单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-01-31	Revisiting the female germline cell development 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1525729 PMID:39877734	综述	本文回顾了雌性生殖细胞发育的最新进展，探讨了关键基因调控网络、表观遗传途径、细胞周期调节因子和植物激素在这一过程中的作用	利用先进技术如smFISH、LCM、染色质免疫沉淀/测序和CRISPR基因编辑，揭示了雌性生殖细胞发育不同阶段的机制	NA	探索雌性生殖细胞发育的机制	雌性生殖细胞	植物生物学	NA	smFISH, LCM, 染色质免疫沉淀/测序, CRISPR基因编辑, 单细胞转录组/空间转录组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	NA
182	2025-01-28	Gene regulatory patterning codes in early cell fate specification of the C. elegans embryo 2024-Jan-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87099 PMID:38284404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，确定了C. elegans胚胎1至102细胞阶段的转录组，揭示了119种胚胎细胞状态，并发现基因表达程序根据亚细胞谱系模块化	首次系统地研究了C. elegans胚胎早期和晚期原肠胚形成中间阶段的转录组，揭示了基因表达程序的模块化和同源基因调控模式的深度同源性	研究主要集中于C. elegans胚胎，可能不适用于其他物种	研究C. elegans胚胎早期细胞命运指定中的基因调控模式	C. elegans胚胎1至102细胞阶段的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1至102细胞阶段的C. elegans胚胎细胞
183	2024-10-24	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages alters the epigenetic state to determine strain specific synergistic responses to LPS 2024-Jan-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3759654/v1 PMID:38712032	研究论文	研究探讨了不同遗传背景下IL-4激活的组织驻留巨噬细胞对LPS刺激的协同反应	揭示了遗传变异通过改变IL-4诱导的细胞内在表观遗传重编程，导致对LPS暴露的特定品系协同反应	NA	研究不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞对多重刺激的整合机制	C57BL/6和BALB/c品系的组织驻留巨噬细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	混合骨髓嵌合小鼠
184	2025-01-26	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本研究提出了一种通过负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗体-抗原结合预测的准确性	利用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行去噪，改进了抗原结合预测的准确性	样本间数据大小和噪声结构的差异可能影响模型的普适性	提高LIBRA-seq数据中抗体-抗原特异性预测的准确性	单细胞B细胞受体测序数据	生物信息学	NA	LIBRA-seq	负二项混合模型	单细胞测序数据	9个供体的LIBRA-seq实验数据
185	2025-01-26	Single-cell RNA sequencing elucidates cellular plasticity in esophageal small cell carcinoma following chemotherapy treatment 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1477705 PMID:39850495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食管小细胞癌患者在化疗前后的细胞可塑性及肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上揭示了食管小细胞癌化疗后的细胞可塑性变化及肿瘤微环境的动态交互	研究仅基于单一患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨化疗对食管小细胞癌细胞可塑性及肿瘤微环境的影响	食管小细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的化疗前后样本
186	2025-01-25	Hyperoxia impairs induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells and drives an atherosclerosis-like transcriptional phenotype 2024, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2024.100193 PMID:38770110	研究论文	本文研究了高氧条件对诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）的影响，并探讨了其在血管疾病再生医学中的应用潜力	揭示了高氧条件下iPSC-ECs会发展出内皮-间质表型，并与动脉粥样硬化内皮细胞的转录表型有重叠	生理性4%氧浓度培养条件虽能改善高传代细胞的线粒体功能，但不足以保持其血管生成能力	探讨不同氧浓度对iPSC-ECs的生物能量学、细胞标志物表达、增殖和血管生成能力的影响	诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）	再生医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
187	2025-01-25	SGSM2 in Uveal Melanoma: Implications for Survival, Immune Infiltration, and Drug Sensitivity 2024, Protein and peptide letters IF:1.0Q4 DOI:10.2174/0109298665341953240926041613 PMID:39501960	研究论文	本研究探讨了SGSM2在葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的表达及其与生存率、免疫浸润和药物敏感性的关系	首次揭示了SGSM2在UVM中的高表达及其与不良预后的关联，并探讨了其与免疫浸润、免疫检查点基因和药物敏感性的关系	研究主要基于生物信息学分析和实验验证，需要进一步的大样本临床研究来验证这些发现	阐明SGSM2在UVM中的作用及其临床意义	葡萄膜黑色素瘤（UVM）细胞系和患者数据	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	定量实时PCR（qRT-PCR）、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	UVM细胞系和TCGA数据库中的UVM患者数据
188	2025-01-25	Integration of single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics to explore prognostic and immunotherapeutic characteristics of nucleotide metabolism in lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1466249 PMID:39845190	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和批量转录组学数据，探索了核苷酸代谢在肺腺癌中的预后和免疫治疗特性	首次构建了基于核苷酸代谢相关基因的预后风险模型，并验证了其在肺腺癌预后预测和免疫治疗响应中的准确性	研究主要依赖于公共数据库的转录组和临床数据，缺乏多中心验证和更大样本量的独立验证	探索核苷酸代谢在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗特性	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	转录组测序	Lasso + Stepcox	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
189	2025-01-24	Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 2024-Jan-22, Advanced materials technologies IF:6.4Q1 DOI:10.1002/admt.202301155 PMID:38645306	研究论文	本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度	开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化	未提及具体的技术局限或实验中的挑战	提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度	水凝胶珠	基因组学	NA	BAG-Seq工作流程	NA	基因组数据	NA
190	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
191	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
192	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
193	2025-01-23	Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951 PMID:39830981	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物	首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组学分析，单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE, Boruta算法	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169）
194	2025-01-23	Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745 PMID:39834787	研究论文	本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物	首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因	样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本	探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制	瘢痕疙瘩和正常皮肤组织	生物信息学	皮肤疾病	转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot	LASSO回归	转录组数据、单细胞数据	24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本
195	2025-01-22	An exhausted-like microglial population accumulates in aged and APOE4 genotype Alzheimer's brains 2024-01-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.12.001 PMID:38159571	研究论文	本文研究了晚期阿尔茨海默病（AD）的主要风险因素——高龄和APOE4基因变异如何改变神经免疫功能，并识别出一种在AD环境中可能代表炎症小胶质细胞耗竭状态的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体	通过整合纵向单细胞图谱和转录组及染色质可及性分析，识别出与年龄和APOE4负担增加相关的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体，并在人类AD患者大脑中检测到类似群体	研究主要基于AD模型小鼠，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨高龄和APOE4基因变异如何影响神经免疫功能，并识别与AD相关的特定小胶质细胞群体	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑免疫细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组分析、染色质可及性分析、多重空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑样本
196	2025-01-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	通过单细胞RNA测序和定制多重染色技术，利用同一病灶的纵向采样优势，揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫效应机制	研究样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，定制多重染色	NA	RNA测序数据，染色数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者
197	2025-01-20	The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis 2024-01-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020895 PMID:37879046	研究论文	本文研究了成年小鼠骨髓、脾脏和肺中巨核细胞的相对丰度及其对血小板生成的贡献	通过多种成像技术和单细胞RNA测序数据分析，揭示了骨髓是血小板生成的主要场所，而非脾脏或肺	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接适用性尚需进一步验证	探讨不同器官中巨核细胞的丰度及其对血小板生成的贡献	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺	生物医学	NA	全组织光片成像、定量组织学成像、流式细胞术、活体成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、RNA测序数据	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺样本
198	2025-01-16	Optimization of Tissue Digestion Methods for Characterization of Photoaged Skin by Single Cell RNA Sequencing Reveals Preferential Enrichment of T Cell Subsets 2024-01-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13030266 PMID:38334658	研究论文	本文比较了三种人类皮肤组织的消化方法，评估了每种协议的细胞产量和存活率，并发现使用多步酶消化顺序解离方法能产生最高的细胞存活率	本文首次比较了三种不同的皮肤组织消化方法，并通过单细胞测序技术揭示了顺序消化方法在提高非抗原呈递肥大细胞和CD8 T细胞比例方面的优势	研究仅针对新鲜处理的人类皮肤样本，未涉及其他类型或状态的皮肤样本	优化皮肤组织的消化方法，以提高单细胞RNA测序中的细胞产量和存活率	人类皮肤组织	单细胞测序	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提到使用人类皮肤组织
199	2025-01-07	Spatial transcriptomics in breast cancer: providing insight into tumor heterogeneity and promoting individualized therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1499301 PMID:39749323	研究论文	本文综述了空间转录组学的关键技术方法、最新进展及其在乳腺癌中的应用，并讨论了当前空间转录组学方法的局限性和未来发展前景	空间转录组学解决了单细胞RNA测序缺乏空间信息的问题，能够定位和区分特定组织区域内功能基因的活跃表达，有助于识别新的乳腺癌亚型和空间区分特征，促进个体化精准治疗	当前空间转录组学方法仍存在局限性，未来需要进一步发展和改进	推进乳腺癌研究，全面理解肿瘤异质性、肿瘤微环境和耐药机制	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	RNA-seq数据	NA
200	2025-01-07	New Posttranslational Modification Lactylation Brings New Inspiration for the Treatment of Rheumatoid Arthritis 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497240 PMID:39758940	综述	本文综述了乳酸化在类风湿性关节炎（RA）相关细胞和机制中的研究，为RA的发病机制、诊断和治疗提供了新的见解	提出了乳酸化作为一种新的翻译后修饰在RA中的关键作用，并发现了潜在的生物标志物	本文为综述文章，未涉及具体实验数据，缺乏直接的研究验证	探讨乳酸化在类风湿性关节炎中的作用及其潜在的治疗应用	类风湿性关节炎相关细胞，如成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	NA	NA