单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-07 |
Rescuing the cytolytic function of APDS1 patient T cells via TALEN-mediated PIK3CD gene correction
2023-Dec-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2023.101133
PMID:38152700
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研究论文 | 本研究通过TALEN介导的基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，恢复其细胞溶解功能 | 首次展示了通过基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，从而恢复其正常信号传导和细胞毒性功能 | 目前仅为概念验证研究，尚未进行临床试验 | 探索通过基因编辑技术修复APDS1患者T细胞中的PIK3CD基因，作为新的治疗途径 | APDS1患者的T细胞 | NA | 免疫缺陷 | TALEN介导的基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | 未具体说明样本数量 |
| 302 | 2024-08-07 |
Lateralized response of skull bone marrow via osteopontin signaling in mice after ischemia reperfusion
2023-Dec-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02980-x
PMID:38071333
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了小鼠实验性中风后同侧和对侧颅骨骨髓细胞的反应，发现颅骨骨髓在应对中风时表现出侧化反应，主要通过骨髓中髓系和淋巴系细胞的增殖和分化来实现，且中性粒细胞比例增加。 | 首次揭示了颅骨骨髓在应对中风时的侧化反应，并发现骨桥蛋白（OPN）在特定区域激活颅骨骨髓中的炎症反应中的作用。 | NA | 探讨颅骨骨髓在中枢神经系统疾病中的作用及其分子机制。 | 小鼠实验性中风后的颅骨骨髓细胞。 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 303 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics of B cell and T cell receptors reveals lymphocyte clonal dynamics
2023-12-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf8486
PMID:38060664
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研究论文 | 本文开发了一种空间转录组学方法，以揭示B细胞和T细胞受体的克隆动态 | 提出了空间VDJ方法，能够在组织切片中绘制B细胞和T细胞受体序列 | NA | 研究淋巴细胞克隆在组织中的空间分布对其发育、选择和扩展的影响 | 主要研究人类组织切片中的B细胞和T细胞受体序列 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 计算框架 | 序列数据 | 人类组织切片 |
| 304 | 2024-08-05 |
TsImpute: an accurate two-step imputation method for single-cell RNA-seq data
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad731
PMID:38039139
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研究论文 | 本文提出了一种名为tsImpute的两步插补方法，用于单细胞RNA测序数据的插补 | 创新点在于采用零膨胀负二项分布来区分dropouts和真实零，并通过改造后的表达矩阵进行最终加权插补 | 未提及具体的限制 | 旨在恢复单细胞RNA测序数据中的生物信息 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据矩阵 | 基于模拟和真实数据的多个样本进行评估 |
| 305 | 2024-08-07 |
Construction and validation of a novel lysosomal signature for hepatocellular carcinoma prognosis, diagnosis, and therapeutic decision-making
2023-12-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-49985-3
PMID:38114725
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研究论文 | 本研究构建并验证了一种新的溶酶体相关风险评分（LRRS），用于肝细胞癌（HCC）的预后、诊断和治疗决策 | 首次构建了基于溶酶体的肝细胞癌预后标志物，并验证了其在诊断和治疗决策中的应用 | NA | 探索溶酶体在肝细胞癌中的作用，并开发新的预后、诊断和治疗决策工具 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-惩罚Cox回归算法 | 基因表达数据 | TCGA和ICGC队列的数据 |
| 306 | 2024-08-05 |
Dysregulated Repeat Element Viral-like Immune Response in Hepatocellular Carcinoma
2023-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.570014
PMID:38105940
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中调控失衡的病毒样重复RNA与免疫反应之间的关系 | 首次系统性研究了肝细胞癌中病毒样重复RNA的表达及其与临床结果的相关性 | 本研究样本数量有限，需进一步研究以验证结果 | 了解肝细胞癌中重复RNA的表达如何影响免疫反应和临床结果 | 分析43个切除的肝细胞癌标本中的重复RNA表达及免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA原位杂交（RNA-ISH）、免疫组化（IHC）、空间转录组学 | NA | 组织标本 | 43个切除的肝细胞癌标本和28个空间转录组学样本 |
| 307 | 2024-08-07 |
An inducible genetic tool for tracking and manipulating specific microglial states in development and disease
2023-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.01.569597
PMID:38106187
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研究论文 | 本文报道了一种可诱导的Cre驱动线Clec7a-CreER，用于追踪和操纵大脑实质中发育和疾病中的特定小胶质细胞状态 | 开发了一种新的工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定的小胶质细胞状态，揭示了这些状态的动态性和可塑性 | NA | 研究小胶质细胞在发育和疾病中的特定状态及其功能意义 | 小胶质细胞的特定状态，如增殖区域相关小胶质细胞（PAM）和疾病相关小胶质细胞（DAM） | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | NA |
| 308 | 2024-08-07 |
Leveraging a KRAS-based signature to predict the prognosis and drug sensitivity of colon cancer and identifying SPINK4 as a new biomarker
2023-12-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48768-0
PMID:38097680
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研究论文 | 本研究利用KRAS相关基因表达特征预测结肠癌患者的预后和药物敏感性，并发现SPINK4作为新的生物标志物 | 首次识别并验证了基于KRAS的80个差异表达基因组成的特征，其中19个基因构建的模型能显著预测结肠癌的预后和药物反应 | NA | 探索基于KRAS的基因表达特征在结肠癌预后和药物敏感性预测中的应用 | 结肠癌患者的预后和药物敏感性 | 数字病理学 | 结肠癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | LASSO cox回归 | 基因表达数据 | 使用TCGA和GEO数据库中的数据 |
| 309 | 2024-08-05 |
Reconstructing Spatial Transcriptomics at the Single-cell Resolution with BayesDeep
2023-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570715
PMID:38106214
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的贝叶斯层次模型BayesDeep，用于重建单细胞分辨率的空间转录组数据 | 提出了一个结合细胞形态学数据的贝叶斯模型，以单细胞分辨率重构空间转录组数据 | 目前的模型仅在两个真实的SRT数据集上进行了验证，可能需要更多样本以增强鲁棒性 | 提升对组织中生物功能的理解，重建单细胞分辨率的空间转录组数据 | 研究细胞形态与分子特征之间的关联 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯模型 | 负二项回归模型 | 转录组数据 | 两个真实的SRT数据集 |
| 310 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncover hub genes and cell-cell crosstalk in patients with hypertensive nephropathy
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111104
PMID:37897949
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研究论文 | 该文章探讨了高血压肾病患者的关键基因和细胞间相互作用 | 首次利用单细胞转录组学揭示了高血压肾病的病理信号及潜在的细胞沟通机制 | 样本数量较少，仅包含2名健康对照和5名高血压患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨高血压肾病的分子机制和基因靶标 | 研究对象为5名高血压肾病患者和2名健康供体 | 数字病理学 | 高血压肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7个样本（2个健康供体和5个高血压患者） |
| 311 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111125
PMID:37907047
|
研究论文 | 研究IMPDH2在双击淋巴瘤中的作用及其机制 | 首次揭示IMPDH2作为促进双击淋巴瘤肿瘤发展的关键因子及其与PI3K/AKT/mTOR信号通路的联系 | 未能完全阐明IMPDH2在所有类型淋巴瘤中的作用机制 | 探索IMPDH2在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其在双击淋巴瘤中的作用 | 双击淋巴瘤(DHL)cases和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的IMPDH2 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞系和组织样本 | NA |
| 312 | 2024-08-07 |
Identification of anterior cruciate ligament fibroblasts and their contribution to knee osteoarthritis progression using single-cell analyses
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111109
PMID:37883816
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，揭示了前交叉韧带（ACL）在正常和骨关节炎（OA）状态下的转录组和表观基因组特征 | 发现了ACL中的一种新型成纤维细胞亚群，并揭示了其在膝关节稳态和疾病中的作用 | NA | 探究前交叉韧带在膝关节骨性关节炎进展中的作用 | 前交叉韧带的成纤维细胞及其在膝关节骨性关节炎中的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 313 | 2024-08-07 |
A candidate prognostic biomarker: TFEB inhibits tumor progression via elevating CDKN1A in bladder cancer
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111016
PMID:37890378
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子EB（TFEB）在膀胱癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次揭示了TFEB通过上调CDKN1A表达抑制膀胱癌进展的机制，并发现TFEB表达与免疫细胞浸润呈正相关 | NA | 评估TFEB是否为膀胱癌的生物标志物及治疗靶点 | 膀胱癌组织及细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 549,393例新病例（2018年数据） |
| 314 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation
2023-Dec-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92678
PMID:38127790
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研究论文 | 本研究通过高深度单细胞RNA测序分析了五名原发性胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本，揭示了肿瘤微环境中不同区域的免疫细胞转录特征差异 | 首次在人类胶质母细胞瘤中展示了肿瘤微环境内不同区域的免疫细胞转录特征差异，并识别了肿瘤浸润CD8 T细胞在血液和肿瘤微环境中的不同表型 | 研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究胶质母细胞瘤中肿瘤微环境不同区域的免疫细胞激活状态 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五名原发性胶质母细胞瘤患者 |
| 315 | 2024-08-07 |
Unique adipose tissue invariant natural killer T cell subpopulations control adipocyte turnover in mice
2023-Dec-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44181-3
PMID:38129377
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的转录异质性及其在脂肪细胞更新中的作用 | 发现了脂肪组织中独特的KLRG1 iNKT细胞亚群，并揭示了其在肥胖小鼠中通过CX3CR1细胞毒性亚群调节脂肪组织稳态的机制 | NA | 研究脂肪组织中不变自然杀伤T细胞的异质性及其在脂肪细胞更新中的功能 | 脂肪组织中的不变自然杀伤T细胞及其亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 瘦小鼠和肥胖小鼠 |
| 316 | 2024-08-07 |
MYO5A overexpression promotes invasion and correlates with low lymphocyte infiltration in head and neck squamous carcinoma
2023-Dec-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11759-5
PMID:38129784
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外实验，探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用 | 发现MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的过表达促进癌细胞迁移，并通过抑制vimentin表达影响免疫浸润 | NA | 探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用及其对预后的影响 | MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的表达及其对癌细胞迁移和免疫浸润的影响 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 317 | 2024-08-07 |
Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape
2023-Dec-11, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani13243818
PMID:38136855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了牦牛肩胛皮肤在毛囊休止期和生长期的单细胞转录组图谱 | 首次揭示了牦牛皮肤中11种主要细胞类型的转录组特征，并详细分析了DP细胞和成纤维细胞谱系的单细胞图谱 | NA | 探索毛囊形态发生过程中的转录调控机制 | 牦牛皮肤中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 26,573个单细胞 |
| 318 | 2024-08-05 |
ATAT: Automated Tissue Alignment and Traversal in Spatial Transcriptomics with Self-Supervised Learning
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.08.570839
PMID:38106010
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研究论文 | 本研究提出了一个新的计算框架ATAT，用于增强空间转录组学分析 | ATAT利用自我监督对比学习自动对齐和遍历ST数据，填补了当前ST分析方法中的关键空白 | 未在摘要中提及具体的限制 | 旨在提升空间转录组学在多样化和复杂组织结构分析中的应用 | 主要关注胃肠道活检组织样本中的转录组数据 | 数字病理学 | NA | 自我监督对比学习 | NA | H&E染色图像 | 多样本的组织活检数据 |
| 319 | 2024-08-05 |
The Construction and Validation of a Novel Ferroptosis-Related Gene Signature in Parkinson's Disease
2023-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417203
PMID:38139032
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研究论文 | 本文构建并验证了一种与铁死亡相关的基因特征，用于帕金森病的研究 | 提出了一种新的与铁死亡相关的基因特征，并显示其在帕金森病早期诊断中的潜在应用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铁死亡在帕金森病发病机制中的作用 | 分析GSE8397数据集中差异表达基因与铁死亡相关基因的关系 | 数字病理学 | 帕金森病 | Western blotting, 免疫组化, 并利用Cytoscape进行网络图构建 | MPTP诱导的鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了GSE8397数据集的相关样本以及MPTP诱导的小鼠模型 |
| 320 | 2024-08-05 |
Identification and Interpretation of A-to-I RNA Editing Events in Insect Transcriptomes
2023-Dec-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417126
PMID:38138955
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review | 本综述介绍了A-to-I RNA编辑事件在昆虫转录组中的识别和解释 | 系统回顾了RNA编辑的生物学意义，并总结了识别这些编辑事件的方法 | 在小型非模型昆虫中准确识别RNA编辑事件仍然面临一些困难 | 探讨RNA编辑的生物学重要性及其识别方法 | 主要关注小型非模型昆虫中的RNA编辑事件识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |