单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 761 - 780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2024-08-04 |
The integration of multi-omics analysis and machine learning for the identification of prognostic assessment and immunotherapy efficacy through aging-associated genes in lung cancer
2024-01-22, Aging
DOI:10.18632/aging.205464
PMID:38261733
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研究论文 | 本研究整合了多组学分析和机器学习，评估与衰老相关基因在肺癌中的预后评估和免疫疗法有效性 | 首次结合多组学分析和机器学习来构建预后模型，特别关注与衰老相关的基因 | 尚未明确关键分子在肺癌发病和进展中的确切作用 | 评估肺癌患者的预后和免疫疗法有效性 | 涉及与免疫相关的关键基因及其在肺癌中的作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序, WGCNA, Lasso-Cox方法, ssGSEA | NA | 基因数据 | NA |
| 762 | 2024-08-05 |
Malignant cell receptor-ligand subtypes guide the prediction of prognosis and personalized immunotherapy of liver cancer
2024-01-18, Aging
DOI:10.18632/aging.205453
PMID:38244584
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA分析识别肝癌患者的恶性细胞受体-配体亚型 | 通过恶性细胞受体-配体基因识别亚群，提供个性化免疫治疗的新见解 | 未详细说明样本来源和具体的临床应用数据 | 识别基于恶性细胞受体-配体基因的肝癌亚群以发展个性化免疫治疗 | 肝癌患者的恶性细胞及其相关的受体-配体基因 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 16个基因表达水平 |
| 763 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing of the substantia nigra reveals microglial activation in a model of MPTP
2024, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2024.1390310
PMID:38952478
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研究论文 | 这项工作揭示了MPTP小鼠黑质中小胶质细胞的功能变化、信号通路和关键基因 | 首次在MPTP模型中详细分析了小胶质细胞的激活状态及其功能变化 | 研究可能仅限于特定的细胞类型和小鼠模型，结果可能无法完全外推至其他类型的帕金森病 | 探索MPTP对帕金森病相关细胞和基因的影响 | 使用单细胞RNA测序分析MPTP小鼠的黑质 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | MPTP小鼠的单细胞样本 |
| 764 | 2024-08-04 |
Combined analysis of single-cell sequencing and bulk transcriptome sequencing reveals new mechanisms for non-healing diabetic foot ulcers
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0306248
PMID:38950058
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞测序和大规模转录组测序，揭示了非愈合糖尿病足溃疡的新的机制 | 揭示了愈合与非愈合糖尿病足溃疡之间的细胞组成和基因表达的差异，特别是不同成纤维细胞亚群的独特生物学功能 | 研究依赖于已有的公共转录组测序数据，可能存在数据的局限性和偏倚 | 深入了解非愈合糖尿病足溃疡与愈合糖尿病足溃疡之间的生物学差异 | 研究对象为非愈合和愈合的糖尿病足溃疡患者的细胞成分与基因表达 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 765 | 2024-08-05 |
Dysfunctional Epithelial Barrier Is Characterized by Reduced E-Cadherin in Idiopathic Subglottic Stenosis
2024-01, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.30951
PMID:37565709
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研究论文 | 本研究旨在表征特发性喉下狭窄瘢痕上皮的分子特征和功能表型 | 首次使用单细胞RNA测序分析特发性喉下狭窄瘢痕上皮的变化，发现E-钙黏蛋白表达减少与屏障功能失常相关 | 样本量较小，仅包括6个瘢痕样本，可能限制结果的普遍性 | 研究特发性喉下狭窄的上皮分子特征和功能，以及其与上皮屏障功能的关系 | 特发性喉下狭窄（iSGS）患者的气管活检样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫印迹，免疫荧光 | NA | 活检组织样本 | 6个iSGS瘢痕样本和6个匹配的非瘢痕区域 |
| 766 | 2024-08-05 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
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研究论文 | 提出了一种名为deMULTIplex2的算法，用于在单细胞RNA测序中进行稳健的样本去混合 | deMULTIplex2通过机械模型启发的算法设计，解决了现有工具在条形码交叉污染下表现不佳的问题 | 对某些极端或特殊情况下的条形码交叉污染处理能力尚未得到充分验证 | 旨在提高单细胞RNA测序中的样本去混合能力，以提升通量和减少批次效应 | 针对单细胞RNA测序中的样本识别和去混合问题进行研究 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 广义线性模型 | 数据集 | 大型或嘈杂数据集的样本组成不平衡 |
| 767 | 2024-08-04 |
Mosaic loss of Y chromosome is associated with aging and epithelial injury in chronic kidney disease
2024-01-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03173-2
PMID:38287344
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研究论文 | 本文探讨了Y染色体马赛克缺失与老龄化和慢性肾脏病之间的关系 | 使用单细胞RNA和ATAC测序技术揭示了肾脏中LOY的存在及其与年龄和慢性肾脏病增长的关联 | 没有详细讨论LOY在其他组织或疾病中的潜在应用 | 研究LOY作为DNA损伤和细胞衰老的指标 | 研究慢性肾脏病患者的肾脏细胞中LOY的情况 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA和ATAC测序 | NA | RNA-seq | NA |
| 768 | 2024-08-05 |
DeepVelo: deep learning extends RNA velocity to multi-lineage systems with cell-specific kinetics
2024-01-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03148-9
PMID:38243313
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研究论文 | DeepVelo利用图卷积网络克服了现有RNA速度估计方法的局限性，适用于具有时间依赖动力学和多谱系的细胞群体 | 该研究通过一般化RNA速度，将其扩展到具有细胞特异性动力学的多谱系系统，推导出时间变化的转录、剪接和降解速率 | 现有方法依赖于预定义的动力学和细胞无关的常量转录动力学速率 | 研究复杂和异质性单细胞RNA测序数据中的细胞分化和谱系决策事件 | 多谱系细胞群体和相关的转录、剪接、降解过程 | 数字病理学 | NA | 图卷积网络 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 769 | 2024-08-05 |
Combination of bulk RNA sequencing and scRNA sequencing uncover the molecular characteristics of MAPK signaling in kidney renal clear cell carcinoma
2024-01-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205436
PMID:38217548
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研究论文 | 本研究结合了整体RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 首次整合整体RNA测序和单细胞RNA测序来阐明肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 研究主要集中在特定的KIRC样本，可能对其他类型癌症的适用性有限 | 全面探讨MAPK信号通路在肾透明细胞癌中的作用 | KIRC患者及其组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | LASSO和COX回归分析 | 基因组和转录组数据 | 使用了TCGA的多组学数据和KIRC样本 |
| 770 | 2024-08-05 |
An endoplasmic reticulum stress-related signature featuring ASNS for predicting prognosis and immune landscape in prostate cancer
2024-01-10, Aging
DOI:10.18632/aging.205280
PMID:38206293
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研究论文 | 本研究开发了一种基于内质网应激的风险特征，以预测前列腺癌患者的预后和免疫环境 | 基于内质网应激的风险评分（ERscore）可以独立预测前列腺癌患者的预后，并揭示了与ERscore相关的生物机制 | 本研究可能受到样本量和外部验证数据集的限制 | 研究开发一种新的临床治疗策略，以提高前列腺癌患者的预后 | 前列腺癌患者以及相关的基因和生物标志物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机生存森林分析和多变量Cox分析 | 基因表达数据 | 包括MSKCC队列和GSE70769数据库中的样本 |
| 771 | 2024-08-05 |
New perspectives on the potential of tetrandrine in the treatment of non-small cell lung cancer: bioinformatics, Mendelian randomization study and experimental investigation
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205384
PMID:38180753
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研究论文 | 本研究探讨了红豆杉碱在非小细胞肺癌治疗中的潜在作用和因果关系 | 研究通过转录组和单细胞测序数据结合SMR及实验验证，提供了红豆杉碱治疗非小细胞肺癌的新视角 | 该研究可能受到数据集和实验样本的限制，尚需进一步验证 | 研究红豆杉碱与非小细胞肺癌的关系，以期改进治疗策略 | 红豆杉碱及其在非小细胞肺癌中的作用 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 转录组测序、单细胞测序、SMR | NA | 基因组数据 | 213个药物目标和529个疾病基因 |
| 772 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophages and PD-L1 in prostate cancer: a possible key to unlocking immunotherapy efficacy
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205378
PMID:38189834
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与前列腺癌中的PD-L1之间的关系 | 研究首次揭示了在前列腺癌微环境中CD163+ TAMs与PD-L1表达的密切关联 | 研究可能受到样本量和单一地区案例的限制 | 研究旨在评估TAMs与PD-L1在前列腺癌免疫治疗中的作用 | 研究对象为95个前列腺癌组织样本及两个公开的前列腺癌数据集 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 生物信息学和实验技术，包括基因集合富集分析、CIBERSORTx、组织微阵列和免疫组化染色 | NA | 组织样本 | 95个前列腺癌组织样本和两个公开数据集 |
| 773 | 2024-08-05 |
Identification and experimental validation of cuproptosis regulatory program in a sepsis immune microenvironment through a combination of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336839
PMID:38947313
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研究论文 | 本文建立了一个基于铜致死的风险模型，以诊断和预测脓毒症的风险。 | 创新点在于确定了与铜致死相关的基因，并开发了一个有效的风险模型。 | 模型的外部验证有限，可能影响其泛化能力。 | 研究旨在建立一个模型以预测脓毒症患者的预后。 | 研究对象为脓毒症患者及其相关的铜致死基因。 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | RNA序列数据 | 使用了多个外部队列进行验证，具体样本量未指定 |
| 774 | 2024-08-05 |
Causal relationship between immune cells and hepatocellular carcinoma: a Mendelian randomisation study
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96744
PMID:38947379
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研究论文 | 本研究探讨了731种免疫细胞表型与肝细胞癌（HCC）之间的因果关系 | 通过孟德尔随机ization和单细胞测序技术揭示了免疫细胞表型与HCC的潜在因果关联 | 研究依赖于公开的遗传数据集，可能存在选择偏差和混杂因素 | 揭示免疫细胞表型与肝细胞癌之间的因果关系，以发现有效的药物靶点 | 731种免疫细胞表型及其与HCC的关联 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化，单细胞测序 | NA | 遗传数据，单细胞数据 | 利用公开遗传数据集进行的两样本孟德尔随机化分析 |
| 775 | 2024-08-05 |
Elevated RACGAP1 Expression Enhances Malignant Potential in Lung Adenocarcinoma and Serves as a Prognostic Factor
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96334
PMID:38947404
|
研究论文 | 本研究分析了RACGAP1在肺腺癌中的作用及其作为预后因子的潜力 | 通过综合分析和单细胞测序数据，揭示了RACGAP1在肺腺癌的肿瘤相关过程中的作用，并建立了有效的预后模型 | 研究未涉及RACGAP1在其他肿瘤类型中的作用及机制 | 探讨RACGAP1在肺腺癌中的表达及其对预后的影响 | 肺腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归模型，LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和实验验证样本 |
| 776 | 2024-08-05 |
Metabolic Heterogeneity of Tumor Cells and its Impact on Colon Cancer Metastasis: Insights from Single-Cell and Bulk Transcriptome Analyses
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.94630
PMID:38947396
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研究论文 | 本研究通过单细胞和大规模转录组分析探索结直肠癌中的代谢异质性，其对转移的影响 | 首次整合单细胞与大规模转录组分析揭示了结直肠癌内的代谢景观及其影响疾病进展的机制 | 尚未详尽探讨某些代谢基因在转移中的作用 | 研究代谢重编程如何影响结直肠癌细胞的异质性及其转移 | 结直肠癌细胞的代谢异质性及其相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，微阵列分析 | 随机森林模型 | 转录组数据 | 使用GEO和TCGA中的微阵列与单细胞RNA测序数据 |
| 777 | 2024-08-05 |
scRNA-seq reveals that origin recognition complex subunit 6 regulates mouse spermatogonial cell proliferation and apoptosis via activation of Wnt/β-catenin signaling
2024-Jan-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202330
PMID:37788012
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研究论文 | 本研究揭示了ORC6基因在小鼠精原细胞增殖和凋亡中的作用 | 首次明确了ORC6通过激活Wnt/β-连环蛋白信号通路调节小鼠精原细胞的增殖和凋亡 | 研究主要集中于小鼠模型，可能在其他物种中不具普遍适用性 | 探讨ORC6在小鼠精原细胞增殖和凋亡中的功能 | 小鼠精原细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | C18-4细胞系的实验 |
| 778 | 2024-08-05 |
ECT2 promotes the occurrence and is a prognostic biomarker of head and neck squamous cell carcinoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.95515
PMID:38947403
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研究论文 | 本研究探讨了ECT2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用，发现其可能是一个预后生物标志物 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据首次明确了ECT2在HNSCC中的特定角色 | 本研究可能在样本多样性和临床外部验证方面存在局限性 | 研究ECT2在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 头颈部鳞状细胞癌样本及相关细胞系HSC-3 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据和细胞功能实验数据 | 头颈部鳞状细胞癌样本和细胞系HSC-3 |
| 779 | 2024-08-05 |
PathFinder: a novel graph transformer model to infer multi-cell intra- and inter-cellular signaling pathways and communications
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1369242
PMID:38846640
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研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的图变换模型PathFinder，用于推断多细胞间及细胞内的信号传导路径与通讯 | PathFinder基于分而治之策略设计，将复杂的信号网络分为信号路径，并采用新颖的图变换架构进行评分和排名 | 暂无提及具体局限性 | 旨在理解阿尔茨海默病微环境内复杂的信号机制 | 使用的研究对象包括APOE4基因型特异性的AD和人类肝硬化队列 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 图变换模型 | 基因表达数据 | 两个scRNA-seq数据队列 |
| 780 | 2024-08-05 |
Prognostic and predictive value of super-enhancer-derived signatures for survival and lung metastasis in osteosarcoma
2024-01-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04902-8
PMID:38254188
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研究论文 | 本研究探讨了超增强子衍生签名在骨肉瘤生存和肺转移中的预后和预测价值 | 该研究开发了基于超增强子的预后签名，显著提高了骨肉瘤患者的预后准确性 | 本研究仅基于回顾性分析，缺乏前瞻性验证 | 提高骨肉瘤患者的预后评估准确性 | 研究对象为212名接受标准治疗的骨肉瘤患者 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 212名骨肉瘤患者的样本 |