单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1388 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-10-29 |
Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100327
PMID:39239520
|
研究论文 | 研究TLR2激活对间充质干细胞（MSCs）介导的免疫调节和血管生成抑制的影响 | 首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的重要作用，及其在损伤后维持组织稳态中的功能 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步验证在人体中的效果 | 探讨TLR2在损伤后MSCs稳态功能中的作用 | 间充质干细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 362 | 2024-10-29 |
DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99046
PMID:39239526
|
研究论文 | 研究探讨了肝癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯，发现DAB2+巨噬细胞支持FAP+成纤维细胞形成肿瘤屏障并导致不良临床结局 | 通过综合分析单细胞、批量和空间转录组数据，揭示了肝癌中CAFs的复杂性及其与巨噬细胞的相互作用 | 研究主要集中在肝癌，未来需要验证这种通讯模式在其他实体恶性肿瘤中的适用性 | 深入理解肝癌中CAFs的异质性和细胞间通讯，以提高免疫治疗效果和改善临床结局 | 肝癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、空间转录组分析、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据 | 235个肝癌scRNA-seq样本，包含超过120万细胞，以及90名肝癌患者的临床队列 |
| 363 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
|
研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 364 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
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研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 365 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |
| 366 | 2024-10-28 |
Biomarker discovery in acetaminophen hepatotoxicity: leveraging single-cell transcriptomics and mechanistic insight
2024 Jan-Jun, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2306219
PMID:38217408
|
研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组学和机制研究来发现对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，识别了新的生物标志物，如CXCL14，并探讨了这些方法在生物标志物发现领域的应用前景 | 尽管识别的生物标志物具有潜力，但仍需进一步验证，特别是需要在大规模队列研究中进行分析 | 识别对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭的预后生物标志物，以确定哪些患者需要肝移植 | 对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 367 | 2024-10-28 |
RECCIPE: A new framework assessing localized cell-cell interaction on gene expression in multicellular ST data
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1322886
PMID:38327830
|
研究论文 | 介绍了一种名为RECCIPE的新框架，用于评估多细胞ST数据中局部细胞间相互作用对基因表达的影响 | 提出了RECCIPE方法，结合基因表达数据、空间信息和细胞类型组成，在多元回归框架中识别细胞信号相互作用，解决了现有方法在ST数据上多重假设检验问题 | 主要针对多细胞ST数据，未提及单细胞分辨率数据的应用 | 开发一种新方法来评估多细胞系统中细胞间相互作用对基因表达的影响 | 多细胞ST数据中的细胞间相互作用及其对基因表达的影响 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 多元回归 | 基因表达数据 | 使用小鼠阿尔茨海默病模型数据进行验证 |
| 368 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus
2024, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2376649
PMID:39066603
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研究论文 | 研究了系统性红斑狼疮孕妇外周血单核细胞的单细胞RNA测序 | 首次揭示了妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的基因表达差异 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨妊娠期系统性红斑狼疮患者的免疫细胞组成和基因表达特征 | 妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名患者，包括3名活动性非妊娠期患者、3名非活动性非妊娠期患者、3名活动性妊娠期患者和3名非活动性妊娠期患者 |
| 369 | 2024-10-28 |
Suppression of IL-1β promotes beneficial accumulation of fibroblast-like cells in atherosclerotic plaques in clonal hematopoiesis
2024-Jan, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00405-9
PMID:38362011
|
研究论文 | 研究探讨了IL-1β抑制对克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中成纤维细胞样细胞积累的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块中炎症小体成分在巨噬细胞中的富集，以及IL-1β受体在成纤维细胞和平滑肌细胞中的富集 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中炎症小体和IL-1β的作用 | 克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类颈动脉斑块样本 |
| 370 | 2024-10-28 |
B cell phylogenetics in the single cell era
2024-01, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.11.004
PMID:38151443
|
综述 | 本文综述了如何将B细胞系统发育学与单细胞数据结合以理解免疫反应的现状和潜力 | 本文介绍了单细胞RNA测序与B细胞受体序列配对的新方法，并探讨了其在免疫反应研究中的应用 | NA | 探讨如何结合B细胞系统发育学与单细胞数据以理解免疫反应 | B细胞及其受体序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 371 | 2024-10-28 |
Analysis of cell-cell interaction between mural granulosa cells and cumulus granulosa cells during ovulation using single-cell RNA sequencing data of mouse ovary
2024 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12564
PMID:38361634
|
研究论文 | 研究了在小鼠卵巢排卵过程中，壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）之间的相互作用 | 发现了三个新的相互作用：Ephrins-Ephs通路和Wnt-Lrp6通路从CGCs到MGCs，分别与类固醇生成和脂质运输相关，以及TGF-β-TGFBR1通路从MGCs到CGCs，与透明质酸合成相关 | NA | 研究排卵过程中壁颗粒细胞和卵丘颗粒细胞之间的相互作用 | 小鼠卵巢中的壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠卵巢样本，6小时后eCG-hCG注射 |
| 372 | 2024-10-27 |
Redefining the tumor microenvironment with emerging therapeutic strategies
2024, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2024.055161
PMID:39449800
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研究论文 | 本文讨论了通过调整肿瘤微环境（TME）来改善癌症治疗的新策略 | 提出了通过外泌体传递药物和增强免疫检查点抑制剂（ICIS）的联合治疗策略，以及采用细胞转移（ACT）疗法作为肿瘤治疗选项 | NA | 探讨如何通过调整肿瘤微环境来提高抗癌免疫力和克服治疗抵抗 | 肿瘤微环境及其在癌症进展和治疗反应中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-10-27 |
NSUN6 and HTR7 disturbed the stability of carotid atherosclerotic plaques by regulating the immune responses of macrophages
2024, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2024-1072
PMID:39450006
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研究论文 | 研究通过识别和验证八个关键基因，探讨了它们在颈动脉粥样硬化斑块稳定性中的作用 | 首次发现NSUN6和HTR7通过调节巨噬细胞的免疫反应影响颈动脉粥样硬化斑块的稳定性 | 研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证 | 寻找促进颈动脉粥样硬化斑块从稳定状态转变为不稳定状态的关键基因 | 颈动脉粥样硬化斑块和巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | RT-qPCR, ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五组数据集，中风患者的样本 |
| 374 | 2024-10-26 |
LIG1 is a novel marker for bladder cancer prognosis: evidence based on experimental studies, machine learning and single-cell sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1419126
PMID:39234248
|
研究论文 | 本文探讨了LIG1在膀胱癌中的作用及其与预后的关系 | 首次系统研究LIG1在膀胱癌中的作用，结合实验研究、机器学习和单细胞测序技术 | 实验验证主要基于体外和细胞系，缺乏临床样本的直接验证 | 阐明LIG1与膀胱癌的相互作用及其与临床病理因素的相关性 | LIG1在膀胱癌中的表达、功能及其与预后的关系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的膀胱癌和癌旁组织样本 |
| 375 | 2024-10-26 |
TP63 transcriptionally regulates SLC7A5 to suppress ferroptosis in head and neck squamous cell carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1445472
PMID:39234254
|
研究论文 | 研究探讨了TP63通过转录调控SLC7A5抑制头颈鳞状细胞癌中的铁死亡机制 | 首次揭示了TP63+ SLC7A5+头颈鳞状细胞癌亚群通过TP63上调SLC7A5表达抑制铁死亡，从而促进肿瘤生长和免疫治疗抵抗的新机制 | NA | 研究头颈鳞状细胞癌在免疫治疗前后肿瘤微环境的异质性及其机制 | 头颈鳞状细胞癌患者在免疫治疗前后的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 376 | 2024-10-26 |
Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311978
PMID:39441825
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了WNT信号通路在原始卵泡激活过程中对颗粒细胞和卵母细胞相互作用的调控机制 | 首次使用Wntless条件性敲除小鼠模型，揭示了WNT信号通路在原始卵泡激活过程中对颗粒细胞和卵母细胞转录组变化的影响 | 研究仅限于Wntless条件性敲除小鼠模型，未探讨其他信号通路的影响 | 探讨WNT信号通路在原始卵泡激活过程中对颗粒细胞和卵母细胞相互作用的调控机制 | 颗粒细胞和卵母细胞在原始卵泡激活过程中的转录组变化 | 生殖生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | Wntless条件性敲除小鼠 |
| 377 | 2024-10-26 |
Application of a risk score model based on glycosylation-related genes in the prognosis and treatment of patients with low-grade glioma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1467858
PMID:39445005
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研究论文 | 研究基于糖基化相关基因的风险评分模型在低级别胶质瘤患者预后和治疗中的应用 | 首次构建了基于糖基化相关基因的风险评分模型，用于低级别胶质瘤的预后预测和治疗指导 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，需要进一步的临床验证 | 探讨糖基化相关基因在低级别胶质瘤中的生物学功能及其在预后和治疗中的应用 | 低级别胶质瘤患者及其糖基化相关基因 | 数字病理 | 脑肿瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的低级别胶质瘤患者数据 |
| 378 | 2024-10-26 |
Single-cell sequencing technology in skin wound healing
2024, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkae043
PMID:39445224
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在皮肤伤口愈合中的应用价值 | 单细胞测序技术能够准确检测细胞表达和基因序列，为伤口愈合研究提供了新的概念和工具 | NA | 探讨单细胞测序技术在皮肤伤口愈合中的应用及其在临床中的价值 | 皮肤伤口愈合过程中的细胞和分子机制 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因序列 | NA |
| 379 | 2024-10-25 |
Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045
PMID:39229279
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研究论文 | 研究了芳香烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控及其对结肠炎的性别依赖性影响 | 首次揭示了AhR在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其对结肠炎的性别依赖性影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨AhR在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控及其对结肠炎的影响 | AhR缺陷小鼠、野生型小鼠及其同窝小鼠，以及Bacteroides acidifaciens | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达数据、微生物组数据 | AhR缺陷小鼠、野生型小鼠及其同窝小鼠，以及Bacteroides acidifaciens |
| 380 | 2024-10-25 |
A comprehensive analysis of the role of cuproptosis in periodontitis through integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/192414
PMID:39439704
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研究论文 | 本文通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，全面探讨了铜死亡在牙周炎中的作用 | 首次综合利用单细胞和批量RNA测序数据分析铜死亡相关基因在牙周炎中的表达 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铜死亡与牙周炎之间的关系 | 牙周炎中的铜死亡相关基因 | 数字病理学 | 牙周病 | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |