本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh5520
PMID:38232171
|
研究论文 | 本研究揭示了1型免疫通过促进新生胸腺ILC1细胞的扩增和外周归巢来应对病毒感染等炎症条件 | 首次发现新生胸腺中存在独特的未成熟ILC1亚群,并证实1型细胞因子能促进其扩增和胸腺外迁 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证 | 探究1型免疫对胸腺驻留先天淋巴样细胞的影响 | 新生小鼠胸腺ILC1细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,活体成像,胸腺移植 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 新生小鼠胸腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5791
PMID:38241368
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现触圆顶角质形成细胞特异性表达Tenascin-C,并揭示这些细胞具有自我维持能力和多向分化潜能 | 首次鉴定Tenascin-C作为触圆顶角质形成细胞的标志物,并证明其在稳态维持和损伤修复中的独特功能 | 未明确触圆顶角质形成细胞分子调控机制的具体细节 | 探究触圆顶角质形成细胞的稳态维持机制和分子特征 | 小鼠皮肤触圆顶角质形成细胞 | 细胞生物学 | NA | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 83 | 2025-10-06 |
The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis
2024-01-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj1120
PMID:38170765
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CXCR3在促进CD8+ T细胞依赖性流感肺部病理中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出调控CD8+ T细胞毒性反应的独特调控因子,并证明CXCR3阻断可减轻流感相关肺损伤而不影响病毒清除 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索CD8+ T细胞在流感控制与肺部病理中的双重作用及其特定亚群功能 | 流感感染小鼠肺组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 流感感染小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2025-10-06 |
An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes
2024-01, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6908
PMID:38168907
|
研究论文 | 开发基于胃癌干性特征的个体化签名用于预测预后和免疫治疗反应 | 首次构建基于样本内基因相对表达排序的个体化干性特征签名,克服批次效应限制 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床验证 | 开发个体化胃癌预后和免疫治疗反应预测模型 | 胃癌患者样本 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 基于基因对相对表达排序的签名模型 | 基因表达数据 | 多个数据集(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2025-10-06 |
Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae085
PMID:38911824
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用个体间基因表达变异进行单细胞RNA测序数据解卷积的计算方法 | 提出基于个体间差异共表达模式的解卷积方法,无需额外实验步骤即可对混合样本进行细胞来源鉴定 | NA | 开发单细胞RNA测序混合样本的解卷积计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 差异共表达分析 | 基因表达数据 | 6只同基因近交系小鼠和30个人类样本(脓毒症患者和健康个体) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data
2024, Frontiers in applied mathematics and statistics
IF:1.3Q3
DOI:10.3389/fams.2024.1403901
PMID:40475302
|
研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据分析中社区连通性分析的新方法 | 开发了首个能够表征细胞群落连通性的计算方法BANYAN,填补了现有工具无法分析群落内和群落间细胞相对相似性的空白 | 方法仅在模拟研究和有限的实际数据集上进行了验证,需要更广泛的应用验证 | 开发空间转录组数据中细胞群落连通性分析的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞群落 | 空间转录组学 | 黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯多层网络模型 | 空间转录组数据 | 多个真实数据集,包括小鼠大脑、黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌和人类小细胞肺癌样本 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium空间转录组平台,NanoString CosMx空间分子成像平台 |
| 87 | 2025-10-06 |
Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs
2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66231
PMID:38345255
|
研究论文 | 本文提供了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步操作方案 | 建立了适用于小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离标准化流程,并讨论了影响单细胞测序兼容性的关键因素 | 主要关注基质细胞分离技术,未涉及具体生物学机制研究 | 开发优化的基质细胞分离方法以支持高质量单细胞多组学研究 | 小鼠和人类造血器官(胸腺、骨骼、骨髓)中的基质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞多组学测序,FACS分析/分选 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 88 | 2025-10-06 |
BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.98389
PMID:39629124
|
研究论文 | 本研究探讨BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌干细胞特性和化疗耐药性的机制 | 首次揭示BATF2通过调控PTEN/AKT/ABCG2通路影响胃癌干细胞特性和化疗敏感性的新机制 | 样本量相对有限(9例胃癌样本),需在更大队列中验证 | 阐明BATF2在胃癌干细胞特性和化疗耐药性中的调控作用 | 胃癌细胞、肿瘤细胞球体、类器官和小鼠模型 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,细胞培养,肿瘤球体形成,类器官培养,免疫组化,免疫印迹 | NA | 单细胞转录组数据,体外实验数据,体内实验数据 | 9例胃癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99516
PMID:39629134
|
研究论文 | 结合空间转录组学和计算模型探索放射性药物治疗对前列腺癌肿瘤微环境的影响 | 首次将空间转录组学与计算建模相结合,系统评估不同靶向放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量分布和疗效差异 | 仅基于两名患者的三组空间转录组学数据集,样本量有限;假设所有配体具有相似的药代动力学参数可能不够准确 | 探索放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物学效应 | 前列腺癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学, 计算建模, 偏微分方程求解, 生理药代动力学模型 | 对流-反应-扩散模型, 线性二次模型, MIRD剂量学形式体系 | 空间转录组学数据 | 2名前列腺癌患者的3个空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2025-10-06 |
Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.102647
PMID:39659576
|
研究论文 | 本研究揭示了Pgam1通过介导Dusp1去磷酸化和降解破坏线粒体质量控制,加剧内毒素血症诱导的心肌功能障碍的分子机制 | 首次发现Dusp1是内毒素血症诱导心肌功能障碍的新型生物标志物,并阐明Pgam1-Dusp1轴在调节线粒体质量控制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究Dusp1和Pgam1在内毒素血症诱导心肌功能障碍中的作用机制 | 心肌细胞特异性基因敲除和转基因小鼠、LPS诱导的内毒素血症模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、qPCR、Seahorse分析、分子对接、Western blot | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、功能成像数据 | 基因工程小鼠模型,人类样本数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94537
PMID:38773982
|
研究论文 | 本研究通过阻断Vtn-C1qbp相互作用抑制肿瘤细胞与巨噬细胞通讯,增强巨噬细胞吞噬功能从而抑制肿瘤进展 | 首次发现Vtn-C1qbp轴是肿瘤中新的抗吞噬信号通路,并证明靶向该通路可增强免疫治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探索调控巨噬细胞吞噬功能的关键分子机制并开发新的肿瘤免疫治疗靶点 | 肿瘤细胞、肿瘤相关巨噬细胞、三阴性乳腺癌模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | CRISPR筛选、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞测序数据、流式细胞数据 | 小鼠肿瘤模型和公共数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
The CEBPB+ glioblastoma subcluster specifically drives the formation of M2 tumor-associated macrophages to promote malignancy growth
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.93473
PMID:38994023
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了CEBPB+胶质母细胞瘤亚群特异性驱动M2型肿瘤相关巨噬细胞形成以促进恶性肿瘤生长的机制 | 首次发现CEBPB转录网络在GBM亚群6中特异性调控M2型TAMs的招募和极化,涉及MCP1和SPP1-Integrin αvβ1-Akt信号通路 | NA | 探究胶质母细胞瘤中不同肿瘤细胞亚群与非肿瘤细胞相互作用的特异性机制 | 胶质母细胞瘤细胞亚群(特别是亚群6)和M2型肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
Energy competition remodels the metabolic glucose landscape of psoriatic epidermal cells
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.93764
PMID:38855186
|
研究论文 | 本研究揭示了银屑病表皮细胞中代谢竞争如何重塑葡萄糖代谢景观并驱动细胞过度增殖 | 首次发现银屑病中高增殖基底细胞通过代谢竞争从基底上层细胞夺取葡萄糖,并通过COX7B上调OXPHOS通路促进疾病进展 | 研究主要基于小鼠模型和类器官模型,在人类银屑病患者中的直接验证仍需进一步研究 | 探索代谢竞争在银屑病表皮细胞增殖和分化中的作用机制 | 银屑病表皮细胞,包括基底细胞和基底上层细胞 | 单细胞生物学 | 银屑病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 空间转录组学, 葡萄糖摄取实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 代谢数据 | imiquimod样小鼠模型和炎症类器官模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2025-10-06 |
Comprehensive multi-omics analysis of pyroptosis for optimizing neoadjuvant immunotherapy in patients with gastric cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.93124
PMID:38773976
|
研究论文 | 通过多组学分析焦亡在胃癌肿瘤微环境中的作用,构建焦亡风险评分用于优化新辅助免疫治疗 | 首次构建焦亡风险评分(PRS)作为胃癌免疫治疗的生物标志物,并验证其在预测新辅助免疫治疗效果中的价值 | 研究主要基于回顾性数据,需要更多前瞻性研究验证PRS的临床应用价值 | 探索焦亡在胃癌肿瘤微环境免疫调节中的作用及其对免疫治疗的影响 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 多组学分析,单细胞测序,多重免疫荧光 | 风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | 公共数据库925例+中国医疗队列978例+免疫治疗组48例+化疗组49例 | NA | 单细胞测序,多重免疫荧光 | NA | NA |
| 95 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics: A Powerful Tool in Disease Understanding and Drug Discovery
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.95908
PMID:38773973
|
综述 | 本文介绍空间转录组学的分析策略及其在疾病理解和药物发现中的应用 | 整合基因表达数据与空间位置信息,为药物靶点发现提供新视角 | 讨论了该研究领域当前面临的挑战和待解决问题 | 探讨空间转录组技术在疾病机制解析和药物研发中的应用 | 空间转录组技术及其在生物医学研究中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Nicotinamide phosphoribosyltransferase prompts bleomycin-induced pulmonary fibrosis by driving macrophage M2 polarization in mice
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94482
PMID:38773984
|
研究论文 | 本研究揭示了烟酰胺磷酸核糖转移酶通过驱动巨噬细胞M2极化促进博来霉素诱导的小鼠肺纤维化 | 首次阐明NAMPT在肺纤维化中的作用机制,发现其通过非酶依赖方式激活STAT6信号通路促进巨噬细胞M2极化 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究NAMPT在肺纤维化发生发展中的作用及分子机制 | 特发性肺纤维化患者样本、博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型、骨髓来源巨噬细胞 | 分子病理学 | 肺纤维化 | RNA-Seq, Western blotting, qRT-PCR, ELISA, 免疫组化染色, 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞图像 | 临床IPF患者样本和BLM诱导的小鼠肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Highlighting fibroblast plasticity in lung fibrosis: the WI-38 cell line as a model for investigating the myofibroblast and lipofibroblast switch
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.93519
PMID:38948058
|
研究论文 | 本研究利用WI-38人胚胎肺成纤维细胞系探索成纤维细胞向肌成纤维细胞和脂成纤维细胞分化的可逆转换机制 | 首次证实WI-38细胞系可作为研究肺纤维化中成纤维细胞可塑性分化的可靠模型,并验证了肌成纤维细胞与脂成纤维细胞之间的可逆转换 | 研究基于细胞系模型,需进一步在体内验证;与IPF患者来源数据的相关性仅为部分保守 | 探究肺纤维化中成纤维细胞分化的分子机制及可塑性转换 | WI-38人胚胎肺成纤维细胞系和特发性肺纤维化患者来源的肺成纤维细胞 | 细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 免疫荧光、qPCR、bulk RNA-Seq、单细胞转录组分析、肺泡球体实验 | 细胞分化模型 | 基因表达数据、转录组数据、图像数据 | WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
Mechanosensitive protein polycystin-1 promotes periosteal stem/progenitor cells osteochondral differentiation in fracture healing
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.93269
PMID:38646641
|
研究论文 | 本研究揭示了机械敏感蛋白多囊蛋白-1通过PC1-TAZ轴促进骨膜干细胞/祖细胞在骨折愈合中成骨软骨分化的机制 | 首次发现多囊蛋白-1通过促进转录共激活因子TAZ核转位来增强骨膜干细胞/祖细胞的成骨软骨分化能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索机械力调控骨折愈合的分子机制 | 骨膜干细胞/祖细胞(PSPCs) | 骨生物学 | 骨折愈合障碍 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-β activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.90627
PMID:38505604
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组数据,探索乳腺癌中不同癌症相关成纤维细胞亚群与免疫细胞排斥的关系 | 首次揭示了乳腺癌中不同CAF亚群的空间组织程度,发现EMILIN1作为TGF-β抑制剂在IFNγ-iCAFs中上调并直接调节TGFβ免疫抑制功能 | 样本量相对有限,研究结果需要在更大队列中验证 | 探索肿瘤微环境中CAF空间异质性与T细胞浸润的调控机制 | 乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 免疫组织化学分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 75例乳腺癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.92909
PMID:38505600
|
研究论文 | 本研究探讨了Gαi2在血管生成中的关键作用及其分子机制 | 首次系统揭示Gαi2通过调控NFAT信号通路影响内皮细胞功能和血管生成过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明Gαi2在血管生成中的功能作用和分子机制 | 内皮细胞、小鼠视网膜血管模型、糖尿病视网膜病变模型 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | shRNA、CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 多种内皮细胞类型和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |