单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-11-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression
2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338241293485
PMID:39497541
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学数据探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中STAT1对LHPP下调的驱动作用 | 发现了STAT1在ESCC发病机制中对LHPP表达的调控作用，揭示了STAT1与LHPP之间的复杂调控回路 | NA | 探索食管鳞状细胞癌（ESCC）的分子机制和细胞动力学，特别是转录因子STAT1及其与LHPP的调控关系 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其细胞系 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 21名ESCC患者 |
| 382 | 2024-11-08 |
Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods
2024, Bioinformatics and biology insights
IF:2.3Q3
DOI:10.1177/11779322241287120
PMID:39502448
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研究论文 | 本文讨论了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法 | 本文首次全面讨论了基准测试方法，并提出了替代的基准数据集和额外的考虑因素 | 本文未具体讨论每种方法的优缺点，而是集中在基准测试方法的讨论上 | 探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试方法 | 单细胞基因调控网络方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 383 | 2024-11-08 |
Ustekinumab affects myofibroblast metabolism to alleviate intestinal fibrosis by targeting KDELC1 in Crohn's disease through multi-machine learning combined with single-cell sequencing analysis
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1476592
PMID:39502647
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研究论文 | 本研究通过多机器学习结合单细胞测序分析，探讨了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因缓解克罗恩病肠道纤维化的机制 | 首次揭示了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因影响肌成纤维细胞代谢，从而缓解肠道纤维化的机制 | 研究样本量较小，且仅限于克罗恩病患者，未来需扩大样本量并验证在其他疾病中的适用性 | 探讨乌司奴单抗在克罗恩病中缓解肠道纤维化的遗传机制 | 克罗恩病患者的肠道组织及健康对照组的肠道组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 单细胞测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 克罗恩病患者和健康对照组的内镜手术标本 |
| 384 | 2024-11-08 |
Histamine and Th2 cytokines independently and synergistically upregulate MMP12 expression in human M2 macrophages
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429009
PMID:39502691
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研究论文 | 研究探讨了组胺和Th2细胞因子在人M2巨噬细胞中独立及协同上调MMP12表达的机制 | 揭示了Th2细胞因子和组胺调控MMP12表达的新机制，可能影响特应性皮炎皮肤屏障稳态 | NA | 研究MMP12在特应性皮炎皮肤病变中的表达及其调控机制 | 特应性皮炎患者的皮肤病变和健康个体的M2巨噬细胞 | NA | 特应性皮炎 | RNA测序 (scRNA-seq), 定量PCR, ELISA | NA | RNA | 特应性皮炎患者和健康个体的M2巨噬细胞样本 |
| 385 | 2024-11-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals Immune Education promotes T cell survival in mice subjected to the cecal ligation and puncture sepsis model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1366955
PMID:38562928
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究免疫教育对小鼠T细胞在盲肠结扎和穿刺脓毒症模型中存活的影响 | 首次通过单细胞RNA测序探讨了免疫教育对小鼠T细胞在脓毒症模型中存活的影响 | 仅在单一早期时间点进行了研究，未探讨长期效应 | 研究免疫教育对小鼠T细胞在脓毒症模型中存活的影响 | 小鼠脾脏T细胞在盲肠结扎和穿刺脓毒症模型中的反应 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组小鼠样本：对照组、免疫教育组、CLP组和免疫教育CLP组 |
| 386 | 2024-11-07 |
Revisiting roles of mast cells and neural cells in keloid: exploring their connection to disease activity
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1339336
PMID:38524141
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研究论文 | 本文探讨了肥大细胞和神经细胞在瘢痕疙瘩中的作用及其与疾病活动的关系 | 首次通过单细胞RNA测序分析了活动性瘢痕疙瘩、非活动性瘢痕疙瘩和成熟瘢痕样本，揭示了肥大细胞和神经细胞在瘢痕疙瘩微环境中的重要作用 | 样本量较小，可能影响结果的普适性 | 阐明肥大细胞和神经细胞在瘢痕疙瘩发病机制中的作用及其与疾病活动的关系 | 瘢痕疙瘩样本中的肥大细胞和神经细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个活动性瘢痕疙瘩样本，4个非活动性瘢痕疙瘩样本，3个成熟瘢痕样本 |
| 387 | 2024-11-07 |
Comprehensive analysis of lactylation-related gene sets and mitochondrial functions in gastric adenocarcinoma: implications for prognosis and therapeutic strategies
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1451725
PMID:39478860
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸化相关基因集和线粒体功能在胃腺癌中的预后意义，并提出了新的治疗策略 | 本研究通过整合大规模基因组数据，利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了胃腺癌中独特的分子亚型及其与生存结果和免疫特征的关系，并提出了优于现有模型的预后模型 | NA | 探讨乳酸化相关基因集和线粒体功能在胃腺癌中的预后意义，并提出新的治疗策略 | 胃腺癌中的乳酸化相关基因集、线粒体功能、肿瘤微环境、分子亚型、免疫细胞浸润和响应 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因组数据 | 大规模基因组数据，包括TCGA和多个GEO数据集 |
| 388 | 2024-11-07 |
Identification and validation of efferocytosis-related biomarkers for the diagnosis of metabolic dysfunction-associated steatohepatitis based on bioinformatics analysis and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1460431
PMID:39497821
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和机器学习方法，识别并验证了与代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）诊断相关的吞噬作用相关生物标志物 | 本研究首次系统地探讨了吞噬作用与MASH之间的关系，并通过机器学习构建了有效的诊断模型 | 本研究主要基于生物信息学分析和机器学习，缺乏大规模临床样本的验证 | 识别并验证与MASH诊断相关的吞噬作用相关生物标志物 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）及其相关的吞噬作用过程 | 机器学习 | 肝病 | 机器学习算法 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 389 | 2024-11-06 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学分析，揭示了COL6A3在狼疮性肾炎中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，揭示了COL6A3在狼疮性肾炎中的显著上调及其在关键信号通路中的重要作用 | 样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别狼疮性肾炎相关的新型生物标志物和治疗靶点，以改善患者的治疗效果和预后 | 狼疮性肾炎患者和健康对照组的单细胞表达数据及蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 狼疮性肾炎患者21例，健康对照组3例，狼疮性肾炎患者9例，无狼疮性肾炎的系统性红斑狼疮患者11例 |
| 390 | 2024-11-06 |
Six3 and Six6 jointly control diverse target genes in multiple cell populations over developmental trajectories of mouse embryonic retinal progenitor cells
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0308839
PMID:39446806
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研究论文 | 研究了Six3和Six6转录因子在鼠胚胎视网膜祖细胞发育轨迹中对多种细胞群体目标基因的共同调控作用 | 首次揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞发育过程中对多种细胞群体目标基因的共同调控机制 | 仅限于鼠胚胎视网膜祖细胞的研究，未涉及其他物种或组织 | 探讨组织特异性祖细胞在器官发生中生成成体组织的分子机制 | 鼠胚胎视网膜祖细胞及其发育轨迹 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 控制组和Six3与Six6复合突变鼠胚胎眼杯样本 |
| 391 | 2024-11-06 |
Tertiary lymphoid structure-related score as a predictor for survival prognosis and immunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483497
PMID:39493749
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研究论文 | 研究构建了一个基于三级淋巴结构相关基因的评分系统，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的生存预后和免疫治疗反应 | 首次构建了基于三级淋巴结构相关基因的评分系统，并验证了其在预测头颈部鳞状细胞癌患者生存预后和免疫治疗反应中的有效性 | 研究主要基于生物信息学方法和体外实验，缺乏大规模临床验证 | 研究旨在开发一种新的预测模型，用于评估三级淋巴结构的存在及其在头颈部鳞状细胞癌患者中的预后和免疫治疗反应 | 头颈部鳞状细胞癌患者及其三级淋巴结构 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序、单细胞测序、流式细胞术 | 评分模型 | 基因数据、单细胞数据 | 23个三级淋巴结构相关基因，头颈部鳞状细胞癌患者样本 |
| 392 | 2024-11-06 |
eMCI: An Explainable Multimodal Correlation Integration Model for Unveiling Spatial Transcriptomics and Intercellular Signaling
2024, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0522
PMID:39494219
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研究论文 | 本文介绍了一种名为eMCI的可解释多模态相关性集成模型，用于揭示空间转录组学和细胞间信号传导 | eMCI通过融合单细胞RNA测序和空间转录组数据，实现了对空间表达模式和细胞间通信的复杂关系的全面分析 | NA | 开发一种新的集成分析框架，以更好地解析空间转录组并阐明细胞间信号传导机制 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 数据融合 | 包括斑马鱼黑色素瘤、大豆根瘤成熟和人类胚胎肺在内的3个跨物种数据集 |
| 393 | 2024-11-06 |
Prognostic and therapeutic potential of gene profiles related to tertiary lymphoid structures in colorectal cancer
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18401
PMID:39494300
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研究论文 | 本研究开发了一种新的三级淋巴结构（TLS）量化系统，用于预测结直肠癌的预后和治疗反应，并全面描绘了TLS的景观 | 首次建立了TLS评分系统，并验证了其在预测免疫治疗效果中的有效性 | NA | 探讨三级淋巴结构在结直肠癌中的预后和治疗潜力 | 结直肠癌患者的三级淋巴结构及相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1184名结直肠癌患者 |
| 394 | 2024-11-06 |
Targeting PLCG2 Suppresses Tumor Progression, Orchestrates the Tumor Immune Microenvironment and Potentiates Immune Checkpoint Blockade Therapy for Colorectal Cancer
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.98200
PMID:39494327
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研究论文 | 研究探讨了PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤微环境和增强免疫检查点阻断疗法中的作用 | 首次发现PLCG2可作为预测结直肠癌预后、优化个体化治疗、逆转免疫逃逸和克服免疫检查点阻断疗法耐药性的精确生物标志物和潜在治疗靶点 | NA | 探索PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤微环境和增强免疫检查点阻断疗法中的作用 | PLCG2在结直肠癌中的表达、预后意义、临床相关性及其生物学功能 | 癌症研究 | 结直肠癌 | RNA-seq, 蛋白质印迹, qRT-PCR, 多色免疫荧光, 多重免疫组化, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组 | NA |
| 395 | 2024-11-06 |
Reconstruction of the Hepatic Microenvironment and Pathological Changes Underlying Type II Diabetes through Single-Cell RNA Sequencing
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.99176
PMID:39494341
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术重建了2型糖尿病小鼠肝脏微环境及其病理变化 | 揭示了肝星状细胞的激活加剧了代谢相关脂肪性肝病向脂肪性肝炎的发展，并发现了新的Kupffer细胞亚群及其在糖尿病小鼠肝脏炎症中的潜在作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨2型糖尿病对肝脏微环境的影响及其病理变化 | 2型糖尿病小鼠的肝脏 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个2型糖尿病小鼠模型 |
| 396 | 2024-11-06 |
Corrigendum: Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1508292
PMID:39497818
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-11-04 |
Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18362
PMID:39484208
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析 | 探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略 | 肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个原发性肝癌样本 |
| 398 | 2024-11-02 |
Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020903
PMID:37922454
|
研究论文 | 研究揭示了regnase-1和regnase-3通过调控Nfkbiz mRNA的降解，影响造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的淋巴-髓系分化倾向 | 首次阐明了regnase-1和regnase-3在HSPCs中通过调控Nfkbiz mRNA的降解，决定淋巴系命运并限制髓系分化的机制 | NA | 探讨造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中淋巴-髓系分化倾向的调控机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序 | NA | RNA | NA |
| 399 | 2024-10-26 |
IDEIS: a tool to identify PTPRC/CD45 isoforms from single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446931
PMID:39445006
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IDEIS的工具，用于从单细胞转录组数据中识别PTPRC/CD45的异构体 | IDEIS软件能够直接从单细胞转录组数据中量化CD45异构体，无需生成额外的DNA测序文库 | NA | 开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中准确识别和量化CD45异构体 | PTPRC/CD45基因的异构体及其在免疫细胞亚群中的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 使用10× Genomics 5'测序技术生成的数据集 |
| 400 | 2024-11-02 |
Identifying HIF1A and HGF as two hub genes in aortic dissection and function analysis by integrating RNA sequencing and single-cell RNA sequencing data
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1475991
PMID:39479394
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研究论文 | 通过整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其功能 | 首次整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其在单细胞水平的功能 | 研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证 | 探索主动脉夹层的调控机制，为诊断和治疗提供参考 | 主动脉夹层的关键基因及其功能 | 基因表达 | 心血管疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个AD相关数据集，包括GSE153434、GSE98770、GSE52093和GSE213740 |