首次提供了足月胎盘绒毛髓系细胞的染色质可及性图谱，并揭示了孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和功能的显著影响	研究样本仅来自无并发症的足月妊娠，未涵盖早产或其他妊娠并发症的情况	探究足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性，以及孕前肥胖对这些细胞的影响	人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞	免疫学	妊娠相关疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq, CITE-seq）、染色质可及性分析（snATAC-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	足月、无并发症妊娠的绒毛组织样本
100	2025-01-31	Upregulation of interferon-γ response genes in monocytes and T cells identified by single-cell transcriptomics in patients with anti-citrullinated peptide antibody-positive early rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1439082 PMID:39877346	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了抗瓜氨酸肽抗体阳性早期类风湿性关节炎患者中单核细胞和T细胞中干扰素-γ反应基因的上调	首次在单细胞水平上比较了ACPA+和ACPA-早期类风湿性关节炎患者的免疫系统差异，并识别了IFITM2和IFITM3作为ACPA+ eRA的潜在关键标志物	样本量相对较小，且仅分析了外周血样本，未涉及关节组织	探讨抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性早期类风湿性关节炎患者免疫系统的差异	抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性早期类风湿性关节炎患者	单细胞转录组学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	37,318个细胞