单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-04 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
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研究论文 | 本研究探讨了人类替代剪接对蛋白质结构的影响 | 我们使用AlphaFold2预测了超过11,000个人类同种异构体的结构，揭示了替代剪接所引发的结构变化 | 本研究主要集中在少数技术指标上，可能未能全面覆盖所有替代剪接对结构的影响 | 研究替代剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 人类蛋白质同种异构体及其替代剪接变体 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, AlphaFold2 | NA | 结构数据 | 超过11,000个人类同种异构体 |
| 242 | 2024-08-04 |
CD4+ T cells are homeostatic regulators during Mtb reinfection
2023-Dec-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572669
PMID:38187598
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研究论文 | 该文研究了CD4+ T细胞在Mtb再感染期间的调节作用 | 研究表明CD4 T细胞在再感染环境中通过减少肺部炎症和调节CD8 T细胞活性来提供长期的保护作用 | 目前对再感染后肺部细胞环境的变化了解仍然有限 | 探讨CD4 T细胞在Mtb再感染中的作用及其对疾病严重性的影响 | 采用非人灵长类动物的再感染模型观察CD4 T细胞对保护反应的影响 | 免疫学 | 结核病 | PET-CT、流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床和微生物学数据 | 非人灵长类动物模型 |
| 243 | 2024-08-07 |
Single-cell morphological and transcriptome analysis unveil inhibitors of polyploid giant breast cancer cells in vitro
2023-12-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05674-5
PMID:38129519
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研究论文 | 本文通过单细胞形态学和转录组分析，识别了抑制体外多倍体巨型乳腺癌细胞的化合物 | 建立了高吞吐量和精确度的单细胞形态学分析流程，并结合scRNA-Seq技术，揭示了乳腺癌多倍体巨型细胞的细胞周期、代谢和铁死亡敏感性的变化 | NA | 发现有效的抗多倍体巨型癌细胞化合物 | 多倍体巨型乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 244 | 2024-08-04 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
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研究论文 | 该文章分析了斑马鱼视网膜中受伤诱导和发育神经发生的基因调控网络 | 展示了损伤如何诱导穆勒胶质细胞重编程为类似晚期视网膜前体细胞的状态 | 需要进一步确认不同视网膜细胞亚型损伤的转录因子基因表达差异及其再生结果的机制 | 研究斑马鱼在视网膜受损后的再生能力及其与发育过程的关系 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞及其分化为神经前体细胞的过程 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 开发和再生的视网膜样本 |
| 245 | 2024-08-04 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
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研究论文 | 本文开发了一种评估差异检测的工作流程，在单细胞转录组中测试基因在样本或细胞中的检测差异 | 提出了一种统一的工作流程，联合评估差异表达和差异检测 | 本文未提及具体的局限性 | 探索单细胞转录组学中基因表达的差异及其分布特性 | 多样本单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和两个案例研究 |
| 246 | 2024-08-04 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GSDensity的图建模方法，能够对单细胞和空间转录组数据进行通路中心的分析。 | GSDensity方法能够在没有进行聚类的情况下，准确检测生物学上不同的细胞，并揭示现有方法未能识别的新型细胞-通路关联。 | 本研究的局限性未在摘要中提到 | 研究旨在提供一种新的方法来分析复杂的单细胞和空间转录组数据。 | 研究对象包括小鼠大脑发育各阶段和人类肿瘤的空间转录组数据。 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | 图模型 | 单细胞和空间转录组数据 | 涉及六种不同肿瘤类型的样本 |
| 247 | 2024-08-04 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了UNAGI，一种深度生成神经网络，旨在分析时间序列单细胞转录组数据。 | 本文的创新点在于开发了一种专门用于解析复杂疾病中细胞动态和药物发现的深度生成模型UNAGI。 | 本文未具体说明UNAGI在不同疾病应用中的局限性。 | 研究的目的是通过深度学习分析细胞动态，以改进疾病进程分析和药物发现。 | 研究对象主要是来自特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序 | 深度生成神经网络 | 文本 | NA |
| 248 | 2024-08-04 |
A neuronal coping mechanism linking stress-induced anxiety to motivation for reward
2023-12-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9620
PMID:38055830
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研究论文 | 这篇文章展示了急性压力如何通过激活小鼠的GABA能神经元影响焦虑和奖励动机。 | 研究揭示了应激、焦虑与动机之间的神经基础，并首次探索IPN GABA能神经元在应激应对机制中的作用。 | 研究主要在小鼠模型中进行，是否适用于其他物种尚不明确。 | 本研究旨在揭示压力如何通过神经机制影响焦虑和奖励动机。 | 本研究的对象为小鼠，特别是研究其GABA能神经元的活动。 | 神经科学 | 焦虑症 | 光遗传学，单细胞测序，光纤光度测定 | NA | 生物体实验数据 | 使用多个小鼠进行实验，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 249 | 2024-08-04 |
Hemorrhage-activated NRF2 in tumor-associated macrophages drives cancer growth, invasion, and immunotherapy resistance
2023-Dec-07, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174528
PMID:38060331
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研究论文 | 这篇文章探讨了肿瘤相关巨噬细胞中由出血激活的NRF2如何促进癌症生长、侵袭和免疫治疗抵抗。 | 文章首次揭示了肿瘤内出血通过NRF2激活的巨噬细胞促进癌症发展的新机制。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床转化的有效性和适用性尚未得到验证 | 研究目的是探索出血在癌症进展和治疗反应中的独立作用。 | 研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中如何发育与功能。 | 数字病理学 | 肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 细胞，组织样本 | 用于实验的样本数量和种类未在摘要中明确提及 |
| 250 | 2024-08-04 |
Spatial gene expression in the adult rat patellar tendon
2023-Dec, Matrix biology plus
DOI:10.1016/j.mbplus.2023.100138
PMID:38124714
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研究论文 | 本研究探讨了成年大鼠髌腱的空间基因表达特征 | 发现了一个新的空间调控基因(AABR07000398.1)，其功能尚不明确 | 仅使用了两份雄性大鼠髌腱样本，样本量较小 | 确定髌腱的基因表达谱及其空间分布 | 雄性大鼠的髌腱样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 2个雄性大鼠髌腱样本 |
| 251 | 2024-08-04 |
Semi-reference based cell type deconvolution with application to human metastatic cancers
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad109
PMID:38143958
|
研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的解卷积方法SECRET，用于从大规模RNA-seq数据中准确估计细胞类型比例 | SECRET方法允许在参考数据中未代表的细胞类型情况下灵活选择参考数据，并且在合成数据上表现出优越的准确性 | 未提及具体的限制信息 | 研究如何从大规模RNA-seq数据中提取细胞类型特异性信息 | 研究以人类转移性癌症为对象 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 252 | 2024-08-07 |
Antibody dependent cell-mediated cytotoxicity selection pressure induces diverse mechanisms of resistance
2023-12-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2023.2269637
PMID:37878417
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研究论文 | 本研究探讨了抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）选择压力下肿瘤细胞的抗性机制 | 揭示了ADCC选择压力下肿瘤细胞的共享和独特抗性机制，并利用单细胞RNA测序和蛋白质组筛选探究了分子抗性机制 | ADCC抗性无法通过组合治疗策略逆转 | 研究ADCC选择压力下的肿瘤细胞抗性机制 | ADCC抗性机制及肿瘤细胞的免疫逃逸策略 | NA | NA | 单细胞RNA测序，蛋白质组筛选 | NA | RNA，蛋白质 | 多个ADCC选择压力模型中的细胞 |
| 253 | 2024-08-07 |
FGFR3 Alterations in Bladder Cancer Stimulate Serine Synthesis to Induce Immune-Inert Macrophages That Suppress T-cell Recruitment and Activation
2023-12-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1065
PMID:37768887
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研究论文 | 本文研究了膀胱癌中FGFR3突变如何通过增加丝氨酸合成诱导免疫惰性巨噬细胞，从而抑制T细胞招募和激活 | 发现FGFR3突变通过增加丝氨酸合成在膀胱癌细胞中诱导免疫惰性巨噬细胞，为改善治疗反应提供了新策略 | NA | 探讨FGFR3突变在膀胱癌中的免疫抑制机制，并评估联合治疗策略的有效性 | 膀胱癌中的FGFR3突变、巨噬细胞和T细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 254 | 2024-08-07 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-Dec-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 本研究通过深度单细胞RNA测序分析了再生皮质脊髓束神经元的异质性，并开发了一个广泛适用的再生分类器，揭示了抗氧化应答在皮质脊髓轴突再生中的作用 | 本研究首次通过深度单细胞RNA测序揭示了再生皮质脊髓束神经元的转录组特征，并开发了一个可预测不同神经元类型再生潜力的再生分类器 | 研究仅限于PTEN和SOCS3删除后的再生皮质脊髓束神经元，未来研究需要扩展到其他条件和神经元类型 | 探索促进脊髓损伤后皮质脊髓束再生的生物学机制 | 再生皮质脊髓束神经元及其再生潜力 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百个表型确定的神经元 |
| 255 | 2024-08-05 |
Identification and targeting of cancer-associated fibroblast signature genes for prognosis and therapy in Cutaneous melanoma
2023-12, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107597
PMID:37875042
|
研究论文 | 本研究探讨了与皮肤黑素瘤相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）标志基因，并提出潜在的治疗靶点 | 首次识别了FBLN1和COL5A1作为皮肤黑素瘤的CAF特异性生物标志物，提供了新的治疗方向 | 尚需更多临床数据验证所识别的CAF标志基因与预后的相关性 | 探索皮肤黑素瘤中CAF标志基因的潜力并提出治疗靶点 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 皮肤黑素瘤 | 加权基因共表达网络分析、单细胞测序分析、空间转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 256 | 2024-08-07 |
Thymic Carcinoma: Unraveling Neuroendocrine Differentiation and Epithelial Cell Identity Loss
2023-12-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16010115
PMID:38201543
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研究论文 | 本文探讨了胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的基因表达特征 | 发现胸腺癌表现出偏向于簇细胞和离子细胞的神经内分泌表型，并鉴定了HDAC9和NFATC1作为神经内分泌组在成人胸腺上皮细胞和胸腺癌中的特征性表达 | 需要进一步研究HDAC9和NFATC1在胸腺上皮中的作用及其作为胸腺上皮肿瘤治疗靶点的潜力 | 探索胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的机制 | 胸腺癌的基因表达特征及其与簇细胞、离子细胞和神经内分泌细胞的关系 | 数字病理学 | 胸腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自正常人胸腺的单细胞RNA测序数据集，并分析了公开的胸腺上皮细胞和肺癌的mRNA表达及甲基化状态数据 |
| 257 | 2024-08-05 |
RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations
2023-12-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05594-4
PMID:38155269
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research paper | 本研究提出了RENG，利用时间序列单细胞CRISPR数据推断基因调控网络 | RENG能够区分直接和间接调控，超越当前方法在基因调控网络推断的准确性 | 该方法的局限性在于依赖于时间序列单细胞数据 | 研究目的是推断基因调控网络 | 研究对象为人诱导多能干细胞的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理 | NA | CRISPR扰动 | NA | 单细胞RNA-seq | 来自人诱导多能干细胞的数据集 |
| 258 | 2024-08-05 |
scPML: pathway-based multi-view learning for cell type annotation from single-cell RNA-seq data
2023-12-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05634-z
PMID:38097699
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研究论文 | 本文提出了scPML模型，该模型通过不同的基因信号通路数据来进行细胞类型注释 | scPML模型利用基因信号通路数据来分割细胞的遗传特征，改善了细胞注释的泛化能力和鲁棒性 | 现有方法在细胞注释任务中缺乏良好的泛化性和鲁棒性，尤其在技术差异和基因异质性方面存在挑战 | 本文旨在提升单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 研究对象为不同物种、平台和组织中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因信号通路数据 | 涉及多个物种和组织的细胞样本 |
| 259 | 2024-08-07 |
Single-cell map of dynamic cellular microenvironment of radiation-induced intestinal injury
2023-12-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05645-w
PMID:38071238
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，描绘了辐射诱导肠道损伤（RIII）及其再生过程中肠道微环境的动态变化图谱 | 揭示了肠道不同细胞类型的异质性辐射敏感性，以及肠道干细胞（ISCs）的动态变化模式和细胞间的复杂转换模式 | NA | 探究辐射诱导肠道损伤及其再生过程中肠道微环境的动态变化 | 肠道微环境中的细胞类型及其在辐射损伤后的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 260 | 2024-08-05 |
Iron inhibits glioblastoma cell migration and polarization
2023-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202202157RR
PMID:37983646
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研究论文 | 这篇文章探讨了铁如何影响胶质母细胞瘤细胞的迁移能力和极性。 | 本研究首次系统性地调查了细胞内铁含量对胶质母细胞瘤细胞迁移能力的影响。 | 该研究未能全面探讨铁对胶质母细胞瘤细胞其他生物学特性的影响。 | 研究细胞内铁含量对胶质母细胞瘤细胞迁移及极性建立的影响。 | 人类胶质母细胞瘤细胞及其在肿瘤微环境中的行为。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了人类胶质母细胞瘤样本的单细胞RNA-seq数据集 |