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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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741 | 2024-08-04 |
Integrated analysis of single-cell sequencing and machine learning identifies a signature based on monocyte/macrophage hub genes to analyze the intracranial aneurysm associated immune microenvironment
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1397475
PMID:38979407
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析识别与颅内动脉瘤相关的单核细胞/巨噬细胞基因特征,以阐明其与免疫微环境的关系 | 结合六种机器学习算法识别出与单核细胞/巨噬细胞相关的关键基因,并开发了多层感知机神经模型用于颅内动脉瘤的诊断 | 尽管研究揭示了单核细胞浸润的分子特征,但在针对颅内动脉瘤的靶向治疗方面的有效性仍需进一步验证 | 识别单核细胞/巨噬细胞相关的基因特征,以阐明其在颅内动脉瘤发病机制和免疫微环境中的作用 | 主要研究对象为颅内动脉瘤中的单核细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 多层感知机(MLP) | 基因数据 | NA |
742 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas of the aging mouse ovary
2024-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00552-5
PMID:38200272
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研究论文 | 本研究绘制了小鼠卵巢衰老的单细胞转录组图谱 | 首次提供了衰老小鼠卵巢的全面细胞图谱,揭示了早期卵巢衰退的驱动因素 | 该研究主要集中在小鼠模型上,可能无法完全转化到人类卵巢衰老 | 研究小鼠卵巢衰老过程中的转录组变化 | 对3个月和9个月小鼠卵巢组织进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠卵巢组织,3个月和9个月各一组 |
743 | 2024-08-05 |
Lysyl oxidase-like 1 predicts the prognosis of patients with primary glioblastoma and promotes tumor invasion via EMT pathway
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17579
PMID:38978755
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研究论文 | 这篇文章探讨了赖氨酸氧化酶样1(LOXL1)在原发性胶质母细胞瘤患者预后中的预测作用及其通过上皮-间质转化(EMT)途径促进肿瘤侵犯的机制 | 提出了基于LOXL1的预后风险评分模型和诺莫图,展示了其在评估胶质母细胞瘤患者预后中的潜在应用 | 只使用了TCGA和CGGA数据进行分析,结果可能受限于数据的可获取性和样本的多样性 | 研究LOXs在胶质母细胞瘤中的作用及其对患者预后的影响 | 主要研究对象是原发性胶质母细胞瘤患者及其相关的LOXs基因 | 肿瘤病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,CCK-8,western blot,伤口愈合实验,Transwell侵袭实验 | NA | 基因组数据,临床生存数据 | 使用TCGA和CGGA数据集的患者,具体样本量未在摘要中提及 |
744 | 2024-08-05 |
The association between vitamin D and the progression of diabetic nephropathy: insights into potential mechanisms
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1388074
PMID:38978780
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研究论文 | 本研究调查了维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关联及潜在机制 | 揭示了维生素D缺乏与糖尿病肾病进展相关的分子机制 | 本研究仅基于特定患者群体,可能存在样本选择偏差 | 探索维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关系和机制 | 567名2型糖尿病患者及221名健康对照的临床数据 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | RNA-seq,scRNA-seq | NA | 临床数据,基因表达数据 | 567名2型糖尿病患者和221名健康对照 |
745 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomic analysis to unveil heterogeneity in high-grade serous ovarian cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1420847
PMID:38975339
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示高等级浆液性卵巢癌的异质性 | 该研究首次揭示了HGSOC的特定细胞特征与不良结果的相关性,并提出了代谢通路的治疗靶点 | 本研究主要集中在HGSOC的特定特征上,可能限制了其他类型卵巢癌的适用性 | 研究HGSOC的复杂机制并识别其异质性 | HGSOC的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 肿瘤组织样本 | 包括转移样本在内的多种HGSOC样本 |
746 | 2024-08-05 |
An age-and sex-matched postoperative therapy should be required in thyroid papillary carcinoma
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1339191
PMID:38974575
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研究论文 | 本研究探讨了甲状腺乳头状癌(PTC)的淋巴结转移风险因素并提出了差异化治疗方案。 | 首次指出性别和年龄对PTC术后治疗的影响,并建议在治疗中考虑这些因素。 | 未能明确TSH对PTC行为的影响,且部分临床数据可能存在偏差。 | 研究PTC术后淋巴结转移的风险因素,并开发针对PTC的差异化治疗。 | 分析2073例PTC患者的临床信息及基因表达数据。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据、基因表达数据 | 2073例 |
747 | 2024-08-05 |
A comprehensive exploration of the heterogeneity of immune cells in Han and Zang systemic lupus erythematosus patients via single-cell RNA sequencing
2024-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110770
PMID:38128704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索汉族和藏族系统性红斑狼疮患者免疫细胞的异质性 | 首次揭示汉族和藏族SLE患者免疫细胞的异质性 | 可能样本量有限,未包括其他民族的比较 | 揭示SLE患者免疫细胞的异质性 | 汉族和藏族的系统性红斑狼疮患者 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
748 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of spatial and single-cell transcriptome data from human pancreatic cancer reveals an intermediate cancer cell population associated with poor prognosis
2024-01-31, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01287-7
PMID:38297291
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研究论文 | 本文通过整合空间和单细胞转录组数据揭示了与差病预后相关的中间癌细胞群体 | 识别了一种新型癌细胞亚群Ep_VGLL1,具有基底样和经典亚型之间的过渡特征 | 由于肿瘤的内部和外部异质性,分子特征和生物学意义尚未明确阐明 | 探讨胰腺癌的细胞异质性及其与预后的关系 | 来自17个胰腺肿瘤组织的单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 17个胰腺肿瘤组织样本(16个胰腺癌和一个高等级发育不良样本) |
749 | 2024-08-04 |
Unsupervised spatially embedded deep representation of spatial transcriptomics
2024-01-12, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01283-x
PMID:38217035
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间转录组学的无监督深度表示方法SEDR | 提出了一种结合深度自编码器和掩蔽自监督学习机制的新方法SEDR,用于构建低维基因表达的潜在表示 | NA | 优化转录组数据与空间信息的整合,以解析组织异质性和映射细胞间通讯 | 使用10×Visium数据集进行聚类性能的评估 | 数字病理学 | NA | 深度自编码器 | 变分图自编码器 | 基因表达数据 | 手动注释的10×Visium数据集 |
750 | 2024-08-05 |
Single cell RNA-sequencing in uveal melanoma: advances in heterogeneity, tumor microenvironment and immunotherapy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1427348
PMID:38966635
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序在葡萄膜黑色素瘤中的应用,重点关注异质性、肿瘤微环境和免疫治疗进展 | 结合生物信息学分析的单细胞RNA测序为理解肿瘤内异质性和微环境提供了新的视角,有助于发现与预后相关的分子指标 | 由于葡萄膜黑色素瘤的特殊生物学特性,免疫治疗的效果有限 | 提高葡萄膜黑色素瘤患者免疫治疗的疗效 | 葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤特征和微环境 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
751 | 2024-08-04 |
Deciphering the shared mechanisms of Gegen Qinlian Decoction in treating type 2 diabetes and ulcerative colitis via bioinformatics and machine learning
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1406149
PMID:38962743
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研究论文 | 本研究探讨了葛根芩莲汤在治疗2型糖尿病和溃疡性结肠炎中的共享机制 | 揭示了T2DM和UC之间的共病机制,并识别了新的生物标志物和治疗策略 | 缺乏临床试验数据以验证研究结果 | 探究T2DM与UC之间的共享致病机制,并阐明葛根芩莲汤的作用机制 | 研究对象包括2型糖尿病和溃疡性结肠炎的相关靶点 | 生物信息学 | 2型糖尿病, 溃疡性结肠炎 | 生物信息学和机器学习 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA |
752 | 2024-08-04 |
SlowMoMan: a web app for discovery of important features along user-drawn trajectories in 2D embeddings
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae095
PMID:38962404
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研究论文 | 本文提出了SlowMoMan,一个Web应用程序,用于发现用户绘制的二维嵌入中的重要特征 | 该应用程序解决了非线性低维嵌入与原始高维数据之间关系的难题,并提供了一种可视化和排序功能 | 未提及具体的限制 | 研究如何在二维嵌入中识别和排序重要特征 | 研究对象包括轨迹推断、空间转录组学和细胞分类等应用场景 | 计算机视觉 | NA | 非线性低维嵌入 | NA | 高维数据 | NA |
753 | 2024-08-04 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1399856
PMID:38962008
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研究论文 | 本文整合多重数据集,探讨类风湿性关节炎(RA)中T细胞的异质性及其相关的诊断模型 | 建立了一种与T细胞相关的诊断模型,提供了RA免疫治疗的新方法 | 研究未提及样本的年龄或性别对不同T细胞模式的影响 | 探讨类风湿性关节炎中的T细胞机制及其分类 | 研究对象为582个与类风湿性关节炎相关的T细胞亚型 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | scRNA-seq、bulk RNA-seq、孟德尔随机化(MR)和eQTL | XGB机器学习 | 细胞数据 | 分析了10,211个细胞 |
754 | 2024-08-05 |
Activation of non-classical Wnt signaling pathway effectively enhances HLA-A presentation in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1336106
