单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-24	CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865 PMID:39156133	研究论文	本研究探讨了CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的限制作用	通过单细胞RNA测序技术结合细胞代谢和功能分析，发现了一组以前未定义的ATM亚群，称为“不健康巨噬细胞”，并揭示了CD36在调节脂质代谢和炎症平衡中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中巨噬细胞异质性和功能的调控机制	白色脂肪组织中的巨噬细胞亚群	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、细胞代谢和功能分析	饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型	基因表达数据	使用CD36-null和ApoE/CD36双缺失小鼠模型
22	2025-07-23	Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae064 PMID:38827413	研究论文	介绍了一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法，用于联合分析空间信息和基因表达	STew方法能够有效利用空间信息揭示与基因表达的共同变异，并在聚类准确性和空间域连续性方面表现优异	NA	开发一种可扩展的方法来联合分析空间转录组数据中的空间信息和基因表达	人类背外侧前额叶皮层和小鼠主嗅球数据，以及来自10× Visium、Slide-seqV2和10× Xenium的空间转录组数据	空间转录组学	银屑病	空间转录组技术	多视图表示学习方法	基因表达数据和空间信息数据	包含数千个空间位置的数据集
23	2025-07-23	Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029 PMID:37478901	研究论文	研究通过遗传和功能分析揭示了Cutibacterium acnes菌株与皮肤炎症的关联，特别是线性质粒的作用	揭示了C. acnes菌株类型不足以预测炎症，携带特定质粒可能与疾病相关	研究主要基于体外和小鼠模型，人类皮肤炎症的复杂性可能未被完全捕捉	理解C. acnes不同菌株类型如何影响皮肤炎症	Cutibacterium acnes菌株	微生物学	痤疮	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	健康人群和痤疮患者的皮肤拭子样本
24	2025-07-23	Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae148 PMID:39380691	研究论文	本研究探讨了不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异及其分子机制	发现侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路	研究主要基于体外细胞系实验，需要更多体内实验验证	探究NF2突变脑膜瘤不同级别对YAP活性的依赖性差异	人类脑膜瘤组织样本和体外培养的脑膜瘤细胞系	肿瘤生物学	脑膜瘤	RNA-Seq（包括bulk和单细胞测序）	NA	基因表达数据	大量人类脑膜瘤样本队列
25	2025-07-23	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文提出了一种三步稳健的基准分析方法，用于整合GWAS和scRNA-seq数据，以识别炎症性疾病中与遗传相关的细胞状态和基因	首次对整合GWAS和scRNA-seq数据的三种算法进行了系统比较，并评估了非编码SNP整合方法的敏感性/准确性	研究中使用的scRNA-seq图谱可能不包含疾病组织特异性转录组模式，导致误导性结果	理解免疫介导炎症性疾病的遗传基础，以改进治疗方法	类风湿性关节炎(RA)和溃疡性结肠炎(UC)患者的单细胞数据和GWAS数据	生物信息学	炎症性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	183,742和228,211个细胞，97,173和45,975个GWAS样本
26	2025-07-22	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-01-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	研究探讨了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在ALS和FTD中的潜在机制	揭示了C9orf72通过调控CD80表达和IL-17A信号通路在神经炎症中的作用，为ALS和FTD的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究C9orf72突变在ALS和FTD中引发自身免疫和炎症的分子机制	小鼠造血祖细胞、人类脊髓小胶质细胞	神经免疫学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)、额颞叶痴呆(FTD)	条件性突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种细胞类型和小鼠组织
27	2025-07-22	Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44137-7 PMID:38167262	研究论文	开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于检测细胞谱系定义特征，包括单核苷酸变异、融合基因、异构体、嵌合抗原和TCR序列	提出了一种灵活的长读长测序工作流程nanoranger，能够从单细胞cDNA文库中检测多种细胞谱系定义特征，克服了短读长测序的限制	需要进一步验证nanoranger在其他癌症类型和更大样本量中的适用性	改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法	急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞	基因组学	急性髓系白血病	长读长测序	NA	基因组数据	数千个骨髓浸润免疫细胞
28	2025-07-22	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本研究提出了一种基于真实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，用于在真实医疗场景中识别差异基因，并发现DDX47在多种场景下具有优越的诊断价值	研究仅基于三个数据集，且部分数据来自公共数据库，可能存在样本选择偏差	探索脓毒症和感染性休克的早期诊断方法	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
29	2025-07-22	Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298802 PMID:38394161	研究论文	本研究利用空间转录组学方法识别与眼小梁网高或低流出区域相关的基因，探讨其对房水流出的潜在影响	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台定位眼小梁网分段流出区域的基因表达差异，发现ADAM15等基因在调节ECM/整合素活性中的新作用	研究基于体外器官培养模型，可能与体内生理条件存在差异；样本量未明确说明	探究眼小梁网分段流出区域的分子机制	人类眼前节器官培养物中的小梁网组织	数字病理	青光眼	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP平台）、免疫标记	NA	空间转录组数据、荧光标记图像	NA（未明确说明样本数量）
30	2025-07-22	SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME ANALYSIS IN HEALTH AND DISEASE 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002274 PMID:37962963	综述	本文提供了单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的广泛应用概述	单细胞转录组分析能够揭示组织中的细胞多样性和复杂性，并检测细胞基因表达的随机性	NA	探讨单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的应用	单细胞转录组	生物信息学	多种疾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
31	2025-07-22	The bone marrow of mouse-rat chimeras contains progenitors of multiple pulmonary cell lineages 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1394098 PMID:38694819	研究论文	本研究通过创建小鼠-大鼠嵌合体，探索了骨髓移植在辐射诱导的肺损伤后肺修复中的作用	利用大鼠作为“生物反应器”创建了富含呼吸祖细胞的小鼠骨髓细胞移植，首次发现供体骨髓细胞对肺内皮细胞和基质细胞的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索骨髓移植在辐射诱导肺损伤后肺修复中的作用	小鼠-大鼠嵌合体的骨髓细胞	生物医学	辐射诱导的肺损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术(FACS)、免疫染色	小鼠-大鼠嵌合体模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠-大鼠嵌合体及其骨髓细胞
32	2025-07-22	Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045 PMID:39229279	研究论文	本研究探讨了芳香烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其在结肠炎中的性别依赖性影响	揭示了AhR在IL-22信号通路中的细胞和性别特异性作用，特别是对Bacteroides acidifaciens的调控及其在结肠炎中的性别差异影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究AhR在IL-22产生免疫细胞中的调控作用及其对结肠炎的影响	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、16S rRNA微生物组分析	小鼠模型	基因表达数据、微生物组数据	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠
33	2025-07-22	Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241287120 PMID:39502448	review	本文综述了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法，并讨论了相关术语、金标准研究和数据集、性能指标以及不同基准测试方法的优缺点	提供了关于单细胞基因调控网络方法基准测试的全面讨论，提出了替代的真实数据集和额外的考虑因素	未涉及具体实验验证，主要基于理论和方法论的讨论	探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试策略	单细胞基因调控网络的计算方法和基准测试方法	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
34	2025-07-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	首次在人类中揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的机制，并利用单细胞RNA测序和多重染色技术进行纵向采样分析	样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，多重染色	NA	RNA测序数据，图像数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者的匹配治疗前后肿瘤活检样本
35	2025-07-22	A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells 2024-Jan, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202300571 PMID:40677964	research paper	该研究开发了一种能够自我更新的仿生骨骼肌构建体，使用诱导肌源性祖细胞（iMPCs）实现	利用iMPCs和电纺技术创建了能够自我更新并产生排列整齐肌管的仿生肌肉构建体，首次在体外模拟了骨骼肌的分化和再生过程	研究尚未在体内环境中验证构建体的长期功能和整合能力	开发模拟骨骼肌再生和排列的体外系统，用于基础研究和再生医学	诱导肌源性祖细胞（iMPCs）和仿生骨骼肌构建体	再生医学	肌肉疾病	电纺技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外仿生模型	基因表达数据	NA
36	2025-07-21	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，研究发现视网膜小胶质细胞比脑小胶质细胞表达更多的MHC I类分子，并促进更强的T细胞驱动炎症	首次揭示了视网膜和脑小胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞炎症反应中的显著差异	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究视网膜和脑小胶质细胞在转录组水平和功能上的差异	小鼠视网膜和脑组织中的小胶质细胞	免疫学	病毒感染	scRNA-seq, 多参数流式细胞术	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	20只眼睛和3个脑组织的小鼠样本
37	2025-07-21	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本研究通过梯度提升方法揭示了结肠癌中空间多样性的胆固醇基因特征	使用XGBoost模型结合胆固醇代谢基因提高了结肠癌患者风险分层的准确性，并发现重要基因在肿瘤微环境中的空间分布特征	研究基于TCGA数据库的样本，可能需要更多独立数据集验证	探索胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并改进患者风险分层	结肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织样本	生物信息学	结肠癌	差异基因分析、KEGG通路分析、空间转录组学(ST)、免疫组织化学	Cox比例风险模型(CPH)、随机森林(RF)、Lasso回归(LR)、XGBoost	基因表达数据、空间转录组数据	TCGA结肠腺癌项目中的配对肿瘤和邻近正常样本
38	2025-07-21	The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305 PMID:39872537	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性	首次揭示了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的染色质可及性特征，并阐明了孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和胎儿神经发育的潜在影响	研究样本仅来自无并发症的足月妊娠，可能无法完全反映其他妊娠条件下的免疫特征	阐明足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能特征，以及孕前肥胖对其的影响	人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	流式细胞术, scRNA-seq, CITE-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	足月无并发症妊娠的绒毛组织样本
39	2025-07-20	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	研究探讨了骨髓细胞中TRAIL缺失对胆汁淤积性肝损伤的影响	揭示了TRAIL通过抑制DR细胞扩张来限制胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究TRAIL在胆汁淤积性肝损伤中的作用机制	野生型、Trail缺失及骨髓特异性Trail缺失的C57BL/6小鼠	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	高维质谱流式细胞术、空间转录组学分析、原位杂交	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因型的小鼠样本
40	2025-07-20	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了STAT1在食管鳞状细胞癌（ESCC）进展中下调LHPP的分子机制	发现了STAT1对LHPP的转录调控关系，揭示了ESCC微环境中复杂的调控环路	样本量较小（21例ESCC患者），且主要依赖公共数据库数据	探索ESCC的分子机制和细胞动态，特别是STAT1与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21例ESCC患者和ESCC细胞系