单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-09-05	A novel missense variant in PNLDC1 associated with nonobstructive azoospermia 2024, Journal of genetics IF:1.4Q4 PMID:39223739	研究论文	本文通过家系外显子测序研究了一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症（NOA），旨在确定导致特发性NOA的遗传变异，以辅助未来的临床遗传诊断和治疗策略	发现了一个与NOA相关的新型错义变异PNLDC1 Gly237Asp，该变异位于CAF1域的保守区域，可能导致局部结构不稳定和蛋白质磷酸化位点的改变	NA	确定导致特发性非阻塞性无精症的遗传变异	一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症患者	NA	男性不育症	外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序	NA	基因序列数据	一个家庭中的三名NOA患者
622	2024-09-05	Elucidating the role of tumor-associated ALOX5+ mast cells with transformative function in cervical cancer progression via single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1434450 PMID:39224598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肿瘤相关ALOX5+肥大细胞在宫颈癌进展中的作用及其机制。	首次鉴定了宫颈癌中具有转化功能的肿瘤相关肥大细胞亚群C2 ALOX5+ MCs，并揭示了其在肿瘤分化关键阶段的作用。	研究仅基于十份宫颈癌肿瘤样本的数据，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。	探索肥大细胞与宫颈癌肿瘤微环境相互作用的机制，为宫颈癌的预防、诊断和治疗提供科学依据。	宫颈癌细胞及其微环境中的肥大细胞亚群。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	93,524个高质量细胞
623	2024-09-04	Reclassify High-Grade Serous Ovarian Cancer Patients Into Different Molecular Subtypes With Discrepancy Prognoses and Therapeutic Responses Based on Cancer-Associated Fibroblast-Enriched Prognostic Genes 2024, Biomedical engineering and computational biology IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11795972241274024 PMID:39221174	研究论文	本研究基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，将高级别浆液性卵巢癌患者重新分类为具有不同预后和治疗反应的分子亚型	首次基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因对高级别浆液性卵巢癌患者进行重新分类，并发现这些亚型对传统化疗和免疫治疗的反应存在差异	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	旨在通过癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，筛选出预后不良和治疗反应不佳的高级别浆液性卵巢癌患者	高级别浆液性卵巢癌患者及其治疗反应	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	RNA数据	肿瘤组织样本来自TCGA和GEO数据库
624	2024-09-03	[Recent advances in capillary electrophoresis-mass spectrometry analysis of ‍trace biomolecules] 2024, Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica DOI:10.1254/fpj.24036 PMID:39218679	综述	本文综述了毛细管电泳-质谱（CE-MS）在痕量生物分子分析中的最新进展，特别是单细胞分析方面	结合高灵敏度的纳米电喷雾电离质谱（MS）和在线样品预浓缩方法，能够检测到纳摩尔至亚纳摩尔级别的生物分子	NA	探讨和总结CE-MS在痕量生物分子分析中的应用，特别是单细胞分析	痕量生物分子，特别是单细胞中的代谢物、蛋白质、脂质等	分析化学	NA	毛细管电泳（CE）、纳米电喷雾电离质谱（MS）	NA	生物分子	单细胞级别
625	2024-08-31	Reversal of tamoxifen resistance by artemisinin in ER+ breast cancer: bioinformatics analysis and experimental validation 2024, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.047257 PMID:38827320	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了青蒿素逆转雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬耐药性的机制	本研究首次通过生物信息学分析和实验验证，揭示了青蒿素逆转他莫昔芬耐药性的潜在机制	研究中未详细说明所使用的五个特征基因和七个药物-疾病交叉基因的具体信息	探索青蒿素逆转他莫昔芬在雌激素受体阳性乳腺癌中的耐药性	雌激素受体阳性乳腺癌细胞及他莫昔芬耐药性	数字病理学	乳腺癌	WGCNA交叉分析, scRNA-seq分析, 分子目标对接	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确
626	2024-08-31	Single-cell RNA sequencing of nc886, a non-coding RNA transcribed by RNA polymerase III, with a primer spike-in strategy 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301562 PMID:39190696	研究论文	本研究开发了一种针对nc886的单细胞RNA测序方法，通过引入特定的oligo-tagged nc886引物，实现了对RNA聚合酶III转录的非编码RNA的测序	首次采用引物混合策略，成功捕获并测序了RNA聚合酶III转录的非编码RNA nc886，为单细胞水平上非编码RNA的研究提供了新方法	引物混合策略在目标特异性方面存在局限，需要通过后续的序列验证来确保基因表达计数的准确性	开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于研究RNA聚合酶III转录的非编码RNA	nc886作为RNA聚合酶III转录的非编码RNA的代表	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种细胞系，分别表达高、低和零水平的nc886
627	2024-08-31	The significance of CD16+ monocytes in the occurrence and development of chronic thromboembolic pulmonary hypertension: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446710 PMID:39192976	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨CD16+单核细胞在慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）发生发展中的作用及其分子特征	首次系统研究了CTEPH患者中单核细胞亚群的分布、基因表达谱及分化轨迹，揭示了CD16+单核细胞在肺动脉血栓形成和内膜重塑中的重要作用	NA	揭示CTEPH患者中单核细胞的特征和功能，为CTEPH的诊断和治疗提供新见解	CTEPH患者的外周血单个核细胞（PBMCs）及肺动脉内膜切除术（PEA）后的组织	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康对照、CTEPH患者及CTEPH患者肺动脉内膜切除术后的组织样本
628	2024-08-31	Identification and validation of Rab GTPases RAB13 as biomarkers for peritoneal metastasis and immune cell infiltration in colorectal cancer patients 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1403008 PMID:39192986	研究论文	本研究旨在识别和验证Rab GTPases RAB13作为结直肠癌患者腹膜转移和免疫细胞浸润的生物标志物	首次探讨了RAB13在结直肠癌腹膜转移中的作用及其与免疫细胞浸润的关系	NA	确定与结直肠癌腹膜转移相关的生物标志物及其与免疫细胞浸润的关系	结直肠癌患者的腹膜转移和免疫细胞浸润	数字病理学	结直肠癌	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	使用了公共数据库中的结直肠癌组织样本
629	2024-08-30	Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17350 PMID:38827297	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性，并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性，并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。	旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。	胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。
630	2024-08-30	DNA methylation and gene expression profiling reveal potential association of retinol metabolism related genes with hepatocellular carcinoma development 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17916 PMID:39193514	研究论文	本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序和RNA测序技术，分析了肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达谱，揭示了视黄醇代谢相关基因在肝细胞癌发展中的潜在关联	本研究首次综合分析了DNA甲基化和RNA测序数据，识别出987个甲基化驱动的候选基因，并发现视黄醇代谢途径中的四个基因在肝细胞癌中的表达水平可以对患者进行分层	本研究主要依赖于多组学数据分析，未涉及体外或体内实验验证	旨在全面研究肝细胞癌中由甲基化驱动的基因表达改变	肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达	数字病理学	肝细胞癌	全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	DNA甲基化数据，RNA表达数据	肝细胞癌组织与正常邻近组织样本，具体数量未在摘要中明确
631	2024-08-29	Single-Cell Atlas of Human Ovaries Reveals The Role Of The Pyroptotic Macrophage in Ovarian Aging 2024-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305175 PMID:38036420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同生育年龄的人类卵巢，揭示了随着年龄增长，卵巢中巨噬细胞的焦亡途径激活增加，从而影响卵巢的免疫微环境，加速生殖功能衰退。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了人类卵巢衰老过程中巨噬细胞焦亡途径的激活及其对免疫微环境的影响。	研究主要基于细胞和动物实验，未来需要更多临床数据验证这些发现。	探索人类卵巢衰老过程中细胞和分子层面的变化及其机制。	人类卵巢中的巨噬细胞及其焦亡途径。	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	不同生育年龄的人类卵巢样本
632	2024-08-29	Single-Cell Transcriptome Atlas and Regulatory Dynamics in Developing Cotton Anthers 2024-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304017 PMID:37974530	研究论文	本研究建立了棉花花药的第一个单细胞转录组图谱和染色质可及性调查，揭示了花药中不同细胞类型的特异性表达和表观遗传景观，并探讨了高温应激对花药细胞的异质性响应。	首次在棉花花药中建立了单细胞转录组图谱和染色质可及性调查，重建了减数分裂细胞、绒毡层细胞和中层细胞的发育轨迹，并揭示了高温应激下花药细胞的异质性响应。	NA	研究花药发育过程中的空间表达图谱和调控动态，以及高温应激下的响应机制。	棉花花药中的不同细胞类型及其在高温应激下的响应。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
633	2024-08-28	Single-cell RNA sequencing of aging neural progenitors reveals loss of excitatory neuron potential and a population with transcriptional immune response 2024, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2024.1400963 PMID:39184324	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了衰老神经前体细胞的转录变化，发现兴奋性神经元潜能的丧失及具有转录免疫反应的细胞群	首次在单细胞水平上比较了不同神经发生区域的前体细胞转录谱，并揭示了衰老相关炎症对这些细胞的影响	NA	探究衰老过程中神经前体细胞的转录变化及其与衰老相关炎症的关系	成年小鼠大脑中的神经干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
634	2024-08-28	Characteristics and impact of infiltration of B-cells from systemic sclerosis patients in a 3D healthy skin model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1373464 PMID:39185406	研究论文	研究了系统性硬化症（SSc）患者B细胞与健康皮肤模型中成纤维细胞的相互作用及其影响	首次展示了激活的B细胞改变了健康和SSc成纤维细胞的转录组特征，向促炎（TNF和IL-17信号传导）和干扰素特征转变	NA	探讨B细胞与成纤维细胞在组织水平上的相互作用及其机制	系统性硬化症患者B细胞与三维重建的健康皮肤模型中的成纤维细胞、角质形成细胞和细胞外基质的共培养	NA	系统性硬化症	细胞成像策略、流式细胞术、批量和单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
635	2024-08-25	Prediction Model for Therapeutic Responses in Ovarian Cancer Patients using Paclitaxel-resistant Immune-related lncRNAs 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673281438231217151129 PMID:38357948	研究论文	本研究开发了一种基于紫杉醇耐药免疫相关长链非编码RNAs（lncRNAs）的卵巢癌患者治疗反应预测模型	首次构建了包含9个紫杉醇耐药免疫相关lncRNAs的预测模型，用于预测卵巢癌患者的免疫治疗和化疗反应及预后	NA	开发一种预测卵巢癌患者治疗反应的模型	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	LASSO Cox回归分析	RNA序列数据	186个差异表达的紫杉醇耐药lncRNAs和225个免疫相关lncRNAs
636	2024-08-25	Multi-transcriptomics analysis of microvascular invasion-related malignant cells and development of a machine learning-based prognostic model in hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1436131 PMID:39176099	研究论文	本研究通过多组学分析探索肝细胞癌中与微血管侵犯相关的恶性细胞，并开发了一种基于机器学习的预后模型	本研究首次通过综合多组学分析揭示了与微血管侵犯相关的恶性细胞的生物学功能，并开发了一种新的预后模型	NA	探索肝细胞癌中微血管侵犯的机制并开发预后模型	肝细胞癌中的微血管侵犯相关恶性细胞	机器学习	肝细胞癌	RNA-seq	机器学习算法	RNA-seq数据	使用TCGA和HCCDB的bulk RNA-seq数据，GEO数据库的单细胞RNA-seq数据，以及CNCB数据库的空间转录组数据
637	2024-08-25	Revealing the regulation of allergic asthma airway epithelial cell inflammation by STEAP4 targeting MIF through machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1427352 PMID:39176391	研究论文	本研究通过机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了STEAP4通过调控MIF在过敏性哮喘气道上皮细胞炎症中的作用。	首次发现STEAP4在过敏性哮喘中的作用，并通过机器学习和单细胞测序技术验证了其调控MIF的机制。	研究主要基于数据库中的微阵列数据和动物模型，尚未在人体中进行直接验证。	探索过敏性哮喘气道上皮细胞炎症的调控机制。	过敏性哮喘患者的气道上皮细胞。	机器学习	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	机器学习算法	微阵列数据	包括哮喘患者和健康个体的气道上皮样本，以及哮喘小鼠模型。
638	2024-08-24	Integrated multi-omics analyses identify anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44175-1 PMID:38168026	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR剔除筛选和多组学数据的综合分析，揭示了控制SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	本研究发现了许多目前被低估的宿主因子，如V-ATP酶、ESCRT和N-糖基化途径的组成部分，以及作为抗病毒途径的凝聚素复合物	NA	揭示控制SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子及其途径	基因组学	COVID-19	CRISPR, 全基因组关联研究, 单细胞RNA-Seq, 宿主-病毒蛋白质或蛋白质/RNA相互作用组	NA	多组学数据	NA
639	2024-08-24	scX: a user-friendly tool for scRNAseq exploration 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae062 PMID:38779177	research paper	本文介绍了一个名为scX的R包，该包基于Shiny框架，旨在简化单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的分析、探索和可视化	scX提供了一个交互式图形界面，简化了scRNAseq分析的复杂性，并能与常用的单细胞数据对象Seurat和SingleCellExperiment无缝集成	NA	开发一个用户友好的工具，用于简化单细胞RNA测序数据的探索和分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNAseq	NA	基因表达数据	NA
640	2024-08-24	Constructing immune and prognostic features associated with ADCP in hepatocellular carcinoma and pan-cancer based on scRNA-seq and bulk RNA-seq 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1397541 PMID:38774870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选与肝细胞癌（LIHC）中抗体依赖性细胞吞噬作用（ADCP）相关的免疫调节因子和预后基因，构建基于ADCP的LIHC风险评分模型。	本研究首次在肝细胞癌中识别出与ADCP相关的关键基因GYPA、CLDN18和IRX5，并验证了这些基因与免疫浸润细胞和免疫治疗效果的相关性。	研究主要基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，未涉及临床试验验证，未来需进一步的临床研究来验证这些发现。	开发基于ADCP的肝细胞癌风险分层系统和筛选相关靶点。	肝细胞癌（LIHC）及其相关免疫治疗靶点。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA测序数据	涉及肝细胞癌组织和细胞样本，具体数量未详细说明。