单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2024-08-04 |
Comprehensive analysis of the clinical significance and molecular mechanism of T-box transcription factor 3 in osteosarcoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96168
PMID:38911382
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研究论文 | 该文章研究了TBX3在骨肉瘤中的临床意义和分子机制 | 文章首次揭示TBX3在骨肉瘤进展中的潜在作用及其作为生物标志物的可能性 | 研究采用的数据来自微阵列和RNA-seq，可能存在数据偏差的风险 | 研究TBX3在骨肉瘤中的作用及其临床重要性 | 重点研究TBX3在不同骨肉瘤阶段的表达以及与疾病进展的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | NA |
| 802 | 2024-08-04 |
Integration of single-cell transcriptomics and epigenetic analysis reveals enhancer-controlled TIMP1 as a regulator of ferroptosis in colorectal cancer
2024-01, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01474-7
PMID:38032469
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研究论文 | 本研究探讨了增强子控制的基因在结直肠癌中对铁死亡的调控作用和机制。 | 发现TIMP1作为铁死亡调控因子通过增强子与转录因子SPI1结合而上调，提供了结直肠癌治疗的新分子靶点。 | 研究仅基于特定数据集的单细胞RNA测序和ChIP-seq数据，可能局限于这些特定样本的普适性。 | 研究增强子控制的基因在结直肠癌铁死亡中的作用和机制。 | 结直肠癌（CRC）中不同细胞群体及其与铁死亡的相关性。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 从GSE200997和GSE166254数据集中涉及的结直肠癌和正常结肠组织样本 |
| 803 | 2024-08-04 |
The Fibroblast Landscape in Stomach Carcinogenesis
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.001
PMID:38342299
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评论 | 本文总结和讨论了近年来关于人类胃中成纤维细胞组分从正常到化生、异型增生和癌症的研究。 | 本文创新点在于强调了成纤维细胞群体在胃癌发生过程中的异质性和可塑性，尤其是在化生和异型增生中的变化。 | 本文为综述，可能未包含某些最新的研究进展。 | 研究胃癌发生过程中成纤维细胞的组分和特征。 | 研究对象为人类胃中不同阶段（正常、化生、异型增生和癌症）的成纤维细胞。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 804 | 2024-08-04 |
Multi-omic profiling of breast tumor microenvironment uncovers a role of mitochondrial calcium gatekeepers
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.95979
PMID:38911376
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研究论文 | 本研究旨在阐明线粒体钙摄取1/2（MiCU1/2）在乳腺癌中的作用 | 采用针对整个肿瘤组织、单细胞和空间转录组分析的新型网络应用，发掘MiCU1/2与肿瘤免疫微环境之间的关联 | NA | 探讨MiCU1/2作为乳腺癌的独立诊断生物标志物及其预后预测的潜力 | 乳腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学方法 | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌患者的肿瘤样本 |
| 805 | 2024-08-05 |
Mussel inspired 3D elastomer enabled rapid calvarial bone regeneration through recruiting more osteoprogenitors from the dura mater
2024, Regenerative biomaterials
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/rb/rbae059
PMID:38911700
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研究论文 | 该研究开发了一种3D弹性体，促进了颅骨缺损的再生。 | 首次揭示了硬脑膜细胞与巨噬细胞之间的相互作用对颅骨全层修复的关键作用。 | 研究中未提及样本数量和临床试验情况，可能影响结果的广泛适用性。 | 探索新材料在颅骨再生中的应用及其机制。 | 主要研究硬脑膜细胞和巨噬细胞在颅骨愈合中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 3D弹性体 | 生物材料实验数据 | 8mm颅骨缺损模型 |
| 806 | 2024-08-05 |
A review on gene regulatory network reconstruction algorithms based on single cell RNA sequencing
2024-01, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01473-8
PMID:38032470
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综述 | 本文综述了15种基于单细胞RNA测序的基因调控网络重建工具及其优缺点 | 强调了单细胞RNA测序技术的进步如何促进了基因调控网络的重建 | 未能提供对所有GRN重建工具的深入验证 | 介绍不同的基因调控网络重建工具及其在单细胞RNA测序中的应用 | 15种基因调控网络重建工具 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 807 | 2024-08-05 |
Development and validation of matrix metalloproteinase for predicting prognosis and tumour microenvironment immune profiles in uterine corpus endometrial carcinoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.91277
PMID:38911387
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研究论文 | 本文探讨了基质金属蛋白酶（MMP）在预测子宫体癌患者预后和肿瘤微环境免疫特征中的应用 | 文章创新性在于构建了MMP评分系统，能够有效预测子宫内膜癌患者的预后与肿瘤微环境的免疫细胞浸润 | 尽管低MMP评分组患者预后较差，但对免疫治疗的反应更好，这一结论需要更深入的临床验证 | 研究的目的是评估MMP表达模式对子宫内膜癌预后的影响 | 研究对象为子宫内膜癌患者及其MMP相关的表达数据和临床信息 | 数字病理学 | 子宫癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 主成分分析（PCA） | 基因表达数据 | NA |
| 808 | 2024-08-05 |
Identification Of Endothelial Cell Immune-related Gene Signature for Lung Adenocarcinoma by Integrated Analysis of Single-cell and Bulk RNA Sequencing Data
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.94501
PMID:38911372
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研究论文 | 本研究旨在探讨内皮细胞免疫相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后价值，并提供进一步见解 | 通过整合单细胞和大规模RNA测序数据，构建了新的预后模型和预后标志，发展了针对LUAD患者的个性化治疗方向 | 研究的模型和标志还需要在更广泛的人群中进一步验证 | 研究内皮细胞免疫相关基因在肺腺癌中的作用及其预后价值 | 肺腺癌患者及其相关的内皮细胞免疫相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和大规模RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 分析了来自GEO数据库的单细胞RNA测序样本和来自TCGA的批量RNA测序数据 |
| 809 | 2024-08-04 |
SCIMAP: A Python Toolkit for Integrated Spatial Analysis of Multiplexed Imaging Data
2024, Journal of open source software
DOI:10.21105/joss.06604
PMID:38873023
|
研究论文 | 本文介绍了SCIMAP，一个用于多重成像数据的集成空间分析的Python工具包 | SCIMAP专门为多重成像数据的复杂性量身定制，提供了图像可视化与数据分析之间的无缝集成 | 目前尚未提及SCIMAP在特定研究领域的局限性 | 研究多重成像数据的空间关系及其统计显著性 | 主要研究不同细胞之间的空间关系 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 成像数据 | 涉及10个或更多细胞，测量多达100种生物分子 |
| 810 | 2024-08-04 |
Absence of Slc39a14/Zip14 in mouse pancreatic beta cells results in hyperinsulinemia
2024-01-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00117.2023
PMID:38019082
|
研究论文 | 本研究探讨了SLC39A14/ZIP14在小鼠胰腺β细胞中在胰岛素分泌中的作用 | 揭示了ZIP14在胰腺β细胞内的锌转运与葡萄糖刺激下的胰岛素分泌之间的关系，提供了对2型糖尿病治疗的新见解 | 尚未充分研究ZIP14在β细胞中的具体功能，以及其在磁共振成像中的应用 | 探索ZIP14介导的细胞内锌转运在葡萄糖刺激的胰岛素分泌及代谢反应中的作用 | 小鼠胰腺β细胞特定的ZIP14敲除模型 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | KO模型 | 体内，体外和外切除实验数据 | 使用了β-KO小鼠及分离的胰岛 |
| 811 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing of 3' RNA Transcripts
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3918-4_16
PMID:38907922
|
research paper | 本研究描述了一种通过单细胞封闭和捕获mRNA转录本3'端聚腺苷酸尾巴的单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法 | 结合细胞和分子条形码的技术创新使得能对细胞中表达的基因进行更精确的识别 | NA | 探讨单细胞RNA测序在细胞状态和行为研究中的应用 | 单个细胞内的RNA表达 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA | NA |
| 812 | 2024-08-05 |
Sequencing: 10X Genomics 3' HT Assay for Gene Expression
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3918-4_15
PMID:38907921
|
研究论文 | 本文章介绍了10X Genomics 3' HT试剂盒用于基因表达的单细胞RNA测序方法 | 此试剂盒引入了新的专有芯片，支持更高数量的细胞条形码和更大样本容量 | 没有提到特定的局限性 | 研究单细胞RNA测序技术以提升基因表达研究的准确性 | 研究对象为单个细胞及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达序列 | 每次实验最多可处理16个样本 |
| 813 | 2024-08-04 |
Clinically relevant molecular hallmarks of PFA ependymomas display intratumoral heterogeneity and correlate with tumor morphology
2024-01-24, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-023-02682-x
PMID:38265527
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研究论文 | 本文探讨了后颅窝A型（PF-EPN-A）ependymoma的分子特征及其肿瘤内部异质性与肿瘤形态之间的关联。 | 研究揭示了PF-EPN-A肿瘤内部的异质性以及其与肿瘤形态的临床相关性，尤其在细胞密度及其不同区域的DNA甲基化差异方面。 | 研究主要集中在113个样本，可能无法全面代表所有PF-EPN-A病例的分子特征。 | 识别PFA ependymomas中形态不同区域的分子差异及其临床意义。 | 分析113个PF-EPN-A样本以及40个相关复发样本。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数分析和原位荧光杂交（FISH） | NA | 组织样本 | 113个PF-EPN-A样本，包括40个复发样本 |
| 814 | 2024-08-05 |
Novel lissencephaly-associated NDEL1 variant reveals distinct roles of NDE1 and NDEL1 in nucleokinesis and human cortical malformations
2024-01-09, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-023-02665-y
PMID:38194050
|
