单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小细胞肺癌相关恶性胸腔积液的肿瘤免疫微环境特征	首次在恶性胸腔积液背景下应用单细胞RNA测序技术分析小细胞肺癌的免疫微环境	样本量较小（仅1例患者），未进行功能验证实验	解析小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	单细胞转录组数据	8008个高质量细胞（来自1例患者）
2	2025-07-02	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，特别是对免疫反应和炎症信号的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的免疫调节作用和临床效果	SARS-CoV-2感染的住院患者，包括需要住院治疗但无需机械通气的患者（队列1）和机械通气≤24小时的患者（队列2）	医学研究	COVID-19	随机对照试验，单细胞转录组分析	NA	临床数据，生物标志物数据	队列1：63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名）；队列2：4名患者
3	2025-07-01	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	research paper	本文探讨了肺部巨噬细胞的起源、表型和功能，以及它们在呼吸系统疾病中的功能障碍	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用及其在疾病中的变化	未具体说明研究样本量或实验设计的详细限制	研究巨噬细胞功能障碍的机制，以开发针对慢性呼吸系统疾病的靶向治疗	肺部巨噬细胞及其在慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化和特发性肺纤维化(IPF)等疾病中的表现	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病, 哮喘, 囊性纤维化, 特发性肺纤维化	谱系追踪, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4	2025-06-22	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	research paper	本研究探讨了羊膜生成体壁细胞（ASCs）在心血管发育中的多样化贡献，特别关注甲状腺血管系统的形成	揭示了ASCs不仅形成羊膜，还迁移至胚胎内分化为心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，尤其在甲状腺血管形成中发挥选择性作用	iASCs的详细分化过程和最终分布仍不完全清楚	阐明ASCs在心血管发育中的作用机制，特别是对甲状腺血管系统的贡献	鹌鹑-鸡嵌合体中的羊膜生成体壁细胞（ASCs）及其在胚胎内的分化	developmental biology	NA	quail-chick chimera analysis, explant culture, single-cell transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	鹌鹑-鸡嵌合体模型
5	2025-06-21	leptin b and its regeneration enhancer illustrate the regenerative features of zebrafish hearts 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.556 PMID:36495292	研究论文	该研究利用leptin b（lepb）及其组织再生增强子元素（TREE）解析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的异质性	发现lepb可作为再生特异性标记物，用于区分损伤激活的内皮细胞，并揭示了lepb+内皮细胞作为信号中心与其他心脏细胞互动的促再生作用	研究局限于斑马鱼模型，未验证在高等哺乳动物中的保守性	解析心脏再生过程中的细胞异质性和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞（内皮细胞、心外膜细胞等）	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析、转基因品系	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼心脏损伤模型
6	2025-06-19	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	通过空间转录组学技术识别良性前列腺增生（BPH）中潜在的基质驱动因子	首次利用激光显微切割和转录组分析技术，识别出BPH基质中可能介导前列腺腺上皮诱导的分泌因子IGF1和CXCL13，并验证了它们在BPH成纤维细胞中的共表达	研究仅部分支持历史关于BPH病因的推测，且未全面验证所有潜在分子靶点的治疗潜力	探究良性前列腺增生（BPH）的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质组织及腺上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割、转录组分析、RNA原位杂交、3D培养	NA	转录组数据、组织样本	患者来源的BPH细胞类器官和BPH-1细胞球体
7	2025-06-19	Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation 2024-01-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169885 PMID:38258908	研究论文	本文研究了肾脏缺血再灌注损伤（IRI）中细胞外囊泡（EV）携带的蛋白质如何介导近端小管细胞（PTs）与单核吞噬细胞（MP）之间的细胞间通讯	通过多组学分析结合单细胞RNA测序和肾脏EV蛋白质谱，揭示了整合素β1富集的EV在招募Fn1+巨噬细胞并加剧炎症反应中的作用	缺乏对EV分泌阻断剂GW4869作用机制的详细探讨	阐明肾脏IRI中PTs与MP之间的细胞间通讯机制	近端小管细胞（PTs）和单核吞噬细胞（MP）	细胞生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质谱分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
8	2025-06-19	Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935 PMID:39872529	研究论文	该研究通过多组学方法分析了亚洲人群中的乳腺血管肉瘤（AS-B），揭示了其与头颈部血管肉瘤（AS-HN）在分子和免疫特征上的差异	首次在亚洲人群中系统描述了AS-B的临床和分子特征，并发现其与血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的富集相关	样本量较小（AS-B仅16例），可能影响统计效力	阐明亚洲人群中AS-B的疾病特征及其潜在治疗靶点	176例血管肉瘤患者（其中AS-B 16例）	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序（WGS）、NanoString基因表达谱分析、10x Genomics Visium空间转录组学	NA	基因组数据、基因表达数据、空间转录组数据	176例血管肉瘤患者（AS-B 16例，AS-HN 104例）
9	2025-06-18	Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-01-29, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad043 PMID:37878760	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）共有的免疫相关基因标记	首次结合WGCNA和机器学习方法筛选并验证了13个COPD与MetS共有的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肺泡巨噬细胞中ROS的积累	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索COPD与MetS共有的免疫相关生物标志物及其潜在机制	慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病, 代谢综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	机器学习（具体模型未说明）	RNA测序数据	NA
10	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者
11	2025-06-18	Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1489155 PMID:40520647	综述	本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应及其机制，旨在为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解	结合基因组学、单细胞测序、stereo-seq等先进技术与表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术，全面深入研究植物在镉暴露后的表观遗传变化	NA	分析植物对镉胁迫的表观遗传机制，为可持续农业和重金属污染土壤的生物修复提供理论支持	植物对镉胁迫的表观遗传响应	植物生物学	NA	基因组学、单细胞测序、stereo-seq、表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术	NA	NA	NA
12	2025-06-15	Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh5520 PMID:38232171	研究论文	该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢	揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响	新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s）	免疫学	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	小鼠新生儿胸腺组织
13	2025-06-15	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-01-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用	发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制	研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性	触觉圆顶（TD）角质形成细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
14	2025-06-14	The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis 2024-01-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1120 PMID:38170765	research paper	研究探讨了CXCR3趋化因子受体在流感发病过程中对CD8+ T细胞依赖性肺病理的促进作用	通过单细胞RNA测序分析揭示了CD8+ T细胞亚群在流感感染期间的多样性，并发现CXCR3阻断可以减轻肺损伤而不影响病毒清除	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CD8+ T细胞在流感控制与肺病理中的双重作用及CXCR3的潜在治疗价值	流感感染的小鼠肺组织中的CD8+ T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	流感感染的小鼠模型
15	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
16	2025-06-10	Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae085 PMID:38911824	研究论文	本研究提出了一种名为EAD的计算方法，利用个体间基因表达的差异共表达模式来解复用单细胞RNA测序数据，无需额外实验步骤	EAD方法首次利用个体间差异共表达模式进行解复用，结合遗传信息可提高分配准确性，并可识别同一供体不同激活状态的细胞	方法在非免疫细胞中的应用效果需进一步验证	开发无需额外实验步骤的单细胞RNA测序数据解复用方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6只同基因近交系小鼠、30份脓毒症和健康个体样本、脑单核转录组图谱
17	2025-06-10	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	research paper	本文介绍了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	提出了社区连通性分析（ACC）方法，填补了现有工具在分析细胞群落内部及之间相对相似性方面的空白	NA	开发一种计算工具来表征空间转录组数据中细胞群落的连通性	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	空间转录组技术（10× Visium、NanoString CosMx）	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	包括小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人类小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
18	2025-06-09	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的分步协议，适用于生成高质量单细胞多组学数据集	提供了针对小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离协议，讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未提及具体样本量或实验重复次数	开发从造血器官中分离高质量基质细胞的标准化方法	小鼠和人类胸腺、小鼠骨骼和骨髓中的基质细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	NA
19	2025-06-07	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	本文研究了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运体和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，并减少胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	研究样本量较小，仅包括9个胃癌样本	探究BATF2在胃癌干细胞样特性和化疗耐药性中的作用	胃癌细胞	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞培养、肿瘤细胞球体和类器官实验、皮下肿瘤形成实验、免疫组织化学和免疫印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	9个胃癌样本
20	2025-06-07	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	research paper	该研究结合空间转录组学和计算模型，探索了放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	首次将空间转录组学与计算模型结合，用于评估放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量分布和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集，样本量较小	探索放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	前列腺癌肿瘤微环境	digital pathology	prostate cancer	spatial transcriptomics, PBPK模型, MIRD形式主义	CRD模型, 线性二次模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集