单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 437 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-10-20 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.570629
PMID:38168320
|
研究论文 | 研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用 | 首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程 | 研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织 | 探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鸡视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-10-20 |
Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad760
PMID:38113416
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程 | CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-10-20 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283
PMID:37732484
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证 | 探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应 | 人类主动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-10-19 |
Comprehensive analysis of the potential biological significance of cuproptosis-related gene LIPT2 in pan-cancer prognosis and immunotherapy
2023-12-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-50039-x
PMID:38129565
|
研究论文 | 本文分析了铜死亡相关基因LIPT2在泛癌预后和免疫治疗中的潜在生物学意义 | 首次全面评估了LIPT2基因在多种癌症中的表达水平及其对预后的影响，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 研究主要基于生物信息学方法，缺乏实验验证 | 探讨LIPT2在泛癌中的生物学功能及其在预后和免疫治疗中的潜在意义 | LIPT2基因在多种癌症中的表达及其对预后和免疫治疗的影响 | NA | NA | 生物信息学方法，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，突变数据，甲基化数据，免疫状态数据 | 涉及多种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-10-19 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.16.537094
PMID:37131626
|
研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的性能 | 利用GPT-4这一强大的大型语言模型，自动且准确地通过标准单细胞RNA测序分析管道生成的标记基因信息进行细胞类型注释 | NA | 评估GPT-4在细胞类型注释中的应用潜力，并开发相应的开源软件包 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织类型和细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-10-19 |
Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei
2023-Dec-12, Biology
DOI:10.3390/biology12121516
PMID:38132342
|
研究论文 | 本文总结了与鱼类先天免疫系统（IIS）相关的单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学实验数据 | 本文首次系统地总结了鱼类先天免疫系统的单细胞RNA测序数据，并提出了对非模式鱼类进行新实验的必要性 | 目前只有少数scRNAseq数据可用于其他鱼类，且缺乏对非模式鱼类的研究 | 研究鱼类先天免疫系统的特性和多样性 | 鱼类的先天免疫系统 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 涉及多种鱼类器官和发育阶段的多个scRNAseq实验数据 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-10-19 |
Consensus scHPF Identifies Cell Type-Specific Drug Responses in Glioma by Integrating Large-Scale scRNA-seq
2023-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.05.570193
PMID:38105955
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为共识scHPF的贝叶斯矩阵分解算法，用于整合大规模单细胞RNA测序数据，以识别胶质瘤中特定细胞类型的药物反应 | 提出了共识scHPF算法，通过分析多个随机初始化的scHPF模型，识别最稳健的基因特征并自动确定给定数据集的因子数量 | NA | 开发一种新的算法来整合复杂的单细胞RNA测序数据，以识别特定细胞类型的药物反应 | 胶质瘤切片培养样本，包括19名患者、10种药物治疗条件和52个样本 | 单细胞RNA测序 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯矩阵分解 | 基因表达数据 | 19名患者，10种药物治疗条件，52个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-10-19 |
Spatial transcriptomic analysis of the mouse brain following chronic social defeat stress
2023-Dec, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220133
PMID:38264685
|
研究论文 | 研究使用空间转录组学分析慢性社会挫败应激对小鼠大脑的影响 | 首次全面比较了慢性社会挫败应激在多个脑区的转录变化，并揭示了不同脑区基因表达的空间差异 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨慢性社会挫败应激对小鼠大脑多个脑区的转录变化 | 小鼠大脑在慢性社会挫败应激下的基因表达 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学 (ST) | NA | 基因表达数据 | 控制组、抗压组 (RES) 和易感组 (SUS) 的小鼠大脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-10-17 |
Transcription factors in fibroblast plasticity and CAF heterogeneity
2023-Dec-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02934-4
PMID:38124183
|
综述 | 本文综述了转录因子在癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性和可塑性中的作用 | 强调了单细胞RNA测序技术在揭示转录因子在不同癌症类型中将正常成纤维细胞转化为不同CAF亚型中的作用 | 目前尚未形成统一的CAF亚群功能分类，这为临床上开发靶向CAF疗法带来了挑战 | 揭示CAF的异质性，并识别不同肿瘤中的共性，以更有效地靶向肿瘤微环境中的促肿瘤基质 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）及其异质性和可塑性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-10-17 |
scNAT: a deep learning method for integrating paired single-cell RNA and T cell receptor sequencing profiles
2023-12-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03129-y
PMID:38111007
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scNAT的深度学习方法，用于整合配对的单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | scNAT方法能够将配对的scRNA-seq和scTCR-seq数据整合到一个统一的潜在空间中，用于下游分析 | NA | 开发一种能够整合单细胞RNA和T细胞受体测序数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | 深度学习 | 单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-10-17 |
Challenges and opportunities to computationally deconvolve heterogeneous tissue with varying cell sizes using single-cell RNA-sequencing datasets
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03123-4
PMID:38098055
|
研究论文 | 本文讨论了使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的挑战和机遇 | 提出了使用正交的“黄金标准”数据集来评估解卷积方法 | 现有方法可能量化总mRNA而非细胞类型比例，缺乏细胞参考图谱和单细胞与空间转录组数据整合的标准 | 探讨如何解决使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的关键挑战 | 异质组织中的细胞混合物 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-10-17 |
STAT4 facilitates PD-L1 level via IL-12R/JAK2/STAT3 axis and predicts immunotherapy response in breast cancer
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.464
PMID:38107057
|
研究论文 | 研究STAT4在乳腺癌中的作用及其通过IL-12R/JAK2/STAT3轴调节PD-L1水平的机制，并探讨其作为免疫治疗反应预测因子的潜力 | 揭示了STAT4通过STAT4/IL-12R/JAK2-STAT3-STAT4轴间接调节PD-L1表达的新分子机制，并提出其作为预测抗PD-1免疫治疗反应的潜在应用 | NA | 探讨STAT4在乳腺癌中的功能及其在免疫治疗中的作用 | STAT4在乳腺癌中的表达及其对PD-L1水平的影响 | NA | 乳腺癌 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个临床乳腺癌队列 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-10-17 |
Identification of RP11-770J1.4 as immune-related lncRNA regulating the CTXN1-cGAS-STING axis in histologically lower-grade glioma
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.458
PMID:38116063
|
研究论文 | 本文研究了长非编码RNA RP11-770J1.4在低级别胶质瘤中的免疫调节作用 | 揭示了RP11-770J1.4-CTXN1作为潜在的免疫调节轴，具有治疗低级别胶质瘤的潜力 | NA | 探讨长非编码RNA在低级别胶质瘤中的免疫调节机制 | 长非编码RNA RP11-770J1.4及其在低级别胶质瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括胶质母细胞瘤干细胞模型和患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
|
研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
|
研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
|
研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
|
研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-10-14 |
Single-cell transcriptomic atlas of distinct early immune responses induced by SARS-CoV-2 Proto or its variants in rhesus monkey
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.432
PMID:38020713
|
研究论文 | 研究了SARS-CoV-2原型及其变种在恒河猴模型中诱导的早期免疫反应的单细胞转录组图谱 | 首次在非人灵长类动物模型中系统分析了SARS-CoV-2原型及其变种诱导的早期免疫反应的动态变化 | 研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类 | 揭示SARS-CoV-2及其变种在感染早期诱导的免疫反应动态变化 | SARS-CoV-2原型及其Alpha、Beta和Delta变种在恒河猴中的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 恒河猴模型中的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-10-13 |
Improved cell-type identification and comprehensive mapping of regulatory features with spatial epigenomics 96-channel microfluidic platform
2023-Dec, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0044
PMID:39380764
|
研究论文 | 本文比较了50通道和96通道平台上的空间表观基因组分析，展示了96通道微流控芯片在细胞类型识别和调控元件识别方面的显著改进 | 开发了96通道微流控芯片，显著提高了细胞类型识别和调控元件识别的精度 | NA | 研究空间表观基因组学工具在细胞类型识别和调控元件识别中的应用 | 大脑结构中的胶质细胞和神经元定位以及控制细胞功能的顺式调控元件 | 数字病理学 | NA | 空间ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-10-09 |
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572269
PMID:38187629
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从多细胞空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 开发一种方法来恢复多细胞空间转录组学测量中的单细胞表达谱 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类乳腺癌和肺部疾病数据 | NA | NA | NA | NA |