PMID:38962268
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研究论文 | 本研究识别了急性淋巴细胞白血病(AML)中造血干细胞前体(HSC-Prog)的克隆异质性,并探讨了与AML免疫逃逸相关的分子通路 | 首次揭示非经典Wnt信号通路在AML中与HLA-A呈现的关系 | 未明确涉及样本的多样性或实验结果的临床应用 | 识别AML中造血干细胞前体的克隆异质性并探讨与免疫逃逸相关的分子机制 | 急性髓性白血病(AML)患者的造血干细胞前体 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、大规模RNA测序(RNA-seq) | NA | RNA(mRNA) | 样本数量未具体说明 |
755 | 2024-08-05 |
A mitochondria-related genes associated neuroblastoma signature - based on bulk and single-cell transcriptome sequencing data analysis, and experimental validation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1415736
PMID:38962012
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研究论文 | 本文建立了一种与线粒体相关基因相关的神经母细胞瘤标志,通过数据分析和实验验证进行了研究 | 提出了一个新的预测工具,能够有效评估神经母细胞瘤患者的预后和对化疗药物的敏感性 | 研究可能未涵盖所有类型的神经母细胞瘤患者,且数据集的多样性有限 | 旨在分析线粒体相关基因在神经母细胞瘤中的重要性及其在患者预后中的应用 | 本研究对象为神经母细胞瘤患者及其相关的线粒体相关基因 | 数字病理 | 神经母细胞瘤 | 转录组测序 | 一致性聚类和机器学习算法 | 单细胞和整体转录组数据 | NA |
756 | 2024-08-05 |
Elucidating the role of angiogenesis-related genes in colorectal cancer: a multi-omics analysis
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1413273
PMID:38962272
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研究论文 | 本研究通过综合多组学分析阐明了血管生成相关基因在结直肠癌中的重要性 | 研究中识别了结直肠癌中的两种血管生成相关亚型及其四个关键基因,为个性化治疗提供了新见解 | 在基因突变与亚型的关联方面未发现显著性 | 探索血管生成相关基因在结直肠癌中的作用及其机制 | 结直肠癌患者及其血管生成相关基因的表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RT-PCR, scRNA-seq | LASSO, Xgboost, 决策树 | 基因表达数据 | NA |
757 | 2024-08-05 |
Tyrosine Kinase Inhibition Activates Intratumoral γδ T Cells in Gastrointestinal Stromal Tumor
2024-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0061
PMID:37922405
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研究论文 | 本研究探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的影响 | 发现酪氨酸激酶抑制能够进一步刺激肿瘤内γδ T细胞,并揭示其在免疫疗法中的潜在靶向作用 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全反映人类的生物反应 | 探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的作用机制 | 使用转基因小鼠模型研究γδ T细胞及其在胃肠道间质瘤中的作用 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠模型和新鲜人类胃肠道间质瘤标本 |
758 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of LAG3 immune signature and identification of a LAG3-related genes prognostic signature in kidney renal clear cell carcinoma
2024-01-25, Aging
DOI:10.18632/aging.205476
PMID:38277212
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研究论文 | 本研究分析了LAG3在肾透明细胞癌中的免疫特征及其预后相关基因标志。 | 揭示了LAG3在KIRC中的表达模式及其与预后和免疫相关组分的关系 | 未提及其他相关替代疗法的比较分析 | 探讨LAG3在肾透明细胞癌(KIRC)中的功能及其作为预后生物标志的潜力 | 主要研究KIRC患者的LAG3表达及其与临床特征的关联 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序及单细胞测序 | NA | RNA-seq | 利用TCGA_KIRC数据集,样本量未具体说明 |
759 | 2024-08-05 |
FABP6 serves as a new therapeutic target in esophageal tumor
2024-01-25, Aging
DOI:10.18632/aging.205448
PMID:38277205
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研究论文 | 本研究探讨FABP6在食道肿瘤中的作用,作为新的治疗靶点 | 揭示FABP6在食道肿瘤中的高表达及其潜在的代谢和肿瘤生长相关性 | 未详细探讨FABP6作为治疗靶点的具体机制和临床应用 | 改善食道癌患者的生存率,寻找新的诊断和治疗靶点 | 食道肿瘤微环境中细胞组成及其异质性 | 数字病理学 | 食道癌 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 使用了初级食道肿瘤的多个细胞群 |
760 | 2024-08-05 |
Identification of molecular characteristics of FUT8 and alteration of core fucosylation in kidney renal clear cell cancer
2024-01-25, Aging
DOI:10.18632/aging.205482
PMID:38277230
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研究论文 | 本文研究了KIRC中FUT8的分子特征和核心富糖基化的变化 | 首次识别出KIRC中的两种与核心富糖基化相关的亚型,并探讨了其预后差异 | 研究中没有提及样本量和潜在的临床应用 | 探讨核心富糖基化在肾透明细胞癌中的作用及FUT8的分子特征 | 集中于肾透明细胞癌(KIRC)及其核心富糖基化相关基因 | 数字病理学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |