单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-11-04 |
Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18362
PMID:39484208
|
研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析 | 探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略 | 肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个原发性肝癌样本 |
| 422 | 2024-11-02 |
Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020903
PMID:37922454
|
研究论文 | 研究揭示了regnase-1和regnase-3通过调控Nfkbiz mRNA的降解，影响造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的淋巴-髓系分化倾向 | 首次阐明了regnase-1和regnase-3在HSPCs中通过调控Nfkbiz mRNA的降解，决定淋巴系命运并限制髓系分化的机制 | NA | 探讨造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中淋巴-髓系分化倾向的调控机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序 | NA | RNA | NA |
| 423 | 2024-10-26 |
IDEIS: a tool to identify PTPRC/CD45 isoforms from single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446931
PMID:39445006
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IDEIS的工具，用于从单细胞转录组数据中识别PTPRC/CD45的异构体 | IDEIS软件能够直接从单细胞转录组数据中量化CD45异构体，无需生成额外的DNA测序文库 | NA | 开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中准确识别和量化CD45异构体 | PTPRC/CD45基因的异构体及其在免疫细胞亚群中的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 使用10× Genomics 5'测序技术生成的数据集 |
| 424 | 2024-11-02 |
Identifying HIF1A and HGF as two hub genes in aortic dissection and function analysis by integrating RNA sequencing and single-cell RNA sequencing data
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1475991
PMID:39479394
|
研究论文 | 通过整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其功能 | 首次整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其在单细胞水平的功能 | 研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证 | 探索主动脉夹层的调控机制，为诊断和治疗提供参考 | 主动脉夹层的关键基因及其功能 | 基因表达 | 心血管疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个AD相关数据集，包括GSE153434、GSE98770、GSE52093和GSE213740 |
| 425 | 2024-11-02 |
Arid3c identifies an uncharacterized subpopulation of V2 interneurons during embryonic spinal cord development
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1466056
PMID:39479525
|
研究论文 | 研究旨在通过比较胚胎脊髓V2中间神经元与其他细胞的转录组，识别新的标记基因以描述V2中间神经元群体的多样性 | 发现了Arid3c基因，识别出一个未被描述的V2中间神经元亚群，该亚群与V2c中间神经元部分重叠，并具有Onecut因子和Sox2的表达特征 | 研究未完全解析导致这种神经元多样化的机制 | 识别新的标记基因以进一步描述脊髓V2中间神经元群体的多样性 | 胚胎脊髓V2中间神经元及其亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 胚胎脊髓V2中间神经元及其他细胞 |
| 426 | 2024-10-30 |
SAW: an efficient and accurate data analysis workflow for Stereo-seq spatial transcriptomics
2024, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.111
PMID:38434930
|
研究论文 | 本文介绍了一种高效且准确的空间转录组数据分析工作流程SAW，用于处理Stereo-seq技术生成的大规模数据 | 开发了名为Stereo-seq分析工作流程（SAW）的高性能和准确的空间转录组数据分析工具，显著提高了处理速度和效率 | NA | 提高空间转录组数据分析的效率和准确性 | 空间转录组数据分析中的基因表达信息 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（Stereo-seq） | NA | 转录组数据 | 1 GB reads 1 × 1 cm芯片测试数据 |
| 427 | 2024-10-30 |
Acyloxyacyl Hydrolase Protects against Kidney Injury via Inhibition of Tubular CD74-Macrophage Crosstalk
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.91237
PMID:38904010
|
研究论文 | 研究了乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）通过抑制肾小管上皮细胞CD74信号通路来保护肾脏免受损伤和纤维化的作用 | 首次揭示了AOAH在肾脏损伤中的保护作用，并提出了通过靶向肾脏AOAH来预防肾纤维化进展的策略 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证AOAH的作用 | 探讨AOAH在肾脏损伤和纤维化中的作用及其机制 | 乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）、肾小管上皮细胞（PTECs）、巨噬细胞 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了野生型（WT）和AOAH缺失的小鼠模型 |
| 428 | 2024-10-30 |
CD8 T cells induce the peritubular capillary rarefaction during AKI to CKD transition
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96812
PMID:38904017
|
研究论文 | 研究探讨了CD8 T细胞在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中诱导肾小管周围毛细血管稀疏的作用 | 首次揭示了CD8 T细胞通过CXCL16-CXCR6途径介导的巨噬细胞招募，诱导内皮细胞凋亡，从而在AKI向CKD转变过程中导致肾小管周围毛细血管稀疏 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其机制 | 探讨AKI向CKD转变过程中CD8 T细胞的作用机制 | CD8 T细胞在AKI向CKD转变中的作用及其机制 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的单细胞RNA测序数据 |
| 429 | 2024-10-30 |
Seeing or believing in hyperplexed spatial proteomics via antibodies: New and old biases for an image-based technology
2024, Biological imaging
DOI:10.1017/S2633903X24000138
PMID:39464237
|
研究论文 | 本文重新评估了通过抗体免疫检测进行超复用空间蛋白质组学（即>15个标记）的各个步骤，发现人眼在图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等过程中存在局限性 | 本文提出了BRAQUE工具，能够在标记无关的方式下从低信噪比的标记中提取粒度信息，并发现现有抗体在超复用免疫染色中的非预期染色结果，强调了更新抗体特异性定义的必要性 | 人眼在区分灰度和亮度水平方面存在局限性，且仅选择包含可见信号的图像进行分析 | 重新评估超复用空间蛋白质组学中的各个步骤，探讨人眼在其中的作用及其局限性 | 超复用空间蛋白质组学中的图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等步骤 | 数字病理学 | NA | 抗体免疫检测 | NA | 图像 | 公共人类淋巴结数据集 |
| 430 | 2024-10-30 |
Integrating anoikis and ErbB signaling insights with machine learning and single-cell analysis for predicting prognosis and immune-targeted therapy outcomes in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446961
PMID:39464883
|
研究论文 | 本研究通过整合凋亡和ErbB信号通路，利用机器学习和单细胞分析技术，预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 开发了Anoikis-ErbB相关签名（AERS）模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | NA | 预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 肝细胞癌患者的预后和免疫靶向治疗效果 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO + RSF | 基因表达数据 | 包括TCGA、ICGC和三个独立验证队列以及内部队列的数据 |
| 431 | 2024-10-30 |
Gastrointestinal stromal tumors regulate macrophage M2 polarization through the MIF/CXCR4 axis to immune escape
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1431535
PMID:39464891
|
研究论文 | 研究胃肠道间质瘤（GIST）中免疫细胞的浸润及其在肿瘤进展中的作用 | 发现MIF/CXCR4轴是巨噬细胞与肿瘤细胞之间最常见的配体-受体相互作用，并揭示了GIST细胞通过该轴调节巨噬细胞M2极化的机制 | 仅限于体外实验和80个GIST样本的免疫组化分析，缺乏更大规模和更全面的体内研究 | 探讨GIST中浸润免疫细胞的类型及其与肿瘤进展的关系 | 胃肠道间质瘤（GIST）中的免疫细胞浸润及其作用 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、实时PCR | NA | RNA | 80个GIST样本 |
| 432 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-seq analysis revealed the stemness of a specific cluster of B cells in acute lymphoblastic leukemia progression
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18296
PMID:39465162
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了急性淋巴细胞白血病进展中B细胞的干细胞特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了急性淋巴细胞白血病中B细胞的干细胞特性及其在疾病进展中的关键作用 | 研究样本仅来自GEO数据库，可能存在数据偏差；未涉及临床试验验证 | 探讨急性淋巴细胞白血病中B细胞在调节免疫微环境中的关键作用 | 急性淋巴细胞白血病中的B细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 急性淋巴细胞白血病和健康样本的单细胞RNA测序数据 |
| 433 | 2024-10-30 |
Integration of ubiquitination-related genes in predictive signatures for prognosis and immunotherapy response in sarcoma
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446522
PMID:39469643
|
研究论文 | 研究分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式、预后意义及其机制，并构建了预测模型 | 首次系统分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建了预测模型 | 研究主要基于公共数据库和临床样本，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建预测模型 | 泛素化相关基因在肉瘤中的表达及其预后意义 | 数字病理学 | 肉瘤 | RT-qPCR | LASSO-Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA-SARC数据库中的样本及GEO数据库和临床组织样本 |
| 434 | 2024-10-29 |
Established and emerging techniques for the study of microglia: visualization, depletion, and fate mapping
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1317125
PMID:38425429
|
综述 | 本文综述了用于研究小胶质细胞的现有和新兴技术，包括可视化、耗竭和命运图谱 | 介绍了用于研究小胶质细胞形态、超微结构和动力学的标记工具和报告模型，以及用于选择性小胶质细胞耗竭和调节的策略 | NA | 旨在全面讨论这些现有和新兴技术，并应用于研究小胶质细胞在发育、稳态和中枢神经系统病理中的作用 | 小胶质细胞及其在中枢神经系统中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 435 | 2024-10-29 |
moSCminer: a cell subtype classification framework based on the attention neural network integrating the single-cell multi-omics dataset on the cloud
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17006
PMID:38426141
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力神经网络的细胞亚型分类框架moSCminer，该框架整合了单细胞多组学数据集 | 首次将三种单细胞多组学数据集（基因表达、DNA甲基化和DNA可及性）整合用于细胞亚型识别，并利用注意力机制学习各组学特征的相对重要性 | NA | 开发一种自动化的计算预测框架，用于从单细胞多组学数据中准确注释细胞亚型 | 单细胞多组学数据集中的细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学测序 | 注意力神经网络 | 多组学数据 | NA |
| 436 | 2024-10-29 |
Macrophage-Myofibroblast Transition as a Potential Origin for Skeletal Muscle Fibrosis After Injury via Complement System Activation
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S450599
PMID:38384372
|
研究论文 | 研究急性骨骼肌损伤后肌成纤维细胞的来源及其在纤维化形成中的作用 | 首次证明急性损伤后骨骼肌中存在巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变，并揭示补体系统在此过程中的激活作用 | 需要更多证据直接支持巨噬细胞向肌成纤维细胞转变在急性损伤后骨骼肌纤维化中的促纤维化作用 | 探讨急性骨骼肌损伤后纤维化的来源及其机制，为开发抗纤维化疗法提供依据 | 小鼠急性骨骼肌损伤后的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨骼肌样本 |
| 437 | 2024-10-29 |
Establishment of a chemokine-based prognostic model and identification of CXCL10+ M1 macrophages as predictors of neoadjuvant therapy efficacy in colorectal cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1400722
PMID:39170612
|
研究论文 | 本文构建了一个基于趋化因子的预测模型，并识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为预测新辅助治疗效果的标志物 | 本文首次将趋化因子与新辅助治疗效果关联，并利用单细胞RNA测序技术识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为潜在的治疗反应预测因子 | 本文的验证主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要在更多临床样本中进行验证 | 构建一个基于趋化因子的预测模型，以帮助风险分层和个性化治疗 | 结直肠癌患者的新辅助治疗效果 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox预测模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 438 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
|
研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 439 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
|
研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 440 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |