单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 436 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-07 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.28.573568
PMID:38234829
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Stellarscope的工具和分析流程，用于单细胞转座子位点水平分析，通过重新分配多重映射的读取到特定的基因组位点，构建了人类PBMCs中的转座子表达图谱 | 首次系统地量化了单细胞RNA测序中的转座子表达，并发现转座子位点特异性表达可以区分细胞类型并定义新的细胞亚群 | NA | 探索转座子在人类生物学中的影响 | 人类PBMCs中的转座子表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 期望最大化算法 | RNA序列 | 人类PBMCs样本 |
| 202 | 2024-08-07 |
Generation of Atp6v1g3-Cre mice for investigation of intercalated cells and the collecting duct
2023-12-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00137.2023
PMID:37823193
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/CAS技术生成了Atp6v1g3-Cre小鼠，用于研究肾间质细胞和集合管 | 开发了一种新的Atp6v1g3-Cre报告小鼠模型，该模型在肾脏细胞中具有高度特异性，且在其他器官中表达极少或无表达 | NA | 研究肾间质细胞在肾脏先天免疫功能中的作用 | 肾间质细胞和集合管 | NA | 肾脏感染、酸碱失衡和急性肾损伤 | CRISPR/CAS技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 203 | 2024-08-04 |
Single-Cell Sequencing of Lung Macrophages and Monocytes Reveals Novel Therapeutic Targets in COPD
2023-12-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12242771
PMID:38132091
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研究论文 | 本研究确定了COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞的特征，并识别了新型治疗靶点 | 首次明确了COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞的转录特征，为寻找新的治疗靶点提供了依据 | 样本量相对较小，可能限制了研究结果的广泛适用性 | 探索COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞在炎症过程中的作用 | COPD患者和对照组人类肺组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 (COPD) | RNA测序 | NA | 转录组数据 | COPD患者18个样本和对照组28个样本 |
| 204 | 2024-08-07 |
Pyroptosis-Related Subtypes Predict the Response of Clear Cell Renal Cell Carcinoma to Targeted Therapy
2023-12-08, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2812334
PMID:38179741
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研究论文 | 本研究基于焦亡相关基因的共识聚类对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）进行分子分型，并探讨其对靶向治疗的反应预测 | 首次揭示了焦亡相关基因在ccRCC中的作用，并基于此开发了预测ccRCC对靶向治疗反应的分子亚型 | NA | 探讨焦亡在透明细胞肾细胞癌进展中的作用，并开发个性化治疗策略 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC） | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，CIBERSORT分析，Lasso回归 | NA | 基因组，转录组，蛋白质 | NA |
| 205 | 2024-08-07 |
Localizing Hormone Receptor Expression to Cellular Compartments in Idiopathic Subglottic Stenosis
2023-12, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.30856
PMID:37382162
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，定位了特发性声门下狭窄（iSGS）患者中雌激素受体（ESR1和ESR2）和孕激素受体（PGR）在特定细胞亚群中的表达 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了iSGS患者中激素受体在不同细胞亚群中的表达模式 | 研究样本量较小，且仅限于iSGS患者，可能影响结果的普遍性 | 探究雌激素和孕激素受体在iSGS病理发生中的作用机制 | 特发性声门下狭窄（iSGS）患者的气道瘢痕和健康黏膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 25,974个单独测序的细胞，来自7例声门下瘢痕和3例匹配的无影响黏膜的iSGS患者 |
| 206 | 2024-08-07 |
Predicting drug response from single-cell expression profiles of tumours
2023-12-01, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-023-03182-1
PMID:38041118
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研究论文 | 本文介绍了DREEP方法，用于从肿瘤单细胞表达谱预测药物反应，并验证了其在多个独立单细胞数据集上的准确性和鲁棒性 | DREEP利用公开的药理基因组屏幕数据和功能富集分析，从转录组数据预测单细胞药物敏感性 | NA | 提高癌症治疗的疗效和精确性 | 肿瘤单细胞表达谱和药物反应 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 计算方法 | 转录组数据 | 超过200个癌症细胞系 |
| 207 | 2024-08-04 |
Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44103-3
PMID:38123534
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研究论文 | 本文提出了CEFCON，一个以网络为基础的框架，用于从单细胞转录组数据中解析细胞命运决策的驱动调节因子 | CEFCON结合图神经网络和注意机制，从单细胞RNA测序数据中推导出细胞谱系特异的基因调控网络，并通过网络控制理论建模细胞命运动态 | NA | 研究细胞命运决策背后的调控机制 | 小鼠造血干细胞分化数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 208 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics identifies adipose tissue CD271+ progenitors for enhanced angiogenesis in limb ischemia
2023-12-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101337
PMID:38118404
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，识别出来自皮下脂肪组织的CD271前体细胞，在肢体缺血中具有增强的血管生成能力 | 指出CD271前体细胞独特的促血管生成基因特征，并展示其在肢体缺血模型中的优越效果 | 未提及具体的局限性 | 研究CD271前体细胞在肢体缺血中的血管生成作用 | 主要研究皮下脂肪组织中的CD271前体细胞 | 数字病理学 | 肢体缺血 | 单细胞转录组分析 | 异种移植物模型 | 基因表达数据 | NA |
| 209 | 2024-08-04 |
Bexmarilimab-induced macrophage activation leads to treatment benefit in solid tumors: The phase I/II first-in-human MATINS trial
2023-12-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101307
PMID:38056464
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研究论文 | 本研究探讨了bexmarilimab对治疗难治性实体肿瘤患者的安全性和耐受性。 | 首次在人类中研究Clever-1阻断的疗效，并显示了bexmarilimab诱导的巨噬细胞激活对成瘤免疫的积极影响。 | 本研究主要集中于早期的安全性和耐受性评估，缺乏长期疗效的完整数据。 | 评估bexmarilimab对治疗难治性实体肿瘤患者的初步抗肿瘤疗效及免疫相关性。 | 治疗难治性实体肿瘤患者，参与者总数为138。 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤、胃癌、肝细胞癌、雌激素受体阳性乳腺癌和胆道癌 | NA | NA | 临床试验数据 | 138名患者 |
| 210 | 2024-08-07 |
iPSC-derived hypoimmunogenic tissue resident memory T cells mediate robust anti-tumor activity against cervical cancer
2023-12-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101327
PMID:38091985
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研究论文 | 本文开发了一种HLA-A24&-E双整合的HPV-rejTs，通过消除HLA I类抗原来有效抑制受体免疫排斥，同时保持比原始细胞毒性T淋巴细胞更强的细胞毒性 | 通过单细胞RNA测序发现HPV-rejTs富含组织驻留记忆T细胞，增强了通过TGFβR信号通路对宫颈癌的细胞毒性，并上调了与免疫突触相关的基因，促进了T细胞受体（TCR）的更强激活和TCR介导的目标细胞死亡 | NA | 开发一种可行的“即用型”T细胞疗法，具有强大的抗宫颈癌效果 | 从诱导多能干细胞生成的功能性恢复的人乳头瘤病毒特异性细胞毒性T淋巴细胞（HPV-rejTs） | 免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 211 | 2024-08-07 |
Dapagliflozin protects against chronic heart failure in mice by inhibiting macrophage-mediated inflammation, independent of SGLT2
2023-12-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101334
PMID:38118414
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研究论文 | 本研究使用SGLT2全局敲除小鼠评估SGLT2抑制剂对心力衰竭的作用机制，发现达格列净通过抑制巨噬细胞介导的炎症来保护心脏，且这一作用独立于SGLT2。 | 达格列净对心力衰竭的保护作用独立于SGLT2，主要通过抑制巨噬细胞炎症来实现。 | NA | 阐明SGLT2抑制剂在心力衰竭中的具体作用机制。 | SGLT2全局敲除小鼠及其在心肌梗死和主动脉缩窄诱导的心力衰竭模型中的表现。 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | SGLT2全局敲除小鼠 |
| 212 | 2024-08-04 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-Dec-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2310053120
PMID:38096412
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研究论文 | 本研究分析了小鼠中与大肝脓肿形成相关的遗传和免疫决定因素 | 首次揭示了小鼠肝脓肿的形成过程及其与免疫细胞聚集的关系 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能无法直接类推到其他生物 | 确定宿主对肝脓肿形成的易感性决定因素 | C57BL品系小鼠，特别是C57BL/6N雌性小鼠 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 213 | 2024-08-07 |
Gene module reconstruction elucidates cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion
2023-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.29.573643
PMID:38234833
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发育轨迹重构分化过程，以斑马鱼脊索和孵化腺作为模型系统，识别基因模块并揭示分化过程及其时间顺序，并研究了未折叠蛋白反应（UPR）转导模块在细胞类型特异性分泌功能调控中的作用。 | 本研究提出了一种整合表达和功能相似性的方法来识别基因模块，并发现了新的分化过程关联，同时揭示了UPR转录因子在调控一般和特定细胞功能中的作用。 | NA | 阐明细胞分化过程中的重塑过程及其调控逻辑。 | 斑马鱼脊索和孵化腺的细胞分化过程。 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及斑马鱼胚胎的缺失和获得功能样本 |
| 214 | 2024-08-04 |
Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells
2023-Dec-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1
PMID:38234734
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研究论文 | 研究发现胶质母细胞瘤（GBM）患者的单核细胞来源的抑制细胞（M-MDSC）表现出异质性，尤其是富集在类中性粒细胞的转录状态中 | 首次描述了GBM患者M-MDSC的发育来源和表型特征，并识别出了一种新型的单核细胞生成途径NeuMo | 未完全阐明M-MDSC的确切发育过程和所有表型标记 | 揭示胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性和其在肿瘤免疫抑制中的作用 | 胶质母细胞瘤患者的血液样本中的单核细胞来源抑制细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自多位（具体数量未提供）胶质母细胞瘤患者的血液样本 |
| 215 | 2024-08-04 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
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研究论文 | 本研究探讨了人类替代剪接对蛋白质结构的影响 | 我们使用AlphaFold2预测了超过11,000个人类同种异构体的结构，揭示了替代剪接所引发的结构变化 | 本研究主要集中在少数技术指标上，可能未能全面覆盖所有替代剪接对结构的影响 | 研究替代剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 人类蛋白质同种异构体及其替代剪接变体 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, AlphaFold2 | NA | 结构数据 | 超过11,000个人类同种异构体 |
| 216 | 2024-08-04 |
CD4+ T cells are homeostatic regulators during Mtb reinfection
2023-Dec-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572669
PMID:38187598
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研究论文 | 该文研究了CD4+ T细胞在Mtb再感染期间的调节作用 | 研究表明CD4 T细胞在再感染环境中通过减少肺部炎症和调节CD8 T细胞活性来提供长期的保护作用 | 目前对再感染后肺部细胞环境的变化了解仍然有限 | 探讨CD4 T细胞在Mtb再感染中的作用及其对疾病严重性的影响 | 采用非人灵长类动物的再感染模型观察CD4 T细胞对保护反应的影响 | 免疫学 | 结核病 | PET-CT、流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床和微生物学数据 | 非人灵长类动物模型 |
| 217 | 2024-08-07 |
Single-cell morphological and transcriptome analysis unveil inhibitors of polyploid giant breast cancer cells in vitro
2023-12-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05674-5
PMID:38129519
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研究论文 | 本文通过单细胞形态学和转录组分析，识别了抑制体外多倍体巨型乳腺癌细胞的化合物 | 建立了高吞吐量和精确度的单细胞形态学分析流程，并结合scRNA-Seq技术，揭示了乳腺癌多倍体巨型细胞的细胞周期、代谢和铁死亡敏感性的变化 | NA | 发现有效的抗多倍体巨型癌细胞化合物 | 多倍体巨型乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 218 | 2024-08-04 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
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研究论文 | 该文章分析了斑马鱼视网膜中受伤诱导和发育神经发生的基因调控网络 | 展示了损伤如何诱导穆勒胶质细胞重编程为类似晚期视网膜前体细胞的状态 | 需要进一步确认不同视网膜细胞亚型损伤的转录因子基因表达差异及其再生结果的机制 | 研究斑马鱼在视网膜受损后的再生能力及其与发育过程的关系 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞及其分化为神经前体细胞的过程 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 开发和再生的视网膜样本 |
| 219 | 2024-08-04 |
Heterogeneity-Preserving Discriminative Feature Selection for Subtype Discovery
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540686
PMID:38187596
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研究论文 | 本研究提出了一种保留异质性的特征选择方法，以发现亚型并优化亚型聚类质量 | 提出了PHet方法，通过统计分析IQR和Fisher方法进行迭代子抽样差异分析，识别出保留异质性的判别特征 | 本研究方法依赖于已有的公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集进行验证，可能存在与实际应用场景不完全相符的问题 | 识别能够捕捉每个类别内的多样性并保持疾病状态区别的特征 | 利用单细胞RNA-seq和微阵列数据集研究细胞亚型及其异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度度量学习 | 分子数据集，如单细胞RNA-seq，蛋白质组学和成像数据集 | 公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集的样本 |
| 220 | 2024-08-04 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
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研究论文 | 本文开发了一种评估差异检测的工作流程，在单细胞转录组中测试基因在样本或细胞中的检测差异 | 提出了一种统一的工作流程，联合评估差异表达和差异检测 | 本文未提及具体的局限性 | 探索单细胞转录组学中基因表达的差异及其分布特性 | 多样本单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和两个案例研究 |