单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-15 |
Autoimmune uveitis attenuated in diabetic mice through imbalance of Th1/Th17 differentiation via suppression of AP-1 signaling pathway in Th cells
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1347018
PMID:38887289
|
研究论文 | 本研究利用小鼠模型探讨糖尿病对自身免疫性葡萄膜炎发展的影响及其免疫机制 | 首次揭示糖尿病通过抑制Th细胞中的AP-1信号通路，导致Th1/Th17分化失衡，从而减轻自身免疫性葡萄膜炎 | 研究基于小鼠模型，未在人体中验证；具体分子机制尚需进一步探索 | 探究糖尿病状态对器官特异性自身免疫性疾病（如葡萄膜炎）的影响 | 野生型C57BL/6小鼠和自发糖尿病Ins2Akita小鼠 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎，糖尿病 | 单细胞RNA测序，免疫组化，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，具体数量未明确，涉及WT和Akita两组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 2 | 2026-05-11 |
Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types
2024-01-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44742-0
PMID:38233398
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研究论文 | 通过整合单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）和RNA-seq（scRNA-seq）数据，识别与大脑疾病相关的胎儿和成体脑细胞类型 | 首次大规模整合GWAS数据与超300万scATAC-seq和scRNA-seq图谱，从染色质可及性和基因表达两个维度识别脑疾病关键细胞类型 | 研究依赖GWAS汇总统计数据，可能遗漏罕见变异或细胞类型特异效应；仅覆盖83种细胞类型，仍存在未检测的细胞亚型 | 利用单细胞表观组学和转录组学数据，优先识别与脑部疾病相关的关键胎儿和成体脑细胞类型 | 28种脑部相关疾病/特征以及83种细胞类型的scATAC-seq和scRNA-seq图谱 | 计算生物学、基因组学 | 脑部疾病（如重度抑郁症、精神分裂症、ADHD）、代谢特征（如BMI） | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞染色质可及性数据、单细胞基因表达数据、GWAS汇总统计 | 28种疾病/特征的平均样本量约298,000人；单细胞数据包含320万个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-05-11 |
The phosphatase DUSP22 inhibits UBR2-mediated K63-ubiquitination and activation of Lck downstream of TCR signalling
2024-01-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44843-w
PMID:38225265
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研究论文 | 揭示DUSP22磷酸酶通过抑制UBR2介导的Lck K63-泛素化来调控T细胞受体信号通路 | 首次发现E3泛素连接酶UBR2是T细胞活化中Lck的正向上游调控因子，并阐明DUSP22通过去磷酸化UBR2促使其降解的调控机制 | 未提及具体局限性 | 研究T细胞激活过程中Lck激酶的调控机制及其在炎症反应中的平衡作用 | T细胞受体信号通路中的关键蛋白DUSP22、UBR2和Lck | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 系统性红斑狼疮患者外周血T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-11 |
BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data
2024-01-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44560-w
PMID:38218939
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研究论文 | 提出BIDCell框架，利用自监督深度学习结合细胞形态和基因表达数据，实现亚细胞空间转录组数据的细胞分割 | 引入生物信息指导的损失函数，融合单细胞转录组和细胞形态信息，实现高精度细胞分割，避免碎片化或过大细胞导致的污染表达 | 未提及具体限制，但可能依赖高质量参考数据且对新型组织类型泛化能力未知 | 开发改进的细胞分割方法，提升亚细胞空间转录组数据中细胞识别的准确性和基因分配精度 | 亚细胞空间转录组数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 亚细胞成像转录组学、单细胞转录组学 | 自监督深度学习框架 | 空间基因表达数据、细胞形态图像 | 多种组织类型和技术平台的数据集 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-05-11 |
Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency
2024-01-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020276
PMID:37729611
|
研究论文 | 整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析t(11;14)多发性骨髓瘤及其BCL2依赖性 | 首次在原发性多发性骨髓瘤细胞中整合单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq分析，深入解析t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控组和转录组及其对venetoclax耐药性的影响 | 未明确说明 | 揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制 | t(11;14)多发性骨髓瘤患者 | 表观遗传学 | 多发性骨髓瘤 | ATAC-seq, RNA-seq | NA | 单细胞测序数据 | 原发性MM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2026-05-09 |
Nephron progenitors rhythmically alternate between renewal and differentiation phases that synchronize with kidney branching morphogenesis
2024-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568157
PMID:38045273
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研究论文 | 该文章结合空间转录组数据与分支形态发生的生命周期，发现肾单位祖细胞在Wnt、Hippo-Yap、维甲酸等通路的调控下，节奏性地交替更新与分化阶段，并与肾脏分支形态发生同步 | 首次通过空间转录组学揭示肾单位祖细胞在微环境中节奏性交替更新与分化相，并阐明了Wnt/β-catenin与YAP信号时间重叠将分化信号转化为更新信号的机制 | 未详细说明样本量及体内验证的局限性 | 探究肾单位祖细胞如何协调自我更新与分化以匹配肾脏分支形态发生的节奏 | 小鼠肾脏发育中的肾单位祖细胞及人干细胞衍生的肾单位祖细胞类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-09 |
TooManyCellsInteractive: A visualization tool for dynamic exploration of single-cell data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae056
PMID:39172544
|
研究论文 | 介绍TooManyCellsInteractive (TMCI)，一种基于浏览器的JavaScript应用，用于交互式探索单细胞数据中的细胞群体 | 提供直观界面可视化径向树表示的分层细胞亚群，支持多分辨率覆盖、过滤和比较生物学特征 | NA | 开发一种用户友好的可视化工具，促进大规模单细胞测序数据的探索 | 药物耐受持久性细胞中的泛癌分析数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-09 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
|
研究论文 | 提出StereoSiTE框架，结合开源生物信息学工具和自定义算法，从空间转录组数据中推断免疫肿瘤微环境（iTME）中细胞邻域（CN）的功能性空间细胞相互作用强度（SCII） | 首次提供综合性分析框架，充分利用空间信息来精确推断细胞邻域内的空间细胞相互作用强度，并成功识别出由中性粒细胞主导的细胞邻域及其在治疗后的免疫肿瘤微环境重塑作用 | 仅应用于异种移植模型，可能需要在临床样本中进一步验证；框架的通用性和可扩展性尚未在多种数据类型和条件下全面测试 | 开发一种能够全面利用空间转录组数据、精确分析免疫肿瘤微环境中细胞邻域和空间细胞相互作用的分析框架 | 异种移植模型中的空间转录组数据集 | 计算生物学, 生物信息学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-09 |
demuxSNP: supervised demultiplexing single-cell RNA sequencing using cell hashing and SNPs
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae090
PMID:39607981
|
研究论文 | 提出一种名为demuxSNP的监督算法，结合细胞哈希和单核苷酸多态性进行单细胞RNA测序的多重样本拆分 | 首次使用监督学习方法，同时利用细胞哈希和SNP两种数据模态进行样本拆分，提高了低质量哈希数据的分类准确性并克服了类别不平衡问题 | 要求生物学样本具有遗传差异，且依赖高质量哈希数据初步推断基因型 | 改进单细胞RNA测序多重样本拆分的准确性和稳健性 | 模拟数据和肾细胞癌真实数据 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, 细胞哈希, SNP分析 | 最近邻算法 | 单细胞基因表达数据, 基因型数据 | 模拟数据（含5-50%双细胞率）及真实肾细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-05-09 |
GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae088
PMID:39658191
|
研究论文 | 本文介绍了GADES，一个GPU加速的Kendall距离计算软件包，适用于大型或稀疏数据 | 提出利用GPU进行大规模并行Kendall-τ距离矩阵计算，通过特定内存管理突破GPU容量限制，并针对稀疏数据设计了额外加速算法 | 未提及具体局限性，可能依赖GPU硬件资源 | 开发高性能Kendall距离矩阵计算方法，实现大数据的高效处理 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 数值数据 | 模拟数据集和真实单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-09 |
Identification and experimental validation of cuproptosis regulatory program in a sepsis immune microenvironment through a combination of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336839
PMID:38947313
|
研究论文 | 结合单细胞和批量RNA测序技术，识别并实验验证脓毒症免疫微环境中的铜死亡调控程序 | 首次在脓毒症中构建基于铜死亡的风险模型，并利用单细胞测序揭示铜死亡活性评分与单核细胞的关联及免疫微环境特征 | 未提及具体局限性，但可能包括模型验证样本量有限或体外实验的临床相关性需进一步验证 | 建立基于铜死亡的风险模型以诊断和预测脓毒症风险，并鉴定用于靶向治疗的铜死亡相关基因 | 脓毒症患者的免疫微环境及铜死亡相关基因 | 机器学习和数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、Cox回归、流式细胞术、蛋白质印迹法、ELISA | LASSO回归模型、Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据 | 三个外部队列用于模型验证，具体样本量未在摘要中提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析 |
| 12 | 2026-05-09 |
Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957
PMID:38779688
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术，鉴定了血吸虫诱导肺动脉高压中三种间质巨噬细胞亚群，并揭示了其功能串扰机制 | 首次阐明了血吸虫诱导肺动脉高压中常驻FOLR2+间质巨噬细胞分泌单核细胞招募配体，而招募的CCR2+间质巨噬细胞表达血小板反应蛋白-1（TSP-1）驱动肺动脉高压病理的细胞间对话机制 | 未在人体样本中验证，且仅关注小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群，未涉及其他免疫细胞类型 | 探究血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的功能分化及其在病理中的作用 | 血吸虫暴露后的小鼠肺间质巨噬细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未暴露组及血吸虫暴露后第1、3、7天的小鼠肺间质巨噬细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 13 | 2026-05-09 |
Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384
PMID:38827745
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研究论文 | 本文研究了TLR9信号激活对细菌性腹膜炎期间CD55低表达成纤维网状细胞免疫调节功能的抑制作用 | 首次通过单细胞RNA测序发现肠系膜脂肪相关淋巴簇中两种成纤维网状细胞亚型（CD55高表达和CD55低表达），并揭示TLR9信号特异性抑制CD55低表达亚型的增殖、细胞因子产生和类维生素A代谢 | 仅在小鼠模型和人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞中验证，未在临床患者中直接验证治疗效果 | 探索TLR9信号在不同成纤维网状细胞亚型中的调控作用及其对腹膜炎免疫应答的影响 | 小鼠肠系膜脂肪相关淋巴簇的成纤维网状细胞亚型及人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞 | 免疫学 | 细菌性腹膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-09 |
Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984
PMID:39896814
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和转录组学分析阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制 | 首次结合双向孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序验证，识别出CTSB、IL10和AGER作为特发性肺纤维化的潜在生物标志物 | 孟德尔随机化分析依赖公开数据库，可能受人群分层影响；单细胞分析样本量有限，需要进一步实验验证 | 阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关联并探索潜在生物标志物 | 循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化 | 自然语言处理 | 特发性肺纤维化 | 孟德尔随机化分析、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 公开数据库来源，未明确样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-09 |
Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327
PMID:39906743
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研究论文 | 构建了一种新型细胞焦亡-免疫相关长链非编码RNA特征，揭示乳腺癌中不同的免疫细胞浸润景观 | 首次整合细胞焦亡与免疫相关lncRNA构建六lncRNA预后特征，并在单细胞水平验证免疫细胞浸润差异 | NA | 探索细胞焦亡和免疫相关lncRNA作为乳腺癌治疗靶点的潜力，构建预后及免疫治疗反应预测特征 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | Cox回归, LASSO | 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA数据集（训练集和测试集），单细胞数据集GSE176078 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2026-05-09 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
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研究论文 | 一项随机、安慰剂对照试验评估BTK抑制剂zanubrutinib对COVID-19呼吸窘迫住院患者的免疫生物标志物和临床效果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了zanubrutinib在COVID-19患者中减少炎症信号并保留SARS-CoV-2血清学反应的作用，同时发现其对γ-δ T细胞的激活作用 | 样本量较小（队列1共63例，队列2仅4例），多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗可能干扰结果，且未在临床恢复方面显示优于安慰剂 | 评估下一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染伴呼吸窘迫住院患者中的疗效和免疫学影响 | COVID-19呼吸窘迫住院患者（无需机械通气和需机械通气≤24小时） | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 队列1共63例（zanubrutinib组30例，安慰剂组33例），队列2共4例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞转录组分析 |
| 17 | 2026-05-09 |
Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842
PMID:39911580
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研究论文 | 本研究通过分析33种癌症的免疫组成，区分热/冷肿瘤微环境，识别调控的免疫基因和潜在药物靶点 | 提出基于CD8+ T细胞、激活NK细胞和M2型巨噬细胞等免疫特征区分热/冷肿瘤的框架，并发现NT5E等核心基因及达沙替尼等药物可转化冷肿瘤为热肿瘤 | 未明确提及局限性，但可能包括数据来源单一（仅TCGA）、临床验证仅在胰腺癌中进行、药物转化效果需进一步验证 | 建立跨癌种的临床相关热/冷肿瘤免疫亚型分类框架，并鉴定调控肿瘤微环境的免疫基因及潜在治疗药物 | 33种癌症类型的肿瘤组织样本及临床数据 | 机器学习 | 泛癌种（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌、宫颈鳞状细胞癌等） | NA | CIBERSORT算法 | 基因表达数据、临床生存数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库中的33种癌症类型的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-08 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和蛋白质组学分析，发现COL6A3是狼疮性肾炎的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次通过整合单细胞转录组和蛋白质组数据揭示COL6A3在狼疮性肾炎发病机制中的核心作用，并验证其在系膜细胞中的特异性表达 | 样本量有限（单细胞数据21例LN和3例对照，蛋白质组数据9例LN和11例对照），且未提及外部验证队列的多样性和长期随访结果 | 识别狼疮性肾炎的新型生物标志物和治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者和健康对照的肾脏单细胞及血液蛋白质样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组化, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 单细胞数据：21例LN患者和3例健康对照；蛋白质组数据：9例LN患者和11例无LN的SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-05-08 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-01, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MIF-(CD74+CXCR4)通路在转移性甲状腺乳头状癌中抑制巨噬细胞的作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示甲状腺乳头状癌通过MIF信号通路抑制巨噬细胞活性从而促进淋巴结转移的机制 | 样本量较小（仅1例用于scRNA-seq，61例用于验证），需要更大样本和功能实验进一步验证 | 探究甲状腺乳头状癌转移的潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织、癌旁正常甲状腺组织和淋巴结转移灶 | 单细胞转录组学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例用于单细胞RNA测序（28,839个细胞），61例（31例有转移，30例无转移）用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-08 |
Revealing molecular and cellular heterogeneity in hypopharyngeal carcinogenesis through single-cell RNA and TCR/BCR sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1310376
PMID:38720887
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR/BCR测序揭示下咽癌发生过程中的分子和细胞异质性 | 首次构建了下咽癌发生过程中不同疾病阶段组织微环境内细胞的动态转录组图谱，并鉴定了与癌变密切相关的特定细胞亚群及关键分子MAGEA3和MMP3 | 样本量有限，仅涉及9个组织样本，可能无法完全代表下咽癌发生过程中的全部细胞异质性 | 探究下咽癌发生过程中组织微环境内不同细胞簇的变化及其对癌症发展的影响 | 下咽鳞状细胞癌（HSCC）及其癌前病变组织中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 下咽癌 | 单细胞RNA测序，TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组库数据 | 9个组织样本，共60,854个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞TCR/BCR测序 | NA | NA |