单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Based on EcoTyper Machine Learning Framework Identifies Cell-State-Specific M2 Macrophage Markers Associated with Gastric Cancer Prognosis 2024, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S490075 PMID:39678138	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper机器学习框架，识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物	首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper框架识别与胃癌预后相关的M2巨噬细胞标记物，揭示了肿瘤生态系统的异质性	NA	识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物，揭示肿瘤微环境中的细胞状态变化	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其细胞状态	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和bulk RNA测序	机器学习框架（EcoTyper）	RNA测序数据	NA
22	2024-12-18	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本文研究了胆固醇代谢基因在结肠癌中的空间多样性特征，并探讨了其与患者预后的关系	使用eXtreme Gradient Boosting (XGBoost)模型结合胆固醇代谢基因，显著提高了结肠癌患者风险分层的准确性	NA	探讨胆固醇代谢与结肠癌预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点	结肠癌患者的肿瘤样本和邻近正常组织样本	数字病理学	结肠癌	空间转录组学	XGBoost	基因表达数据	来自TCGA结肠癌腺癌项目的配对肿瘤和邻近正常样本
23	2024-12-18	Building a FAIR data ecosystem for incorporating single-cell transcriptomics data into agricultural genome to phenome research 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1460351 PMID:39678381	研究论文	本文探讨了如何构建一个FAIR数据生态系统，将单细胞转录组学数据整合到农业基因组到表型研究中	本文利用人类基因组学基础设施的最新进展，开发了连接不同资源的数据工具，并扩展了功能以实现数据在不同平台间的传输和分析	本文仅描述了一个试点项目，未来需要进一步构建更完善的数据资源和分析生态系统	构建一个基于FAIR原则的科学家友好的数据资源和分析生态系统，以促进单细胞水平的基因组分析	单细胞转录组学数据在农业基因组到表型研究中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	包括植物、原生生物和动物（包括人类）的高通量测序数据集
24	2024-12-18	Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346 PMID:39687623	研究论文	本文通过空间转录组学和多表位配体绘图技术，研究了HIV感染的肯尼亚性工作者宫颈外组织的免疫细胞图谱	首次结合空间转录组学和多表位配体绘图技术，深入分析了慢性HIV感染下宫颈外组织的免疫景观	样本仅来自肯尼亚的性工作者，可能限制了研究结果的普适性	研究慢性HIV感染对宫颈外组织免疫景观的影响	HIV感染和未感染的肯尼亚女性性工作者的宫颈外组织	数字病理学	HIV感染	空间转录组学，多表位配体绘图	NA	组织样本	HIV阳性组和阴性组的宫颈外组织样本
25	2024-12-17	Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types 2024-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44742-0 PMID:38233398	研究论文	本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和基因表达（scRNA-seq）数据，识别了与疾病相关的重要胎儿和成人脑细胞类型	首次将GWAS与scATAC-seq数据整合，识别出更多与疾病相关的重要脑细胞类型	研究仅限于28种脑相关疾病/特征，且样本量和细胞类型数量有限	通过整合GWAS与单细胞功能数据，优先识别与疾病相关的重要细胞类型	胎儿和成人脑细胞类型	数字病理学	神经系统疾病	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	28种脑相关疾病/特征的GWAS汇总统计数据（平均N=298K），320万scATAC-seq和scRNA-seq数据，83种细胞类型
26	2024-12-16	Analyzing scRNA-seq data by CCP-assisted UMAP and tSNE 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311791 PMID:39671349	研究论文	本文研究了如何通过CCP辅助的UMAP和tSNE方法分析scRNA-seq数据，以提高可视化和准确性	本文引入了CCP方法作为UMAP和tSNE的初始化工具，显著提高了这两种降维技术的可视化和准确性	NA	提高scRNA-seq数据分析的准确性和可视化效果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	21个公开数据集
27	2024-12-15	An update on periodontal inflammation and bone loss 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436 PMID:38919613	研究论文	本文更新了牙周炎和骨丢失的研究进展，重点介绍了单细胞RNA测序和动物研究在理解细菌引发的免疫反应中的新发现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和动物研究提供了关于细菌引发牙周炎和牙龈炎的免疫反应的新见解	NA	探讨牙周炎的免疫反应机制及其与全身性疾病的关联，为开发新的治疗策略提供依据	牙周炎及其引发的免疫反应，以及其对全身性疾病的影响	NA	牙周病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
28	2024-12-15	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，比较了视网膜和大脑微胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞驱动的炎症反应中的差异	首次揭示了视网膜和大脑微胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞驱动的炎症反应中的差异，并验证了这些差异在系统性病毒感染和CD8+ T细胞驱动的自身免疫疾病中的组织特异性	研究仅在LCMV感染的小鼠模型中进行了验证，可能需要进一步在其他模型和人类样本中进行验证	探讨视网膜和大脑微胶质细胞在不同微环境下的基因表达差异及其在炎症反应中的作用	视网膜和大脑的微胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多参数流式细胞术	NA	基因表达数据	20只眼睛和3个大脑的野生型小鼠样本
29	2024-12-15	Genomic tumor evolution dictates human medulloblastoma progression 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae172 PMID:39659836	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析了髓母细胞瘤的肿瘤进化过程，揭示了不同分子亚组的肿瘤细胞相互作用及其与拷贝数变异的关系	首次通过单细胞测序数据揭示了髓母细胞瘤的肿瘤进化轨迹，并识别了早期和晚期标记物，特别是SOX4的上调作为Group 3和Group 4髓母细胞瘤的潜在治疗靶点	研究样本量较小，且仅限于14名患者，可能无法全面代表所有髓母细胞瘤患者的情况	揭示髓母细胞瘤的肿瘤进化机制，特别是Group 3和Group 4亚组的肿瘤进展	髓母细胞瘤的肿瘤细胞及其分子亚组	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	14名髓母细胞瘤患者
30	2024-12-15	Expression of programmed death receptor-1 ligand (PD-L1) in human cancer is of prognostic value and associated with macrophage infiltration 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99781 PMID:39668828	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析评估了PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	首次通过单细胞RNA测序数据分析发现PD-L1在肿瘤相关巨噬细胞上的表达与某些癌症的免疫治疗反应相关	研究依赖于现有数据库的数据，可能存在数据偏差和局限性	评估PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	PD-L1在不同癌症中的表达及其与患者总体生存率和巨噬细胞浸润的关系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
31	2024-12-15	Senescence Reprogramming by MTHFD2 Deficiency Facilitates Tumor Progression 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99168 PMID:39668825	研究论文	研究探讨了年龄对癌症预后的影响，并开发了一个基于基因的衰老相关预后模型	首次揭示了MTHFD2在癌症衰老中的关键作用，其缺失通过诱导细胞衰老和促进衰老相关分泌表型（SASP）促进肿瘤生长	研究主要基于基因表达和单细胞RNA测序数据，可能缺乏对其他潜在因素的全面考虑	探讨年龄对癌症预后的影响，并开发衰老相关预后模型	老年和年轻癌症患者的肿瘤样本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	收集了老年和年轻癌症患者的肿瘤样本
32	2024-12-15	Evaluating the prognostic potential of telomerase signature in breast cancer through advanced machine learning model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462953 PMID:39669558	研究论文	本文通过先进的机器学习模型评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	开发了一种基于机器学习的端粒酶特征（MLTS），并展示了其在乳腺癌预后中的优越预测性能	未来研究需要进一步整合MLTS与其他分子特征以增强其临床应用	评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	乳腺癌患者的生存预后	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	机器学习模型	多组学数据	九个独立的乳腺癌数据集
33	2024-12-15	The effector function of mucosal associated invariant T cells alters with aging and is regulated by RORγt 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1504806 PMID:39669566	研究论文	本研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在衰老过程中的转录组和功能变化，并揭示了RORγt在调节这些变化中的作用	首次揭示了衰老过程中MAIT细胞从MAIT17到MAIT1的功能转变，并发现RORγt在调节这一转变中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肠道MAIT细胞，可能无法完全反映其他组织或物种中的情况	探讨衰老对MAIT细胞功能的影响及其潜在的分子机制	肠道中的MAIT细胞及其在衰老过程中的转录组和功能变化	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肠道MAIT细胞样本
34	2024-12-15	Integrated immunogenomic analyses of high-grade serous ovarian cancer reveal vulnerability to combination immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489235 PMID:39669575	研究论文	本文通过综合免疫基因组分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了其对联合免疫治疗的脆弱性	开发了一个24基因特征来预测BRCAness，并创建了一个网络应用程序和R包OvRSeq，用于全面表征卵巢癌患者样本并评估对联合免疫治疗的脆弱性	NA	研究高级别浆液性卵巢癌对联合免疫治疗的反应，并开发预测工具	高级别浆液性卵巢癌患者样本及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	RNA测序、免疫荧光分析、免疫组化	机器学习分类模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个患者队列的数据
35	2024-12-15	Integrative multiomics analysis reveals association of gut microbiota and its metabolites with susceptibility to keloids 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1475984 PMID:39669776	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关联	首次通过整合粪便宏基因组、血浆代谢组和组织代谢组等多组学数据，揭示了肠道微生物及其代谢产物在瘢痕疙瘩形成中的作用	研究样本量较小，且仅限于特定人群，结果的普适性有待进一步验证	探讨肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关系	瘢痕疙瘩患者和正常瘢痕对照组的肠道微生物、血浆代谢物和组织代谢物	数字病理学	皮肤疾病	宏基因组分析、代谢组学、单细胞测序	随机森林模型	粪便宏基因组数据、血浆代谢组数据、组织代谢组数据	瘢痕疙瘩患者56例，正常瘢痕对照组60例，组织代谢组分析分别为35例和32例，靶向组织代谢组分析分别为41例和36例
36	2024-12-14	GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data 2024-Jan-02, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae088 PMID:39658191	研究论文	本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理	提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战	未提及具体的局限性	开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算	大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	GPU加速计算	NA	数据矩阵	未提及具体的样本数量
37	2024-12-14	Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1488137 PMID:39664194	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用	开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力	NA	研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响	乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据	NA	乳腺癌	转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因
38	2024-12-13	Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251 PMID:39664386	研究论文	研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响	揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度	NA	理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用	三阴性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习模型	RNA-seq数据	NA
39	2024-12-14	Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.100607 PMID:39664577	研究论文	本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用	首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性	实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响	恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞	免疫学	癌症	scRNA-seq、代谢组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、代谢物数据	使用C1qa小鼠MPE模型进行实验
40	2024-12-14	Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation 2024, Biomaterials research IF:8.1Q1 DOI:10.34133/bmr.0089 PMID:39665079	研究论文	本研究探讨了秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发了一种基于纳米载体的秋水仙碱递送系统，以增强痛风炎症的治疗效果	首次揭示了秋水仙碱通过关键基因AHNAK调控巨噬细胞极化的机制，并开发了一种基于R4F-NM@F127纳米载体的秋水仙碱递送系统，能够靶向调节巨噬细胞极化，减少对正常组织的毒性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	探讨秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发一种新的纳米载体系统以增强痛风的治疗效果	痛风小鼠模型中的巨噬细胞极化和炎症反应	NA	痛风	单细胞RNA测序、分子对接、慢病毒干预、生物化学指标检测	NA	单细胞RNA测序数据、生物化学指标数据	小鼠模型和外周血单核细胞样本