单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 438 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Hierarchical and automated cell-type annotation and inference of cancer cell of origin with Census
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad714
PMID:38011649
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研究论文 | 本研究开发了Census，一种自动化的细胞类型定位和癌细胞源推断方法 | Census提供了对正常细胞的深度注释并能够识别恶性细胞及其最可能的来源细胞，克服了现有方法的多项局限 | 现有的自动注释方法需要大量参考数据集，并且存在高计算时间和浅层注释解析的问题 | 旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释效率和准确性 | 研究对象为来自哺乳动物组织的正常细胞和癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 梯度增强决策树 | 文本 | 在44个正常和癌症的人类及小鼠组织数据集中进行了基准测试 |
| 262 | 2024-08-05 |
Hexagonal image segmentation on spatially resolved transcriptomics
2023-12, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.002
PMID:37931852
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研究论文 | 该文章提出了一种新颖的六边形卷积神经网络用于空间转录组的图像分割 | 引入了六边形卷积网络和监督学习方法，以提高空间转录组数据中的噪声处理和特征识别 | 文章中未提及数据集的多样性或适用性相关的限制 | 研究空间转录组学中空间域的识别问题 | DLPFC数据集中的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 卷积神经网络 | 六边形卷积神经网络(hexCNN) | 图像 | NA |
| 263 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Acute Myeloid Leukemia Cells Using Methanol Fixation and Cryopreservation
2023-Dec-20, Diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diseases12010001
PMID:38275564
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研究论文 | 本研究通过甲醇固定和低温保存的方法，对急性髓系白血病细胞进行单细胞转录组分析 | 提出甲醇固定法作为常规临床使用的替代方法，用于获取难以活检的细胞进行单细胞RNA测序 | 观察到甲醇固定超过一年后会出现遗传性退化 | 探讨甲醇固定法在急性髓系白血病细胞单细胞转录组分析中的应用及其效果 | 急性髓系白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个急性髓系白血病样本 |
| 264 | 2024-08-07 |
PIM kinases regulate early human Th17 cell differentiation
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113469
PMID:38039135
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研究论文 | 本研究探讨了PIM激酶家族在人类Th17细胞分化早期的转录基因调控中的作用 | 首次全面研究了PIM1、PIM2和PIM3在人类Th17细胞分化早期的分子功能 | NA | 探讨PIM激酶在人类Th17细胞分化中的作用及其与自身免疫表型的关联 | PIM激酶家族及其在Th17细胞分化中的调控作用 | 免疫学 | 自身免疫病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 265 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing uncovers the cell type-dependent transcriptomic changes in the retrosplenial cortex after peripheral nerve injury
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113551
PMID:38048224
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了外周神经损伤后后侧皮质（RSC）的细胞类型依赖性转录组变化 | 首次揭示了RSC在疼痛调节中的作用，并展示了通过化学遗传学方法减少特定神经元活动可以缓解神经损伤引起的疼痛 | NA | 探究外周神经损伤后RSC在疼痛调节中的作用及其分子机制 | 小鼠的RSC在神经损伤后的转录组变化 | 数字病理学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 266 | 2024-08-07 |
SPIDE: A single cell potency inference method based on the local cell-specific network entropy
2023-12, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.006
PMID:37952704
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞特异性网络熵的单细胞潜能推断方法SPIDE，通过引入局部加权细胞特异性网络来保持细胞异质性，并结合基因表达与网络结构计算熵值 | SPIDE方法通过引入局部加权细胞特异性网络，有效解决了现有方法中由于scRNA-seq数据不准确交互和噪声导致的推断不准确问题 | NA | 旨在准确推断单细胞RNA-seq数据中的细胞分化潜能 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞分化潜能 | 生物信息学 | 结直肠癌 | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 八个scRNA-Seq数据集 |
| 267 | 2024-08-05 |
Exploring distinct properties of endometrial stem cells through advanced single-cell analysis platforms
2023-12-20, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03616-w
PMID:38124100
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综述 | 本研究综述了先进的单细胞分析技术在子宫内膜干细胞研究中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学等新技术在识别和表征子宫内膜干细胞群体方面的创新 | 现有技术仍存在许多需要改进的技术局限性 | 探索子宫内膜干细胞在相关疾病中的重要性 | 子宫内膜干细胞及其在月经周期和分化过程中的动态变化 | 数字病理 | 子宫内膜疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-08-07 |
PD-L1 expression levels in mesenchymal stromal cells predict their therapeutic values for autoimmune hepatitis
2023-12-18, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03594-z
PMID:38111045
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研究论文 | 本研究探讨了间充质基质细胞中PD-L1表达水平对其治疗自身免疫性肝炎疗效的预测作用 | 首次揭示了PD-L1表达水平与间充质基质细胞治疗自身免疫性肝炎疗效之间的正相关关系 | 研究仅限于从58个人类供体中分离的Wharton's jelly衍生的间充质基质细胞，且使用小鼠模型进行验证 | 探索间充质基质细胞中PD-L1表达水平作为选择治疗自身免疫性肝炎最佳细胞的指标 | 间充质基质细胞（MSCs）及其在自身免疫性肝炎治疗中的应用 | NA | 自身免疫性疾病 | 转录组和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 58个不同供体来源的Wharton's jelly衍生的间充质基质细胞 |
| 269 | 2024-08-05 |
Imputation for Single-cell RNA-seq Data with Non-negative Matrix Factorization and Transfer Learning
2023-Dec, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720023500294
PMID:38248911
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研究论文 | 提出了一种集成非负矩阵分解和迁移学习的单细胞RNA-seq数据插补方法 | 该方法通过结合额外的数据集借用基因表达信息，并在分解矩阵中添加图正则化项，有效提升了表达值的估计准确性 | NA | 探索单细胞RNA-seq数据中的稀疏性问题并改进数据插补方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解和迁移学习 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 270 | 2024-08-05 |
Spatiotemporal transcriptome atlas reveals the regional specification of the developing human brain
2023-12-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.11.016
PMID:38091994
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research paper | 本研究构建了人脑发育的时空转录组图谱，揭示了不同功能区域的特征 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序，探索了人脑发育期间的区域特异性，对于人脑发育的理解具有创新性 | 研究主要集中在妊娠6-23周的时间段，可能未覆盖更早或更晚的发育阶段 | 旨在揭示人脑发育过程中不同区域的特异性 | 研究对象包括在妊娠6-23周内发育的多个人脑区域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学（scStereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 6-23周妊娠的多个人脑区域样本 |
| 271 | 2024-08-05 |
Choroid plexus mast cells drive tumor-associated hydrocephalus
2023-12-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.11.001
PMID:38056463
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研究论文 | 本研究揭示了脉络丛肥大细胞在肿瘤相关性脑积水中的作用 | 首次确定脉络丛肥大细胞通过特定途径影响脑脊液生成，并提出针对该途径的治疗方法 | 研究主要集中在小鼠模型和类人胚胎干细胞衍生的脉络丛类器官上，缺乏大规模临床试验数据 | 探究导致肿瘤相关性脑积水的具体机制 | 脉络丛肥大细胞及其在肿瘤相关性脑积水中的作用 | 数字病理学 | 脑转移癌 | 单核RNA测序和空间转录组学 | 生物模型 | 生物样本 | 包含小鼠模型和人类脉络丛的样本 |
| 272 | 2024-08-05 |
Systematic analysis of apoptosis-related genes in the prognosis of lung squamous cell carcinoma: a combined single-cell RNA sequencing study
2023-Dec-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-1712
PMID:38249925
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研究论文 | 本研究分析了与肺鳞状细胞癌预后相关的凋亡相关基因。 | 构建了一个基于凋亡相关基因的预后风险模型，并通过单细胞RNA测序提供了肿瘤发展新见解。 | 未提及研究的局限性 | 探讨凋亡相关基因在肺鳞状细胞癌预后中的价值。 | 与肺鳞状细胞癌相关的凋亡相关基因。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 273 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals the brain evolution of web-building spiders
2023-Dec, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02238-y
PMID:37919396
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研究论文 | 这篇文章揭示了网建筑蜘的单细胞转录组学及其大脑进化. | 本研究首次提供了网建筑蜘蛛大脑细胞图谱，并揭示了保留下来的祖先神经元类型和相关基因的作用. | 本文未探讨其他非网建筑蜘蛛的相关进化情况. | 探讨网建筑蜘蛛神经系统的进化以及与行为相关的分子机制. | 研究对象为网建筑蜘蛛（Hylyphantes graminicola）及其相关基因. | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过30,000个单细胞转录组样本 |
| 274 | 2024-08-07 |
A novel role of TGFBI in macrophage polarization and macrophage-induced pancreatic cancer growth and therapeutic resistance
2023-12-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216457
PMID:37865162
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研究论文 | 本研究探讨了TGFBI在巨噬细胞极化和巨噬细胞诱导的胰腺癌生长及治疗抵抗中的新作用 | 首次发现TGFBI作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）产生的因子，在胰腺癌中发挥关键作用，并通过单细胞RNA测序技术验证了其功能 | NA | 揭示TGFBI在胰腺癌发展中的作用，并探索其作为治疗靶点的可能性 | TGFBI在巨噬细胞极化和胰腺癌生长中的作用 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用siRNA和Cre-Lox策略在体外和体内进行了实验 |
| 275 | 2024-08-07 |
Deep analysis of CD4 T cells in the rhesus CNS during SIV infection
2023-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011844
PMID:38060615
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研究论文 | 研究了SIV感染的恒河猴中枢神经系统中CD4 T细胞的分布和反应，以及抗逆转录病毒治疗（ART）启动后的潜在恢复情况 | 首次详细分析了SIV感染恒河猴中枢神经系统中CD4 T细胞的分布和功能，以及它们在感染过程中的反应和ART治疗后的变化 | 研究仅限于SIV感染的恒河猴模型，且ART治疗方案模拟了次优依从性，可能限制了结果的普遍性 | 探讨CD4 T细胞在SIV感染恒河猴中枢神经系统中的作用和ART治疗的影响 | SIVmac251感染的恒河猴中枢神经系统中的CD4 T细胞 | NA | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10只SIVmac251感染的恒河猴 |
| 276 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis in developmental bone biology
2023-Dec, The Japanese dental science review
DOI:10.1016/j.jdsr.2023.10.006
PMID:38022387
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研究论文 | 本文探讨了单细胞组学和多组学在骨生物学中的应用，揭示了骨细胞的多样性和动态过程 | 发现了新的骨骼干细胞亚型，并通过单细胞多组学提供了对细胞未来状态及其分化潜力的预测 | 需要通过组织学方法进行体内验证以解释计算预测 | 研究骨生物学中细胞的分化及其在骨生长和再生中的作用 | 骨骼干细胞及其在复杂组织结构中的动态交互 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达，染色质可及性 | NA |
| 277 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission
2023-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171417
PMID:38063198
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研究论文 | 这项研究揭示了痛风发作与缓解过程中单细胞转录组中单核细胞和调节性T细胞的变化 | 识别了与痛风发作相关的HLA-DQA1+非经典单核细胞，上调与抗原处理和呈递相关 | 缺乏对痛风发作机制的全面理解与其他炎性疾病的比较 | 研究痛风发作与缓解中免疫细胞反应和系统性炎症模式 | 对比分析了痛风发作和缓解阶段的单核细胞及调节性T细胞 | 数字病理学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用独立验证队列进行分析 |
| 278 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals spatial distribution of IL34+ cancer-associated fibroblasts in hepatocellular carcinoma tumor microenvironment
2023-Dec-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00483-9
PMID:38081923
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了肝细胞癌肿瘤微环境中IL34+癌症相关成纤维细胞的空间分布特征 | 首次通过单细胞转录组测序技术详细分析了IL34+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌中的作用机制 | 研究主要集中在体外和体内实验验证，可能需要更多的临床数据支持 | 探究IL34+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织中的IL34+癌症相关成纤维细胞及其与T细胞和肝细胞癌细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及肝细胞癌组织的单细胞转录组数据集 |
| 279 | 2024-08-05 |
Decoding mTOR signalling heterogeneity in the tumour microenvironment using multiplexed imaging and graph convolutional networks
2023-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573693
PMID:38234756
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研究论文 | 这篇文章探讨了肿瘤微环境中mTOR信号的异质性及其对患者预后的影响 | 使用高度多重化的数据集和图卷积网络揭示了mTOR信号在肿瘤和免疫区室中的异质激活模式 | 本文未提及任何限制 | 研究肿瘤微环境中mTOR信号对结直肠肿瘤患者预后的影响 | 746个结直肠肿瘤样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多重成像 | 图神经网络 | 标记数据 | 746个肿瘤样本 |
| 280 | 2024-08-05 |
Pancancer analysis reveals the role of disulfidptosis in predicting prognosis, immune infiltration and immunotherapy response in tumors
2023-Dec-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036830
PMID:38206694
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研究论文 | 本研究构建了多组学数据分析，揭示了二硫化死亡在肿瘤中的作用。 | 提出了二硫化死亡作为癌症治疗的新策略，并系统分析了其在多种肿瘤中的作用。 | 样本规模和数据库选择可能影响结果的普遍性。 | 探讨二硫化死亡在预测肿瘤预后、免疫浸润和免疫治疗反应中的作用。 | 33种肿瘤的数据以及与二硫化死亡相关的基因。 | 数字病理学 | NA | 多组学数据分析 | NA | 基因表达数据 | 33种肿瘤 |