单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 437 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
ExAD-GNN: Explainable Graph Neural Network for Alzheimer's Disease State Prediction from Single-cell Data
2023-Dec-06, APSIPA Transactions on Signal and Information Processing
DOI:10.1561/116.00000239
PMID:41584071
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的图神经网络ExAD-GNN，利用单细胞RNA测序数据预测阿尔茨海默病状态，并识别细胞类型特异性标记基因 | 首次将可解释图神经网络应用于单细胞测序数据进行阿尔茨海默病状态预测，通过独特的可学习基因重要性度量实现细胞类型特异性标记基因的识别，兼顾了分子层面的洞察和大脑异质性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 从单细胞测序数据中准确预测阿尔茨海默病状态，并在细胞层面识别阿尔茨海默病诊断的细胞类型特异性标记基因 | 阿尔茨海默病患者及正常对照的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-08-27 |
Genome-wide identification and expression analysis of heat shock protein gene family in cassava
2023-12, The plant genome
DOI:10.1002/tpg2.20407
PMID:37899677
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研究论文 | 本研究在全基因组范围内鉴定了木薯中的225个热休克蛋白基因，并分析了其基因结构、染色体分布、顺式作用元件、表达模式及进化关系。 | 首次在木薯中系统鉴定和分析了Hsp基因家族，结合了bulk转录组和单细胞转录组数据揭示基因在不同组织和细胞亚群中的表达模式，并验证了温度胁迫下的表达变化。 | 研究仅依赖生物信息学分析和qRT-PCR验证，未进行功能实验来确认MeHsp基因在胁迫响应中的具体作用。 | 揭示木薯Hsp基因家族的进化特征和表达模式，为理解其在环境适应中的功能提供基础。 | 木薯（Manihot esculenta）中的热休克蛋白基因。 | 基因组学 | NA | 基因家族鉴定、系统发育分析、顺式元件预测、qRT-PCR、bulk转录组测序、单细胞转录组测序 | NA | 基因组序列数据、转录组测序数据 | 225个MeHsp基因，涉及木薯品种（推测为'KU50'或'TME204'，但未明确） | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | bulk转录组测序和单细胞转录组测序（具体配置未提供） |
| 3 | 2026-08-26 |
A targeted CRISPR-Cas9 mediated F0 screen identifies genes involved in establishment of the enteric nervous system
2023-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.28.573581
PMID:38234831
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研究论文 | 利用斑马鱼模型，通过靶向CRISPR-Cas9介导的F0筛选，识别与肠道神经系统建立相关的基因 | 开发了一种结合单细胞RNA测序、CRISPR反向遗传学和高内涵成像的快速F0 CRISPR筛选流程，首次揭示了阿片受体在幼虫肠道神经系统神经化学编码中的作用 | 研究仅基于斑马鱼模型，可能无法完全代表人类肠道神经系统发育；F0筛选可能导致嵌合突变影响结果准确性 | 识别参与肠道神经系统建立的新基因，并探索其在神经发育中的作用 | 斑马鱼的肠道神经系统，特别是肠神经嵴细胞 | 发育生物学 | 先天性巨结肠病 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、高内涵成像 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据、图像数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-08-23 |
Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development
2023-12-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012
PMID:37972593
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研究论文 | 本研究探讨转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中调控心肌细胞代谢与增殖的机制 | 首次揭示NFYa与辅因子SP2相互作用，在转录水平激活连接代谢与增殖的基因，从而调控产前心脏生长，并发现一种此前未被认识的心脏代谢转录控制机制 | 具体限制信息未在标题和摘要中提供 | 阐明NFYa在小鼠心脏发育中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用及其机制 | 小鼠胚胎心脏中的心肌细胞 | 转录组学 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-08-20 |
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572269
PMID:38187629
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研究论文 | 开发了scResolve方法，用于从多细胞分辨率的空间转录组数据中恢复单细胞表达谱 | 能够准确恢复单个细胞在空间位置上的表达谱，超越了传统的细胞类型去卷积方法 | 未提及 | 从多细胞分辨率的空间转录组数据中恢复单细胞表达谱 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 生物信息学 | 乳腺癌，肺部疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类乳腺癌数据样本和人类肺部疾病数据样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-08-02 |
Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686
PMID:37925636
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研究论文 | 本文提出了一种从全层肠道组织切除标本中分离单细胞的方案，用于单细胞RNA测序。 | 提供了一套详细的从全层肠道组织中获取高质量单细胞悬液的标准化步骤，适用于10× Chromium平台。 | 摘要中未提及具体局限性，可能需要依赖固定和细胞质量评估步骤的准确性。 | 开发并验证从人类全层肠道组织切除标本中分离单细胞的有效流程，以支持单细胞RNA测序研究。 | 人类全层肠道组织切除标本。 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台 |
| 7 | 2026-07-30 |
Differential developmental blueprints of organ-intrinsic nervous systems
2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.12.571306
PMID:38168446
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研究论文 | 通过整合高分辨率全胚胎成像、单细胞基因组学、空间转录组学、蛋白质组学和生物信息学，揭示了肠道神经系统与心脏内在神经系统在器官特异性组织构建中采用的不同策略，阐明了器官固有神经元特化的基本原理 | 首次系统比较了肠道和心脏内在神经系统的发育蓝图，发现心脏内在神经系统利用丰富的细胞外基质基因和中间神经元祖细胞状态实现稳定组织，并揭示了宿主器官对神经元分化路径的调控作用 | 未提及具体局限性信息 | 探究器官固有神经系统如何实现器官特异性组织的分子机制 | 肠道神经系统和心脏内在神经系统的小鼠胚胎模型 | 数字病理学 | NA | 高分辨率全胚胎成像、单细胞基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、生物信息学 | NA | 图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据 | 小鼠全胚胎样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-07-10 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.570629
PMID:38168320
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研究论文 | 研究蛋白磷酸酶在鸡视网膜中Müller胶质细胞来源祖细胞形成中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示蛋白磷酸酶（DUSP1/6和PP2C/PP2B）在Müller胶质细胞重编程为祖细胞过程中的动态表达及差异化调控作用 | 未评估磷酸酶抑制对受损视网膜中细胞死亡数量的显著影响，且研究局限于鸡视网膜模型 | 探究蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞重编程为祖细胞过程中的调控机制 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞及Müller胶质细胞来源的祖细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 通过单细胞RNA测序数据库分析，未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-07-04 |
Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges
2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus
DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048
PMID:39802625
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综述 | 探讨转录组研究在揭示动脉粥样硬化斑块表型及克服方法学挑战中的作用 | 系统讨论了整体和单细胞测序等最新转录组技术进展在斑块表型分析中的附加价值，并强调了多组学数据整合和机器学习对理解动脉粥样硬化的贡献 | 该领域研究结果可重复性低且缺乏标准化流程 | 阐明转录组研究如何帮助理解动脉粥样硬化斑块的不同表型及其在疾病发生发展中的作用 | 动脉粥样硬化斑块 | 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序、单细胞测序 | NA | 转录组数据、多组学数据 | NA | NA | 整体RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-06-15 |
Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice
2023-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169349
PMID:38099492
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研究论文 | 本研究探讨了胃饥饿素缺失及条件性胃饥饿素细胞消融对小鼠胰岛大小和β细胞质量的影响 | 首次揭示胃饥饿素减少通过降低β细胞凋亡增加β细胞数量，进而增大胰岛大小，并利用单细胞转录组学发现相关基因表达变化 | 未明确胃饥饿素减少与饮食诱导肥胖相关胰岛增大的因果关系完全独立 | 确定胃饥饿素对胰岛大小和β细胞质量的影响 | 小鼠胰岛和β细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 基因敲除、细胞消融、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及不同年龄（4周龄和10-12周龄）和不同饮食（高脂饮食和普通饮食）的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-28 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间表达分析，揭示了EN1/2转录因子在兴奋性小脑神经元多样性和存活中的保守作用 | 首次定义胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并揭示EN1/2在三种小脑兴奋性神经元类型中调控TBR2表达、神经元分化和存活的保守功能 | NA | 阐明EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元多样性和存活中的功能机制 | 小鼠胚胎期小脑核兴奋性神经元 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 12 | 2026-05-02 |
Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00844-3
PMID:37646965
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研究论文 | 本研究揭示了波形蛋白在胶质瘤进展中的作用及其维持肿瘤细胞对氧化磷酸化抑制耐药性的机制 | 首次系统阐明VIM在胶质瘤中通过调节氧化磷酸化抑制敏感性影响肿瘤进展和免疫浸润，并提出联合靶向VIM的免疫治疗新策略 | 未提及临床样本验证及具体分子机制的深入探讨 | 探究VIM在胶质瘤进展及氧化磷酸化抑制敏感性中的作用，为胶质瘤治疗提供潜在靶点 | 胶质瘤细胞及公共数据库中的胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 甲基化数据 | 基于TCGA、HPA、CGGA等多个公共数据库的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-02 |
TGF-β-p-STAT1-LAIR2 axis has a "self-rescue" role for exhausted CD8+ T cells in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00830-9
PMID:37223874
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研究论文 | 本研究揭示了TGF-β在肝细胞癌中通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴对耗竭CD8+ T细胞产生“自我救援”作用 | 首次发现TGF-β在诱导CD8+ T细胞耗竭的同时，通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴启动细胞内在的抗耗竭机制，即“自我救援” | “自我救援”行为对TGF-β刺激具有时间和剂量限制，易被更强的抑制信号掩盖 | 研究TGF-β对肝细胞癌浸润CD8+ T细胞功能的调控效应及分子机制 | 肝细胞癌中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 流式细胞术, 质谱流式细胞术, 免疫组织化学, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因实验 | NA | 图像, 文本, 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-04-28 |
Temporal recording of mammalian development and precancer
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572260
PMID:38187699
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研究论文 | 利用NSC-seq分子时钟记录哺乳动物发育和癌前病变的细胞事件时序 | 首次开发并验证了一种多用途单细胞CRISPR平台NSC-seq，将分子时钟与细胞状态和谱系信息相结合，实现了对细胞事件时序和克隆性的精准记录 | 未提及具体局限性，但可能包括对CRISPR编辑效率的依赖性以及人类癌前样本分析中的样本代表性 | 开发一种能够记录细胞事件时序和克隆性的分子时钟方法，并应用于哺乳动物发育和癌前病变的研究 | 小鼠胚胎、小鼠腺瘤、人结肠癌前病变 | 数字病理学 | 结肠癌前病变 | NSC-seq（单细胞CRISPR平台）、单细胞多组学分析 | 分子时钟模型 | 单细胞RNA测序数据、克隆分析数据 | 116个单细胞RNA测序数据集和418个人类息肉 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | 10x Chromium | NSC-seq平台 |
| 15 | 2026-04-23 |
Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer
2023-Dec, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad055
PMID:38023733
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了胰腺导管腺癌中与肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA | 首次在单细胞分辨率下全面评估了PDAC中的lncRNA景观，揭示了在批量分析中被掩盖的、与肿瘤异质性、突变、治疗反应及肿瘤微环境相关的lncRNA | 研究主要基于转录组数据，lncRNA的功能机制仍需后续实验验证 | 探究胰腺导管腺癌中长链非编码RNA在单细胞水平上的表达特征及其与肿瘤生物学和微环境的关系 | 21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 21名患者的73个多区域样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-04-12 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-12-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 本研究通过深度单细胞RNA测序揭示了适用于多种神经元类型的再生分类器，并强调了抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的关键作用 | 开发了一个广泛适用的再生分类器，能够预测不同神经元类型在发育阶段或损伤后的再生潜力，并通过条件基因删除验证了NRF2在皮质脊髓束再生中的作用 | 仅对数百个表型鉴定的神经元进行了深度测序，样本规模相对较小，可能限制了结果的普适性 | 探究中枢神经系统轴突再生的生物学机制，特别是皮质脊髓束在脊髓损伤后的再生潜力 | 皮质脊髓束神经元，特别是经过PTEN和SOCS3删除处理的再生神经元 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 监督分类（使用Garnett） | 单细胞转录组数据 | 数百个表型鉴定的神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
|
研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析，识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式，并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析，基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-03-19 |
Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology
2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572084
PMID:38187541
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研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的算法，通过将空间转录组数据与匹配的组织学图像中的核形态对齐，实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类分析 | STIE算法首次通过核形态相似性和邻域信息，从斑点间高达约70%的间隙区域恢复缺失细胞，实现了真正的单细胞水平分析，超越了现有方法仅关注斑点大小提升的局限 | 算法依赖于匹配的组织学图像和核形态数据，可能受图像质量或配准误差影响，且在处理高度异质或重叠细胞时性能未完全评估 | 旨在解决基于斑点的空间转录组学中无法精确捕获单细胞转录组的问题，实现单细胞水平的分辨率提升 | 真实和模拟的空间转录组学数据，包括低分辨率和高分辨率斑点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | EM算法 | 图像、文本（转录组数据） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-03-15 |
Single-Cell Sequencing of Lung Macrophages and Monocytes Reveals Novel Therapeutic Targets in COPD
2023-12-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12242771
PMID:38132091
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征，揭示了其功能失调和过度炎症状态，并识别出新的治疗靶点 | 首次在COPD患者肺组织中利用单细胞测序技术系统性地鉴定出16个转录组学上不同的巨噬细胞和单核细胞亚群，并发现吸入性皮质类固醇等化合物可调节这些细胞的转录组特征 | 研究样本量相对有限（COPD组18例，对照组28例），且主要基于体外组织分析，体内验证仅通过一项临床试验数据 | 探究COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征，识别新的治疗靶点 | COPD患者和对照者的肺组织样本中的巨噬细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | COPD患者18例，对照者28例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-13 |
scFED: Clustering Identifying Cell Types of scRNA-Seq Data Based on Feature Engineering Denoising
2023-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00574-y
PMID:37402002
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研究论文 | 本研究提出了一种基于特征工程去噪的单细胞RNA测序数据聚类方法scFED，用于识别细胞类型 | 提出了一种结合特征工程去噪和组织特异性细胞分类参考数据库（CellMatch）的基因选择框架，通过重建方法减少噪声并放大关键信息 | 仅在四个真实单细胞数据集上进行了验证，未提及方法在更大规模或更复杂数据集上的适用性 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类效果和细胞类型识别准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 特征工程框架 | 基因表达数据 | 四个真实单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |