单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-10-17 |
Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108496
PMID:38098745
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了慢性暴露于疟疾寄生虫的个体中非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体，发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能 | 发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能 | NA | 更好地定义非典型B细胞在人类适应性免疫反应中的作用 | 非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 慢性暴露于疟疾寄生虫的个体 |
| 42 | 2024-10-17 |
Challenges and opportunities to computationally deconvolve heterogeneous tissue with varying cell sizes using single-cell RNA-sequencing datasets
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03123-4
PMID:38098055
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研究论文 | 本文讨论了使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的挑战和机遇 | 提出了使用正交的“黄金标准”数据集来评估解卷积方法 | 现有方法可能量化总mRNA而非细胞类型比例，缺乏细胞参考图谱和单细胞与空间转录组数据整合的标准 | 探讨如何解决使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的关键挑战 | 异质组织中的细胞混合物 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 43 | 2024-10-17 |
GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations
2023-Dec-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44017-0
PMID:38092776
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GNTD的图引导神经张量分解模型，用于重建组织中的全空间转录组 | GNTD模型通过分层张量结构和三层神经网络的非线性分解，结合捕获点之间的空间关系和基因功能关系，提高了从高度稀疏的空间转录组数据中进行准确重建的能力 | NA | 开发一种新的方法来克服空间转录组技术在组织切片制备和RNA捕获与固定方面的技术限制，从而实现全空间转录组的重建 | 组织中的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 神经网络 | 基因表达数据 | 22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据 |
| 44 | 2024-10-17 |
Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.10.570890
PMID:38105996
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研究论文 | 介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速定量比较增强子等位基因活性 | 开发了一种新的Cas9基双色荧光报告系统，能够在活体小鼠中快速定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学进行细胞分辨率分析 | NA | 研究与人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析 | 增强子变异及其在肢体多指症、自闭症和颅面畸形中的功能效应 | NA | NA | Cas9基双色荧光报告系统 | NA | 荧光报告数据 | 活体小鼠 |
| 45 | 2024-10-17 |
The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06818-7
PMID:38092915
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研究论文 | 本文通过结合高通量单核RNA测序和Slide-seq空间转录组学方法，构建了成年小鼠大脑中每个脑结构的细胞类型图谱 | 本文首次全面揭示了小鼠大脑中不同神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个框架用于遗传访问每种细胞类型 | NA | 构建一个全面的成年小鼠大脑细胞类型图谱，并揭示其分子身份和空间位置 | 成年小鼠大脑的细胞类型及其在神经解剖结构中的分布 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和Slide-seq空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 整个小鼠大脑的细胞样本 |
| 46 | 2024-10-17 |
STAT4 facilitates PD-L1 level via IL-12R/JAK2/STAT3 axis and predicts immunotherapy response in breast cancer
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.464
PMID:38107057
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研究论文 | 研究STAT4在乳腺癌中的作用及其通过IL-12R/JAK2/STAT3轴调节PD-L1水平的机制，并探讨其作为免疫治疗反应预测因子的潜力 | 揭示了STAT4通过STAT4/IL-12R/JAK2-STAT3-STAT4轴间接调节PD-L1表达的新分子机制，并提出其作为预测抗PD-1免疫治疗反应的潜在应用 | NA | 探讨STAT4在乳腺癌中的功能及其在免疫治疗中的作用 | STAT4在乳腺癌中的表达及其对PD-L1水平的影响 | NA | 乳腺癌 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个临床乳腺癌队列 |
| 47 | 2024-10-17 |
Identification of RP11-770J1.4 as immune-related lncRNA regulating the CTXN1-cGAS-STING axis in histologically lower-grade glioma
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.458
PMID:38116063
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研究论文 | 本文研究了长非编码RNA RP11-770J1.4在低级别胶质瘤中的免疫调节作用 | 揭示了RP11-770J1.4-CTXN1作为潜在的免疫调节轴，具有治疗低级别胶质瘤的潜力 | NA | 探讨长非编码RNA在低级别胶质瘤中的免疫调节机制 | 长非编码RNA RP11-770J1.4及其在低级别胶质瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括胶质母细胞瘤干细胞模型和患者样本 |
| 48 | 2024-10-16 |
Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis
2023-Dec-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icad034
PMID:37188638
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在海洋无脊椎动物研究中的应用和进展 | 本文总结了scRNA-seq在海洋无脊椎动物中的关键发现，包括细胞类型组成的描述性研究、细胞在动态过程中的反应以及新细胞类型的进化 | 本文讨论了在进行实验间或不同物种数据集间比较时的重要考虑因素，并指出了未来的挑战 | 本文旨在综合当前关于海洋无脊椎动物scRNA-seq的文献，并展望未来单细胞分析在该领域的应用 | 本文主要研究对象是海洋无脊椎动物的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多种海洋无脊椎动物物种的单细胞样本 |
| 49 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
|
研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 50 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
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研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 51 | 2024-10-16 |
Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates
2023-Dec-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43420-x
PMID:38042809
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研究论文 | 本文研究了非人灵长类动物在接受mRNA-1273疫苗后，先天性和适应性免疫细胞之间的相互作用动态 | 本文通过单细胞测序技术，综合分析了疫苗接种后先天性和适应性免疫细胞的转录组和适应性免疫受体，揭示了免疫系统中双向信号传递的机制 | NA | 研究SARS-CoV-2疫苗在非人灵长类动物中的免疫反应，指导人类临床实践 | 非人灵长类动物接种mRNA-1273疫苗后的先天性和适应性免疫细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 接种疫苗前后的先天性免疫细胞和抗原特异性外周B细胞和T细胞 |
| 52 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
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研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 53 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 54 | 2024-10-14 |
Single-cell transcriptomic atlas of distinct early immune responses induced by SARS-CoV-2 Proto or its variants in rhesus monkey
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.432
PMID:38020713
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2原型及其变种在恒河猴模型中诱导的早期免疫反应的单细胞转录组图谱 | 首次在非人灵长类动物模型中系统分析了SARS-CoV-2原型及其变种诱导的早期免疫反应的动态变化 | 研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类 | 揭示SARS-CoV-2及其变种在感染早期诱导的免疫反应动态变化 | SARS-CoV-2原型及其Alpha、Beta和Delta变种在恒河猴中的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 恒河猴模型中的外周血单核细胞 |
| 55 | 2024-10-13 |
Improved cell-type identification and comprehensive mapping of regulatory features with spatial epigenomics 96-channel microfluidic platform
2023-Dec, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0044
PMID:39380764
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研究论文 | 本文比较了50通道和96通道平台上的空间表观基因组分析，展示了96通道微流控芯片在细胞类型识别和调控元件识别方面的显著改进 | 开发了96通道微流控芯片，显著提高了细胞类型识别和调控元件识别的精度 | NA | 研究空间表观基因组学工具在细胞类型识别和调控元件识别中的应用 | 大脑结构中的胶质细胞和神经元定位以及控制细胞功能的顺式调控元件 | 数字病理学 | NA | 空间ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 56 | 2024-10-10 |
Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma
2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32797
PMID:36120720
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研究论文 | 研究MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的作用 | 首次详细研究了MDA-9在肝细胞癌中的作用，并揭示了其通过NF-κB和Spp1促进肝细胞癌的机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的功能及其潜在的治疗应用 | MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的表达和作用 | NA | 肝细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | 转基因小鼠模型 |
| 57 | 2024-10-09 |
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572269
PMID:38187629
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从多细胞空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 开发一种方法来恢复多细胞空间转录组学测量中的单细胞表达谱 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类乳腺癌和肺部疾病数据 |
| 58 | 2024-09-28 |
Elucidating dynamic cell lineages and gene networks in time-course single cell differentiation
2023-Dec, Artificial intelligence in the life sciences
DOI:10.1016/j.ailsci.2023.100068
PMID:37426065
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研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Smoothing Transformation (CellST)的机器学习框架，用于阐明细胞分化过程中的动态细胞谱系和基因网络 | CellST能够为每个单独细胞构建轨迹并跟踪其行为，不同于现有方法构建单一的细胞群轨迹，并且能够预测较少见的细胞类型的命运 | NA | 追踪细胞分化行为，重建细胞谱系并预测细胞命运 | 单细胞RNA测序数据中的细胞谱系和基因网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 59 | 2024-09-27 |
Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601
PMID:37742177
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研究论文 | 本文介绍了一种用于在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的协议 | 该协议结合了单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的优点，能够在保留细胞和分子背景的情况下识别细胞类型和亚型 | NA | 开发一种能够在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的方法 | 骨髓细胞在组织冷冻切片中的异质性 | 数字病理学 | NA | 多光谱成像 | NA | 图像 | NA |
| 60 | 2024-09-27 |
Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03567-4
PMID:38006433
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研究论文 | 研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | RNA测序数据 | 12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织 |