单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-12-08 |
Uncovering the dual roles of peripheral immune cells and their connections to brain cells in stroke and post-stroke stages through single-cell sequencing
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1443438
PMID:39633897
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示中风及中风后阶段外周免疫细胞与脑细胞相互作用中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术无偏倚地识别中风期间和之后脑和外周血单核细胞的细胞异质性 | NA | 探索中风期间和之后不同角色细胞的表型景观，并揭示外周免疫细胞的双重作用 | 中风期间和之后的外周免疫细胞及其与脑细胞的相互作用 | NA | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 62 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals key molecular drivers and immune landscape in uveal melanoma: implications for targeted therapy and prognostic modeling
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1493752
PMID:39635521
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，并开发了一种新的预后模型，为靶向治疗和预后预测提供了新思路 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了葡萄膜黑色素瘤中C5 PCOLCE+肿瘤细胞的关键作用，并开发了一种新的预后模型PTRS，识别出CITED1作为高风险基因 | 本研究主要基于GSE139829数据集，样本量有限，需要进一步的大规模验证 | 揭示葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，开发新的预后模型和治疗靶点 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤患者和3例转移性疾病的患者 |
| 63 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383
PMID:39635536
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序，识别与肝纤维化和肝细胞癌相关的基因、细胞亚群和信号通路，并建立预测模型和潜在治疗药物 | 首次整合单细胞和批量RNA测序，识别出与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因和15个关键细胞亚群，并发现SPP1+巨噬细胞与免疫浸润和预后发展的正相关性 | NA | 研究肝纤维化和肝细胞癌的致病基因、细胞亚群、调控机制、预后基因及潜在小分子药物 | 肝纤维化和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量测序、分子对接技术 | 机器学习 | RNA | NA |
| 64 | 2024-12-08 |
Exploring the shared pathogenic mechanisms of tuberculosis and COVID-19: emphasizing the role of VNN1 in severe COVID-19
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1453466
PMID:39639868
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研究论文 | 研究探讨了结核病和COVID-19之间的共同发病机制，特别强调了VNN1在严重COVID-19中的作用 | 识别了GMNN、SCD和FUT7作为COVID-19的强诊断标记，并发现VNN1与严重COVID-19的进展密切相关 | NA | 探讨结核病和COVID-19的共同发病机制，并寻找新的诊断和治疗靶点 | COVID-19和结核病的共同发病基因和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 传染病 | 机器学习、单细胞测序、分子对接 | 随机森林分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库中获取的COVID-19和结核病数据 |
| 65 | 2024-12-08 |
Identification of key biomarkers related to fibrocartilage chondrocytes for osteoarthritis based on bulk, single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482361
PMID:39640258
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和微阵列数据，探索了纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别了与纤维软骨细胞相关的关键生物标志物 | 本研究首次通过多组学方法识别了六个与纤维软骨细胞相关的骨关节炎生物标志物，并构建了一个探索性的风险模型 | 本研究仅在有限的样本中验证了生物标志物的蛋白质表达水平，未来需要在更大规模的样本中进行验证 | 探索纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别相关的关键生物标志物 | 纤维软骨细胞及其在骨关节炎中的生物标志物 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 骨关节炎和正常软骨样本 |
| 66 | 2024-12-08 |
Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication
2024, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2
PMID:39640372
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研究论文 | 研究了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染和复制的抵抗力 | 首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了它们是否支持病毒释放 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内情况 | 探讨SARS-CoV-2在妊娠期间的感染和传播机制 | 人类胎盘细胞及其对SARS-CoV-2的感染和复制能力 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和共聚焦显微镜 | NA | RNA | 包括第一孕期和足月胎盘细胞，以及多种胎盘衍生细胞系 |
| 67 | 2024-12-08 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）进展和药物反应中的表观遗传调控作用，并构建了一个综合的基因组和药理学预测模型 | 首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC中的表观遗传调控图谱，并构建了一个基于表观遗传特征的预测模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现优于现有模型 | 研究主要基于公共数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探讨表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用，并构建一个预测模型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控、细胞异质性、突变模式、免疫微环境和药物敏感性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 机器学习模型（Lasso和随机生存森林） | 基因组数据、临床数据 | 多个公共数据库的数据 |
| 68 | 2024-12-07 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576093
PMID:38328127
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研究论文 | 本文开发了一种生成模型和贝叶斯推断方法，用于解决现有RNA速度算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题，并在细胞周期研究中验证了其有效性 | 提出了一个生成模型和贝叶斯推断方法，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，以一致地识别自主动力系统的参数 | NA | 开发一种新的RNA速度推断方法，以解决现有算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题 | 细胞周期中的基因调控动力学 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度 | 生成模型 | 基因表达数据 | 多个样本和全基因组Perturb-seq数据 |
| 69 | 2024-12-06 |
Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions
2024-01-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03159-6
PMID:38217002
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研究论文 | 提出了一种新的统计方法niche-DE，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化，并开发了niche-LR方法揭示细胞间相互作用的配体-受体信号机制 | 提出了niche-DE分析方法，能够识别特定空间微环境中特定细胞类型的差异表达基因，并开发了niche-LR方法揭示相关的配体-受体信号机制 | NA | 研究空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化 | 空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 70 | 2024-12-06 |
Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123
PMID:39628476
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研究论文 | 本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离（MDLS）模型，用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法，构建了一个具有高预测能力的MDLS模型，用于乳腺癌的个性化治疗评估 | NA | 开发一种新的机器学习模型，以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者及其分子机制 | 机器学习 | 乳腺癌 | 机器学习算法 | MDLS模型 | 多组学和单细胞数据 | 9723名乳腺癌患者 |
| 71 | 2024-12-06 |
Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.100957
PMID:39628692
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研究论文 | 研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用 | 首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略 | 膀胱癌细胞和血管生成相关分子 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs) |
| 72 | 2024-12-06 |
BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.98389
PMID:39629124
|
研究论文 | 研究探讨了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性 | 首次揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运蛋白和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，从而减少胃癌细胞的化疗耐药性和干细胞样特性 | 研究主要基于细胞培养和体外实验，尚未在临床试验中验证BATF2作为治疗靶点的有效性 | 探讨BATF2在胃癌中的肿瘤抑制作用及其对化疗耐药性和干细胞样特性的影响 | 胃癌细胞及其干细胞样特性和化疗耐药性 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 9个胃癌样本 |
| 73 | 2024-12-06 |
Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99516
PMID:39629134
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和计算建模研究放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的效果 | 本文首次将空间转录组学与计算建模结合，评估放射性药物疗法在肿瘤微环境中的剂量和细胞存活概率 | 研究仅基于两名前列腺癌患者的样本数据，且假设所有配体的药代动力学参数相似 | 探索放射性药物疗法在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物学影响 | 前列腺特异性膜抗原（PSMA）、成纤维细胞活化蛋白（FAP）和胃泌素释放肽受体（GRPR）标记的放射性药物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 对流-反应-扩散（CRD）模型 | 基因表达数据 | 两名前列腺癌患者的初级组织样本 |
| 74 | 2024-12-05 |
FSCN1 is a Potential Therapeutic Target for Atherosclerosis Revealed by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S480528
PMID:39618922
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序数据，研究了动脉粥样硬化中的细胞表型、细胞间通讯和潜在治疗靶点 | 发现FSCN1在动脉粥样硬化中的高表达，并验证了其在细胞凋亡和迁移中的作用，提示其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨动脉粥样硬化中的细胞表型、细胞间通讯和潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的细胞类型、FSCN1的表达及其在疾病发展中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、ELISA | NA | RNA测序数据 | 包括Apoeko小鼠和颈动脉内膜切除术患者的数据 |
| 75 | 2024-12-05 |
Corrigendum: Unraveling the ecological landscape of mast cells in esophageal cancer through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522632
PMID:39620211
|
correction | 对先前发表的文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-12-05 |
Cellular and molecular characterization of peripheral glia in the lung and other organs
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0310303
PMID:39621665
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研究论文 | 系统分析了肺部及其他器官中外周胶质细胞的细胞和分子特征 | 利用单细胞RNA测序技术，首次全面描述了小鼠肺部Sox10+胶质细胞系的解剖、细胞和分子特征，并扩展到灵长类和其他器官 | 研究主要集中在小鼠、鼠狐猴和人类，其他物种的数据有限 | 揭示外周胶质细胞在肺部及其他器官中的分子差异和定位 | 小鼠、鼠狐猴和人类的外周胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约700个外周胶质细胞样本，来自小鼠、鼠狐猴和人类 |
| 77 | 2024-12-02 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Crucial Genes Influencing the Polarization of Tumor-Associated Macrophages in Liver Cancer
2024, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/2024/7263358
PMID:38938448
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，识别了影响肝癌中肿瘤相关巨噬细胞极化的关键基因 | 首次通过单细胞转录组学技术，揭示了PRDM1基因在肝癌肿瘤微环境中调控M2巨噬细胞极化的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的数据，缺乏体内实验验证 | 探讨肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的功能转变及其关键调控基因 | 肝癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其极化过程 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 74,742个细胞和23,110个基因 |
| 78 | 2024-12-01 |
demuxSNP: supervised demultiplexing single-cell RNA sequencing using cell hashing and SNPs
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae090
PMID:39607981
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研究论文 | 提出了一种名为demuxSNP的监督算法，利用细胞标记和单核苷酸多态性（SNPs）进行单细胞RNA测序数据的解复用 | demuxSNP结合了细胞标记和SNP数据，解决了仅使用单一数据模态的解复用方法的局限性，提高了低质量标记数据下的解复用性能 | NA | 开发一种新的解复用算法，以提高单细胞RNA测序实验的成本效益和数据质量 | 单细胞RNA测序数据，特别是低质量标记数据和存在类大小不平衡的数据 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 监督学习 | RNA测序数据 | 模拟和真实数据，包括5-50%的双胞率 |
| 79 | 2024-12-01 |
Deciphering the impact of senescence in kidney transplant rejection: An integrative machine learning and multi-omics analysis via bulk and single-cell RNA sequencing
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312272
PMID:39602449
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研究论文 | 本文通过综合机器学习和多组学分析，研究了衰老在肾移植排斥中的影响 | 首次整合衰老相关基因（SRGs）和机器学习算法，开发了急性排斥（AR）诊断模型和长期移植物存活预测模型 | 研究主要基于公开数据集，未涉及临床试验验证 | 探讨衰老与肾移植排斥的关系，开发诊断和预测模型 | 衰老相关基因（SRGs）在肾移植排斥中的作用 | 机器学习 | 肾移植 | RNA测序 | 随机森林（RF）、支持向量机（SVM）、XGBoost、广义线性模型（GLM）和LASSO | 基因表达数据 | 多个公开数据集中的样本 |
| 80 | 2024-12-01 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomic and multilayer signaling networks in glioma reveal tumor progression stage
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1446903
PMID:39606019
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研究论文 | 本文介绍了一种综合框架，利用单细胞RNA测序数据和多层信号网络模型研究胶质瘤进展阶段的分子变化 | 本文创新性地结合单细胞RNA测序数据和多层网络模型，揭示了胶质瘤进展阶段的关键分子关系和信号通路 | NA | 研究胶质瘤进展阶段的分子变化及其对治疗和预后的影响 | 胶质瘤的单细胞RNA测序数据和多层信号网络 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多层网络模型 | 基因表达数据 | NA |