单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2024-10-21	A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity 2024-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574538 PMID:38260392	研究论文	本文构建了一个全面的神经母细胞瘤细胞图谱，揭示了肿瘤异质性的发育、表观遗传和空间轴	首次整合了单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学和两种空间蛋白质组学方法，全面分析了神经母细胞瘤的复杂异质性	NA	揭示神经母细胞瘤的发育、表观遗传和空间异质性	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质组数据	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本
402	2024-10-21	Control of cardiac contractions using Cre-lox and degron strategies in zebrafish 2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2309842121 PMID:38194447	研究论文	本文比较了两种遗传方法通过调节斑马鱼中必需的肌节蛋白Tnnt2a的水平来控制心脏收缩	本文首次使用Cre-lox和degron策略在斑马鱼中实现对心脏收缩的非侵入性控制，具有高空间和时间特异性	本文未详细讨论这些方法在其他物种中的适用性	研究如何通过遗传方法控制心脏收缩，以了解其对器官发育和稳态的影响	斑马鱼中的心脏收缩和Tnnt2a蛋白水平	NA	NA	Cre-lox重组和degron降解系统	NA	单细胞转录组数据	多个斑马鱼品系和单细胞样本
403	2024-10-21	Evaluating spatially variable gene detection methods for spatial transcriptomics data 2024-01-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03145-y PMID:38225676	研究论文	本文系统评估了多种空间变异基因检测方法在空间转录组数据中的表现	首次对多种空间变异基因检测方法进行了系统评估，涵盖了不同组织类型、生物技术和空间分辨率的数据集	缺乏对方法选择的具体建议	评估不同空间变异基因检测方法的性能，为方法选择提供参考	空间变异基因检测方法及其在下游应用中的表现	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	大量空间转录组数据集，涵盖不同组织类型、生物技术和空间分辨率
404	2024-10-21	COFFEE: Consensus Single Cell-Type Specific Inference for Gene Regulatory Networks 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574445 PMID:38260386	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	COFFEE算法整合了10种已有的基因调控网络推断方法，相比单个算法在合成、精选和实验数据集上表现出更好的性能	NA	扩展共识方法到scRNA-seq数据，提高基因调控网络推断的准确性	scRNA-seq数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	共识算法	基因表达数据	NA
405	2024-10-21	Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease 2024-Jan-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574422 PMID:38260617	研究论文	研究通过空间分析皮肤狼疮中的界面皮炎，揭示了驱动疾病的新型趋化因子配体-受体对	首次通过空间转录组学和空间蛋白质组学技术，结合数字空间分析，揭示了皮肤狼疮中界面皮炎的免疫发病机制	研究主要集中在皮肤样本上，未涉及全身性狼疮的全面分析	深入理解皮肤狼疮红斑（CLE）的免疫发病机制	皮肤狼疮红斑中的界面皮炎反应	数字病理学	自身免疫性疾病	数字空间分析（DSP）	NA	蛋白质	184种蛋白质分析物，以及来自健康和CLE捐赠者的外周血单核细胞（PBMCs）
406	2024-10-21	Perspective from single-cell sequencing: Is inflammation in acute ischemic stroke beneficial or detrimental? 2024-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14510 PMID:37905592	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中（AIS）中的应用，探讨了不同细胞类型在AIS早期阶段的作用及其对预后的影响	首次系统总结了单细胞测序在AIS中的最新研究，揭示了不同细胞亚群在AIS后的功能和表型变化	NA	探讨单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中中的应用，揭示不同细胞类型及其亚群在AIS后的作用机制	微胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、神经元、中性粒细胞、单核细胞和淋巴细胞及其亚群	数字病理	脑血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	NA
407	2024-10-21	Integrating bulk and single-cell data to predict the prognosis and identify the immune landscape in HNSCC 2024-01, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18009 PMID:37882107	研究论文	研究通过整合bulk和单细胞数据，预测HNSCC的预后并识别免疫景观	利用单细胞RNA测序技术和Scissor算法，揭示了HNSCC中内皮细胞的机制多样性及其与患者预后的复杂相互作用	NA	阐明HNSCC中内皮细胞在肿瘤微环境中的作用，并构建预后风险模型	HNSCC中的内皮细胞及其与患者预后的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
408	2024-10-21	Reconstructing growth and dynamic trajectories from single-cell transcriptomics data 2024, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-023-00763-w PMID:38274364	研究论文	本文介绍了一种名为TIGON的动态非平衡最优传输算法，用于从单细胞转录组数据中重建动态轨迹和种群增长	提出了TIGON算法，结合Wasserstein-Fisher-Rao距离的无量纲公式，通过深度学习方法解决高维最优传输问题	NA	开发一种方法从时间序列单细胞RNA测序数据中重建动态轨迹和种群增长	单细胞转录组数据中的动态轨迹和种群增长	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	转录组数据	三个scRNA-seq数据集
409	2024-10-21	Single-cell mRNA sequencing of giant panda (Ailuropoda melanoleuca) seminoma reveals the cellular and molecular characteristics of tumour cells 2024-01, Veterinary medicine and science IF:1.8Q2 DOI:10.1002/vms3.1348 PMID:38227708	研究论文	研究使用单细胞mRNA测序技术分析大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征	首次利用单细胞RNA测序技术分析大熊猫睾丸肿瘤的细胞状态和分子机制	样本量较小，仅基于一只大熊猫的睾丸肿瘤	探讨大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征	大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子机制	数字病理学	其他疾病	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	一只大熊猫的睾丸肿瘤样本
410	2024-10-21	EAAT3 impedes oligodendrocyte remyelination in chronic cerebral hypoperfusion-induced white matter injury 2024-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14487 PMID:37803915	研究论文	研究EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中对少突胶质细胞再髓鞘化的影响	首次证明慢性脑低灌注中异常高水平的少突胶质细胞EAAT3会损害少突胶质前体细胞的再髓鞘化作用，从而阻碍白质修复和功能恢复	NA	探讨EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中的作用及其对少突胶质细胞再髓鞘化的影响	少突胶质细胞、少突胶质前体细胞、脑白质	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blot	NA	RNA序列、蛋白质表达	使用小鼠模型进行研究，包括脑损伤模型和脑低灌注模型
411	2024-10-21	A relay velocity model infers cell-dependent RNA velocity 2024-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01728-5 PMID:37012448	研究论文	本文介绍了一种名为cellDancer的可扩展深度神经网络，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞依赖的RNA速度	cellDancer通过局部推断每个细胞的速度，并将其邻近细胞的速度传递，从而提供单细胞分辨率的RNA速度动力学推断	NA	克服现有RNA速度模型在多阶段或多谱系细胞状态转换实验中的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	RNA测序数据	NA
412	2024-10-21	Anoikis-related CTNND1 is associated with immuno-suppressive tumor microenvironment and predicts unfavorable immunotherapeutic outcome in non-small cell lung cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.89542 PMID:38169514	研究论文	研究探讨了与细胞凋亡相关的基因CTNND1在非小细胞肺癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系	首次揭示了CTNND1作为预测非小细胞肺癌免疫治疗反应的新型生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的临床验证	探索细胞凋亡相关基因与非小细胞肺癌肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系	非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个公共数据库和内部队列的非小细胞肺癌样本
413	2024-10-21	Establishment of a tumor-associated fibroblast associated gene score based on scRNA-seq to predict prognosis in patients with triple-negative breast cancer 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311801 PMID:39418248	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，用于预测三阴性乳腺癌患者的预后	首次基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，并验证了其与三阴性乳腺癌患者预后的相关性	研究仅基于特定数据集，结果的普适性有待进一步验证	研究肿瘤微环境中肿瘤相关成纤维细胞的异质性，并建立基因评分以预测三阴性乳腺癌患者的预后	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GSE118389和GSE103091数据集，涉及多个三阴性乳腺癌患者的样本
414	2024-10-20	Single-cell sequencing reveals increased LAMB3-positive basal keratinocytes and ZNF90-positive fibroblasts in autologous cultured epithelium 2024-01-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05747-5 PMID:38200141	研究论文	研究在无血清和无饲养层条件下培养的自体表皮移植的安全性和有效性，并与传统条件进行比较	发现无血清和无饲养层培养的表皮中LAMB3阳性基底角质形成细胞和ZNF90阳性成纤维细胞数量增加，这些细胞在色素再生中起关键作用	研究仅限于稳定期的白癜风患者，未涉及其他疾病或更广泛的患者群体	探讨无血清和无饲养层条件下自体表皮移植的安全性和有效性	自体表皮移植在无血清和无饲养层条件下的细胞组成和功能	数字病理学	白癜风	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	稳定期白癜风患者
415	2024-10-20	Profiling the heterogeneity of colorectal cancer consensus molecular subtypes using spatial transcriptomics 2024-Jan-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-023-00488-4 PMID:38200223	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，解析了结直肠癌共识分子亚型的空间细胞和分子组成	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境中的细胞通讯事件	NA	进一步阐明结直肠癌的组成和结构，以推进个性化治疗	结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
416	2024-10-20	Single-cell transcriptomic analysis reveals tumor cell heterogeneity and immune microenvironment features of pituitary neuroendocrine tumors 2024-01-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01267-3 PMID:38167466	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了垂体神经内分泌肿瘤的细胞异质性和免疫微环境特征	揭示了垂体神经内分泌肿瘤的内在细胞异质性和肿瘤微环境特征，发现了一种新的具有侵袭性特征的皮质激素瘤亚型	NA	研究垂体神经内分泌肿瘤的细胞特征和免疫微环境	垂体神经内分泌肿瘤及其免疫微环境	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4个正常样本和24个垂体神经内分泌肿瘤样本
417	2024-10-20	ZNF689 deficiency promotes intratumor heterogeneity and immunotherapy resistance in triple-negative breast cancer 2024-01, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-023-00909-w PMID:38168642	研究论文	研究探讨了ZNF689缺乏如何促进三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	首次揭示了ZNF689缺乏通过激活LINE-1逆转录转座子加剧基因组不稳定性，从而促进肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	NA	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤内异质性与免疫治疗抵抗的关系及其关键决定因素	三阴性乳腺癌患者的多组学数据和免疫治疗数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间分辨转录组学、流式细胞术	NA	多组学数据	260例来自本中心的患者、134例来自TCGA的患者和109例接受免疫治疗的患者
418	2024-10-20	scRNA+TCR-seq reveals the pivotal role of dual receptor T lymphocytes in the pathogenesis of Kawasaki disease and during IVIG treatment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1457687 PMID:39421738	研究论文	本研究通过scRNA-seq和TCR-seq技术，分析了健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞，探讨了双受体T细胞在KD发病机制和IVIG治疗中的作用	首次揭示了双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的关键作用	样本量较小，仅包括3名健康对照和6名KD患者	探讨双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的作用	健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞	免疫学	川崎病	scRNA-seq和TCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据	3名健康对照和6名KD患者
419	2024-10-20	The role of lactylation in plasma cells and its impact on rheumatoid arthritis pathogenesis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1453587 PMID:39421742	研究论文	研究探讨了乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	通过单细胞RNA测序和机器学习技术，首次揭示了乳酸化在浆细胞中的重要作用，并识别出七个核心乳酸化促进基因	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探索乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	浆细胞和类风湿性关节炎患者	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	10,163个细胞
420	2024-10-19	Single-cell sequencing dissects the transcriptional identity of activated fibroblasts and identifies novel persistent distal tubular injury patterns in kidney fibrosis 2024-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50195-0 PMID:38172172	研究论文	通过单细胞转录组测序分析，揭示了激活的成纤维细胞和肾小管上皮细胞损伤的转录特征，并发现了肾纤维化中新的远端小管损伤模式	首次通过单细胞转录组测序揭示了肾纤维化中激活的成纤维细胞的分子和细胞景观，并发现了新的远端小管损伤模式	NA	深入理解肾纤维化的机制，并为慢性肾病（CKD）的靶向治疗提供新策略	肾纤维化中的激活成纤维细胞和肾小管上皮细胞损伤	数字病理学	慢性肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个临床相关的肾纤维化模型