单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-27	Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03577-2 PMID:37938367	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性	利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱	NA	揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制	皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本	数字病理学	皮肤纤维肉瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入分析	RNA	原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本
62	2024-09-26	Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis 2023-12-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002 PMID:38029747	研究论文	研究探讨了I型干扰素在结核病发病机制中的早期细胞机制	发现了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在Mtb感染中的主导作用，并提出了pDCs在结核病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠和非人类灵长类动物模型，尚未在人类中验证	揭示I型干扰素驱动的结核病易感性的早期细胞机制	间质巨噬细胞、浆细胞样树突状细胞和结核分枝杆菌	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和非人类灵长类动物
63	2024-09-23	Blockade of IL-6R prevents preterm birth and adverse neonatal outcomes 2023-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104865 PMID:37944273	研究论文	研究探讨了IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的作用	首次证明了IL-6R阻断剂可以有效预防由无菌性羊膜内炎症引起的早产和不良新生儿结局	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探讨IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的潜在治疗作用	IL-6和IL-1α在无菌性羊膜内炎症中的作用，以及IL-6R阻断剂的治疗效果	NA	早产	蛋白质组学、单细胞RNA测序、QUEST-MRI、宏基因组测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、MRI图像、宏基因组数据	C57BL/6小鼠模型，具体样本数量未明确提及
64	2024-09-20	Revealing spatial multimodal heterogeneity in tissues with SpaTrio 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100446 PMID:38116121	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrio的计算方法，用于整合单细胞多组学和空间转录组学数据，以揭示组织中的空间多模态异质性	SpaTrio通过概率对齐技术整合单细胞多组学和空间转录组学数据，能够准确重建空间分布并分析基因调控和细胞间相互作用	NA	开发一种计算方法以解决单细胞多组学和空间转录组学技术在捕捉和描绘组织多模态信息方面的局限性	单细胞多组学和空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	概率对齐模型	多组学数据	多个实际数据集
65	2024-09-20	Preleukemic single-cell landscapes reveal mutation-specific mechanisms and gene programs predictive of AML patient outcomes 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100426 PMID:38116120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型，揭示了突变特异性机制和预测AML患者预后的基因程序	首次在单细胞分辨率下解析了前白血病细胞对突变扰动的异质性适应性，并开发了一个基于前白血病转录特征的11基因评分系统（Stem11）来预测AML患者预后	研究基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用需进一步验证	揭示急性髓系白血病（AML）和骨髓增生性肿瘤的突变特异性机制，并开发预测患者预后的基因评分系统	八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型中的单细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	269,048个单细胞
66	2024-09-19	MIOX inhibits autophagy to regulate the ROS -driven inhibition of STAT3/c-Myc-mediated epithelial-mesenchymal transition in clear cell renal cell carcinoma 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102956 PMID:37977044	研究论文	研究探讨了MIOX基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其抑制STAT3/c-Myc介导的上皮-间质转化（EMT）的机制	首次揭示了MIOX通过抑制自噬来调节ROS水平，从而抑制STAT3/c-Myc介导的EMT，进而影响ccRCC的进展	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的人体临床试验数据	探讨MIOX在透明细胞肾细胞癌中的作用及其分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关基因MIOX	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	RNA	包括ccRCC患者的肿瘤组织和配对的邻近肾组织，以及体外和体内的ccRCC细胞
67	2024-09-19	Single-cell RNA sequencing of intestinal crypts reveals vital events in damage repair and the double-edged sword effect of the Wnt3/β-catenin pathway in irradiated mice 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102942 PMID:37918127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不同时间点（第一天、第三天和第五天）接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露后的小肠隐窝，探讨了损伤修复过程中的关键事件以及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	本研究首次揭示了Wnt3/β-catenin通路在辐射暴露后损伤修复中的双重作用，并提出了肠道隐窝干细胞与巨噬细胞通过MIF-CD74/CD44轴相互作用可能加剧辐射损伤的新观点	本研究主要依赖于单细胞RNA测序和生物信息学分析，缺乏对Wnt3/β-catenin通路和MIF-CD74/CD44轴的直接调控实验	探讨辐射暴露后小肠隐窝损伤修复的关键事件及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	小肠隐窝细胞在不同辐射剂量下的基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露的小鼠小肠隐窝细胞
68	2024-09-14	Contribution of collagen XIII to lung function and development of pulmonary fibrosis 2023-12-12, BMJ open respiratory research IF:3.6Q1 DOI:10.1136/bmjresp-2023-001850 PMID:38568728	研究论文	研究胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用	首次探讨了胶原蛋白XIII在肺纤维化中的表达及其对肺功能的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用及其机制	胶原蛋白XIII在肺组织中的定位及其功能	NA	肺纤维化	免疫染色	NA	组织样本	5例特发性肺纤维化样本和正常及纤维化小鼠肺组织
69	2024-09-11	A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells 2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2318710120 PMID:38109523	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，鉴定了一种表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群，具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞的双重特征	首次在人类中发现了一种具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞双重特征的RORγt细胞亚群，并命名为RORγt DC-like细胞	本文主要集中在体外实验，尚未深入探讨这些细胞在体内的功能和影响	鉴定和描述一种新型的人类细胞亚群，并探讨其在免疫稳态、炎症和自身免疫中的潜在作用	表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	NA	细胞	NA
70	2024-09-04	Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.17.572084 PMID:38187541	研究论文	本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。	STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。	NA	实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。	空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。	空间转录组学	NA	空间转录组学	EM算法	空间转录组数据	NA
71	2024-08-25	Behind the Indolent Facade: Uncovering the Molecular Features and Malignancy Potential in Lung Minimally Invasive Adenocarcinoma by Single-Cell Transcriptomics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303753 PMID:37991139	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺微小侵袭性腺癌（MIA）的分子特征及其恶性潜能	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了MIA与侵袭性腺癌（IA）之间的联系和异质性，并发现了可能导致MIA恶性进展的机制	研究样本仅来自三位患者，可能影响结果的普遍性	揭示肺微小侵袭性腺癌的分子特征及其恶性潜能	肺微小侵袭性腺癌（MIA）及其免疫微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	156,447个细胞，来自三位同步多发性肺腺癌患者的MIA和IA肿瘤样本、外周血单个核细胞及邻近正常组织样本
72	2024-08-25	Single-Cell Analysis Reveals Malignant Cells Reshape the Cellular Landscape and Foster an Immunosuppressive Microenvironment of Extranodal NK/T-Cell Lymphoma 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303913 PMID:37949673	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，揭示了恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的关键作用	首次在单细胞分辨率下解析了外周NK/T细胞淋巴瘤肿瘤微环境的异质组成，强调了携带EBV编码LMP1的恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的重要作用	NA	更好地理解外周NK/T细胞淋巴瘤的异质性起源	外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个患者队列
73	2024-08-25	Single-Cell RNA-Sequencing Provides Insight into Skeletal Muscle Evolution during the Selection of Muscle Characteristics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305080 PMID:37870215	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）探讨了人工选择对猪骨骼肌细胞特征的影响	本研究首次提供了全景式的肌肉常驻细胞特征，并识别了新的和品种特异性的细胞类型，以及它们在伪时间轨迹上的分布	NA	探究人工选择对骨骼肌细胞特征的影响及其机制	猪的骨骼肌细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及不同品种的猪的骨骼肌细胞
74	2024-08-25	Identification and Characterization of CD8+ CD27+ CXCR3- T Cell Dysregulation and Progression-Associated Biomarkers in Systemic Lupus Erythematosus 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202300123 PMID:37875396	研究论文	本研究通过质谱流式细胞术、流式细胞术和单细胞RNA测序，全面分析了263例临床外周血样本中系统性红斑狼疮（SLE）患者的免疫细胞失调情况，并探讨了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE病理和疾病进展中的作用。	本研究首次详细描述了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE中的失调情况及其与疾病活动性的关联，并构建了动态网络生物标志物（DNB）模型，用于预测SLE的疾病进展。	NA	探讨CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的失调情况及其作为疾病进展相关生物标志物的潜力。	CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其作为生物标志物的可能性。	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	动态网络生物标志物（DNB）模型	外周血样本	263例临床外周血样本，包括活动性SLE（aSLE）、缓解期SLE（rSLE）和健康对照（HCs）
75	2024-08-15	Characterization of Wnt signaling pathway under treatment of Lactobacillus acidophilus postbiotic in colorectal cancer using an integrated in silico and in vitro analysis 2023-12-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50047-x PMID:38151510	研究论文	本研究通过整合计算和体外实验分析，探讨了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响	首次采用单细胞RNA测序和深度学习方法ExpiMap分析结直肠癌中的差异表达基因，并研究了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	研究仅限于HT-29细胞系，未来研究应扩展到其他细胞系和临床试验	探讨乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响及其治疗潜力	结直肠癌中的差异表达基因及乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、实时定量PCR(RT-qPCR)、流式细胞术	NA	基因表达数据	HT-29细胞系及正常邻近组织
76	2024-08-15	Microglia promote anti-tumour immunity and suppress breast cancer brain metastasis 2023-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01273-y PMID:37957324	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因工程小鼠模型，发现脑部常驻的微胶质细胞在乳腺癌脑转移中起到抗炎和抑制肿瘤的作用	首次明确微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的肿瘤抑制作用，并发现其在人类微胶质细胞中的保守性	NA	探讨微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的功能及其对患者预后的影响	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用基因工程小鼠模型和人类样本进行研究
77	2024-08-14	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	研究论文	研究探讨了Trem2R47H突变对非神经元和神经元细胞空间转录组的影响	首次通过单细胞空间转录组技术分析Trem2R47H突变对细胞类型特异性转录组变化的影响	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	确定Trem2R47H突变对转录失调的具体影响	小鼠大脑中的非神经元和神经元细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组技术	NA	转录组数据	15个小鼠大脑切片，包括野生型、Trem2R47H、5xFAD和Trem2R47H; 5xFAD基因型
78	2024-08-13	Early transcriptomic signatures and biomarkers of renal damage due to prolonged exposure to embedded metal 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09806-9 PMID:37058270	研究论文	本文研究了长期暴露于嵌入金属导致的肾脏损伤的早期转录组特征和生物标志物	结合高通量转录组学和深度学习技术，有效识别受金属暴露影响的肾细胞，并发现miRNA-423作为早期系统性标志物	NA	研究长期暴露于有毒重金属导致的肾脏损伤的早期分子特征	肾脏组织和血清样本中的RNA	数字病理学	肾脏损伤	RNA测序	随机森林	RNA	使用大鼠模型进行实验
79	2024-08-13	Hyperhomocysteinemia lowers serum testosterone concentration via impairing testosterone production in Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09819-4 PMID:37495868	研究论文	研究报告了高同型半胱氨酸血症（HHcy）通过影响睾丸间质细胞（LCs）中的睾酮生成，导致血清睾酮水平降低	首次揭示了HHcy通过下调关键转录因子Nr5a1及其相关基因，影响睾酮合成，并发现了新的细胞群——巨噬细胞样睾丸间质细胞（McLCs）	NA	探讨高同型半胱氨酸血症对睾酮生成的影响及其机制	高同型半胱氨酸血症小鼠的睾丸间质细胞	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高同型半胱氨酸血症小鼠
80	2024-08-13	Trps1 acts as a regulator of Sf-1 transcription and testosterone synthesis in mouse Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09823-8 PMID:37531013	研究论文	本研究探讨了Trps1基因在小鼠Leydig细胞中对睾酮合成的影响及其机制	首次揭示了Trps1通过调节Sf-1转录和组蛋白乙酰化影响睾酮合成	NA	探索睾酮生物合成中的关键因素，为疾病研究和临床治疗提供新视角	小鼠Leydig细胞中的Trps1基因及其对睾酮合成的影响	NA	男性不育	单细胞RNA测序分析	NA	RNA	小鼠Leydig细胞