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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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101 | 2024-08-05 |
De novo identification of expressed cancer somatic mutations from single-cell RNA sequencing data
2023-12-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01269-1
PMID:38111063
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研究论文 | 提出了一种计算框架RESA用于从单细胞RNA测序数据中识别表达的肿瘤体细胞突变 | RESA提供了一种新的方法来进行表达的肿瘤体细胞突变分析,并在现有方法中表现优异 | 没有提及具体的局限性 | 旨在提高从单细胞RNA测序数据中识别表达肿瘤突变的准确性 | 针对黑色素瘤药物耐药性数据集分析肿瘤内突变异质性 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据集 | 19个数据集 |
102 | 2024-08-04 |
Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.05.531162
PMID:36945572
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研究论文 | 本研究系统表征了胶质母细胞瘤在患者肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植中的肿瘤微环境 | 本研究揭示了教育后的小胶质细胞在不同胶质母细胞瘤环境和肿瘤腔室中转变为多样的表型状态,并显示其在支持胶质母细胞瘤生长和治疗反应中的关键作用 | 关于胶质母细胞瘤生态系统及其在临床前模型中的再现性尚不充分,导致结果不准确和临床试验失败 | 深入理解胶质母细胞瘤驱动的肿瘤微环境及其在临床前模型中的再现 | 以胶质母细胞瘤(GBM)患者的肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植为研究对象 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化及功能研究 | NA | 细胞 | 不同肿瘤表型的胶质母细胞瘤PDOXs与胶质瘤小鼠GL261同源模型和患者肿瘤进行比较 |
103 | 2024-08-05 |
Personalized tumor combination therapy optimization using the single-cell transcriptome
2023-12-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01256-6
PMID:38041202
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研究论文 | 该文章提出了一种利用单细胞转录组优化个性化肿瘤联合治疗的方法 | 介绍了一种名为comboSC的计算原型,能够基于单细胞转录组评估个别患者的免疫微环境并优化联合治疗 | 该研究的具体临床应用和实验验证尚需进一步探索 | 推动个性化癌症治疗的方法和工具的发展 | 119个来自15种癌症类型的肿瘤样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 119个肿瘤样本 |
104 | 2024-08-05 |
Complementary and countervailing actions of Jak2 and Ikk2 in hematopoiesis in mice
2023-12, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2023.08.005
PMID:37611729
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研究论文 | 本研究探讨了Jak2和Ikk2在小鼠造血中的互补和相对作用 | 提出了Jak2和Ikk2在促进造血干细胞自我更新与髓系分化之间的相互作用机制 | 研究局限于小鼠模型,临床应用尚需进一步验证 | 探讨NFκB通路的高活性如何与Jak2 V617F突变相互作用影响造血过程 | 使用含有Jak2 V617F突变和Ikk2-CA的小鼠模型进行实验 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 包含多个小鼠模型,具体样本大小未明确提及 |
105 | 2024-08-04 |
ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction
2023-12-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03139-w
PMID:38129866
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研究论文 | 本研究介绍了ENGEP,这是一个基于集成学习的工具,用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达 | ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考,准确预测未测量的基因表达,超越了当前的先进工具 | 本文未提及具体的限制 | 旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力 | 研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
106 | 2024-08-05 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式,以开发共识基因特征 | 本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式 | 研究未提及样本的具体来源和数量限制 | 本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征 | 研究对象为不同类型的激活T细胞 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本 |
107 | 2024-08-04 |
Neuronal types in the mouse amygdala and their transcriptional response to fear conditioning
2023-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01469-3
PMID:37884748
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研究论文 | 本文探讨了小鼠杏仁核中的神经元类型及其对恐惧条件反射的转录响应 | 提供了小鼠杏仁核细胞类型的详细分类,并识别出130种神经元类型及其在恐惧学习中的转录响应 | 研究主要集中在小鼠模型,结果可能无法完全适用于其他物种 | 研究小鼠杏仁核中神经元类型及其在恐惧学习和记忆巩固中的转录变化 | 采用了基因标记和单细胞转录组学对小鼠进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对野生型和经过恐惧条件训练的小鼠进行了研究 |
108 | 2024-08-05 |
A novel oxidative stress-related gene signature as an indicator of prognosis and immunotherapy responses in HNSCC
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205323
PMID:38157249
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研究论文 | 本文识别了头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与氧化应激相关的基因亚型,并构建了一个氧化应激相关基因评分模型 | 首次在HNSCC中筛选出九个预测总体生存的基因,提出了一种新的预后风险指示模型 | 研究主要基于现有数据集,未进行更广泛的临床验证 | 探讨与氧化应激相关的基因在HNSCC中的作用及其预测功能 | 重点研究头颈部鳞状细胞癌患者的氧化应激相关基因 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-seq 和 bulk RNA-seq | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 使用了TCGA-HNSCC数据集及其他多个数据集进行验证 |
109 | 2024-08-05 |
Analysis of cancer-associated fibroblasts in cervical cancer by single-cell RNA sequencing
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205353
PMID:38157264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了宫颈癌中肿瘤相关成纤维细胞的生物功能 | 该研究通过scRNA-seq揭示了宫颈癌病人个体细胞层面的异质性,并细分了CAF的三种亚型 | 样本数量相对较少,仅涉及3个宫颈癌标本 | 研究宫颈癌组织中肿瘤相关成纤维细胞的作用及其在微环境异质性中的地位 | 3例宫颈癌标本的单细胞数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 3个宫颈癌标本 |
110 | 2024-08-05 |
Identification and validation of key biomarkers associated with macrophages in nonalcoholic fatty liver disease based on hdWGCNA and machine learning
2023-12-21, Aging
DOI:10.18632/aging.205374
PMID:38147020
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研究论文 | 本文通过hdWGCNA和机器学习识别和验证与非酒精性脂肪肝病相关的关键生物标志物 | 本文创新性地识别了一种特定的巨噬细胞群体NASH-巨噬细胞,并筛选出两个与NAFLD高度相关的标志基因 | 仅使用了小鼠模型进行验证,可能不足以完全代表人类NAFLD的复杂性 | 探究非酒精性脂肪肝病的根本原因和分子标志物 | 本文研究的对象是巨噬细胞及其在非酒精性脂肪肝病中的作用 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝病 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个正常和NAFLD肝脏样本的scRNA-seq和RNA-seq数据 |
111 | 2024-08-05 |
Integrative transcriptome and single-cell sequencing technology analysis of the potential therapeutic benefits of oleanolic acid in liver injury and liver cancer
2023-12-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205349
PMID:38127054
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研究论文 | 本研究探讨了oleanolic acid在肝损伤和肝癌中的潜在治疗作用机制 | 发现oleanolic acid通过提高HMOX1的表达来抑制肝损伤并促进肝再生 | 没有提及具体的临床试验或动物实验数据 | 调查oleanolic acid在肝损伤和肝癌中抑制作用的机制 | oleanolic acid及其在肝损伤和肝癌中的靶点 | 数字病理学 | 肝癌 | 分子对接技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
112 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq reveals the function of pyrocytosis in the pathogenesis of abdominal aortic aneurysm
2023-12-18, Aging
DOI:10.18632/aging.205350
PMID:38112597
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研究论文 | 本研究探讨了细胞凋亡在腹主动脉瘤(AAA)发病机制中的作用 | 首次整合了大宗RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示了与细胞凋亡相关的中心基因及其在AAA中的诊断模型 | 该研究仅基于两个公共RNA-seq数据集,样本量可能不足以代表所有AAA患者 | 研究细胞凋亡在腹主动脉瘤发病机制中的具体功能 | 识别与细胞凋亡相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 2个RNA-seq数据集,共计24个与细胞凋亡相关的差异表达基因 |
113 | 2024-08-05 |
Machine learning algorithm integrates bulk and single-cell transcriptome sequencing to reveal immune-related personalized therapy prediction features for pancreatic cancer
2023-12-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205293
PMID:38095640
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研究论文 | 本研究揭示了与免疫相关的个性化疗法预测特征,用于胰腺癌的治疗 | 首次结合了整体和单细胞转录组测序,以识别胰腺癌的免疫相关分类器 | 样本规模和临床验证可能会限制研究的广泛应用 | 探讨肿瘤免疫环境(TIME)在胰腺癌个性化治疗中的作用 | 胰腺癌患者,特别是不同免疫亚型的患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 转录组测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | 1612免疫相关基因的分析样本 |
114 | 2024-08-05 |
Conjoint research of WGCNA, single-cell transcriptome and structural biology reveals the potential targets of IDD development and treatment and JAK3 involvement
2023-12-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205289
PMID:38095643
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研究论文 | 本研究通过整合多种技术,探索椎间盘退变(IDD)的关键基因及JAK3的作用 | 首次结合WGCNA、单细胞转录组学和结构生物学分析,识别出与IDD相关的新型天然化合物 | 研究的样本规模和自然化合物的临床验证仍需进一步拓展 | 揭示椎间盘退变的关键基因及JAK3在治疗中的潜在靶点 | 主要研究IDD的4个关键基因及天然化合物对JAK3的影响 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | WGCNA, 单细胞RNA测序, 结构生物学方法 | NA | RNA测序数据 | NA |
115 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA seq to reveal the prognostic model and tumor microenvironment remodeling mechanisms of cuproptosis-related genes in colorectal cancer
2023-12-08, Aging
DOI:10.18632/aging.205324
PMID:38078879
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研究论文 | 该论文结合单细胞和大规模RNA测序分析铜死亡相关基因在结直肠癌中的预后模型和肿瘤微环境重塑机制 | 本研究提出了一个通过铜死亡相关基因预测结直肠癌预后的新框架,并揭示了COX17在T细胞疲惫中的新角色 | 尚未深入探讨铜死亡相关基因对结直肠癌发展的具体影响机制 | 探讨铜死亡相关基因在结直肠癌发展中的作用及其对预后的影响 | 61个铜死亡相关基因及其在结直肠癌患者中的表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, scRNA-seq, IHC, qPCR | Lasso-Cox模型 | RNA数据 | 使用了结直肠癌患者的样本进行分析 |
116 | 2024-08-05 |
Integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq to characterize infiltrating cells in the colorectal cancer tumor microenvironment and construct molecular risk models
2023-12-05, Aging
DOI:10.18632/aging.205263
PMID:38054820
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研究论文 | 本文探讨了结直肠癌肿瘤微环境中渗透细胞的特征,并构建了分子风险模型 | 首次将scRNA-seq和bulk RNA-seq数据整合,构建了详细的细胞分化轨迹和细胞间互动分析 | 研究主要依赖于已有的数据集,可能无法全面反映所有结直肠癌患者的特征 | 探究结直肠癌微环境中细胞成分及其相互作用,开发预后模型 | 研究对象为结直肠癌患者中的多种细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 741个标志基因 |
117 | 2024-08-05 |
Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice
2023-Dec, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00515-w
PMID:37996758
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研究论文 | 本研究发现扩增的记忆CD8+ T细胞在动脉粥样硬化斑块中积累,并在老年小鼠中具有促动脉粥样硬化的作用 | 揭示了老年小鼠中记忆CD8 T细胞在动脉粥样硬化中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 研究仅使用了雌性小鼠,可能限制了结果的普遍适用性 | 探讨衰老对CD8 T细胞在动脉粥样硬化中作用的影响 | 研究对象为老年和年轻小鼠的记忆CD8 T细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了老年和年轻小鼠的多个样本进行比较分析 |
118 | 2024-08-04 |
DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility
2023-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.25.573304
PMID:38234839
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研究论文 | 本研究显示早期哺乳动物胚胎中的DNA复制呈现出特定模式,导致与核膜相关的区域易受损伤 | 首次揭示了哺乳动物发育过程中DNA复制模式的建立及其对基因组易损性的影响 | 研究主要集中于牛和小鼠的胚胎,可能不适用于其他物种 | 探讨哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式及其生物学意义 | 牛和小鼠的卵裂期胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 牛和小鼠的卵裂期胚胎 |
119 | 2024-08-04 |
Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.16.571680
PMID:38187648
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研究论文 | 本研究探讨了母体饮食诱导肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和霍夫鲍尔细胞的转录组影响 | 首次证明霍夫鲍尔细胞可以作为胎儿大脑小胶质细胞发育的非侵入性生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,尚需在其他动物模型或人类中验证 | 识别反映胎儿大脑小胶质细胞程序的非侵入性生物标志物以支持干预 | 小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠模型进行的实验,样本数量未详细说明 |
120 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling reveals the impact of genetic alterations on the differentiation of inflammation-induced colon tumors
2023-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569463
PMID:38077052
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研究论文 | 这篇文章揭示了遗传改变对炎症诱导的结肠肿瘤分化的影响 | 首次使用单细胞RNA测序分析了不同遗传突变在结肠肿瘤细胞分化中的作用 | 研究仅基于小鼠模型,可能无法完全反映人类结肠癌的形成机制 | 探索炎症诱导的结肠肿瘤中遗传突变与细胞分化之间的关系 | 使用小鼠模型研究具有不同遗传突变的结肠肿瘤 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同突变类型的结肠肿瘤样本 |