单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2024-08-07	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.04.574196 PMID:38260616	研究论文	本文描述了通过多种测序技术识别出一种由表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群，该亚群在重新刺激后表现出加剧的促炎反应	首次揭示了星形胶质细胞记忆由代谢酶ATP柠檬酸裂解酶（ACLY）和组蛋白乙酰转移酶p300共同调控，这一发现为神经系统疾病的治疗提供了新的靶点	NA	研究星形胶质细胞在中枢神经系统病理中的作用及其调控机制	星形胶质细胞及其在多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、核酸检测和测序的细胞特异性聚焦（FIND-seq）、CRISPR/Cas9基因扰动研究	NA	细胞	急性和慢性EAE模型中的星形胶质细胞，慢性MS病变中的人类星形胶质细胞
862	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing provides insight into multiple chemotherapy resistance in a patient with refractory DLBCL: a case report 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1303310 PMID:38533514	病例报告	本研究利用单细胞转录组测序和常规批量下一代测序（NGS）分析了一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者的肿瘤全景	结合NGS和单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤微环境中的异质性和免疫抑制特性，为治疗难治性DLBCL提供了潜在的治疗靶点	研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证	阐明DLBCL进展的机制并开发新的治疗方法	一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组测序, NGS	NA	转录组	单一患者样本
863	2024-08-07	Identification of TIMPs signatures in Randall plaque from single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) analysis 2024-Jan-16, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01296-0 PMID:38225514	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
864	2024-08-07	Comparative study on differential expression analysis methods for single-cell RNA sequencing data with small biological replicates: Based on single-cell transcriptional data of PBMCs from COVID-19 severe patients 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0299358 PMID:38536877	研究论文	本文比较了在生物学重复样本较少的情况下，八种差异表达分析（DEA）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的适应性	提出了基于信息熵的新方法DEF-scRNA-seq，在生物学重复样本较少的情况下具有显著优势	NA	评估和比较在生物学重复样本较少的情况下，不同差异表达分析方法的性能	COVID-19重症患者的PBMCs单细胞转录组数据	单细胞测序	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	生物学重复样本较少
865	2024-08-07	Association Between Diverse Cell Death Patterns Related Gene Signature and Prognosis, Drug Sensitivity, and Immune Microenvironment in Glioblastoma 2024-Jan-12, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-023-02181-4 PMID:38214842	研究论文	本研究基于多种程序性细胞死亡模式相关基因构建了一个新的预测胶质母细胞瘤（GBM）预后的模型，并探讨了该模型与药物敏感性和免疫微环境的关系	首次整合了11种程序性细胞死亡模式相关基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在不同数据集中的有效性	需要进一步的研究来验证该模型在更大规模样本和不同人群中的应用效果	开发一个有效的工具来预测GBM的预后，并探讨其与药物敏感性和免疫微环境的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后、药物敏感性和免疫微环境	数字病理学	脑瘤	转录组数据分析	Cox回归分析	转录组数据	使用了来自TCGA-GBM、REMBRANDT、CGGA和GSE162631数据集的GBM病例的bulk和单细胞转录组数据及临床数据
866	2024-08-07	Single-cell disulfidptosis regulator patterns guide intercellular communication of tumor microenvironment that contribute to kidney renal clear cell carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1288240 PMID:38292868	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肾透明细胞癌中的硫化物凋亡调控因子模式，揭示了其在肿瘤微环境中对细胞间通讯的影响及其与疾病进展和免疫治疗的关系	首次详细探讨了硫化物凋亡在肿瘤微环境中的具体作用，并揭示了其与肾透明细胞癌生物特性和预后的关联	研究样本量相对较小，且仅限于肾透明细胞癌，可能限制了结果的广泛适用性	探讨硫化物凋亡调控因子在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对疾病进展和免疫治疗的影响	肾透明细胞癌的肿瘤微环境中的单细胞	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	RNA	41,784个单细胞，来自7个肾透明细胞癌样本
867	2024-08-07	Cytotoxic CD8+ Temra cells show loss of chromatin accessibility at genes associated with T cell activation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1285798 PMID:38370415	研究论文	研究探讨了人类衰老过程中记忆T细胞的扩张及其与CMV感染的关系，特别是Temra细胞的表观遗传模式和细胞异质性	通过单细胞转录组分析和ATAC-seq技术，揭示了Temra细胞与Tcm/em细胞在染色质可及性方面的差异，并发现了与基因表达相关的染色质可及性位点	研究主要集中在Temra细胞与Tcm/em细胞的比较，未涉及其他T细胞亚群的全面分析	探究衰老和CMV感染对CD8 Temra细胞分子和细胞异质性的影响	CD8 Temra细胞及其与CMV感染的关系	免疫学	NA	ATAC-seq, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	涉及多个个体，具体数量未在摘要中明确
868	2024-08-07	Integrative analysis identifies cancer cell-intrinsic RARRES1 as a predictor of prognosis and immune response in triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1360507 PMID:38533207	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）的细胞组成异质性，并识别了与TME相关的基因RARRES1，该基因表达与TNBC患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICIs）反应呈正相关	本研究提出了一种定量评估TME免疫特征的方法，并提供了一个框架，通过综合分析识别与TME相关的癌细胞内在特征	NA	揭示三阴性乳腺癌中癌细胞与肿瘤微环境之间的关系，并识别预测治疗反应和预后的生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
869	2024-08-07	Regulatory T cells and IFN-γ-producing Th1 cells play a critical role in the pathogenesis of Sjögren's Syndrome 2024-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.23.576314 PMID:38328096	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用	报道了一个更准确的Sjögren综合征小鼠模型，并提供了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用的证据	NA	研究Sjögren综合征的发病机制	Sjögren综合征患者的唾液腺和泪腺以及淋巴组织	NA	自身免疫疾病	RNA测序, 流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	RNA	小鼠模型和Sjögren综合征患者的外周血单个核细胞
870	2024-08-07	GLIPR2: a potential biomarker and therapeutic target unveiled - Insights from extensive pan-cancer analyses, with a spotlight on lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1280525 PMID:38476239	研究论文	本研究通过广泛的数据集分析，探讨了GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达情况及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力，特别关注肺腺癌。	首次全面分析GLIPR2在多种癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，揭示了其在肺腺癌中的诊断和预后价值。	NA	探讨GLIPR2在多种癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。	GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达及其与免疫细胞浸润的关系。	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	NA	基因组数据	多中心队列涵盖多种癌症类型
871	2024-08-07	Coniferyl ferulate alleviate xylene-caused hematopoietic stem and progenitor cell toxicity by Mgst2 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1334445 PMID:38523643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了松脂素阿魏酸酯（CF）通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的作用	首次揭示了松脂素阿魏酸酯通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的新机制	NA	探讨松脂素阿魏酸酯对二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的缓解作用及其分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及二甲苯引起的毒性	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型中的骨髓造血干细胞和祖细胞
872	2024-08-07	scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae018 PMID:38517692	研究论文	本文提出了一种名为scHybridBERT的新型架构，用于通过整合基因调控和细胞图来分析单细胞RNA测序数据的时空动态，以提高细胞类型检测的准确性	scHybridBERT方法结合了时空嵌入和细胞图，通过多视角建模提高了单细胞聚类任务的准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型检测的准确性	单细胞RNA测序数据的时空动态	机器学习	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据	NA
873	2024-08-07	Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301128 PMID:38517922	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观，并识别了早期诊断标志物	本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制，并识别了24个早期诊断标志物	NA	探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制，并寻找早期诊断标志物	子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	逻辑回归（LR）、高斯朴素贝叶斯（GaussianNB）、k-最近邻（KNN）、支持向量机（SVM）、极端梯度提升（XGB）和神经网络（NK）	转录组数据	NA
874	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
875	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
876	2024-08-07	Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020276 PMID:37729611	研究论文	本研究通过整合单细胞水平的ATAC-seq和RNA-seq分析，探讨了t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控及其对BCL2依赖性的影响	首次在原代多发性骨髓瘤细胞中整合单细胞ATAC-seq和scRNA-seq分析，以获得与t(11;14)多发性骨髓瘤生物学和维奈托克抗药性相关的表观遗传调控和转录组的更深层次解析	NA	研究t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控及其对BCL2依赖性的生物学基础	t(11;14)多发性骨髓瘤及其对BCL2抑制剂维奈托克的敏感性	数字病理学	多发性骨髓瘤	ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞数据	原代多发性骨髓瘤样本
877	2024-08-07	Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021074 PMID:37824804	研究论文	本研究通过多种检测方法，包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序，分析了慢性活动性EB病毒病（CAEBV）患者的骨髓和外周血细胞，揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响	首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响	研究样本量较小，仅包括5名CAEBV患者和少数对照组，可能影响结果的普遍性	探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响	慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞	NA	慢性活动性EB病毒病	定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序	NA	RNA	5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照
878	2024-08-04	Comparative and integrative single cell analysis reveals new insights into the transcriptional immaturity of stem cell-derived β cells 2024-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10013-x PMID:38267908	研究论文	文章探讨了干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的转录身份，尤其是与原代胎儿和成年β细胞的关系	揭示了SC-β细胞具有独特的转录特征，特别是持续表达和激活前体和神经偏向基因网络	尚未明确SC-β细胞与原代β细胞的关系，需要进一步研究	研究干细胞衍生β细胞的转录身份及其发育过程中神经转录网络的作用	研究对象为干细胞衍生的β细胞、胎儿β细胞和成年β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞测序	NA	转录数据	NA
879	2024-08-04	Stimulated Human Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells Enhance the Osteogenesis and Cranial Bone Regeneration through IL-32 Mediated P38 Signaling Pathway 2024, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2024/6693292 PMID:38510207	研究论文	本研究探讨了刺激人脐带间充质干细胞（S-HuMSCs）对骨生成和颅骨再生的影响，重点分析了IL-32介导的P38信号通路	发现IL-32可以通过激活P38信号通路增强间充质干细胞的骨生成分化，揭示了IL-32在颅骨损伤治疗中的潜在疗效	本研究主要在体外和动物模型中进行，临床应用的效果尚待进一步验证	研究刺激人脐带间充质干细胞对骨生成及颅骨再生的机制	人脐带间充质干细胞（S-HuMSCs）及其IL-32高表达变体（IL-32highHuMSCs）	数字病理学	NA	单细胞测序、流式细胞术、定量实时聚合酶链反应、西方印迹	NA	细胞、组织	实验中使用了多种细胞类型和一只大鼠颅骨缺损模型
880	2024-08-07	Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-β activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.90627 PMID:38505604	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，研究了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）群体与免疫细胞排除之间的关系	首次展示了乳腺癌中不同CAF群体的空间组织程度，并发现EMILIN1表达与CD8+ T细胞浸润和高患者预后相关	研究结果表明，仅将TGF-β信号与特定CAF亚群相关联是不够的，因为来自其他CAF亚群的蛋白质可以调节其活性	探索肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞与免疫细胞之间的相互作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	转录组数据	75例乳腺癌患者样本