单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2024-08-05	Integrative analysis of spatial and single-cell transcriptome data from human pancreatic cancer reveals an intermediate cancer cell population associated with poor prognosis 2024-01-31, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01287-7 PMID:38297291	研究论文	本文通过整合空间和单细胞转录组数据揭示了与差病预后相关的中间癌细胞群体	识别了一种新型癌细胞亚群Ep_VGLL1，具有基底样和经典亚型之间的过渡特征	由于肿瘤的内部和外部异质性，分子特征和生物学意义尚未明确阐明	探讨胰腺癌的细胞异质性及其与预后的关系	来自17个胰腺肿瘤组织的单细胞RNA测序和空间转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	17个胰腺肿瘤组织样本（16个胰腺癌和一个高等级发育不良样本）
722	2024-08-04	Unsupervised spatially embedded deep representation of spatial transcriptomics 2024-01-12, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01283-x PMID:38217035	研究论文	本文介绍了一种用于空间转录组学的无监督深度表示方法SEDR	提出了一种结合深度自编码器和掩蔽自监督学习机制的新方法SEDR，用于构建低维基因表达的潜在表示	NA	优化转录组数据与空间信息的整合，以解析组织异质性和映射细胞间通讯	使用10×Visium数据集进行聚类性能的评估	数字病理学	NA	深度自编码器	变分图自编码器	基因表达数据	手动注释的10×Visium数据集
723	2024-08-05	Single cell RNA-sequencing in uveal melanoma: advances in heterogeneity, tumor microenvironment and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427348 PMID:38966635	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在葡萄膜黑色素瘤中的应用，重点关注异质性、肿瘤微环境和免疫治疗进展	结合生物信息学分析的单细胞RNA测序为理解肿瘤内异质性和微环境提供了新的视角，有助于发现与预后相关的分子指标	由于葡萄膜黑色素瘤的特殊生物学特性，免疫治疗的效果有限	提高葡萄膜黑色素瘤患者免疫治疗的疗效	葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤特征和微环境	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
724	2024-08-04	Deciphering the shared mechanisms of Gegen Qinlian Decoction in treating type 2 diabetes and ulcerative colitis via bioinformatics and machine learning 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1406149 PMID:38962743	研究论文	本研究探讨了葛根芩莲汤在治疗2型糖尿病和溃疡性结肠炎中的共享机制	揭示了T2DM和UC之间的共病机制，并识别了新的生物标志物和治疗策略	缺乏临床试验数据以验证研究结果	探究T2DM与UC之间的共享致病机制，并阐明葛根芩莲汤的作用机制	研究对象包括2型糖尿病和溃疡性结肠炎的相关靶点	生物信息学	2型糖尿病, 溃疡性结肠炎	生物信息学和机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
725	2024-08-04	SlowMoMan: a web app for discovery of important features along user-drawn trajectories in 2D embeddings 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae095 PMID:38962404	研究论文	本文提出了SlowMoMan，一个Web应用程序，用于发现用户绘制的二维嵌入中的重要特征	该应用程序解决了非线性低维嵌入与原始高维数据之间关系的难题，并提供了一种可视化和排序功能	未提及具体的限制	研究如何在二维嵌入中识别和排序重要特征	研究对象包括轨迹推断、空间转录组学和细胞分类等应用场景	计算机视觉	NA	非线性低维嵌入	NA	高维数据	NA
726	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399856 PMID:38962008	研究论文	本文整合多重数据集，探讨类风湿性关节炎（RA）中T细胞的异质性及其相关的诊断模型	建立了一种与T细胞相关的诊断模型，提供了RA免疫治疗的新方法	研究未提及样本的年龄或性别对不同T细胞模式的影响	探讨类风湿性关节炎中的T细胞机制及其分类	研究对象为582个与类风湿性关节炎相关的T细胞亚型	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq、bulk RNA-seq、孟德尔随机化（MR）和eQTL	XGB机器学习	细胞数据	分析了10,211个细胞
727	2024-08-05	Activation of non-classical Wnt signaling pathway effectively enhances HLA-A presentation in acute myeloid leukemia 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1336106 PMID:38962268	研究论文	本研究识别了急性淋巴细胞白血病（AML）中造血干细胞前体（HSC-Prog）的克隆异质性，并探讨了与AML免疫逃逸相关的分子通路	首次揭示非经典Wnt信号通路在AML中与HLA-A呈现的关系	未明确涉及样本的多样性或实验结果的临床应用	识别AML中造血干细胞前体的克隆异质性并探讨与免疫逃逸相关的分子机制	急性髓性白血病（AML）患者的造血干细胞前体	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA（mRNA）	样本数量未具体说明
728	2024-08-05	A mitochondria-related genes associated neuroblastoma signature - based on bulk and single-cell transcriptome sequencing data analysis, and experimental validation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1415736 PMID:38962012	研究论文	本文建立了一种与线粒体相关基因相关的神经母细胞瘤标志，通过数据分析和实验验证进行了研究	提出了一个新的预测工具，能够有效评估神经母细胞瘤患者的预后和对化疗药物的敏感性	研究可能未涵盖所有类型的神经母细胞瘤患者，且数据集的多样性有限	旨在分析线粒体相关基因在神经母细胞瘤中的重要性及其在患者预后中的应用	本研究对象为神经母细胞瘤患者及其相关的线粒体相关基因	数字病理	神经母细胞瘤	转录组测序	一致性聚类和机器学习算法	单细胞和整体转录组数据	NA
729	2024-08-05	Elucidating the role of angiogenesis-related genes in colorectal cancer: a multi-omics analysis 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1413273 PMID:38962272	研究论文	本研究通过综合多组学分析阐明了血管生成相关基因在结直肠癌中的重要性	研究中识别了结直肠癌中的两种血管生成相关亚型及其四个关键基因，为个性化治疗提供了新见解	在基因突变与亚型的关联方面未发现显著性	探索血管生成相关基因在结直肠癌中的作用及其机制	结直肠癌患者及其血管生成相关基因的表达	数字病理学	结直肠癌	RT-PCR, scRNA-seq	LASSO, Xgboost, 决策树	基因表达数据	NA
730	2024-08-05	Tyrosine Kinase Inhibition Activates Intratumoral γδ T Cells in Gastrointestinal Stromal Tumor 2024-01-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0061 PMID:37922405	研究论文	本研究探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的影响	发现酪氨酸激酶抑制能够进一步刺激肿瘤内γδ T细胞，并揭示其在免疫疗法中的潜在靶向作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的生物反应	探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的作用机制	使用转基因小鼠模型研究γδ T细胞及其在胃肠道间质瘤中的作用	数字病理学	胃肠道间质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	转基因小鼠模型	基因表达数据	包括转基因小鼠模型和新鲜人类胃肠道间质瘤标本
731	2024-08-04	Integrative analysis of LAG3 immune signature and identification of a LAG3-related genes prognostic signature in kidney renal clear cell carcinoma 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205476 PMID:38277212	研究论文	本研究分析了LAG3在肾透明细胞癌中的免疫特征及其预后相关基因标志。	揭示了LAG3在KIRC中的表达模式及其与预后和免疫相关组分的关系	未提及其他相关替代疗法的比较分析	探讨LAG3在肾透明细胞癌（KIRC）中的功能及其作为预后生物标志的潜力	主要研究KIRC患者的LAG3表达及其与临床特征的关联	数字病理学	肾癌	RNA测序及单细胞测序	NA	RNA-seq	利用TCGA_KIRC数据集，样本量未具体说明
732	2024-08-05	FABP6 serves as a new therapeutic target in esophageal tumor 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205448 PMID:38277205	研究论文	本研究探讨FABP6在食道肿瘤中的作用，作为新的治疗靶点	揭示FABP6在食道肿瘤中的高表达及其潜在的代谢和肿瘤生长相关性	未详细探讨FABP6作为治疗靶点的具体机制和临床应用	改善食道癌患者的生存率，寻找新的诊断和治疗靶点	食道肿瘤微环境中细胞组成及其异质性	数字病理学	食道癌	scRNA-seq	NA	细胞	使用了初级食道肿瘤的多个细胞群
733	2024-08-05	Identification of molecular characteristics of FUT8 and alteration of core fucosylation in kidney renal clear cell cancer 2024-01-25, Aging DOI:10.18632/aging.205482 PMID:38277230	研究论文	本文研究了KIRC中FUT8的分子特征和核心富糖基化的变化	首次识别出KIRC中的两种与核心富糖基化相关的亚型，并探讨了其预后差异	研究中没有提及样本量和潜在的临床应用	探讨核心富糖基化在肾透明细胞癌中的作用及FUT8的分子特征	集中于肾透明细胞癌（KIRC）及其核心富糖基化相关基因	数字病理学	肾透明细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
734	2024-08-04	The integration of multi-omics analysis and machine learning for the identification of prognostic assessment and immunotherapy efficacy through aging-associated genes in lung cancer 2024-01-22, Aging DOI:10.18632/aging.205464 PMID:38261733	研究论文	本研究整合了多组学分析和机器学习，评估与衰老相关基因在肺癌中的预后评估和免疫疗法有效性	首次结合多组学分析和机器学习来构建预后模型，特别关注与衰老相关的基因	尚未明确关键分子在肺癌发病和进展中的确切作用	评估肺癌患者的预后和免疫疗法有效性	涉及与免疫相关的关键基因及其在肺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞测序, WGCNA, Lasso-Cox方法, ssGSEA	NA	基因数据	NA
735	2024-08-05	Malignant cell receptor-ligand subtypes guide the prediction of prognosis and personalized immunotherapy of liver cancer 2024-01-18, Aging DOI:10.18632/aging.205453 PMID:38244584	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA分析识别肝癌患者的恶性细胞受体-配体亚型	通过恶性细胞受体-配体基因识别亚群，提供个性化免疫治疗的新见解	未详细说明样本来源和具体的临床应用数据	识别基于恶性细胞受体-配体基因的肝癌亚群以发展个性化免疫治疗	肝癌患者的恶性细胞及其相关的受体-配体基因	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	16个基因表达水平
736	2024-08-04	Single-cell sequencing of the substantia nigra reveals microglial activation in a model of MPTP 2024, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2024.1390310 PMID:38952478	研究论文	这项工作揭示了MPTP小鼠黑质中小胶质细胞的功能变化、信号通路和关键基因	首次在MPTP模型中详细分析了小胶质细胞的激活状态及其功能变化	研究可能仅限于特定的细胞类型和小鼠模型，结果可能无法完全外推至其他类型的帕金森病	探索MPTP对帕金森病相关细胞和基因的影响	使用单细胞RNA测序分析MPTP小鼠的黑质	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MPTP小鼠的单细胞样本
737	2024-08-04	Combined analysis of single-cell sequencing and bulk transcriptome sequencing reveals new mechanisms for non-healing diabetic foot ulcers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306248 PMID:38950058	研究论文	本研究通过分析单细胞测序和大规模转录组测序，揭示了非愈合糖尿病足溃疡的新的机制	揭示了愈合与非愈合糖尿病足溃疡之间的细胞组成和基因表达的差异，特别是不同成纤维细胞亚群的独特生物学功能	研究依赖于已有的公共转录组测序数据，可能存在数据的局限性和偏倚	深入了解非愈合糖尿病足溃疡与愈合糖尿病足溃疡之间的生物学差异	研究对象为非愈合和愈合的糖尿病足溃疡患者的细胞成分与基因表达	数字病理学	糖尿病足溃疡	转录组测序	NA	基因表达数据	NA
738	2024-08-05	Dysfunctional Epithelial Barrier Is Characterized by Reduced E-Cadherin in Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-01, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.30951 PMID:37565709	研究论文	本研究旨在表征特发性喉下狭窄瘢痕上皮的分子特征和功能表型	首次使用单细胞RNA测序分析特发性喉下狭窄瘢痕上皮的变化，发现E-钙黏蛋白表达减少与屏障功能失常相关	样本量较小，仅包括6个瘢痕样本，可能限制结果的普遍性	研究特发性喉下狭窄的上皮分子特征和功能，以及其与上皮屏障功能的关系	特发性喉下狭窄（iSGS）患者的气管活检样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫印迹，免疫荧光	NA	活检组织样本	6个iSGS瘢痕样本和6个匹配的非瘢痕区域
739	2024-08-05	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03177-y PMID:38291503	研究论文	提出了一种名为deMULTIplex2的算法，用于在单细胞RNA测序中进行稳健的样本去混合	deMULTIplex2通过机械模型启发的算法设计，解决了现有工具在条形码交叉污染下表现不佳的问题	对某些极端或特殊情况下的条形码交叉污染处理能力尚未得到充分验证	旨在提高单细胞RNA测序中的样本去混合能力，以提升通量和减少批次效应	针对单细胞RNA测序中的样本识别和去混合问题进行研究	数字病理学	NA	RNA测序	广义线性模型	数据集	大型或嘈杂数据集的样本组成不平衡
740	2024-08-04	Mosaic loss of Y chromosome is associated with aging and epithelial injury in chronic kidney disease 2024-01-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03173-2 PMID:38287344	研究论文	本文探讨了Y染色体马赛克缺失与老龄化和慢性肾脏病之间的关系	使用单细胞RNA和ATAC测序技术揭示了肾脏中LOY的存在及其与年龄和慢性肾脏病增长的关联	没有详细讨论LOY在其他组织或疾病中的潜在应用	研究LOY作为DNA损伤和细胞衰老的指标	研究慢性肾脏病患者的肾脏细胞中LOY的情况	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA和ATAC测序	NA	RNA-seq	NA