单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-06	MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96374 PMID:39310103	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤(SCI)后内皮细胞与神经元间的乳酸穿梭机制及其对轴突再生的影响	发现了MCT1介导的内皮细胞-神经元乳酸穿梭在脊髓损伤修复中的新作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脊髓损伤后代谢改变对神经组织重塑和功能恢复的影响	脊髓损伤小鼠模型中的内皮细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	代谢组学分析、单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV)载体技术	NA	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明数量的SCI小鼠模型
42	2025-06-06	Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98620 PMID:39310107	research paper	该研究通过建立条件性敲除小鼠模型，揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能，发现其缺失会导致精子发生缺陷和雄性不育	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的功能	条件性敲除DIS3L2的小鼠模型	生殖生物学	不育症	bulk RNA-seq, scRNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	条件性敲除小鼠睾丸组织
43	2025-06-06	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	本研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺失通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝癌发生的机制	揭示了Smad4在肝细胞中通过调控CXCL10/mTOR/LDHA通路增强CD8 T细胞糖酵解活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明Smad4在肝细胞中调控肝癌发生的具体作用机制	肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型和HCC患者样本	肿瘤免疫学	肝癌	免疫荧光、FACS、单细胞RNA测序	小鼠肝癌模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	未明确说明样本数量，包括基因工程小鼠和HCC患者样本
44	2025-06-06	Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100417 PMID:39346541	研究论文	通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化及Nur77的参与	首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤的转录框架，并鉴定了关键分子Nur77的功能	研究样本量有限，仅包括核事故患者和辐射暴露大鼠的皮肤样本	阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制及潜在治疗靶点	人类皮肤样本和大鼠皮肤样本	数字病理	皮肤损伤	scRNA-Seq	NA	RNA序列数据	核事故患者的皮肤样本和辐射暴露大鼠的皮肤样本
45	2025-06-06	Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99038 PMID:39431015	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，揭示了肺部和网膜结核肉芽肿的免疫微环境特征	首次利用空间转录组学技术分析了结核肉芽肿中细胞群体的空间分布和转录组特征，并鉴定了与肉芽肿形成相关的关键基因	样本量较小（仅4例临床活检样本），且未涉及其他器官的结核肉芽肿研究	解析结核肉芽肿形成和发展的核心转录组特征	结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织	数字病理	结核病	空间转录组测序	organoid-macrophage共培养模型	空间转录组数据	4例临床活检样本（2例结核感染，2例非结核对照）
46	2025-06-05	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	通过单细胞转录组学重新分析，揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，并特别指出一种具有巨噬细胞样表型的亚型在斑块不稳定中的重要作用，同时揭示了IRF8通过激活NF-κB信号通路促进平滑肌细胞向巨噬细胞转分化的分子机制	研究主要基于人类颈动脉斑块样本，可能不适用于其他部位的动脉粥样硬化病变	探究晚期动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞表型的多样性及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、RNA-seq、谱系追踪技术	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
47	2025-06-05	Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89174 PMID:38389846	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Mrc1+巨噬细胞来源的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖，从而缓解晶体肾病的机制	首次构建了乙醛酸盐诱导晶体肾病的单细胞图谱，并发现Mrc1+巨噬细胞通过分泌IGF1促进肾小管修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探索晶体肾病中细胞特征和通讯机制，寻找潜在治疗靶点	乙醛酸盐诱导的小鼠晶体肾病模型	数字病理学	肾病	scRNA-seq, 10× Genomics, CellChat分析	NA	单细胞转录组数据	超过40000个单细胞，包含15种细胞群体
48	2025-05-31	Single cell RNA sequencing of human FAPs reveals different functional stages in Duchenne muscular dystrophy 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1399319 PMID:39045456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类FAPs在杜氏肌营养不良症中的不同功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD患者与健康对照组FAPs的转录组差异，并识别出不同的FAPs亚群及其功能特征	样本量相对较小（n=9验证样本），且仅聚焦于FAPs细胞，未全面研究其他细胞类型在DMD中的作用	探究杜氏肌营养不良症中FAPs的分子调控机制及其在肌肉退化和再生中的作用	人类纤维脂肪前体细胞（FAPs）	单细胞组学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNAseq），10X Genomics，Illumina，qPCR	Seurat分析	单细胞转录组数据	未明确总测序样本数，验证样本n=9
49	2025-05-23	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-01-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	该研究探讨了C9orf72基因在髓系和淋巴系中对IL-17A信号传导的调控作用及其在肌萎缩侧索硬化症(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)中的机制	首次揭示了C9orf72在造血系统中的双重调控作用，并提出了IL-17A作为ALS/FTD相关神经炎症治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明C9orf72基因突变导致ALS/FTD患者自身免疫和炎症反应的分子机制	小鼠造血系统细胞和人类ALS患者脊髓小胶质细胞	神经免疫学	肌萎缩侧索硬化症,额颞叶痴呆	条件性基因敲除、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	多种造血谱系细胞及人类ALS患者样本
