单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
22	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
23	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
24	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠
25	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
26	2025-03-11	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步协议，适用于生成高质量的单细胞多组学数据集	提供了从鼠类和人类胸腺以及鼠类骨骼和骨髓中分离基质细胞的详细步骤，并讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未明确提及研究的局限性	研究造血器官中基质细胞的分离方法，以生成高质量的单细胞多组学数据集	鼠类和人类的胸腺、鼠类的骨骼和骨髓	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本数量
27	2025-03-09	Insights into midgut cell types and their crucial role in antiviral immunity in the lepidopteran model Bombyx mori 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1349428 PMID:38420120	综述	本文综述了鳞翅目模型家蚕中肠细胞类型及其在抗病毒免疫中的关键作用	揭示了昆虫中肠细胞类型与免疫防御机制之间的复杂相互作用，并利用单细胞转录组学技术发现了中肠细胞中以前未被识别的亚群	NA	探讨昆虫中肠细胞类型在消化和免疫中的复杂作用	家蚕的中肠细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
28	2025-03-08	Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-230861 PMID:38217599	综述	本文综述了单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病研究中的应用	单细胞测序技术能够在个体细胞水平上研究复杂疾病，克服了传统批量测序无法反映细胞异质性的问题	NA	探讨单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用	阿尔茨海默病	数字病理学	老年病	单细胞测序技术，包括转录组学、表观基因组学、基因组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
29	2025-03-06	The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498031 PMID:39640482	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控全景，并构建了一个基于机器学习的预后预测模型	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC的表观遗传调控全景，并构建了一个基于17个表观遗传基因的机器学习预后模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现出色（AUC >0.7）	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据异质性和偏差	探索表观遗传调控在PDAC进展和药物反应中的作用，并构建一个预后预测模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、Lasso、随机生存森林	机器学习模型	RNA测序数据、临床数据	多个公共数据库中的数据，具体样本数量未明确
30	2025-03-02	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.16.575895 PMID:38293110	研究论文	本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的代谢重塑作用及其对肿瘤生长和进展的促进作用	揭示了铜通过调控线粒体呼吸链复合物、谷胱甘肽代谢和NRF2靶基因的表达，协调生物能量产生与氧化还原保护，促进ccRCC的进展	未明确铜积累与ccRCC进展的具体分子机制，且未涉及铜靶向治疗的临床验证	探讨铜在ccRCC代谢重塑和肿瘤进展中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	肿瘤代谢	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
31	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
32	2025-03-01	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序数据中激活KIR基因表达不足的问题，指出这是由于KIR基因的错误分配所致	揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在KIR转录本分配上的倾向性问题，特别是激活KIR转录本常被误分类为抑制性KIR表达	未提及具体的研究限制	研究单细胞RNA测序数据中KIR基因表达量的准确性	KIR基因转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
33	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织
34	2025-02-26	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本文通过整合小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用	首次通过整合多个公共单细胞RNA测序数据集，揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗支持细胞	生物信息学	听力损失	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	多个公共数据集，涵盖E14到P33阶段的小鼠耳蜗样本
35	2025-02-23	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-Jan-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本文提出了一种基于现实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，能够在现实医疗场景中识别独特的差异基因，并验证了DDX47在多种情况下的诊断价值	研究依赖于有限的数据库和单一医院的样本，可能影响结果的普适性	探索基因表达谱在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
36	2025-02-21	The transcription factor Aiolos restrains the activation of intestinal intraepithelial lymphocytes 2024-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01693-w PMID:38049581	研究论文	本文研究了转录因子Aiolos在肠道上皮内淋巴细胞（IELs）激活中的调控作用	揭示了Aiolos通过调控IL-15信号和细胞溶解程序来限制IELs的激活，并发现Ikzf3缺陷增加了染色质可及性和组蛋白乙酰化	Ikzf3缺陷仅部分解释了观察到的表型，其他机制可能也参与其中	探讨Aiolos在IELs激活中的调控机制	肠道上皮内淋巴细胞（IELs）	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Ikzf3缺陷和正常小鼠的IELs
37	2025-02-21	High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656 PMID:39968047	研究论文	本文验证了使用微流控和半透胶囊技术从污水和猪粪便样本中分离单个细菌细胞的方法，并通过高通量测序揭示了微生物多样性	结合微流控和半透胶囊技术，实现了单个细菌细胞的高通量测序，并成功应用于污水和粪便样本的微生物多样性研究	样本来源仅限于污水和猪粪便，未涉及其他环境或临床样本	开发并验证一种高通量单细胞测序方法，用于研究复杂微生物群落中的单个细菌细胞	污水和猪粪便样本中的微生物群落	微生物组学	NA	单细胞测序、微流控技术、半透胶囊技术、组合拆分-合并单扩增基因组（SAG）条形码技术、短读长测序	NA	基因组数据	污水样本：1,796 SAGs（深度测序）和12,731 SAGs（浅度测序）；猪粪便样本：1,220 SAGs（深度测序）和17,909 SAGs（浅度测序）
38	2025-02-20	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了MF中恶性T细胞从组织驻留记忆T细胞（TRMs）向中央记忆T细胞（TCMs）表型转变的轨迹，并发现了CAFs在肿瘤微环境中的活跃作用及其与恶性T细胞之间的正反馈机制	研究样本量有限，且主要关注晚期MF患者，未涵盖早期MF的全面分析	探讨MF的发病机制及肿瘤微环境在疾病进展中的作用	晚期MF患者及健康对照者的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者及健康对照者的样本
39	2025-02-19	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	本研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨了它们在Sjögren病（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在SjD相关自身免疫性泪腺炎（AD）的两种小鼠模型中，系统地比较了血清和泪液中的自身抗体谱，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG具有更大的多样性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SjD患者中进行验证	探讨SjD相关AD小鼠模型中血清和泪液自身抗体的特征及其诊断潜力	NOD和NOR小鼠的血清和泪液	免疫学	Sjögren病	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	血清和泪液样本、单细胞RNA测序数据	两种SjD小鼠模型（NOD和NOR）及健康对照BALB/c小鼠
40	2025-02-19	Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1506401 PMID:39958873	研究论文	本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的潜在机制	揭示了mTOR/RILP通路在糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损中的作用，并提出了通过调节该通路来恢复自噬流和改善心肌易损性的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的机制	糖尿病小鼠的心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、HE染色、透射电子显微镜、qRT-PCR、WB	NA	基因表达数据、组织图像	糖尿病小鼠的心肌细胞