单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-08-07	Identification of Transcriptomic Signatures of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma-Derived Exosomes That Promote Macrophage M2 Polarization and Predict Prognosis: S100A9 Reveals Tumor Progression 2024, Clinical Medicine Insights. Oncology DOI:10.1177/11795549241239042 PMID:38510315	研究论文	本研究通过分析胰腺导管腺癌（PDAC）细胞衍生的外泌体中的关键基因，揭示了其促进巨噬细胞M2极化并预测预后的机制，特别是S100A9在肿瘤进展中的作用	本研究首次建立了PDAC衍生外泌体和M2巨噬细胞的风险评分模型，并揭示了S100A9在巨噬细胞M2极化中的重要作用	NA	探讨胰腺导管腺癌细胞衍生的外泌体如何促进巨噬细胞M2极化及其在预后预测中的作用	胰腺导管腺癌细胞衍生的外泌体、巨噬细胞M2极化、S100A9基因	数字病理学	胰腺癌	差异表达基因分析（DEGs）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、多变量Cox回归分析、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹（western blot）、流式细胞术、细胞转染、Transwell实验、CCK-8实验	风险评分模型	基因表达数据	使用来自exoRbase 2.0、TCGA和ICGC数据库的数据，以及BxPC-3细胞系的外泌体进行体外实验
882	2024-08-07	G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92909 PMID:38505600	研究论文	本研究探讨了Gαi2（G蛋白亚基alpha i2）在血管内皮细胞功能和血管生成中的潜在作用	首次详细研究了Gαi2在血管生成中的作用，并揭示了其在NFAT激活和内皮细胞激活中的关键角色	NA	研究Gαi2在血管生成中的作用及其对内皮细胞功能的影响	Gαi2在血管内皮细胞中的表达及其对细胞增殖、迁移、侵袭和毛细血管形成的影响	生物学	糖尿病视网膜病变	shRNA, CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多种内皮细胞类型和实验小鼠模型
883	2024-08-07	Dynamic pathological analysis reveals a protective role against skin fibrosis for TREM2-dependent macrophages 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94121 PMID:38505612	研究论文	本研究通过建立小鼠疾病模型并进行单细胞RNA测序，探讨了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用	首次揭示了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用，并发现疾病相关TREM2巨噬细胞可能经历类似胎儿皮肤的再编程	NA	探讨TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的作用及其分子机制	TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的作用	数字病理学	皮肤纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类样本
884	2024-08-07	An advanced comprehensive muti-cell-type-specific model for predicting anti-PD-1 therapeutic effect in melanoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91626 PMID:38505619	研究论文	本研究通过单核测序和多色免疫荧光染色技术，分析了黑色素瘤患者在接受抗PD-1治疗前后肿瘤组织的细胞亚群变化，并开发了一个基于这些亚群的预测模型，用于评估抗PD-1治疗的疗效	本研究首次描述了与抗PD-1治疗效果密切相关的四个细胞亚群，并构建了一个基于这些亚群的预测模型，为评估抗PD-1治疗效果提供了新方法	本研究主要集中在细胞亚群的识别和预测模型的开发，未详细探讨这些细胞亚群在抗PD-1治疗中的具体作用机制	探讨黑色素瘤患者接受抗PD-1治疗后的细胞亚群变化及其对治疗效果的影响	黑色素瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	黑色素瘤	单核测序	预测模型	细胞数据	多个黑色素瘤患者的肿瘤组织样本
885	2024-08-07	Fibroblasts facilitate lymphatic vessel formation in transplanted heart 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92103 PMID:38505621	研究论文	本研究探讨了心脏移植后淋巴管形成的机制，特别是激活的成纤维细胞在其中的作用	首次揭示了激活的成纤维细胞在心脏移植后淋巴管形成中的关键作用，并阐明了相关的信号通路	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类中验证这些发现	探究心脏移植后淋巴管形成的机制及其对移植心脏存活的影响	心脏移植后的淋巴管形成及激活的成纤维细胞的作用	NA	NA	scRNA-seq, Elisa assay, Western blotting, Q-PCR, 免疫组织化学染色	NA	细胞数据	小鼠模型
886	2024-08-04	Integrated analysis reveals crosstalk between pyroptosis and immune regulation in renal fibrosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1247382 PMID:38343546	研究论文	这项研究探讨了程序性焦亡在肾纤维化中的免疫微环境调节中的潜在作用	本研究揭示了程序性焦亡与免疫调节之间的交叉作用，并识别了五种中心调节因子作为肾纤维化的生物标志物	本研究的局限性在于使用的是动物模型，可能无法完全反映人类肾纤维化的复杂性	研究肾纤维化中程序性焦亡与免疫微环境之间的关系	研究对象为肾纤维化患者的样本和小鼠模型	数字病理学	肾脏疾病	RNA-seq	NA	基因表达数据	包括肾纤维化和正常肾样本的27个程序性焦亡相关调节因子的评估
887	2024-08-07	"The Good, the Bad, and the Ugly" - About Diverse Phenotypes of Hepatic Stellate Cells in the Liver 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.002 PMID:38216053	research paper	本文探讨了肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物在慢性肝损伤进展中的多样性表型及其作用	利用遗传谱系追踪模型和单细胞转录组及蛋白质组分析技术，揭示了HSC和MF群体在健康状态及慢性肝损伤各阶段组织变形中的隐藏异质性	NA	识别HSC/MF轴上的不同表型，为针对特定MF表型作为慢性肝损伤潜在治疗方法奠定基础	肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物，即肌成纤维细胞（MFs）	NA	肝病	遗传谱系追踪模型，单细胞转录组及蛋白质组分析	NA	转录组，蛋白质组	NA
888	2024-08-04	Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord 2024-Jan-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92046 PMID:38289829	研究论文	该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱，分类了脊髓神经元并分析了其空间分布	首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究	成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限	研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性	来自九名人类供体的脊髓神经元	数字病理学	神经疾病	单核RNA测序和空间转录组技术	NA	转录组数据	来自九名人类供体的样本
889	2024-08-04	Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo 2024-Jan-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87099 PMID:38284404	研究论文	研究揭示了在秀丽隐杆线虫胚胎发育早期，细胞命运指定中的基因调控模式	提出了独特的基因调控编码，展示了不同谱系的基因表达模块和细胞位置的编码	研究未能考虑细胞间的交互作用对细胞命运指定的影响	探讨细胞命运指定过程中基因表达模式的形成	聚焦于秀丽隐杆线虫胚胎细胞早期的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	分析了从1细胞到102细胞阶段的119种胚胎细胞状态
890	2024-08-07	Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins 2024-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01734-7 PMID:37055623	研究论文	本文介绍了Dandelion计算流程，用于单细胞适应性免疫受体（scVDJ-seq）分析，以探索淋巴细胞发育起源	Dandelion能够应用标准V(D)J分析工作流程于单细胞数据集，提供改进的V(D)J contig注释和非生产性及部分剪接contig的识别	NA	研究淋巴细胞生物学，特别是人类胸腺发育轨迹和细胞系承诺的调控因子	单细胞基因表达和适应性免疫受体序列数据	生物信息学	NA	scVDJ-seq	NA	基因表达数据	NA
891	2024-08-07	Opportunities and tradeoffs in single-cell transcriptomic technologies 2024-01, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2023.10.003 PMID:37953195	review	本文综述了单细胞转录组技术的最新进展及其优缺点	介绍了长读长测序方法在单细胞转录组分析中的应用，突破了以往全转录组表征的障碍	单细胞转录组分析中仍存在细胞数量与全长转录本覆盖度之间的权衡问题	全面概述单细胞转录组分析的可用选项，并强调每种方法的关键优缺点	单细胞转录组技术及其应用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
892	2024-08-04	Effective multi-modal clustering method via skip aggregation network for parallel scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae102 PMID:38493338	研究论文	提出了一种有效的多模态聚类模型scEMC，用于平行分析scRNA-seq和scATAC-seq数据	引入了跳跃聚合网络以同时学习细胞间的全局结构信息并整合不同模态的数据	未提及具体的局限性	提高单细胞RNA-seq和Assay of Transposase Accessible Chromatin数据的聚类性能	研究细胞亚群和肿瘤微环境	数字病理学	NA	Zero Inflated Negative Binomial-denoising autoencoder	跳跃聚合网络	RNA-seq和ATAC-seq数据	NA
893	2024-08-04	DOT1L promotes expression of CD44 through the Wnt/β-catenin signaling pathway in early gastric carcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90170 PMID:38495505	研究论文	本研究评估了DOT1L基因在胃癌组织中的表达及其促进癌症干细胞介导的上皮-间质转化的功能	发现DOT1L通过Wnt/β-连环蛋白信号通路促进CD44的表达，揭示了其在胃癌干细胞调节中的重要性	样本量相对较小，限制了结果的广泛适用性和外推性	研究DOT1L在早期胃癌中的作用及其机制	通过单细胞测序分析早期胃癌和低级别上皮内瘤变的组织样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序、单细胞测序	NA	组织样本	24个样本（来自8名患者的3个阶段，其中每个阶段各8个样本）
894	2024-08-04	Identification of T-cell exhaustion-related genes and prediction of their immunotherapeutic role in lung adenocarcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.92839 PMID:38495503	研究论文	本文探讨了与T细胞耗竭相关的基因及其在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	构建了一个基于T细胞耗竭的模型，用于评估肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	未提及具体的实验限制	探讨T细胞耗竭对肿瘤微环境的影响及其在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq)，RNA-seq	LASSO-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA和GEO的LUAD患者数据，涉及多个验证队列
895	2024-08-04	scGIR: deciphering cellular heterogeneity via gene ranking in single-cell weighted gene correlation networks 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae091 PMID:38487851	研究论文	本文介绍了一种新算法scGIR，用于通过基因排名解读单细胞RNA测序中的细胞异质性	提出了一种新颖的单细胞基因相关性网络算法，通过权重处理基因表达水平，增强了基因重要性排序	尚未在各种细胞类型和实验条件下全面验证该算法的适用性	研究单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	针对九个真实的scRNA-seq数据集进行基因重要性分析	数字病理学	NA	scRNA-seq	随机游走模型	基因表达数据	九个scRNA-seq数据集
896	2024-08-04	scDOT: enhancing single-cell RNA-Seq data annotation and uncovering novel cell types through multi-reference integration 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae072 PMID:38436563	研究论文	本文介绍了一种基于距离度量学习和最优传输的单细胞RNA注释方法scDOT，用于整合多个参考数据集并发现新型细胞类型	提出了一种新颖的优化框架，结合距离度量学习和最优传输，同时开发了可解释的评分系统	NA	提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型的注释精度	多样化的基准数据集，包括各种组织和细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	生物数据	使用了两组不同的基准数据集
897	2024-08-07	Inhibiting PLA2G7 reverses the immunosuppressive function of intratumoral macrophages and augments immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2024-01-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008094 PMID:38272562	研究论文	本文研究了磷脂酶A2组VII（PLA2G7）在肝细胞癌（HCC）中的作用，并探讨了抑制PLA2G7对肿瘤内巨噬细胞免疫抑制功能的影响及其在免疫治疗中的应用	发现PLA2G7在肿瘤内巨噬细胞中的高表达与免疫治疗抵抗和预后不良相关，并通过药物抑制PLA2G7增强了免疫检查点阻断疗法的疗效	NA	旨在识别与HCC进展及免疫治疗抵抗相关的巨噬细胞亚群	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤内巨噬细胞及其对免疫治疗的影响	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及HCC患者的组织样本及HCC小鼠模型
898	2024-08-07	Biomarkers of Pathologic Complete Response to Neoadjuvant Immunotherapy in Mismatch Repair-Deficient Colorectal Cancer 2024-01-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2213 PMID:37906636	研究论文	本研究旨在识别错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗病理完全反应的生物标志物	本研究首次综合分析了基因组、转录组和免疫细胞密度，以及肿瘤微环境对病理完全反应的影响	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索错配修复缺陷型结直肠癌患者对新辅助免疫治疗反应的生物标志物	42名接受新辅助PD-1阻断治疗的错配修复缺陷型结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	下一代测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫细胞密度数据	42名患者
899	2024-08-07	scRNA-Seq and Bulk-Seq Analysis Identifies S100A9 Plasma Cells as a Potentially Effective Immunotherapeutic Agent for Multiple Myeloma 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S452062 PMID:38481477	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量测序技术分析多发性骨髓瘤患者，识别出S100A9浆细胞作为潜在有效的免疫治疗剂	本研究首次通过单细胞RNA测序和批量测序技术，识别出S100A9浆细胞在多发性骨髓瘤免疫治疗中的潜在作用	NA	研究多发性骨髓瘤的免疫治疗策略	多发性骨髓瘤患者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量测序	NA	RNA	多发性骨髓瘤患者样本
900	2024-08-07	Data-driven detection of age-related arbitrary monotonic changes in single-cell gene expression distributions 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16851 PMID:38344300	研究论文	本研究介绍了一种新的工作流程，用于检测单细胞表达谱中与年龄相关的任意单调变化分布	使用信息论量化分布差异，并通过距离矩阵进行关联分析	NA	理解衰老背后的机制	单细胞基因表达随年龄的变化	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA