单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-10-07 |
Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration
2024-Jan-28, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-09173-y
PMID:38281217
|
研究论文 | 通过整合分析小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用 | 首次通过整合多个发育时间点的单细胞RNA测序数据，识别出与发育阶段相关的共表达基因，并发现Ezh2和KLF15可能是关键转录调控因子 | 研究主要基于公共数据库的测序数据，需要进一步实验验证Ezh2的具体调控机制 | 探索小鼠耳蜗毛细胞再生能力的分子基础 | 小鼠耳蜗前感觉细胞和支持细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损伤 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织从胚胎期14天到出生后33天的多个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 262 | 2025-10-07 |
The transcription factor Aiolos restrains the activation of intestinal intraepithelial lymphocytes
2024-Jan, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01693-w
PMID:38049581
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子Aiolos通过调控肠道上皮内淋巴细胞活化来限制其效应功能 | 首次发现Aiolos作为IELs活化的调节因子，并阐明其通过影响IL-15信号通路和染色质可及性来调控效应功能 | Ikzf3缺陷仅部分解释观察到的表型，表明存在其他调控机制 | 探究Aiolos在肠道上皮内淋巴细胞活化调控中的作用机制 | 小鼠肠道上皮内淋巴细胞 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序，染色质可及性分析，组蛋白乙酰化检测 | NA | 基因表达数据，表观遗传数据 | Ikzf3+/+和Ikzf3-/-小鼠IELs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 263 | 2025-10-07 |
High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656
PMID:39968047
|
研究论文 | 本研究验证了使用微流控和半透性胶囊技术对污水和猪粪便样本进行高通量单细胞宏基因组测序的方法 | 开发了结合半透性胶囊和组合拆分-合并单扩增基因组条形码的高通量单细胞测序方法，可在单细胞水平解析微生物多样性 | 仅测试了污水和猪粪便两种样本类型，样本量相对有限 | 开发和应用高通量单细胞测序技术研究微生物群落 | 污水和猪粪便样本中的单个细菌细胞 | 宏基因组学 | NA | 单细胞测序，微流控技术，组合拆分-合并单扩增基因组条形码，短读长测序 | NA | 基因组测序数据 | 污水样本和猪粪便样本各1个，深测序检测1,796和1,220个SAGs，浅测序检测12,731和17,909个SAGs | Atrandi | 单细胞测序，微流控技术 | 半透性胶囊技术 | 微流控和半透性胶囊单细胞分离技术，结合组合拆分-合并单扩增基因组条形码 |
| 264 | 2025-10-07 |
Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1506401
PMID:39958873
|
研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤易感性增加的机制，重点关注mTOR/RILP通路调控的自噬流 | 首次通过单细胞测序分析糖尿病心肌缺血再灌注后自噬相关基因的转录组变化，并揭示mTOR/RILP通路在调节自噬流中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病心肌缺血再灌注损伤易感性增加的内在机制 | 糖尿病小鼠模型和高糖培养的心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 透射电镜, HE染色 | 动物模型和细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 形态学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-10-07 |
Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.26.577407
PMID:38352458
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外器官模型探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性粒细胞性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响 | 首次在单细胞水平揭示EoE患者食管上皮细胞中干扰素反应特征基因上调，并通过器官模型证实IFN-γ可破坏上皮分化和屏障完整性并诱导细胞凋亡 | 研究样本量有限，主要依赖体外模型验证，需要进一步在体实验确认 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中免疫细胞与上皮细胞间的相互作用机制 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 器官模型培养 | NA | 基因表达数据 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者食管活检组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 266 | 2025-10-07 |
Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae052
PMID:38436557
|
研究论文 | 提出了一种基于Transformer架构的无监督模型TransformerST，用于提升空间转录组学的分辨率至单细胞水平 | 首次将Transformer架构应用于空间转录组学超分辨率分析，无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器发掘图像-基因表达的潜在共表征 | 未提及具体的数据集验证范围和计算资源需求 | 提升空间转录组学技术的分辨率，实现单细胞级别的空间基因表达分析 | 空间转录组学数据，特别是Visium平台产生的多细胞水平数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | Transformer，视觉Transformer，图Transformer | 组织学图像，空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 267 | 2025-10-07 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:38898928
|
研究论文 | 本研究通过构建基因调控网络识别并验证了血管平滑肌细胞增殖的关键调控因子 | 首次通过单细胞转录组和表观遗传分析重建基因调控网络，发现RUNX1和TIMP1-CD74轴等新型增殖调控因子 | 研究主要基于计算分析和体外验证，需要进一步的体内实验确认 | 阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 表观遗传分析, 计算机扰动分析 | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 268 | 2025-10-07 |
The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms
2024, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2024.1513357
PMID:39931101
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析，探究衰老相关分泌表型在缺血性脑卒中中的作用机制 | 首次结合bulk芯片和单细胞测序数据系统分析SASP在缺血性脑卒中中的作用，发现嗜碱性粒细胞中Ccl3和Lcp1基因的关键调控作用 | 研究样本量有限，主要基于动物模型数据，人类临床验证不足 | 解析SASP在缺血性脑卒中发病机制中的细胞分子作用 | 人类外周血bulk芯片数据、MCAO小鼠单细胞测序数据、MCAO和假手术大鼠血清样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, bulk转录组分析, RT-qPCR, 蛋白互作网络分析, 富集分析 | MCAO动物模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量，包含人类外周血芯片数据、小鼠单细胞数据和大鼠血清样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-10-07 |
Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice
2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166134
PMID:38015629
|
研究论文 | 本研究揭示年龄相关的Notch3信号丢失导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、类淋巴系统功能障碍和神经退行性变 | 首次证明年龄相关的Notch3信号下降直接导致脑血管功能异常和神经退行性病变，并发现其与CADASIL疾病的相似病理特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究年龄如何特异性影响脑血管系统及其分子机制 | 小鼠和人类脑血管组织 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组测序，MRI | Notch3基因敲除小鼠模型 | 转录组数据，影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 270 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq and single-cell bisulfite-sequencing reveal insights into yak preimplantation embryogenesis
2024-01, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2023.105562
PMID:38097189
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞亚硫酸氢盐测序揭示牦牛植入前胚胎发育的表观遗传调控机制 | 首次在牦牛胚胎发育中结合单细胞转录组和DNA甲基化分析，鉴定出43个候选甲基化驱动基因和关键表观遗传调控因子 | 研究聚焦特定物种（牦牛），结果在其他哺乳动物的普适性需要进一步验证 | 探究高原牦牛植入前胚胎发育过程中的DNA甲基化作用和表观遗传重编程机制 | 牦牛卵母细胞和不同发育阶段的植入前胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞亚硫酸氢盐测序 | NA | 单细胞转录组数据, DNA甲基化数据 | 卵母细胞和系列发育阶段胚胎的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 271 | 2025-10-07 |
Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication
2024, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2
PMID:39640372
|
研究论文 | 本研究通过分析胎盘细胞对SARS-CoV-2的易感性和病毒释放能力，揭示了病毒很少从母体传播给胎儿的机制 | 首次系统量化了不同胎盘细胞类型对SARS-CoV-2的感染率和病毒释放能力，发现原代滋养层细胞病毒释放水平极低 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的胎盘环境 | 探究胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性和病毒释放能力 | 人类早期妊娠和足月胎盘细胞，包括滋养层细胞、成纤维细胞、巨噬细胞以及JEG-3、JAR和HUVEC细胞系 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，体外感染实验 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据，病毒感染数据 | 多个胎盘细胞类型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 272 | 2025-02-07 |
Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1456004
PMID:39906661
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系 | 首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关 | 样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病 | 研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制 | 43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | 分子遗传学 | B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL） | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 无监督聚类 | RNA测序数据 | 147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2025-10-07 |
COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment
2024-Jan-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-08918-z
PMID:38270688
|
研究论文 | 本研究探讨COL6A3基因通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞在骨质疏松微环境中的成骨分化能力 | 首次发现COL6A3基因可通过促进线粒体自噬改善骨质疏松微环境中BMSCs的成骨分化能力 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的调控机制 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 细胞生物学 | 骨质疏松症 | 慢病毒转染, Western blot, 免疫荧光, TUNEL检测, JC-1染色 | NA | 蛋白质表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 274 | 2025-10-07 |
scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae039
PMID:38366803
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量标注方法scEVOLVE，解决持续学习新细胞类型时的灾难性遗忘问题 | 首次提出细胞类型增量标注概念，结合对比样本回放和分区置信度最大化原则，引入细胞类型解相关策略 | NA | 开发能够持续学习新细胞类型的单细胞标注系统 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 275 | 2025-10-07 |
Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae063
PMID:38426323
|
研究论文 | 开发基于实例的迁移学习框架调整scRNA-seq数据以改善空间转录组数据的细胞类型分解 | 首次提出通过迁移学习调整scRNA-seq数据以匹配空间转录组数据的基因表达分布 | 未明确说明方法对特定组织类型或技术平台的适用性限制 | 改善空间转录组数据的细胞类型分解准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 迁移学习框架 | 基因表达数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 276 | 2025-10-07 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
|
研究论文 | 提出一种不依赖基因同源性的跨物种转录组数据整合方法 | 开发了物种无关的迁移学习方法，无需基因同源性信息即可实现跨物种知识迁移 | NA | 解决跨物种生物医学研究中的数据整合和知识迁移问题 | 小鼠、斑马鱼等模式生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 跨域结构保持投影，异质域自适应 | 单细胞转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 277 | 2025-10-07 |
BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae045
PMID:38385877
|
研究论文 | 提出了一种名为BiGATAE的双部图注意力自编码器，用于增强从单切片到多切片的空间域识别 | 利用相邻组织切片的基因表达信息，通过构建双部图和图注意力网络实现多切片信息整合，扩展了现有单切片分析方法的适用范围 | NA | 开发能够整合多切片信息的空间转录组学分析方法 | 空间转录组学数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图注意力网络，自编码器 | 基因表达数据，空间位置数据 | 三个不同数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 278 | 2025-10-07 |
Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae047
PMID:38388681
|
研究论文 | 提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应不断出现的单细胞RNA测序数据 | 结合持续学习与预训练语言模型，通过经验回放和表示知识蒸馏解决灾难性遗忘问题，能够持续扩展细胞类型注释库并自动识别新细胞类型 | NA | 开发能够持续适应新数据的单细胞RNA测序细胞类型注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 预训练语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2025-10-07 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
|
研究论文 | 开发了一种名为scMMT的多用途深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入表示 | 提出新颖的特征提取技术，构建基于GradNorm的多任务学习框架，引入对数加权和标签平滑机制 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习，多任务学习 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 280 | 2025-10-07 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
|
综述 | 比较单细胞RNA测序数据中细胞周期相位识别方法的性能评估研究 | 提出误差函数评估方法准确性，并发现参考数据与目标数据集匹配度对预测效果的关键影响 | 未开发新的细胞周期识别方法，主要侧重于现有方法的比较分析 | 评估不同细胞周期相位识别方法的准确性和性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期相位识别方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |