单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-07 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-Dec-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
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研究论文 | 本研究综合分析了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）和DNA甲基化谱在抑郁症自杀脑组织中的应用 | 本研究通过跨组学分析，计算了不同甲基化CpG位点的甲基化和转录水平之间的相关性，并进行了去卷积分析 | NA | 探讨自杀行为的潜在病因和生物学机制 | 抑郁症自杀患者的脑组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）、DNA甲基化微阵列 | NA | 基因表达数据、甲基化数据 | 包括抑郁症自杀患者的皮质组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 |
| 342 | 2024-08-05 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-Dec-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
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研究论文 | 本文介绍了一种新的空间转录组数据注释方法SpatialAnno | SpatialAnno创新性地使用了大量非标记基因和关于标记基因的'定性'信息，同时不依赖参考数据集 | 缺乏对某些空间信息的利用，可能影响某些特定类型细胞的注释准确性 | 研究空间转录组数据的细胞/区域类型分类 | 模拟数据和来自10x Visium、ST、Slide-seqV1/2及seqFISH平台的四个真实空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（SRT） | 因子模型和Potts模型 | 数据集 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 343 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation
2023-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002403
PMID:38109308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠垂体在系统性炎症下的转录组特征，揭示了垂体与免疫系统的丰富相互作用 | 首次揭示了系统性炎症如何调控垂体激素产生细胞的转录组特征，并发现了非经典的生物活性分子Nptx2的产生和释放 | NA | 探究系统性炎症对垂体激素产生细胞转录组的影响及其与免疫系统的相互作用 | 小鼠垂体激素产生细胞在系统性炎症下的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠垂体样本 |
| 344 | 2024-08-05 |
scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data
2023-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05579-4
PMID:38104057
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的可解释模型scInterpreter，用于整合和注释scRNA-seq数据。 | scInterpreter显著优于其他最新模型，并通过知识先验加速训练过程，同时提供可解释的细胞表示。 | 未提及具体的局限性 | 研究旨在提供一个有效且可解释的单细胞转录组数据整合工具。 | 本研究的对象为单细胞RNA-seq数据。 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 多个基准数据集 |
| 345 | 2024-08-07 |
Bioinformatics identification of a T-cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12082
PMID:37935646
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别出与T细胞相关的预后和药物敏感性标志物，用于肝细胞癌的预测 | 开发了一种综合使用10种机器学习算法的T细胞相关预后标志物（TRPS），并验证了其在肝细胞癌中的独立风险因素作用 | NA | 开发和验证一种新的生物标志物，用于预测肝细胞癌患者的预后和药物敏感性 | 肝细胞癌患者及其T细胞相关的预后和药物敏感性 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA序列数据 | 使用Cancer Genome Atlas队列中的7个T细胞相关标记物进行验证 |
| 346 | 2024-08-07 |
Empagliflozin targets Mfn1 and Opa1 to attenuate microglia-mediated neuroinflammation in retinal ischemia and reperfusion injury
2023-Dec-12, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02982-9
PMID:38082266
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研究论文 | 本研究评估了抗糖尿病药物恩格列净（EMPA）在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果，发现其通过调节Mfn1和Opa1基因表达来减轻由小胶质细胞介导的神经炎症 | 本研究首次揭示了EMPA通过下调NLRP3信号通路和上调线粒体融合相关基因Mfn1和Opa1的表达，来恢复线粒体动态平衡，从而减轻视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症 | NA | 评估EMPA在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果 | 视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症和线粒体功能障碍 | NA | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型，体外实验使用BV2小胶质细胞 |
| 347 | 2024-08-07 |
GPNMB+ Gal-3+ hepatic parenchymal cells promote immunosuppression and hepatocellular carcinogenesis
2023-Dec-11, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023114060
PMID:38009297
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研究论文 | 本文通过全面的单细胞转录组测序分析了毒素诱导的肝肿瘤发生模型和肝细胞癌患者的细胞特征，揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌发展中的免疫抑制和恶性转化作用。 | 首次揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌中的免疫抑制和恶性转化作用，并发现了SOX18在这一过程中的关键作用。 | NA | 揭示肝细胞癌发展过程中特定细胞群体的作用及其对肿瘤微环境的影响。 | 肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型的单细胞样本。 |
| 348 | 2024-08-07 |
Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion
2023-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43827-6
PMID:38071397
|
研究论文 | 本文研究了在几何受限的微环境中，宿主细胞与细菌之间的相互作用，并揭示了空间几何约束对细菌-宿主粘附的影响。 | 发现细菌在受限细胞单层的边缘处粘附力显著增强，且这种粘附力的增强与胶原蛋白IV的空间异质表达有关。 | NA | 探究几何约束如何调节宿主细胞与细菌的相互作用。 | 宿主细胞与细菌在几何受限微环境中的相互作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 349 | 2024-08-05 |
SingleScan: a comprehensive resource for single-cell sequencing data processing and mining
2023-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05590-9
PMID:38062357
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为SingleScan的在线资源，以便更便捷地获取单细胞测序方法和数据处理流程的详细信息 | 提供了分类的单细胞转录组/基因组分析工具和流程，并总结了单细胞数据分析的典型工作流程 | 尚未提及特定的实验验证或工具有效性的评估 | 旨在为研究人员提供一个便利用于单细胞测序数据处理的资源 | 该资源旨在帮助没有计算经验的研究人员进入单细胞测序领域 | 数字病理 | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA |
| 350 | 2024-08-05 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569494
PMID:38076932
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研究论文 | 本文介绍了Perturb-FISH技术，结合图像空间转录组学和扩增指南RNA的光学检测，研究细胞内、细胞间及功能转录电路 | 提出了Perturb-FISH，通过结合高通量单细胞分辨的转录组学和光学检测，实现了对细胞相互作用的新理解 | NA | 旨在探讨空间和功能生物学的遗传与分子关联 | 本文研究了脂多糖反应的单核细胞和自闭症谱系障碍风险基因相关的诱导多能干细胞来源的星形胶质细胞 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 空间转录组学 | NA | RNA数据 | NA |
| 351 | 2024-08-05 |
Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance
2023-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01570-0
PMID:37985817
|
研究论文 | 此研究通过多组学分析揭示了宫颈鳞状细胞癌的细胞生态系统及其生物学和临床相关性 | 首次系统开发了宫颈鳞状细胞癌中肿瘤内部表达异质性的高分辨率空间图谱 | 临床试验样本分析的初步结果限制了该研究的广泛适用性和深入结论 | 深入理解宫颈鳞状细胞癌中细胞状态的多样性 | 宫颈鳞状细胞癌（CSCC），包括不同的肿瘤状态和免疫微环境 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 样本数据 | 临床试验样本（NCT04516616） |
| 352 | 2024-08-07 |
Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05483-7
PMID:37955686
|
研究论文 | 本研究通过整合乳酸化（LAC）和肿瘤微环境（TME）特征，开发了一种新的预测皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）预后和治疗的生物标志物。 | 首次将乳酸化修饰与肿瘤微环境特征结合，用于SKCM的预后预测和治疗指导。 | NA | 探索乳酸化和肿瘤微环境在SKCM中的作用，以提供新的治疗方案和研究SKCM发病机制。 | 皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）及其肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | RNA测序、LASSO回归分析、CIBERSORT算法 | NA | RNA测序数据 | 涉及TCGA和GTEx数据库中的RNA测序数据集，以及A375和A2058细胞系。 |
| 353 | 2024-08-07 |
Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05486-4
PMID:38006451
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研究论文 | 本研究分析了皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预测模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略 | 本研究首次结合GPCRs和肿瘤微环境构建了一个新的预测模型，并验证了关键基因GPR19的功能 | NA | 探索GPCRs和肿瘤微环境在皮肤皮肤黑色素瘤发展中的作用，并构建预测模型 | 皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）患者 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | LASSO算法，多元和单变量Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 数据来自TCGA和GEO数据库，具体样本数量未提及 |
| 354 | 2024-08-07 |
East Asian-specific and cross-ancestry genome-wide meta-analyses provide mechanistic insights into peptic ulcer disease
2023-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01569-7
PMID:38036781
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研究论文 | 本研究通过大规模跨祖先的元分析，结合日本和欧洲的基因组关联研究，探讨了消化性溃疡病的遗传机制 | 发现了25个新的高度一致的遗传位点，并揭示了胃溃疡和十二指肠溃疡的遗传结构差异 | NA | 探究消化性溃疡病的遗传机制 | 消化性溃疡病，包括胃溃疡和十二指肠溃疡 | 遗传学 | 消化性溃疡病 | 基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 52,032例病例和905,344例对照 |
| 355 | 2024-08-07 |
Gleaning Euglenozoa-specific DNA polymerases in public single-cell transcriptome data
2023-Dec, Protist
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.protis.2023.125997
PMID:38039844
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研究论文 | 本研究从公共单细胞转录组数据中鉴定了16个新的家族A DNA聚合酶序列，并讨论了其在Euglenozoa门中的多样性和进化 | 利用单细胞转录组数据填补了Euglenozoa门中深层分支物种的家族A DNA聚合酶数据的空白 | NA | 探讨Euglenozoa门中家族A DNA聚合酶的多样性和进化 | Euglenozoa门中的家族A DNA聚合酶 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 33个吞噬性Euglenozoa和2个共生体 |
| 356 | 2024-08-07 |
A postmeiotically bifurcated roadmap of honeybee spermatogenesis marked by phylogenetically restricted genes
2023-Dec, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011081
PMID:38048317
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研究论文 | 本文通过蜜蜂（Apis mellifera）雄性3天和14天龄的睾丸单细胞RNA测序数据，揭示了蜜蜂精子发生过程中转录图谱的后减数分裂分支现象 | 发现了蜜蜂精子发生中后减数分裂的转录分支，以及小精子细胞（sSPT）中表达的膜翅目特异性基因和较高的突变负荷 | NA | 探究蜜蜂精子发生过程中后减数分裂的分子特征 | 蜜蜂的精子发生过程及其分子机制 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3天和14天龄的蜜蜂雄性睾丸样本 |
| 357 | 2024-08-07 |
The role of single-cell RNA sequencing in cardiac tumour - a case report
2023-Dec, JPMA. The Journal of the Pakistan Medical Association
DOI:10.47391/JPMA.7776
PMID:38083933
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病例报告 | 本文报告了一例65岁女性心脏肿瘤患者的病例，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析肿瘤性质 | 使用scRNA-seq技术分析心脏肿瘤的生长模式，有助于区分肿瘤的性质 | NA | 探讨单细胞RNA测序在心脏肿瘤中的应用 | 心脏肿瘤的细胞成分及相关的信号通路 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 一例心脏肿瘤患者 |
| 358 | 2024-08-07 |
Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma
2023-Dec, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2344-5
PMID:37610681
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研究论文 | 本研究旨在识别和验证原发性开角型青光眼（POAG）的关键生物标志物和潜在治疗靶点 | 通过mRNA表达微阵列数据和单细胞高通量RNA测序数据筛选POAG相关的差异表达基因，并进行功能富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析和加权基因共表达网络分析 | 需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制 | 识别原发性开角型青光眼的新生物标志物和潜在治疗靶点 | 原发性开角型青光眼（POAG）的生物标志物和治疗靶点 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞高通量RNA测序（scRNA-seq） | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | mRNA表达数据 | 使用了GSE27276、GSE138125和GSE148371三个数据集 |
| 359 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics drives a new era in plant research
2023-Dec, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16437
PMID:37651723
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 360 | 2024-08-07 |
Targeted single-cell RNA sequencing analysis reveals metabolic reprogramming and the ferroptosis-resistant state in hematologic malignancies
2023-Dec, Cell biochemistry and function
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/cbf.3869
PMID:37823726
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与靶向致癌基因面板，对急性髓系白血病进行转录组测序，揭示了血液恶性肿瘤中的代谢重编程和铁死亡抵抗状态 | 本研究克服了scRNA-seq在检测致癌突变方面的局限性，通过靶向方法识别了骨髓样本中每种细胞类型的致癌IDH1、IDH2和KRAS突变分布 | NA | 探讨血液恶性肿瘤中的代谢重编程和铁死亡抵抗状态的机制 | 急性髓系白血病患者的骨髓细胞 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 多个患者的骨髓样本 |