单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2024-08-05	scMAE: a masked autoencoder for single-cell RNA-seq clustering 2024-01-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae020 PMID:38230824	研究论文	提出了一种基于掩码自编码器的细胞聚类新方法scMAE	scMAE通过引入掩码预测器，捕捉基因之间的关系，从而增强了聚类性能	未提及具体的限制	旨在提高scRNA-seq数据分析中的细胞聚类效果	针对15个来自不同测序平台的scRNA-seq数据集进行细胞聚类	数字病理学	NA	RNA-seq	掩码自编码器	基因表达数据	15个scRNA-seq数据集
942	2024-08-07	Ribogenesis boosts controlled by HEATR1-MYC interplay promote transition into brain tumour growth 2024-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-023-00017-1 PMID:38225354	研究论文	本文揭示了脑肿瘤启动细胞（TICs）在向肿瘤生长过渡期间，通过HEATR1-MYC相互作用增强核糖体生物发生的过程。	首次提出脑TICs在肿瘤生长前增强核糖体生物发生，并揭示了HEATR1与MYC结合促进核糖体RNA生成和TIC扩大的机制。	NA	研究肿瘤启动细胞向肿瘤生长过渡的早期事件及其分子机制。	脑肿瘤启动细胞（TICs）及其在肿瘤生长过程中的分子调控。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用果蝇神经干细胞模型进行研究
943	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Revealed That the Enrichment of TPI1+ Malignant Hepatocytes Was Linked to HCC Metastasis and Immunosuppressive Microenvironment 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S453249 PMID:38410699	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了TPI1+恶性肝细胞在肝细胞癌（HCC）转移和免疫抑制微环境中的作用	首次发现TPI1+恶性肝细胞群与HCC转移和免疫抑制微环境的关联，为HCC免疫治疗提供了新的潜在生物标志物	研究样本量较小，仅基于10个HCC样本的数据，可能影响结果的普遍性	探讨HCC转移相关微环境中特定细胞群的作用	HCC组织及其邻近和正常组织样本中的恶性肝细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	10个HCC样本
944	2024-08-04	COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment 2024-Jan-25, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-08918-z PMID:38270688	研究论文	这篇文章探讨了COL6A3基因如何通过促进线粒体自噬来增强骨髓间充质干细胞的成骨分化潜力	该研究首次揭示了COL6A3基因在骨质疏松微环境中通过增强线粒体自噬促进BMSCs分化的作用	在特定环境下进行的实验，可能不完全代表体内复杂的生理条件	研究COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的影响	研究对象为骨髓间充质干细胞（BMSCs）及其对COL6A3基因过表达的反应	干细胞生物学	骨质疏松症	西方印迹法（Western blotting）、免疫荧光	NA	细胞样本	NA
945	2024-08-07	Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89174 PMID:38389846	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）等方法，探讨了晶体肾病中细胞成分及其相互作用的变化，并发现Mrc1+巨噬细胞衍生的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖，从而减轻晶体肾病。	首次揭示了Mrc1+巨噬细胞在晶体肾病中的作用，及其通过IGF1促进肾小管细胞增殖的机制。	NA	研究晶体肾病中细胞特征及其相互作用，寻找潜在的治疗靶点。	晶体肾病中的细胞成分及其相互作用。	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组	超过40000个单细胞，包括不同阶段的肾小管细胞、T细胞、B细胞、骨髓细胞和间充质细胞。
946	2024-08-07	Correlation of Myeloid-Derived Suppressor Cell Expansion with Upregulated Transposable Elements in Severe COVID-19 Unveiled in Single-Cell RNA Sequencing Reanalysis 2024-Jan-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020315 PMID:38397917	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，探讨了可转座元件（TEs）在严重COVID-19患者中的表达与髓源抑制细胞（MDSCs）扩增之间的关联。	首次在单细胞水平上研究了可转座元件表达与COVID-19免疫反应中细胞功能的可能关联。	研究样本量较小，仅包括六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的支气管肺泡灌洗样本。	评估可转座元件表达与严重COVID-19患者中由SARS-CoV-2引发的免疫反应之间的可能关联。	严重COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本中的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的样本
947	2024-08-04	Pan-Cancer Analysis Reveals Disulfidoptosis-Associated Genes as Promising Immunotherapeutic Targets: Insights Gained from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jan-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020267 PMID:38397869	研究论文	本研究探讨了与二硫化死亡相关的基因作为免疫治疗靶标的潜力	首次揭示二硫化死亡在不同肿瘤中的免疫和预后作用	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏临床实验证据	揭示二硫化死亡在肿瘤发生中的机制和临床应用潜力	研究了与二硫化死亡相关的基因在多种癌症中的表达及其临床意义	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，实时PCR，西方印迹	NA	基因表达数据，细胞系数据	包括多种癌症样本与细胞系的比较，具体数量未提及
948	2024-08-04	Role and Therapeutic Potential for Targeting Fibroblast Growth Factor 10/FGFR1 in Relapsed Rheumatoid Arthritis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42674 PMID:37584284	研究论文	该文章探讨了针对成纤维细胞生长因子10/FGFR1在复发性类风湿关节炎中的作用和治疗潜力	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示FLS异质性及其在复发与缓解中的作用，提出针对FGF10/FGFR1的靶向治疗的新思路	样本数量较少，仅包含六个配对的滑膜组织样本，限制了结果的广泛适用性	本研究旨在识别成纤维细胞样滑膜细胞(FLSs)的异质性及其在复发性类风湿关节炎中的致病作用	研究对象为三名复发性RA患者和三名缓解期患者的滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	胶原诱导关节炎(CIA)模型	组织样本	六个配对的滑膜组织样本
949	2024-08-07	Endothelial Response to Type I Interferon Contributes to Vasculopathy and Fibrosis and Predicts Disease Progression of Systemic Sclerosis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42662 PMID:37488975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了I型干扰素在系统性硬化症患者中的作用及其对疾病进展的影响。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了内皮细胞中I型干扰素信号在系统性硬化症中的显著特征，并验证了其在疾病进展预测中的作用。	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模研究来验证这些发现。	探讨I型干扰素在系统性硬化症中的作用及其对疾病进展的影响。	系统性硬化症患者的皮肤组织。	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	61名系统性硬化症患者
950	2024-08-07	Comprehensive analysis of the impact of emerging flame retardants on prostate cancer progression: The potential molecular mechanisms and immune infiltration landscape 2024-01, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153681 PMID:38006928	研究论文	研究探讨新兴阻燃剂与前列腺癌之间的关联及其潜在的致癌机制和免疫浸润情况	构建了一个具有良好预测能力的前列腺癌风险模型，并验证了六个与阻燃剂相关的预后基因	NA	探索新兴阻燃剂与前列腺癌之间的联系及其潜在的致癌机制	新兴阻燃剂对前列腺癌进展的影响及其分子机制和免疫浸润情况	NA	前列腺癌	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析	NA	单细胞转录组数据	使用TCGA数据集和GSE70769数据集进行验证
951	2024-08-04	Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae047 PMID:38388681	研究论文	提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，用于单细胞RNA测序数据的持续细胞类型注释	结合了持续学习和预训练语言模型的方法，以解决细胞类型注释中的灾难性遗忘问题	未在摘要中提到具体的局限性	开发一个能够适应新数据并持续更新细胞类型注释的工具	针对单细胞RNA-seq数据中的细胞类型进行注释	自然语言处理	NA	预训练语言模型	变换器模型	RNA-seq数据	涉及大量未标记的RNA-seq数据和新到达的标注数据
952	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2024-01-22, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03259-5 PMID:38254179	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞是一种新的炎症性T细胞亚群	本研究首次识别出PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群，并揭示了与PD-1信号传导相关的新基因	本研究仅限于类风湿关节炎患者，且需要进一步研究以全面了解PD-1在滑膜T细胞中的作用	探索PD-1信号传导在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA测序数据	类风湿关节炎患者的多个样本
953	2024-08-07	Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes 2024-01-03, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03220-6 PMID:38173036	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析，以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性，并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。	研究样本量较小，批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本，单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。	旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。	非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。	数字病理学	腰痛	RNA测序	NA	RNA	批量RNA测序：4个非退化样本，4个退化样本；单细胞RNA测序：1个非退化样本，1个退化样本。
954	2024-08-04	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	该研究揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	通过单细胞转录组分析，发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，特别是具有中间表型的促炎巨噬细胞样平滑肌细胞	该研究对个别平滑肌细胞表型及其分子动态的贡献仍然缺乏深入的剖析	探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化进展中的作用及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞组成及其功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序、RNA测序	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
955	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
956	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本
957	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
958	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
959	2024-08-04	BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae045 PMID:38385877	研究论文	本文介绍了BiGATAE，一种改进的双分图注意力自编码器，用于多切片空间转录组数据的识别	BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，实现了对多切片聚类的增强	本文未解决所有可能的空间领域识别的复杂性和多样性问题	研究旨在提高空间转录组学中多切片聚类的性能	本文研究的对象是组织切片中的基因表达模式及其空间域	数字病理学	NA	空间转录组学	图注意力网络	基因表达数据	三种不同的数据集
960	2024-08-04	Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927 PMID:38154234	研究论文	研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义	首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性	未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据	评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力	膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片	IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照