单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了人类胚胎动脉瓣重塑过程中发现的新基因 | 发现了一些在小鼠基因组中不存在的新基因，这些基因与瓣膜发育未曾关联过 | 研究主要集中在早期人类胚胎，可能不适用于其他发育阶段 | 探究人类胚胎动脉瓣的形成和重塑过程中的转录组特征 | 人类胚胎中的动脉瓣 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | CS16和CS19的动脉瓣 |
| 162 | 2024-08-07 |
Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression
2023-11-24, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad069
PMID:37437101
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研究论文 | 本研究开发了一种基于TCR模块基因表达评分策略，用于从单细胞RNA测序数据中准确识别人类γδ T细胞 | 提出了一种新的TCR模块评分策略，无需额外的单细胞γδ T细胞受体测序或CITE-seq数据，即可在大型单细胞RNA测序数据集中识别γδ T细胞 | NA | 开发一种新的方法，用于在大型单细胞RNA测序数据集中准确识别γδ T细胞 | 人类γδ T细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个不同组织和不同亚型的γδ T细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 163 | 2024-08-07 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
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研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，整合了来自412个肿瘤和12个正常器官的约140万个肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞，以解析组织复杂性至单个细胞水平，并利用随机森林和卷积神经网络的两步筛选方法，选择对区分单个恶性细胞和正常细胞贡献最大的基因对，评估基于配对基因组合表达模式的AND、OR和NOT逻辑门的肿瘤覆盖率和特异性，并通过单细胞转录组耦合表位分析验证了在卵巢癌和结直肠癌中识别的AND、OR和NOT开关靶点。 | 本研究通过构建大规模的单细胞表达图谱，结合机器学习和深度学习技术，创新性地筛选和验证了用于CAR细胞疗法的组合靶抗原逻辑门开关。 | NA | 旨在解决肿瘤内异质性对CAR细胞疗法中靶抗原选择的关键挑战。 | 研究对象包括肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌、结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | 卷积神经网络 | 单细胞表达数据 | 约140万个细胞，来自412个肿瘤和12个正常器官 |
| 164 | 2024-08-07 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
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研究论文 | 本文提出了一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于在单细胞数据中推断、过滤和增强拓扑信号 | scPrisma方法利用拓扑先验来解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同生物过程信号，如周期性和线性信号 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期、昼夜节律和空间分区等生物过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞数据 | 涉及HeLa细胞、肝小叶、Chlamydomonas和大脑中的视交叉上核等多种样本 |
| 165 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-08-07 |
Plasma cells in human pancreatic ductal adenocarcinoma secrete antibodies against self-antigens
2023-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172449
PMID:37751306
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫球蛋白测序，探索了人类胰腺导管腺癌（PDAC）中肿瘤内B细胞反应的驱动抗原，并发现浆细胞产生的自身抗体与细胞内自身抗原反应。 | 首次揭示了PDAC中浆细胞产生的自身抗体与细胞内自身抗原反应，表明慢性炎症微环境支持适应性免疫反应。 | 研究样本量较小，仅包括7个原发性PDAC样本，可能影响结果的普遍性。 | 探索人类胰腺导管腺癌中肿瘤内B细胞反应的驱动抗原。 | 人类胰腺导管腺癌中的肿瘤内B细胞反应及其驱动抗原。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和免疫球蛋白（Ig）测序 | NA | RNA序列 | 7个原发性PDAC样本，包括235个浆细胞和12个B细胞 |
| 167 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics analysis of proliferative diabetic retinopathy fibrovascular membranes reveals AEBP1 as fibrogenesis modulator
2023-Nov-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172062
PMID:37917183
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研究论文 | 该研究分析了增殖性糖尿病视网膜病变中的前视网膜纤维血管膜的单细胞转录组特征 | 首次发现AEBP1在人视网膜周细胞向肌成纤维细胞转变中的调节作用 | 未说明样本的具体数量和来源细节 | 识别潜在的治疗靶点以改善糖尿病视网膜病变的管理 | 来自患者的前视网膜纤维血管膜进行单细胞RNA测序分析 | 数字病理 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 168 | 2024-08-07 |
PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.16.566893
PMID:38014321
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9全基因组筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1信号通路相关基因在炎症性关节炎中的作用 | 发现了与PD-1抑制T细胞功能相关的1,112个独特基因，并揭示了PD-1 + HLA-DR HIGH KLRG LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群 | 需要进一步研究以完全阐明PD-1在滑膜T细胞亚群中的作用 | 探索PD-1信号通路在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 类风湿关节炎患者的T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 流式细胞术，CRISPR/Cas9全基因组筛选 | NA | RNA测序数据 | 来自类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞 |
| 169 | 2024-08-07 |
Tumor-derived Endothelial Cell: Important Etiological Factors in Endometriosis
2023-11, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102891
PMID:37738888
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症细胞的转录组特征，并分析了肿瘤来源的内皮细胞在疾病中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了子宫内膜异位症中细胞异质性，并发现了肿瘤来源内皮细胞在疾病中的重要作用 | 研究样本量较小，且仅包括了三名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究子宫内膜异位症中肿瘤来源内皮细胞的作用及其病理特征 | 子宫内膜异位症患者的异位和正常子宫内膜组织 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三名子宫内膜异位症患者，包括114例回顾性病例 |
| 170 | 2024-08-07 |
Pooled Genome-Scale CRISPR Screens in Single Cells
2023-11-27, Annual review of genetics
IF:8.7Q1
|
review | 本文综述了单细胞水平上基于CRISPR的基因筛选技术的原理和实际考虑 | 介绍了利用CRISPR-Cas技术在单细胞中进行基因功能调控和表达控制的创新方法 | NA | 探讨基因功能分配和表达控制的基础，以及其在细胞生物学和治疗开发中的应用 | 基因功能和表达控制 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas | NA | RNA sequencing, 细胞图像 | NA |
| 171 | 2024-08-04 |
Modelling the distinct roles of epithelial and stromal androgen receptor in the regulation of prostate epithelial dynamics
2023-Nov, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.16900
PMID:37424435
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研究论文 | 本文提出了一个简单的概念框架，阐述了雄激素在前列腺细胞动态中的调控作用 | 提出了基于框架的数学模型，定量拟合了描述前列腺回退和再生的实验数据 | 该模型的复杂性可能不足以全面描述健康和疾病前列腺的所有动态 | 探讨雄激素在前列腺上皮动态调控中的作用及机制 | 前列腺上皮及其微环境中的细胞间相互作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq | 数学模型 | 实验数据 | NA |
| 172 | 2024-08-07 |
A gain-of-function variation in PLCG1 causes a new immune dysregulation disease
2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.06.020
PMID:37422272
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研究论文 | 本文研究了一种新的免疫调节疾病，由PLCG1酶的获得性功能变异引起 | 首次报道了人类疾病中的生殖系PLCG1突变，并揭示了PLCG1激活变异在免疫失调中的关键作用 | NA | 探究PLCG1激活变异在免疫失调中的分子发病机制 | PLCG1激活变异对蛋白质功能和免疫信号的影响 | NA | 免疫调节疾病 | 全外显子测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 飞行时间流式细胞术, 免疫印迹, 流式细胞术, 荧光素酶测定, IP-One ELISA, 钙通量测定 | NA | RNA, 蛋白质 | 一名早期发病的免疫失调疾病患者, COS-7和Jurkat细胞系 |
| 173 | 2024-08-04 |
FXYD3 functionally demarcates an ancestral breast cancer stem cell subpopulation with features of drug-tolerant persisters
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166666
PMID:37966117
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研究论文 | 该文章研究了FXYD3在三阴性乳腺癌干细胞亚群体中的功能及其耐药特征 | 发现了以FXYD3为标志的乳腺癌干细胞亚群，并揭示了其与药物耐受性持久存活者的关系 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌，可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨肿瘤中癌症干细胞的异质性及其在化疗中的敏感性 | 三阴性乳腺癌（TNBC）中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-05 |
Type I interferon signature and cycling lymphocytes in macrophage activation syndrome
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165616
PMID:37751296
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研究论文 | 本文研究了与Still病相关的巨噬细胞激活综合征（MAS）中的I型干扰素特征和循环淋巴细胞。 | 该研究揭示了MAS患者中I型干扰素过量产生与IL-15的协同作用，导致CD38+HLA-DR+循环淋巴细胞的生成，这为理解MAS的免疫机制提供了新见解。 | 该研究主要基于对外周血单核细胞的分析，尚需进一步验证其在不同患者群体中的普遍性。 | 旨在更深入地理解Still病和巨噬细胞激活综合征的免疫学特征。 | 研究对象为健康对照组与有或没有MAS的Still病患者。 | 数字病理学 | Still病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, 质量细胞术, 流式细胞术 | NA | RNA数据 | 超过65,000个PBMC样本 |
| 175 | 2024-08-04 |
Metabolic predictors of response to immune checkpoint blockade therapy
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108188
PMID:37965137
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤微环境中免疫细胞代谢与免疫检查点抑制剂反应之间的关系 | 首次对接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者肿瘤微环境中免疫细胞的代谢特征进行了分析，并建立了基于代谢基因特征的预测模型 | 目前只分析了部分代谢基因，可能未涵盖所有相关的代谢途径 | 旨在通过代谢特征预测癌症患者对免疫检查点抑制剂的反应 | 参与研究的对象为大约230例接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约230个样本，涉及超过100万个免疫细胞 |
| 176 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the key genes associated with macrophage polarization in liver cancer
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000304
PMID:37889536
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研究论文 | 本研究揭示了与肝癌巨噬细胞极化相关的关键基因 | 通过单细胞转录组分析识别了6个与巨噬细胞极化相关的关键基因，并建立了预后模型 | 尚未提及研究的具体限制 | 揭示与肝癌巨噬细胞极化相关的关键基因 | 肝癌组织中的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及2000个高变基因和15个细胞簇 |
| 177 | 2024-08-07 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in mouse visual cortex
2023-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.25.568393
PMID:38168270
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研究论文 | 本文通过收集小鼠视觉皮层兴奋性神经元的Patch-seq和全脑形态学数据集，定义了16种综合形态-电-转录组（MET）类型，并重建了300个神经元的完整形态，通过多步骤分类器统一两个数据集，研究了转录组变异与形态学和电生理表型的关系，并预测了个体神经元的投射目标。 | 本文创新性地将单细胞转录组数据与全脑形态学数据相结合，通过多步骤分类器统一数据集，建立了小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合分类系统，并揭示了细胞类型特异性的跨半球投射。 | NA | 研究小鼠视觉皮层兴奋性神经元的综合形态-电-转录组类型，并预测其投射目标。 | 小鼠视觉皮层兴奋性神经元的转录组、形态学和电生理特性。 | 数字病理学 | NA | Patch-seq | 多步骤分类器 | 转录组数据、形态学数据 | 300个神经元 |
| 178 | 2024-08-04 |
Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy Targeting Epithelial Cell Adhesion Molecule in Gastric Cancer: Mechanisms of Tumor Resistance
2023-Nov-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15235552
PMID:38067255
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研究论文 | 该研究开发了一种针对上皮细胞粘附因子（EpCAM）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞，用于治疗胃癌，并探讨肿瘤如何逃逸免疫监视及对CAR T细胞疗法的抗性机制 | 首次通过全身CAR T细胞成像和单细胞多组学分析揭示了肿瘤与肿瘤浸润淋巴细胞之间复杂的相互作用 | 研究主要集中在胃癌模型，结果可能不完全适用于其他癌症类型 | 揭示肿瘤逃逸免疫监视和发展抗性机制的精确机制 | 胃癌模型中肿瘤细胞和肿瘤浸润的淋巴细胞 | 数字病理 | 胃癌 | CAR T细胞成像、单细胞多组学分析 | NA | 图像、转录组数据 | 在胃癌模型中分析的CD8和CD4 T细胞 |
| 179 | 2024-08-04 |
scReadSim: a single-cell RNA-seq and ATAC-seq read simulator
2023-11-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43162-w
PMID:37980428
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研究论文 | 本文介绍了scReadSim，这是一种用于生成单细胞RNA-seq和ATAC-seq测序序列的模拟器 | scReadSim能够根据用户指定的真实值生成合成测序读取，填补了真数据模拟的空白 | 未提及特定的限制 | 开发一款能生成真实数据模拟的单细胞RNA-seq和ATAC-seq读取模拟器 | 针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq的读取模拟 | 数字病理学 | NA | NA | NA | FASTQ或BAM文件的合成测序读取 | 未提及具体样本大小 |
| 180 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of glial cells from the mouse amygdala under opioid dependent and withdrawal states
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108166
PMID:37915593
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠杏仁核中，药物依赖和戒断状态下胶质细胞的转录变化。 | 首次在小鼠杏仁核中进行药物依赖和戒断状态下的单细胞RNA测序，揭示了关键生物过程的显著差异。 | NA | 探究药物使用障碍导致依赖的过程中，杏仁核内各细胞类型的转录变化。 | 小鼠杏仁核中的胶质细胞。 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |