单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-20	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在类风湿性关节炎（RA）研究中的应用及其潜力	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性和功能详细视图，有助于揭示RA独特的细胞状态和转变，为开发新型药物靶点提供可能	scRNA-seq技术成本较高，对低丰度转录本的敏感性较低，且数据分析流程相对复杂	探索scRNA-seq在RA研究中的应用，以促进更有效的治疗策略的开发	类风湿性关节炎（RA）	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
42	2025-07-20	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究慢性危重症（CCI）脓毒症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症患者发展为CCI时，T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式及其与临床轨迹的关系	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	探究脓毒症患者发展为慢性危重症（CCI）时的免疫系统变化	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和CCI患者	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISpot、细胞因子分析、T细胞增殖实验	NA	转录组数据、功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，CCI患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，CCI患者20人（功能验证）
43	2025-07-20	Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1513821 PMID:39711954	综述	本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展及其在精准医学策略中的应用	强调了空间转录组学和蛋白质组学在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性和空间组织中的创新应用	当前方法面临组织异质性高和缺乏有效计算工具管理及解释复杂数据集的挑战	探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其对精准医学策略的潜在贡献	结直肠癌肿瘤微环境及其分子和细胞相互作用	空间生物学	结直肠癌	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	分子表达数据, 组织切片图像	NA
44	2025-07-20	Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae096 PMID:39872360	研究论文	提出了一种结合bulk RNA-seq和scRNA-seq优势的计算流程，用于发现癌症治疗中的双特异性抗体靶点	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势，克服单独使用这两种方法时的问题，提高了双特异性抗体靶点发现的准确性	虽然结合了多种技术，但scRNA-seq的低覆盖率问题可能仍会影响结果的全面性	发现癌症治疗中双特异性抗体的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）	计算生物学	肝癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据	bulk RNA-seq样本来自OCTAD数据库，scRNA-seq包含39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞
45	2025-07-19	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-01-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	review	本文综述了2023年单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的现状及其在细胞异质性和基因表达动态研究中的重要性	总结了scRNA-seq和snRNA-seq的优缺点，并概述了当前多种scRNA-seq技术（如基于液滴、平板、水凝胶和空间转录组学）的发展	未具体讨论每种技术的详细性能比较或实际应用案例	探讨单细胞RNA测序技术的现状及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序技术及其在干细胞研究中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
46	2025-07-19	Involvement of S100A6/S100A11 in T-Cell Immune Regulatory in HCC Revealed by Single Cell RNA-seq 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241252610 PMID:38766816	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了S100A6/S100A11在肝细胞癌（HCC）T细胞免疫调节中的作用	首次揭示了S100A6/S100A11通过NF-κB通路调控HCC中T细胞亚群的分化和细胞活性，并发现其低表达与良好预后相关	研究机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	探索S100蛋白家族成员在HCC免疫细胞中的功能机制	肝细胞癌（HCC）和乙型肝炎病毒相关HCC的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	TCGA数据集和研究者收集的HCC样本（具体数量未说明）
47	2025-07-17	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了2022-2023年国际免疫抑制与移植皮肤癌协作组(ITSCC)科学研讨会中关于移植受者和免疫抑制患者皮肤癌的最新研究进展	整合了多学科专家对皮肤恶性肿瘤的最新研究成果，包括共识标准制定、罕见肿瘤多机构注册库建立以及KERACON临床试验设计	内容主要基于会议报告，缺乏原始研究数据和详细方法学描述	总结免疫抑制人群皮肤癌研究领域的最新进展	实体器官移植受者(SOTR)和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	皮肤肿瘤学	皮肤癌	空间转录组学	NA	临床数据	多机构合作数据(未明确具体数量)
48	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小细胞肺癌相关恶性胸腔积液的肿瘤免疫微环境特征	首次在恶性胸腔积液背景下应用单细胞RNA测序技术分析小细胞肺癌的免疫微环境	样本量较小（仅1例患者），未进行功能验证实验	解析小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	单细胞转录组数据	8008个高质量细胞（来自1例患者）
49	2025-07-01	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	research paper	本文探讨了肺部巨噬细胞的起源、表型和功能，以及它们在呼吸系统疾病中的功能障碍	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用及其在疾病中的变化	未具体说明研究样本量或实验设计的详细限制	研究巨噬细胞功能障碍的机制，以开发针对慢性呼吸系统疾病的靶向治疗	肺部巨噬细胞及其在慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化和特发性肺纤维化(IPF)等疾病中的表现	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病, 哮喘, 囊性纤维化, 特发性肺纤维化	谱系追踪, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
50	2025-06-22	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	research paper	本研究探讨了羊膜生成体壁细胞（ASCs）在心血管发育中的多样化贡献，特别关注甲状腺血管系统的形成	揭示了ASCs不仅形成羊膜，还迁移至胚胎内分化为心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，尤其在甲状腺血管形成中发挥选择性作用	iASCs的详细分化过程和最终分布仍不完全清楚	阐明ASCs在心血管发育中的作用机制，特别是对甲状腺血管系统的贡献	鹌鹑-鸡嵌合体中的羊膜生成体壁细胞（ASCs）及其在胚胎内的分化	developmental biology	NA	quail-chick chimera analysis, explant culture, single-cell transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	鹌鹑-鸡嵌合体模型
51	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
52	2025-06-19	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	通过空间转录组学技术识别良性前列腺增生（BPH）中潜在的基质驱动因子	首次利用激光显微切割和转录组分析技术，识别出BPH基质中可能介导前列腺腺上皮诱导的分泌因子IGF1和CXCL13，并验证了它们在BPH成纤维细胞中的共表达	研究仅部分支持历史关于BPH病因的推测，且未全面验证所有潜在分子靶点的治疗潜力	探究良性前列腺增生（BPH）的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质组织及腺上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割、转录组分析、RNA原位杂交、3D培养	NA	转录组数据、组织样本	患者来源的BPH细胞类器官和BPH-1细胞球体
53	2025-06-19	Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169885 PMID:38258908	研究论文	本文研究了肾脏缺血再灌注损伤（IRI）中细胞外囊泡（EV）携带的蛋白质如何介导近端小管细胞（PTs）与单核吞噬细胞（MP）之间的细胞间通讯	通过多组学分析结合单细胞RNA测序和肾脏EV蛋白质谱，揭示了整合素β1富集的EV在招募Fn1+巨噬细胞并加剧炎症反应中的作用	缺乏对EV分泌阻断剂GW4869作用机制的详细探讨	阐明肾脏IRI中PTs与MP之间的细胞间通讯机制	近端小管细胞（PTs）和单核吞噬细胞（MP）	细胞生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质谱分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
54	2025-06-19	Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935 PMID:39872529	研究论文	该研究通过多组学方法分析了亚洲人群中的乳腺血管肉瘤（AS-B），揭示了其与头颈部血管肉瘤（AS-HN）在分子和免疫特征上的差异	首次在亚洲人群中系统描述了AS-B的临床和分子特征，并发现其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的富集相关	样本量较小（AS-B仅16例），可能影响统计效力	阐明亚洲人群中AS-B的疾病特征及其潜在治疗靶点	176例血管肉瘤患者（其中AS-B 16例）	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学	NA	基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据	176例血管肉瘤患者（AS-B 16例，AS-HN 104例）
55	2025-06-18	Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-01-29, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad043 PMID:37878760	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）共有的免疫相关基因标记	首次结合WGCNA和机器学习方法筛选并验证了13个COPD与MetS共有的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肺泡巨噬细胞中ROS的积累	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索COPD与MetS共有的免疫相关生物标志物及其潜在机制	慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病, 代谢综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	机器学习（具体模型未说明）	RNA测序数据	NA
56	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者
57	2025-06-18	Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1489155 PMID:40520647	综述	本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应及其机制，旨在为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解	结合基因组学、单细胞测序、stereo-seq等先进技术与表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术，全面深入研究植物在镉暴露后的表观遗传变化	NA	分析植物对镉胁迫的表观遗传机制，为可持续农业和重金属污染土壤的生物修复提供理论支持	植物对镉胁迫的表观遗传响应	植物生物学	NA	基因组学、单细胞测序、stereo-seq、表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术	NA	NA	NA
58	2025-06-15	Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh5520 PMID:38232171	研究论文	该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢	揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响	新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s）	免疫学	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	小鼠新生儿胸腺组织
59	2025-06-15	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用	发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制	研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性	触觉圆顶（TD）角质形成细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
60	2025-06-14	The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis 2024-01-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1120 PMID:38170765	research paper	研究探讨了CXCR3趋化因子受体在流感发病过程中对CD8+ T细胞依赖性肺病理的促进作用	通过单细胞RNA测序分析揭示了CD8+ T细胞亚群在流感感染期间的多样性，并发现CXCR3阻断可以减轻肺损伤而不影响病毒清除	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CD8+ T细胞在流感控制与肺病理中的双重作用及CXCR3的潜在治疗价值	流感感染的小鼠肺组织中的CD8+ T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	流感感染的小鼠模型