单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
62	2025-06-10	Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae085 PMID:38911824	研究论文	本研究提出了一种名为EAD的计算方法，利用个体间基因表达的差异共表达模式来解复用单细胞RNA测序数据，无需额外实验步骤	EAD方法首次利用个体间差异共表达模式进行解复用，结合遗传信息可提高分配准确性，并可识别同一供体不同激活状态的细胞	方法在非免疫细胞中的应用效果需进一步验证	开发无需额外实验步骤的单细胞RNA测序数据解复用方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6只同基因近交系小鼠、30份脓毒症和健康个体样本、脑单核转录组图谱
63	2025-06-10	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	research paper	本文介绍了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	提出了社区连通性分析（ACC）方法，填补了现有工具在分析细胞群落内部及之间相对相似性方面的空白	NA	开发一种计算工具来表征空间转录组数据中细胞群落的连通性	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	空间转录组技术（10× Visium、NanoString CosMx）	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	包括小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人类小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
64	2025-06-09	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的分步协议，适用于生成高质量单细胞多组学数据集	提供了针对小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离协议，讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未提及具体样本量或实验重复次数	开发从造血器官中分离高质量基质细胞的标准化方法	小鼠和人类胸腺、小鼠骨骼和骨髓中的基质细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	NA
65	2025-06-07	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	本文研究了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运体和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，并减少胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	研究样本量较小，仅包括9个胃癌样本	探究BATF2在胃癌干细胞样特性和化疗耐药性中的作用	胃癌细胞	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞培养、肿瘤细胞球体和类器官实验、皮下肿瘤形成实验、免疫组织化学和免疫印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	9个胃癌样本
66	2025-06-07	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	research paper	该研究结合空间转录组学和计算模型，探索了放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	首次将空间转录组学与计算模型结合，用于评估放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量分布和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集，样本量较小	探索放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	前列腺癌肿瘤微环境	digital pathology	prostate cancer	spatial transcriptomics, PBPK模型, MIRD形式主义	CRD模型, 线性二次模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集
67	2025-06-07	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了Dusp1和Pgam1在内毒素血症引起的心肌功能障碍中的作用，揭示了Pgam1介导的Dusp1去磷酸化如何破坏线粒体质量控制并加剧心肌损伤	发现Dusp1作为内毒素血症诱导心肌功能障碍的新型生物标志物，并阐明Pgam1-Dusp1轴在调控线粒体质量控制中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究内毒素血症中心肌功能障碍的分子机制	心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠，内毒素血症患者样本	分子生物学	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接, Western blot, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量
68	2025-06-06	Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94537 PMID:38773982	research paper	该研究通过CRISPR筛选发现Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，并探索了其在肿瘤治疗中的潜在应用	揭示了Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，为肿瘤免疫治疗提供了新的分子靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索肿瘤细胞与巨噬细胞之间的通讯机制，并寻找新的免疫治疗靶点	肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	CRISPR筛选、流式细胞术、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
69	2025-06-06	The CEBPB+ glioblastoma subcluster specifically drives the formation of M2 tumor-associated macrophages to promote malignancy growth 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93473 PMID:38994023	研究论文	本研究通过整合胶质瘤单细胞和空间转录组学，揭示了GBM亚群6与M2型肿瘤相关巨噬细胞之间的特异性相互作用及其调控机制	发现了CEBPB转录网络在GBM亚群6中的特异性调控作用，揭示了其通过MCP1和SPP1-Integrin αvβ1-Akt信号通路调控M2型TAMs的招募和极化的机制	研究主要聚焦于GBM亚群6与M2型TAMs的相互作用，可能未全面覆盖GBM微环境中其他细胞亚群的复杂互作网络	探究GBM肿瘤细胞亚群与非肿瘤细胞间的特异性互作机制，以控制GBM的恶性进展	胶质母细胞瘤(GBM)微环境中的肿瘤细胞亚群(GBM亚群6)和M2型肿瘤相关巨噬细胞(M2 TAMs)	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
70	2025-06-06	Energy competition remodels the metabolic glucose landscape of psoriatic epidermal cells 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93764 PMID:38855186	研究论文	探讨代谢竞争在银屑病皮肤表皮细胞增殖和分化中的作用	揭示了银屑病中高增殖性基底细胞通过代谢竞争摄取葡萄糖的机制，以及COX7B通过调节PPAR信号通路促进银屑病发展的新发现	研究主要基于小鼠模型和炎症类器官模型，人类样本的直接验证较少	研究银屑病皮肤表皮细胞代谢适应及其潜在机制	银屑病皮肤表皮细胞	代谢组学	银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、葡萄糖摄取实验	咪喹莫特样小鼠模型、炎症类器官模型	RNA测序数据、代谢数据	NA
71	2025-06-06	Comprehensive multi-omics analysis of pyroptosis for optimizing neoadjuvant immunotherapy in patients with gastric cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93124 PMID:38773976	research paper	该研究通过多组学分析探讨了细胞焦亡在胃癌肿瘤微环境重塑和免疫治疗中的作用，并构建了一个细胞焦亡风险评分（PRS）作为生物标志物	构建了PRS作为胃癌免疫治疗的独立生物标志物，并验证其在预测新辅助免疫治疗效果中的价值	研究样本主要来自公共数据库和中国医疗队列，可能缺乏其他种族或地区的数据	优化胃癌患者的新辅助免疫治疗策略	胃癌患者	digital pathology	gastric cancer	multi-omics analysis, single-cell sequencing, multiplex immunofluorescence	NA	genomic data, clinical data	公共数据库样本925例，中国医疗队列978例，新辅助免疫治疗患者48例，新辅助化疗患者49例
72	2025-06-06	Spatial Transcriptomics: A Powerful Tool in Disease Understanding and Drug Discovery 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95908 PMID:38773973	综述	本文介绍了空间转录组学的分析策略及其在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学不仅提供基因表达水平的信息，还提供基因表达的空间信息，为药物发现提供了新的视角	讨论了当前研究领域需要解决的挑战和问题	探索空间转录组学在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学技术及其在药物发现中的应用	组学研究	NA	空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据	NA
73	2025-06-06	Nicotinamide phosphoribosyltransferase prompts bleomycin-induced pulmonary fibrosis by driving macrophage M2 polarization in mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94482 PMID:38773984	research paper	该研究探讨了烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）在博莱霉素诱导的肺纤维化中的作用及其机制	首次阐明NAMPT通过驱动巨噬细胞M2极化促进肺纤维化的机制，并验证了靶向单核/巨噬细胞NAMPT的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NAMPT在肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	分子病理学	肺纤维化	RNA-Seq、Western blotting、qRT-PCR、ELISA、免疫组化染色、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床IPF患者样本和小鼠模型
74	2025-06-06	Highlighting fibroblast plasticity in lung fibrosis: the WI-38 cell line as a model for investigating the myofibroblast and lipofibroblast switch 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93519 PMID:38948058	research paper	该研究探讨了WI-38细胞系作为研究肌成纤维细胞（MYF）和脂成纤维细胞（LIF）转换的模型，及其在特发性肺纤维化（IPF）中的相关性	首次使用WI-38细胞系模拟LIF和MYF的可逆转换，并与IPF患者的成纤维细胞转录组数据关联	研究仅基于体外细胞模型，未涉及体内实验验证	探究成纤维细胞向MYF或LIF表型分化的机制及其在肺纤维化中的作用	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞（LF-IPF）	细胞生物学	特发性肺纤维化（IPF）	免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）、bulk RNA测序、单细胞转录组分析	体外细胞模型	转录组数据、图像数据	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞
75	2025-06-06	Mechanosensitive protein polycystin-1 promotes periosteal stem/progenitor cells osteochondral differentiation in fracture healing 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93269 PMID:38646641	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白polycystin-1在骨折愈合过程中促进骨膜干细胞/祖细胞骨软骨分化的关键作用	揭示了PC1-TAZ轴在机械力感知和骨折愈合中的新机制，并提出了针对该轴的药物治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用仍需进一步验证	探究机械力调控骨折愈合的分子机制	骨膜干细胞/祖细胞(PSPCs)	骨生物学	骨折愈合障碍	单细胞RNA测序、谱系追踪小鼠模型、条件性敲除小鼠模型	小鼠骨折模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用多种小鼠模型
76	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-β activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.90627 PMID:38505604	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，探索了乳腺癌中不同癌症相关成纤维细胞（CAF）群体与免疫细胞排斥之间的关系，并首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度	首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度，并发现EMILIN1作为TGF-β抑制剂在调节T细胞浸润中的新功能	研究样本量相对较小（N=75），且主要基于乳腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探索肿瘤微环境中CAF空间异质性与TGF-β活性及CD8+ T细胞浸润的关系	乳腺癌肿瘤微环境中的CAF群体和CD8+ T细胞	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组织化学分析	NA	基因表达数据、空间转录组数据、组织学图像数据	75例乳腺癌患者肿瘤样本
77	2025-06-06	G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92909 PMID:38505600	研究论文	本文探讨了Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的潜在作用	揭示了Gαi2在NFAT激活、内皮细胞活化和血管生成中的关键作用，为调控这些过程提供了潜在治疗策略的新见解	NA	研究Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的作用	内皮细胞和视网膜血管生成	分子生物学	糖尿病视网膜病变	shRNA, CRISPR/Cas9, 显性负突变, 过表达, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	实验小鼠（包括对照组和STZ诱导的糖尿病视网膜病变小鼠）
78	2025-06-06	Dynamic pathological analysis reveals a protective role against skin fibrosis for TREM2-dependent macrophages 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94121 PMID:38505612	research paper	该研究通过建立小鼠疾病模型和单细胞RNA测序，揭示了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用	首次发现TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中具有保护作用，并揭示了其与胎儿皮肤巨噬细胞的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证有限	探究巨噬细胞异质性在皮肤纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类系统性硬化症(SSc)患者的皮肤样本	digital pathology	systemic sclerosis	scRNA-seq	knockout mice	RNA-seq data	小鼠模型和人类SSc患者的皮肤样本
79	2025-06-06	An advanced comprehensive muti-cell-type-specific model for predicting anti-PD-1 therapeutic effect in melanoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91626 PMID:38505619	research paper	该研究开发了一个多细胞类型特异性模型，用于预测黑色素瘤中抗PD-1治疗的效果	识别了四个与抗PD-1治疗效果密切相关的细胞亚群，并开发了一个基于这些亚群的预测模型	需要进一步验证模型的广泛适用性	研究抗PD-1治疗在晚期黑色素瘤中的效果预测	晚期黑色素瘤患者的肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-nucleus sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	NA
80	2025-06-06	Fibroblasts facilitate lymphatic vessel formation in transplanted heart 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92103 PMID:38505621	研究论文	本研究探讨了移植心脏中淋巴管形成的关键机制，特别是成纤维细胞在其中的作用	揭示了移植心脏中新形成的淋巴管主要来源于受体LYVE1细胞，并发现活化的成纤维细胞通过多种信号通路促进淋巴管内皮细胞的管形成	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究移植心脏中淋巴管形成的来源和机制	移植心脏中的淋巴管和成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq, Elisa检测, Western blotting, Q-PCR, 免疫组化染色, 三维重建	小鼠移植模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据	多种基因型小鼠的移植心脏样本