单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-07 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in mouse visual cortex
2023-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.25.568393
PMID:38168270
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研究论文 | 本文通过收集小鼠视觉皮层兴奋性神经元的Patch-seq和全脑形态学数据集，定义了16种综合形态-电-转录组（MET）类型，并重建了300个神经元的完整形态，通过多步骤分类器统一两个数据集，研究了转录组变异与形态学和电生理表型的关系，并预测了个体神经元的投射目标。 | 本文创新性地将单细胞转录组数据与全脑形态学数据相结合，通过多步骤分类器统一数据集，建立了小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合分类系统，并揭示了细胞类型特异性的跨半球投射。 | NA | 研究小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合形态-电-转录组类型，并预测其投射目标。 | 小鼠视觉皮层兴奋性神经元的转录组、形态学和电生理特性。 | 数字病理学 | NA | Patch-seq | 多步骤分类器 | 转录组数据、形态学数据 | 300个神经元 |
| 162 | 2024-08-04 |
Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy Targeting Epithelial Cell Adhesion Molecule in Gastric Cancer: Mechanisms of Tumor Resistance
2023-Nov-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15235552
PMID:38067255
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研究论文 | 该研究开发了一种针对上皮细胞粘附因子（EpCAM）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞，用于治疗胃癌，并探讨肿瘤如何逃逸免疫监视及对CAR T细胞疗法的抗性机制 | 首次通过全身CAR T细胞成像和单细胞多组学分析揭示了肿瘤与肿瘤浸润淋巴细胞之间复杂的相互作用 | 研究主要集中在胃癌模型，结果可能不完全适用于其他癌症类型 | 揭示肿瘤逃逸免疫监视和发展抗性机制的精确机制 | 胃癌模型中肿瘤细胞和肿瘤浸润的淋巴细胞 | 数字病理 | 胃癌 | CAR T细胞成像、单细胞多组学分析 | NA | 图像、转录组数据 | 在胃癌模型中分析的CD8和CD4 T细胞 |
| 163 | 2024-08-04 |
scReadSim: a single-cell RNA-seq and ATAC-seq read simulator
2023-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43162-w
PMID:37980428
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研究论文 | 本文介绍了scReadSim，这是一种用于生成单细胞RNA-seq和ATAC-seq测序序列的模拟器 | scReadSim能够根据用户指定的真实值生成合成测序读取，填补了真数据模拟的空白 | 未提及特定的限制 | 开发一款能生成真实数据模拟的单细胞RNA-seq和ATAC-seq读取模拟器 | 针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq的读取模拟 | 数字病理学 | NA | NA | NA | FASTQ或BAM文件的合成测序读取 | 未提及具体样本大小 |
| 164 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of glial cells from the mouse amygdala under opioid dependent and withdrawal states
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108166
PMID:37915593
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠杏仁核中，药物依赖和戒断状态下胶质细胞的转录变化。 | 首次在小鼠杏仁核中进行药物依赖和戒断状态下的单细胞RNA测序，揭示了关键生物过程的显著差异。 | NA | 探究药物使用障碍导致依赖的过程中，杏仁核内各细胞类型的转录变化。 | 小鼠杏仁核中的胶质细胞。 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 165 | 2024-08-07 |
MUC1-C integrates aerobic glycolysis with suppression of oxidative phosphorylation in triple-negative breast cancer stem cells
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108168
PMID:37915591
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研究论文 | 本研究探讨了MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中整合糖酵解途径激活与抑制氧化磷酸化的作用 | 首次揭示了MUC1-C通过下调线粒体转录因子A和诱导线粒体转录终止因子3来抑制线粒体DNA基因表达，从而影响乳腺癌干细胞的自我更新和氧化还原平衡 | NA | 研究MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中的功能及其对糖酵解和氧化磷酸化的调控作用 | 三阴性乳腺癌干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 富集的三阴性乳腺癌干细胞群体 |
| 166 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of murine ankle joints over time reveals distinct transcriptional changes following Borrelia burgdorferi infection
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108217
PMID:37953958
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，追踪了感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节在不同时间点的转录变化。 | 首次详细描述了感染伯氏疏螺旋体后，小鼠踝关节中巨噬细胞、T细胞、滑膜细胞和成纤维细胞的基因表达变化，并预测了细胞间的相互作用。 | NA | 旨在理解伯氏疏螺旋体感染过程中，小鼠踝关节的细胞和转录变化。 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节。 | 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | C57BL/6小鼠的踝关节样本 |
| 167 | 2024-08-07 |
Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment
2023-Nov-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43038-z
PMID:37978291
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE-seq的方法，利用纳米抗体库和下一代测序技术，在复杂的肿瘤微环境中并行富集免疫细胞结合的纳米抗体 | INSPIRE-seq提供了一种无偏见的方法来研究复杂的微环境，并辅助纳米抗体的开发，这些纳米抗体可以作为活性药物，经过修饰成为药物，或用作靶向分子 | NA | 开发一种新技术，用于发现治疗性生物制剂的靶向分子 | 纳米抗体及其在肿瘤微环境中与免疫细胞的结合 | 合成生物学 | NA | 下一代测序 | NA | RNA序列 | 涉及肿瘤、淋巴结和脾脏中的免疫细胞亚型 |
| 168 | 2024-08-04 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出了一种通过BSP模型识别空间变异基因的快速有效方法 | 介绍了一种基于两种空间粒度比较基因表达模式的非参数模型BSP | 现有计算方法在处理三维空间转录组数据时可能不可靠 | 将分子细胞功能与组织表型联系起来，识别空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | 多种空间转录组技术的研究 |
| 169 | 2024-08-07 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-Nov-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
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研究论文 | 本文提出了一种通过微环境工程控制供体和新生神经元迁移和成熟的方法 | 通过工程化微环境，实现了对供体神经元迁移和成熟的精确控制 | NA | 研究神经元命运和功能在中枢神经系统中的作用 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 青光眼和其他视神经病变 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 170 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Differentiates the Effects of p53 Mutation and p53 Loss on Cell Compositions of Oncogenic Kras-Driven Pancreatic Cancer
2023-11-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12222614
PMID:37998349
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研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，比较了KP和KP小鼠模型中胰腺肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 首次系统比较了p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌肿瘤微环境的影响 | NA | 研究p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌进展的影响 | 胰腺癌肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及KP和KP小鼠模型中的多种细胞类型 |
| 171 | 2024-08-07 |
Skeletal muscle regeneration failure in ischemic-damaged limbs is associated with pro-inflammatory macrophages and premature differentiation of satellite cells
2023-11-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01250-y
PMID:37950327
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研究论文 | 本研究探讨了慢性肢体威胁性缺血（CLTI）中骨骼肌再生受损的细胞和转录组水平病理变化，以及细胞间信号传导途径 | 首次提供了CLTI患者和CLTI小鼠模型骨骼肌的单细胞转录组图谱 | NA | 阐明慢性肢体威胁性缺血中骨骼肌再生受损的机制 | 人类组织样本和CLTI小鼠模型的骨骼肌 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | CLTI患者和CLTI小鼠模型的骨骼肌样本 |
| 172 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic interrogation of the murine bone marrow signaling landscape
2023-11-06, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00298-1
PMID:37926705
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序探讨小鼠骨髓信号传导环境 | 首次展示了将空间转录组学应用于完全矿化组织的可行性，并提出了结合空间和单细胞转录组学的方法 | 仅限于小鼠模型，可能无法完全外推至其他生物或人类 | 研究骨髓微环境对骨骼干细胞及其祖细胞的调控机制 | 成年小鼠的骨髓干细胞及其周围的细胞 | 数字病理学 | 骨病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的骨髓样本 |
| 173 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals unique gene expression changes in different brain regions after sleep deprivation
2023-11-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42751-z
PMID:37925446
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研究论文 | 这篇文章探讨了睡眠剥夺后不同脑区的基因表达变化 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了睡眠剥夺对小鼠脑内不同区域基因表达的影响，并开发了新的生物信息学工具 | 研究仅在雄性小鼠身上进行，未考虑性别差异的影响 | 研究睡眠剥夺对不同脑区基因表达的影响 | 雄性小鼠的各个脑区 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 174 | 2024-08-07 |
Moving closer towards a comprehensive view of tumor biology and microarchitecture using spatial transcriptomics
2023-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42960-6
PMID:37919364
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-08-04 |
Hidden Markov random field models for cell-type assignment of spatially resolved transcriptomics
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad641
PMID:37944045
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于空间分辨转录组数据细胞类型分配的统计模型SPAN | SPAN模型结合了隐藏马尔可夫随机场和混合模型，有效利用了已定义的标记基因及空间信息 | 本文未提及具体的局限性 | 研究空间分辨转录组数据中的细胞类型注释方法 | 空间分辨转录组数据的细胞或斑点 | 数字病理学 | NA | 统计建模 | 隐藏马尔可夫随机场模型 | 转录组数据 | 通过广泛的模拟和真实数据实验验证了SPAN模型的有效性 |
| 176 | 2024-08-04 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
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研究论文 | 本文介绍了一个工具scDiffCom，用于分析细胞间相互作用在老龄化过程中的变化 | 提出了一个新工具scDiffCom，结合了5000个配体-受体相互作用，用于差异细胞间通讯分析 | 目前的数据集仅限于小鼠，可能无法外推至其他物种 | 定量分析细胞间通讯在老龄化过程中的变化 | 23种小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 |
| 177 | 2024-08-05 |
CellNeighborEX: deciphering neighbor-dependent gene expression from spatial transcriptomics data
2023-Nov-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202311670
PMID:37815040
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研究论文 | 提出了一种新方法CellNeighborEX，用于研究细胞邻域依赖的基因表达 | 通过空间转录组数据揭示了细胞邻里对基因表达的影响，超越了传统的配体-受体共表达分析 | 未提供特定的限制信息 | 探讨细胞微环境对基因表达的影响 | 不同组织中细胞类型及其邻近细胞的基因表达 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠胚胎及肝癌样本 |
| 178 | 2024-08-04 |
Targeting TREM1 augments antitumor T cell immunity by inhibiting myeloid-derived suppressor cells and restraining anti-PD-1 resistance
2023-11-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI167951
PMID:37651197
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研究论文 | 该研究探讨了靶向TREM1在抑制免疫抑制微环境中增强抗肿瘤T细胞免疫的潜力 | 开发了一种新的TREM1小分子抑制剂VJDT，并证明其能显著延缓肿瘤生长和增强抗PD-1治疗的效果 | 研究主要基于小鼠模型，需要更多临床研究验证结果 | 探讨TREM1在肿瘤免疫中的作用以及其抑制机制 | 使用Trem1缺失的小鼠和新开发的TREM1抑制剂 | 肿瘤学 | 黑色素瘤 | RNA-Seq | 小鼠模型 | 生物检测数据和基因表达数据 | 使用了B16F10和MCA205小鼠模型 |
| 179 | 2024-08-07 |
90K/LGALS3BP expression is upregulated in COVID-19 but may not restrict SARS-CoV-2 infection
2023-Nov, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-023-01077-2
PMID:37162650
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研究论文 | 研究分析了90K/LGALS3BP在COVID-19患者中的表达情况及其对SARS-CoV-2感染的影响 | 首次详细探讨了90K/LGALS3BP在SARS-CoV-2感染中的表达及其潜在的抗病毒作用 | 实验仅限于体外细胞实验，未涉及动物模型或更广泛的临床样本 | 探究90K/LGALS3BP在COVID-19中的表达及其对SARS-CoV-2感染的潜在影响 | COVID-19患者的血清、外周血单个核细胞（PBMCs）以及呼吸道样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 44名COVID-19住院患者 |
| 180 | 2024-08-07 |
E2F1 Mediates SOX17 Deficiency-Induced Pulmonary Hypertension
2023-11, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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research paper | 本研究探讨了SOX17基因缺陷在特发性肺动脉高压（PAH）发病机制中的作用，并发现E2F1信号通路在其中起关键作用。 | 首次报道了SOX17基因变异在PAH发病机制中的具体作用，并揭示了E2F1信号通路在SOX17缺陷引起的肺动脉高压中的关键作用。 | NA | 研究SOX17基因缺陷在特发性肺动脉高压发病机制中的作用。 | SOX17基因在肺动脉高压中的表达及功能。 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、RNA测序分析、荧光素酶 assay | NA | RNA | 包括患者的肺和肺内皮细胞，以及经过基因编辑的小鼠模型。 |