50	2025-05-23	Spatiotemporal modulation of growth factors directs the generation of multilineage mouse embryonic stem cell-derived mammary organoids 2024-01-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.003 PMID:38159568	research paper	通过定向分化小鼠胚胎干细胞，研究团队成功生成了多谱系ESC来源的乳腺类器官（MEMOs），并研究了其发育过程	首次通过BMP4和PTHrP的顺序激活及HH信号抑制，将皮肤类器官模型中的真皮间充质转化为乳腺特异性间充质，并生成MEMOs	研究仅在小鼠胚胎干细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	研究乳腺等外胚层附属器官的发育过程，为再生医学和疾病建模提供基础	小鼠胚胎干细胞（mESCs）及其衍生的乳腺类器官（MEMOs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	乳腺类器官模型（MEMO）	基因表达数据	NA
51	2025-05-23	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulation in murine bone development 2024-01-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.11.029 PMID:38141609	research paper	该研究揭示了YAP和TAZ在小鼠骨骼发育中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及力学调控	首次发现YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成，并介导力学调控	研究主要基于小鼠模型，人类细胞共培养实验仅作为补充验证	探究胚胎骨骼发育中成骨前体细胞动员与血管生成协调的分子机制	小鼠胚胎骨骼发育过程中的成骨前体细胞和血管系统	发育生物学	骨骼发育异常	单细胞RNA测序，3D人类细胞共培养	小鼠模型	基因表达数据，细胞培养数据	NA
52	2025-05-23	Deciphering maternal-fetal cross-talk in the human placenta during parturition using single-cell RNA sequencing 2024-01-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adh8335 PMID:38198568	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人类胎盘在分娩过程中的母胎交流	首次建立人类胎盘的单细胞图谱，揭示分娩过程中母体和胎儿细胞类型的转录组活性变化，并发现胎盘源性单细胞特征可用于无创预测早产	研究主要关注足月分娩，对早产的预测仍需进一步验证	解析分娩过程中母胎交流的细胞贡献和通讯机制	人类胎盘中的母体和胎儿细胞	单细胞转录组学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	人类胎盘组织样本（具体数量未明确说明）
53	2025-05-23	Insights into midgut cell types and their crucial role in antiviral immunity in the lepidopteran model Bombyx mori 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1349428 PMID:38420120	review	该综述探讨了鳞翅目模型家蚕中肠细胞类型及其在抗病毒免疫中的关键作用	揭示了昆虫中肠细胞在免疫防御中的新机制，包括单细胞转录组学发现的新亚群以及昆虫与高等哺乳动物胃肠道的相似性	NA	阐明中肠细胞类型在昆虫免疫防御中的复杂作用	家蚕中肠细胞（柱状细胞、肠内分泌细胞、杯状细胞和再生细胞）	昆虫免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
54	2025-05-23	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2376649 PMID:39066603	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）孕妇外周血单个核细胞的免疫细胞组成和基因表达谱	首次在单细胞水平上比较了妊娠期活动性和非活动性SLE患者的免疫细胞类型比例和转录模式	样本量较小（仅12例患者），且未包含健康孕妇对照组	阐明妊娠期SLE患者的免疫细胞变化和分子机制	系统性红斑狼疮孕妇的外周血单个核细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（10x Genomics技术）	NA	RNA测序数据	12例患者（分为4组，每组3人）
55	2025-05-23	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	通过单细胞RNA测序技术对先兆子痫孕妇及产后妇女的免疫细胞进行分析	首次在单细胞水平上描绘了先兆子痫患者母体免疫系统的景观和异质性	样本量较小（3例患者和2例对照）	研究先兆子痫与免疫系统改变的关系	先兆子痫孕妇及产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	先兆子痫	单细胞RNA测序（10× genomics平台）	NA	单细胞转录组数据	3例早发型先兆子痫孕妇和2例健康对照的PBMCs样本，共获得80,429个单细胞转录组
56	2025-05-23	Chemokine receptors in primary and secondary lymphoid tissues 2024, International review of cell and molecular biology DOI:10.1016/bs.ircmb.2023.11.003 PMID:39260934	综述	本文综述了趋化因子受体在初级和次级淋巴组织中的存在和功能	详细讨论了常规趋化因子受体在免疫细胞中的关键作用及其在淋巴组织中的功能	主要关注常规趋化因子受体，对非典型趋化因子受体的讨论较少	探讨趋化因子受体在免疫细胞和淋巴组织中的作用	初级和次级淋巴组织中的免疫细胞	免疫学	NA	高维光谱流式细胞术、单细胞测序	NA	NA	NA
57	2025-05-22	Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.28.560068 PMID:37808782	research paper	开发了一种基于transformer的深度学习模型，用于从组织学图像预测癌症转录组	首次将transformer架构应用于组织学图像，通过预训练和微调策略解决了小数据集和参数爆炸的问题	模型在组织水平上训练，空间基因表达模式的预测能力仍需进一步验证	通过深度学习从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗	癌症组织学图像和转录组数据	digital pathology	cancer	深度学习	transformer	image	预训练使用1,802个正常组织样本，微调和评估使用4,331个肿瘤样本，验证使用1,305个肿瘤样本
58	2025-05-22	Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.19.523242 PMID:36712064	研究论文	本研究揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制，以及它们与邻近乳糜管组装的关键信号通路	首次发现绒毛平滑肌细胞来源于上皮下成纤维体祖细胞的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在肌肉与乳糜管组装中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道中得到验证	探究肠道绒毛平滑肌细胞的起源、分化机制及其在成年期的更新过程	小鼠肠道绒毛平滑肌细胞	细胞生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、定量谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
59	2025-05-20	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本分配上的错误倾向，导致KIR表达量化的不准确	指出了标准单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题，特别是激活型KIR转录本被误分类为抑制型KIR表达	NA	研究单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题	杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
60	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	该研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术，筛选胰腺癌表面受体靶点用于分子影像学和治疗诊断	提出了一种基于数据驱动选择分子靶点的新方法，并发现紧密连接蛋白claudin-4作为治疗诊断靶点	研究仅针对胰腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发胰腺癌分子影像学和治疗诊断的新方法	胰腺癌表面受体靶点	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量