单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-21 |
Exploring the mechanism underlying the therapeutic effects of butein in colorectal cancer using network pharmacology and single-cell RNA sequencing data
2024-01, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3628
PMID:37963584
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研究论文 | 本研究结合网络药理学和单细胞RNA测序数据，探索了紫铆因在结直肠癌中的治疗机制，并识别出UBE2C作为潜在的生物标志物 | 首次将网络药理学与单细胞RNA测序分析相结合，系统性地揭示紫铆因在结直肠癌中的作用机制，并利用机器学习筛选出关键生物标志物UBE2C | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏体内或体外实验的直接验证，且单细胞数据样本来源和数量有限 | 阐明紫铆因在结直肠癌中的治疗作用机制，并寻找潜在的生物标志物 | 结直肠癌相关的基因、信号通路和细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、网络药理学、机器学习、差异表达分析、WGCNA | 机器学习（未指定具体模型）、MCODE、ROC曲线分析 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用了GSE38026、GSE222300（单细胞数据集）和GSE40967（外部验证数据集）等多个公共数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-03-21 |
Prognosis and therapy in thyroid cancer by gene signatures related to natural killer cells
2024-01, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3657
PMID:38282150
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后 | 首次利用自然杀伤细胞相关基因KLF2、OSTF1和TAPBP构建甲状腺癌预后风险特征，为甲状腺癌的预后评估和治疗提供了新视角 | 研究样本量有限，仅基于TCGA-THCA队列和少量单细胞数据，需要进一步的外部验证 | 开发与自然杀伤细胞相关的可靠风险特征，以预测甲状腺癌的预后和指导免疫治疗 | 甲状腺癌患者，包括7个单细胞RNA测序样本和502个批量RNA测序患者数据 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | RNA测序数据 | 7个单细胞样本和502个批量RNA测序患者 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-03-20 |
Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471
PMID:39691721
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了脓毒症患者中慢性危重症患者淋巴细胞独特的转录组特征 | 首次在单细胞水平上比较了脓毒症患者不同临床轨迹（快速恢复与慢性危重症）的淋巴细胞转录组差异，并关联了功能验证 | 样本量相对较小，且仅基于外周血样本，可能无法完全反映组织局部免疫状态 | 探究脓毒症后慢性危重症患者的免疫细胞转录组变化及其与临床结局的关系 | 健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者及慢性危重症患者 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | scRNA-seq队列：12名健康人、4名急性脓毒症患者、4名快速恢复患者、5名慢性危重症患者；功能验证队列：19名健康人、68名急性脓毒症患者、27名快速恢复患者、20名慢性危重症患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-03-19 |
Apolipoprotein L genes are novel mediators of inflammation in beta cells
2024-01, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-06033-z
PMID:37924378
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研究论文 | 本研究探讨了载脂蛋白L（APOL）基因家族在炎症诱导的胰岛β细胞损伤中的作用 | 首次发现APOL基因在人类胰岛β细胞中表达，并通过JAK-STAT通路上调，揭示了APOL1通过增加内质网应激调控细胞死亡的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型和单细胞转录组数据，体内功能验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究炎症导致β细胞功能障碍的分子机制 | 人类胰岛β细胞（包括EndoC-βH1细胞系和原代胰岛） | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量（使用公共数据集GSE218316及实验室生成数据） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2026-03-13 |
Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC
PMID:37931077
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研究论文 | 本研究探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，通过小鼠模型和人类样本分析揭示了p73缺失导致多纤毛细胞损失并促进COPD样病理 | 首次在小鼠模型中证明p73功能缺失导致多纤毛细胞缺失并自发发展出COPD样病理，同时发现吸烟和COPD患者中p73表达降低 | 样本量相对有限（人类样本n=82/69/11/12），机制研究仍需深入，动物模型与人类疾病的直接对应性有待验证 | 确定p73缺失是否导致小鼠出现COPD样表型，并探索吸烟或COPD是否影响p73表达 | 小鼠模型（p73缺陷小鼠）、人类气道上皮细胞、吸烟者和COPD患者的气道样本 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强迫振荡技术 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、形态学图像数据、生理功能数据 | 小鼠模型未指定具体数量，人类样本包括当前吸烟者82例、既往吸烟者69例、COPD患者11例、非COPD对照12例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2026-03-06 |
TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway
2024-01-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202095
PMID:38063857
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研究论文 | 本文探讨了TFAP2同源基因通过调控ALX基因表达在小鼠和斑马鱼中面部发育中的作用 | 揭示了TFAP2家族成员通过直接激活ALX转录因子基因表达来调控脊椎动物中面部发育的保守遗传通路 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类中面部发育的保守性需进一步验证 | 探究中面部发育中基因调控网络的连接与激活机制 | 小鼠和斑马鱼的颅神经嵴细胞 | 发育生物学 | 面部发育异常 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-03-05 |
Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions
2024-01-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03159-6
PMID:38217002
|
研究论文 | 本文提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性生态位相关基因，并开发了niche-LR方法来揭示配体-受体信号机制 | 首次专注于识别由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化，而非全局基因表达变异，适用于不同分辨率的空间转录组数据 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发统计方法以分析空间转录组数据中的细胞类型特异性生态位相关基因和配体-受体信号机制 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | niche-DE, niche-LR | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-03-02 |
Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae170
PMID:39659592
|
研究论文 | 本文提出了一种使用负二项混合模型对LIBRA-seq单细胞数据进行去噪的方法，以改进抗体-抗原特异性预测 | 通过负二项混合模型将抗原计数聚类为信号和噪声成分，为LIBRA-seq数据提供了一种数据驱动的去噪方法 | NA | 提高单细胞B细胞受体测序数据中抗原结合预测的准确性，以支持抗体发现和机器学习应用 | LIBRA-seq单细胞B细胞受体测序数据 | 机器学习 | NA | LIBRA-seq | 负二项混合模型 | 单细胞测序数据 | 来自九个供体的LIBRA-seq实验数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2026-02-19 |
The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020895
PMID:37879046
|
研究论文 | 本研究通过多种成像和测序技术，证实骨髓是血小板生成的主要场所，而非脾脏或肺部 | 综合运用全组织光片成像、定量组织学成像、流式细胞术、活体成像和单细胞RNA测序数据分析，系统比较了骨髓、脾脏和肺部中巨核细胞的相对丰度和血小板生成能力 | 研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据集，人类数据的直接验证有限，且稳态条件下的结论可能不适用于炎症或感染状态 | 探究在稳态条件下，骨髓、脾脏和肺部中巨核细胞的相对丰度及其对血小板池的贡献 | 成年小鼠的骨髓、脾脏和肺部组织，以及已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、双光子活体成像、光片显微镜、定量组织学成像 | NA | 图像、测序数据、流式细胞数据 | 未明确具体样本数量，但涉及小鼠器官和已发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-02-15 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
|
研究论文 | 本文介绍了deMULTIplex2算法，一种用于单细胞RNA测序中样本解复用的稳健工具 | deMULTIplex2基于条形码交叉污染的机制模型，采用广义线性模型和期望最大化算法，概率性地确定每个细胞的样本身份，在大型或嘈杂数据集上表现优异 | NA | 开发一种在单细胞RNA测序中处理样本解复用的算法，以应对条形码交叉污染问题 | 单细胞RNA测序数据中的样本解复用过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型，期望最大化算法 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-02-14 |
Applications of spatial transcriptomics and artificial intelligence to develop integrated management of pancreatic cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.007
PMID:39271261
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综述 | 本文综述了空间转录组学和人工智能在胰腺癌综合管理中的应用 | 整合空间转录组学和人工智能工具，以更精确地分析肿瘤微环境中的细胞间通讯，并识别新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探索空间转录组学和人工智能在胰腺癌早期诊断和个性化治疗中的应用 | 胰腺癌 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, seqFISH | NA | 测序数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2026-02-14 |
Crosstalk between tumor and microenvironment: Insights from spatial transcriptomics
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.009
PMID:39271263
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综述 | 本文综述了肿瘤与微环境之间的相互作用，重点关注空间转录组学技术在解析肿瘤异质性、进化及克隆状态中的应用 | 整合空间转录组学技术视角，系统阐述肿瘤异质性驱动因素及肿瘤-微环境动态互作机制 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献总结 | 探讨肿瘤异质性、进化及克隆状态的驱动因素，并分析肿瘤与微环境的相互作用 | 肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-02-14 |
Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001
PMID:39271260
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书本章节 | 本章探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用 | 将深度学习与多模态空间转录组学结合，为癌症诊断和治疗提供全面且可操作的见解，代表了肿瘤学向更精准和个性化方向的范式转变 | NA | 推进癌症诊断、治疗规划和精准医学 | 癌症生物学，包括肿瘤异质性、微环境相互作用和治疗反应 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学，多模态数据分析 | 卷积神经网络 | 多模态数据（包括基因组、蛋白质组、影像和临床数据） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-02-14 |
Current computational methods for spatial transcriptomics in cancer biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.006
PMID:39271268
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综述 | 本文综述了当前在癌症生物学中用于空间转录组学的计算方法 | NA | NA | 回顾和总结空间转录组学在癌症生物学中的计算分析方法 | 空间转录组学数据及其在癌症研究中的应用 | 计算生物学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-02-14 |
Data enhancement in the age of spatial biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.008
PMID:39271267
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综述 | 本文综述了空间转录组学与其他数据类型（如单细胞转录组学和详细组织染色图像）整合的计算方法，旨在克服当前空间转录组学技术在分辨率或同时分析基因数量方面的限制 | 深入探讨了整合空间转录组学与互补数据源的计算方法，以克服现有技术在分辨率或基因分析数量上的局限，并强调了这些方法在癌症生物学理解中的革命性潜力 | 作为综述文章，未涉及具体实验数据或新算法开发，主要聚焦于现有挑战和解决方案的概述 | 旨在通过整合空间转录组学与其他数据类型，提升对细胞异质性和微环境的理解，特别是在癌症等复杂疾病中 | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、详细组织染色图像 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞转录组学、组织染色 | NA | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-02-06 |
Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298802
PMID:38394161
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法，识别了与人类小梁网高流出和低流出区域相关的基因，特别是ADAM15在调节房水流出中的作用 | 首次应用数字空间分析技术于小梁网分段流出区域，揭示了ADAM15等基因在房水流出调控中的新角色 | 研究基于器官培养的人类前段样本，可能无法完全模拟体内条件，且样本量有限 | 探索小梁网中与房水流出相关的基因表达差异，以理解分段流出的分子机制 | 人类小梁网的高流出和低流出区域 | 空间转录组学 | 青光眼 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler平台用于石蜡包埋组织切片 |
| 77 | 2026-02-06 |
Sphingosine 1-phosphate receptor 2 in keratinocytes plays a key role in reducing inflammation in psoriasis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1469829
PMID:39391307
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研究论文 | 本研究探讨了角质形成细胞中S1PR2在银屑病炎症中的关键作用，发现其通过抑制Th17细胞募集来减轻炎症 | 首次研究了S1PR2在银屑病中的作用，揭示了其作为下调因子抑制Th17细胞招募的新机制 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类银屑病的复杂性 | 研究S1PR2在银屑病发病机制中的作用 | S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠的皮肤组织 | 数字病理学 | 银屑病 | 空间转录组学, RT-qPCR, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 基因表达数据, 细胞表型数据 | 使用S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠进行IMQ诱导的银屑病样炎症实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2026-01-29 |
Single-cell RNA sequencing data locate ALDH1A2-mediated retinoic acid synthetic pathway to glomerular parietal epithelial cells
2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2024.10167
PMID:39360029
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综述 | 本文通过挖掘小鼠和人类肾脏的单细胞及单核RNA测序数据库，发现肾小球壁层上皮细胞（PECs）表达全谱的视黄酸合成相关基因，并定位了ALDH1A2介导的视黄酸合成通路，探讨了其在肾脏生理和病理中的潜在作用 | 首次利用单细胞及单核RNA测序数据，系统性地将ALDH1A2介导的视黄酸合成通路定位到肾小球壁层上皮细胞，并揭示了该通路在多种肾脏疾病模型及患者中的表达变化 | 本文主要基于数据挖掘和生物信息学分析，提出的假说（即PECs中ALDH1A2介导的视黄酸合成在肾脏中发挥未定义的作用且其失调介导损伤）仍需通过条件性基因敲除、RNA沉默及转基因小鼠模型等实验进行验证 | 阐明ALDH1A2介导的视黄酸合成通路在肾脏（特别是肾小球壁层上皮细胞）中的定位、表达调控及其在肾脏生理和病理（如肾小球肾炎、急性肾损伤、慢性肾病等）中的潜在作用 | 小鼠和人类肾脏组织，特别是肾小球壁层上皮细胞（PECs） | 数字病理学 | 肾脏疾病（包括肾小球肾炎、急性肾损伤、慢性肾病、糖尿病肾病、局灶节段性肾小球硬化、多囊肾病等） | 单细胞RNA测序，单核RNA测序，Spearman秩相关系数分析，基因本体通路分析 | NA | RNA测序数据（单细胞及单核水平） | NA（涉及多个公开数据库中的小鼠模型及人类患者数据） | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-01-22 |
Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids
2024-01-23, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-02740-2
PMID:38263175
|
研究论文 | 本研究利用精神分裂症患者来源的iPSCs生成3D脑类器官，通过单细胞RNA测序发现其内皮细胞比例增加，并揭示了基因表达、血管结构和通透性的异常变化 | 首次在患者来源的脑类器官模型中系统揭示了精神分裂症内皮细胞的高通透性和血管生成模式改变，为疾病病因提供了新视角 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；样本量相对有限（23名供体） | 探究精神分裂症中内皮/血管功能障碍对疾病发展的贡献 | 精神分裂症患者和健康对照者来源的诱导多能干细胞生成的3D脑类器官 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、显微图像数据 | 23名供体（患者与健康对照） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-12-13 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.574997
PMID:38260455
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA-seq CRISPR筛选，鉴定了一类响应机械微环境的新型基因组增强子——机械增强子 | 首次系统鉴定并命名了响应细胞外基质硬度的“机械增强子”，并通过表观基因组编辑实现在刚性材料上模拟软材料环境的基因表达模式 | 未明确机械增强子在具体疾病模型中的完整调控网络及其临床转化路径 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录与表型 | 基因组增强子、细胞机械响应通路 | 表观遗传学、细胞力学 | NA | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选 | CRISPR筛选模型 | 表观基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |