单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-07	Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches 2023-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43855-2 PMID:38052804	研究论文	本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞	开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式	研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证	探究转移灶中细胞间相互作用的机制	转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞）	癌症生物学	癌症转移	分裂GFP系统、单细胞RNA测序	小鼠肝脏转移模型	基因表达数据	NA
22	2025-05-07	Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43420-x PMID:38042809	研究论文	该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解	首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制	研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗	研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态	恒河猴	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞
23	2025-05-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	research paper	该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化	首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达	研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应	了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制	两个月大的婴儿	免疫学	感染性疾病	全血转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个队列的2月龄婴儿
24	2025-05-07	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	介绍了一种名为Redeconve的算法，用于在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据	Redeconve算法能够在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据，揭示数千种细微细胞状态	NA	提高空间转录组数据的解卷积分辨率和准确性	空间转录组数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	Redeconve算法	空间转录组数据	多种空间转录组平台和数据集，包括人类胰腺癌数据集和淋巴结样本
25	2025-05-02	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文提出了一种图引导的神经张量分解模型（GNTD），用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和非线性分解，结合空间和功能关系，提高了从高度稀疏的空间分析数据中重建转录组的准确性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据稀疏性和技术局限性	重建组织中的全空间转录组，以更好地理解细胞的结构组织和功能角色	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	GNTD（图引导的神经张量分解模型）	空间基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据
26	2025-05-02	Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion 2023-12-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43827-6 PMID:38071397	研究论文	研究几何约束对宿主细胞与细菌相互作用的影响及其机制	揭示了空间几何约束如何通过胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌与宿主细胞的粘附	研究仅限于体外细胞单层和动物实验，未涉及更复杂的体内环境	探究几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制	细菌与几何约束下的宿主细胞单层	细胞生物学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
27	2025-05-02	STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-12-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43915-7 PMID:38065970	research paper	开发STalign工具，用于对齐空间转录组数据，考虑部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置的对应性	未明确提及具体限制	解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（ST）	微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
28	2025-04-25	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	research paper	该研究通过单细胞空间转录组学技术，探究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变独立于淀粉样蛋白病理引起的神经元转录变化，并发现了该突变对BDNF信号通路的特异性影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型特异性转录调控的影响	小鼠脑组织切片（野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD模型及双突变模型）	digital pathology	geriatric disease	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片样本
29	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
30	2025-04-23	Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology 2023-12-06, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-023-00588-7 PMID:38057716	研究论文	通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因，为溶酶体靶向治疗提供方向	首次筛选出与脓毒症预后密切相关的四个溶酶体相关基因（GNLY、GZMB、PRF1和RASGRP1），并明确了它们在T细胞和NK细胞中的高表达	样本量较小（22例脓毒症患者和10例正常对照），可能影响结果的普遍性	筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因，探索溶酶体靶向治疗的潜在靶点	脓毒症患者和正常对照者的外周血样本	基因表达分析	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、PPI分析、GO分析、KEGG分析	NA	RNA测序数据	22例脓毒症患者和10例正常对照者
31	2025-04-20	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.30.569494 PMID:38076932	研究论文	介绍了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法Perturb-FISH，用于研究单细胞水平的遗传和分子关联	首次将成像空间转录组学与并行光学检测扩增的引导RNA相结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞和诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR筛选、空间转录组学、Perturb-FISH	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
32	2025-04-13	Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation 2023-Dec, The annals of applied statistics DOI:10.1214/23-aoas1769 PMID:40206429	研究论文	提出一种新的多项逻辑回归估计器，用于整合具有不同分辨率标签的多个数据集，以建模细胞类型概率	提出一种新的多项逻辑回归估计器，能够整合多个具有不一致标签的数据集，解决了现有方法在统一建模方面的挑战	未明确提及具体限制，但可能涉及非凸优化问题的计算复杂性	开发一种自动化的细胞类型注释方法，以提高单细胞基因组学数据分析的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	多项逻辑回归	单细胞RNA测序数据	十个单细胞RNA测序数据集
33	2025-04-04	Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial 2023-12-01, JAMA oncology IF:22.5Q1 DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015 PMID:37824131	研究论文	评估TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合治疗转移性软组织肉瘤的安全性和免疫调节效果	首次在转移性软组织肉瘤患者中研究TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合使用的安全性和免疫调节作用	样本量较小（12例患者），且为非随机对照试验	评估IT GLA-SE与放疗联合治疗的安全性和有效性	转移性软组织肉瘤患者	肿瘤免疫治疗	软组织肉瘤	免疫组织化学、T细胞受体（TCR）测序、单细胞测序	NA	临床数据、测序数据	12例患者（中位年龄65岁，8例女性）
34	2025-04-03	Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235 PMID:37463058	研究论文	评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后的效果	首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的临床反应率和免疫诱导效果	疫苗组与对照组在1年后的完全缓解率无统计学显著差异	评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的疗效	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	DC/MM融合疫苗技术、单细胞转录组学	NA	临床数据、免疫学数据	203名患者入组，140名随机分组，63名成功生产疫苗
35	2025-03-23	Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice 2023-Dec, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00515-w PMID:37996758	研究论文	本研究探讨了老化对CD8 T细胞在动脉粥样硬化中的作用，发现老化小鼠中CD8 T细胞的耗竭能减轻动脉粥样硬化	首次发现老化相关的CD8 T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆扩增及其转录组特征	研究仅使用雌性小鼠，未涉及人类样本	探讨老化对CD8 T细胞在动脉粥样硬化中的作用	老化小鼠和年轻小鼠的CD8 T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	雌性小鼠
36	2025-03-22	Early human lung immune cell development and its role in epithelial cell fate 2023-12-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adf9988 PMID:38100545	研究论文	本文研究了人类胚胎和胎儿肺免疫细胞的发育及其对上皮细胞命运的影响	首次系统性地描述了人类胚胎和胎儿肺免疫细胞的发育过程，并探讨了免疫细胞在肺上皮细胞成熟中的作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，体内实验的证据尚不充分	探讨人类肺发育过程中免疫细胞的作用及其对上皮细胞命运的影响	人类胚胎和胎儿肺免疫细胞及上皮细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, smFISH, 免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	人类胚胎和胎儿肺组织样本
37	2025-03-15	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了19个独特肺部的超过100万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过亚细胞分辨率的图像空间转录组学，首次在PF和对照肺中识别出多种分子定义的空间生态位，并利用机器学习和轨迹分析方法，从正常到最严重重塑的梯度上分段和排序空气空间，揭示了渐进性远端肺病理的组成和分子变化序列	研究样本量相对较小，仅包括19个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调及其与疾病进展的关系	19个独特肺部的超过100万个细胞	数字病理学	肺纤维化	基于图像的空间转录组学	机器学习	图像	19个肺部样本，超过100万个细胞
38	2025-03-14	Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis 2023-12-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002 PMID:38029747	研究论文	本文探讨了I型干扰素在结核病易感性中的早期细胞机制	揭示了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在结核分枝杆菌感染中的主导作用，并发现浆细胞样树突状细胞在人类结核肉芽肿附近定位	研究主要基于小鼠和非人灵长类动物模型，人类数据有限	研究结核病发病机制中的细胞机制	结核分枝杆菌感染的小鼠和非人灵长类动物	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠和非人灵长类动物
39	2025-03-12	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	本文研究了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用，通过去除猕猴中的先天和/或适应性CD8+淋巴细胞，展示了CD8α+细胞的缺失如何显著影响结核分枝杆菌感染的早期控制	首次在猕猴模型中系统地展示了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用，并揭示了CD8+淋巴细胞的多功能细胞毒性反应作为疫苗靶点的潜力	研究仅限于猕猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用	猕猴	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	生物样本数据	猕猴样本
40	2024-08-07	[Research progress of single-cell RNA sequencing in airway type 2 inflammatory diseases] 2023-12-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20230413-00169 PMID:38186104	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA