单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 941 - 960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2024-08-04 |
scRNA-seq characterizing the heterogeneity of fibroblasts in breast cancer reveals a novel subtype SFRP4+ CAF that inhibits migration and predicts prognosis
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1348299
PMID:38686196
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中癌相关成纤维细胞的异质性，并首次发现了一种新的SFRP4+ CAF亚型，抑制迁移并预测预后 | 首次鉴定了SFRP4+ CAF亚型，主要存在于正常组织中，并发现其对乳腺癌细胞迁移具有抑制作用 | 尽管发现了新的CAF亚型，但其功能机制和临床应用仍需进一步研究 | 旨在全面了解乳腺癌中癌相关成纤维细胞的特征和作用 | 研究对象为14个乳腺癌正常-肿瘤配对样本中的CAF | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 样本 | 14个乳腺癌正常-肿瘤配对样本 |
| 942 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing and ATAC sequencing identify novel biomarkers for bicuspid aortic valve-associated thoracic aortic aneurysm
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1265378
PMID:38685981
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序和ATAC测序识别与二尖瓣主动脉和胸主动脉瘤相关的新生物标志物 | 首次系统性评估了二尖瓣主动脉与胸主动脉瘤相关组织的细胞组成，并识别了不同表达基因 | 样本量较小，仅来自两名BAV患者和两名心脏移植供体 | 提高对二尖瓣主动脉病因学的理解 | 二尖瓣主动脉和胸主动脉瘤相关的组织样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，ATAC测序 | NA | 组织样本 | 4个样本（2名BAV患者和2名心脏移植供体） |
| 943 | 2024-08-05 |
A Novel Four-Gene Signature Based on Nonsense-Mediated RNA Decay for Predicting Prognosis in Hepatocellular Carcinoma: Bioinformatics Analysis and Functional Validation
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S450711
PMID:38680213
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研究论文 | 本文提出了一种基于无义介导的RNA降解(NMD)的四基因风险模型，用于预测肝细胞癌的预后 | 创新的NMD风险模型通过四个NMD相关基因有效区分肝细胞癌的高低风险组 | 尚未提及具体的临床试验数据来进一步支持模型的临床适用性 | 研究NMD在肝细胞癌预后方面的潜力 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox回归 | 无 | 基因表达数据 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 |
| 944 | 2024-08-04 |
Gene Expression Patterns in the Ctenophore Pleurobrachia bachei: In Situ Hybridization
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3642-8_9
PMID:38668969
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研究论文 | 本研究提出了一种用于观察海洋无脊椎动物Pleurobrachia bachei的基因表达模式的原位杂交方法 | 提供了适用于高度脆弱的动物的原位杂交协议，并展示了细胞表型标记的表达模式 | 对脆弱动物的应用具有挑战性，可能限制了方法的通用性 | 研究Ctenophora类动物的基因表达模式 | 成年Pleurobrachia bachei | 数字病理学 | NA | 原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 成年Pleurobrachia bachei的样本 |
| 945 | 2024-08-04 |
Analysis and Visualization of Single-Cell Sequencing Data with Scanpy and MetaCell: A Tutorial
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3642-8_17
PMID:38668977
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教程 | 本章节提供了对单细胞RNA测序数据分析流程的概述和实践指南 | 提出了使用Scanpy和MetaCell的实用指南，以及对主要分析步骤和数据可视化的最佳实践的比较 | 尚未充分代表用户在使用scRNA-seq分析中所需的实用指南 | 旨在为单细胞RNA测序的数据分析提供系统性的方法和实用指南 | 以单细胞RNA测序数据为研究对象，分析生物样本的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 使用了来自栅鳗鱼的scRNA-seq数据集，相应样本大小未具体说明 |
| 946 | 2024-08-05 |
hsa-miR-34a-5p enhances temozolomide anti-tumoral effects on glioblastoma: in-silico and in-vitro study
2024, EXCLI journal
IF:3.8Q1
DOI:10.17179/excli2023-6404
PMID:38655096
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研究论文 | 本研究探讨了hsa-miR-34a-5p及其与替莫唑胺组合对胶质母细胞瘤的影响及相关分子机制 | 本研究验证了hsa-miR-34a-5p在增强替莫唑胺抗肿瘤效应中的作用，并揭示了其通过MAPK通路的机制 | 研究未提及样本的临床前验证和长期效果 | 研究hsa-miR-34a-5p及其与替莫唑胺组合在胶质母细胞瘤中的抗肿瘤效果 | 胶质母细胞瘤细胞系A172及TCGA-GTEx, CGGA等多个数据集 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | qRT-PCR, MTT, 流式细胞术, 克隆形成实验, Annexin V/PI分析 | NA | RNA测序 | 使用了多个数据集及A172细胞系进行分析 |
| 947 | 2024-08-05 |
Investigating the Cell Origin and Liver Metastasis Factors of Colorectal Cancer by Single-Cell Transcriptome Analysis
2024, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S454295
PMID:38644955
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌肝转移的细胞来源和驱动因素 | 本研究首次利用单细胞分析中发现了与肝转移相关的上皮细胞，并建立了LM指数预测肝转移风险 | 本研究的功能实验仅在体外进行，尚未在体内验证 | 研究结直肠癌肝转移风险相关的细胞来源和生物标志物 | 结直肠癌患者特别是高风险肝转移的患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 948 | 2024-08-05 |
Identification of tumor heterogeneity associated with KRAS/TP53 co-mutation status in lung adenocarcinoma based on single-cell RNA sequencing
2024, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:38455404
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序研究KRAS/TP53共突变状态对肺腺癌的影响 | 提出了一种包含七个预后基因的新预测风险模型，并通过LASSO回归验证其预测能力 | NA | 探讨KRAS/TP53共突变状态对肺腺癌肿瘤微环境的影响 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 949 | 2024-08-05 |
Single-cell type annotation with deep learning in 265 cell types for humans
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae054
PMID:38645719
|
研究论文 | 本文开发了一个基于深度学习的单细胞类型预测工具，能够为人类的265种不同细胞类型赋予类型标签 | 该工具首先通过对约五百万个细胞的数据进行处理，并利用细胞本体校正注释，从而显著提高了模型的准确性 | 目前数据库中的不一致标记影响了模型的准确性，并且依赖于现有数据库的注释限制了未来的应用 | 旨在通过深度学习工具提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释准确性 | 研究对象为265种不同的人类细胞类型 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | RNA测序数据 | 约五百万个细胞 |
| 950 | 2024-08-05 |
The functional role of L-fucose on dendritic cell function and polarization
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1353570
PMID:38646527
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研究论文 | 本文报告了饮食糖L-岩藻糖对树突细胞功能和极化的影响 | 提供了L-岩藻糖增强树突细胞功能的新机制，首次证明其能提高抗肿瘤免疫反应 | 研究中未提及样本规模或长期效果评估 | 探讨如何利用L-岩藻糖提升树突细胞的功能以增强免疫治疗 | 研究了L-岩藻糖对树突细胞的极化和免疫刺激活性的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子数据 | 小鼠模型中的肿瘤浸润树突细胞 |
| 951 | 2024-08-04 |
A case report of a family with developmental arrest of human prokaryotic stage zygote
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1280797
PMID:38606321
|
病例报告 | 研究了一对父母及其子女的遗传变异，导致其在受精过程中出现PN停滞现象 | 首次揭示了与人类PN期合子停滞相关的遗传变异及其机制 | 研究样本仅限于一家人，可能无法代表更广泛的群体 | 探讨导致PN期合子停滞表型的遗传变异 | 研究对象为一对出现多次PN停滞的夫妇及其后代 | 数字病理学 | 女性不育 | 全外显子测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据和转录组数据 | 2名个体的外周血样本及3个PN停滞合子 |
| 952 | 2024-08-04 |
Challenges and Opportunities for the Clinical Translation of Spatial Transcriptomics Technologies
2024 Jan-Dec, Glomerular diseases
DOI:10.1159/000538344
PMID:38600956
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综述 | 本文讨论了空间转录组学技术的临床转化的挑战和机遇。 | 探讨了GeoMx和Visium平台在肾脏疾病研究中的新见解。 | NA | 阐明肾脏疾病的病理生理学并开发新的诊断测试。 | 主要集中在跟踪空间上解析的基因和蛋白质表达数据。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因和蛋白质表达数据 | NA |
| 953 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970
PMID:38629071
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研究论文 | 本文研究了骨肉瘤中T细胞耗竭及免疫反应的全景。 | 本文提出了一种基于T细胞耗竭相关基因的预后模型，并揭示了CD8+ T细胞在骨肉瘤微环境中的不同耗竭情况。 | 研究主要依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫治疗和进展中的作用。 | 研究对象为骨肉瘤中的CD8+ T细胞及其亚群。 | 数字病理 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 使用了GEO数据库中的单细胞RNA-seq数据，具体样本量未说明。 |
| 954 | 2024-08-04 |
Integration of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct liver hepatocellular carcinoma stem cell signatures to explore their impact on patient prognosis and treatment
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298004
PMID:38635528
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研究论文 | 本研究整合了单细胞RNA测序和整体RNA测序，以构建肝细胞癌干细胞特征，并探讨其对患者预后和治疗的影响 | 开发了一种与癌症干细胞相关的预后风险特征，为肝细胞癌的诊断、预后和治疗提供了新的思路 | 尚未提及具体的限制 | 探讨干细胞特征与肝细胞癌患者预后及治疗之间的关系 | 肝细胞癌患者的干细胞特征及其相关基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，整体RNA转录组数据 | 风险模型 | 基因组数据 | NA |
| 955 | 2024-08-07 |
CD177 drives the transendothelial migration of Treg cells enriched in human colorectal cancer
2024, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.1506
PMID:38596253
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研究论文 | 本研究探讨了CD177在人结直肠癌中浸润调节性T细胞（Treg细胞）中的表达模式及其对Treg细胞迁移能力的影响 | 发现CD177高表达的Treg细胞具有更强的激活状态和跨内皮迁移能力，为免疫治疗提供了新的潜在靶点 | 研究仅限于体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 旨在识别增强免疫治疗效果的潜在靶点 | 结直肠癌患者的肿瘤组织、瘤周组织和外周血单个核细胞中的Treg细胞 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术 | NA | RNA序列数据、生存数据 | 21例结直肠癌患者样本 |
| 956 | 2024-08-07 |
Deconvolution of synovial myeloid cell subsets across pathotypes and role of COL3A1+ macrophages in rheumatoid arthritis remission
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1307748
PMID:38601143
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和去卷积分析，探讨了不同病理类型下关节滑膜单核/巨噬细胞（Mo/Mp）亚群的分布及其在类风湿关节炎（RA）缓解中的作用 | 首次报道了COL3A1+巨噬细胞在不同病理类型RA中的分布及其可能的免疫调节功能 | NA | 研究不同病理类型下关节滑膜单核/巨噬细胞亚群的分布及其在类风湿关节炎活动和缓解中的作用 | 关节滑膜单核/巨噬细胞亚群及其在类风湿关节炎中的作用 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 去卷积分析, 多色免疫荧光, 流式细胞术 | NA | RNA-seq数据 | 81名早期关节炎队列（PEAC）患者 |
| 957 | 2024-08-07 |
Elucidating the changes in the heterogeneity and function of radiation-induced cardiac macrophages using single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363278
PMID:38601160
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了辐射诱导的心脏损伤小鼠模型中，心脏巨噬细胞异质性和功能的早期变化 | 首次在辐射诱导的心脏损伤动物模型中，描述了早期阶段巨噬细胞的多样性、特征及其演变 | NA | 研究辐射诱导心脏损伤后心脏功能的早期变化及心脏巨噬细胞在此过程中的作用 | 辐射诱导心脏损伤的小鼠模型中的心脏巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自心脏组织的免疫细胞 |
| 958 | 2024-08-07 |
Advancing diabetes treatment: the role of mesenchymal stem cells in islet transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1389134
PMID:38605972
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综述 | 本文综述了间充质干细胞（MSCs）在胰岛移植治疗糖尿病中的作用 | 利用MSCs的免疫调节特性和分化潜能，以及MSC衍生的细胞外囊泡等创新方法，来提高胰岛移植的效果 | MSCs的异质性和治疗应用的优化仍存在挑战 | 探讨MSCs在提高胰岛移植疗效中的作用，并评估其在糖尿病治疗中的潜力 | 间充质干细胞（MSCs）及其在胰岛移植中的应用 | 再生医学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 959 | 2024-08-07 |
Unraveling the tumor immune microenvironment of lung adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing
2024, Therapeutic advances in medical oncology
IF:4.3Q2
DOI:10.1177/17588359231210274
PMID:38606165
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综述 | 本文系统回顾了使用单细胞RNA测序技术在肺腺癌中研究肿瘤免疫微环境的最新进展 | 总结了肿瘤免疫微环境的异质性及其在患者预后和治疗反应中的相关标记物或模型 | NA | 探讨肿瘤免疫微环境在肺腺癌发展和治疗中的作用 | 肺腺癌的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 960 | 2024-08-07 |
Amino acid transporter SLC7A5 regulates cell proliferation and secretary cell differentiation and distribution in the mouse intestine
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.94297
PMID:38617535
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研究论文 | 本文研究了氨基酸转运蛋白SLC7A5在小鼠肠道中的作用，发现其影响细胞增殖和分泌细胞的分化与分布 | 首次报道了肠道上皮细胞特异性敲除氨基酸转运蛋白SLC7A5，并揭示了其对mTORC1信号通路的影响 | NA | 探讨SLC7A5在肠道上皮细胞增殖和分泌细胞分化中的作用 | 小鼠肠道上皮细胞和分泌细胞 | 生物学 | NA | scRNA-seq, 电子显微镜 | NA | 细胞 | 小鼠肠道隐窝细胞 |