单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-04	ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction 2023-12-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03139-w PMID:38129866	研究论文	本研究介绍了ENGEP，这是一个基于集成学习的工具，用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达	ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考，准确预测未测量的基因表达，超越了当前的先进工具	本文未提及具体的限制	旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力	研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	集成学习	转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集
142	2024-08-05	A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation 2023-12-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03120-7 PMID:38098113	研究论文	本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发共识基因特征	本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式	研究未提及样本的具体来源和数量限制	本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征	研究对象为不同类型的激活T细胞	数字病理学	NA	NA	NA	基因表达数据	包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本
143	2024-08-04	Neuronal types in the mouse amygdala and their transcriptional response to fear conditioning 2023-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01469-3 PMID:37884748	研究论文	本文探讨了小鼠杏仁核中的神经元类型及其对恐惧条件反射的转录响应	提供了小鼠杏仁核细胞类型的详细分类，并识别出130种神经元类型及其在恐惧学习中的转录响应	研究主要集中在小鼠模型，结果可能无法完全适用于其他物种	研究小鼠杏仁核中神经元类型及其在恐惧学习和记忆巩固中的转录变化	采用了基因标记和单细胞转录组学对小鼠进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对野生型和经过恐惧条件训练的小鼠进行了研究
144	2024-08-05	A novel oxidative stress-related gene signature as an indicator of prognosis and immunotherapy responses in HNSCC 2023-12-28, Aging DOI:10.18632/aging.205323 PMID:38157249	研究论文	本文识别了头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与氧化应激相关的基因亚型，并构建了一个氧化应激相关基因评分模型	首次在HNSCC中筛选出九个预测总体生存的基因，提出了一种新的预后风险指示模型	研究主要基于现有数据集，未进行更广泛的临床验证	探讨与氧化应激相关的基因在HNSCC中的作用及其预测功能	重点研究头颈部鳞状细胞癌患者的氧化应激相关基因	数字病理学	头颈癌	scRNA-seq 和 bulk RNA-seq	预后风险模型	基因表达数据	使用了TCGA-HNSCC数据集及其他多个数据集进行验证
145	2024-08-05	Analysis of cancer-associated fibroblasts in cervical cancer by single-cell RNA sequencing 2023-12-28, Aging DOI:10.18632/aging.205353 PMID:38157264	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了宫颈癌中肿瘤相关成纤维细胞的生物功能	该研究通过scRNA-seq揭示了宫颈癌病人个体细胞层面的异质性，并细分了CAF的三种亚型	样本数量相对较少，仅涉及3个宫颈癌标本	研究宫颈癌组织中肿瘤相关成纤维细胞的作用及其在微环境异质性中的地位	3例宫颈癌标本的单细胞数据	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	3个宫颈癌标本
146	2024-08-05	Identification and validation of key biomarkers associated with macrophages in nonalcoholic fatty liver disease based on hdWGCNA and machine learning 2023-12-21, Aging DOI:10.18632/aging.205374 PMID:38147020	研究论文	本文通过hdWGCNA和机器学习识别和验证与非酒精性脂肪肝病相关的关键生物标志物	本文创新性地识别了一种特定的巨噬细胞群体NASH-巨噬细胞，并筛选出两个与NAFLD高度相关的标志基因	仅使用了小鼠模型进行验证，可能不足以完全代表人类NAFLD的复杂性	探究非酒精性脂肪肝病的根本原因和分子标志物	本文研究的对象是巨噬细胞及其在非酒精性脂肪肝病中的作用	机器学习	非酒精性脂肪肝病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	多个正常和NAFLD肝脏样本的scRNA-seq和RNA-seq数据
147	2024-08-05	Integrative transcriptome and single-cell sequencing technology analysis of the potential therapeutic benefits of oleanolic acid in liver injury and liver cancer 2023-12-20, Aging DOI:10.18632/aging.205349 PMID:38127054	研究论文	本研究探讨了oleanolic acid在肝损伤和肝癌中的潜在治疗作用机制	发现oleanolic acid通过提高HMOX1的表达来抑制肝损伤并促进肝再生	没有提及具体的临床试验或动物实验数据	调查oleanolic acid在肝损伤和肝癌中抑制作用的机制	oleanolic acid及其在肝损伤和肝癌中的靶点	数字病理学	肝癌	分子对接技术	NA	基因表达数据	NA
148	2024-08-05	Integrated analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq reveals the function of pyrocytosis in the pathogenesis of abdominal aortic aneurysm 2023-12-18, Aging DOI:10.18632/aging.205350 PMID:38112597	研究论文	本研究探讨了细胞凋亡在腹主动脉瘤(AAA)发病机制中的作用	首次整合了大宗RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了与细胞凋亡相关的中心基因及其在AAA中的诊断模型	该研究仅基于两个公共RNA-seq数据集，样本量可能不足以代表所有AAA患者	研究细胞凋亡在腹主动脉瘤发病机制中的具体功能	识别与细胞凋亡相关的关键基因和免疫细胞	数字病理学	腹主动脉瘤	RNA测序	LASSO Cox回归分析	基因表达数据	2个RNA-seq数据集，共计24个与细胞凋亡相关的差异表达基因
149	2024-08-05	Machine learning algorithm integrates bulk and single-cell transcriptome sequencing to reveal immune-related personalized therapy prediction features for pancreatic cancer 2023-12-12, Aging DOI:10.18632/aging.205293 PMID:38095640	研究论文	本研究揭示了与免疫相关的个性化疗法预测特征，用于胰腺癌的治疗	首次结合了整体和单细胞转录组测序，以识别胰腺癌的免疫相关分类器	样本规模和临床验证可能会限制研究的广泛应用	探讨肿瘤免疫环境(TIME)在胰腺癌个性化治疗中的作用	胰腺癌患者，特别是不同免疫亚型的患者	机器学习	胰腺癌	转录组测序	共识聚类	基因表达数据	1612免疫相关基因的分析样本
150	2024-08-05	Conjoint research of WGCNA, single-cell transcriptome and structural biology reveals the potential targets of IDD development and treatment and JAK3 involvement 2023-12-12, Aging DOI:10.18632/aging.205289 PMID:38095643	研究论文	本研究通过整合多种技术，探索椎间盘退变（IDD）的关键基因及JAK3的作用	首次结合WGCNA、单细胞转录组学和结构生物学分析，识别出与IDD相关的新型天然化合物	研究的样本规模和自然化合物的临床验证仍需进一步拓展	揭示椎间盘退变的关键基因及JAK3在治疗中的潜在靶点	主要研究IDD的4个关键基因及天然化合物对JAK3的影响	数字病理学	椎间盘退变	WGCNA, 单细胞RNA测序, 结构生物学方法	NA	RNA测序数据	NA
151	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA seq to reveal the prognostic model and tumor microenvironment remodeling mechanisms of cuproptosis-related genes in colorectal cancer 2023-12-08, Aging DOI:10.18632/aging.205324 PMID:38078879	研究论文	该论文结合单细胞和大规模RNA测序分析铜死亡相关基因在结直肠癌中的预后模型和肿瘤微环境重塑机制	本研究提出了一个通过铜死亡相关基因预测结直肠癌预后的新框架，并揭示了COX17在T细胞疲惫中的新角色	尚未深入探讨铜死亡相关基因对结直肠癌发展的具体影响机制	探讨铜死亡相关基因在结直肠癌发展中的作用及其对预后的影响	61个铜死亡相关基因及其在结直肠癌患者中的表达	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, IHC, qPCR	Lasso-Cox模型	RNA数据	使用了结直肠癌患者的样本进行分析
152	2024-08-05	Integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq to characterize infiltrating cells in the colorectal cancer tumor microenvironment and construct molecular risk models 2023-12-05, Aging DOI:10.18632/aging.205263 PMID:38054820	研究论文	本文探讨了结直肠癌肿瘤微环境中渗透细胞的特征，并构建了分子风险模型	首次将scRNA-seq和bulk RNA-seq数据整合，构建了详细的细胞分化轨迹和细胞间互动分析	研究主要依赖于已有的数据集，可能无法全面反映所有结直肠癌患者的特征	探究结直肠癌微环境中细胞成分及其相互作用，开发预后模型	研究对象为结直肠癌患者中的多种细胞类型及其相互作用	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	741个标志基因
153	2024-08-04	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.16.571680 PMID:38187648	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和霍夫鲍尔细胞的转录组影响	首次证明霍夫鲍尔细胞可以作为胎儿大脑小胶质细胞发育的非侵入性生物标志物	研究主要基于小鼠模型，尚需在其他动物模型或人类中验证	识别反映胎儿大脑小胶质细胞程序的非侵入性生物标志物以支持干预	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用小鼠模型进行的实验，样本数量未详细说明
154	2024-08-05	Single-cell profiling reveals the impact of genetic alterations on the differentiation of inflammation-induced colon tumors 2023-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.30.569463 PMID:38077052	研究论文	这篇文章揭示了遗传改变对炎症诱导的结肠肿瘤分化的影响	首次使用单细胞RNA测序分析了不同遗传突变在结肠肿瘤细胞分化中的作用	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类结肠癌的形成机制	探索炎症诱导的结肠肿瘤中遗传突变与细胞分化之间的关系	使用小鼠模型研究具有不同遗传突变的结肠肿瘤	数字病理学	结肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	不同突变类型的结肠肿瘤样本
155	2024-08-05	Neural stem cells persist to generate new neurons in the hippocampus of adult and aged human brain - Fiction or accurate? 2023-12, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102133 PMID:38000512	综述	该综述讨论了成人神经发生的主要发现，强调了在理解脑部可塑性和相关疾病机制方面的重要发现和争议	文章总结了过去四十年关于成人神经发生的研究进展和方法论改进，揭示了其在学习、记忆和情绪中的作用	尚未确认成人和老年人类海马体内的强神经发生，且需要更多大规模研究来验证其存在及在不同神经疾病中的作用	旨在深入了解成人神经发生及其在认知功能和神经疾病中的角色	成人及老年人类的海马神经发生	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、空间转录组学	NA	NA	大规模研究的海马组织样本
156	2024-08-05	Genomic and transcriptomic advances in amyotrophic lateral sclerosis 2023-12, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102126 PMID:37972860	研究论文	本文综述了基因组学、表观基因组学、转录组学和微RNA在肌萎缩侧索硬化症(ALS)研究中的应用	提出了微RNA作为潜在生物标志物和分子干预的有前景工具	至今尚缺乏有效的ALS治疗方法	深入探讨ALS的发展和维持的分子机制	与ALS发病机制相关的主要基因及其表观修饰	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	高通量测序技术	体外及体内模型	基因组数据，转录组数据	NA
157	2024-08-04	Hyperactive mTORC1 in lung mesenchyme induces endothelial cell dysfunction and pulmonary vascular remodeling 2023-Dec-20, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172116 PMID:38127441	research paper	该研究探讨了肺间质中mTORC1的过度活跃如何导致内皮细胞功能障碍和肺血管重塑	本研究提出了肺间质细胞与内皮细胞之间的配体-受体间相互作用，强调了在LAM及其他mTORC1驱动疾病中改变的间质细胞与内皮细胞轴的重要性	当前研究的限制是未能探讨TSC2突变对内皮细胞的直接影响	研究LAM细胞如何与内皮细胞相互作用，以引发血管重塑	使用含有Tsc2基因缺失的mTORC1功能获得小鼠模型来研究肺间质细胞与内皮细胞的相互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	Tbx4LME-Cre Tsc2fl/fl小鼠模型	基因组数据	涉及1年的Tbx4LME-Cre Tsc2fl/fl小鼠
158	2024-08-04	Construction and Validation of a Prognostic Model Based on Novel Senescence-Related Genes in Non-Small Cell Lung Cancer Patients with Drug Sensitivity and Tumor Microenvironment 2023-12, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300190 PMID:37518773	研究论文	本文开发了一种基于新颖衰老相关基因的预后模型，以评估非小细胞肺癌患者的药物敏感性和肿瘤微环境	提出了一种新的预后系统，基于12个衰老基因的表达，评估肺腺癌患者的生存风险	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能会受到数据集的限制	研究衰老相关基因在非小细胞肺癌中对预后的影响	非小细胞肺癌（LUAD）患者以及相关细胞系	数字病理学	肺癌	LASSO Cox回归	NA	基因表达数据	基于TCGA和GEO数据集的样本，具体数量未在摘要中说明
159	2024-08-05	ALOX5 acts as a key role in regulating the immune microenvironment in intrahepatic cholangiocarcinoma, recruiting tumor-associated macrophages through PI3K pathway 2023-12-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04804-1 PMID:38124204	研究论文	研究ALOX5在调控肝内胆管癌免疫微环境中的关键作用	揭示了ALOX5通过其代谢产物LTB4招募M2型巨噬细胞的机制	未明确提出在临床应用中的具体限制	探讨ALOX5调控肿瘤相关巨噬细胞的潜在机制及其靶向治疗的转化效果	ALOX5及其代谢产物与肝内胆管癌中肿瘤相关巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，多重免疫荧光分析	NA	组织样本，细胞培养模型	在小鼠异种移植肿瘤实验中使用的样本数量未详细说明
160	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis identifies a unique tumor-promoting function of the meningeal stroma in melanoma leptomeningeal disease 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572266 PMID:38187574	研究论文	本研究描述了在黑色素瘤脑膜下疾病中脑膜间质的肿瘤促进功能	首次揭示了脑膜间质在黑色素瘤LMD中的肿瘤促进作用及其机制	仅针对特定肿瘤微环境进行研究，结果可能不适用于其它类型的转移性肿瘤	研究黑色素瘤脑膜下疾病的肿瘤微环境与肿瘤细胞之间的相互作用	侧重于黑色素瘤LMD的脑膜组织及对应的外脑转移位点	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组分析	NA	组织样本	NA