单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability 2023-12-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278144.123 PMID:37973195	研究论文	通过分析小鼠单细胞转录组数据，研究细胞年龄如何解释不同细胞类型在衰老过程中转录组变异性的差异	提出了一个基于细胞更新率差异的新概念框架，解释为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他不会	研究基于小鼠数据，在人类中的适用性需要进一步验证	理解不同细胞类型衰老速率差异的机制	小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	启发式模型	转录组数据	多种小鼠组织和年龄的单细胞样本
2	2025-09-12	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-12-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式	首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达	仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种	优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略	转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞	植物生物技术	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	转基因烟草叶片细胞
3	2025-09-12	Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis 2023-12-18, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad062 PMID:37804518	研究论文	本研究探索自体气道基底细胞移植联合生物凝胶在犬模型中治疗复发性良性气管狭窄的效果	首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层结合，显著提高生存率并促进气道再上皮化	研究仅在犬模型中进行，尚未进行人体临床试验	评估自体基底细胞移植对气道稳态恢复和上皮缺损修复的治疗潜力	犬模型及人类复发性气管狭窄患者的气道黏膜	再生医学	气管狭窄	单细胞RNA测序（scRNA-seq），支气管镜治疗	NA	基因表达数据，病理学观察数据	犬模型分组研究（具体数量未明确），人类患者气道黏膜样本
4	2025-09-12	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-12, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出小鼠唾液腺腺泡细胞中血管紧张素原和甘丙肽作为独特分子标志物	首次系统揭示SMG和SLG腺泡细胞的异质性，并发现两种腺体特有的分子标志物	研究仅针对4周龄小鼠，未涵盖其他发育阶段或物种	鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标志物	小鼠颌下腺(SMG)和舌下腺(SLG)的腺泡细胞	单细胞组学	NA	ScRNA-seq (10×平台), RT-qPCR, 免疫组化, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	4周龄小鼠
5	2025-09-06	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性	在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据	人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本
6	2025-08-10	Neural stem cells persist to generate new neurons in the hippocampus of adult and aged human brain - Fiction or accurate? 2023-12, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102133 PMID:38000512	综述	本文回顾了过去四十年关于成年神经发生的研究，探讨了其在脑可塑性、认知功能和神经系统疾病中的作用	总结了成年神经发生研究的关键里程碑、方法学进展和争议，并提出了未来研究方向	成年人类海马体中神经发生的存在尚未完全确认，需要更多大规模研究验证	探讨成年神经发生的现象及其在神经系统功能和疾病中的作用	成年和老年人类海马体中的神经发生	神经科学	神经系统疾病（如癫痫和阿尔茨海默病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	分子生物学数据	大量研究（具体数量未提及）
7	2025-08-10	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别并验证了原发性开角型青光眼(POAG)的关键生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合mRNA微阵列数据、单细胞RNA测序数据和多种生物信息学分析方法，确定了FN1、GPX3和VAV3作为POAG的关键核心基因	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	寻找POAG的新型生物标志物和潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)	生物信息学	青光眼	mRNA微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
8	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	research paper	本文介绍了一个名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合进行轨迹推断，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法减少轨迹推断中的不确定性和决策负担	未提及具体的性能比较或实际应用案例	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
9	2025-08-03	Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells 2023-Dec-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1 PMID:38234734	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤（GBM）患者血液中单核髓源性抑制细胞（M-MDSC）的异质性，并发现了一种类似于中性粒细胞样单核细胞（NeuMo）的转录状态富集现象	发现了GBM患者M-MDSC中NeuMo转录状态的富集现象，并创建了量化这一状态的算法，同时揭示了地塞米松等药物对这一状态的影响	研究主要基于转录组数据，缺乏对M-MDSC功能特性的直接验证	探究胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性及其与免疫抑制的关系	胶质母细胞瘤、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自GBM、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC样本
10	2025-07-29	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	该研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌建立有利的肺部微环境	研究发现吸烟者肺部富集未成熟的炎症性单核细胞，这些细胞表现出与慢性阻塞性肺疾病相似的状态，并确定了CD93作为这些单核细胞的标记物	研究主要基于吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞，可能无法完全反映所有吸烟者的肺部情况	揭示吸烟如何增加结核病易感性的机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
11	2025-07-28	SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA 2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569954 PMID:38106088	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源和转录异质性	利用单细胞RNA测序技术直接研究肿瘤内异质性并推断白血病细胞起源，改进了现有的临床和基因组分类	样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未明确提及对其他类型白血病的适用性	解析B-ALL的转录程序和发育状态变异，以改进临床分类和治疗结果预测	89个B-ALL样本和正常人类B细胞发育的参考图谱	数字病理学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
12	2025-07-24	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.28.573568 PMID:38234829	研究论文	开发了一个名为Stellarscope的工具和分析流程，用于单细胞转座子元件位点水平分析，并构建了人类PBMCs中转座子表达图谱	首次在单细胞水平上量化转座子元件表达，并发现转座子元件表达能区分细胞类型和定义新的细胞亚群	转座子元件表达的量化仍面临重复序列内容和基因模型不明确的挑战	研究转座子元件在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	基因组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
13	2025-07-24	DNA methylation-mediated Rbpjk suppression protects against fracture nonunion caused by systemic inflammation 2023-Dec-05, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI168558 PMID:38051594	research paper	该研究探讨了系统性炎症如何通过DNA甲基化介导的Rbpjk抑制影响骨折不愈合，并提出了通过表观遗传修饰的前体细胞局部治疗来恢复骨再生的方法	揭示了NF-κB/Dnmt3b/Rbpjk轴在炎症性骨再生中的共同机制，并展示了通过表观遗传修饰前体细胞恢复骨再生的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究系统性炎症对骨折愈合的影响及其分子机制	前体细胞和小鼠模型	表观遗传学	骨折不愈合	单细胞RNA测序	遗传动物模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了多种遗传修饰的小鼠模型
14	2025-07-23	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06812-z PMID:38092916	research paper	本研究创建了一个全面且高分辨率的成年小鼠全脑细胞类型转录组和空间图谱	结合单细胞RNA测序和MERFISH空间转录组数据，构建了层次化的细胞类型分类体系，并揭示了脑区细胞类型组织的独特特征	研究仅针对成年小鼠脑部，结果可能无法直接推广到其他发育阶段或物种	建立哺乳动物大脑细胞类型的基准参考图谱	成年小鼠全脑细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, MERFISH	NA	转录组数据, 空间数据	约700万细胞(400万通过质控)的scRNA-seq数据, 约430万细胞的MERFISH数据
15	2025-07-22	Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice 2023-Dec-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86269 PMID:38127424	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了凋亡细胞识别和清除在小鼠皮肤伤口早期炎症中的细胞动态变化及其对组织修复的调控机制	发现Axl信号通路在伤口修复中的必要性，并揭示了Timd4受体在凋亡细胞清除和组织修复中的独特作用	研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口的数据仅涉及mRNA水平分析	探究凋亡细胞识别受体在皮肤组织修复中的调控机制	小鼠皮肤伤口和人类糖尿病足伤口	分子生物学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
16	2025-07-22	Retrospective pharmacogenetic study of psoriasis highlights the role of KLK7 in tumour necrosis factor signalling 2023-12-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad332 PMID:37672660	研究论文	本研究通过回顾性药物遗传学分析，探讨了银屑病治疗反应相关的遗传通路，并揭示了KLK7在肿瘤坏死因子信号传导中的作用	发现了两个与治疗反应相关的新标记物，并首次证实KLK7在银屑病表皮中的表达增加及其对TNF抑制剂的反应性	研究基于回顾性数据，可能存在选择偏倚；样本量虽大但仅限于基因型数据	探索银屑病治疗反应相关的遗传标记物和生物学机制	1942例基因分型的银屑病患者	药物遗传学	银屑病	基因分型、线性回归、免疫组织化学、单细胞RNA测序	线性回归模型	基因型数据、表达数据、临床数据	1942例银屑病患者
17	2025-07-21	Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329 PMID:37823268	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞转录组成像技术，揭示了人类胸主动脉瘤(TAA)组织中罕见的平滑肌细胞(SMC)类型	首次在人类TAA样本中发现了一种空间分布独特的CARTPT表达SMC亚型，并揭示了其在男性TAA样本中的富集现象	研究样本量有限，且仅针对胸主动脉瘤这一特定疾病	探索人类胸主动脉瘤组织中平滑肌细胞的异质性及其与钙化的关系	人类胸主动脉瘤组织样本及性别匹配的对照样本	数字病理	心血管疾病	单分子空间转录组测序、免疫测定、组织染色	NA	单细胞转录组数据、图像数据	多个人类TAA样本及对照样本，每个样本捕获数千个细胞
18	2025-07-20	Deriving early single-rosette brain organoids from human pluripotent stem cells 2023-12-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.020 PMID:37995702	research paper	开发了一种从人类多能干细胞生成早期单玫瑰花结脑类器官的技术	该方法通过从2D单层细胞启动脑类器官形成，模拟了神经板到神经管的2D到3D发育转变，生成了具有单一中央腔的球体	NA	研究人类大脑发育和疾病建模	人类多能干细胞	developmental biology	neurodevelopmental disorder	small molecule patterning, immunocytochemistry, single-cell RNA sequencing	single-rosette cortical organoids (SOSR-COs)	RNA-seq data, imaging data	NA
19	2025-07-20	Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma 2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32797 PMID:36120720	研究论文	本研究探讨了MDA-9/SDCBP在肝细胞癌（HCC）中的作用及其机制	首次构建了肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型，并揭示了MDA-9通过NF-κB和Spp1促进HCC的机制	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的具体作用仍需进一步验证	探究MDA-9在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
20	2025-07-20	Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05483-7 PMID:37955686	研究论文	本研究通过整合乳酸化修饰和肿瘤微环境特征，开发了一种新的预后和治疗生物标志物分类器，用于皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的预后预测和治疗方案制定	首次将乳酸化修饰（LAC）评分与肿瘤微环境（TME）评分相结合构建LAC-TME分类器，并验证其在SKCM预后预测和免疫治疗方案制定中的价值	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要更多前瞻性临床研究验证	开发SKCM的新型预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和细胞系（A375和A2058）	数字病理学	皮肤黑色素瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归分析、Cox回归分析	LAC-TME分类器	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的SKCM样本