单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-07 |
Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330
PMID:39936155
|
研究论文 | 本研究通过分析NOD和NOR小鼠模型，探索了干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎中血清和泪液自身抗体作为局部和全身炎症诊断指标的潜力 | 首次系统比较了干燥综合征小鼠模型中血清和泪液自身抗体谱的差异，发现泪液IgA同种型自身抗体比IgG具有更高的多样性 | 研究仅限于雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本 | 探索干燥综合征相关自身免疫性泪腺炎的诊断生物标志物 | NOD和NOR雄性小鼠的泪腺、血清和泪液样本 | 免疫学 | 干燥综合征 | 免疫荧光，自身抗体微阵列，单细胞RNA测序 | NA | 图像数据，基因表达数据，蛋白质组数据 | 两种小鼠模型（NOD和NOR）与健康BALB/c小鼠对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2025-10-07 |
Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1506401
PMID:39958873
|
研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤易感性增加的机制，重点关注mTOR/RILP通路调控的自噬流 | 首次通过单细胞测序分析糖尿病心肌缺血再灌注后自噬相关基因的转录组变化，并揭示mTOR/RILP通路在调节自噬流中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病心肌缺血再灌注损伤易感性增加的内在机制 | 糖尿病小鼠模型和高糖培养的心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 透射电镜, HE染色 | 动物模型和细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 形态学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-07 |
Interferon-γ signaling in eosinophilic esophagitis has implications for epithelial barrier function and programmed cell death
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.26.577407
PMID:38352458
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外器官模型探讨了干扰素-γ信号在嗜酸性粒细胞性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的影响 | 首次在单细胞水平揭示EoE患者食管上皮细胞中干扰素反应特征基因上调，并通过器官模型证实IFN-γ可破坏上皮分化和屏障完整性并诱导细胞凋亡 | 研究样本量有限，主要依赖体外模型验证，需要进一步在体实验确认 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中免疫细胞与上皮细胞间的相互作用机制 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 器官模型培养 | NA | 基因表达数据 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者食管活检组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 204 | 2025-10-07 |
Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae052
PMID:38436557
|
研究论文 | 提出了一种基于Transformer架构的无监督模型TransformerST，用于提升空间转录组学的分辨率至单细胞水平 | 首次将Transformer架构应用于空间转录组学超分辨率分析，无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器发掘图像-基因表达的潜在共表征 | 未提及具体的数据集验证范围和计算资源需求 | 提升空间转录组学技术的分辨率，实现单细胞级别的空间基因表达分析 | 空间转录组学数据，特别是Visium平台产生的多细胞水平数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | Transformer，视觉Transformer，图Transformer | 组织学图像，空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 205 | 2025-10-07 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:38898928
|
研究论文 | 本研究通过构建基因调控网络识别并验证了血管平滑肌细胞增殖的关键调控因子 | 首次通过单细胞转录组和表观遗传分析重建基因调控网络，发现RUNX1和TIMP1-CD74轴等新型增殖调控因子 | 研究主要基于计算分析和体外验证，需要进一步的体内实验确认 | 阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 表观遗传分析, 计算机扰动分析 | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2025-10-07 |
Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957
PMID:38779688
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的表型特征和相互作用机制 | 首次在血吸虫诱导的肺动脉高压模型中鉴定出三个不同的间质巨噬细胞亚群，并阐明它们通过CCL2-CCR2轴和TSP-1/TGF-β通路的相互作用机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；观察时间点有限（仅第1、3、7天） | 探究血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的表型特征和功能作用 | 小鼠肺部间质巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 野生型和报告基因小鼠，在未暴露及血吸虫暴露后第1、3、7天的时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2025-10-07 |
The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms
2024, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2024.1513357
PMID:39931101
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析，探究衰老相关分泌表型在缺血性脑卒中中的作用机制 | 首次结合bulk芯片和单细胞测序数据系统分析SASP在缺血性脑卒中中的作用，发现嗜碱性粒细胞中Ccl3和Lcp1基因的关键调控作用 | 研究样本量有限，主要基于动物模型数据，人类临床验证不足 | 解析SASP在缺血性脑卒中发病机制中的细胞分子作用 | 人类外周血bulk芯片数据、MCAO小鼠单细胞测序数据、MCAO和假手术大鼠血清样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, bulk转录组分析, RT-qPCR, 蛋白互作网络分析, 富集分析 | MCAO动物模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量，包含人类外周血芯片数据、小鼠单细胞数据和大鼠血清样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 208 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225
PMID:39936154
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用机制 | 首次在单细胞水平识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG转录因子在破骨细胞增殖分化中的关键作用 | 研究样本量有限，需要进一步实验验证PPARG作为治疗靶点的临床可行性 | 探索骨肉瘤中破骨细胞的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 骨肉瘤患者和破骨细胞 | 单细胞测序分析 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, CCK-8检测, 伤口愈合实验, Transwell实验 | Monocle2, Cytotrace, Slingshot, CellChat, PySCENIC | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2025-10-07 |
Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice
2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166134
PMID:38015629
|
研究论文 | 本研究揭示年龄相关的Notch3信号丢失导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、类淋巴系统功能障碍和神经退行性变 | 首次证明年龄相关的Notch3信号下降直接导致脑血管功能异常和神经退行性病变，并发现其与CADASIL疾病的相似病理特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究年龄如何特异性影响脑血管系统及其分子机制 | 小鼠和人类脑血管组织 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组测序，MRI | Notch3基因敲除小鼠模型 | 转录组数据，影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 210 | 2025-10-07 |
Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166
PMID:39926598
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习方法研究金属离子转运相关基因在2型糖尿病发病机制和免疫细胞浸润中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和12种机器学习算法系统分析金属离子转运相关基因在T2D中的作用，并预测了12个蛋白质结构 | 研究样本量有限，主要基于生物信息学分析，需要实验验证 | 探索2型糖尿病的分子机制，特别关注免疫细胞浸润的作用 | 2型糖尿病和非糖尿病患者的胰岛细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析 | Stepglm[backward]加GBM等12种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | T2D和ND患者的胰岛细胞样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747
PMID:39926603
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探索DAPK1基因在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次在胶质瘤单细胞水平上鉴定DAPK1作为终末亚群的标志基因，并建立基于DAPK1的预后预测模型 | DAPK1在胶质瘤中的具体作用机制仍需进一步深入研究 | 开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者结局 | 胶质瘤患者 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,微阵列 | LASSO回归,逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据,RNA-seq数据,微阵列数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 212 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq and single-cell bisulfite-sequencing reveal insights into yak preimplantation embryogenesis
2024-01, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2023.105562
PMID:38097189
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞亚硫酸氢盐测序揭示牦牛植入前胚胎发育的表观遗传调控机制 | 首次在牦牛胚胎发育中结合单细胞转录组和DNA甲基化分析，鉴定出43个候选甲基化驱动基因和关键表观遗传调控因子 | 研究聚焦特定物种（牦牛），结果在其他哺乳动物的普适性需要进一步验证 | 探究高原牦牛植入前胚胎发育过程中的DNA甲基化作用和表观遗传重编程机制 | 牦牛卵母细胞和不同发育阶段的植入前胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞亚硫酸氢盐测序 | NA | 单细胞转录组数据, DNA甲基化数据 | 卵母细胞和系列发育阶段胚胎的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 213 | 2025-10-07 |
Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication
2024, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2
PMID:39640372
|
研究论文 | 本研究通过分析胎盘细胞对SARS-CoV-2的易感性和病毒释放能力，揭示了病毒很少从母体传播给胎儿的机制 | 首次系统量化了不同胎盘细胞类型对SARS-CoV-2的感染率和病毒释放能力，发现原代滋养层细胞病毒释放水平极低 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的胎盘环境 | 探究胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性和病毒释放能力 | 人类早期妊娠和足月胎盘细胞，包括滋养层细胞、成纤维细胞、巨噬细胞以及JEG-3、JAR和HUVEC细胞系 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，体外感染实验 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据，病毒感染数据 | 多个胎盘细胞类型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041
PMID:39916959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术揭示葡萄膜黑色素瘤的细胞异质性，并识别预后生物标志物 | 首次构建葡萄膜黑色素瘤特异性基因特征，结合单细胞分辨率的细胞因子反应词典和AlphaFold 3蛋白结构预测 | 样本量有限，主要基于TCGA-UVM和GSE84976队列验证 | 阐明葡萄膜黑色素瘤的细胞异质性并识别预后生物标志物 | 原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, LASSO回归, ROC曲线分析, 伪时间轨迹映射, CRISPR-Cas9筛选, AlphaFold 3结构预测 | LASSO回归模型 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 蛋白质结构数据 | TCGA-UVM和GSE84976队列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 215 | 2025-10-07 |
Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842
PMID:39911580
|
研究论文 | 本研究通过分析33种癌症的免疫特征，建立了区分热/冷肿瘤的框架，并发现可将冷肿瘤转化为热肿瘤的潜在药物 | 开发了定制化免疫图谱来区分热/冷肿瘤，识别了调控肿瘤微环境的关键枢纽基因，并通过药物敏感性分析发现可转化冷肿瘤的候选药物 | 热/冷肿瘤的临床相关定义尚未达成共识，研究结果需要在更多癌症类型中进一步验证 | 研究免疫调控基因对热/冷肿瘤微环境的影响及其对癌症治疗和患者预后的作用 | 33种癌症类型的肿瘤样本和胰腺腺癌临床队列患者 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 基因集变异分析, 分子对接分析 | CIBERSORT算法 | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 33种癌症类型的数据集和胰腺腺癌临床队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 216 | 2025-02-07 |
Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1456004
PMID:39906661
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系 | 首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关 | 样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病 | 研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制 | 43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | 分子遗传学 | B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL） | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 无监督聚类 | RNA测序数据 | 147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2025-10-07 |
COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment
2024-Jan-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-08918-z
PMID:38270688
|
研究论文 | 本研究探讨COL6A3基因通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞在骨质疏松微环境中的成骨分化能力 | 首次发现COL6A3基因可通过促进线粒体自噬改善骨质疏松微环境中BMSCs的成骨分化能力 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的调控机制 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 细胞生物学 | 骨质疏松症 | 慢病毒转染, Western blot, 免疫荧光, TUNEL检测, JC-1染色 | NA | 蛋白质表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 218 | 2025-10-07 |
scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae039
PMID:38366803
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量标注方法scEVOLVE，解决持续学习新细胞类型时的灾难性遗忘问题 | 首次提出细胞类型增量标注概念，结合对比样本回放和分区置信度最大化原则，引入细胞类型解相关策略 | NA | 开发能够持续学习新细胞类型的单细胞标注系统 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2025-10-07 |
Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae063
PMID:38426323
|
研究论文 | 开发基于实例的迁移学习框架调整scRNA-seq数据以改善空间转录组数据的细胞类型分解 | 首次提出通过迁移学习调整scRNA-seq数据以匹配空间转录组数据的基因表达分布 | 未明确说明方法对特定组织类型或技术平台的适用性限制 | 改善空间转录组数据的细胞类型分解准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 迁移学习框架 | 基因表达数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 220 | 2025-10-07 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
|
研究论文 | 提出一种不依赖基因同源性的跨物种转录组数据整合方法 | 开发了物种无关的迁移学习方法，无需基因同源性信息即可实现跨物种知识迁移 | NA | 解决跨物种生物医学研究中的数据整合和知识迁移问题 | 小鼠、斑马鱼等模式生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 跨域结构保持投影，异质域自适应 | 单细胞转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |