单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-14	From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2390823 PMID:39263926	综述	探讨胎儿环境暴露通过脐带血DNA甲基化影响疾病起源的机制及其研究挑战与前景	强调脐带血DNA甲基化作为胎儿表观遗传窗口的重要性，并指出单细胞测序等新兴技术对解决现有局限的潜力	存在组织特异性问题、甲基化芯片覆盖范围有限以及细胞组成变异等混杂因素	阐明环境暴露与表观基因组的相互作用，推动从生命最早阶段促进终身健康的预防策略和个性化医疗	胎儿及其脐带血样本	表观遗传学	多类疾病（如肥胖、神经发育障碍）	DNA甲基化分析、单细胞测序	NA	表观遗传数据（DNA甲基化）	NA（未指定具体样本数量）
2	2025-09-11	An update on periodontal inflammation and bone loss 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436 PMID:38919613	综述	本文更新了关于牙周炎症和骨丢失的最新研究进展，重点探讨了牙周病的免疫反应机制及其系统性影响	利用scRNA-seq和动物研究提供了对牙周病免疫反应的新见解，强调了菌群失调在疾病发生发展中的关键作用	NA	探讨牙周病的免疫机制及其与系统性疾病的关联，以开发新的治疗策略	牙周病及其相关的免疫细胞和口腔微生物组	NA	牙周病	scRNA-seq	NA	NA	NA
3	2025-09-09	Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17 PMID:38819570	研究论文	比较分析空间转录组学（ST）数据处理方法，重点关注Visium平台的分析流程	首次系统比较Visium平台分析流程中不同spot选择和基因组/转录组参考对结果的影响	仅针对制造商提供的软件套件进行分析，未涵盖其他ST平台或自定义分析方法	解析空间转录组学数据分析的关键挑战和方法比较	10x Visium技术产生的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）、RNA-Seq、显微成像	NA	基因表达数据、显微镜图像	数千个micrometer scale spots（具体数量未明确说明）
4	2025-09-07	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的疗效及免疫生物标志物变化	首次在随机对照试验中验证zanubrutinib对COVID-19患者炎症信号的抑制作用，同时保留病毒血清学反应	多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗可能影响结果，临床恢复指标未显示显著改善	评估BTK抑制剂zanubrutinib治疗SARS-CoV-2感染相关呼吸窘迫的疗效和免疫调节作用	COVID-19住院患者（分为非机械通气组和机械通气≤24小时组）	临床医学	COVID-19	随机对照试验、单细胞转录组分析、血清学检测	NA	临床数据、血清学数据、转录组数据	队列1: 63例患者（zanubrutinib组30例，安慰剂组33例）；队列2: 4例患者
5	2025-09-06	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024, BMC methods DOI:10.1186/s44330-024-00015-2 PMID:40893796	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺）
6	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
7	2025-08-30	Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche 2024-01-05, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152 PMID:38181095	研究论文	本研究揭示皮肤中调节性T细胞（Treg）通过高亲和力IL-2受体介导的细胞外机制，保护毛囊干细胞巢免受自身免疫攻击	开发了皮肤特异性Treg基因重组技术，首次证明非淋巴器官中存在局部免疫耐受机制，并发现IL-2信号通路在毛囊干细胞保护中的关键作用	人类脱发症样本仅涉及罕见类型，模型可能无法完全代表所有自身免疫性脱发病理	探究皮肤组织中自身免疫耐受的维持机制及其对毛囊干细胞的保护作用	小鼠皮肤调节性T细胞、毛囊干细胞巢、人类脱发症病理样本	免疫学	自身免疫性疾病	空间转录组学、遗传重组技术	NA	基因表达数据、组织病理数据	小鼠模型及人类罕见脱发症样本（具体数量未明确说明）
8	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03177-y PMID:38291503	研究论文	开发了一种用于单细胞RNA测序样本解复用的新算法deMULTIplex2	采用受条形码交叉污染机制模型启发的算法，使用广义线性模型和期望最大化方法概率性确定细胞样本身份	NA	解决单细胞RNA测序中样本解复用的技术挑战	单细胞RNA测序数据中的样本条形码	生物信息学	NA	scRNA-seq，样本复用技术	广义线性模型，期望最大化算法	基因表达数据	NA
9	2025-08-29	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文验证了在单细胞RNA测序流程中通过热灭活尼帕病毒的有效性，且不影响样本质量	发现并验证在cDNA合成后增加热灭活步骤可有效灭活BSL-4级病原体尼帕病毒，同时保持scRNA-seq数据质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业平台，未测试其他BSL-4病原体或平台	开发适用于BSL-4病原体的单细胞RNA测序安全流程	尼帕病毒（NiV）及感染细胞样本	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, 热灭活	NA	RNA测序数据	未明确具体样本数量，但基于微流控平台测试
10	2025-08-10	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	该研究通过整合全基因组关联研究和单细胞转录组学数据，揭示了精神疾病与人类大脑细胞类型及区域的关联	利用成人脑综合图谱，首次将精神疾病的SNP遗传力富集分析从单个细胞类型扩展到脑区，并揭示了精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症的特定神经元簇富集	研究依赖于人类脑图谱数据，可能受限于样本量和脑区覆盖范围	解码精神疾病的遗传基础与脑细胞类型及区域的关联	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症等精神疾病及智力、教育程度、神经质等性状	基因组学与神经科学	精神疾病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞转录组学、功能磁共振成像(fMRI)	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
11	2025-08-10	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-01-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	research paper	该研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，识别了极早产儿败血症的动态血液免疫特征	发现了败血症期间白细胞群体中amphiregulin的上调，并验证了其作为血浆分析物与疾病临床体征的相关性	研究样本仅限于极早产儿(<32周妊娠)，结果可能不适用于其他年龄段	提高极早产儿败血症的诊断准确性	极早产儿(<32周妊娠)的血液样本	免疫学	败血症	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 血浆分析	NA	血液样本数据	极早产儿(<32周妊娠)的纵向血液样本
12	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-01-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤间质细胞的分子变化及其作用	识别了8个具有跨物种一致性的基质细胞亚群，并发现了periostin在侵袭和分化中的作用，提出了超越传统Gleason评分的转移预测基因特征	主要基于小鼠模型数据，人类样本验证仍需进一步研究	阐明间质细胞在前列腺癌进展中的具体作用机制	前列腺癌肿瘤微环境中的间质细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMMs)	RNA测序数据	4种基因工程小鼠模型和人类肿瘤样本
13	2025-08-08	Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants 2024-01-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030 PMID:37918471	研究论文	研究纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面最早的细胞群，并发现纳米级表面通过影响骨祖细胞和免疫细胞（巨噬细胞）以表面特异性方式改变骨形成过程	研究主要关注短期（21天内）的骨整合效果，长期效果尚不明确	评估不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能和组织反应的影响	间充质干细胞（MSCs）和骨髓来源巨噬细胞（BMMs）	生物材料	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外和体内实验，具体样本数量未明确说明
14	2025-08-07	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物心脏发育的复杂过程	利用单细胞RNA测序技术揭示心脏发育过程中的细胞异质性和时空转录组景观	NA	探索哺乳动物心脏发育的分子机制及其与先天性心脏病的关联	人类和小鼠心脏发育过程中的心肌细胞和非心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
15	2025-08-06	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了全反式维甲酸(atRA)诱导的腭裂中巨噬细胞的激活情况	首次在单细胞水平上描绘了atRA诱导腭裂的细胞图谱，揭示了骨髓细胞特别是M1样巨噬细胞和单核细胞的异常激活	研究仅基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究atRA暴露对腭组织发育的影响及其与腭裂发生的关联	妊娠16.5天的小鼠腭组织	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露组和正常组小鼠腭组织样本
16	2025-08-03	The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296264 PMID:38206912	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示人类外周静脉复杂的细胞生态系统	首次在单细胞水平上解析了非病变人类上臂静脉的微解剖结构，揭示了静脉内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞群的复杂生态系统	研究仅基于4个非病变静脉样本，样本量较小	探索静脉壁结构、重塑过程和炎症反应的细胞基础	人类上臂静脉（3条贵要静脉，1条头静脉）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类	转录组数据	4个非病变人类静脉样本，共20,006个细胞
17	2025-07-26	A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/1874467217666230517104426 PMID:37198994	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和RNA测序的生物医学数据，以及药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用的网络医学数据，识别了腹主动脉瘤的关键靶点和潜在药物化合物	提出了一个基于炎症基因的网络医学框架，用于识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物，并发现了与免疫评分和炎症通路密切相关的关键靶点SLC2A3和IER3	研究主要依赖于计算模拟和体外数据，尚未进行体内实验验证	识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物	腹主动脉瘤的单细胞RNA测序和RNA测序数据，药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用网络	数字病理学	腹主动脉瘤	scRNA-seq, RNA-seq	网络医学框架	基因表达数据，药物-靶标相互作用数据，蛋白质-蛋白质相互作用数据	AAA和非动脉瘤对照样本中的10种细胞类型
18	2025-07-25	Exploring the Immune-related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	通过整合数据集分析探索颞叶癫痫和重度抑郁症共病的免疫相关分子机制	识别了TLE和MDD共有的关键基因及其免疫相关分子机制，并预测了潜在治疗药物	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探索TLE和MDD共病的分子机制及其在诊断和治疗中的应用	颞叶癫痫(TLE)和重度抑郁症(MDD)患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林(RF)	基因表达数据	来自GEO数据库的脑组织基因表达数据
19	2025-07-24	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	开发了niche-DE和niche-LR两种方法，专注于细胞类型特异性空间生态位相关基因的识别及配体-受体信号机制的揭示	未提及具体的技术限制或数据适用性的详细讨论	研究空间转录组数据中细胞间相互作用对局部基因表达的影响	空间转录组数据中的细胞类型及其基因表达	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
20	2025-07-24	Inflammatory Alterations to Renal Lymphatic Endothelial Cell Gene Expression in Mouse Models of Hypertension 2024, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000539721 PMID:38972305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了高血压模型中肾脏淋巴内皮细胞的炎症性基因表达变化	首次揭示了高血压条件下肾脏淋巴内皮细胞的转录组多样性增加及炎症相关基因和通路的显著变化	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	评估高血压条件下肾脏淋巴内皮细胞的具体变化	小鼠肾脏中的CD31+和podoplanin+细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用血管紧张素II诱导和盐敏感的高血压小鼠模型