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当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-13 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.574997
PMID:38260455
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA-seq CRISPR筛选，鉴定了一类响应机械微环境的新型基因组增强子——机械增强子 | 首次系统鉴定并命名了响应细胞外基质硬度的“机械增强子”，并通过表观基因组编辑实现在刚性材料上模拟软材料环境的基因表达模式 | 未明确机械增强子在具体疾病模型中的完整调控网络及其临床转化路径 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录与表型 | 基因组增强子、细胞机械响应通路 | 表观遗传学、细胞力学 | NA | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选 | CRISPR筛选模型 | 表观基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-12-03 |
Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders
2024-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02673-1
PMID:38123840
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学等多种技术，全面描绘了人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的多组学空间景观 | 首次在人类样本中系统性地揭示了中枢神经系统边界区域（如脑膜、脉络丛、血管周围间隙）先天免疫细胞（特别是CNS相关巨噬细胞，CAMs）的时空异质性和功能多样性，并比较了生理状态与疾病状态（如胶质母细胞瘤）下髓系细胞分布的差异 | 样本主要来自死后组织或手术切除样本，可能无法完全反映活体动态过程；空间转录组学分辨率虽高，但尚未达到单细胞水平；对某些罕见细胞亚群的功能验证仍需进一步实验 | 全面表征人类中枢神经系统边界区域的免疫系统组成、空间分布及在发育、健康和疾病状态下的变化 | 人类中枢神经系统边界区域的先天免疫细胞（包括小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞），以及胶质母细胞瘤样本中的髓系细胞 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 飞行时间质谱流式细胞术, 单细胞空间转录组学, 命运图谱, 高级免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间转录组数据, 组织图像数据 | 来自102个个体的超过356,000个转录组；15例外周血干细胞移植患者的脑组织样本；解剖分离的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-11-25 |
Unveiling the NEFH+ malignant cell subtype: Insights from single-cell RNA sequencing in prostate cancer progression and tumor microenvironment interactions
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1517679
PMID:39759507
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别前列腺癌中NEFH+恶性细胞亚型及其与肿瘤微环境的相互作用 | 首次发现NEFH+恶性细胞亚型位于分化末端，具有更高恶性程度，并揭示其通过PTN-NCL通路与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据，需要更多实验验证和临床样本确认 | 探索前列腺癌恶性细胞亚型与肿瘤微环境相互作用的机制，为诊疗提供新见解 | 前列腺癌患者单细胞RNA测序数据及MDA PCa 2b、VCap细胞系 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，基因本体分析，基因集富集分析，inferCNV分析，细胞轨迹推断，转录因子调控网络分析 | 风险评分模型，细胞通信预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160300
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研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型，以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间转录组学数据与组织学成像配对，通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法，提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练，基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像，空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像与空间转录组学数据配对 |
| 5 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160301
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研究论文 | 本研究探索从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的潜力，以增强皮肤光老化的大规模分子评估 | 开发了从常规H&E染色切片推断空间转录组信息的机器学习方法，避免了昂贵空间转录组技术的限制 | 研究样本量有限（仅4名患者），且存在患者间变异性 | 增强皮肤光老化的大规模分子评估能力，为皮肤癌研究提供新方法 | 皮肤组织标本，特别是基底细胞癌和鳞状细胞癌手术切除部位邻近的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学，全玻片成像，机器学习 | 机器学习模型 | 图像，转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析，50微米分辨率，分析超过18,000个基因 |
| 6 | 2025-11-24 |
Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160299
|
研究论文 | 提出一种整合空间转录组学和组织病理学图像的深度学习方法，以更好地识别癌症组织中的生物学模式 | 首次将空间转录组学数据与组织病理学图像通过深度学习模型相结合，利用ResNet提取形态学特征，实现图像感知的特征发现 | 方法主要针对胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌等特定癌症类型，在其他疾病中的适用性有待验证 | 开发能够整合空间转录组学和图像数据的分析方法，以更好地理解癌症组织的空间异质性 | 胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学，深度学习 | ResNet-50, Louvain聚类 | 空间基因表达数据，高分辨率全切片组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-27 |
Single-cell transcriptomics of peripheral blood mononuclear cells indicates impaired immune and inflammatory responses in alcohol-associated hepatitis
2024-Jan, Human immunology
IF:3.1Q3
DOI:10.1016/j.humimm.2023.110735
PMID:38040543
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示酒精性肝炎患者外周血单个核细胞的免疫和炎症反应受损机制 | 首次结合单细胞转录组、细胞表面蛋白和淋巴细胞抗原受体分析，系统揭示AH患者PBMC中各细胞亚型的协同免疫应答异常 | 样本量有限，未包含不同疾病阶段的纵向数据 | 探究酒精性肝炎中免疫失调和炎症反应的分子机制 | 酒精性肝炎患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 酒精性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、抗原受体数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-05 |
Refined and benchmarked homemade media for cost-effective, weekend-free human pluripotent stem cell culture
2024, Open research Europe
DOI:10.12688/openreseurope.18245.2
PMID:41040810
|
研究论文 | 本研究开发并评估了两种自制无周末培养基B8+和hE8，用于人类多能干细胞培养 | 优化了B8培养基配方使其适用于常氧培养，并使用商业可得的生长因子提高了可重复性 | B8+培养基存在谱系启动效应，可能影响分化结果 | 开发成本效益高、实用且可重复的人类多能干细胞培养方法 | 人类多能干细胞（hPSCs），包括WTC11人诱导多能干细胞系和H1、H9人胚胎干细胞系 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个人类多能干细胞系（WTC11、H1、H9） | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers
2024, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2024.1434617
PMID:39376916
|
研究论文 | 利用单细胞转录组数据识别三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 首次通过整合分析已发表单细胞测序数据揭示犬三阴性乳腺癌的免疫抑制亚群及其作用机制 | 基于已发表数据集进行二次分析，缺乏原始实验验证 | 鉴定和表征犬三阴性乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 犬三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 30只狗分为6组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning
2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576260
PMID:38328172
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研究论文 | 本研究应用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群 | 首次使用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据中，识别出特定的β细胞亚群 | 研究样本量有限，未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集 | 优先识别与疾病相关的β细胞亚群以更好理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗相关基因 | 人类胰腺胰岛β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA-seq, 免疫染色 | 深度迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据, 批量表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Correction to 'Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno'
2024-Jan-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1229
PMID:38109292
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Identification of TIMPs signatures in Randall plaque from single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) analysis
2024-01-16, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01296-0
PMID:38225514
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2025-10-05 |
Isolation and Single-Cell Transcriptomic Analysis of Murine Regulatory B Cells
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3754-8_12
PMID:38622400
|
研究论文 | 本文介绍了从狼疮易感小鼠中分离调节性B细胞并进行单细胞转录组分析的方法 | 首次在狼疮易感MRL/lpr小鼠模型中建立调节性B细胞的分离方案并应用于单细胞RNA测序分析 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 深入理解调节性B细胞在健康和疾病状态下的生物学特性 | 狼疮易感MRL/lpr小鼠的调节性B细胞 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-05 |
From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins
2024, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2024.2390823
PMID:39263926
|
综述 | 探讨胎儿环境暴露通过脐带血DNA甲基化影响疾病起源的机制与研究方向 | 系统阐述脐带血DNA甲基化作为胎儿表观遗传窗口的重要性，并提出单细胞测序等新技术应用前景 | 存在组织特异性问题、现有甲基化芯片覆盖度有限、细胞组成变异等混杂因素 | 阐明早期环境暴露与表观基因组相互作用机制，开发预防策略 | 脐带血DNA甲基化与胎儿环境暴露 | 表观遗传学 | 发育源性疾病 | DNA甲基化分析，单细胞测序 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-05 |
An update on periodontal inflammation and bone loss
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1385436
PMID:38919613
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综述 | 本文更新了关于牙周炎症和骨丢失的最新研究进展 | 整合了单细胞RNA测序和动物研究的新发现，深入探讨牙周病与全身系统性疾病之间的联系 | NA | 探讨牙周病的发病机制及其与全身系统性疾病的关系 | 牙周病及其相关的免疫反应和微生物群 | NA | 牙周病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-05 |
Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17
PMID:38819570
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研究论文 | 本文比较分析了空间转录组学数据分析方法，重点关注10x Visium平台的分析流程 | 系统分解空间转录组学分析流程为四个关键步骤，并比较不同spot选择和基因组/转录组参考对分析结果的影响 | 仅聚焦于制造商提供的软件套件，未涵盖其他分析工具 | 阐明空间转录组学数据分析方法及其影响因素 | 空间转录组学数据分析流程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，RNA测序 | NA | 基因表达数据，显微镜图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 17 | 2025-10-06 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
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研究论文 | 评估布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂赞布替尼对COVID-19呼吸窘迫住院患者的免疫生物标志物和临床疗效的随机对照试验 | 首次在COVID-19患者中评估新一代BTK抑制剂赞布替尼对免疫反应和临床结局的影响，并采用单细胞转录组分析揭示其免疫调节机制 | 大多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗可能影响结果，队列2样本量过小（仅4例），临床恢复指标未显示显著改善 | 评估BTK抑制剂赞布替尼在SARS-CoV-2感染伴呼吸窘迫患者中的安全性和有效性 | COVID-19住院患者（无需机械通气或机械通气≤24小时） | 临床医学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析，血清学检测 | NA | 临床数据，实验室检测数据，转录组数据 | 队列1：63例患者（赞布替尼30例，安慰剂33例）；队列2：4例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 开发了随机森林机器学习算法NS-Forest v4.0，引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性，在紧密相关细胞类型中识别具有更高特异性的标记基因组合 | NA | 从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 包含数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1063
PMID:37953308
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研究论文 | 介绍了一个专门用于造血干细胞命运决定基因功能注释的综合知识库StemDriver | 整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎期到成年期的全面造血谱系图谱 | NA | 建立造血干细胞命运决定相关基因功能的知识库 | 人类和小鼠的造血干细胞及其分化谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 整合42项研究数据，涵盖14种组织类型，评估人类23,839个基因和小鼠29,533个基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche
2024-01-05, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152
PMID:38181095
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研究论文 | 本研究揭示了皮肤中调节性T细胞通过IL-2信号通路保护毛囊干细胞生态位的免疫豁免机制 | 开发了皮肤特异性Treg细胞基因重组技术，首次证明非淋巴器官中存在局部免疫耐受机制 | 研究主要依赖基因工程小鼠模型，人类疾病验证仅限于罕见脱发类型 | 探究皮肤局部调节性T细胞维持自身免疫耐受的生物学机制 | 皮肤调节性T细胞、毛囊干细胞生态位、脱发疾病模型 | 免疫学 | 脱发症 | 空间转录组学、遗传重组技术 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |