单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-04	PGF2α signaling drives fibrotic remodeling and fibroblast population dynamics in mice 2023-Dec-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172977 PMID:37934604	研究论文	本研究探讨了PGF2α信号传导在小鼠中驱动纤维化重塑和成纤维细胞群体动态的作用	本研究机制性地识别了在特发性肺纤维化中一个易感的成纤维细胞亚群，并确认了PGF2α信号转导在该病中的作用	未明确提及具体的临床实验数据或人类样本验证	探讨PGF2α及其受体在特发性肺纤维化发病机制中的作用	使用带有呼吸表面活性蛋白C基因突变的小鼠模型	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用了多个IER-SftpcI73T小鼠样本及其交叉品系的对照组
122	2024-08-04	Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01718-7 PMID:37012447	研究论文	这篇论文探讨了人类心包生物学在心脏发育和疾病中的原则	该研究首次生成了具有自我组织能力的人类多能干细胞衍生的心包内体，揭示了心包和心肌的形态、分子和功能模式	该研究未明确提及限制因素	了解心包在心脏发育和疾病过程中的功能及其机制	研究对象为人类胚胎发育中心包细胞系和心肌细胞类型	数字病理学	先天性疾病	单细胞转录组学	自我组织体	NA	NA
123	2024-08-04	SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell genomics data 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01716-9 PMID:36973557	研究论文	本文提出了一种算法SEACells，用于从单细胞基因组数据推断转录组和表观基因组细胞状态	SEACells通过克服单细胞数据的稀疏性，识别细胞状态的分类，而保留传统细胞聚类所掩盖的异质性	NA	探索单细胞数据的细胞状态及其在相关疾病研究中的应用	单细胞基因组数据中的细胞状态	计算生物学	COVID-19	单细胞测序	聚类算法	基因组数据	分析了多个数据集中的单细胞样本，包括COVID-19患者队列
124	2024-08-05	Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01747-2 PMID:37156914	研究论文	本研究生成了人类视网膜类器官发展的多模态时空表型	开发了一种工具包，用于可视化前体细胞和神经元的位置以及细胞外和亚细胞组分的空间排列	缺乏不同空间尺度和分子模式的定量测量	研究人类视网膜类器官的发育和疾病	人类多能干细胞生成的视网膜类器官和主要成年的视网膜组织	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因组数据和空间分割的细胞核数据	时间序列数据集和主要成人视网膜组织
125	2024-08-05	Stationary-to-migratory transition in glioblastoma stem-like cells driven by a fatty acid-binding protein 7-RXRα neurogenic pathway 2023-12-08, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad134 PMID:37499046	研究论文	本研究揭示了脂肪酸结合蛋白7（FABP7）驱动的胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞的迁移机制	首次将FABP7的作用与胶质母细胞瘤干样细胞的迁移联系起来，阐明了PUFA-FABP7-RXRα神经基因途径的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能在人类GBM中存在不同的表现	本研究旨在深入了解胶质母细胞瘤干样细胞的迁移机制及其在肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞以及相应的小鼠模型	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、基因报告酶实验	NA	细胞系、患者衍生的样本	使用了多个GBM细胞系和来源于患者的胶质母细胞瘤干样细胞
126	2024-08-05	Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability 2023-Dec-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278144.123 PMID:37973195	研究论文	本研究探讨了细胞年龄如何解释不同细胞之间与年龄相关的转录组变异性	提出了一种新颖的启发式模型，解释了细胞类型之间衰老速率差异的原因	仅基于小鼠的单细胞转录组数据，可能不适用于其他物种	研究细胞特定差异如何影响转录组的衰老表现	不同细胞类型在多种组织和年龄下的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	启发式模型	转录组	小鼠的多样化组织和年龄的单细胞数据
127	2024-08-04	PPARγ agonist treatment reduces fibroadipose tissue in secondary lymphedema by exhausting fibroadipogenic PDGFRα+ mesenchymal cells 2023-Dec-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165324 PMID:38131378	研究论文	本研究探讨了PPARγ激动剂rosiglitazone如何通过耗尽PDGFRα+间充质细胞来减少继发性淋巴水肿中的纤维脂肪组织	首次提出PPARγ激动剂可以通过减少PDGFRα+细胞的数量来治疗继发性淋巴水肿导致的纤维化和脂肪组织沉积	本研究主要在小鼠模型中进行，缺乏长期的人体临床研究数据	研究rosiglitazone治疗继发性淋巴水肿的潜力，特别是其对纤维化和脂肪沉积的影响	小鼠模型和人类组织样本中的PDGFRα+间充质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学评估	NA	组织样本	人类和小鼠组织样本
128	2024-08-05	Global and cell type-specific immunological hallmarks of severe dengue progression identified via a systems immunology approach 2023-Dec, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01654-3 PMID:37872316	研究论文	本研究通过系统免疫学方法识别出重症登革热进展的全球和细胞类型特异性免疫特征	首次揭示了重症登革热在儿童血液中的DENV靶细胞及其免疫学特征	该研究主要集中在儿童群体，未考虑成年人病例的免疫变化	定义重症登革热进展中的DENV靶细胞和免疫学特征	研究对象为儿童的血液样本及其中的免疫细胞	数字病理学	登革热	病毒包涵单细胞RNA测序（viscRNA-Seq 2）和靶向蛋白组学	NA	血液样本	NA
129	2024-08-04	Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing 2023-12-20, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.11.005 PMID:38128483	研究论文	提出了一种新颖的星形同义性进化模型，用于CRISPR-Cas9细胞系追踪	开发了专门的星形同义性模型以描述CRISPR-Cas9诱导突变的进化特点	未提及具体的应用限制	旨在改进CRISPR-Cas9诱导突变的细胞谱系追踪方法	研究CRISPR-Cas9诱导突变的细胞系谱系	数字病理学	肺腺癌	CRISPR-Cas9	星形同义性模型	模拟细胞谱系追踪数据，鼠类转移性肺腺癌数据	NA
130	2024-08-04	Artificial intelligence-based pathology as a biomarker of sensitivity to atezolizumab-bevacizumab in patients with hepatocellular carcinoma: a multicentre retrospective study 2023-12, The Lancet. Oncology DOI:10.1016/S1470-2045(23)00468-0 PMID:37951222	研究论文	本研究开发了一种人工智能模型，以直接从组织切片中估计ABRS表达，并评估其与无进展生存期的相关性。	采用人工智能技术分析肝细胞癌数字切片作为无进展生存期的生物标志物，提供了新的治疗策略。	本研究为回顾性研究，可能会受到样本选择偏差的影响。	研究旨在开发一种人工智能模型来估计肝细胞癌患者对治疗的反应。	研究对象为接受了手术切除及活检的肝细胞癌患者。	数字病理学	肝癌	分子生物学分析，空间转录组学	聚类约束的注意力多实例学习模型（CLAM）	组织切片图像	840名患者
131	2024-08-05	Lymphoid tissues contribute to plasma viral clonotypes early after antiretroviral therapy interruption in SIV-infected rhesus macaques 2023-12-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi9867 PMID:38091409	研究论文	该研究探讨了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后早期对血浆病毒克隆类型的贡献	此研究首次揭示了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后，如何作为病毒来源对血浆病毒克隆类型的影响	样本量较小，仅有七只动物被研究，可能限制了结果的普遍性	更好地理解在抗逆转录病毒治疗中断后，病毒弹回的细胞和组织来源	研究对象为被感染的恒河猕猴	数字病理学	HIV感染	病毒条形码测序、完整前病毒DNA测定、单细胞RNA测序、CODEX与RNAscope原位杂交	NA	组织和血液样本	七只恒河猕猴
132	2024-08-04	ASCC3 promotes the immunosuppression and progression of non-small cell lung cancer by impairing the type I interferon response via CAND1-mediated ubiquitination inhibition of STAT3 2023-12-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007766 PMID:38148115	研究论文	本研究探讨了ASCC3在非小细胞肺癌进展中的分子机制	发现ASCC3通过CAND1介导的STAT3泛素化抑制，稳定STAT3信号通路，从而影响肿瘤微环境	尚需进一步验证ASCC3在人体中的具体作用及机制	研究ASCC3在非小细胞肺癌中的角色及其对免疫反应的影响	探讨ASCC3在非小细胞肺癌细胞和小鼠模型中的生物学功能	数字病理学	肺癌	单细胞测序, RNA测序, 免疫沉淀, 质谱分析, 免疫荧光, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
133	2024-08-04	SARS-CoV-2 mRNA vaccination-induced immunological memory in human nonlymphoid and lymphoid tissues 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171797 PMID:37815874	研究论文	本研究分析了人类非淋巴组织和淋巴组织中针对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫记忆	首次全面分析了人类对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的T细胞反应，揭示了组织记忆和驻留特征	研究仅基于手术样本和血液样本，样本量和患者的多样性可能有限	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗诱导的特定T细胞在不同组织中的生成和功能	主要研究肾脏、肝脏、肺、骨髓和脾脏中的SARS-CoV-2疫苗特异性T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本和血液样本	未明确说明样本数量和种类
134	2024-08-04	Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169349 PMID:38099492	研究论文	本研究探讨了削减生长激素在小鼠胰岛大小和β细胞质量方面的影响	首次系统研究了生长激素缺失如何增加胰岛大小和β细胞数量，并揭示了相关基因表达变化	研究主要在小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	研究生长激素对胰岛大小和β细胞质量的影响	小鼠胰岛及其β细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	多只小鼠，包括10-到12周龄和4周龄的小鼠
135	2024-08-04	Activation of the pentose phosphate pathway in macrophages is crucial for granuloma formation in sarcoidosis 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171088 PMID:38038136	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞中戊糖磷酸途径的激活如何促进颗粒肿瘤在沙其多病中的形成	首次揭示了在沙其多病的颗粒肿瘤形成过程中戊糖磷酸途径的关键作用	本研究主要集中在沙其多病患者的特定模型上，需进一步研究其他类型的模型以验证结果	探讨沙其多病中颗粒肿瘤形成的机制	沙其多病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	沙其多病	单细胞RNA测序	小鼠颗粒肿瘤模型	基因表达数据	来自沙其多病患者的样本
136	2024-08-04	Bone-derived PDGF-BB drives brain vascular calcification in male mice 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI168447 PMID:37815871	研究论文	本研究报告了骨源性血小板衍生生长因子BB（PDGF-BB）在雄性小鼠中造成脑血管钙化的作用	揭示了PDGF-BB通过激活p-PDGFRβ/p-ERK/RUNX2信号通路引起脑血管钙化的机制	未详细探讨微血管钙化的其他潜在机制	探讨骨源性PDGF-BB对脑血管钙化的影响及其机制	雄性小鼠及其脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	转基因小鼠模型	血清样本及脑微血管培养系统	雄性小鼠，包括年轻小鼠和老年小鼠
137	2024-08-05	De novo identification of expressed cancer somatic mutations from single-cell RNA sequencing data 2023-12-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01269-1 PMID:38111063	研究论文	提出了一种计算框架RESA用于从单细胞RNA测序数据中识别表达的肿瘤体细胞突变	RESA提供了一种新的方法来进行表达的肿瘤体细胞突变分析，并在现有方法中表现优异	没有提及具体的局限性	旨在提高从单细胞RNA测序数据中识别表达肿瘤突变的准确性	针对黑色素瘤药物耐药性数据集分析肿瘤内突变异质性	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	19个数据集
138	2024-08-04	Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts 2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.05.531162 PMID:36945572	研究论文	本研究系统表征了胶质母细胞瘤在患者肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植中的肿瘤微环境	本研究揭示了教育后的小胶质细胞在不同胶质母细胞瘤环境和肿瘤腔室中转变为多样的表型状态，并显示其在支持胶质母细胞瘤生长和治疗反应中的关键作用	关于胶质母细胞瘤生态系统及其在临床前模型中的再现性尚不充分，导致结果不准确和临床试验失败	深入理解胶质母细胞瘤驱动的肿瘤微环境及其在临床前模型中的再现	以胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植为研究对象	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化及功能研究	NA	细胞	不同肿瘤表型的胶质母细胞瘤PDOXs与胶质瘤小鼠GL261同源模型和患者肿瘤进行比较
139	2024-08-05	Personalized tumor combination therapy optimization using the single-cell transcriptome 2023-12-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01256-6 PMID:38041202	研究论文	该文章提出了一种利用单细胞转录组优化个性化肿瘤联合治疗的方法	介绍了一种名为comboSC的计算原型，能够基于单细胞转录组评估个别患者的免疫微环境并优化联合治疗	该研究的具体临床应用和实验验证尚需进一步探索	推动个性化癌症治疗的方法和工具的发展	119个来自15种癌症类型的肿瘤样本的单细胞转录组数据	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	119个肿瘤样本
140	2024-08-05	Complementary and countervailing actions of Jak2 and Ikk2 in hematopoiesis in mice 2023-12, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2023.08.005 PMID:37611729	研究论文	本研究探讨了Jak2和Ikk2在小鼠造血中的互补和相对作用	提出了Jak2和Ikk2在促进造血干细胞自我更新与髓系分化之间的相互作用机制	研究局限于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证	探讨NFκB通路的高活性如何与Jak2 V617F突变相互作用影响造血过程	使用含有Jak2 V617F突变和Ikk2-CA的小鼠模型进行实验	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包含多个小鼠模型，具体样本大小未明确提及