单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-12-13	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶1（Pgam1）和双特异性磷酸酶1（Dusp1）在脂多糖诱导的内毒素血症中对心肌功能和线粒体稳态的影响	本研究首次揭示了Pgam1通过去磷酸化和降解Dusp1，破坏线粒体质量控制，从而加剧内毒素血症引起的心肌功能障碍	本研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证Pgam1-Dusp1轴的治疗潜力	探讨内毒素血症中Dusp1和Pgam1对心肌功能和线粒体稳态的作用机制	内毒素血症诱导的心肌功能障碍和线粒体稳态	NA	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接研究, Western blot	NA	单细胞测序数据, 人类样本数据库	使用心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠模型，以及LPS诱导的内毒素血症小鼠模型
42	2024-12-13	Cellular MSI-H score: a robust predictive biomarker for immunotherapy response and survival in gastrointestinal cancer 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AIWP6518 PMID:39659917	研究论文	本文提出了一种基于细胞水平的MSI-H评分方法，用于预测免疫治疗反应和胃肠道癌症患者的生存率	通过单细胞RNA测序数据，开发了一种新的细胞MSI-H评分方法，相比传统的分子MSI-H评分，能够更准确地预测免疫治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证该方法在不同癌症类型和患者群体中的适用性	开发一种更准确的MSI-H评分方法，以指导胃肠道癌症的免疫治疗决策	胃肠道癌症患者的免疫治疗反应和生存率	数字病理学	胃肠道癌	单细胞RNA测序	高斯有限混合模型	基因表达数据	97名接受免疫治疗的胃肠道癌症患者
43	2024-12-13	Effect of subcutaneous adipose tissue-associated CSRP2 on the progression of prostate cancer via the WDR5/USP44 pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AHQT5920 PMID:39659944	研究论文	研究探讨了皮下脂肪组织相关蛋白CSRP2通过WDR5/USP44途径影响前列腺癌进展的机制	首次揭示了CSRP2通过抑制WDR5的去泛素化来抑制前列腺癌细胞增殖的机制	研究主要基于细胞实验和动物模型，尚未在人体中验证该机制	探讨肥胖相关蛋白CSRP2在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌细胞及其相关蛋白CSRP2、WDR5和USP44	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、组织芯片、免疫共沉淀、质谱分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas的前列腺癌转录组数据以及来自前列腺癌细胞的单细胞RNA测序和组织芯片数据
44	2024-12-13	Multi-modal transcriptomics: integrating machine learning and convolutional neural networks to identify immune biomarkers in atherosclerosis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1397407 PMID:39660117	研究论文	本研究通过整合机器学习和卷积神经网络技术，分析多模态转录组数据，以识别与动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	本研究首次揭示了与动脉粥样硬化相关的三个关键基因（CD36、S100A10、CSNK1A1），并提出了基于这些基因的两种不同亚型（C2和C1），为临床免疫药物研究提供了新范式	本研究主要基于公开的GEO数据集，样本量和数据多样性可能有限，未来需要更大规模和多样化的实验验证	建立计算模型，揭示与动脉粥样硬化相关的分子水平标志物	动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	共分析了198个样本（包括104个动脉粥样硬化病变样本和94个对照样本）以及30,498个单细胞
45	2024-12-13	A novel molecular classification system based on the molecular feature score identifies patients sensitive to immune therapy and target therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466069 PMID:39660131	研究论文	本研究基于多维分子特征评分开发了一种新的分子分类系统，用于识别对免疫治疗和靶向治疗敏感的肝细胞癌患者	提出了基于多维分子特征评分的分子分类系统，并开发了实用的预测软件，识别了对免疫治疗和靶向治疗敏感的患者群体	NA	研究肝细胞癌的多维分子特征评分，并基于此进行分子分类，以指导精准医学	肝细胞癌患者的分子特征和分类	数字病理学	肝癌	RNA测序、单核苷酸变异分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	NA
46	2024-12-13	Decoding NY-ESO-1 TCR T cells: transcriptomic insights reveal dual mechanisms of tumor targeting in a melanoma murine xenograft model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507218 PMID:39660132	研究论文	本研究探讨了靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞在黑色素瘤小鼠异种移植模型中的功能状态和肿瘤靶向机制	首次揭示了NY-ESO-1 TCR-T细胞通过抗原非依赖性NK样和抗原特异性CTL样反应实现双重抗肿瘤效应	研究仅在特定的小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	探讨TCR-T细胞在治疗实体瘤中的作用机制	靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞及其在黑色素瘤中的作用	数字病理学	黑色素瘤	NanoString技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	SK-Mel-37异种移植模型中的TCR-T细胞
47	2024-12-12	Endothelial Erg Regulates Expression of Pulmonary Lymphatic Junctional and Inflammation Genes in Mouse Lungs Impacting Lymphatic Transport 2024-Jan-24, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3808970/v1 PMID:38343832	研究论文	研究探讨了ERG转录因子在肺淋巴内皮细胞中的作用，揭示了其对淋巴运输和炎症基因表达的影响	首次通过单细胞转录组学和CellChatDB整合分析，揭示了ERG下调对肺淋巴内皮细胞功能和通信途径的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探讨ERG在肺淋巴内皮细胞中的作用及其对淋巴运输和炎症的影响	ERG在肺淋巴内皮细胞中的表达及其对基因表达和淋巴运输的影响	NA	肺纤维化	单细胞转录组学，流式细胞术，qPCR，FITC-Dextran示踪分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
48	2024-12-12	Skin treatment with non-thermal plasma modulates the immune system through miR-223-3p and its target genes 2024-01, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2024.2361571 PMID:38828710	研究论文	研究非热等离子体对小鼠耳部皮肤的治疗效果及其通过miR-223-3p及其靶基因调节免疫系统的机制	首次通过非编码RNA测序和单细胞血液测序揭示了非热等离子体对miRNA表达的特定影响及其在伤口愈合和组织再生中的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证其效果	探讨非热等离子体在皮肤治疗中的分子机制及其对免疫系统的影响	小鼠耳部皮肤及血液中的miRNA和靶基因	NA	NA	非编码RNA测序，单细胞血液测序	NA	RNA	小鼠耳部皮肤样本及血液样本
49	2024-12-12	Pan-cancer dissection of vasculogenic mimicry characteristic to provide potential therapeutic targets 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1346719 PMID:38694917	研究论文	本研究基于多组学数据分析了不同癌症类型中血管拟态（VM）的特征，并提供了潜在的治疗靶点和策略	首次全面解析了跨癌症类型的血管拟态特征，揭示了其与肿瘤侵袭性、转移潜力、恶性程度和预后的相关性，并发现了与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于现有数据库数据，缺乏实验验证，且样本量和数据类型可能限制了结果的普适性	阐明不同癌症类型中血管拟态的特征及其调控机制，并提供潜在的治疗靶点	跨癌症类型的血管拟态特征及其与肿瘤侵袭性、免疫微环境的关系	数字病理学	多种癌症	多组学数据分析、单细胞转录组数据分析	NA	多组学数据、转录组数据、药物反应数据	来自The Cancer Genome Atlas的多组学数据和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的转录组及药物反应数据
50	2024-12-12	Identification of early Alzheimer's disease subclass and signature genes based on PANoptosis genes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462003 PMID:39650656	研究论文	本研究基于PANoptosis基因识别阿尔茨海默病（AD）的早期亚类和特征基因	本研究首次基于PANoptosis基因识别了AD的两个亚类，并预测了针对早期AD的治疗候选药物	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在数据偏倚	识别阿尔茨海默病的不同分子亚型并探索潜在的治疗药物	阿尔茨海默病及其相关PANoptosis基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的三个数据集（GSE48350, GSE5281, GSE122063）
51	2024-12-11	Comprehensive Analysis of circRNA-Related mRNAs as Prognostic Factors in Non-Smoking Women with Lung Adenocarcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S490478 PMID:39650787	研究论文	本文研究了circRNA相关的mRNA作为非吸烟女性肺腺癌的预后标志物	构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，并基于相关mRNA创建了预后风险评分模型	样本量较小，仅16对肿瘤和癌旁组织样本	探讨circRNA相关的mRNA在非吸烟女性肺腺癌中的预后价值	非吸烟女性肺腺癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	肺癌	高通量测序、免疫组织化学	NA	RNA	16对肺腺癌组织及其对应的癌旁组织
52	2024-12-12	Integrating multi-omics techniques and in vitro experiments reveals that GLRX3 regulates the immune microenvironment and promotes hepatocellular carcinoma cell proliferation and invasion through iron metabolism pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1496886 PMID:39654899	研究论文	本研究通过整合多组学技术和体外实验，揭示了GLRX3通过铁代谢途径调控免疫微环境并促进肝细胞癌细胞增殖和侵袭	首次系统分析了肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并揭示了GLRX3在铁代谢调控中的关键作用及其对肿瘤细胞增殖和免疫逃逸的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	系统分析肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并探讨铁代谢调控对肝癌患者生存的影响	肝细胞癌患者的单细胞测序数据以及GLRX3基因的表达和功能	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序技术	NA	基因组数据	来自GEO数据库的肝细胞癌患者单细胞测序数据
53	2024-12-11	Holliday junction recognition protein (HJURP) could reflect the clinical outcomes of lung adenocarcinoma patients, and impact the choice of precision therapy 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1475511 PMID:39649097	研究论文	本文研究了HJURP蛋白在肺腺癌患者中的表达及其对临床结果和精准治疗选择的影响	首次揭示了HJURP作为肺腺癌的可靠预后生物标志物，并探讨了其在精准治疗中的潜在作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	识别肺腺癌的可靠预后生物标志物和潜在治疗靶点，以改善患者预后	HJURP蛋白在肺腺癌中的表达及其与临床结果、遗传改变、免疫细胞浸润和治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	共1507例肺腺癌患者（TCGA-LUAD: 453例，GSE31210: 226例，GSE68465: 442例，GSE72094: 386例）
54	2024-12-10	Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44137-7 PMID:38167262	研究论文	本文介绍了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于整合癌症和免疫表型的基因分型	开发了一种灵活的长读长测序工作流程和分析管道nanoranger，能够检测细胞系定义特征，如单核苷酸变异、融合基因、异构体等	NA	提高单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪能力	急性髓系白血病（AML）的亚克隆和骨髓浸润免疫细胞的异质性异构体景观	数字病理学	血液病	长读长测序	NA	基因组数据	数千个骨髓浸润免疫细胞
55	2024-12-10	Single-cell sequencing reveals the evolution of immune molecules across multiple vertebrate species 2024-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.02.017 PMID:36871615	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了多个脊椎动物物种免疫细胞的转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的变化	本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统地比较了多个脊椎动物物种的免疫细胞转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的保守性和特异性	本文仅分析了七个脊椎动物物种的免疫细胞，可能无法全面代表所有脊椎动物的免疫进化特征	研究免疫系统在不同脊椎动物物种中的进化特征	七个脊椎动物物种的免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	七个脊椎动物物种的免疫细胞
56	2024-12-09	Fibroblast heterogeneity and functions: insights from single-cell sequencing in wound healing, breast cancer, ovarian cancer and melanoma 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1304853 PMID:38525245	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的异质性和功能	利用单细胞RNA测序技术提供了更高的分辨率，揭示了成纤维细胞在不同疾病中的基因表达差异、表观遗传修饰、成纤维细胞谱系、新的临床相关基因和蛋白质以及与其他细胞类型的空间信号相互作用	NA	探讨成纤维细胞在不同疾病中的异质性和功能	成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
57	2024-12-09	CATD: a reproducible pipeline for selecting cell-type deconvolution methods across tissues 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae048 PMID:38638280	研究论文	本文介绍了一种可重复的细胞类型反卷积方法选择管道CATD，用于跨组织评估多种方法	提出了CATD管道，集成了生成参考数据和伪批量数据以及运行现有反卷积方法的功能，简化了大量样本的同时反卷积	NA	评估和选择适用于不同组织的细胞类型反卷积方法	31种细胞类型反卷积方法在人类和小鼠多种组织中的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	转录组数据	涉及人类和小鼠的多种组织样本
58	2024-12-09	Exploration of the Development and Cell Communication of Aneuploid Osteoblasts and Osteoclasts in Giant Cell Tumour of Bone Using Single-Cell RNA Sequencing 2024, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2024070030166 PMID:39644111	研究论文	研究了巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	首次使用单细胞RNA测序技术探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	研究仅限于巨细胞瘤骨样本，结果可能不适用于其他类型的肿瘤	探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	巨细胞瘤骨中的非整倍体成骨细胞和破骨细胞	数字病理学	骨肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	9117个细胞，包括八种细胞类型
59	2024-12-08	A systematic evaluation of state-of-the-art deconvolution methods in spatial transcriptomics: insights from cardiovascular disease and chronic kidney disease 2024, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2024.1352594 PMID:38601476	研究论文	本文系统评估了三种空间转录组学去卷积方法在心血管疾病和慢性肾病中的表现	首次在心血管疾病和慢性肾病样本中进行去卷积方法的基准测试	所有方法在去卷积过程中都需要较少的参考数据，但Cell2location在计算上更为密集	评估不同去卷积方法在特定疾病样本中的表现	心血管疾病和慢性肾病患者的组织样本	空间转录组学	心血管疾病, 慢性肾病	去卷积方法	NA	转录组数据	来自不同病理状态的心血管疾病和慢性肾病患者样本
60	2024-12-08	A generalizable and easy-to-use COVID-19 stratification model for the next pandemic via immune-phenotyping and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1372539 PMID:38601145	研究论文	本文开发并验证了一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，利用机器学习算法	提出了基于cDCs和LDH水平的机器学习模型，用于预测COVID-19的严重程度	NA	开发一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，为未来疫情提供参考	COVID-19患者的免疫特征和实验室参数	机器学习	COVID-19	CyTOF、单细胞RNA测序	机器学习模型	免疫特征数据、实验室参数数据	发现队列39例，验证队列840例