单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 437 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-07 |
Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.10.570890
PMID:38105996
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研究论文 | 开发了一种基于Cas9的双色荧光报告系统dual-enSERT，用于在活体小鼠中快速定量比较增强子等位基因活性 | 首次实现活体小鼠中增强子变体功能的快速定量分析，可在两周内完成从候选变异识别到胚胎活体分析的全流程 | 主要依赖小鼠模型，在人类疾病直接应用方面存在局限性 | 开发高效分析人类非编码变体功能的方法 | 与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变体 | 功能基因组学 | 先天性畸形 | CRISPR-Cas9基因编辑，单细胞转录组测序 | 双色荧光报告系统 | 荧光成像数据，单细胞RNA测序数据 | 活体小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2025-10-07 |
Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis
2023-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1123
PMID:38156385
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研究论文 | 通过生物信息学和系统生物学分析揭示COVID-19与骨关节炎之间的相互作用机制 | 首次通过生物信息学方法系统识别COVID-19与骨关节炎的共同病理机制，发现4个关键枢纽基因及相关调控网络 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制和潜在治疗靶点 | COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据，以及OA小鼠模型 | 生物信息学 | COVID-19, 骨关节炎 | 差异表达基因分析, 蛋白互作网络分析, 功能富集分析, qPCR, Western Blot, 单细胞RNA测序 | OA小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-10-07 |
Benchmarking single-cell hashtag oligo demultiplexing methods
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad086
PMID:37829177
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研究论文 | 本研究对七种单细胞哈希寡核苷酸(HTO)解复用工具进行了性能评估和比较 | 首次使用遗传变异数据作为'地面真实值'来系统评估HTO解复用工具的性能 | 研究结果可能受限于所使用的特定数据集和实验条件 | 评估和比较单细胞HTO解复用方法的准确性和可靠性 | 七种HTO解复用工具(hashedDrops, HTODemux, GMM-Demux, demuxmix, deMULTIplex, BFF, HashSolo) | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序, 哈希寡核苷酸标记 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 164 | 2024-12-24 |
scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data
2023-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302103
PMID:37788907
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研究论文 | 本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子松鼠搜索算法 | 基因表达数据 | 八个基准单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-12-12 |
scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data
2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272
PMID:37725723
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研究论文 | 提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据 | 该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度 | NA | 提高单细胞多组学数据聚类的准确性 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习框架 | 多组学数据 | 七个单细胞多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-12-12 |
scGCC: Graph Contrastive Clustering With Neighborhood Augmentations for scRNA-Seq Data Analysis
2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3319551
PMID:37751336
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGCC的图对比聚类模型，用于单细胞RNA测序数据分析，旨在解决高维度、稀疏性和批次效应等问题 | 引入图注意力网络（GAT）进行细胞表示学习，并提出了五种数据增强方法以提高聚类性能和鲁棒性 | 未提及具体局限性 | 开发一种新的图自监督对比学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图对比学习模型 | 数据 | 14个真实世界数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-12-01 |
Spatial Transcriptomics Resolve an Emphysema-specific Lymphoid Follicle B Cell Signature in COPD
2023-Dec-08, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0507OC
PMID:38064378
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研究论文 | 研究分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中与肺气肿相关的淋巴滤泡（LF）的转录组特征 | 揭示了肺气肿患者淋巴滤泡中B细胞活化的独特转录组特征 | 研究样本仅限于40名COPD患者和吸烟者，可能无法代表所有COPD患者的情况 | 探讨COPD患者中肺气肿与淋巴滤泡B细胞免疫成分的关系 | COPD患者和吸烟者的肺组织中的淋巴滤泡 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 40名COPD患者和吸烟者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-11-20 |
The testicular microvasculature in Klinefelter syndrome is immature with compromised integrity and characterized by excessive inflammatory cross-talk
2023-12-04, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/dead224
PMID:37910660
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研究论文 | 研究探讨了Klinefelter综合征（KS）患者的睾丸微血管在单细胞水平上的基因表达模式，揭示了微血管功能障碍的潜在机制 | 首次在单细胞水平上揭示了KS患者睾丸微血管相关细胞的独特基因表达模式，表明内皮细胞过度激活、血管形成紊乱和血管完整性受损 | 研究样本量不平衡，各组样本数量和细胞数量不同，且缺乏临床信息的限制，无法推断基因表达变化可能导致的生物学后果，未包含青春期前年龄组限制了研究结果的普遍性 | 探讨KS是否会导致睾丸中独特的基因表达模式，从而揭示报道的睾丸微血管功能障碍 | Klinefelter综合征（KS）、非阻塞性无精子症（NOA）、隐匿性精子症和对照组的睾丸细胞 | NA | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | KS组6例，NOA组5例，隐匿性精子症3例，对照组15例 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-10-21 |
CellBiAge: Improved single-cell age classification using data binarization
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113500
PMID:38032797
|
研究论文 | 本文开发了一种名为CellBiAge的机器学习管道，用于通过单细胞转录组学对小鼠脑细胞的年龄进行分类 | 通过基因表达值的二值化显著提高了不同模型、技术和脑区的测试性能，并识别了潜在的与年龄相关的基因 | NA | 开发一种准确的方法来预测特定细胞类型的年龄，以理解衰老的异质性和评估 rejuvenation 策略 | 小鼠脑细胞的年龄分类 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-10-20 |
Insect Insights at the Single-Cell Level: Technologies and Applications
2023-12-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13010091
PMID:38201295
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在昆虫研究中的应用，重点介绍了其在生物学应用中的进展、当前挑战及未来机遇 | scRNA-seq技术在昆虫研究中揭示了细胞类型的复杂性和异质性，发现了新的细胞类型及其相互关系 | 当前挑战包括技术复杂性和数据分析的难度 | 探讨单细胞RNA测序技术在昆虫研究中的应用及其未来发展 | 昆虫细胞类型及其功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-10-20 |
Human disease-specific cell signatures in non-lesional tissue in Multiple Sclerosis detected by single-cell and spatial transcriptomics
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572491
PMID:38187779
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术，分析多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化 | 首次在多发性硬化症患者的非病变组织中检测到细胞类型特异性变化，并验证了这些变化与疾病病理过程的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于特定脑区的研究 | 探讨多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化及其与疾病病理过程的关系 | 多发性硬化症患者的非病变脑组织 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 共78个样本，包括15个对照个体、8个多发性硬化症患者和5个其他伴有脱髓鞘病理的个体 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-10-20 |
SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data
2023-12-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645
PMID:37972590
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研究论文 | 介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构 | SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议 | NA | 开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征 | 空间转录组学数据的局部梯度结构 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多切片3D全脑数据 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-10-20 |
Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad760
PMID:38113416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程 | CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-10-20 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283
PMID:37732484
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证 | 探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应 | 人类主动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-10-19 |
Comprehensive analysis of the potential biological significance of cuproptosis-related gene LIPT2 in pan-cancer prognosis and immunotherapy
2023-12-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-50039-x
PMID:38129565
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研究论文 | 本文分析了铜死亡相关基因LIPT2在泛癌预后和免疫治疗中的潜在生物学意义 | 首次全面评估了LIPT2基因在多种癌症中的表达水平及其对预后的影响，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 研究主要基于生物信息学方法，缺乏实验验证 | 探讨LIPT2在泛癌中的生物学功能及其在预后和免疫治疗中的潜在意义 | LIPT2基因在多种癌症中的表达及其对预后和免疫治疗的影响 | NA | NA | 生物信息学方法，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，突变数据，甲基化数据，免疫状态数据 | 涉及多种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-10-19 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.16.537094
PMID:37131626
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研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的性能 | 利用GPT-4这一强大的大型语言模型，自动且准确地通过标准单细胞RNA测序分析管道生成的标记基因信息进行细胞类型注释 | NA | 评估GPT-4在细胞类型注释中的应用潜力，并开发相应的开源软件包 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织类型和细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-10-19 |
Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei
2023-Dec-12, Biology
DOI:10.3390/biology12121516
PMID:38132342
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研究论文 | 本文总结了与鱼类先天免疫系统（IIS）相关的单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学实验数据 | 本文首次系统地总结了鱼类先天免疫系统的单细胞RNA测序数据，并提出了对非模式鱼类进行新实验的必要性 | 目前只有少数scRNAseq数据可用于其他鱼类，且缺乏对非模式鱼类的研究 | 研究鱼类先天免疫系统的特性和多样性 | 鱼类的先天免疫系统 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 涉及多种鱼类器官和发育阶段的多个scRNAseq实验数据 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-10-19 |
Consensus scHPF Identifies Cell Type-Specific Drug Responses in Glioma by Integrating Large-Scale scRNA-seq
2023-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.05.570193
PMID:38105955
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研究论文 | 本文介绍了一种名为共识scHPF的贝叶斯矩阵分解算法，用于整合大规模单细胞RNA测序数据，以识别胶质瘤中特定细胞类型的药物反应 | 提出了共识scHPF算法，通过分析多个随机初始化的scHPF模型，识别最稳健的基因特征并自动确定给定数据集的因子数量 | NA | 开发一种新的算法来整合复杂的单细胞RNA测序数据，以识别特定细胞类型的药物反应 | 胶质瘤切片培养样本，包括19名患者、10种药物治疗条件和52个样本 | 单细胞RNA测序 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯矩阵分解 | 基因表达数据 | 19名患者，10种药物治疗条件，52个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-10-19 |
Spatial transcriptomic analysis of the mouse brain following chronic social defeat stress
2023-Dec, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220133
PMID:38264685
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研究论文 | 研究使用空间转录组学分析慢性社会挫败应激对小鼠大脑的影响 | 首次全面比较了慢性社会挫败应激在多个脑区的转录变化，并揭示了不同脑区基因表达的空间差异 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨慢性社会挫败应激对小鼠大脑多个脑区的转录变化 | 小鼠大脑在慢性社会挫败应激下的基因表达 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学 (ST) | NA | 基因表达数据 | 控制组、抗压组 (RES) 和易感组 (SUS) 的小鼠大脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-10-17 |
Transcription factors in fibroblast plasticity and CAF heterogeneity
2023-Dec-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02934-4
PMID:38124183
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综述 | 本文综述了转录因子在癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性和可塑性中的作用 | 强调了单细胞RNA测序技术在揭示转录因子在不同癌症类型中将正常成纤维细胞转化为不同CAF亚型中的作用 | 目前尚未形成统一的CAF亚群功能分类，这为临床上开发靶向CAF疗法带来了挑战 | 揭示CAF的异质性，并识别不同肿瘤中的共性，以更有效地靶向肿瘤微环境中的促肿瘤基质 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）及其异质性和可塑性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |