单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-01-25	Hyperoxia impairs induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells and drives an atherosclerosis-like transcriptional phenotype 2024, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2024.100193 PMID:38770110	研究论文	本文研究了高氧条件对诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）的影响，并探讨了其在血管疾病再生医学中的应用潜力	揭示了高氧条件下iPSC-ECs会发展出内皮-间质表型，并与动脉粥样硬化内皮细胞的转录表型有重叠	生理性4%氧浓度培养条件虽能改善高传代细胞的线粒体功能，但不足以保持其血管生成能力	探讨不同氧浓度对iPSC-ECs的生物能量学、细胞标志物表达、增殖和血管生成能力的影响	诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）	再生医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
222	2025-01-25	SGSM2 in Uveal Melanoma: Implications for Survival, Immune Infiltration, and Drug Sensitivity 2024, Protein and peptide letters IF:1.0Q4 DOI:10.2174/0109298665341953240926041613 PMID:39501960	研究论文	本研究探讨了SGSM2在葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的表达及其与生存率、免疫浸润和药物敏感性的关系	首次揭示了SGSM2在UVM中的高表达及其与不良预后的关联，并探讨了其与免疫浸润、免疫检查点基因和药物敏感性的关系	研究主要基于生物信息学分析和实验验证，需要进一步的大样本临床研究来验证这些发现	阐明SGSM2在UVM中的作用及其临床意义	葡萄膜黑色素瘤（UVM）细胞系和患者数据	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	定量实时PCR（qRT-PCR）、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	UVM细胞系和TCGA数据库中的UVM患者数据
223	2025-01-25	Integration of single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics to explore prognostic and immunotherapeutic characteristics of nucleotide metabolism in lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1466249 PMID:39845190	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和批量转录组学数据，探索了核苷酸代谢在肺腺癌中的预后和免疫治疗特性	首次构建了基于核苷酸代谢相关基因的预后风险模型，并验证了其在肺腺癌预后预测和免疫治疗响应中的准确性	研究主要依赖于公共数据库的转录组和临床数据，缺乏多中心验证和更大样本量的独立验证	探索核苷酸代谢在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗特性	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	转录组测序	Lasso + Stepcox	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
224	2025-01-24	Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 2024-Jan-22, Advanced materials technologies IF:6.4Q1 DOI:10.1002/admt.202301155 PMID:38645306	研究论文	本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度	开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化	未提及具体的技术局限或实验中的挑战	提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度	水凝胶珠	基因组学	NA	BAG-Seq工作流程	NA	基因组数据	NA
225	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
226	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
227	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
228	2025-01-23	Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951 PMID:39830981	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物	首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组学分析，单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE, Boruta算法	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169）
229	2025-01-23	Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745 PMID:39834787	研究论文	本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物	首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因	样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本	探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制	瘢痕疙瘩和正常皮肤组织	生物信息学	皮肤疾病	转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot	LASSO回归	转录组数据、单细胞数据	24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本
230	2025-01-22	An exhausted-like microglial population accumulates in aged and APOE4 genotype Alzheimer's brains 2024-01-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.12.001 PMID:38159571	研究论文	本文研究了晚期阿尔茨海默病（AD）的主要风险因素——高龄和APOE4基因变异如何改变神经免疫功能，并识别出一种在AD环境中可能代表炎症小胶质细胞耗竭状态的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体	通过整合纵向单细胞图谱和转录组及染色质可及性分析，识别出与年龄和APOE4负担增加相关的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体，并在人类AD患者大脑中检测到类似群体	研究主要基于AD模型小鼠，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨高龄和APOE4基因变异如何影响神经免疫功能，并识别与AD相关的特定小胶质细胞群体	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑免疫细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组分析、染色质可及性分析、多重空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑样本
231	2025-01-20	The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis 2024-01-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020895 PMID:37879046	研究论文	本文研究了成年小鼠骨髓、脾脏和肺中巨核细胞的相对丰度及其对血小板生成的贡献	通过多种成像技术和单细胞RNA测序数据分析，揭示了骨髓是血小板生成的主要场所，而非脾脏或肺	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接适用性尚需进一步验证	探讨不同器官中巨核细胞的丰度及其对血小板生成的贡献	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺	生物医学	NA	全组织光片成像、定量组织学成像、流式细胞术、活体成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、RNA测序数据	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺样本
232	2025-01-16	Optimization of Tissue Digestion Methods for Characterization of Photoaged Skin by Single Cell RNA Sequencing Reveals Preferential Enrichment of T Cell Subsets 2024-01-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13030266 PMID:38334658	研究论文	本文比较了三种人类皮肤组织的消化方法，评估了每种协议的细胞产量和存活率，并发现使用多步酶消化顺序解离方法能产生最高的细胞存活率	本文首次比较了三种不同的皮肤组织消化方法，并通过单细胞测序技术揭示了顺序消化方法在提高非抗原呈递肥大细胞和CD8 T细胞比例方面的优势	研究仅针对新鲜处理的人类皮肤样本，未涉及其他类型或状态的皮肤样本	优化皮肤组织的消化方法，以提高单细胞RNA测序中的细胞产量和存活率	人类皮肤组织	单细胞测序	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提到使用人类皮肤组织
233	2025-01-07	Spatial transcriptomics in breast cancer: providing insight into tumor heterogeneity and promoting individualized therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1499301 PMID:39749323	研究论文	本文综述了空间转录组学的关键技术方法、最新进展及其在乳腺癌中的应用，并讨论了当前空间转录组学方法的局限性和未来发展前景	空间转录组学解决了单细胞RNA测序缺乏空间信息的问题，能够定位和区分特定组织区域内功能基因的活跃表达，有助于识别新的乳腺癌亚型和空间区分特征，促进个体化精准治疗	当前空间转录组学方法仍存在局限性，未来需要进一步发展和改进	推进乳腺癌研究，全面理解肿瘤异质性、肿瘤微环境和耐药机制	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
234	2025-01-07	New Posttranslational Modification Lactylation Brings New Inspiration for the Treatment of Rheumatoid Arthritis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497240 PMID:39758940	综述	本文综述了乳酸化在类风湿性关节炎（RA）相关细胞和机制中的研究，为RA的发病机制、诊断和治疗提供了新的见解	提出了乳酸化作为一种新的翻译后修饰在RA中的关键作用，并发现了潜在的生物标志物	本文为综述文章，未涉及具体实验数据，缺乏直接的研究验证	探讨乳酸化在类风湿性关节炎中的作用及其潜在的治疗应用	类风湿性关节炎相关细胞，如成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	NA	NA
235	2025-01-07	Unveiling Ventilator-Associated Pneumonia: S100A8 as a Promising Biomarker Through Integrated RNA-Seq Analysis 2024, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S495121 PMID:39759083	研究论文	本研究通过整合RNA-Seq分析，揭示了S100A8作为呼吸机相关性肺炎（VAP）的潜在生物标志物	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析，筛选并验证了S100A8作为VAP诊断的潜在生物标志物，为VAP诊断提供了新的视角	样本量相对较小，仅分析了46个VAP样本和48个正常样本	探索VAP的发病机制并识别潜在的生物标志物	呼吸机相关性肺炎（VAP）患者	生物信息学	肺炎	RNA-Seq, scRNA-seq, Western blot	NA	RNA序列数据	46个VAP样本和48个正常样本
236	2025-01-07	Unveiling the NEFH+ malignant cell subtype: Insights from single-cell RNA sequencing in prostate cancer progression and tumor microenvironment interactions 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517679 PMID:39759507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中NEFH+恶性细胞亚型的存在，并探讨了其与肿瘤微环境的相互作用	首次识别出与高级别前列腺癌密切相关的NEFH+恶性细胞亚型，并揭示了其与肿瘤微环境的复杂相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证其临床应用的可行性	提高前列腺癌的预防、诊断和治疗水平，改善患者预后和生活质量	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据，并使用MDA PCa 2b和VCap细胞系进行验证
237	2025-01-07	Spatially-resolved analyses of muscle invasive bladder cancer microenvironment unveil a distinct fibroblast cluster associated with prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522582 PMID:39759522	研究论文	本研究利用成像质谱流式细胞术（IMC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，分析了肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）微环境的空间异质性，并揭示了一个与预后相关的特定成纤维细胞簇	通过IMC和scRNA-seq技术结合空间转录组学（ST），首次揭示了MIBC微环境中特定成纤维细胞簇（S3）与内皮细胞之间的相互作用及其对预后的影响	样本量相对较小（40个组织样本），且研究结果需要进一步验证	评估MIBC微环境的空间异质性，并探索其临床意义	肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）的微环境	数字病理学	膀胱癌	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	机器学习算法	图像、RNA序列数据	40个组织样本中的185个感兴趣区域
238	2025-01-06	Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020276 PMID:37729611	研究论文	本研究通过整合单细胞水平的ATAC-seq和RNA-seq技术，分析了t(11;14)多发性骨髓瘤（MM）的表观遗传调控和转录组特征，并探讨了其对BCL2抑制剂venetoclax的依赖性	首次在原发性MM细胞中整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析，深入解析了t(11;14) MM的表观遗传调控组和转录组特征及其与venetoclax耐药性的关系	研究主要聚焦于t(11;14) MM，未涵盖其他类型的多发性骨髓瘤	揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制	t(11;14)多发性骨髓瘤患者	表观遗传学	多发性骨髓瘤	ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞测序数据	原发性MM样本
239	2025-01-05	Identification of virus-rich intermediate cells as crucial players in SARS-CoV-2 infection and differentiation dynamics of human airway epithelium 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1507852 PMID:39735182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，揭示了SARS-CoV-2感染早期人类气道上皮细胞的动态变化，并发现了一种新的病毒富集中间细胞（VRI细胞）	首次识别出病毒富集中间细胞（VRI细胞），并揭示了其在SARS-CoV-2感染中的关键作用	研究主要依赖于体外培养的气道上皮细胞模型，可能无法完全反映体内复杂的感染环境	研究SARS-CoV-2与人类气道上皮细胞的早期相互作用，以揭示病毒复制和传播机制	人类鼻腔和气管上皮细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个公开的单细胞RNA测序数据集
240	2025-01-05	Unveiling Key Biomarkers and Mechanisms in Septic Cardiomyopathy: A Comprehensive Transcriptome Analysis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S486763 PMID:39735900	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了脓毒性心肌病（SCM）的关键生物标志物及其潜在机制	首次通过单细胞RNA测序和功能富集分析，揭示了SCM与免疫反应、铁死亡、焦亡、铜死亡及m6A RNA甲基化修饰之间的联系	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	识别SCM的关键生物标志物并探索其潜在机制	正常小鼠和SCM小鼠	生物信息学	脓毒性心肌病	转录组分析、单细胞RNA测序、qPCR	NA	RNA测序数据	GSE53007和GSE207363数据集中的小鼠样本