单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-22 |
The conserved wobble uridine tRNA thiolase Ctu1 is required for angiogenesis and embryonic development
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0315854
PMID:39705244
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研究论文 | 本文研究了保守的摇摆尿苷tRNA硫醇酶Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用 | 首次发现Ctu1对脊椎动物的血管生成和胚胎发育至关重要 | 对Ctu1在脊椎动物模型中的生物学功能研究尚不充分 | 探讨Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用 | Ctu1在斑马鱼胚胎和人类内皮细胞中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 斑马鱼胚胎和人类内皮细胞 |
| 2 | 2024-12-21 |
Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353
PMID:39703504
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研究论文 | 本文分析了在小鼠扩展皮肤模型中与皮肤生长相关的关键基因及其微环境特征 | 本文通过随机森林和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，识别出与皮肤再生相关的关键基因，并揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达及其相互作用 | 本文的研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨机械拉伸介导的组织扩展过程中皮肤生长的细胞和分子机制，并识别关键基因和细胞类型 | 小鼠扩展皮肤模型中的关键基因和微环境特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据 |
| 3 | 2024-12-21 |
Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263
PMID:39703500
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研究论文 | 本文评估了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS）数据整合以理解炎症性疾病复杂性的方法 | 提出了一个三步基准分析方法，整合GWAS和scRNA-seq数据，识别与遗传相关的细胞状态和基因；评估了非编码SNP整合方法的敏感性和准确性；展示了scDRS工具在区分相似疾病中的有效性 | 依赖于特定组织的scRNA-seq数据，非疾病特异性数据可能导致误导性结果 | 通过整合单细胞数据和遗传学数据，揭示炎症性疾病的复杂性 | 类风湿性关节炎（RA）和溃疡性结肠炎（UC）的单细胞数据和GWAS数据 | 数字病理学 | 免疫介导的炎症性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 单细胞数据，基因数据 | 183,742和228,211个细胞用于scRNA-seq，97,173和45,975个样本用于GWAS |
| 4 | 2024-12-21 |
Pan-cancer single cell and spatial transcriptomics analysis deciphers the molecular landscapes of senescence related cancer-associated fibroblasts and reveals its predictive value in neuroblastoma via integrated multi-omics analysis and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506256
PMID:39703515
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研究论文 | 本研究通过泛癌单细胞和空间转录组学分析，揭示了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）的分子特征，并利用多组学分析和机器学习方法开发了神经母细胞瘤的诊断和预后标志物 | 首次系统性地探索了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）在神经母细胞瘤中的分子特征，并开发了基于多组学分析和机器学习的诊断和预后标志物 | 研究主要集中在神经母细胞瘤，未来可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 揭示衰老相关癌症相关成纤维细胞的分子特征，并开发用于神经母细胞瘤的诊断和预后标志物 | 衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）及其在神经母细胞瘤中的作用 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞和空间转录组学分析 | 随机森林（RF）算法和SuperPC算法 | 单细胞和空间转录组数据 | 泛癌样本，具体数量未明确提及 |
| 5 | 2024-12-20 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530
PMID:39697344
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的机制 | 首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，特别是树突状细胞和CD8 T细胞的相互作用 | 研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证 | 揭示TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤免疫微环境 | 免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 6 | 2024-12-20 |
Heterogeneous immune landscapes and macrophage dynamics in primary and lung metastatic adenoid cystic carcinoma of the head and neck
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483887
PMID:39697346
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研究论文 | 研究探讨了头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的免疫微环境及巨噬细胞动态 | 首次通过RNA测序和单细胞测序分析了原发肿瘤和肺转移瘤的免疫景观，揭示了肺转移瘤中免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞的存在 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的肿瘤免疫微环境，理解免疫治疗的挑战 | 头颈部腺样囊性癌的原发肿瘤和肺转移瘤 | 数字病理学 | 头颈部肿瘤 | RNA测序、免疫组织化学、单细胞测序 | NA | RNA序列数据、图像 | 25个原发肿瘤和34个肺转移瘤 |
| 7 | 2024-12-20 |
Identification of Macrophage-Related Biomarkers for Abdominal Aortic Aneurysm Through Combined Single-Cell Sequencing and Machine Learning
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S499593
PMID:39697792
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞测序和机器学习技术，揭示了巨噬细胞在腹主动脉瘤（AAA）进展中的作用机制，并识别了相关的生物标志物 | 首次通过单细胞测序和机器学习结合的方法，揭示了THBS1-CD47信号通路在巨噬细胞驱动AAA进展中的关键作用，并验证了THBS1作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要基于单细胞测序和机器学习分析，未来需要更多临床样本验证和进一步的功能实验 | 揭示巨噬细胞在腹主动脉瘤进展中的作用机制，并识别相关的生物标志物，以开发新的靶向治疗和改善患者预后 | 腹主动脉瘤患者样本中的巨噬细胞及相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序，机器学习 | NA | 基因表达数据 | 腹主动脉瘤患者样本 |
| 8 | 2024-12-20 |
Deciphering the evolving niche interactome of human hematopoietic stem cells from ontogeny to aging
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1479605
PMID:39698109
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，系统地描述了从胚胎发育到衰老过程中人类造血干细胞（HSC）微环境的相互作用网络 | 首次系统地揭示了HSC微环境在不同发育阶段和衰老过程中的动态变化，特别是细胞间相互作用和信号通路的变化 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到所有细胞间的相互作用和微环境的复杂性 | 揭示从胚胎发育到衰老过程中HSC微环境的动态变化，为维持HSC功能和促进健康衰老提供新的干预策略 | 人类造血干细胞（HSC）及其微环境中的细胞间相互作用网络 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及不同发育阶段和衰老时期的HSC微环境样本 |
| 9 | 2024-12-20 |
Narrative Review of Mesenchymal Stem Cell Therapy in Renal Diseases: Mechanisms, Clinical Applications, and Future Directions
2024, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/sci/8658246
PMID:39698513
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综述 | 本文综述了间充质干细胞在肾脏疾病中的应用，讨论了其机制、临床应用及未来发展方向 | 本文探讨了间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的潜力，并展望了结合单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑等前沿技术的未来研究方向，以实现更安全、更有效的个性化治疗 | 本文主要基于过去五年内的研究，可能未能涵盖所有相关研究，且未来研究方向仍需进一步验证 | 探讨间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的应用及其未来发展方向 | 间充质干细胞在急性肾损伤和慢性肾病中的应用 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-12-20 |
Revealing induced pluripotent stem cells' potential as a better alternative to embryonic stem cells for Parkinson's disease treatment based on single-cell RNA-seq
2024, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas
DOI:10.1590/1414-431X2024e13482
PMID:39699375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据比较了诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异，探讨了iPSCs作为ESCs替代品的潜力 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了iPSCs在细胞类型多样性和基因表达上与ESCs的差异，并提出了iPSCs在PD治疗中的潜在优势 | 研究主要基于GEO数据库的数据，未进行体内实验验证iPSCs在PD治疗中的实际效果 | 探讨iPSCs作为ESCs替代品在帕金森病治疗中的可行性 | 诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从GEO数据库收集的ESCs和iPSCs的单细胞RNA测序数据和微阵列数据 |
| 11 | 2024-12-19 |
Single-cell transcriptome analysis reveals status changes of immune cells in chronic kidney disease
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1434535
PMID:39691368
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析揭示了慢性肾病中免疫细胞的状态变化 | 构建了慢性肾病肾脏的免疫细胞图谱，并发现了SPP1巨噬细胞作为一种独特的细胞类型 | NA | 深入了解慢性肾病中免疫细胞的组成和功能变化，发现新的治疗靶点 | 慢性肾病患者的肾脏免疫细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 42个正常样本和23个慢性肾病样本 |
| 12 | 2024-12-19 |
A new perspective on macrophage-targeted drug research: the potential of KDELR2 in bladder cancer immunotherapy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1485109
PMID:39691708
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和临床数据，构建了膀胱癌的RNA转录组图谱，并验证了KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用 | 本研究首次强调了KDELR2在促进细胞增殖、侵袭和迁移中的作用，并提出了其在膀胱癌免疫治疗中的新治疗见解 | NA | 探讨KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用 | 膀胱癌细胞及其与骨髓细胞的相互作用 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13 | 2024-12-19 |
Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471
PMID:39691721
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研究论文 | 本文研究了慢性危重病脓毒症患者的独特淋巴细胞转录组特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了不同临床轨迹和结果的脓毒症患者的免疫抑制情况，揭示了CD8+ T细胞和NK细胞的耗竭和免疫抑制特征 | 研究样本量较小，且仅限于外周血淋巴细胞的分析 | 探讨脓毒症幸存者中慢性危重病患者的免疫系统特征 | 慢性危重病脓毒症患者的外周血淋巴细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康对照组12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重病患者5人 |
| 14 | 2024-12-19 |
Identification of SPP1 + macrophages as an immune suppressor in hepatocellular carcinoma using single-cell and bulk transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446453
PMID:39691723
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用 | 首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，确定了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用，并提出了SPP1作为肝细胞癌免疫治疗潜在靶点的可能性 | 研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨肝细胞癌中巨噬细胞和T细胞的功能多样性，并确定潜在的免疫治疗靶点 | 肝细胞癌中的巨噬细胞和T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个大规模肝细胞癌队列的RNA测序数据，以及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 15 | 2024-12-19 |
CD8+ T-Cell Signatures as Prognostic and Immunotherapy Response Predictors in Non-Small Cell Lung Cancer
2024, Folia biologica
IF:1.1Q4
DOI:10.14712/fb2024070040196
PMID:39692574
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序技术，基于CD8+ T细胞标记基因识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应 | 本研究首次结合单细胞和批量RNA测序技术，生成了基于CD8+ T细胞的生物标志物特征，强调了其在非小细胞肺癌预后和治疗中的关键作用 | 本研究的样本量虽然较大，但仍需在更多临床试验中验证该生物标志物特征的普适性和准确性 | 识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应 | 非小细胞肺癌患者的CD8+ T细胞标记基因 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 1200个样本，包括4个非小细胞肺癌样本通过单细胞RNA测序分析，1000个来自TCGA的非小细胞肺癌样本，以及196个来自GSE37745队列的非小细胞肺癌样本 |
| 16 | 2024-12-18 |
Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae170
PMID:39659592
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研究论文 | 本文提出了一种使用负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗原结合预测的准确性 | 本文创新性地使用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行聚类，以区分信号和噪声成分 | 尽管该方法在不同样本中表现出改进的预测效果，但数据大小和噪声结构的差异仍然存在 | 提高LIBRA-seq数据中抗原特异性B细胞的识别能力，并为基于机器学习的抗体发现提供更可靠的数据集 | 单细胞B细胞受体测序数据（如LIBRA-seq）中的噪声识别 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 负二项混合模型 | 序列数据 | 九个供体的LIBRA-seq实验数据 |
| 17 | 2024-12-18 |
Decoding the molecular pathways governing trophoblast migration and placental development; a literature review
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1486608
PMID:39665023
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综述 | 本文深入分析了调控滋养层迁移和胎盘发育的关键信号通路，并探讨了新兴技术在胎盘生物学研究中的应用 | 本文介绍了新兴技术如滋养层类器官、单细胞RNA测序和胎盘芯片模型，这些工具有望推动对胎盘生物学的理解并开发新的干预措施 | 本文为综述性文章，未提供新的实验数据或研究结果 | 探讨调控滋养层迁移和胎盘发育的分子机制，并评估新兴技术在改善妊娠结局中的潜力 | 滋养层迁移、胎盘发育及相关妊娠并发症 | NA | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-12-18 |
Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1493673
PMID:39676867
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞生长因子受体（FGFR）风险特征在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次揭示了FGFR风险特征在CRC患者中的预后预测能力和对免疫治疗的抵抗作用，并发现PHA-793887可能作为潜在的FGFR风险特征抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体临床试验中验证 | 探讨FGFR风险特征在结直肠癌患者预后和免疫治疗抵抗中的作用 | 结直肠癌患者的FGFR风险特征及其对预后和免疫治疗的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、机器学习技术、基因集富集分析（GSEA）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 包括CRC患者的单细胞和bulk RNA测序数据，以及MC38小鼠肿瘤模型 |
| 19 | 2024-12-18 |
Direct and indirect RANK and CD40 signaling regulate the maintenance of thymic epithelial cell frequency and properties in the adult thymus
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1500908
PMID:39676866
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研究论文 | 研究探讨了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞（TECs）维持的作用 | 首次揭示了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞的直接和间接作用，并阐明了其对TEC祖细胞和皮质TEC基因表达的间接影响 | 研究主要集中在体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证 | 探讨RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞维持的分子机制 | 胸腺髓质上皮细胞（mTECs）及其祖细胞 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 |
| 20 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA-seq reveals FGF12 as a prognostic biomarker in low-grade endometrial stromal sarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1513076
PMID:39676856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了FGF12作为低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物 | 首次通过单细胞转录组分析识别出与低级别子宫内膜间质肉瘤预后相关的肿瘤细胞亚群，并发现FGF12基因的高表达与患者生存期缩短显著相关 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物，以改善患者分层和指导治疗策略 | 低级别子宫内膜间质肉瘤的肿瘤微环境及预后相关基因 | 数字病理学 | 子宫内膜间质肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确具体样本数量 |