单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-09-19	MIOX inhibits autophagy to regulate the ROS -driven inhibition of STAT3/c-Myc-mediated epithelial-mesenchymal transition in clear cell renal cell carcinoma 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102956 PMID:37977044	研究论文	研究探讨了MIOX基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其抑制STAT3/c-Myc介导的上皮-间质转化（EMT）的机制	首次揭示了MIOX通过抑制自噬来调节ROS水平，从而抑制STAT3/c-Myc介导的EMT，进而影响ccRCC的进展	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的人体临床试验数据	探讨MIOX在透明细胞肾细胞癌中的作用及其分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关基因MIOX	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	RNA	包括ccRCC患者的肿瘤组织和配对的邻近肾组织，以及体外和体内的ccRCC细胞
122	2024-09-19	Single-cell RNA sequencing of intestinal crypts reveals vital events in damage repair and the double-edged sword effect of the Wnt3/β-catenin pathway in irradiated mice 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102942 PMID:37918127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不同时间点（第一天、第三天和第五天）接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露后的小肠隐窝，探讨了损伤修复过程中的关键事件以及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	本研究首次揭示了Wnt3/β-catenin通路在辐射暴露后损伤修复中的双重作用，并提出了肠道隐窝干细胞与巨噬细胞通过MIF-CD74/CD44轴相互作用可能加剧辐射损伤的新观点	本研究主要依赖于单细胞RNA测序和生物信息学分析，缺乏对Wnt3/β-catenin通路和MIF-CD74/CD44轴的直接调控实验	探讨辐射暴露后小肠隐窝损伤修复的关键事件及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	小肠隐窝细胞在不同辐射剂量下的基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露的小鼠小肠隐窝细胞
123	2024-09-14	Contribution of collagen XIII to lung function and development of pulmonary fibrosis 2023-12-12, BMJ open respiratory research IF:3.6Q1 DOI:10.1136/bmjresp-2023-001850 PMID:38568728	研究论文	研究胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用	首次探讨了胶原蛋白XIII在肺纤维化中的表达及其对肺功能的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用及其机制	胶原蛋白XIII在肺组织中的定位及其功能	NA	肺纤维化	免疫染色	NA	组织样本	5例特发性肺纤维化样本和正常及纤维化小鼠肺组织
124	2024-09-11	A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells 2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2318710120 PMID:38109523	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，鉴定了一种表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群，具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞的双重特征	首次在人类中发现了一种具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞双重特征的RORγt细胞亚群，并命名为RORγt DC-like细胞	本文主要集中在体外实验，尚未深入探讨这些细胞在体内的功能和影响	鉴定和描述一种新型的人类细胞亚群，并探讨其在免疫稳态、炎症和自身免疫中的潜在作用	表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	NA	细胞	NA
125	2024-09-04	Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.17.572084 PMID:38187541	研究论文	本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。	STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。	NA	实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。	空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。	空间转录组学	NA	空间转录组学	EM算法	空间转录组数据	NA
126	2024-08-25	Behind the Indolent Facade: Uncovering the Molecular Features and Malignancy Potential in Lung Minimally Invasive Adenocarcinoma by Single-Cell Transcriptomics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303753 PMID:37991139	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺微小侵袭性腺癌（MIA）的分子特征及其恶性潜能	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了MIA与侵袭性腺癌（IA）之间的联系和异质性，并发现了可能导致MIA恶性进展的机制	研究样本仅来自三位患者，可能影响结果的普遍性	揭示肺微小侵袭性腺癌的分子特征及其恶性潜能	肺微小侵袭性腺癌（MIA）及其免疫微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	156,447个细胞，来自三位同步多发性肺腺癌患者的MIA和IA肿瘤样本、外周血单个核细胞及邻近正常组织样本
127	2024-08-25	Single-Cell Analysis Reveals Malignant Cells Reshape the Cellular Landscape and Foster an Immunosuppressive Microenvironment of Extranodal NK/T-Cell Lymphoma 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303913 PMID:37949673	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，揭示了恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的关键作用	首次在单细胞分辨率下解析了外周NK/T细胞淋巴瘤肿瘤微环境的异质组成，强调了携带EBV编码LMP1的恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的重要作用	NA	更好地理解外周NK/T细胞淋巴瘤的异质性起源	外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个患者队列
128	2024-08-25	Single-Cell RNA-Sequencing Provides Insight into Skeletal Muscle Evolution during the Selection of Muscle Characteristics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305080 PMID:37870215	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）探讨了人工选择对猪骨骼肌细胞特征的影响	本研究首次提供了全景式的肌肉常驻细胞特征，并识别了新的和品种特异性的细胞类型，以及它们在伪时间轨迹上的分布	NA	探究人工选择对骨骼肌细胞特征的影响及其机制	猪的骨骼肌细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及不同品种的猪的骨骼肌细胞
129	2024-08-25	Identification and Characterization of CD8+ CD27+ CXCR3- T Cell Dysregulation and Progression-Associated Biomarkers in Systemic Lupus Erythematosus 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202300123 PMID:37875396	研究论文	本研究通过质谱流式细胞术、流式细胞术和单细胞RNA测序，全面分析了263例临床外周血样本中系统性红斑狼疮（SLE）患者的免疫细胞失调情况，并探讨了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE病理和疾病进展中的作用。	本研究首次详细描述了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE中的失调情况及其与疾病活动性的关联，并构建了动态网络生物标志物（DNB）模型，用于预测SLE的疾病进展。	NA	探讨CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的失调情况及其作为疾病进展相关生物标志物的潜力。	CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其作为生物标志物的可能性。	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	动态网络生物标志物（DNB）模型	外周血样本	263例临床外周血样本，包括活动性SLE（aSLE）、缓解期SLE（rSLE）和健康对照（HCs）
130	2024-08-15	Characterization of Wnt signaling pathway under treatment of Lactobacillus acidophilus postbiotic in colorectal cancer using an integrated in silico and in vitro analysis 2023-12-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50047-x PMID:38151510	研究论文	本研究通过整合计算和体外实验分析，探讨了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响	首次采用单细胞RNA测序和深度学习方法ExpiMap分析结直肠癌中的差异表达基因，并研究了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	研究仅限于HT-29细胞系，未来研究应扩展到其他细胞系和临床试验	探讨乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响及其治疗潜力	结直肠癌中的差异表达基因及乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、实时定量PCR(RT-qPCR)、流式细胞术	NA	基因表达数据	HT-29细胞系及正常邻近组织
131	2024-08-15	Microglia promote anti-tumour immunity and suppress breast cancer brain metastasis 2023-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01273-y PMID:37957324	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因工程小鼠模型，发现脑部常驻的微胶质细胞在乳腺癌脑转移中起到抗炎和抑制肿瘤的作用	首次明确微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的肿瘤抑制作用，并发现其在人类微胶质细胞中的保守性	NA	探讨微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的功能及其对患者预后的影响	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用基因工程小鼠模型和人类样本进行研究
132	2024-08-13	Early transcriptomic signatures and biomarkers of renal damage due to prolonged exposure to embedded metal 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09806-9 PMID:37058270	研究论文	本文研究了长期暴露于嵌入金属导致的肾脏损伤的早期转录组特征和生物标志物	结合高通量转录组学和深度学习技术，有效识别受金属暴露影响的肾细胞，并发现miRNA-423作为早期系统性标志物	NA	研究长期暴露于有毒重金属导致的肾脏损伤的早期分子特征	肾脏组织和血清样本中的RNA	数字病理学	肾脏损伤	RNA测序	随机森林	RNA	使用大鼠模型进行实验
133	2024-08-13	Hyperhomocysteinemia lowers serum testosterone concentration via impairing testosterone production in Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09819-4 PMID:37495868	研究论文	研究报告了高同型半胱氨酸血症（HHcy）通过影响睾丸间质细胞（LCs）中的睾酮生成，导致血清睾酮水平降低	首次揭示了HHcy通过下调关键转录因子Nr5a1及其相关基因，影响睾酮合成，并发现了新的细胞群——巨噬细胞样睾丸间质细胞（McLCs）	NA	探讨高同型半胱氨酸血症对睾酮生成的影响及其机制	高同型半胱氨酸血症小鼠的睾丸间质细胞	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高同型半胱氨酸血症小鼠
134	2024-08-13	Trps1 acts as a regulator of Sf-1 transcription and testosterone synthesis in mouse Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09823-8 PMID:37531013	研究论文	本研究探讨了Trps1基因在小鼠Leydig细胞中对睾酮合成的影响及其机制	首次揭示了Trps1通过调节Sf-1转录和组蛋白乙酰化影响睾酮合成	NA	探索睾酮生物合成中的关键因素，为疾病研究和临床治疗提供新视角	小鼠Leydig细胞中的Trps1基因及其对睾酮合成的影响	NA	男性不育	单细胞RNA测序分析	NA	RNA	小鼠Leydig细胞
135	2024-08-13	Single-cell RNA sequencing reveals differences between force application and bearing in ankle cartilage 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09829-2 PMID:37783808	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了踝关节软骨在不同受力条件下的差异	首次通过单细胞RNA测序揭示了踝关节软骨在受力和承力区域的分子差异	样本来自因致命事故死亡的捐赠者，可能影响结果的普遍性	深入了解软骨细胞在不同受力条件下的功能	踝关节软骨组织中的软骨细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	共分析了149,816个细胞，来自6名捐赠者的11个软骨组织样本
136	2024-08-07	NNMT enriches for AQP5+ cancer stem cells to drive malignant progression in early gastric cardia adenocarcinoma 2023-12-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328408 PMID:36977555	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索早期胃食管腺癌（EGCA）的细胞和分子异质性	本研究首次揭示了NNMT+/AQP5+细胞群在EGCA恶性进展中的作用，并提出了可能的早期诊断和治疗策略	NA	深入理解早期胃食管腺癌的异质性及其恶性进展机制	早期胃食管腺癌及其配对的非恶性活检样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	95,551个细胞
137	2024-08-04	Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01718-7 PMID:37012447	研究论文	这篇论文探讨了人类心包生物学在心脏发育和疾病中的原则	该研究首次生成了具有自我组织能力的人类多能干细胞衍生的心包内体，揭示了心包和心肌的形态、分子和功能模式	该研究未明确提及限制因素	了解心包在心脏发育和疾病过程中的功能及其机制	研究对象为人类胚胎发育中心包细胞系和心肌细胞类型	数字病理学	先天性疾病	单细胞转录组学	自我组织体	NA	NA
138	2024-08-04	SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell genomics data 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01716-9 PMID:36973557	研究论文	本文提出了一种算法SEACells，用于从单细胞基因组数据推断转录组和表观基因组细胞状态	SEACells通过克服单细胞数据的稀疏性，识别细胞状态的分类，而保留传统细胞聚类所掩盖的异质性	NA	探索单细胞数据的细胞状态及其在相关疾病研究中的应用	单细胞基因组数据中的细胞状态	计算生物学	COVID-19	单细胞测序	聚类算法	基因组数据	分析了多个数据集中的单细胞样本，包括COVID-19患者队列
139	2024-08-05	Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01747-2 PMID:37156914	研究论文	本研究生成了人类视网膜类器官发展的多模态时空表型	开发了一种工具包，用于可视化前体细胞和神经元的位置以及细胞外和亚细胞组分的空间排列	缺乏不同空间尺度和分子模式的定量测量	研究人类视网膜类器官的发育和疾病	人类多能干细胞生成的视网膜类器官和主要成年的视网膜组织	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因组数据和空间分割的细胞核数据	时间序列数据集和主要成人视网膜组织
140	2024-08-05	Stationary-to-migratory transition in glioblastoma stem-like cells driven by a fatty acid-binding protein 7-RXRα neurogenic pathway 2023-12-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad134 PMID:37499046	研究论文	本研究揭示了脂肪酸结合蛋白7（FABP7）驱动的胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞的迁移机制	首次将FABP7的作用与胶质母细胞瘤干样细胞的迁移联系起来，阐明了PUFA-FABP7-RXRα神经基因途径的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能在人类GBM中存在不同的表现	本研究旨在深入了解胶质母细胞瘤干样细胞的迁移机制及其在肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞以及相应的小鼠模型	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、基因报告酶实验	NA	细胞系、患者衍生的样本	使用了多个GBM细胞系和来源于患者的胶质母细胞瘤干样细胞