单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-11	Inference after latent variable estimation for single-cell RNA sequencing data 2023-12-15, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxac047 PMID:36511385	研究论文	本文提出了一种名为count splitting的新框架，用于在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断	引入了count splitting框架，能够在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断，适用于几乎任何潜在变量估计技术和推断方法	方法基于泊松假设，可能不适用于不符合该假设的数据	解决单细胞RNA测序数据分析中潜在变量估计后的统计推断问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	模拟研究和多能干细胞分化为心肌细胞的数据集
2	2025-07-02	SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA 2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569954 PMID:38106088	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了89个B细胞急性淋巴细胞白血病样本，揭示了肿瘤内异质性及白血病细胞起源	首次使用单细胞RNA测序技术解析B-ALL的发育起源和转录异质性，并与正常B细胞发育参考图谱进行比较	样本量相对有限(89例)，且部分亚型样本数量可能不足	改进B-ALL的临床和基因组分类，提高治疗结果预测准确性	B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)样本	digital pathology	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
3	2025-06-14	Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma 2023-12-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh9069 PMID:38091397	研究论文	通过综合空间和单细胞分析，研究了放疗后食管鳞状细胞癌中免疫细胞的浸润及其基因表达变化	揭示了放疗后肿瘤中表达免疫抑制基因的巨噬细胞的浸润动态，并识别了潜在的免疫治疗靶点	研究样本可能有限，且未涉及放疗与免疫治疗联合应用的具体临床效果	探索放疗后食管鳞状细胞癌中的免疫反应特征，以指导个性化免疫治疗	食管鳞状细胞癌患者放疗后的肿瘤组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	CODEX, VISIUM, 单细胞RNA测序	NA	图像, 转录组数据	未明确说明样本数量
4	2025-06-05	Opportunities for High-plex Spatial Transcriptomics in Solid Organ Transplantation 2023-12-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004587 PMID:36944604	review	本文探讨了高plex空间转录组技术在实体器官移植中的应用潜力	提出了将高plex空间转录组技术应用于移植科学的新视角，特别是在移植患者的疾病过程研究中	NA	探讨高plex空间转录组技术在移植科学中的应用，以促进治疗干预和生物标志物识别	移植患者的器官、临床过程、人口统计学特征和免疫抑制方案	digital pathology	geriatric disease	high-plex spatial transcriptomics, next-generation sequencing	NA	mRNA transcripts	NA
5	2025-06-04	Mapping inherited genetic variation with opposite effects on autoimmune disease and cancer identifies candidate drug targets associated with the anti-tumor immune response 2023-Dec-28, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.12.23.23300491 PMID:38234717	研究论文	通过系统性分析遗传变异与自身免疫性疾病和癌症的相反关联，识别出潜在的癌症免疫治疗靶点	首次系统地识别出与自身免疫性疾病风险和癌症保护相关的遗传变异，并验证了五个基因作为潜在的癌症免疫治疗靶点	研究主要基于GWAS数据，功能验证仍需进一步实验	识别具有相反自身免疫性疾病和癌症效应的遗传变异，以发现新的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者	遗传学	癌症	GWAS, RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	NA	基因组数据, 转录组数据	240,540例癌症患者/317,000例对照和112,631例自身免疫/自身炎症性疾病患者/895,386例对照
6	2025-05-16	Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development 2023-12-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012 PMID:37972593	研究论文	研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用	揭示了NFYa在调控心脏代谢和增殖中的节点作用，以及其与辅因子SP2在转录水平上激活相关基因的新机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究NFYa在胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控机制	小鼠胎儿心脏中的心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	空间转录组分析和单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
7	2025-05-16	Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695 PMID:37925632	研究论文	本文提出了一种从人类胃黏膜中分离印戒细胞的高活力悬浮液方案	提供了一种新的高活力印戒细胞悬浮液制备协议，适用于多种后续应用如免疫组化染色、流式细胞术和单细胞测序	未提及该方案在临床样本中的验证效果或适用范围	开发一种从胃黏膜组织中分离印戒细胞的标准化流程	人类胃黏膜组织中的印戒细胞	数字病理学	胃癌	免疫组化染色、流式细胞术、单细胞测序	NA	组织样本	未明确说明样本数量
8	2025-05-16	Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617 PMID:37742175	研究论文	提出一种将多个小鼠大脑切片合并到单个空间转录组学载玻片上的协议	通过将不同大脑的海马区冷冻切片合并成单个冷冻块，减少了所需试剂的数量	NA	提高空间转录组学分析的样本处理效率并降低成本	小鼠大脑海马区切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间标记	多个小鼠大脑切片
9	2025-05-16	Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686 PMID:37925636	研究论文	本文提出了一种从全层肠道组织切除中分离单细胞的方案，用于单细胞RNA测序	开发了一种从全层肠道组织中分离单细胞的详细方案，包括预处理标本、分离固有层和肌肉层、红细胞裂解等步骤	未提及该方案的适用性限制或潜在问题	开发一种从全层肠道组织中分离单细胞的标准化方案	全层肠道组织切除样本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 10× Chromium平台	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
10	2025-05-16	Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601 PMID:37742177	研究论文	提出了一种用于原位多光谱成像的协议，以绘制组织冷冻切片中髓系细胞异质性	结合多光谱成像技术，保留细胞和分子背景，同时识别细胞类型和亚群	需要参考Goossens等人的研究以获取完整执行细节	开发一种协议来映射髓系细胞在组织中的异质性	组织冷冻切片中的髓系细胞	数字病理学	NA	多光谱成像	NA	图像	NA
11	2025-05-16	Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616 PMID:37756156	研究论文	本文提出了一种建立PPP1R15A抑制小鼠模型的协议，用于探索Sephin1对B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	使用单细胞转录组和TCR文库构建技术，整合表达和TCR数据，进行基因分化、调控网络和细胞间通讯分析	具体实验细节和操作步骤需参考Wang等人的完整研究	探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	B16F1皮下肿瘤小鼠模型	生物医学研究	肿瘤	单细胞转录组测序、TCR测序	小鼠模型	测序数据	NA
12	2025-05-16	Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679 PMID:37910511	研究论文	本文提出了一种从人类胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群的方案	提供了一种详细的胰腺癌组织免疫细胞分离和分析流程，适用于单细胞RNA测序等相关研究	未提及样本量的具体信息，且依赖于Zhang等人(2023)的详细执行步骤	开发一种标准化流程用于胰腺癌免疫细胞研究	人类胰腺癌组织中的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
13	2025-05-16	TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742 PMID:38019649	研究论文	介绍了一个名为TimiGP的R包，用于从批量转录组数据中描绘肿瘤微环境	开发了一个基于基因对的肿瘤免疫微环境分析工具，能够推断细胞间相互作用并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后的关联	NA	探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方法	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序，批量基因表达分析	NA	基因表达数据，生存数据	NA
14	2025-05-16	Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756 PMID:38043054	研究论文	介绍了一种用于成年秀丽隐杆线虫核分离的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，并应用于酒精暴露环境下的转录组分析	提出了一种克服秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序困难的单核RNA测序协议	未提及具体样本量或实验验证的局限性	开发适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法，以研究外部刺激下的细胞反应	成年秀丽隐杆线虫	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
15	2025-05-16	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了胆管外分支中腺体的异质性及其在胆管上皮更新中的作用	首次明确了胆管外腺体中不同位置胆管细胞的更新机制及其在组织维持中的作用	研究仅限于小鼠模型，人类胆管系统的可比性尚需验证	阐明胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支腺体及其上皮细胞	细胞生物学	胆管疾病	无标记克隆命运追踪、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
16	2025-05-16	Neural plate progenitors give rise to both anterior and posterior pituitary cells 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.018 PMID:37683631	research paper	该研究挑战了垂体腺细胞仅来源于非神经外胚层的传统观点，揭示了神经板前体细胞对垂体前后叶细胞的贡献以及垂体细胞间的相互作用	研究发现神经板前体细胞（斑马鱼her4.3+和小鼠Sox1+）不仅贡献于神经垂体细胞，还贡献于部分腺垂体细胞，揭示了垂体细胞分化的新机制	研究主要基于斑马鱼和小鼠模型，人类垂体发育是否遵循相同机制尚需验证	探究垂体细胞的起源和分化机制	斑马鱼和小鼠的垂体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、遗传追踪	NA	基因表达数据	斑马鱼和小鼠垂体细胞
17	2025-05-13	Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens 2023-Dec, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00657-1 PMID:37945755	研究论文	通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据，研究基因组和免疫特征对新诊断多发性骨髓瘤患者免疫治疗方案的临床结果的预测作用	揭示了APOBEC突变活性、IKZF3和RPL5缺失以及8q增益等基因组驱动因素对临床结果的影响，并发现治疗前后免疫微环境的变化与持续微小残留病阴性相关	样本来源于特定的临床试验（NCT03290950），可能限制了结果的普遍适用性	预测新诊断多发性骨髓瘤患者在接受含抗CD38抗体的免疫治疗方案后的临床结果和治疗反应深度	新诊断的多发性骨髓瘤患者	基因组学与免疫治疗	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	来自NCT03290950临床试验的患者样本
18	2025-05-08	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子	揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制	研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制	恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织	癌症表观遗传学	恶性横纹肌样瘤	多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本
19	2025-05-07	Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036548 PMID:38115318	research paper	该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型	识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型	高级别浆液性卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	risk model	RNA-seq data	来自TCGA和GEO数据库的数据
20	2025-05-07	Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036707 PMID:38115253	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型	结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因	未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证	识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向	子宫内膜异位症相关基因	生物信息学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型	LASSO	RNA测序数据	NA