单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 438 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Leveraging a KRAS-based signature to predict the prognosis and drug sensitivity of colon cancer and identifying SPINK4 as a new biomarker
2023-12-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48768-0
PMID:38097680
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研究论文 | 本研究利用KRAS相关基因表达特征预测结肠癌患者的预后和药物敏感性，并发现SPINK4作为新的生物标志物 | 首次识别并验证了基于KRAS的80个差异表达基因组成的特征，其中19个基因构建的模型能显著预测结肠癌的预后和药物反应 | NA | 探索基于KRAS的基因表达特征在结肠癌预后和药物敏感性预测中的应用 | 结肠癌患者的预后和药物敏感性 | 数字病理学 | 结肠癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | LASSO cox回归 | 基因表达数据 | 使用TCGA和GEO数据库中的数据 |
| 322 | 2024-08-05 |
Reconstructing Spatial Transcriptomics at the Single-cell Resolution with BayesDeep
2023-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570715
PMID:38106214
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的贝叶斯层次模型BayesDeep，用于重建单细胞分辨率的空间转录组数据 | 提出了一个结合细胞形态学数据的贝叶斯模型，以单细胞分辨率重构空间转录组数据 | 目前的模型仅在两个真实的SRT数据集上进行了验证，可能需要更多样本以增强鲁棒性 | 提升对组织中生物功能的理解，重建单细胞分辨率的空间转录组数据 | 研究细胞形态与分子特征之间的关联 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯模型 | 负二项回归模型 | 转录组数据 | 两个真实的SRT数据集 |
| 323 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncover hub genes and cell-cell crosstalk in patients with hypertensive nephropathy
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111104
PMID:37897949
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研究论文 | 该文章探讨了高血压肾病患者的关键基因和细胞间相互作用 | 首次利用单细胞转录组学揭示了高血压肾病的病理信号及潜在的细胞沟通机制 | 样本数量较少，仅包含2名健康对照和5名高血压患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨高血压肾病的分子机制和基因靶标 | 研究对象为5名高血压肾病患者和2名健康供体 | 数字病理学 | 高血压肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7个样本（2个健康供体和5个高血压患者） |
| 324 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111125
PMID:37907047
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研究论文 | 研究IMPDH2在双击淋巴瘤中的作用及其机制 | 首次揭示IMPDH2作为促进双击淋巴瘤肿瘤发展的关键因子及其与PI3K/AKT/mTOR信号通路的联系 | 未能完全阐明IMPDH2在所有类型淋巴瘤中的作用机制 | 探索IMPDH2在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其在双击淋巴瘤中的作用 | 双击淋巴瘤(DHL)cases和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的IMPDH2 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞系和组织样本 | NA |
| 325 | 2024-08-07 |
Identification of anterior cruciate ligament fibroblasts and their contribution to knee osteoarthritis progression using single-cell analyses
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111109
PMID:37883816
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，揭示了前交叉韧带（ACL）在正常和骨关节炎（OA）状态下的转录组和表观基因组特征 | 发现了ACL中的一种新型成纤维细胞亚群，并揭示了其在膝关节稳态和疾病中的作用 | NA | 探究前交叉韧带在膝关节骨性关节炎进展中的作用 | 前交叉韧带的成纤维细胞及其在膝关节骨性关节炎中的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 326 | 2024-08-07 |
A candidate prognostic biomarker: TFEB inhibits tumor progression via elevating CDKN1A in bladder cancer
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111016
PMID:37890378
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子EB（TFEB）在膀胱癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次揭示了TFEB通过上调CDKN1A表达抑制膀胱癌进展的机制，并发现TFEB表达与免疫细胞浸润呈正相关 | NA | 评估TFEB是否为膀胱癌的生物标志物及治疗靶点 | 膀胱癌组织及细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 549,393例新病例（2018年数据） |
| 327 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation
2023-Dec-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92678
PMID:38127790
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研究论文 | 本研究通过高深度单细胞RNA测序分析了五名原发性胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本，揭示了肿瘤微环境中不同区域的免疫细胞转录特征差异 | 首次在人类胶质母细胞瘤中展示了肿瘤微环境内不同区域的免疫细胞转录特征差异，并识别了肿瘤浸润CD8 T细胞在血液和肿瘤微环境中的不同表型 | 研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究胶质母细胞瘤中肿瘤微环境不同区域的免疫细胞激活状态 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五名原发性胶质母细胞瘤患者 |
| 328 | 2024-08-07 |
Unique adipose tissue invariant natural killer T cell subpopulations control adipocyte turnover in mice
2023-Dec-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44181-3
PMID:38129377
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的转录异质性及其在脂肪细胞更新中的作用 | 发现了脂肪组织中独特的KLRG1 iNKT细胞亚群，并揭示了其在肥胖小鼠中通过CX3CR1细胞毒性亚群调节脂肪组织稳态的机制 | NA | 研究脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的异质性及其在脂肪细胞更新中的功能 | 脂肪组织中的不变自然杀伤T细胞及其亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 瘦小鼠和肥胖小鼠 |
| 329 | 2024-08-07 |
MYO5A overexpression promotes invasion and correlates with low lymphocyte infiltration in head and neck squamous carcinoma
2023-Dec-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11759-5
PMID:38129784
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外实验，探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用 | 发现MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的过表达促进癌细胞迁移，并通过抑制vimentin表达影响免疫浸润 | NA | 探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用及其对预后的影响 | MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的表达及其对癌细胞迁移和免疫浸润的影响 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 330 | 2024-08-07 |
Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape
2023-Dec-11, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani13243818
PMID:38136855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了牦牛肩胛皮肤在毛囊休止期和生长期的单细胞转录组图谱 | 首次揭示了牦牛皮肤中11种主要细胞类型的转录组特征，并详细分析了DP细胞和成纤维细胞谱系的单细胞图谱 | NA | 探索毛囊形态发生过程中的转录调控机制 | 牦牛皮肤中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 26,573个单细胞 |
| 331 | 2024-08-05 |
ATAT: Automated Tissue Alignment and Traversal in Spatial Transcriptomics with Self-Supervised Learning
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.08.570839
PMID:38106010
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研究论文 | 本研究提出了一个新的计算框架ATAT，用于增强空间转录组学分析 | ATAT利用自我监督对比学习自动对齐和遍历ST数据，填补了当前ST分析方法中的关键空白 | 未在摘要中提及具体的限制 | 旨在提升空间转录组学在多样化和复杂组织结构分析中的应用 | 主要关注胃肠道活检组织样本中的转录组数据 | 数字病理学 | NA | 自我监督对比学习 | NA | H&E染色图像 | 多样本的组织活检数据 |
| 332 | 2024-08-05 |
The Construction and Validation of a Novel Ferroptosis-Related Gene Signature in Parkinson's Disease
2023-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417203
PMID:38139032
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研究论文 | 本文构建并验证了一种与铁死亡相关的基因特征，用于帕金森病的研究 | 提出了一种新的与铁死亡相关的基因特征，并显示其在帕金森病早期诊断中的潜在应用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铁死亡在帕金森病发病机制中的作用 | 分析GSE8397数据集中差异表达基因与铁死亡相关基因的关系 | 数字病理学 | 帕金森病 | Western blotting, 免疫组化, 并利用Cytoscape进行网络图构建 | MPTP诱导的鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了GSE8397数据集的相关样本以及MPTP诱导的小鼠模型 |
| 333 | 2024-08-05 |
Identification and Interpretation of A-to-I RNA Editing Events in Insect Transcriptomes
2023-Dec-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417126
PMID:38138955
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review | 本综述介绍了A-to-I RNA编辑事件在昆虫转录组中的识别和解释 | 系统回顾了RNA编辑的生物学意义，并总结了识别这些编辑事件的方法 | 在小型非模型昆虫中准确识别RNA编辑事件仍然面临一些困难 | 探讨RNA编辑的生物学重要性及其识别方法 | 主要关注小型非模型昆虫中的RNA编辑事件识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 334 | 2024-08-05 |
Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06808-9
PMID:38092912
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研究论文 | 本文在整合数据的基础上构建了小鼠大脑的全面细胞图谱 | 生成了一个超过5000个转录独特细胞簇和超过300种主要细胞类型的细胞图谱，具有高分辨率的分子和空间数据 | 目前仍缺乏对整个脑区的全面细胞图谱，且无法涵盖所有细胞类型 | 系统映射小鼠大脑中分子定义的细胞类型的空间组织 | 约1000万细胞中的1100个基因的表达分析 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交和单细胞RNA测序 | NA | 细胞表达数据 | 约1000万个细胞 |
| 335 | 2024-08-07 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06812-z
PMID:38092916
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研究论文 | 本研究报告了整个成年小鼠大脑的综合性和高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 首次创建了包含约700万个细胞的单细胞RNA测序数据集和约430万个细胞的空间转录组数据集的小鼠大脑细胞类型图谱，并开发了一个在线平台用于可视化这些数据 | NA | 建立一个基准参考图谱和基础资源，用于综合研究哺乳动物大脑的细胞和电路功能、发育和进化 | 小鼠大脑的细胞类型及其空间分布模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 转录组数据 | 约700万个细胞的单细胞RNA测序数据集和约430万个细胞的空间转录组数据集 |
| 336 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44305-9
PMID:38123589
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了人类睾丸胚细胞肿瘤的分子特征和微环境 | 通过多组学解析，我们识别了根系基因表达程序，并描绘了睾丸胚细胞肿瘤的肿瘤微环境 | 需要更多样本和长时间的随访数据以验证结果的广泛性 | 探讨睾丸胚细胞肿瘤的分子特征及其微环境 | 研究对象为睾丸胚细胞肿瘤样本及相关细胞系 | 数字病理学 | 生殖细胞肿瘤 | 基因组分析，单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA | 包括睾丸胚细胞肿瘤样本及细胞系 |
| 337 | 2024-08-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
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研究论文 | 本文评估了在幼年小鼠中内皮细胞向间充质细胞转化的贡献，以生成骨髓基质细胞 | 发现内皮细胞在稳态和骨髓抑制诱导的造血再生过程中几乎不转化为骨髓基质细胞 | 使用Prrx1-Cre和Lepr-Cre转基因小鼠未能验证单细胞RNA测序的结果 | 探讨内皮细胞是否是骨髓基质细胞的来源 | 内皮细胞和骨髓基质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用Cdh5-rtTA-tetO-Cre或Tek-CreERT2的少数骨髓基质细胞 |
| 338 | 2024-08-05 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
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研究论文 | 本文研究了OTUD5通过降解GPX4来介导铁死亡导致的肾损伤 | 发现OTUD5作为GPX4结合蛋白，通过稳定GPX4抵抗铁死亡，揭示了缺血-再灌注期间的分子机制 | 研究主要集中在肾脏的铁死亡机制，其他器官的影响未被探讨 | 探讨OTUD5在缺血-再灌注相关肾损伤中的作用及其机制 | 研究主要对象为肾脏细胞和铁死亡相关的分子机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-07 |
Association of WHSC1/NSD2 and T-cell infiltration with prostate cancer metastasis and prognosis
2023-12-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48906-8
PMID:38062230
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研究论文 | 本研究评估了NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性，并通过免疫组织化学、单细胞RNA测序和基因集富集分析等方法探讨了NSD2与T细胞浸润的关系及其在前列腺癌转移和预后中的作用。 | 首次基于NSD2表达和CD4及CD8 TILs成功对前列腺癌患者进行免疫分类，并发现NSD2在定义前列腺癌免疫浸润中的新作用。 | NA | 评估NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性。 | NSD2在前列腺癌中的表达模式及其与T细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、基因集富集分析 | NA | 组织样本 | 34例良性前列腺增生、36例前列腺上皮内瘤变、57例前列腺癌（包括19例转移性去势抵抗性前列腺癌） |
| 340 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a T cell marker gene-based signature to predict prognosis and immunotherapy response in gastric cancer
2023-12-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48930-8
PMID:38049463
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研究论文 | 本研究通过分析GSE183904数据集中的单细胞RNA测序数据，使用R包“Seurat”的“FindAllMarkers”方法识别了322个T细胞标记基因，并基于这些基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次基于T细胞标记基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 研究旨在识别和验证基于T细胞标记基因的签名，以预测胃癌的预后和免疫治疗反应 | 胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | TCGA数据库中的STAD患者 |