单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 437 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
|
研究论文 | 通过谱系追踪模型重新评估小鼠骨髓中内皮-间质转化的发生情况 | 结合单细胞RNA测序与多种谱系追踪模型，首次系统评估内皮细胞向骨髓基质细胞的转化潜力 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；使用的遗传模型可能存在局限性 | 探究内皮细胞是否通过内皮-间质转化过程贡献于骨髓基质细胞的生成 | 小鼠骨髓中的内皮细胞和骨髓基质细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪，转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据，细胞定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-07 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
|
研究论文 | 介绍GSDensity方法，用于单细胞RNA测序和空间转录组数据的通路中心分析 | 无需进行细胞聚类即可实现通路中心的单细胞和空间转录组数据分析，能够发现现有方法忽略的细胞-通路关联 | NA | 开发新的计算方法来解析高度异质性的单细胞和空间转录组数据 | 小鼠大脑发育过程和人类肿瘤组织 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 图模型 | 单细胞基因表达数据，空间转录组数据 | 六种不同肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-07 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
|
研究论文 | 本研究揭示了肾脏缺血再灌注损伤中通过OTUD5自噬降解GPX4诱导铁死亡的新机制 | 首次发现OTUD5作为GPX4结合蛋白通过稳定GPX4赋予铁死亡抗性，并揭示mTORC1介导的自噬导致OTUD5降解的新通路 | 未明确说明研究样本的具体数量和组织来源 | 探究肾脏缺血再灌注损伤中铁死亡的空间分布和GPX4减少的分子机制 | 肾脏组织、肾小管细胞 | 空间转录组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、AAV介导的基因递送 | NA | 空间转录组数据、分子相互作用数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-07 |
Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2023-Dec-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1
PMID:38106071
|
研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次利用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2R47H突变在不同脑细胞类型中的空间特异性转录调控机制 | 研究仅限于小鼠模型，样本量相对有限（15个脑切片） | 探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关转录组失调的细胞类型特异性影响 | 野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD和Trem2R47H;5xFAD复合基因型小鼠脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间转录组数据、神经病理学数据 | 15个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | NA |
| 145 | 2025-10-07 |
Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2023-12-06, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00588-7
PMID:38057716
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研究论文 | 通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因 | 首次通过整合RNA测序数据和溶酶体相关基因数据库，筛选出与脓毒症预后相关的四个核心基因 | 样本量较小（22例患者和10例正常对照），需要更大规模研究验证 | 筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因，为溶酶体靶向治疗提供方向 | 脓毒症患者和正常对照者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 22例脓毒症患者和10例正常对照 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569494
PMID:38076932
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研究论文 | 开发了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法Perturb-FISH，用于研究单细胞分辨率下的遗传和分子关联 | 首次将成像空间转录组学与并行光学检测扩增的引导RNA相结合，能够同时分析细胞内、细胞间和功能转录回路 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学遗传和分子关联的通用方法 | 培养的单核细胞、诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR筛选、空间转录组学、成像技术 | NA | 转录组数据、空间位置数据、功能表型数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | Perturb-FISH平台 |
| 147 | 2025-10-07 |
Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation
2023-Dec, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/23-aoas1769
PMID:40206429
|
研究论文 | 提出一种分箱多项逻辑回归方法，用于整合不同分辨率标签的单细胞数据集进行细胞类型注释 | 开发了能够整合具有不一致分辨率标签的多个数据集的统一模型，解决了现有监督学习方法在此方面的挑战 | 需要解决非凸优化问题，计算复杂度可能较高 | 开发自动化的细胞类型注释方法，整合多数据集的不一致标签 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 分箱多项逻辑回归，块近端梯度下降算法 | 基因表达数据 | 10个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2025-10-07 |
Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401
2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235
PMID:37463058
|
研究论文 | 评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后对多发性骨髓瘤患者的疗效 | 首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的免疫反应和临床效果 | 未能在移植后1年显示完全缓解率的统计学显著改善 | 评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的免疫应答和临床疗效 | 多发性骨髓瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序, DC/MM融合疫苗技术 | 随机对照试验 | 临床数据, 免疫学数据, 转录组数据 | 203名入组患者, 140名随机分组患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-07 |
Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571954
PMID:38168317
|
研究论文 | 本研究通过图像空间转录组学分析肺纤维化远端肺重塑的分子生态失调 | 首次使用亚细胞分辨率图像空间转录组学技术，结合机器学习和轨迹分析方法，系统揭示了肺纤维化进展过程中从肺泡上皮失调到巨噬细胞极化的分子变化序列 | 样本量相对有限（19个肺组织），且主要关注肺纤维化，对其他慢性肺疾病的适用性有待验证 | 解析肺纤维化远端肺重塑的空间分子机制 | 人类肺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 图像空间转录组学 | 机器学习, 轨迹分析 | 空间转录组数据, 图像数据 | 19个独特肺组织的超过100万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率图像空间转录组学 |
| 150 | 2024-08-07 |
[Research progress of single-cell RNA sequencing in airway type 2 inflammatory diseases]
2023-12-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2025-10-07 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间表达分析定义了小脑核兴奋性神经元的分子亚域，并揭示了Engrailed转录因子在神经元多样性和存活中的关键作用 | 首次在胚胎发育过程中定义小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并发现EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元谱系中的保守功能 | 研究主要关注胚胎发育阶段，对成年后神经元功能的长期影响需要进一步验证 | 探究小脑核兴奋性神经元多样性发育机制及转录因子调控作用 | 小鼠小脑核兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 胚胎期小鼠小脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-07 |
High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays
2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65715
PMID:38189499
|
研究论文 | 本文介绍了用于10X Genomics多组学测序流程的大脑和骨髓样本高质量细胞核制备方法 | 开发了针对大脑和骨髓组织的标准化细胞核制备方案，确保产生高质量的单细胞核悬浮液 | 仅针对大脑和骨髓两种特定组织类型，未验证其他组织类型的适用性 | 建立优化的单细胞核制备流程以提高多组学测序数据质量 | 大脑组织和骨髓组织样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞多组学测序，单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 基因组学数据，表观遗传学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell multi-omics, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10X Genomics droplet-based single-cell profiling platform for multiome assays |
| 153 | 2025-10-07 |
Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease
2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.24.23297476
PMID:37961453
|
研究论文 | 开发单细胞转录组学框架量化基因表达动态遗传调控及其细胞类型特异性 | 建立细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，实现单细胞分辨率下基因表达动态遗传调控的量化 | 研究聚焦中脑神经元，模型在其他细胞类型中的普适性需进一步验证 | 解析遗传变异如何通过影响基因表达参与人类生物学过程和复杂疾病 | 诱导多能干细胞分化的中脑神经元 | 单细胞转录组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | 遗传模型 | 单细胞转录组数据 | 英国生物银行1500多种表型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-07 |
PPARγ agonist treatment reduces fibroadipose tissue in secondary lymphedema by exhausting fibroadipogenic PDGFRα+ mesenchymal cells
2023-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165324
PMID:38131378
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研究论文 | 本研究探讨PPARγ激动剂罗格列酮通过消耗PDGFRα+间充质细胞减少继发性淋巴水肿中纤维脂肪组织沉积的机制 | 首次发现促脂肪生成药物罗格列酮能同时减少淋巴水肿中的纤维化和脂肪组织沉积，揭示了PDGFRα+细胞在病理过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类组织验证有限，临床转化需要进一步研究 | 探究PPARγ激动剂治疗继发性淋巴水肿的机制和效果 | 继发性淋巴水肿小鼠模型和人类组织样本 | 病理生理学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 组织图像 | 小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-07 |
Generation of renal tubular organoids from adult SOX9+ kidney progenitor cells
2023-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnad047
PMID:39872058
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研究论文 | 本研究从成年SOX9+肾脏祖细胞成功生成了肾小管类器官 | 首次证明成年SOX9+肾脏祖细胞具有自主形成肾脏类器官的能力 | 无法分化为肾小球细胞 | 研究SOX9+肾脏祖细胞的分化潜能和类器官形成能力 | 小鼠和人类的SOX9+肾脏祖细胞 | 组织工程 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-07 |
DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility
2023-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.25.573304
PMID:38234839
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研究论文 | 本研究揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式化特征及其与染色体脆弱性的关联 | 首次发现哺乳动物胚胎在受精后第一个细胞周期就建立了早期和晚期复制区域，并证明这种模式导致核纤层相关区域易于发生染色体断裂 | 研究主要基于牛和小鼠胚胎，在人类胚胎中的验证仍需进一步研究 | 探索哺乳动物发育过程中DNA复制程序的建立机制及其生物学意义 | 牛和小鼠的早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | 牛和小鼠早期胚胎单细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-07 |
Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.10.570890
PMID:38105996
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研究论文 | 开发了一种基于Cas9的双色荧光报告系统dual-enSERT，用于在活体小鼠中快速定量比较增强子等位基因活性 | 首次实现活体小鼠中增强子变体功能的快速定量分析，可在两周内完成从候选变异识别到胚胎活体分析的全流程 | 主要依赖小鼠模型，在人类疾病直接应用方面存在局限性 | 开发高效分析人类非编码变体功能的方法 | 与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变体 | 功能基因组学 | 先天性畸形 | CRISPR-Cas9基因编辑，单细胞转录组测序 | 双色荧光报告系统 | 荧光成像数据，单细胞RNA测序数据 | 活体小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-10-07 |
Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis
2023-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1123
PMID:38156385
|
研究论文 | 通过生物信息学和系统生物学分析揭示COVID-19与骨关节炎之间的相互作用机制 | 首次通过生物信息学方法系统识别COVID-19与骨关节炎的共同病理机制，发现4个关键枢纽基因及相关调控网络 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制和潜在治疗靶点 | COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据，以及OA小鼠模型 | 生物信息学 | COVID-19, 骨关节炎 | 差异表达基因分析, 蛋白互作网络分析, 功能富集分析, qPCR, Western Blot, 单细胞RNA测序 | OA小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2025-10-07 |
Benchmarking single-cell hashtag oligo demultiplexing methods
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad086
PMID:37829177
|
研究论文 | 本研究对七种单细胞哈希寡核苷酸(HTO)解复用工具进行了性能评估和比较 | 首次使用遗传变异数据作为'地面真实值'来系统评估HTO解复用工具的性能 | 研究结果可能受限于所使用的特定数据集和实验条件 | 评估和比较单细胞HTO解复用方法的准确性和可靠性 | 七种HTO解复用工具(hashedDrops, HTODemux, GMM-Demux, demuxmix, deMULTIplex, BFF, HashSolo) | 单细胞测序数据分析 | NA | 单细胞RNA测序, 哈希寡核苷酸标记 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2024-12-24 |
scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data
2023-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302103
PMID:37788907
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子松鼠搜索算法 | 基因表达数据 | 八个基准单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |