单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-05	POSTN Secretion by Extracellular Matrix Cancer-Associated Fibroblasts (eCAFs) Correlates with Poor ICB Response via Macrophage Chemotaxis Activation of Akt Signaling Pathway in Gastric Cancer 2023-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2023.0503 PMID:37199594	研究论文	本研究探讨了胃癌中eCAFs分泌的POSTN与免疫检查点抑制（ICB）反应的关系	揭示了CAFs分泌的POSTN通过激活巨噬细胞的Akt信号通路来促进巨噬细胞的趋化作用，从而导致ICB抵抗	研究仅依赖于TCGA-STAD和真实世界队列的分析，可能存在样本选择偏倚	期望阐明eCAFs与胃癌ICB反应之间的关系及其机制	主要研究对象为胃癌患者中的POSTN+FAP+外基质癌相关成纤维细胞（eCAFs）和巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及TCGA-STAD和真实世界胃癌队列的患者样本
342	2024-08-05	IFNγ Transcribed by IRF1 in CD4+ Effector Memory T Cells Promotes Senescence-Associated Pulmonary Fibrosis 2023-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2023.0320 PMID:37199578	研究论文	本研究探讨了生理老化肺部中CD4+效应记忆T细胞转录的IFNγ如何促进与衰老相关的肺纤维化的机制	揭示了老化T细胞通过IFNγ信号通路促进AT2细胞衰老和肺纤维化的作用机制	未提及样本的具体来源及种类，可能影响研究结果的广泛适用性	确定影响肺泡II型上皮细胞的老化T细胞机制和亚型	年轻和老年小鼠的肺部单细胞转录组分析，重点是CD4+ T细胞	数字病理学	衰老相关肺纤维化	单细胞转录组学	NA	细胞	年轻和老年小鼠的肺部细胞，具体样本数量未提及
343	2024-08-07	Microglia Exhibit Distinct Heterogeneity Rather than M1/M2 Polarization within the Early Stage of Acute Ischemic Stroke 2023-Dec-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2023.0505 PMID:37199734	研究论文	本研究通过建立小鼠中大脑动脉闭塞模型，利用单细胞RNA测序技术分析了缺血性中风急性期微胶质细胞的基因表达、细胞亚型和功能变化，揭示了微胶质细胞在急性期的异质性。	本研究首次将微胶质细胞在急性缺血性中风早期的异质性进行了详细分类，并发现了多个具有独特功能特征的亚群。	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	阐明缺血性中风急性期微胶质细胞的异质性，以促进早期有效的神经保护策略的开发。	微胶质细胞在急性缺血性中风早期的异质性和功能变化。	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	37,614个微胶质细胞
344	2024-08-07	Synovial Tissue Heterogeneity in Japanese Patients With Rheumatoid Arthritis Elucidated Using a Cell-Type Deconvolution Approach 2023-12, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42642 PMID:37390361	研究论文	本研究使用细胞类型反卷积方法，阐明了日本类风湿性关节炎患者滑膜组织的异质性	首次基于免疫细胞组成对东亚类风湿性关节炎患者的滑膜进行分层，并揭示了不同滑膜表型的炎症驱动因素	样本仅来自日本的东亚患者，可能限制了研究结果的普遍性	旨在通过免疫细胞组成对东亚类风湿性关节炎患者的滑膜进行分层，并深入了解每种滑膜表型的炎症驱动因素	日本类风湿性关节炎患者的滑膜组织	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序技术	NA	基因表达数据	41例
345	2024-08-07	Genome-wide identification and expression analysis of heat shock protein gene family in cassava 2023-Dec, The plant genome DOI:10.1002/tpg2.20407 PMID:37899677	研究论文	本研究在木薯基因组中鉴定了225个MeHsp基因，并分析了它们的遗传结构、染色体分布、复制事件以及在不同组织和细胞亚群中的表达模式	首次在木薯中系统地鉴定和分析了热休克蛋白基因家族，揭示了MeHsp基因在植物适应环境中的重要作用	NA	旨在理解木薯中热休克蛋白基因的功能特性和进化关系	木薯中的热休克蛋白基因家族	NA	NA	定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR)	NA	转录组数据	225个MeHsp基因
346	2024-08-07	Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data identifies B cell marker genes signature that predicts prognosis and analysis of immune checkpoints expression in head and neck squamous cell carcinoma 2023-Dec, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22656 PMID:38125461	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出B细胞标记基因签名，该签名能预测头颈鳞状细胞癌的预后及免疫检查点表达	首次通过单细胞RNA测序数据筛选出B细胞标记基因，并验证其在头颈鳞状细胞癌中的预后价值及对免疫治疗反应的潜在影响	研究仅限于头颈鳞状细胞癌，且免疫检查点表达与预后的统计学差异不显著	探索B细胞标记基因签名在头颈鳞状细胞癌中的预后价值及对免疫治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌患者的B细胞标记基因及免疫检查点表达	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	145个B细胞标记基因，TCGA数据集及四个独立数据集
347	2024-08-07	Identification of hub genes based on integrated analysis of single-cell and microarray transcriptome in patients with pulmonary arterial hypertension 2023-Dec-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09892-3 PMID:38110868	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和微阵列转录组数据，识别肺动脉高压患者中的关键基因	发现了WDR43和GNL2作为肺动脉高压的新分子机制和潜在治疗靶点	NA	揭示肺动脉高压的分子机制和潜在治疗靶点	肺动脉高压患者	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq），微阵列转录组	NA	转录组数据	3名健康捐赠者和3名肺动脉高压患者的细胞，共计41,472个细胞
348	2024-08-07	Large-scale single-cell RNA sequencing atlases of human immune cells across lifespan: Possibilities and challenges 2023-12, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202250222 PMID:36826421	研究论文	本文探讨了大规模单细胞RNA测序技术在人类免疫细胞研究中的应用及其面临的挑战	介绍了多组学和空间基因组平台在单细胞RNA测序项目中的应用趋势	讨论了大规模数据生成、分析和再分析以及数据传播的挑战	评估大规模单细胞RNA测序技术在免疫学领域的进展和挑战	人类免疫细胞及其在不同生命阶段的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类胎儿和成人造血组织的大规模样本
349	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of gingivo-buccal oral cancer reveals two dominant cellular programs 2023-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15979 PMID:37792582	研究论文	通过单细胞RNA测序分析龈颊口癌，揭示了两种主导的细胞程序	识别了与口腔黏膜下纤维化相关的独特恶性细胞类型和基质细胞群的表型转变	NA	研究龈颊口癌中的细胞异质性	12名龈颊口癌患者的口腔肿瘤样本，其中3名患者同时存在口腔黏膜下纤维化	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12名患者
350	2024-08-07	The Notch1 signaling pathway directly modulates the human RANKL-induced osteoclastogenesis 2023-12-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-48615-2 PMID:38040752	研究论文	本文研究了Notch1信号通路在人类RANKL诱导的破骨细胞生成中的直接调节作用	首次报道了Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用，并揭示了Notch1与IL-7R信号通路的相互作用	NA	探讨Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用及其机制	人类单核CD14细胞和破骨细胞前体	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和抗体序列（AbSeq）分析	NA	细胞表面标记物数据	从外周血单核细胞（PBMCs）中直接分离的人类单核CD14细胞
351	2024-08-07	Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues 2023-Dec-18, The international journal of neuropsychopharmacology DOI:10.1093/ijnp/pyad057 PMID:37774423	研究论文	本研究综合分析了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）和DNA甲基化谱在抑郁症自杀脑组织中的应用	本研究通过跨组学分析，计算了不同甲基化CpG位点的甲基化和转录水平之间的相关性，并进行了去卷积分析	NA	探讨自杀行为的潜在病因和生物学机制	抑郁症自杀患者的脑组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）、DNA甲基化微阵列	NA	基因表达数据、甲基化数据	包括抑郁症自杀患者的皮质组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织
352	2024-08-05	Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno 2023-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1023 PMID:37941153	研究论文	本文介绍了一种新的空间转录组数据注释方法SpatialAnno	SpatialAnno创新性地使用了大量非标记基因和关于标记基因的'定性'信息，同时不依赖参考数据集	缺乏对某些空间信息的利用，可能影响某些特定类型细胞的注释准确性	研究空间转录组数据的细胞/区域类型分类	模拟数据和来自10x Visium、ST、Slide-seqV1/2及seqFISH平台的四个真实空间转录组数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（SRT）	因子模型和Potts模型	数据集	四个真实数据集和模拟数据
353	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation 2023-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002403 PMID:38109308	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠垂体在系统性炎症下的转录组特征，揭示了垂体与免疫系统的丰富相互作用	首次揭示了系统性炎症如何调控垂体激素产生细胞的转录组特征，并发现了非经典的生物活性分子Nptx2的产生和释放	NA	探究系统性炎症对垂体激素产生细胞转录组的影响及其与免疫系统的相互作用	小鼠垂体激素产生细胞在系统性炎症下的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠垂体样本
354	2024-08-05	scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data 2023-Dec-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05579-4 PMID:38104057	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习的可解释模型scInterpreter，用于整合和注释scRNA-seq数据。	scInterpreter显著优于其他最新模型，并通过知识先验加速训练过程，同时提供可解释的细胞表示。	未提及具体的局限性	研究旨在提供一个有效且可解释的单细胞转录组数据整合工具。	本研究的对象为单细胞RNA-seq数据。	数字病理学	NA	深度学习	NA	单细胞RNA-seq数据	多个基准数据集
355	2024-08-07	Bioinformatics identification of a T-cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma 2023-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12082 PMID:37935646	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别出与T细胞相关的预后和药物敏感性标志物，用于肝细胞癌的预测	开发了一种综合使用10种机器学习算法的T细胞相关预后标志物（TRPS），并验证了其在肝细胞癌中的独立风险因素作用	NA	开发和验证一种新的生物标志物，用于预测肝细胞癌患者的预后和药物敏感性	肝细胞癌患者及其T细胞相关的预后和药物敏感性	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA序列数据	使用Cancer Genome Atlas队列中的7个T细胞相关标记物进行验证
356	2024-08-07	Empagliflozin targets Mfn1 and Opa1 to attenuate microglia-mediated neuroinflammation in retinal ischemia and reperfusion injury 2023-Dec-12, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02982-9 PMID:38082266	研究论文	本研究评估了抗糖尿病药物恩格列净（EMPA）在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果，发现其通过调节Mfn1和Opa1基因表达来减轻由小胶质细胞介导的神经炎症	本研究首次揭示了EMPA通过下调NLRP3信号通路和上调线粒体融合相关基因Mfn1和Opa1的表达，来恢复线粒体动态平衡，从而减轻视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症	NA	评估EMPA在视网膜缺血再灌注损伤中的治疗效果	视网膜缺血再灌注损伤中的神经炎症和线粒体功能障碍	NA	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠模型，体外实验使用BV2小胶质细胞
357	2024-08-07	GPNMB+ Gal-3+ hepatic parenchymal cells promote immunosuppression and hepatocellular carcinogenesis 2023-Dec-11, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114060 PMID:38009297	研究论文	本文通过全面的单细胞转录组测序分析了毒素诱导的肝肿瘤发生模型和肝细胞癌患者的细胞特征，揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌发展中的免疫抑制和恶性转化作用。	首次揭示了GPNMB Gal-3阳性肝实质细胞在肝细胞癌中的免疫抑制和恶性转化作用，并发现了SOX18在这一过程中的关键作用。	NA	揭示肝细胞癌发展过程中特定细胞群体的作用及其对肿瘤微环境的影响。	肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及肝细胞癌患者和毒素诱导的肝肿瘤发生模型的单细胞样本。
358	2024-08-05	SingleScan: a comprehensive resource for single-cell sequencing data processing and mining 2023-Dec-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05590-9 PMID:38062357	研究论文	本研究开发了一个名为SingleScan的在线资源，以便更便捷地获取单细胞测序方法和数据处理流程的详细信息	提供了分类的单细胞转录组/基因组分析工具和流程，并总结了单细胞数据分析的典型工作流程	尚未提及特定的实验验证或工具有效性的评估	旨在为研究人员提供一个便利用于单细胞测序数据处理的资源	该资源旨在帮助没有计算经验的研究人员进入单细胞测序领域	数字病理	NA	单细胞测序	NA	文本	NA
359	2024-08-05	Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance 2023-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-023-01570-0 PMID:37985817	研究论文	此研究通过多组学分析揭示了宫颈鳞状细胞癌的细胞生态系统及其生物学和临床相关性	首次系统开发了宫颈鳞状细胞癌中肿瘤内部表达异质性的高分辨率空间图谱	临床试验样本分析的初步结果限制了该研究的广泛适用性和深入结论	深入理解宫颈鳞状细胞癌中细胞状态的多样性	宫颈鳞状细胞癌（CSCC），包括不同的肿瘤状态和免疫微环境	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学	NA	样本数据	临床试验样本（NCT04516616）
360	2024-08-07	Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05483-7 PMID:37955686	研究论文	本研究通过整合乳酸化（LAC）和肿瘤微环境（TME）特征，开发了一种新的预测皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）预后和治疗的生物标志物。	首次将乳酸化修饰与肿瘤微环境特征结合，用于SKCM的预后预测和治疗指导。	NA	探索乳酸化和肿瘤微环境在SKCM中的作用，以提供新的治疗方案和研究SKCM发病机制。	皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）及其肿瘤微环境。	数字病理学	皮肤黑色素瘤	RNA测序、LASSO回归分析、CIBERSORT算法	NA	RNA测序数据	涉及TCGA和GTEx数据库中的RNA测序数据集，以及A375和A2058细胞系。