单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-seq analysis revealed the stemness of a specific cluster of B cells in acute lymphoblastic leukemia progression
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18296
PMID:39465162
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了急性淋巴细胞白血病进展中B细胞的干细胞特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了急性淋巴细胞白血病中B细胞的干细胞特性及其在疾病进展中的关键作用 | 研究样本仅来自GEO数据库，可能存在数据偏差；未涉及临床试验验证 | 探讨急性淋巴细胞白血病中B细胞在调节免疫微环境中的关键作用 | 急性淋巴细胞白血病中的B细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 急性淋巴细胞白血病和健康样本的单细胞RNA测序数据 |
| 182 | 2024-10-30 |
Integration of ubiquitination-related genes in predictive signatures for prognosis and immunotherapy response in sarcoma
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446522
PMID:39469643
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研究论文 | 研究分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式、预后意义及其机制，并构建了预测模型 | 首次系统分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建了预测模型 | 研究主要基于公共数据库和临床样本，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建预测模型 | 泛素化相关基因在肉瘤中的表达及其预后意义 | 数字病理学 | 肉瘤 | RT-qPCR | LASSO-Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA-SARC数据库中的样本及GEO数据库和临床组织样本 |
| 183 | 2024-10-29 |
Established and emerging techniques for the study of microglia: visualization, depletion, and fate mapping
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1317125
PMID:38425429
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综述 | 本文综述了用于研究小胶质细胞的现有和新兴技术，包括可视化、耗竭和命运图谱 | 介绍了用于研究小胶质细胞形态、超微结构和动力学的标记工具和报告模型，以及用于选择性小胶质细胞耗竭和调节的策略 | NA | 旨在全面讨论这些现有和新兴技术，并应用于研究小胶质细胞在发育、稳态和中枢神经系统病理中的作用 | 小胶质细胞及其在中枢神经系统中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-10-29 |
moSCminer: a cell subtype classification framework based on the attention neural network integrating the single-cell multi-omics dataset on the cloud
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17006
PMID:38426141
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研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力神经网络的细胞亚型分类框架moSCminer，该框架整合了单细胞多组学数据集 | 首次将三种单细胞多组学数据集（基因表达、DNA甲基化和DNA可及性）整合用于细胞亚型识别，并利用注意力机制学习各组学特征的相对重要性 | NA | 开发一种自动化的计算预测框架，用于从单细胞多组学数据中准确注释细胞亚型 | 单细胞多组学数据集中的细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学测序 | 注意力神经网络 | 多组学数据 | NA |
| 185 | 2024-10-29 |
Macrophage-Myofibroblast Transition as a Potential Origin for Skeletal Muscle Fibrosis After Injury via Complement System Activation
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S450599
PMID:38384372
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研究论文 | 研究急性骨骼肌损伤后肌成纤维细胞的来源及其在纤维化形成中的作用 | 首次证明急性损伤后骨骼肌中存在巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变，并揭示补体系统在此过程中的激活作用 | 需要更多证据直接支持巨噬细胞向肌成纤维细胞转变在急性损伤后骨骼肌纤维化中的促纤维化作用 | 探讨急性骨骼肌损伤后纤维化的来源及其机制，为开发抗纤维化疗法提供依据 | 小鼠急性骨骼肌损伤后的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨骼肌样本 |
| 186 | 2024-10-29 |
Establishment of a chemokine-based prognostic model and identification of CXCL10+ M1 macrophages as predictors of neoadjuvant therapy efficacy in colorectal cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1400722
PMID:39170612
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研究论文 | 本文构建了一个基于趋化因子的预测模型，并识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为预测新辅助治疗效果的标志物 | 本文首次将趋化因子与新辅助治疗效果关联，并利用单细胞RNA测序技术识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为潜在的治疗反应预测因子 | 本文的验证主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要在更多临床样本中进行验证 | 构建一个基于趋化因子的预测模型，以帮助风险分层和个性化治疗 | 结直肠癌患者的新辅助治疗效果 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox预测模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 187 | 2024-10-29 |
Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99112
PMID:39239507
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研究论文 | 研究了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用 | 首次构建了包含口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织的单细胞转录组图谱，并验证了IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用 | 样本量较小，仅涉及3名患者 | 探讨IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用及其机制 | 口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3名患者 |
| 188 | 2024-10-29 |
Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100327
PMID:39239520
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研究论文 | 研究TLR2激活对间充质干细胞（MSCs）介导的免疫调节和血管生成抑制的影响 | 首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的重要作用，及其在损伤后维持组织稳态中的功能 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步验证在人体中的效果 | 探讨TLR2在损伤后MSCs稳态功能中的作用 | 间充质干细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 189 | 2024-10-29 |
DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99046
PMID:39239526
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研究论文 | 研究探讨了肝癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯，发现DAB2+巨噬细胞支持FAP+成纤维细胞形成肿瘤屏障并导致不良临床结局 | 通过综合分析单细胞、批量和空间转录组数据，揭示了肝癌中CAFs的复杂性及其与巨噬细胞的相互作用 | 研究主要集中在肝癌，未来需要验证这种通讯模式在其他实体恶性肿瘤中的适用性 | 深入理解肝癌中CAFs的异质性和细胞间通讯，以提高免疫治疗效果和改善临床结局 | 肝癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、空间转录组分析、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据 | 235个肝癌scRNA-seq样本，包含超过120万细胞，以及90名肝癌患者的临床队列 |
| 190 | 2024-10-28 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，该算法使用了一种新颖的SmoothF1损失函数 | 提出了SmoothF1损失函数，该函数近似F1分数，直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微分性，适用于深度学习训练 | NA | 开发一种自动化的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，减少手动参数调整的需求 | 荧光显微镜图像中的RNA FISH斑点检测 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 深度学习算法 | 图像 | 358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张额外的合成图像 |
| 191 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
|
研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 192 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
|
研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 193 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
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研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |
| 194 | 2024-10-28 |
Biomarker discovery in acetaminophen hepatotoxicity: leveraging single-cell transcriptomics and mechanistic insight
2024 Jan-Jun, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2306219
PMID:38217408
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组学和机制研究来发现对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，识别了新的生物标志物，如CXCL14，并探讨了这些方法在生物标志物发现领域的应用前景 | 尽管识别的生物标志物具有潜力，但仍需进一步验证，特别是需要在大规模队列研究中进行分析 | 识别对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭的预后生物标志物，以确定哪些患者需要肝移植 | 对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 195 | 2024-10-28 |
RECCIPE: A new framework assessing localized cell-cell interaction on gene expression in multicellular ST data
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1322886
PMID:38327830
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研究论文 | 介绍了一种名为RECCIPE的新框架，用于评估多细胞ST数据中局部细胞间相互作用对基因表达的影响 | 提出了RECCIPE方法，结合基因表达数据、空间信息和细胞类型组成，在多元回归框架中识别细胞信号相互作用，解决了现有方法在ST数据上多重假设检验问题 | 主要针对多细胞ST数据，未提及单细胞分辨率数据的应用 | 开发一种新方法来评估多细胞系统中细胞间相互作用对基因表达的影响 | 多细胞ST数据中的细胞间相互作用及其对基因表达的影响 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 多元回归 | 基因表达数据 | 使用小鼠阿尔茨海默病模型数据进行验证 |
| 196 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus
2024, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2376649
PMID:39066603
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研究论文 | 研究了系统性红斑狼疮孕妇外周血单核细胞的单细胞RNA测序 | 首次揭示了妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的基因表达差异 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨妊娠期系统性红斑狼疮患者的免疫细胞组成和基因表达特征 | 妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名患者，包括3名活动性非妊娠期患者、3名非活动性非妊娠期患者、3名活动性妊娠期患者和3名非活动性妊娠期患者 |
| 197 | 2024-10-28 |
Suppression of IL-1β promotes beneficial accumulation of fibroblast-like cells in atherosclerotic plaques in clonal hematopoiesis
2024-Jan, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00405-9
PMID:38362011
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研究论文 | 研究探讨了IL-1β抑制对克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中成纤维细胞样细胞积累的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块中炎症小体成分在巨噬细胞中的富集，以及IL-1β受体在成纤维细胞和平滑肌细胞中的富集 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中炎症小体和IL-1β的作用 | 克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类颈动脉斑块样本 |
| 198 | 2024-10-28 |
B cell phylogenetics in the single cell era
2024-01, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.11.004
PMID:38151443
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综述 | 本文综述了如何将B细胞系统发育学与单细胞数据结合以理解免疫反应的现状和潜力 | 本文介绍了单细胞RNA测序与B细胞受体序列配对的新方法，并探讨了其在免疫反应研究中的应用 | NA | 探讨如何结合B细胞系统发育学与单细胞数据以理解免疫反应 | B细胞及其受体序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 199 | 2024-10-28 |
Analysis of cell-cell interaction between mural granulosa cells and cumulus granulosa cells during ovulation using single-cell RNA sequencing data of mouse ovary
2024 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12564
PMID:38361634
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研究论文 | 研究了在小鼠卵巢排卵过程中，壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）之间的相互作用 | 发现了三个新的相互作用：Ephrins-Ephs通路和Wnt-Lrp6通路从CGCs到MGCs，分别与类固醇生成和脂质运输相关，以及TGF-β-TGFBR1通路从MGCs到CGCs，与透明质酸合成相关 | NA | 研究排卵过程中壁颗粒细胞和卵丘颗粒细胞之间的相互作用 | 小鼠卵巢中的壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠卵巢样本，6小时后eCG-hCG注射 |
| 200 | 2024-10-27 |
Redefining the tumor microenvironment with emerging therapeutic strategies
2024, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2024.055161
PMID:39449800
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研究论文 | 本文讨论了通过调整肿瘤微环境（TME）来改善癌症治疗的新策略 | 提出了通过外泌体传递药物和增强免疫检查点抑制剂（ICIS）的联合治疗策略，以及采用细胞转移（ACT）疗法作为肿瘤治疗选项 | NA | 探讨如何通过调整肿瘤微环境来提高抗癌免疫力和克服治疗抵抗 | 肿瘤微环境及其在癌症进展和治疗反应中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | NA | NA |