单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-20	Cephalopod-omics: Emerging Fields and Technologies in Cephalopod Biology 2023-Dec-29, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icad087 PMID:37370232	研究论文	本文总结了头足类生物学新兴领域和技术的最新见解，强调了跨学科合作的重要性	利用最新的测序、成像和基因操作技术，推动了头足类生物学的研究进展	头足类生物学仍有许多未探索的领域，如大脑、养殖条件和复杂基因组等	探讨头足类生物学中的关键问题，并总结新兴领域的最新进展	头足类生物的比较基因组学、调控基因组学、基因操作、单细胞转录组学、宏基因组学和微生物相互作用	基因组学	NA	测序、成像、基因操作	NA	基因组数据	超过40名来自世界各地的研究人员参与了讨论
22	2024-10-20	Interpretable trajectory inference with single-cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) testing 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	提出了一种名为scLANE的单细胞线性自适应负二项表达测试方法，用于解释性轨迹推断	scLANE测试基于可解释的广义线性模型，并通过经验选择的基样条处理非线性变化，同时扩展到估计方程和混合模型以适应复杂的实验设计	NA	解决现有轨迹差异表达技术在解释性和生物学结论上的主观性问题	单细胞RNA-seq数据的基因表达动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集
23	2024-10-20	Human disease-specific cell signatures in non-lesional tissue in Multiple Sclerosis detected by single-cell and spatial transcriptomics 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.20.572491 PMID:38187779	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，分析多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化	首次在多发性硬化症患者的非病变组织中检测到细胞类型特异性变化，并验证了这些变化与疾病病理过程的相关性	样本量相对较小，且仅限于特定脑区的研究	探讨多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化及其与疾病病理过程的关系	多发性硬化症患者的非病变脑组织	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	共78个样本，包括15个对照个体、8个多发性硬化症患者和5个其他伴有脱髓鞘病理的个体
24	2024-10-20	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	研究论文	本文开发了一种名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据对轨迹推断的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	Escort框架通过数据驱动的评估方法，减少了轨迹推断中的不确定性，并减轻了研究人员在选择适当方法和参数时的负担	NA	解决单细胞RNA测序轨迹推断中选择适当方法和参数的不确定性问题	单细胞RNA测序数据及其在轨迹推断中的适用性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25	2024-10-20	Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570603 PMID:38106230	研究论文	本文对三种商业化的成像空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的表现进行了系统性基准测试	首次对三种商业化iST平台在FFPE组织中的相对技术性能和生物学性能进行了全面比较	不同平台在细胞分割错误频率和下游生物分析的子聚类程度方面存在差异	评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能	三种商业化iST平台在23种肿瘤和正常组织类型中的表现	数字病理学	NA	成像空间转录组学（iST）	NA	基因数据	23种肿瘤和正常组织类型的组织微阵列（TMAs）
26	2024-10-20	SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data 2023-12-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645 PMID:37972590	研究论文	介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构	SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议	NA	开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征	空间转录组学数据的局部梯度结构	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多切片3D全脑数据
27	2024-10-20	Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina 2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.570629 PMID:38168320	研究论文	研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用	首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程	研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织	探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用	鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鸡视网膜样本
28	2024-10-20	Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow 2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad760 PMID:38113416	研究论文	本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程	CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现	NA	简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
29	2024-10-20	Ursa: A Comprehensive Multiomics Toolbox for High-Throughput Single-Cell Analysis 2023-Dec-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msad267 PMID:38091963	研究论文	介绍了一个名为Ursa的综合性单细胞多组学工具箱，用于高通量单细胞分析	提供了6个自动化的单细胞组学和空间转录组学工作流程，涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学和免疫组学	主要面向缺乏生物信息学专业知识的科学家，可能不适用于高级用户	旨在为科学家提供一个易于使用的生物信息学工具，以加速他们的研究潜力	单细胞水平的多组学数据分析	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	NA	单细胞数据	NA
30	2024-10-20	Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283 PMID:37732484	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应	人类主动脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本
31	2024-10-19	Comprehensive analysis of the potential biological significance of cuproptosis-related gene LIPT2 in pan-cancer prognosis and immunotherapy 2023-12-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50039-x PMID:38129565	研究论文	本文分析了铜死亡相关基因LIPT2在泛癌预后和免疫治疗中的潜在生物学意义	首次全面评估了LIPT2基因在多种癌症中的表达水平及其对预后的影响，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	研究主要基于生物信息学方法，缺乏实验验证	探讨LIPT2在泛癌中的生物学功能及其在预后和免疫治疗中的潜在意义	LIPT2基因在多种癌症中的表达及其对预后和免疫治疗的影响	NA	NA	生物信息学方法，单细胞测序	NA	基因表达数据，突变数据，甲基化数据，免疫状态数据	涉及多种癌症类型的样本
32	2024-10-19	Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease 2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.24.23297476 PMID:37961453	研究论文	本文开发了一种遗传模型，用于量化中脑神经元在从诱导多能干细胞分化过程中基因表达的动态调控和细胞类型特异性	本文提出了一个新的框架，用于量化基因表达的遗传调控动态和细胞类型特异性，并应用于复杂疾病遗传学研究	本文面临的挑战包括人群规模研究中参考资源的有限性、单细胞RNA测序数据稀疏性以及个体细胞类型内表达模式的复杂性	研究基因表达的遗传调控动态和细胞类型特异性，并应用于复杂疾病遗传学研究	中脑神经元在从诱导多能干细胞分化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	基因表达数据	超过1500个表型数据来自UK Biobank
33	2024-10-19	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.16.537094 PMID:37131626	研究论文	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的性能	利用GPT-4这一强大的大型语言模型，自动且准确地通过标准单细胞RNA测序分析管道生成的标记基因信息进行细胞类型注释	NA	评估GPT-4在细胞类型注释中的应用潜力，并开发相应的开源软件包	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	基因表达数据	数百种组织类型和细胞类型
34	2024-10-19	Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei 2023-Dec-12, Biology DOI:10.3390/biology12121516 PMID:38132342	研究论文	本文总结了与鱼类先天免疫系统（IIS）相关的单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学实验数据	本文首次系统地总结了鱼类先天免疫系统的单细胞RNA测序数据，并提出了对非模式鱼类进行新实验的必要性	目前只有少数scRNAseq数据可用于其他鱼类，且缺乏对非模式鱼类的研究	研究鱼类先天免疫系统的特性和多样性	鱼类的先天免疫系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	涉及多种鱼类器官和发育阶段的多个scRNAseq实验数据
35	2024-10-19	Consensus scHPF Identifies Cell Type-Specific Drug Responses in Glioma by Integrating Large-Scale scRNA-seq 2023-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.05.570193 PMID:38105955	研究论文	本文介绍了一种名为共识scHPF的贝叶斯矩阵分解算法，用于整合大规模单细胞RNA测序数据，以识别胶质瘤中特定细胞类型的药物反应	提出了共识scHPF算法，通过分析多个随机初始化的scHPF模型，识别最稳健的基因特征并自动确定给定数据集的因子数量	NA	开发一种新的算法来整合复杂的单细胞RNA测序数据，以识别特定细胞类型的药物反应	胶质瘤切片培养样本，包括19名患者、10种药物治疗条件和52个样本	单细胞RNA测序	胶质瘤	单细胞RNA测序	贝叶斯矩阵分解	基因表达数据	19名患者，10种药物治疗条件，52个样本
36	2024-10-19	Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06805-y PMID:38092913	研究论文	本研究使用单核甲基化测序和多组学测序技术，构建了成年小鼠大脑的单细胞DNA甲基化和3D多组学图谱	首次在空间背景下全面解析了成年小鼠大脑的DNA甲基化多样性，并整合了转录组和染色质可及性数据，构建了基于甲基化的细胞分类和调控网络	研究仅限于成年小鼠大脑，未涵盖其他物种或发育阶段	理解大脑发育和神经疾病的DNA甲基化机制，构建全面的分子图谱	成年小鼠大脑的单细胞DNA甲基化和染色质构象	数字病理学	NA	单核甲基化测序（snmC-seq3）和多组学测序（snm3C-seq）	NA	基因组数据	301,626个甲基化图谱和176,003个染色质构象-甲基化联合图谱，来自117个解剖区域
37	2024-10-19	Spatial transcriptomic analysis of the mouse brain following chronic social defeat stress 2023-Dec, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20220133 PMID:38264685	研究论文	研究使用空间转录组学分析慢性社会挫败应激对小鼠大脑的影响	首次全面比较了慢性社会挫败应激在多个脑区的转录变化，并揭示了不同脑区基因表达的空间差异	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨慢性社会挫败应激对小鼠大脑多个脑区的转录变化	小鼠大脑在慢性社会挫败应激下的基因表达	空间转录组学	抑郁症	空间转录组学 (ST)	NA	基因表达数据	控制组、抗压组 (RES) 和易感组 (SUS) 的小鼠大脑样本
38	2024-10-19	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-Dec, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	本文首次通过生物信息学方法探讨了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并验证了关键基因在诊断和治疗中的潜在价值	本文主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏临床试验数据支持	探讨COVID-19与骨关节炎之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19与骨关节炎的共同病理机制及相关基因、药物和免疫浸润	系统生物学	骨关节炎	生物信息学分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、定量聚合酶链反应、Western Blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据、miRNA数据	74个共同差异表达基因、84个miRNA、28个转录因子、10种潜在药物
39	2024-10-17	Transcription factors in fibroblast plasticity and CAF heterogeneity 2023-Dec-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02934-4 PMID:38124183	综述	本文综述了转录因子在癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性和可塑性中的作用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示转录因子在不同癌症类型中将正常成纤维细胞转化为不同CAF亚型中的作用	目前尚未形成统一的CAF亚群功能分类，这为临床上开发靶向CAF疗法带来了挑战	揭示CAF的异质性，并识别不同肿瘤中的共性，以更有效地靶向肿瘤微环境中的促肿瘤基质	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其异质性和可塑性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
40	2024-10-17	scNAT: a deep learning method for integrating paired single-cell RNA and T cell receptor sequencing profiles 2023-12-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03129-y PMID:38111007	研究论文	本文介绍了一种名为scNAT的深度学习方法，用于整合配对的单细胞RNA和T细胞受体测序数据	scNAT方法能够将配对的scRNA-seq和scTCR-seq数据整合到一个统一的潜在空间中，用于下游分析	NA	开发一种能够整合单细胞RNA和T细胞受体测序数据的深度学习方法	单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据	机器学习	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）	深度学习	单细胞RNA和T细胞受体测序数据	NA