单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-10-08 |
Inference of differential key regulatory networks and mechanistic drug repurposing candidates from scRNA-seq data with SCANet
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad644
PMID:37862243
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCANet的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断差异关键调控网络和机制性药物再利用候选者 | 开发了SCANet，一个集成的单细胞分析工具，涵盖了从基因共表达模块推断、驱动基因检测、转录调控网络重建到机制性药物再利用候选者预测的整个流程 | NA | 解决从单细胞RNA测序数据中重建细胞（亚）类型发育差异的关键调控网络的计算问题 | 急性呼吸疾病患者中的细胞因子风暴机制和肥胖小鼠肠道干细胞中的细胞驱动机制 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两个研究的数据，包括急性呼吸疾病患者和肥胖小鼠的肠道干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-10-06 |
Isolation of planarian viable cells using fluorescence-activated cell sorting for advancing single-cell transcriptome analysis
2023-Nov, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.13068
PMID:37723830
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研究论文 | 本文开发了一种使用荧光激活细胞分选（FACS）从成体涡虫体内分离活细胞的方法，以推进单细胞转录组分析 | 本文创新性地使用紫外激光替代紫外激光来激发Hoechst 33342，减少了细胞损伤，并开发了一种无需染色的FACS策略，提高了单细胞RNA测序的质量 | 尽管成功获得了高质量的RNA测序数据，但非aPSCs细胞的RNA读取质量较低 | 开发一种有效的方法来分离活细胞，以进行高质量的单细胞RNA测序 | 成体涡虫的活细胞，包括成体多能干细胞（aPSCs）和分化/分化细胞 | 单细胞测序 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS） | NA | RNA | 成体涡虫的多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-10-05 |
Cellular Heterogeneity of Activated Primary Human Macrophages and Associated Drug-Gene Networks: From Biology to Precision Therapeutics
2023-11-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究了干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞的细胞异质性及其相关的药物-基因网络，旨在从生物学到精准治疗 | 通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，鉴定了两种主要的巨噬细胞亚群，并结合细胞签名药物库识别了一种新型化合物，该化合物能够靶向治疗动脉粥样硬化 | NA | 探索巨噬细胞亚群在动脉粥样硬化中的作用，并开发新的免疫治疗方法 | 干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢物消耗分析、免疫测定、功能测试 | NA | RNA序列数据 | 人类原代巨噬细胞、人类颈动脉粥样硬化斑块、小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-10-05 |
Adrenomedullin has a pivotal role in trophoblast differentiation: A promising nanotechnology-based therapeutic target for early-onset preeclampsia
2023-11-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi4777
PMID:37922358
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺髓质素（ADM）在滋养层细胞分化中的关键作用，并提出了一种基于纳米技术的早期子痫前期的潜在治疗靶点 | 首次揭示了ADM在滋养层细胞分化中的重要作用，并提出了一种基于纳米技术的治疗策略 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨ADM在早期子痫前期中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 滋养层细胞、早期子痫前期患者、妊娠小鼠 | 生物医学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类绒毛膜滋养层细胞、滋养层干细胞、滋养层类器官、妊娠小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-10-05 |
Multi-scale characterisation of homologous recombination deficiency in breast cancer
2023-11-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01239-7
PMID:37919776
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，开发了基于插入缺失事件的分类方法和转录组特征，以提高同源重组缺陷的分类准确性 | 本文创新性地利用插入缺失事件和转录组特征来提高同源重组缺陷的分类准确性，并展示了其在单细胞转录组数据中的应用 | 本文未详细讨论所开发方法在其他癌症类型中的适用性 | 研究乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，并开发新的分类方法 | 乳腺癌中的同源重组缺陷及其与BRCA1/2缺陷状态的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | 多重弹性网络回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌样本，包括单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-10-04 |
Population-level single-cell genomics reveals conserved gene programs in systemic juvenile idiopathic arthritis
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166741
PMID:37733441
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研究论文 | 研究通过单细胞基因组学揭示了系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 引入了两个新的计算框架UDON和SATAY-UDON，用于定义患者亚型及其相关生物标志物或临床特征，并发现了新的补体和干扰素激活程序 | NA | 揭示系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞 | 基因组学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过1,000名健康捐赠者和系统性幼年特发性关节炎患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-10-02 |
A telencephalon cell type atlas for goldfish reveals diversity in the evolution of spatial structure and cell types
2023-11-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh7693
PMID:37910612
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统比较了金鱼端脑的细胞类型，揭示了其分子神经解剖学的分区 | 首次构建了金鱼端脑的细胞类型图谱，发现了神经元基因表达的多样性和模块化特征，并提出了金鱼端脑中存在海马结构的可能性 | NA | 研究金鱼端脑的细胞类型多样性及其在进化中的空间结构变化 | 金鱼端脑的细胞类型及其分子特征 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 金鱼端脑的多个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-09-28 |
Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2023-11-10, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad002
PMID:37119295
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研究论文 | 本文研究了使用单细胞RNA测序数据在胶质母细胞瘤中应用机器学习算法来分析肿瘤内异质性 | 本文提出了多种机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的比较，以分类不同的细胞群，并展示了最佳模型的生物标志物候选 | 本文未详细讨论所使用算法的具体局限性或可能的改进方法 | 研究机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的应用，以理解肿瘤内异质性并寻找有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤核心、肿瘤边缘和正常边缘细胞群 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-09-28 |
Multiscale integrative analyses unveil immune-related diagnostic signature for the progression of MASLD
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000298
PMID:37851406
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析揭示了与MASLD进展相关的免疫相关诊断标志物 | 本研究首次系统整合了66种免疫细胞类型，通过多种分析方法识别出C-X-C motif chemokine receptor 4和dedicator of cytokinesis 8作为MASLD进展的潜在诊断生物标志物，并揭示了其在单细胞水平上的细胞通讯机制 | 本研究主要基于bulk和单细胞RNA-Seq数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对MASLD进展机制的全面理解 | 研究MASLD进展的免疫相关诊断标志物及其分子机制 | MASLD进展中的免疫细胞类型和基因表达变化 | 数字病理学 | 肝病 | RNA-Seq | 机器学习算法 | RNA-Seq数据和临床数据 | 66种免疫细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-09-26 |
Metabolic diversity of tumor-infiltrating T cells as target for anti-immune therapeutics
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03540-1
PMID:37733059
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综述 | 本文讨论了肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在精准免疫治疗中的潜在应用 | 本文强调了T细胞代谢多样性在精准免疫治疗中的重要性，并探讨了代谢靶向药物的潜在应用 | NA | 探讨肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤浸润性T细胞及其代谢状态 | 肿瘤学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-09-26 |
Role of single-cell ferroptosis regulation in intercellular communication and skin cutaneous melanoma progression and immunotherapy
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03504-5
PMID:37638981
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研究论文 | 研究了铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 首次使用非负矩阵分解方法分析铁死亡相关肿瘤微环境细胞簇，揭示了细胞间通信对肿瘤发展和免疫治疗的重要性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 探讨铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 皮肤黑色素瘤患者的肿瘤微环境细胞簇 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 多个皮肤黑色素瘤患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-09-23 |
Single-cell profiling and zebrafish avatars reveal LGALS1 as immunomodulating target in glioblastoma
2023-11-08, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202318144
PMID:37791581
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和斑马鱼模型揭示了胶质母细胞瘤中LGALS1作为免疫调节靶点的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序和斑马鱼模型研究了胶质母细胞瘤相关巨噬细胞与肿瘤细胞的动态相互作用，并识别出LGALS1作为主要的免疫抑制调节因子 | NA | 揭示胶质母细胞瘤中肿瘤异质性和免疫抑制微环境的关键因素，并寻找新的免疫调节靶点 | 胶质母细胞瘤相关巨噬细胞与肿瘤细胞的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个胶质母细胞瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-09-23 |
Does Chronic Obstructive Pulmonary Disease Originate from Different Cell Types?
2023-11, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0175PS
PMID:37584669
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研究论文 | 本文探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）是否由不同细胞类型引起，并讨论了当前研究中的知识空白和技术应用 | 本文提出了通过新技术如单细胞转录组学和蛋白质组学来研究COPD的潜在机制 | 本文主要讨论了当前研究的局限性和知识空白，未提供具体实验数据 | 探讨COPD是否由不同细胞类型引起，并研究这些细胞在疾病发展中的作用 | COPD的病理机制和不同细胞类型在疾病发展中的作用 | NA | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-09-23 |
Loss of ANT1 Increases Fibrosis and Epithelial Cell Senescence in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2023-11, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0315OC
PMID:37487137
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研究论文 | 研究探讨了ANT1在特发性肺纤维化中的作用及其对细胞衰老和纤维化的影响 | 首次揭示了ANT1缺失通过线粒体功能障碍、增加细胞衰老和减少AT2细胞再生能力，促进特发性肺纤维化的机制 | NA | 探究ANT1在特发性肺纤维化中的作用及其对细胞衰老和纤维化的影响 | 特发性肺纤维化患者肺组织中的ANT1和ANT2表达 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序和组织染色 | NA | RNA | 特发性肺纤维化患者肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-09-20 |
Neuroepithelial organoid patterning is mediated by a neighborhood watch mechanism
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113334
PMID:38511989
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研究论文 | 本文研究了神经上皮类器官的图案化机制，提出了一种基于“邻里观察”（NW）机制的细胞命运决定模型 | 开发了一种计算方法来定义图案化的条件，并通过实验验证了模型的预测 | NA | 揭示神经上皮类器官图案化的机制 | 人类神经管类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-09-20 |
scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction
2023-11-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100643
PMID:37989083
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研究论文 | 开发了一种名为scCURE的方法，用于识别免疫治疗响应和非响应的细胞类型，并预测治疗结果 | 提出了基于单细胞RNA测序数据的新方法scCURE，能够区分免疫治疗干预下受影响和未受影响的细胞 | NA | 深入理解免疫治疗响应和抵抗机制，并开发高度可靠的治疗响应预测模型 | 黑色素瘤和乳腺癌免疫治疗中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及黑色素瘤和乳腺癌的免疫治疗单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-09-19 |
Stemness signature and targeted therapeutic drugs identification for Triple Negative Breast Cancer
2023-11-20, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02709-8
PMID:37985782
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研究论文 | 本研究旨在分析三阴性乳腺癌（TNBC）的癌症干细胞相关基因特征，以确定患者的危险分层和预后特征 | 本研究应用一类别逻辑回归（OCLR）算法计算TNBC患者的干细胞指数，并建立了基于16个基因的预后特征，通过分子对接筛选出针对预测基因的小分子化合物 | NA | 分析TNBC的癌症干细胞相关基因特征，确定患者的危险分层和预后特征 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 一类别逻辑回归（OCLR）算法、Cox回归分析、LASSO回归分析、分子对接 | NA | 基因表达数据、scRNA-seq数据 | TCGA和METABRIC合并数据集、GSE176078数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-09-17 |
The heterogeneity of tumour immune microenvironment revealing the CRABP2/CD69 signature discriminates distinct clinical outcomes in breast cancer
2023-11, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02432-6
PMID:37715025
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研究论文 | 研究揭示了肿瘤免疫微环境异质性，并通过CRABP2/CD69特征区分乳腺癌的不同临床结局 | 首次建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并验证了其在预测临床结局和辅助化疗反应中的价值 | NA | 识别肿瘤免疫微环境特征，指导乳腺癌的治疗和预后评估 | 乳腺癌的肿瘤免疫微环境及其与临床结局的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个队列的乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-09-14 |
TRIBAL: Tree Inference of B cell Clonal Lineages
2023-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.27.568874
PMID:38076836
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研究论文 | 介绍了一种名为TRIBAL的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆谱系的进化历史 | TRIBAL方法通过结合同种型数据来减少仅考虑受体序列时的系统发育不确定性，从而更准确地推断B细胞谱系树 | NA | 推断B细胞克隆谱系的进化历史，以更好地理解疫苗反应、疾病进展和治疗性抗体的识别 | B细胞克隆谱系的进化历史 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-09-13 |
Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells
2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfad092
PMID:37695302
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研究论文 | 研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响 | 首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响 | 孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |