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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-06-07 |
Single-cell RNA-seq reveals immune cell heterogeneity and increased Th17 cells in human fibrotic skin diseases
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522076
PMID:39872534
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研究论文 | 本研究利用荧光激活细胞分选富集CD45+免疫细胞并进行单细胞RNA测序,构建了纤维化皮肤病的免疫细胞图谱,发现Th17细胞在瘢痕疙瘩中显著增加并促进成纤维细胞增殖、迁移和胶原表达 | 首次通过富集免疫细胞进行单细胞RNA测序,揭示了纤维化皮肤病中免疫细胞的精细图谱,并发现Th17细胞通过IL-17A促进成纤维细胞功能的广泛机制 | 未提及研究的具体局限性 | 探究纤维化皮肤病(以瘢痕疙瘩为代表)中免疫细胞的复杂细胞图谱及其在疾病发展中的作用 | 纤维化皮肤病(瘢痕疙瘩、增生性瘢痕和硬皮病)中的免疫细胞和成纤维细胞 | 机器学习和数字病理学 | 纤维化皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-06-07 |
The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305
PMID:39872537
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研究论文 | 该研究利用流式细胞术、单细胞RNA测序及染色质可及性分析,揭示了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型与功能多样性,并探讨了孕前肥胖对胎儿免疫及神经发育的影响 | 首次在足月期对胎盘绒毛免疫细胞进行深度表型分析,并整合转录组与染色质可及性数据,同时探索孕前肥胖对绒毛髓系细胞及胎儿小胶质细胞的影响 | 样本量可能有限,且研究仅聚焦于无并发症的足月妊娠,未涉及病理妊娠状态 | 阐明足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的组成、功能状态及其随妊娠期的变化,并评估孕前肥胖对免疫适应及胎儿神经发育的影响 | 足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞(包括胎儿Hofbauer细胞和母体来源的巨噬细胞)及体外模型中的脐血源性小胶质细胞 | 机器学习和生物信息学 | 无特定疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CITE-seq、单核ATAC测序(snATAC-seq)、流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据、染色质可及性数据 | 人类足月妊娠胎盘绒毛组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于scRNA-seq和CITE-seq;10x Chromium用于snATAC-seq |
| 43 | 2026-06-02 |
Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment
2024-01, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350590
PMID:37944995
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研究论文 | 研究指出标准单细胞RNA测序比对流程易将杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)转录本错误分配,导致活化型KIR基因表达被低估 | 首次揭示单细胞RNA-seq数据中KIR基因错误分配是导致激活型KIR表达被低估的根本原因 | 未提供具体解决方案或替代比对算法来纠正KIR基因错误分配问题 | 阐明单细胞RNA-seq数据中KIR基因表达低估的机制原因 | KIR基因转录本及单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2026-06-02 |
Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context
2024-01, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350464
PMID:37943053
|
综述 | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性与功能特化及其与微环境的关系 | 强调巨噬细胞在动脉粥样硬化中具有高度异质性和功能特化,并指出传统炎症/抗炎范式不足以解释其复杂致病机制,提出空间多组学方法的重要性 | 对局部微环境在动脉粥样硬化中塑造巨噬细胞表型和功能的作用仍大多未被描述 | 综述巨噬细胞在动脉粥样硬化中的起源、功能特化、表型多样性及微环境的影响 | 巨噬细胞亚群(小鼠和人类动脉粥样硬化模型中的斑块巨噬细胞) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3' |
| 45 | 2026-05-31 |
Targeting PLCG2 Suppresses Tumor Progression, Orchestrates the Tumor Immune Microenvironment and Potentiates Immune Checkpoint Blockade Therapy for Colorectal Cancer
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.98200
PMID:39494327
|
研究论文 | 本文探究PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤免疫微环境和增强免疫检查点阻断治疗中的作用 | 首次发现PLCG2可作为结直肠癌精准生物标志物和治疗靶点,逆转免疫逃逸及免疫检查点阻断治疗耐药 | 未提及 | 研究PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤微环境及增强免疫检查点阻断治疗中的作用 | 结直肠癌患者及临床样本、细胞和动物模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq、单细胞转录组、空间转录组、蛋白印迹、定量逆转录PCR、多色免疫荧光、多重免疫组化、流式细胞术、动物模型 | NA | 基因表达数据、图像 | 结直肠癌患者样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2026-05-31 |
Reconstruction of the Hepatic Microenvironment and Pathological Changes Underlying Type II Diabetes through Single-Cell RNA Sequencing
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.99176
PMID:39494341
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序重建II型糖尿病肝脏微环境及病理变化 | 首次利用单细胞RNA-seq技术系统性地探索了两种T2DM小鼠模型中肝脏微环境的变化,揭示了肝星状细胞活化、Kupffer细胞新亚群及细胞间相互作用在糖尿病性MAFLD进展中的动态作用 | 研究对象仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;对某些基因(如Tgfb1i1、Txnip)的功能机制仍需进一步探索 | 阐明II型糖尿病并发代谢相关脂肪性肝病在不同阶段的肝脏微环境变化和病理机制 | II型糖尿病小鼠模型(两种)的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | II型糖尿病、代谢相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两种T2DM小鼠模型肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-05-31 |
Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.100607
PMID:39664577
|
研究论文 | 本研究揭示了补体C1q在恶性胸腔积液中通过肿瘤相关巨噬细胞介导CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍的关键作用 | 首次通过全基因和巨噬细胞特异性敲除小鼠模型提供C1q介导巨噬细胞促进肿瘤的直接证据,并阐明C1q通过CCR2-CCL2信号轴调控免疫抑制的机制 | 未明确说明研究局限性 | 探究C1q在恶性胸腔积液中巨噬细胞介导的免疫抑制机制 | 小鼠恶性胸腔积液模型及C1q缺陷巨噬细胞 | 机器学习 | 恶性胸腔积液 | scRNA-seq, 代谢组学分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | C1qa小鼠MPE模型(具体样本数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-29 |
Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution
2024-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45143-z
PMID:38296945
|
研究论文 | 利用单细胞/单核RNA测序和空间转录组学,构建了衰老子宫肌层的细胞图谱,揭示了与衰老相关的细胞变化 | 首次在单细胞分辨率下研究人类子宫肌层衰老,鉴定了23个细胞亚群,并发现了衰老导致的细胞间通讯改变和25条信号通路丧失 | 样本量有限(20名围绝经期和绝经后女性),可能无法完全代表所有年龄段的女性,且功能性验证不足 | 研究衰老对人类子宫肌层在单细胞水平的影响 | 围绝经期和绝经后女性的子宫肌层组织 | 单细胞生物学 | 妊娠并发症、分娩并发症 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium Spatial Gene Expression |
| 49 | 2026-05-29 |
scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data
2024-01-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45227-w
PMID:38291052
|
研究论文 | 提出scDisInFact框架,用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的解耦学习,同时实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测 | 首次通过解耦学习同时处理批次效应和条件效应,实现三个任务的统一框架 | 未提及具体局限性,但可能依赖数据质量且真实场景中复杂条件效应可能难以完全解耦 | 开发一种能够同时处理多批次单细胞RNA测序数据中技术批次效应和生物条件效应的深度学习方法 | 多批次多条件下的单细胞RNA测序数据,包括不同人口统计组、疾病阶段和药物处理的样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架(解耦学习) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-05-29 |
A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection
2024-01, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029
PMID:38056513
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研究论文 | 通过蛋白质组学筛选发现S100A8/S100A9是主动脉夹层的临床相关治疗靶点 | 首次通过蛋白质组学筛选鉴定S100A8/A9为主动脉夹层的新治疗靶点,并验证其通过调节平滑肌细胞表型转换和炎症反应发挥作用的机制 | 未提及具体局限性 | 发现主动脉夹层的新型治疗靶点 | 主动脉夹层患者和对照者的升主动脉样本、小鼠主动脉夹层模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学分析、ELISA、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据、循环蛋白水平、单细胞转录组数据 | 主动脉夹层患者与对照者样本、小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-05-28 |
Semi-supervised integration of single-cell transcriptomics data
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45240-z
PMID:38287014
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研究论文 | 提出一种名为STACAS的半监督单细胞转录组数据整合方法,利用先验细胞类型知识在批量校正中保留生物变异性 | 首次将先验细胞类型信息纳入单细胞数据的半监督批量效应校正,在开放基准测试中优于现有无监督和完全监督方法 | 对不完整或不精确的输入细胞类型标签具有一定鲁棒性,但极端情况下的性能边界未明确讨论 | 开发一种能保留生物变异性的半监督单细胞RNA-seq批量效应校正方法 | 单细胞RNA-seq数据中的批量效应和细胞类型标签 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | STACAS(基于先验细胞类型的半监督整合模型) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45177-3
PMID:38287033
|
研究论文 | 利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面表征雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生和减数分裂中的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化早期建立基因活性景观的必要性,并揭示其在减数分裂中调控双链断裂形成和修复的新功能 | 未提供具体实验限制信息 | 解析雄性生殖细胞发育中基因表达的调控机制,为男性不育症治疗提供新见解 | 雄性小鼠生殖细胞群体 | 机器学习和基因组学 | 男性不育症 | RNA-seq | NA | RNA表达数据(稳态、新生和单细胞) | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-05-28 |
Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45029-0
PMID:38280871
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究嗜酸性粒细胞的发育模式与调控机制 | 首次鉴定eslec为嗜酸性粒细胞谱系特异性标志物,建立Tg(eslec:eGFP)报告品系;通过单细胞RNA测序揭示嗜酸性粒细胞从祖细胞到成熟细胞的发育轨迹;发现Cebp1-Cebpβ转录轴调控嗜酸性粒细胞谱系决定和分化,并证明斑马鱼Cebp1是人C/EBPε的功能直系同源物 | 主要基于斑马鱼模型,结论向哺乳动物和人类的推广需进一步验证 | 解析嗜酸性粒细胞的发育模式、分布及转录调控机制 | 斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 54 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
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研究论文 | 本研究结合高质量全基因组比对和计算结构建模,分析了果蝇中新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化,鉴定出555个新生基因候选。 | 首次系统性结合全基因组比对与计算结构建模,揭示果蝇亚科特异性新生基因的起源与蛋白质结构演化,并发现早期精原细胞在新生基因起源中的潜在重要角色 | 可能受限于基因组比对质量和结构预测准确性,部分候选基因的结构变化未充分捕捉 | 研究新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化 | 果蝇(D. melanogaster)中果蝇亚科特异性新生基因 | 计算生物学, 基因组学 | NA | 全基因组比对, 计算结构建模, 祖先序列重建, 单细胞RNA-seq | 计算结构模型 | 基因组序列, 蛋白质结构数据, 单细胞转录组数据 | 果蝇属多个物种的基因组比对数据及果蝇睾丸单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2026-05-28 |
Trajectory inference across multiple conditions with condiments
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44823-0
PMID:38280860
|
研究论文 | 提出condiments方法,用于跨多个条件的单细胞RNA测序数据轨迹推断与比较 | 首次提出一种统一框架,整合多条件下细胞轨迹的推断、比较及基因表达差异分析,支持大规模发育进程变化及细微基因行为改变的检测 | NA | 开发一种跨多个生物条件(如野生型与基因敲除)进行单细胞RNA测序轨迹推断与比较的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹,特别是干细胞分化过程中的细胞状态连续体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2026-05-28 |
A potential defensive role of TIM-3 on T lymphocytes in the inflammatory involvement of diabetic kidney disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1365226
PMID:38812511
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研究论文 | 探讨T淋巴细胞上TIM-3分子在糖尿病肾病炎症发展中的潜在保护作用 | 首次发现外周血CD3+TIM-3+ T细胞比例与糖尿病肾病严重间质单核细胞浸润呈显著负相关,提示TIM-3可能具有保护性免疫调节功能 | 未明确TIM-3保护作用的具体分子机制,且研究仅基于糖尿病患者和动物模型数据,缺乏干预实验验证 | 阐明TIM-3在T淋巴细胞上对糖尿病肾病炎症进展的调控作用及其作为生物标志物的潜力 | 糖尿病肾病患者及糖尿病肾病小鼠模型 | 免疫学 | 糖尿病肾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞测序 | NA | 外周血样本、肾组织样本、单细胞测序数据 | 360例成人糖尿病肾病患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2026-05-28 |
Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970
PMID:38629071
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中T细胞耗竭和免疫反应景观 | 首次系统性地利用单细胞RNA-seq数据分析骨肉瘤微环境中CD8+ T细胞的耗竭情况,并基于三个耗竭相关基因(RAD23A, SAC3D1, PSIP1)构建预后模型,该模型在多个数据集中验证了其预测骨肉瘤预后的能力 | 研究主要依赖公共数据库数据,可能受限于数据质量和样本代表性,且T细胞耗竭模型需在更大规模前瞻性队列中进一步验证 | 探究骨肉瘤中T细胞耗竭与免疫抑制及肿瘤进展的关系,并构建预后模型 | 骨肉瘤患者肿瘤微环境中的CD8+ T细胞及其耗竭相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库中的骨肉瘤单细胞RNA-seq数据,以及TARGETs和Meta队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 来自GEO数据库的单细胞RNA-seq数据 |
| 58 | 2026-05-28 |
Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome
2024, Cardiorenal medicine
IF:2.4Q2
DOI:10.1159/000537764
PMID:38342088
|
综述 | 本文探讨了心肾综合征中血管内皮的细胞特异性靶向策略,包括基于基因、细胞和纳米技术的新型疗法,以及空间转录组学等技术在靶向治疗中的应用 | 提出通过细胞特异性内皮靶向的病毒载体进行基因治疗,可避免脱靶效应并改善治疗耐药性 | 未提及具体实验数据或临床验证,缺乏对靶向技术实际应用中的安全性及长期效果的深入讨论 | 阐述心肾综合征中内皮细胞作为治疗靶点的潜力,并介绍新兴的靶向治疗方法 | 血管内皮细胞及心肾疾病模型 | 机器学习 | 心血管疾病, 肾脏疾病 | 测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2026-05-28 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示HMMR在肝细胞癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序全面分析HMMR在肝细胞癌中的诊断、预后和治疗价值 | 未提及在动物模型或临床样本中验证HMMR的功能 | 探究HMMR在肝细胞癌中的作用及其作为分子标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 多个队列研究及组织微阵列中的肝细胞癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-05-27 |
Targeting Monocyte Derived CCL17 Attenuates Murine Crescentic Glomerulonephritis by Affecting Renal CCR4+ Regulatory T-Cell Recruitment
2024, American journal of nephrology
IF:4.3Q1
DOI:10.1159/000534151
PMID:37742620
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞来源的CCL17在肾小球肾炎中影响CCR4+调节性T细胞的招募,靶向CCL17可减轻小鼠新月体性肾小球肾炎 | 首次揭示了CCL17-CCR4轴在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中对肾内调节性T细胞招募的功能重要性,并验证了靶向CCL17的治疗潜力 | 研究仅基于小鼠模型,结果向人类疾病转化需要进一步验证 | 探索CCR4及其配体CCL17和CCL22在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中白细胞招募的功能意义 | 人类和小鼠肾小球肾炎肾脏中的白细胞,特别是CD4+ T细胞亚群和调节性T细胞 | machine learning | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和鼠源性肾炎肾脏分离的白细胞样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |