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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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461 | 2024-08-10 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Reveals Ferroptosis as The Most Enriched Programmed Cell Death Process in Hemorrhage Stroke-induced Oligodendrocyte-mediated White Matter Injury
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96262
PMID:39113700
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组和空间转录组技术,探讨了脑出血后程序性细胞死亡相关基因表达趋势,发现铁死亡是主要程序性细胞死亡过程,主要影响成熟的少突胶质细胞 | 首次揭示了脑出血后铁死亡作为主要程序性细胞死亡过程,并阐明了微胶质细胞与少突胶质细胞之间的特定相互作用 | 研究仅在 rat 模型上进行,需要进一步在人类中验证 | 探讨脑出血后不同程序性细胞死亡模式的区别及其对白质损伤的影响 | 脑出血后的程序性细胞死亡过程及其对神经系统的影响 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞 RNA 测序,空间 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | rat 脑组织样本 |
462 | 2024-08-10 |
Aryl hydrocarbon receptor confers protection against macrophage pyroptosis and intestinal inflammation through regulating polyamine biosynthesis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.95749
PMID:39113799
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研究论文 | 研究探讨了芳香烃受体(AhR)通过调节多胺生物合成在肠道炎症和巨噬细胞焦亡中的保护作用 | 首次揭示了AhR信号通过促进鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)转录来抑制巨噬细胞焦亡,增强多胺生物合成,从而维持肠道稳态 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证AhR/ODC1/多胺轴的功能 | 探究AhR在调节肠道炎症和巨噬细胞功能中的作用机制 | 巨噬细胞、肠道炎症模型、多胺生物合成 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、免疫荧光染色 | NA | RNA | 小鼠模型及人类肠道黏膜活检样本 |
463 | 2024-08-10 |
scRNA sequencing technology for PitNET studies
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1414223
PMID:39114291
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综述 | 本文综述了使用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)研究垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs)的最新进展 | scRNA-seq技术因其单细胞水平的高分辨率而在研究中发挥重要作用 | NA | 理解调控这些高度异质性肿瘤的分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs) | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA数据 | NA |
464 | 2024-08-10 |
Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: revealing new perspectives in the tumor microenvironment
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/SMSG9047
PMID:39114691
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用和进展 | 单细胞测序技术揭示了卵巢癌肿瘤微环境中细胞异质性和细胞间复杂交互作用的新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用,以改善诊断和治疗策略 | 卵巢癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间交互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
465 | 2024-08-10 |
scDiffCoAM: A complete framework to identify potential biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma using scRNA-Seq data analysis
2024, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39119913
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研究论文 | 本文提出了一种完整的差异共表达分析框架scDiffCoAM,用于从scRNA-Seq数据中提取网络模块并识别关键基因,以发现食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 该方法在大多数情况下表现优于其他四种现有的关键基因发现方法,并能识别其他方法未检测到的独特潜在生物标志物 | NA | 旨在通过scRNA-Seq数据分析识别食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 食管鳞状细胞癌的scRNA-Seq数据 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | scRNA-Seq | 差异共表达分析 | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
466 | 2024-08-09 |
Histamine H4 receptor and TRPV1 mediate itch induced by cadaverine, a metabolite of the microbiome
2024 Jan-Dec, Molecular pain
IF:2.8Q2
DOI:10.1177/17448069241272149
PMID:39079948
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研究论文 | 本研究探讨了肠道微生物代谢产物尸胺是否通过组胺H4受体(H4R)和瞬时受体电位香草酸亚型1(TRPV1)介导小鼠的瘙痒反应 | 首次发现尸胺可能作为H4R的内源性配体,并通过H4R/TRPV1信号通路在初级感觉神经元中诱导瘙痒 | NA | 研究尸胺在生理和病理条件下是否调节疼痛或瘙痒 | 尸胺对小鼠瘙痒反应的影响及其分子机制 | NA | NA | 分子对接模拟、scRNA-Seq数据分析、钙成像分析、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、钙成像数据、电生理数据 | 小鼠模型 |
467 | 2024-08-09 |
Identification of CGNL1 as a diagnostic marker in fibroblasts of diabetic foot ulcers: Insights from single cell RNA sequencing and bulk sequencing data
2024 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology
IF:3.0Q2
DOI:10.1177/03946320241265945
PMID:39102374
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研究论文 | 本研究旨在探索糖尿病足溃疡(DFUs)中成纤维细胞亚型的独特转录特征及铁死亡的作用 | 通过单细胞RNA测序和批量测序数据,本研究首次确定了CGNL1作为成纤维细胞中的一个独特诊断标志物,并揭示了其在促炎性成纤维细胞中的正相关性 | NA | 探索糖尿病足溃疡中成纤维细胞亚型的独特转录特征及铁死亡的作用 | 糖尿病足溃疡中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 83529个单细胞转录组来自足部样本 |
468 | 2024-08-09 |
Deciphering the immune-metabolic nexus in sepsis: a single-cell sequencing analysis of neutrophil heterogeneity and risk stratification
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1398719
PMID:39108261
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了脓毒症中的免疫细胞景观及其与代谢途径的关联,揭示了中性粒细胞在脓毒症代谢紊乱中的作用及其异质性 | 通过单细胞RNA测序和机器学习技术,本研究首次揭示了脓毒症中中性粒细胞的复杂交互作用和其在代谢紊乱中的关键角色,并开发了一种新的风险评分模型用于预测脓毒症预后 | NA | 旨在深入理解脓毒症中的免疫代谢相互作用,并开发新的预后和治疗策略 | 脓毒症中的免疫细胞和代谢途径 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
469 | 2024-08-08 |
nf-core/airrflow: an adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework
2024-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576147
PMID:38293151
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研究论文 | 本文介绍了nf-core/airrflow,一个集成Immcantation框架的适应性免疫受体谱分析工作流程,用于处理批量和单细胞的AIRR-seq数据 | nf-core/airrflow提供了跨样本的并行化、可扩展性和对高性能计算基础设施的便携性,这是现有工具所不具备的 | NA | 开发一个端到端的工作流程,用于处理和分析AIRR-seq数据,以研究免疫状态 | B细胞和T细胞受体序列的重建以及克隆关系的推断 | 生物信息学 | 传染病 | AIRR-seq | NA | 序列数据 | 分析了97名COVID-19感染者和99名健康对照者的数据 |
470 | 2024-08-08 |
Advancing bladder cancer management: development of a prognostic model and personalized therapy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1430792
PMID:39104534
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序数据,开发和验证一种基于基底鳞状亚型相关基因的膀胱癌预后模型,并探索个性化治疗策略。 | 本研究首次基于基底鳞状亚型相关基因开发了一种新的膀胱癌预后模型,并验证了其在不同临床环境中的预测性能。 | NA | 提高对膀胱癌分子异质性的理解,并开发有效的预后模型和个性化治疗策略。 | 膀胱癌的分子亚型、预后模型和个性化治疗策略。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序 | LASSO和Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了来自多个来源的单细胞和批量RNA测序数据,包括GSE135337、GSE13507、GSE31684、GSE32894、GSE69795和TCGA-BLCA。 |
471 | 2024-08-08 |
Multiplexed spatial transcriptomics methods and the application of expansion microscopy
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1378875
PMID:39105173
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综述 | 本文综述了空间转录组学方法,特别是序列(ISS)方法、杂交(ISH)技术以及基于下一代测序(NGS)的区域捕获测序技术,并探讨了扩展显微镜(ExM)在这些技术中的应用 | 扩展显微镜(ExM)通过控制生物样本的放大,实现了超分辨率成像,克服了传统显微镜的衍射极限,使得在空间转录组学方法中精确观察RNA成为可能 | 空间转录组学实验的一个挑战是细胞内RNA检测的光学拥挤限制 | 探讨空间转录组学方法及其在生物学和医学中的应用 | 空间转录组学技术及其与扩展显微镜(ExM)的结合 | NA | NA | 扩展显微镜(ExM) | NA | 转录组数据 | NA |
472 | 2024-08-07 |
Exploring myometrial microenvironment changes at the single-cell level from nonpregnant to term pregnant states
2024-Jan-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和空间转录组学(ST)技术,构建了非妊娠(NP)和足月妊娠(TP)状态下人类子宫肌层单个细胞的转录组图谱 | 首次在单细胞水平上探索了人类子宫肌层从非妊娠到足月妊娠状态的微环境变化 | NA | 研究妊娠期间子宫肌层微环境和细胞群的特定变化 | 人类子宫肌层在非妊娠和足月妊娠状态下的单细胞水平变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和空间转录组学(ST) | NA | 转录组数据 | 12个人类子宫肌层组织中的87,845个高质量单个细胞 |
473 | 2024-08-07 |
An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes
2024-Jan, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6908
PMID:38168907
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研究论文 | 本文开发了一种针对胃癌的个性化干细胞相关特征,用于预测预后和免疫治疗反应,基于单细胞和批量组织转录组数据 | 提出了一种基于个体样本内基因相对表达顺序的个性化干细胞相关特征,能够更准确地分析每个患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 开发一种适用于临床的个性化干细胞相关特征,以提高胃癌预后和免疫治疗反应预测的准确性 | 胃癌的恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了两个批量组织数据集作为训练数据,并在四个独立测试数据集中验证 |
474 | 2024-08-07 |
Elucidating T cell dynamics and molecular mechanisms in syngeneic and allogeneic islet transplantation through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429205
PMID:39100662
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了同种异体和异种胰岛移植中T细胞动态和分子机制 | 揭示了同种异体和异种胰岛移植中T细胞亚群的基因变异和分子差异,以及细胞间通信模式的复杂性 | NA | 阐明胰岛移植中T细胞动态和分子机制,以增强移植物接受度和更有效地管理糖尿病治疗 | 同种异体和异种胰岛移植中的T细胞亚群及其基因表达差异 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | t-SNE | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
475 | 2024-08-07 |
AGBL4 promotes malignant progression of glioblastoma via modulation of MMP-1 and inflammatory pathways
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1420182
PMID:39007144
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研究论文 | 本研究探讨了AGBL4在胶质母细胞瘤(GBM)恶性进展中的作用及其与炎症途径的关联 | 发现AGBL4通过调节MMP-1和炎症途径促进GBM的恶性进展,并建立了一个新的调控轴 | NA | 阐明GBM的分子机制,特别是AGBL4与炎症途径的关系,以发现可行的治疗靶点 | AGBL4在GBM中的表达及其对细胞增殖、迁移、侵袭和炎症反应的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
476 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular dynamics and therapeutic effects of astragaloside IV in slow transit constipation
2024-Jan-29, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.10187
PMID:38289380
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了黄芪甲苷IV在治疗慢传输型便秘中的细胞动态和治疗效果 | 首次揭示了黄芪甲苷IV对慢传输型便秘模型中肠道细胞比例和功能的调节作用,并通过网络药理学分析了其作用机制 | 研究仅限于动物模型,需要进一步的人体试验验证 | 确定慢传输型便秘模型中结肠组织细胞的动态变化,并研究黄芪甲苷IV治疗的效果 | 慢传输型便秘的小鼠模型和黄芪甲苷IV的治疗效果 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用洛哌丁胺诱导的慢传输型便秘小鼠模型 |
477 | 2024-08-07 |
Dysregulation of endometrial stromal serotonin homeostasis leading to abnormal phosphatidylcholine metabolism impairs decidualization in patients with recurrent implantation failure
2024, Human reproduction open
IF:8.3Q1
DOI:10.1093/hropen/hoae042
PMID:39091587
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研究论文 | 本研究探讨了异常的血清素稳态是否导致反复植入失败(RIF)患者子宫内膜蜕膜化受损 | 发现RIF患者子宫内膜中血清素代谢稳态异常,伴随单胺氧化酶(MAO)表达减少,影响子宫内膜基质细胞的蜕膜化,导致胚胎植入失败 | 研究揭示了血清素代谢稳态受损和MAO表达异常降低是RIF的原因之一,但血清素在子宫内膜中的来源和其他潜在功能仍需进一步探索 | 探讨异常的血清素稳态是否导致反复植入失败(RIF)患者子宫内膜蜕膜化受损及其机制 | 反复植入失败(RIF)患者的子宫内膜样本和生育能力正常的患者子宫内膜样本 | NA | 生殖系统疾病 | ELISA、免疫荧光组织化学、单细胞测序、RNA测序(RNA-seq)、液相色谱-质谱(LC/MS) | NA | 细胞、基因表达数据 | 50个子宫内膜样本(25个RIF患者和25个生育能力正常的患者) |
478 | 2024-08-07 |
Identifying potential therapeutic targets in lung adenocarcinoma: a multi-omics approach integrating bulk and single-cell RNA sequencing with Mendelian randomization
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1433147
PMID:39092217
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据与孟德尔随机化方法,旨在识别肺腺癌的新治疗靶点 | 本研究采用多组学方法,结合批量和单细胞RNA测序数据,以及孟德尔随机化分析,揭示了肺腺癌的潜在治疗靶点 | NA | 识别肺腺癌的新治疗靶点 | 肺腺癌及其相关基因和细胞类型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 513个肺腺癌组织和59个非肿瘤组织 |
479 | 2024-08-07 |
The role of metabolic memory in diabetic kidney disease: identification of key genes and therapeutic targets
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1379821
PMID:39092227
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研究论文 | 本研究探讨了代谢记忆在糖尿病肾病中的作用,并通过单细胞RNA测序数据识别关键基因和治疗靶点 | 本研究首次结合人类数据和动物模型,识别出与代谢记忆和纤维化相关的关键基因NDRG1,并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于数据库数据和动物模型,需要进一步的人体临床试验验证 | 探索代谢记忆在糖尿病肾病中的作用及潜在的治疗靶点 | 糖尿病肾病中的代谢记忆和纤维化相关基因 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及12种细胞类型,包括人类和动物模型 |
480 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptome analysis reveals distinct cell populations in dorsal root ganglia and their potential roles in diabetic peripheral neuropathy
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0306424
PMID:39083491
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研究论文 | 单细胞转录组分析揭示了背根神经节中不同细胞群体及其在糖尿病周围神经病中的潜在作用 | 首次系统性地分析了背根神经节的细胞组成及其在糖尿病周围神经病中的作用 | 缺乏对背根神经节在糖尿病周围神经病发病机制的深入探索 | 深入了解背根神经节的细胞类型组成及其在糖尿病周围神经病中的角色 | 健康对照组及糖尿病周围神经病大鼠的背根神经节组织 | 数字病理学 | 糖尿病周围神经病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 来自健康对照组和糖尿病周围神经病大鼠的背根神经节组织 |