单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1298 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-05 |
Cancer-wide in silico analyses using differentially expressed genes demonstrate the functions and clinical relevance of JAG, DLL, and NOTCH
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0307943
PMID:39074091
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研究论文 | 本文通过分析差异表达基因揭示了JAG、DLL和NOTCH家族在癌症恶性进展中的功能和临床相关性 | 通过综合差异表达基因和生存分析，提出了JAG、DLL和NOTCH家族的未被探索的调控功能和协同效应 | NA | 阐明JAG、DLL和NOTCH家族的普遍功能及其与各种生物功能的联系 | 15种癌症的差异表达基因 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15种癌症类型的临床数据 |
| 502 | 2024-08-05 |
Multiomics Analysis of Disulfidptosis Patterns and Integrated Machine Learning to Predict Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究探讨了二硫化物死亡对肺腺癌免疫微环境和免疫治疗的影响 | 本研究引入了一种基于二硫化物死亡基因的预测风险模型，能够有效预测肺腺癌患者的生存率和治疗结果 | 未提及具体局限性 | 研究二硫化物细胞死亡对肺腺癌患者免疫治疗反应的影响 | 聚焦于与二硫化物死亡相关的基因在肺腺癌中的作用 | 机器学习 | 肺癌 | 转录组学、机器学习算法 | 预测模型 | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA数据库的肺腺癌多组学队列 |
| 503 | 2024-08-05 |
Nicotinamide phosphoribosyltransferase prompts bleomycin-induced pulmonary fibrosis by driving macrophage M2 polarization in mice
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94482
PMID:38773984
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研究论文 | 该研究探讨了烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)在小鼠中的肺纤维化中驱动巨噬细胞M2极化的作用 | 研究首次揭示了NAMPT在肺纤维化发病机制中的作用，特别是在巨噬细胞M2极化中的创新机制 | 该研究主要基于小鼠模型，未能在临床试验中验证结果 | 研究NAMPT在特发性肺纤维化中的作用及其机制 | 研究对象为肺纤维化患者的临床样本及小鼠模型 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | RNA测序、Western blot、qRT-PCR、ELISA和免疫组化染色 | 小鼠模型 | 临床样本和小鼠肺纤维化模型数据 | 临床样本和小鼠模型，具体样本数量未说明 |
| 504 | 2024-08-04 |
Short-chain fatty acids regulate erastin-induced cardiomyocyte ferroptosis and ferroptosis-related genes
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1409321
PMID:39070785
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研究论文 | 这项研究探讨了短链脂肪酸对心肌细胞铁死亡的影响以及ATF3的表达。 | 本研究首次揭示了短链脂肪酸在缺血刺激心肌细胞中对铁死亡途径的调节作用。 | 本研究未在临床环境中验证短链脂肪酸的效果。 | 探讨短链脂肪酸对心肌细胞铁死亡及其相关基因的影响。 | 主要研究对象为缺血刺激下的心肌细胞。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, RT-PCR, Western blot | 模仿缺血再灌注的细胞模型 | 单细胞RNA数据 | 从公共人类心肌梗死单细胞RNA-seq数据集中提取并重新聚类的心肌细胞数据 |
| 505 | 2024-08-04 |
A systematic overview of single-cell transcriptomics databases, their use cases, and limitations
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1417428
PMID:39040140
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综述 | 本文系统性地审查了大规模单细胞RNA测序数据库，分类并讨论了其用途及局限性 | 提出了单细胞RNA测序数据库的分类，并指出理解其局限性对有效利用数据的重要性 | 未具体提及具体案例或数据分析的细节 | 探讨单细胞转录组数据库的使用案例及面临的技术挑战 | 大规模的单细胞RNA-seq数据库 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 506 | 2024-08-04 |
Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94537
PMID:38773982
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研究论文 | 该研究探讨了通过阻断Vtn-C1qbp相互作用来增强巨噬细胞吞噬作用从而抑制肿瘤进展 | 发现Vtn-C1qbp轴是肿瘤中的一种新的抗吞噬信号，并提出以Vtn和C1qbp相互作用作为抗肿瘤免疫治疗的新分子靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类肿瘤的直接验证 | 探究调控巨噬细胞吞噬作用的关键分子及其相互作用，为肿瘤治疗提供新策略 | 研究Vtn和C1qbp在巨噬细胞吞噬作用中的功能 | 数字病理 | 乳腺癌 | CRISPR筛选、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用单细胞测序数据并分析来自癌症基因组图谱数据库的数据 |
| 507 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of human PBMCs in healthy and type 2 diabetes populations: dysregulated immune networks in type 2 diabetes unveiled through single-cell profiling
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1397661
PMID:39072276
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了2型糖尿病患者中免疫网络的失调 | 首次通过单细胞RNA测序特征化了2型糖尿病患者免疫细胞的性质和网络 | 缺乏对其他类型糖尿病和健康人群的比较分析 | 探讨与2型糖尿病相关的免疫细胞的特征 | 健康人和2型糖尿病患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 来自非糖尿病和2型糖尿病患者的外周血单核细胞样本 |
| 508 | 2024-08-04 |
Inferring Tree-Shaped Single-Cell Trajectories with Totem
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_9
PMID:39068362
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研究论文 | 本文介绍了通过Totem推断树状单细胞轨迹和伪时间的方法 | 提出了两种用户友好的协议，可以灵活地推断树状单细胞轨迹，解决复杂拓扑结构预测的挑战 | 主要集中在单细胞转录组数据的应用，未涉及其他类型的数据 | 研究单细胞转录组数据中细胞发育过程的轨迹推断 | 人类骨髓CD34+细胞，研究三条谱系的分支：红系、淋巴系和单核系 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 509 | 2024-08-04 |
Unsupervised Single-Cell Clustering with Asymmetric Within-Sample Transformation and Per-Cluster Supervised Features Selection
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_8
PMID:39068361
|
研究论文 | 本文展示了如何将不对称样本内变换应用于单细胞RNA测序数据，与之前的缺失值插补相匹配 | 提出了一种不对称变换的方法以处理低表达强度，同时保留高表达基因水平，并结合每个基因的熵估计进行非信息基因的去除 | 样本量和不同基因类型的影响可能未在研究中充分探索 | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和基因特征选择 | 研究对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | GLM | 文本 | NA |
| 510 | 2024-08-04 |
RNA-Seq Analysis of Mammalian Prion Disease
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_20
PMID:39068373
|
研究论文 | 本文介绍了利用单细胞RNA测序数据分析哺乳动物朊病毒病的RNA测序方法 | 提出了一种可重复使用的RNA测序分析协议，以揭示朊病毒病中的转录变化 | NA | 揭示哺乳动物朊病毒病的转录特征 | 哺乳动物朊病毒病的单细胞RNA测序数据 | 数字病理 | NA | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 使用自NCBI GEO数据库获得的单细胞数据集 |
| 511 | 2024-08-05 |
Inferring Novel Cells in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_7
PMID:39068360
|
研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序数据中推断新细胞类型的方法 | 提出了三类推断新细胞的方法，包括未监督和异常检测的方法、监督和半监督的方法、以及基于拷贝数变异的方法 | 推断新细胞在常规单细胞RNA测序分析中仍然具有挑战性 | 研究单细胞RNA测序技术中识别和表征新细胞类型 | 利用单细胞RNA测序技术分析细胞类型及其亚群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA |
| 512 | 2024-08-05 |
Zebrafish Thrombocyte Transcriptome Analysis and Functional Genomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_10
PMID:39068363
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研究论文 | 本文探讨了斑马鱼血小板的成熟过程与功能基因组学 | 采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析年轻和成熟血小板的转录组，以识别特定基因并揭示其在成熟过程中的角色 | 在血液循环中成熟的具体机制尚不明确 | 理解斑马鱼血小板成熟的机制 | 年轻和成熟的斑马鱼血小板 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个斑马鱼血小板样本，包括年轻和成熟类型 |
| 513 | 2024-08-05 |
Comprehensive integrated single-cell RNA sequencing analysis of brain metastasis and glioma microenvironment: Contrasting heterogeneity landscapes
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0306220
PMID:39058687
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研究论文 | 该文章综合分析了脑转移和胶质瘤微环境中的异质性特征 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同来源的脑转移在微环境中的异质性差异 | 本研究的数据来自于公开数据库，可能存在数据偏倚 | 探究不同来源的脑肿瘤微环境中的异质性，以指导治疗决策 | 本研究对象为17名患者的脑转移和胶质瘤样本 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA序列数据 | 90,168个细胞样本来自17名患者 |
| 514 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic profiling of isolated microregions in tissue sections utilizing laser-induced forward transfer
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0305977
PMID:39052564
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研究论文 | 本研究提出了一种基于激光诱导前转移的新的空间转录组学分析方法。 | 创新点在于结合了激光诱导前转移和全长mRNA测序协议，实现了特定区域组织的基因表达分析。 | 暂未提及该方法的实际应用限制，可能需要进一步研究以确认其适用性。 | 研究旨在开发一种新方法，以便在组织切片中进行空间转录组学分析。 | 研究对象为小鼠大脑皮层和海马中的特定微区域。 | 数字病理学 | NA | mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠大脑的多个切片 |
| 515 | 2024-08-05 |
Autophagy Contributes to Homeostasis in Esophageal Epithelium Where High Autophagic Vesicle Level Marks Basal Cells With Limited Proliferation and Enhanced Self-Renewal Potential
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.018
PMID:38452871
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研究论文 | 该研究定义了自噬在食管上皮内稳态中的角色 | 研究揭示了自噬与食管基底细胞增殖和自我更新能力之间的关系 | 本研究的局限性在于未考虑自噬在其他类型细胞中的作用 | 探讨自噬在食管上皮稳态中的作用 | 生成了特定于鳞状上皮的Atg7条件性基因敲除小鼠来评估其对食管稳态的影响 | 数字病理学 | 食管病理 | RNA测序，免疫染色 | NA | 细胞，组织 | 使用了敲除小鼠以及分选的食管基底细胞 |
| 516 | 2024-08-04 |
Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1394812
PMID:39055054
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综述 | 这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系 | 强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用 | 关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限 | 旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系 | 主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 517 | 2024-08-05 |
The Sex and Age-Associated Infiltration of B Cells May Result in the Dimorphic Behaviors Observed in Papillary Thyroid Carcinomas
2024, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S467704
PMID:39055976
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研究论文 | 这项研究探讨了性别和年龄在乳头状甲状腺癌中的差异性浸润机制 | 揭示了与性别和年龄有关的B细胞浸润如何影响甲状腺癌的生物表现 | 仅分析了2261名患者的临床病理特征，可能影响结果的普遍性 | 阐明性别和年龄对乳头状甲状腺癌发病机制的影响 | 针对2261名乳头状甲状腺癌患者进行综合分析 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多变量逻辑回归分析 | 基因表达数据 | 2261名患者和497个样本的基因表达信息 |
| 518 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell landscapes identify the pathogenic gene characteristics of inherited retinal diseases
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1409016
PMID:39055259
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研究论文 | 该研究通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了与遗传性视网膜疾病（IRD）相关的致病基因特征。 | 研究建立了视网膜细胞的全景表达视图，并揭示了不同物种间的基因表达模式以及细胞特异性调控网络。 | 研究可能存在对细胞类型及其功能复杂性理解不足的局限性。 | 本研究旨在理解遗传性视网膜疾病的临床表现及其致病基础。 | 研究对象为来自三种物种（人类、小鼠和斑马鱼）的视网膜样本，涉及259,087个细胞。 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 35个视网膜样本，来自3种物种 |
| 519 | 2024-08-04 |
Integrative Pan-Cancer Analysis Reveals the Oncogenic Role of MND1 and Validation of MND1's Role in Breast Cancer
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S458832
PMID:39051055
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研究论文 | 本研究全面分析了MND1在多种癌症中的表达和生物学功能 | 发现MND1在多种癌症中特别是乳腺癌中具有促进肿瘤进展的作用，并且能够作为生物标志物用于癌症预后和免疫治疗 | 本研究主要依赖于数据库分析，缺乏大规模临床样本的实验证据 | 探讨MND1在不同癌症中的角色及其与乳腺癌的关系 | MND1在不同类型癌症中的表达、预后意义及功能进行研究 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组化染色、CCK8、EdU、克隆形成和流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自不同癌症的多种样本及相关数据库 |
| 520 | 2024-08-05 |
Developing an advanced diagnostic model for hepatocellular carcinoma through multi-omics integration leveraging diverse cell-death patterns
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1410603
PMID:39044829
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研究论文 | 本研究通过多组学整合构建了一种针对肝细胞癌的先进诊断模型 | 创新性地利用程序性细胞死亡相关基因构建了一个七基因的诊断模型，并揭示了其与免疫检查点抑制治疗的关联 | 样本量相对较小，仅使用了50个样本和104,288个单细胞，可能限制了模型的广泛适应性 | 明确程序性细胞死亡基因在肝细胞癌中的作用并构建诊断模型 | 肝细胞癌患者样本，包括血液来源的外泌体和肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 50个样本，104,288个单细胞 |