单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-04	Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity 2023-Dec-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44206-x PMID:38110427	研究论文	本文介绍了一种名为GSDensity的图建模方法，能够对单细胞和空间转录组数据进行通路中心的分析。	GSDensity方法能够在没有进行聚类的情况下，准确检测生物学上不同的细胞，并揭示现有方法未能识别的新型细胞-通路关联。	本研究的局限性未在摘要中提到	研究旨在提供一种新的方法来分析复杂的单细胞和空间转录组数据。	研究对象包括小鼠大脑发育各阶段和人类肿瘤的空间转录组数据。	数字病理学	癌症	RNA-seq	图模型	单细胞和空间转录组数据	涉及六种不同肿瘤类型的样本
222	2024-08-04	Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases 2023-Dec-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1 PMID:38196613	研究论文	本文介绍了UNAGI，一种深度生成神经网络，旨在分析时间序列单细胞转录组数据。	本文的创新点在于开发了一种专门用于解析复杂疾病中细胞动态和药物发现的深度生成模型UNAGI。	本文未具体说明UNAGI在不同疾病应用中的局限性。	研究的目的是通过深度学习分析细胞动态，以改进疾病进程分析和药物发现。	研究对象主要是来自特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据。	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞测序	深度生成神经网络	文本	NA
223	2024-08-04	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	基于图像的空间转录组学识别与肺纤维化相关的分子生态位失调，揭示远端肺重塑过程	使用亚细胞分辨率的空间转录组技术分析超过100万细胞，提供了肺纤维化细胞和分子程序的新见解	尽管分析了19个独特的肺样本，但样本数量仍然有限，可能影响结果的普遍性	研究肺纤维化远端肺变化中的细胞和分子机制	分析19个独特肺样本中超过100万的细胞	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学	机器学习	基因表达数据	19个独特的肺样本
224	2024-08-07	STACCato: Supervised Tensor Analysis tool for studying Cell-cell Communication using scRNA-seq data across multiple samples and conditions 2023-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571918 PMID:38168391	研究论文	介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于在考虑批次和人口统计变量等潜在混杂因素的情况下，研究多样本、多条件的单细胞RNA测序数据中的细胞间通信	STACCato工具在分析细胞间通信时，能够调整潜在的混杂因素，如批次和人口统计变量，从而提供更准确的疾病效应和细胞类型活性模式的估计	NA	开发一种新的工具，以更准确地分析和理解细胞间通信，特别是在多条件和多样本的单细胞RNA测序数据中	细胞间通信事件及其在不同生物条件下的效应	数字病理学	自身免疫性疾病	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	涉及狼疮和自闭症研究的模拟数据和真实单细胞RNA测序数据
225	2024-08-07	Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma 2023-Dec-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh9069 PMID:38091397	研究论文	通过综合空间和单细胞分析，研究了放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中免疫细胞的浸润及其基因表达的变化	首次证实了放射治疗后肿瘤中免疫细胞的动态浸润及其免疫刺激和免疫抑制基因表达的变化，并揭示了时间依赖性和细胞类型依赖性的基因表达变化	NA	研究放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫反应特征，为个性化免疫治疗提供靶点信息	食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫细胞及其基因表达	数字病理学	食管癌	多重免疫染色（CODEX）、空间转录组（VISIUM）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
226	2024-08-04	A neuronal coping mechanism linking stress-induced anxiety to motivation for reward 2023-12-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh9620 PMID:38055830	研究论文	这篇文章展示了急性压力如何通过激活小鼠的GABA能神经元影响焦虑和奖励动机。	研究揭示了应激、焦虑与动机之间的神经基础，并首次探索IPN GABA能神经元在应激应对机制中的作用。	研究主要在小鼠模型中进行，是否适用于其他物种尚不明确。	本研究旨在揭示压力如何通过神经机制影响焦虑和奖励动机。	本研究的对象为小鼠，特别是研究其GABA能神经元的活动。	神经科学	焦虑症	光遗传学，单细胞测序，光纤光度测定	NA	生物体实验数据	使用多个小鼠进行实验，具体样本数量未在摘要中明确
227	2024-08-04	Hemorrhage-activated NRF2 in tumor-associated macrophages drives cancer growth, invasion, and immunotherapy resistance 2023-Dec-07, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174528 PMID:38060331	研究论文	这篇文章探讨了肿瘤相关巨噬细胞中由出血激活的NRF2如何促进癌症生长、侵袭和免疫治疗抵抗。	文章首次揭示了肿瘤内出血通过NRF2激活的巨噬细胞促进癌症发展的新机制。	研究主要集中在小鼠模型上，临床转化的有效性和适用性尚未得到验证	研究目的是探索出血在癌症进展和治疗反应中的独立作用。	研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中如何发育与功能。	数字病理学	肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	细胞，组织样本	用于实验的样本数量和种类未在摘要中明确提及
228	2024-08-04	Spatial gene expression in the adult rat patellar tendon 2023-Dec, Matrix biology plus DOI:10.1016/j.mbplus.2023.100138 PMID:38124714	研究论文	本研究探讨了成年大鼠髌腱的空间基因表达特征	发现了一个新的空间调控基因(AABR07000398.1)，其功能尚不明确	仅使用了两份雄性大鼠髌腱样本，样本量较小	确定髌腱的基因表达谱及其空间分布	雄性大鼠的髌腱样本	数字病理	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	2个雄性大鼠髌腱样本
229	2024-08-04	Semi-reference based cell type deconvolution with application to human metastatic cancers 2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad109 PMID:38143958	研究论文	本研究介绍了一种新颖的解卷积方法SECRET，用于从大规模RNA-seq数据中准确估计细胞类型比例	SECRET方法允许在参考数据中未代表的细胞类型情况下灵活选择参考数据，并且在合成数据上表现出优越的准确性	未提及具体的限制信息	研究如何从大规模RNA-seq数据中提取细胞类型特异性信息	研究以人类转移性癌症为对象	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
230	2024-08-07	Antibody dependent cell-mediated cytotoxicity selection pressure induces diverse mechanisms of resistance 2023-12-31, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2 DOI:10.1080/15384047.2023.2269637 PMID:37878417	研究论文	本研究探讨了抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）选择压力下肿瘤细胞的抗性机制	揭示了ADCC选择压力下肿瘤细胞的共享和独特抗性机制，并利用单细胞RNA测序和蛋白质组筛选探究了分子抗性机制	ADCC抗性无法通过组合治疗策略逆转	研究ADCC选择压力下的肿瘤细胞抗性机制	ADCC抗性机制及肿瘤细胞的免疫逃逸策略	NA	NA	单细胞RNA测序，蛋白质组筛选	NA	RNA，蛋白质	多个ADCC选择压力模型中的细胞
231	2024-08-07	FGFR3 Alterations in Bladder Cancer Stimulate Serine Synthesis to Induce Immune-Inert Macrophages That Suppress T-cell Recruitment and Activation 2023-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1065 PMID:37768887	研究论文	本文研究了膀胱癌中FGFR3突变如何通过增加丝氨酸合成诱导免疫惰性巨噬细胞，从而抑制T细胞招募和激活	发现FGFR3突变通过增加丝氨酸合成在膀胱癌细胞中诱导免疫惰性巨噬细胞，为改善治疗反应提供了新策略	NA	探讨FGFR3突变在膀胱癌中的免疫抑制机制，并评估联合治疗策略的有效性	膀胱癌中的FGFR3突变、巨噬细胞和T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
232	2024-08-07	Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration 2023-Dec-20, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019 PMID:37848024	研究论文	本研究通过深度单细胞RNA测序分析了再生皮质脊髓束神经元的异质性，并开发了一个广泛适用的再生分类器，揭示了抗氧化应答在皮质脊髓轴突再生中的作用	本研究首次通过深度单细胞RNA测序揭示了再生皮质脊髓束神经元的转录组特征，并开发了一个可预测不同神经元类型再生潜力的再生分类器	研究仅限于PTEN和SOCS3删除后的再生皮质脊髓束神经元，未来研究需要扩展到其他条件和神经元类型	探索促进脊髓损伤后皮质脊髓束再生的生物学机制	再生皮质脊髓束神经元及其再生潜力	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数百个表型确定的神经元
233	2024-08-05	Identification and targeting of cancer-associated fibroblast signature genes for prognosis and therapy in Cutaneous melanoma 2023-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107597 PMID:37875042	研究论文	本研究探讨了与皮肤黑素瘤相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）标志基因，并提出潜在的治疗靶点	首次识别了FBLN1和COL5A1作为皮肤黑素瘤的CAF特异性生物标志物，提供了新的治疗方向	尚需更多临床数据验证所识别的CAF标志基因与预后的相关性	探索皮肤黑素瘤中CAF标志基因的潜力并提出治疗靶点	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	皮肤黑素瘤	加权基因共表达网络分析、单细胞测序分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据	NA
234	2024-08-07	Thymic Carcinoma: Unraveling Neuroendocrine Differentiation and Epithelial Cell Identity Loss 2023-12-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16010115 PMID:38201543	研究论文	本文探讨了胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的基因表达特征	发现胸腺癌表现出偏向于簇细胞和离子细胞的神经内分泌表型，并鉴定了HDAC9和NFATC1作为神经内分泌组在成人胸腺上皮细胞和胸腺癌中的特征性表达	需要进一步研究HDAC9和NFATC1在胸腺上皮中的作用及其作为胸腺上皮肿瘤治疗靶点的潜力	探索胸腺癌的神经内分泌分化及上皮细胞身份丧失的机制	胸腺癌的基因表达特征及其与簇细胞、离子细胞和神经内分泌细胞的关系	数字病理学	胸腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自正常人胸腺的单细胞RNA测序数据集，并分析了公开的胸腺上皮细胞和肺癌的mRNA表达及甲基化状态数据
235	2024-08-05	RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations 2023-12-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05594-4 PMID:38155269	research paper	本研究提出了RENG，利用时间序列单细胞CRISPR数据推断基因调控网络	RENG能够区分直接和间接调控，超越当前方法在基因调控网络推断的准确性	该方法的局限性在于依赖于时间序列单细胞数据	研究目的是推断基因调控网络	研究对象为人诱导多能干细胞的单细胞RNA-seq数据	数字病理	NA	CRISPR扰动	NA	单细胞RNA-seq	来自人诱导多能干细胞的数据集
236	2024-08-05	scPML: pathway-based multi-view learning for cell type annotation from single-cell RNA-seq data 2023-12-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05634-z PMID:38097699	研究论文	本文提出了scPML模型，该模型通过不同的基因信号通路数据来进行细胞类型注释	scPML模型利用基因信号通路数据来分割细胞的遗传特征，改善了细胞注释的泛化能力和鲁棒性	现有方法在细胞注释任务中缺乏良好的泛化性和鲁棒性，尤其在技术差异和基因异质性方面存在挑战	本文旨在提升单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	研究对象为不同物种、平台和组织中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因信号通路数据	涉及多个物种和组织的细胞样本
237	2024-08-07	Single-cell map of dynamic cellular microenvironment of radiation-induced intestinal injury 2023-12-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05645-w PMID:38071238	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，描绘了辐射诱导肠道损伤（RIII）及其再生过程中肠道微环境的动态变化图谱	揭示了肠道不同细胞类型的异质性辐射敏感性，以及肠道干细胞（ISCs）的动态变化模式和细胞间的复杂转换模式	NA	探究辐射诱导肠道损伤及其再生过程中肠道微环境的动态变化	肠道微环境中的细胞类型及其在辐射损伤后的动态变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
238	2024-08-05	Iron inhibits glioblastoma cell migration and polarization 2023-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202202157RR PMID:37983646	研究论文	这篇文章探讨了铁如何影响胶质母细胞瘤细胞的迁移能力和极性。	本研究首次系统性地调查了细胞内铁含量对胶质母细胞瘤细胞迁移能力的影响。	该研究未能全面探讨铁对胶质母细胞瘤细胞其他生物学特性的影响。	研究细胞内铁含量对胶质母细胞瘤细胞迁移及极性建立的影响。	人类胶质母细胞瘤细胞及其在肿瘤微环境中的行为。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了人类胶质母细胞瘤样本的单细胞RNA-seq数据集
239	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomics and In Vitro Lineage Tracing Reveals Differential Susceptibility of Human iPSC-Derived Midbrain Dopaminergic Neurons in a Cellular Model of Parkinson's Disease 2023-12-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12242860 PMID:38132179	研究论文	本研究生成了一种能够纯化和追踪人类中脑多巴胺前体细胞及其分化后代的iPSC系。	使用CRISPR/Cas9技术将蓝色荧光蛋白(BFP)和Cre基因插入安全栖息地位点AAVS1，实现中脑多巴胺谱系标记。	未提及其他细胞类型的影响或长时间的体内模型验证，可能限制模型的真实性。	研究不同人类iPSC衍生的中脑多巴胺能神经元在帕金森病模型中的易感性。	人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经细胞。	干细胞技术	帕金森病	CRISPR/Cas9	NA	单细胞RNA测序	NA
240	2024-08-07	Exploring the Functional Heterogeneity of Directly Reprogrammed Neural Stem Cell-Derived Neurons via Single-Cell RNA Sequencing 2023-12-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12242818 PMID:38132138	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探索了直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性	本文首次通过单细胞RNA测序分析了直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的功能异质性，并揭示了细胞命运调控因子	本文未详细讨论直接重编程神经干细胞在临床应用中的具体挑战和解决方案	研究直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性，以提高其在神经退行性疾病治疗中的应用质量	直接重编程神经干细胞及其衍生神经元	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人纤维母细胞、直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的单细胞RNA测序数据