研究论文 | 该研究识别了第一个与大脑皮层发育不良相关的NDEL1变异，并阐明了NDE1和NDEL1在细胞核运动和人类皮层畸形中的不同作用 | 首次识别了与大脑皮层回归症相关的NDEL1变异，揭示了NDE1和NDEL1在细胞核运动中的独特角色 | 未涉及NDEL1变异在其他类型发育不良中的潜在作用 | 研究NDE1和NDEL1在神经细胞迁移和皮层畸形发病机制中的作用 | 两个携带相同de novo体细胞马赛克NDEL1变异的患者 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | NA | 两个患者 |
| 815 | 2024-08-04 |
A pan-cancer single-cell transcriptional analysis of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in the tumor microenvironment
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372432
PMID:38903527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析肿瘤微环境中的抗原呈递癌相关成纤维细胞（apCAFs） | 首次深入解析了apCAFs在不同实体肿瘤类型中的作用及其与抗肿瘤效应的关系 | 研究主要依赖公共数据库的数据，可能存在数据的偏倚或不完整 | 探讨apCAFs在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的潜在影响 | 不同类型实体肿瘤中的抗原呈递癌相关成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9种不同类型的实体肿瘤数据集 |
| 816 | 2024-08-04 |
Investigating cellular similarities and differences between upper tract urothelial carcinoma and bladder urothelial carcinoma using single-cell sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1298087
PMID:38903524
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析了上尿路尿路上皮癌（UTUC）和膀胱尿路上皮癌（BLCA）之间的细胞相似性和差异 | 发现了UTUC和BLCA在细胞身份、免疫微环境和MARCKS表达模式方面的明显差异 | 样本量较小，仅分析了三例UTUC病例和四个正常输尿管组织 | 探讨UTUC的分子过程，识别UTUC与BLCA之间的生物学差异 | 上尿路尿路上皮癌和膀胱尿路上皮癌的细胞及其微环境 | 数字病理学 | 尿路癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 三例UTUC病例和四个正常输尿管组织 |
| 817 | 2024-08-05 |
Retinal ganglion cell type-specific expression of synuclein family members revealed by scRNA-sequencing
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.95598
PMID:38903914
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了视网膜神经节细胞中突触素家族成员的表达模式和作用 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析视网膜细胞中突触素的表达，专注于视网膜神经节细胞亚型 | 对于突触素家族成员在视网膜中的确切位置和作用仍缺乏全面理解 | 研究突触素家族成员在视网膜神经节细胞中的表达模式 | 健康和受伤视网膜中的视网膜神经节细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 人类、鼠和鸡的视网膜样本 |
| 818 | 2024-08-05 |
Immune cell related signature predicts prognosis in esophageal squamous cell carcinoma based on single-cell and bulk-RNA sequencing
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1370801
PMID:38903709
|
研究论文 | 该文章探讨了免疫细胞相关基因在食管鳞状细胞癌中的预后作用。 | 文章创新性地提出了一个由免疫相关基因构成的预后模型，识别出CTSC、ALOX12和RMND5B作为与预后相关的基因。 | 文章没有详细说明样本的多样性和选择偏倚的可能性。 | 研究食管鳞状细胞癌中免疫细胞相关基因的作用及其对预后的影响。 | 主要研究对象为食管鳞状细胞癌患者的免疫细胞相关基因。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组测序与大规模RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 数据来源于多个公共数据库，总计分析了3915个DEGs |
| 819 | 2024-08-05 |
Dynamic immune status analysis of peripheral blood mononuclear cells in patients with Klebsiella pneumoniae bloodstream infection sepsis using single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1380211
PMID:38898888
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析了克雷伯氏肺炎菌血流感染引起的脓毒症患者外周血单核细胞的动态免疫状态 | 首次研究了在克雷伯氏肺炎菌血流感染急性阶段和恢复阶段外周血单核细胞的免疫状态变化 | 样本量仅为13个，可能影响结果的广泛适用性 | 揭示克雷伯氏肺炎菌血流感染引起的脓毒症患者外周血单核细胞的免疫功能机制 | 包括3名健康对照和10名因克雷伯氏肺炎菌血流感染而入院的患者 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本数据 | 13个样本（3名健康对照，7名急性阶段患者，3名恢复阶段患者） |
| 820 | 2024-08-04 |
Identification of apoptosis-immune-related gene signature and construction of diagnostic model for sepsis based on single-cell sequencing and bulk transcriptome analysis
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1389630
PMID:38894720
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研究论文 | 本文探讨了与凋亡免疫相关的基因特征及其在脓毒症诊断模型中的应用 | 本文首次识别了11个凋亡相关基因作为脓毒症的特征诊断标志，并构建了相应的预后模型 | 本研究主要依赖于基因表达数据和小鼠模型，可能限制了在临床应用中的直接转化 | 研究目的在于识别与脓毒症相关的凋亡基因并建立诊断模型 | 研究对象为脓毒症基因表达数据及相应的动物模型 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞测序和大规模转录组分析 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 多项外部数据集和小鼠模型的分析 |