单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-10-17 |
scNAT: a deep learning method for integrating paired single-cell RNA and T cell receptor sequencing profiles
2023-12-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03129-y
PMID:38111007
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scNAT的深度学习方法，用于整合配对的单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | scNAT方法能够将配对的scRNA-seq和scTCR-seq数据整合到一个统一的潜在空间中，用于下游分析 | NA | 开发一种能够整合单细胞RNA和T细胞受体测序数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | 深度学习 | 单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | NA |
| 102 | 2024-10-17 |
Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108496
PMID:38098745
|
研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了慢性暴露于疟疾寄生虫的个体中非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体，发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能 | 发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能 | NA | 更好地定义非典型B细胞在人类适应性免疫反应中的作用 | 非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 慢性暴露于疟疾寄生虫的个体 |
| 103 | 2024-10-17 |
Challenges and opportunities to computationally deconvolve heterogeneous tissue with varying cell sizes using single-cell RNA-sequencing datasets
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03123-4
PMID:38098055
|
研究论文 | 本文讨论了使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的挑战和机遇 | 提出了使用正交的“黄金标准”数据集来评估解卷积方法 | 现有方法可能量化总mRNA而非细胞类型比例，缺乏细胞参考图谱和单细胞与空间转录组数据整合的标准 | 探讨如何解决使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的关键挑战 | 异质组织中的细胞混合物 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 104 | 2024-10-17 |
The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06818-7
PMID:38092915
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研究论文 | 本文通过结合高通量单核RNA测序和Slide-seq空间转录组学方法，构建了成年小鼠大脑中每个脑结构的细胞类型图谱 | 本文首次全面揭示了小鼠大脑中不同神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个框架用于遗传访问每种细胞类型 | NA | 构建一个全面的成年小鼠大脑细胞类型图谱，并揭示其分子身份和空间位置 | 成年小鼠大脑的细胞类型及其在神经解剖结构中的分布 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和Slide-seq空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 整个小鼠大脑的细胞样本 |
| 105 | 2024-10-17 |
STAT4 facilitates PD-L1 level via IL-12R/JAK2/STAT3 axis and predicts immunotherapy response in breast cancer
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.464
PMID:38107057
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研究论文 | 研究STAT4在乳腺癌中的作用及其通过IL-12R/JAK2/STAT3轴调节PD-L1水平的机制，并探讨其作为免疫治疗反应预测因子的潜力 | 揭示了STAT4通过STAT4/IL-12R/JAK2-STAT3-STAT4轴间接调节PD-L1表达的新分子机制，并提出其作为预测抗PD-1免疫治疗反应的潜在应用 | NA | 探讨STAT4在乳腺癌中的功能及其在免疫治疗中的作用 | STAT4在乳腺癌中的表达及其对PD-L1水平的影响 | NA | 乳腺癌 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个临床乳腺癌队列 |
| 106 | 2024-10-17 |
Identification of RP11-770J1.4 as immune-related lncRNA regulating the CTXN1-cGAS-STING axis in histologically lower-grade glioma
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.458
PMID:38116063
|
研究论文 | 本文研究了长非编码RNA RP11-770J1.4在低级别胶质瘤中的免疫调节作用 | 揭示了RP11-770J1.4-CTXN1作为潜在的免疫调节轴，具有治疗低级别胶质瘤的潜力 | NA | 探讨长非编码RNA在低级别胶质瘤中的免疫调节机制 | 长非编码RNA RP11-770J1.4及其在低级别胶质瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括胶质母细胞瘤干细胞模型和患者样本 |
| 107 | 2024-10-16 |
Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis
2023-Dec-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icad034
PMID:37188638
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在海洋无脊椎动物研究中的应用和进展 | 本文总结了scRNA-seq在海洋无脊椎动物中的关键发现，包括细胞类型组成的描述性研究、细胞在动态过程中的反应以及新细胞类型的进化 | 本文讨论了在进行实验间或不同物种数据集间比较时的重要考虑因素，并指出了未来的挑战 | 本文旨在综合当前关于海洋无脊椎动物scRNA-seq的文献，并展望未来单细胞分析在该领域的应用 | 本文主要研究对象是海洋无脊椎动物的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多种海洋无脊椎动物物种的单细胞样本 |
| 108 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
|
研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 109 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
|
研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 110 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
|
研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 111 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 112 | 2024-10-14 |
Single-cell transcriptomic atlas of distinct early immune responses induced by SARS-CoV-2 Proto or its variants in rhesus monkey
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.432
PMID:38020713
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2原型及其变种在恒河猴模型中诱导的早期免疫反应的单细胞转录组图谱 | 首次在非人灵长类动物模型中系统分析了SARS-CoV-2原型及其变种诱导的早期免疫反应的动态变化 | 研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类 | 揭示SARS-CoV-2及其变种在感染早期诱导的免疫反应动态变化 | SARS-CoV-2原型及其Alpha、Beta和Delta变种在恒河猴中的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 恒河猴模型中的外周血单核细胞 |
| 113 | 2024-10-13 |
Improved cell-type identification and comprehensive mapping of regulatory features with spatial epigenomics 96-channel microfluidic platform
2023-Dec, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0044
PMID:39380764
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研究论文 | 本文比较了50通道和96通道平台上的空间表观基因组分析，展示了96通道微流控芯片在细胞类型识别和调控元件识别方面的显著改进 | 开发了96通道微流控芯片，显著提高了细胞类型识别和调控元件识别的精度 | NA | 研究空间表观基因组学工具在细胞类型识别和调控元件识别中的应用 | 大脑结构中的胶质细胞和神经元定位以及控制细胞功能的顺式调控元件 | 数字病理学 | NA | 空间ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 114 | 2024-10-09 |
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572269
PMID:38187629
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从多细胞空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 开发一种方法来恢复多细胞空间转录组学测量中的单细胞表达谱 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类乳腺癌和肺部疾病数据 |
| 115 | 2024-09-28 |
Elucidating dynamic cell lineages and gene networks in time-course single cell differentiation
2023-Dec, Artificial intelligence in the life sciences
DOI:10.1016/j.ailsci.2023.100068
PMID:37426065
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研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Smoothing Transformation (CellST)的机器学习框架，用于阐明细胞分化过程中的动态细胞谱系和基因网络 | CellST能够为每个单独细胞构建轨迹并跟踪其行为，不同于现有方法构建单一的细胞群轨迹，并且能够预测较少见的细胞类型的命运 | NA | 追踪细胞分化行为，重建细胞谱系并预测细胞命运 | 单细胞RNA测序数据中的细胞谱系和基因网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 116 | 2024-09-27 |
Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03567-4
PMID:38006433
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研究论文 | 研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | RNA测序数据 | 12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织 |
| 117 | 2024-09-27 |
Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03577-2
PMID:37938367
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱 | NA | 揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制 | 皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | t-分布随机邻域嵌入分析 | RNA | 原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 |
| 118 | 2024-09-23 |
Blockade of IL-6R prevents preterm birth and adverse neonatal outcomes
2023-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104865
PMID:37944273
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研究论文 | 研究探讨了IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的作用 | 首次证明了IL-6R阻断剂可以有效预防由无菌性羊膜内炎症引起的早产和不良新生儿结局 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证 | 探讨IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的潜在治疗作用 | IL-6和IL-1α在无菌性羊膜内炎症中的作用，以及IL-6R阻断剂的治疗效果 | NA | 早产 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、QUEST-MRI、宏基因组测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、MRI图像、宏基因组数据 | C57BL/6小鼠模型，具体样本数量未明确提及 |
| 119 | 2024-09-20 |
Revealing spatial multimodal heterogeneity in tissues with SpaTrio
2023-12-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100446
PMID:38116121
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaTrio的计算方法，用于整合单细胞多组学和空间转录组学数据，以揭示组织中的空间多模态异质性 | SpaTrio通过概率对齐技术整合单细胞多组学和空间转录组学数据，能够准确重建空间分布并分析基因调控和细胞间相互作用 | NA | 开发一种计算方法以解决单细胞多组学和空间转录组学技术在捕捉和描绘组织多模态信息方面的局限性 | 单细胞多组学和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 概率对齐模型 | 多组学数据 | 多个实际数据集 |
| 120 | 2024-09-20 |
Preleukemic single-cell landscapes reveal mutation-specific mechanisms and gene programs predictive of AML patient outcomes
2023-12-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100426
PMID:38116120
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型，揭示了突变特异性机制和预测AML患者预后的基因程序 | 首次在单细胞分辨率下解析了前白血病细胞对突变扰动的异质性适应性，并开发了一个基于前白血病转录特征的11基因评分系统（Stem11）来预测AML患者预后 | 研究基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用需进一步验证 | 揭示急性髓系白血病（AML）和骨髓增生性肿瘤的突变特异性机制，并开发预测患者预后的基因评分系统 | 八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型中的单细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 269,048个单细胞 |