单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-07	HLA-I Evolutionary Divergence Confers Response to PD-1 Blockade plus Chemotherapy in Untreated Advanced Non-Small Cell Lung Cancer 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0604 PMID:37449971	研究论文	本研究探讨了HLA-I进化分歧（HED）在未经治疗的晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者中对PD-1阻断联合化疗的预测和预后价值	首次揭示了HLA-I进化分歧（HED）作为预测PD-1阻断联合化疗疗效的生物标志物	研究样本量有限，需要在更大规模的研究中验证HED的预测价值	确定PD-1阻断联合化疗在未经治疗的晚期非小细胞肺癌患者中的预测生物标志物	427名接受一线PD-1阻断联合化疗或单纯化疗的晚期非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	427名患者，其中11名患者的58,977个细胞用于单细胞RNA测序
202	2024-08-07	CAR T-cell Design-dependent Remodeling of the Brain Tumor Immune Microenvironment Modulates Tumor-associated Macrophages and Anti-glioma Activity 2023-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0424 PMID:37971169	研究论文	本研究探讨了脑肿瘤免疫微环境（TIME）和嵌合抗原受体（CAR）设计对B7-H3特异性CAR T细胞抗胶质瘤活性的影响	研究通过转基因表达41BBL在基于CD28的CAR T细胞中，增强了治疗效果和持久性，并揭示了CAR设计对TIME的调节作用	尽管在体外实验中CAR设计提高了抗胶质瘤疗效，但在体内实验中并未观察到类似改善	旨在理解转移性免疫细胞与脑肿瘤免疫微环境之间的复杂动态关系，以开发有效的基于T细胞的免疫疗法	B7-H3特异性CAR T细胞及其在脑肿瘤免疫微环境中的作用	免疫学	脑肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序	CAR T细胞	细胞	使用了七种完全鼠源的B7-H3 CARs进行评估
203	2024-08-04	Avoiding false discoveries in single-cell RNA-seq by revisiting the first Alzheimer's disease dataset 2023-Dec-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90214 PMID:38047913	研究论文	本研究修正了首个阿尔茨海默病单细胞RNA测序的数据处理和分析问题	首次使用单细胞技术揭示阿尔茨海默病中细胞类型特异性差异表达基因的潜力	此前的数据处理和质量控制方法存在局限性	旨在提高阿尔茨海默病相关基因的可靠发现	集中于阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
204	2024-08-07	Charting the tumor microenvironment with spatial profiling technologies 2023-12, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2023.08.004 PMID:37673713	综述	本文综述了空间分析技术在肿瘤微环境（TME）表征中的应用及其在临床上改善癌症患者诊断和预后的潜力	空间分析技术能够捕捉细胞在肿瘤微环境中的复杂空间背景及其密集的相互作用网络	传统的单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于需要样本解离步骤，无法捕捉细胞的空间信息	探讨空间分析技术在肿瘤微环境表征中的应用及其在临床上的潜在价值	肿瘤微环境中的细胞组织和相互作用	NA	NA	空间分析技术	NA	细胞	NA
205	2024-08-07	Integrative single-cell transcriptome analysis reveals immune suppressive landscape in the anaplastic thyroid cancer 2023-12, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-023-00663-6 PMID:37679527	研究论文	本研究通过综合单细胞转录组分析，揭示了间变性甲状腺癌中的免疫抑制微环境	首次在单细胞水平上揭示了间变性甲状腺癌与甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境及其动态变化	NA	深入理解间变性甲状腺癌的肿瘤免疫微环境，以改善癌症治疗和预后	间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的肿瘤免疫微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	间变性甲状腺癌和甲状腺乳头状癌的原发性肿瘤样本
206	2024-08-07	Characterization of the long noncoding RNA transcriptome in human preimplantation embryo development 2023-Dec, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-023-02951-4 PMID:37770818	研究论文	本研究通过scRNA-seq和SUPeR-seq数据分析了人类植入前胚胎发育过程中的长非编码RNA（lncRNA）表达谱	研究揭示了不同发育阶段特异性和共享的高表达lncRNA，并发现这些lncRNA及其相关的超级增强子和RNA结合蛋白在胚胎发育调控中的重要作用	NA	旨在深入了解发育事件的转录基础	人类植入前胚胎发育过程中的lncRNA	NA	不孕症	scRNA-seq, SUPeR-seq	NA	RNA	涉及多个发育阶段的人类植入前胚胎样本
207	2024-08-07	Exploration of a screening model for intrahepatic cholangiocarcinoma patients prone to cuproptosis and mechanisms of the susceptibility of CD274-knockdown intrahepatic cholangiocarcinoma cells to cuproptosis 2023-12, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-023-00673-4 PMID:37828105	研究论文	本研究旨在探索易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的筛查模型及CD274敲低肝内胆管癌细胞对铜死亡的易感性机制	首次系统全面地探索了肝内胆管癌中的铜死亡现象，构建了针对易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的精确诊断和治疗策略	需要在大规模前瞻性队列中进一步验证这些结论	识别易发生铜死亡的肝内胆管癌患者的新诊断和治疗策略，并探索相关的细胞内和细胞外机制	肝内胆管癌患者及细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单样本基因集富集分析、机器学习算法	nomogram模型	转录组数据	训练数据集255例，验证数据集包括65例、104例、78例和14例
208	2024-08-07	Blockage of EGFR/AKT and mevalonate pathways synergize the antitumor effect of temozolomide by reprogramming energy metabolism in glioblastoma 2023-12, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12502 PMID:37920878	研究论文	本研究探讨了表皮生长因子受体（EGFR）途径在脂肪酸代谢重编程和能量生成中的功能角色，并通过临床GBM样本的单细胞RNA测序和非靶向代谢组学分析，验证了代谢相关RTK-脂肪酸-基因特征。	本研究揭示了EGFR激活的GBM中代谢重编程的机制，并提供了一种组合治疗策略用于临床GBM管理。	NA	研究EGFR途径在GBM中的代谢重编程和能量生成的作用。	临床GBM样本，包括单细胞RNA测序和代谢组学分析。	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序，非靶向代谢组学分析	NA	RNA序列，代谢数据	临床GBM样本
209	2024-08-07	Chronic chromosome instability induced by Plk1 results in immune suppression in breast cancer 2023-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113266 PMID:37979172	研究论文	本研究通过在Her2乳腺癌模型中过度表达Polo样激酶1（Plk1），探讨了染色体不稳定（CIN）相关的分子特征如何改变肿瘤进化过程中的免疫识别	发现高CIN肿瘤通过激活衰老相关分泌表型（SASP）、上调PD-L1和CD206以及诱导非细胞自主核因子κB（NF-κβ）信号，促进免疫逃逸	NA	理解CIN相关的分子特征如何影响肿瘤进化过程中的免疫识别	Her2乳腺癌模型中过度表达Plk1的高CIN肿瘤	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自癌前乳腺组织的单细胞RNA测序数据
210	2024-08-04	Division-Independent Differentiation of Muscle Stem Cells During a Growth Stimulus 2023-Dec-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad091 PMID:38066665	研究论文	这篇文章探讨了成体肌肉干细胞在生长刺激下是否与细胞分裂相关的分化过程	提出了一种新的小鼠模型，用于跟踪肌肉干细胞衍生的肌肉细胞核，发现了一种与细胞分裂无关的肌肉干细胞分化和融合	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全适用于人类肌肉干细胞	研究成体肌肉干细胞对生长刺激的反应及其分化机制	成体肌肉干细胞的不同转录亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	在小鼠中进行了5天的生长刺激实验
211	2024-08-04	Identification of biomarkers of renal ischemia-reperfusion injury by bioinformatics analysis and single-cell sequencing analysis combined with in vivo validation 2023-12, Transplant immunology IF:1.6Q3 DOI:10.1016/j.trim.2023.101928 PMID:37704087	研究论文	本文研究了与肾缺血再灌注损伤相关的中心基因和通路	本研究识别了cyp1a1和pdk4作为肾缺血的潜在生物标志物，并展示了其良好的诊断价值	未提及该研究的局限性	探索肾缺血再灌注损伤的生物标志物	小鼠肾缺血样本	数字病理学	肾脏疾病	单细胞分析、qRT-PCR	NA	转录组表达数据	小鼠肾缺血样本的转录组数据，共发现157个差异表达基因
212	2024-08-07	Single-cell RNA-sequencing uncovers the dynamic changes of tumour immune microenvironment in advanced lung adenocarcinoma 2023-12-11, BMJ open respiratory research IF:3.6Q1 DOI:10.1136/bmjresp-2023-001878 PMID:38081768	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肺腺癌肿瘤免疫微环境的动态变化	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌肿瘤微环境中未被充分认识的细胞组成和动态变化	研究仅基于34名患者的样本，可能存在样本量不足的问题	阐明肺腺癌的细胞组成并揭示其肿瘤微环境的先前未被充分认识的特征	肺腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	106,829个高质量细胞来自34名患者
213	2024-08-04	Dissecting cellular states of infiltrating microenvironment cells in melanoma by integrating single-cell and bulk transcriptome analysis 2023-12-12, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-023-00587-8 PMID:38082384	研究论文	本文利用单细胞RNA-seq数据解析黑色素瘤微环境细胞状态的组成	首次识别了三种不同的肿瘤微环境免疫表型，并揭示其与临床结果的关系	使用的样本仅限于463个黑色素瘤肿瘤样本，可能不具有广泛适用性	研究微环境细胞状态对黑色素瘤免疫活动的影响	463个皮肤黑色素瘤的肿瘤样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	CIBERSORT	基因表达数据	463个黑色素瘤样本
214	2024-08-05	Unveiling the hidden AP-1: revealing the crucial role of AP-1 in ccRCC at single-cell resolution 2023-12-19, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-023-01913-9 PMID:38114996	研究论文	研究揭示了AP-1在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的重要角色	首次在单细胞分辨率下分析了AP-1在ccRCC中的作用	在普通肾脏和ccRCC样本中未检测到AP-1的差异表达可能受到bulk-RNA测序的混杂效应影响	探讨AP-1在ccRCC的肿瘤发生中的作用及其调控机制	通过分析单细胞多组学数据集来研究AP-1在透明细胞肾细胞癌细胞与肾小管细胞中的表达差异	数字病理学	肾癌	单细胞多组学	NA	单细胞数据	多个研究团队的多个单细胞多组学数据集
215	2024-08-05	Spatial Transcriptomics Reveal Pitfalls and Opportunities for the Detection of Rare High-Plasticity Breast Cancer Subtypes 2023-12, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2023.100258 PMID:37813278	研究论文	该文章研究了高塑性乳腺癌亚型的检测方法及其面临的挑战。	提出使用高分辨率空间转录组学分析来识别特定的乳腺癌标记，并揭示了现有检测方法的局限性。	研究主要集中在三阴性乳腺肿瘤上，其他亚型的分析不足，可能限制了结果的普遍适用性。	探讨高塑性乳腺癌亚型的检测方法及其在临床治疗中的应用。	分析11个三阴性乳腺肿瘤，包括3个claudin-low亚型和4个MpBC亚型。	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	表达数据	11个三阴性乳腺肿瘤样本
216	2024-08-07	Exploring the advances of single-cell RNA sequencing in thyroid cancer: a narrative review 2023-Dec-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-023-02260-x PMID:38129369	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在甲状腺癌研究中的应用	scRNA-seq技术革新了细胞亚群的鉴定和特征化，细胞间通信和受体相互作用的研究，揭示了前所未有的异质性，并为治疗发现提供了新的生物标志物	scRNA-seq面临技术偏差、财务障碍和伦理问题等挑战	深入理解甲状腺癌的肿瘤微环境免疫学见解，为患者开发有效的个性化治疗	甲状腺癌的细胞亚群、细胞间通信和受体相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
217	2024-08-04	Increased m6A-RNA methylation and demethylase FTO suppression is associated with silica-induced pulmonary inflammation and fibrosis 2023-12, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153673 PMID:37979906	研究论文	该研究探讨了m6A RNA甲基化与硅尘引起的肺部炎症和纤维化的关系	首次揭示了m6A甲基化在硅尘引发的早期肺炎和纤维化中的作用及其效应细胞	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床患者中广泛验证	研究硅尘引起的肺炎和纤维化中的m6A修饰及其机制	小鼠模型和硅尘患者的肺组织及外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	m6A点杂交、m6A RNA甲基化定量和单细胞测序	小鼠模型	RNA	正常小鼠与硅沉积小鼠的对比及硅尘患者的外周血单核细胞
218	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals Crucial Cell Subsets and Functional Heterogeneity Associated With Carotid Atherosclerosis and Cerebrovascular Events 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318974 PMID:37881939	研究论文	这篇文章揭示了与颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的重要细胞亚群及功能异质性	文章提供了来自20名患者的颈动脉斑块及配对外周血单核细胞的前所未有的大数据集，揭示了动脉粥样硬化微环境的超高精度细胞景观	未具体提及高通量数据在临床应用中的限制	研究颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的免疫和内皮细胞亚群的功能特征	研究对象为来自20名颈动脉粥样硬化患者的颈动脉斑块及外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名患者的颈动脉斑块和外周血单核细胞
219	2024-08-04	Clonal Proliferation Within Smooth Muscle Cells in Unstable Human Atherosclerotic Lesions 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319479 PMID:37881937	研究论文	本研究探讨了人类不稳定动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆增殖	提出了一种新的方法来检测动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞克隆性	本研究的空间分辨率和模型的可转化性受到限制	旨在研究人类动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆性	研究对象为人类不稳定动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	RNA原位杂交	NA	RNA	来自杂合女性的三种不同类型的冠状动脉斑块
220	2024-08-07	Discovering a Rare Smooth Muscle Cell Population Specific to Men in Ascending Aortic Aneurysm Using Spatial Transcriptomics 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320235 PMID:37916413	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA