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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell analysis of LUAD: elucidating immune cell dynamics and prognostic modeling based on exhausted CD8+ T cells
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1366096
PMID:38596689
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了肺腺癌免疫微环境图谱,并基于耗竭CD8+ T细胞建立预后模型 | 首次整合单细胞分析揭示肺腺癌免疫细胞动态特征,基于CD8_Tex-LAYN基因建立预后模型,并发现GALNT2作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限(19例患者),需要在更大队列中验证模型的普适性 | 阐明肺腺癌免疫微环境特征并建立有效的预后预测模型 | 肺腺癌患者肿瘤微环境中的免疫细胞(CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、髓系细胞等) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,RT-PCR,细胞实验 | Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床数据 | 19例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
Single-cell insights into development of the bovine placenta†
2024-01-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad123
PMID:37707543
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究牛胎盘发育过程中的细胞类型和分子机制 | 首次构建了牛胚胎发育过程中胎盘细胞的数字图谱,揭示了滋养层细胞分化的轨迹和关键转录因子 | 样本数量有限(每个时间点3-4个样本),仅分析了特定发育时间点 | 探究牛胎盘发育的细胞和分子调控机制 | 牛胚胎和绒毛膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 第17天牛胚胎和24、30、50天绒毛膜组织,每个时间点3-4个样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 43 | 2025-10-06 |
The many faces of the megakaryocytes and their biological implications
2024-01-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000793
PMID:37910197
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序揭示的巨核细胞谱系转录异质性和功能可塑性 | 通过单细胞RNA测序技术首次系统识别巨核细胞的多个功能亚群及其组织分布特征 | NA | 探讨巨核细胞亚群的功能表型可塑性及其在健康与疾病中的作用 | 巨核细胞及其转录亚群 | 单细胞生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305
PMID:39872537
|
研究论文 | 本研究深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性 | 首次系统描绘足月胎盘绒毛组织的免疫景观,并揭示孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和功能的调控作用 | 样本来源仅限于无并发症的足月妊娠,未涵盖病理妊娠状态 | 探究足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型特征和功能状态 | 人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITE-seq, 单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质表达数据 | 足月无并发症妊娠的绒毛组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 单细胞ATAC测序 | NA | CITE-seq(细胞表面蛋白与转录组联合测序), snATAC-seq(单核染色质可及性测序) |
| 45 | 2025-10-06 |
A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
|
研究论文 | 本研究基于炎症基因构建网络医学框架,识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物 | 整合单细胞RNA测序、RNA测序和网络医学数据,开发基于网络的邻近性测量方法识别靶向SLC2A3的潜在药物 | 研究主要依赖计算模拟,缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物化合物 | 腹主动脉瘤和非动脉瘤对照样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,药物-靶点相互作用分析,蛋白质-蛋白质相互作用分析,分子动力学模拟 | 网络医学框架 | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,药物靶点数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Exploring the Immune-related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
|
研究论文 | 通过整合数据分析探索颞叶癫痫与重度抑郁症共病的免疫相关分子机制 | 首次系统识别TLE和MDD共病的共享基因模块,结合机器学习模型筛选诊断标志物,并通过单细胞测序验证基因的细胞类型表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 阐明TLE与MDD共病的分子病理机制并探索诊断治疗应用 | 颞叶癫痫和重度抑郁症患者的脑组织基因表达数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 基因表达分析,单细胞测序 | LASSO,随机森林 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2025-10-06 |
Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions
2024-01-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03159-6
PMID:38217002
|
研究论文 | 开发了一种名为niche-DE的空间转录组数据分析方法,用于识别细胞类型特异性空间生态位相关基因 | 首次提出针对细胞-细胞相互作用驱动的局部基因表达变化的分析方法,并开发了配套的niche-LR方法揭示配体-受体信号机制 | NA | 识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 适用于低分辨率点阵空间转录组数据以及单细胞或亚细胞分辨率数据 |
| 48 | 2025-10-06 |
Inflammatory Alterations to Renal Lymphatic Endothelial Cell Gene Expression in Mouse Models of Hypertension
2024, Kidney & blood pressure research
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000539721
PMID:38972305
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析高血压小鼠模型中肾淋巴管内皮细胞的基因表达变化 | 首次在高血压模型中系统揭示肾淋巴管内皮细胞的转录组多样性增加和炎症反应特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 评估高血压条件下肾淋巴管内皮细胞的具体变化 | 小鼠肾组织中的CD31+和podoplanin+细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种高血压小鼠模型(血管紧张素II诱导型和盐敏感型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae064
PMID:38827413
|
研究论文 | 提出一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法,用于联合分析空间信息和基因表达 | 开发了首个空间转录组多视图表示学习方法,能够有效利用空间信息揭示与基因表达共享的变异 | NA | 解决空间转录组数据分析中有效利用空间信息的挑战 | 人类背外侧前额叶皮层、小鼠主嗅球和银屑病皮肤组织 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学 | 多视图表示学习 | 空间转录组数据 | 多个数据集,包含数千个空间位置 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组技术、Slide-seqV2技术、10x Xenium单细胞空间转录组技术 |
| 50 | 2025-10-06 |
Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029
PMID:37478901
|
研究论文 | 本研究通过遗传和功能分析揭示痤疮丙酸杆菌携带线性质粒与皮肤炎症的关联 | 发现线性质粒的存在与痤疮丙酸杆菌的促炎能力相关,表明菌株类型不足以预测炎症反应 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,需要进一步人体验证 | 探究不同痤疮丙酸杆菌菌株类型与皮肤炎症的关系 | 痤疮丙酸杆菌分离株 | 微生物学 | 痤疮 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 从健康受试者和痤疮患者皮肤拭子分离的痤疮丙酸杆菌菌株 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae148
PMID:39380691
|
研究论文 | 本研究揭示侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路 | 首次发现侵袭性NF2突变脑膜瘤中YAP1靶基因表达降低与VGLL4和FAT3/4表达升高相关 | 研究主要基于体外细胞系实验,需要更多体内实验验证 | 探究不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异 | 人类脑膜瘤组织和细胞系 | 肿瘤生物学 | 脑膜瘤 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大型人类脑膜瘤队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263
PMID:39703500
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研究论文 | 评估整合单细胞数据与遗传学数据以理解炎症疾病复杂性的方法 | 首次对三种整合GWAS和scRNA-seq的算法进行系统性基准测试,并评估非编码SNP整合方法 | 依赖现有单细胞技术,缺乏疾病特异性图谱时结果可能产生误导 | 开发评估整合遗传学和单细胞数据方法的框架,以识别炎症疾病中遗传相关的细胞状态和基因 | 类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎患者 | 生物信息学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA | 单细胞RNA测序数据, GWAS数据 | 单细胞数据:183,742和228,211个细胞;GWAS数据:97,173和45,975个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice
2024-01-31, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895
PMID:38295187
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研究论文 | 本研究通过基因敲除技术揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中调控IL-17A信号通路的作用机制 | 首次发现C9orf72通过调控CD80分子运输抑制IL-17A信号通路,为ALS/FTD相关神经炎症提供了新治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究C9orf72基因在免疫细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在神经炎症中的机制 | 基因敲除小鼠的造血祖细胞、脊髓、大脑皮层和脾脏组织 | 分子免疫学 | 肌萎缩侧索硬化症、额颞叶痴呆 | 条件性基因突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞表型数据 | 多组织来源的鼠类和人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44137-7
PMID:38167262
|
研究论文 | 开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析流程,用于整合基因分型癌症和免疫表型 | 开发了灵活的长读长测序方法,可从单细胞cDNA文库中检测细胞谱系定义特征,克服了短读长测序的限制 | 需要进一步验证其在其他癌症类型中的应用效果 | 改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法 | 急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞 | 单细胞测序 | 急性髓系白血病 | 长读长测序,单细胞转录组学 | NA | 单细胞cDNA测序数据 | 数千个骨髓浸润免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,长读长测序 | NA | nanoranger工作流程 |
| 55 | 2025-10-06 |
Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298802
PMID:38394161
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法识别与房水流出高低区域相关的基因 | 首次使用数字空间分析技术识别小梁网中与节段性房水流出相关的特定基因 | 研究样本来源于器官培养的人类前房段,可能无法完全反映体内情况 | 识别影响房水流出的关键基因 | 人类小梁网组织 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组学,免疫标记 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx数字空间分析平台 |
| 56 | 2025-10-06 |
The bone marrow of mouse-rat chimeras contains progenitors of multiple pulmonary cell lineages
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1394098
PMID:38694819
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研究论文 | 本研究通过创建小鼠-大鼠嵌合体,开发了一种富含呼吸系统祖细胞的骨髓移植方法,用于改善辐射性肺损伤后的肺组织修复 | 首次利用种间嵌合体技术创建富含呼吸系统祖细胞的骨髓移植源,发现这些细胞能够贡献于肺内多种细胞谱系 | 研究基于动物模型,临床应用前景需要进一步验证 | 开发能够改善辐射性肺损伤后肺组织修复的新型骨髓移植方法 | 小鼠-大鼠嵌合体骨髓细胞和辐射性肺损伤小鼠模型 | 单细胞生物学 | 辐射性肺损伤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,图像数据 | 嵌合体骨髓细胞移植的致死辐射小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045
PMID:39229279
|
研究论文 | 本研究揭示了芳香烃受体在IL-22产生免疫细胞中通过调控拟杆菌属影响结肠炎的性别特异性机制 | 首次发现AhR在Rorc表达细胞中的缺失会导致性别依赖性的拟杆菌属调控失调,并证明Bacteroides acidifaciens仅在雌性小鼠中加剧结肠炎 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类中验证;性别差异的具体分子机制尚未完全阐明 | 阐明芳香烃受体通过IL-22信号通路调控肠道微生物影响结肠炎的细胞和性别特异性机制 | 野生型、AhR ΔRorc和同窝对照小鼠的结肠细胞和肠道微生物 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达数据, 微生物组数据 | 多组基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 微生物组分析 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods
2024, Bioinformatics and biology insights
IF:2.3Q3
DOI:10.1177/11779322241287120
PMID:39502448
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综述 | 本文系统探讨了单细胞基因调控网络方法的基准测试框架 | 首次全面讨论单细胞基因调控网络方法的基准测试方法,提出替代性基准数据集和性能评估指标 | 未开发新的计算方法,主要聚焦于基准测试框架的讨论 | 建立单细胞基因调控网络方法的基准测试标准 | 单细胞基因调控网络计算方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530
PMID:39697344
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析头颈鳞状细胞癌患者中TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫机制 | 首次在人类头颈鳞状细胞癌中利用同一病灶纵向采样揭示TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的协同作用机制 | 样本量较小(仅三个患者),需要更大规模研究验证 | 解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞测序分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织染色图像 | 头颈鳞状细胞癌患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells
2024-Jan, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202300571
PMID:40677964
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研究论文 | 本研究开发了一种使用诱导肌源性祖细胞构建的具有自我更新能力的仿生骨骼肌结构 | 首次利用诱导肌源性祖细胞构建包含自更新干细胞和排列整齐肌管的仿生肌肉结构,能够模拟体内骨骼肌修复过程 | NA | 开发能够模拟骨骼肌再生和对齐的体外系统,用于基础研究和再生医学 | 诱导肌源性祖细胞和人类成肌细胞 | 组织工程 | 肌肉疾病 | 静电纺丝、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |